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进化遗传学

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今天是达尔文日。 对于查尔斯达尔文有时会产生的那种崇拜,我有点矛盾。 但这可能是一种只有在进化拒绝主义者发起的文化战争的情况下才有意义的现象。 但有理由对此持乐观态度。 根据 GSS 的说法,年轻人往往... 了解更多
PLOS BIOLOGY 中非常重要的论文,自然选择限制了广泛物种的中性多样性。 重要到该杂志委托撰写了这篇文章:Lewontin 的悖论解决了吗? 在更大的人口中,更强的选择消除了更多的多样性。 这个悖论非常简单。 假设分子进化的中性理论,你会期望你有...... 了解更多
1970 年代初期,著名的进化遗传学家理查德·C·莱文廷 (Richard C. Lewontin) 写道,群体遗传学“就像一台复杂而精致的机器,旨在处理一种没有人成功开采过的原材料。” Lewontin 的意思是,在 1930 年代,当 RA Fisher、Sewall Wright 和 JBS Haldane 建立... 了解更多
Quanta 杂志有一篇大胆的文章,名为《进化的随机路径通向一个地方》。 它基本上是对发表在论文 Global Epistasis 使适应可预测的研究的回顾,尽管序列级随机性。 标题中有很多内容。 这是广达的重要信息:有
我爱我一些豆芽! 蔬菜,苦味,各种浓郁的味道。 我一直都是这样。 其中一些肯定是环境。 我的家人来自南亚的一个地区,该地区以热爱振奋和大胆的感觉而闻名。 但也许我就是这样出生的? 有相当多的证据... 了解更多
乳糖酶持久性(乳糖耐受性)的特性可能是人类自然选择更好的教科书例子之一。 造成这种情况的原因可能有两个。 在已知与许多人群中所讨论的性状相关联的特定基因中,存在非常强烈的选择特征。 而且,有一个... 了解更多
上面的两个系统发育代表左侧的结核分枝杆菌和右侧的人类线粒体 DNA(从母亲传给女儿)。 是从最近刚出的论文《Out-of-of-Africa migration and Neolithic coexpansion of Mycobacterium tuberculosis与现代人》中拉出来的,自然引起了轰动。 正如标题所暗示的...... 了解更多
在整个生命之树上进行的进化过程受到不同动态的影响,这些动态可以塑造和影响个人、种群和整个生态系统的结构和特征。 例如,想象一下夏威夷群岛特有生物的系统发育和种群遗传特征。 因为夏威夷群岛是... 了解更多
存在进化的事实。 然后,关于它如何进行的争论由来已久。 前者是一个已解决的问题,只剩下很少的智力。 后者是进化遗传学和进化生物学的重点。 辩论是一个古老的辩论,可以追溯到第19届... 了解更多
多年来,我一直在提到 20 世纪早期的孟德尔主义者(原遗传学家)和生物统计学家(古典达尔文主义者)之间的冲突。 仿佛在黑格尔辩证法中,这种自我的冲突最终导致了成为群体遗传学的综合。 历史进程在 Will Provine 的 The Origins of... 了解更多
 
Bdelloid rotifiers 得到了相当多的关注,因为它们似乎是专性无性后生动物的谱系(Richard Dawkins 在 The Ancestor's Tale 中对它们进行了广泛的讨论)。 他们没有发生性关系的事实并不是什么大不了的事。 细菌没有性行为,而且它们非常成功。 相反,问题在于... 了解更多
在生物物理尺度上理解遗传学的基本方面之一是表征跨越碱基对的原始序列信息(例如 AGCGGTCGCAAG....)与交织在一起以创建基因组的各种大分子之间鸿沟的过程集收集组织,并启用生理过程,从而导致... 了解更多
时不时有人问我“水生猿假说”。 我的标准回答是没什么可看的,每个人都应该继续前进。 但是在《自然》中阅读了一篇新的(开放获取)论文,巨猿遗传多样性和种群历史,它再次出现在我的脑海中。 原因是这段传说... 了解更多
Y染色体很奇怪。 它的基因贫乏并且充满了重复。 这是 mtDNA 系统发育和系统地理学分析比 Y 染色体早约 10-15 年的一个原因(前 PCR 时代的另一个主要原因是 mtDNA 非常丰富)。 而mtDNA的高变区是一个极好的分子钟,因为... 了解更多
对于那些对狗的进化基因组学感兴趣的人来说,这是一个激动人心的时刻。 2010 年发表了一篇大型 SNP 阵列论文,全基因组 SNP 和单倍型分析揭示了狗驯化背后的丰富历史。 今天我们要研究全基因组,这很重要,因为许多 SNP 阵列是在家养狗身上确定的(即,它们是…… 了解更多
由于上一篇关于基因组工具的帖子有点狭隘,我认为在 8 月 3 日的湾区人口基因组学会议上发布此通知是可以接受的。 注册将于 XNUMX 月 XNUMX 日(即星期一)截止。 这是公告:
左边的图说明了自然通讯的一篇新论文的系统发育推论,狗的选择基因组学和狗与人类之间的平行进化(参见纽约时报的卡尔齐默报道)。 为什么这篇论文很重要? 跳出来的第一件事是...... 了解更多
我们生活在一个多么伟大的时代。直到最近,人口遗传学中的关键参数(例如突变率)必须被推断和假设,即使它们作为更复杂推断的基础。 现在与人类(人类只是开始!)推断的大部分内容正在以更...... 了解更多
EO Wilson 在《华尔街日报》上发表了一篇专栏文章,我觉得这很有趣,伟大的科学家 ≠ 擅长数学:威尔逊在这方面已经有一段时间了,让我在 Twitter 上关注的一些科学家感到困惑(当然,我关注以下往往是定量基因组学类型,其背景可能具有... 了解更多
有人可能会争辩说,威廉·唐纳德·汉密尔顿 (William Donald Hamilton) 是最杰出的科学人物之一,他对公众对我们周围世界的理解产生了影响,但公众却完全不知道。 许多对科学感兴趣的受过良好教育的个人对包容性健身的概念有一定的了解,在... 了解更多
我的朋友 Aziz Poonawalla* 让我对《新科学家》中的这篇文章发表评论,所有人的父亲已有 340,000 年的历史。 我的主要想法:标题可能会让人感到困惑,而文章本身却很有用。第一段很好地浓缩了具体而精确的科学细节:我的担忧:人们会... 了解更多
在下面的帖子中,我提到了 RA Fisher 的观点。 就我而言,这是一个中等危险的举动,因为费舍尔的许多观点仅通过后来的研究人员传播,他们可能对费舍尔本人想说的话缺乏清晰的理解。 最重要的是... 了解更多
到这个时候,我相信你已经看到了关于重建的所有胎盘哺乳动物的最后一个共同祖先的文章。 为什么进化是真的 Greg Mayer 对其中的含义进行了出色的评论,并链接到了 Anne Yoder 在 Science 中适度怀疑的文章。 Yoder 的作品名为 Fossils vs. Clocks,而... 了解更多
Haldane's Sieve 为我提供了一种新的预印本、遗传草图、选择性干扰和快速适应的群体遗传学。 虽然是数学的,但它的可读性很强,我向任何对进化遗传学感兴趣的人推荐它。 由于我还在消化它,所以我不会说更多,除了它似乎...... 了解更多
几天前,我在浏览 Haldane 的 Sieve 时,偶然发现了一个有趣的讨论,该讨论出现在它的“关于”页面上。 这个“棒球内部”的玩笑让我开始思考我自己的智力进化。 在过去的几年里,由于基因组学的兴起,我一直在更深入地研究系统发育学和系统地理学,... 了解更多
核心:自然选择的遗传成分有不同的风味。 其中一些成分比其他成分更难以捉摸。 这使得“阅读标签”成为一项重要的活动。 正如您可能知道的,当您查看给定生物体基因组的变异模式时,您可以从自然界做出各种推断...... 了解更多
该相信谁? 当您(我们所有人)不太了解时,这就是问题。 信任是宝贵的,在某种程度上也是神圣的。 这就是为什么当我意识到在 X 领域比我更见多识广的人以他们知道的方式对他们的论点进行抽样时,我会生气... 了解更多
PNAS 现在有一篇关于大麦驯化的论文。 这是很好的开放访问,所以自己阅读,然后回来! 我不得不承认我不太喜欢这篇论文。 它似乎从一些基本的(至少在今天)系统发育方法中得出了太多的结论。 在... 了解更多
关于遗传学的奇怪之处之一是它既包含抽象又包含具体。 正式的和身体的。 您可以与对分子机制的细节最感兴趣并且对结构生物学有深入了解的遗传学家交谈。 对这些人来说,基因是特定的、物质的东西。 相比之下,有... 了解更多
Jerry Coyne 提醒我,Ullica Segerstrale 的 Nature's Oracle: A Life of WD Hamilton 终于快要出版了。 具体来说,2013 年初。Coyne 看过他的出版前文本,所以它可能正在修订中,尽管肉已经放在骨头上。 汉密尔顿是最杰出的进化者之一…… 了解更多
《物种起源》标题中隐含的问题是:为什么是复数? 换句话说,为什么没有一个单一的顶级物种主宰这个星球? 可以想象一个抽象系统,其中自然选择缓慢但逐渐地筛选变异并设计出最好的复制器。 然而恰恰相反,似乎…… 了解更多
一些人通过电子邮件向我发送了关于华盛顿邮报这篇文章的邮件,美国正在推动更多的科学家,但工作岗位并不存在。 其他人很好地覆盖了这个领域(例如),所以我不会说太多。 但首先,忽略论文中的文章,阅读这篇文章的原始调查...... 了解更多
忘记强调 SMBE 2012 中最酷的摘要之一,现代人类尼安德特人血统的全基因组图谱:对大量侵入性种群与小而长的地方性种群同化的预测之一是适应性等位基因的表示会有偏差从后者变成了前者。 在... 了解更多
我刚收到 EO Wilson 的《地球的社会征服》的评论副本。 这本书之所以“火爆”的原因之一是威尔逊最近重新审视了“选择层次”的争论,并显着降低了进化动力学万神殿中的亲属选择(至少在他看来)。 已经有... 了解更多
《美国人类遗传学杂志》上的新文章“哥白尼式”从根部重新评估人类线粒体 DNA 树是开放获取的,因此您应该查看一下。 讨论触及了问题的核心:得到了许多同事的一致支持,经过几年的犹豫,我们... 了解更多
Dienekes 和 Maju 都评论了一篇新论文,该论文研究了西班牙新石器时代遗骸中乳糖酶持续存在的可能性,但我想我也会对此发表评论。 该论文是:新石器时代西南部欧洲乳糖酶持久性的低流行率。 该位置位于现代巴斯克地区的边缘...... 了解更多
麦迪逊-威斯康星大学对已故的 James F. Crow 进行了长时间的讨论。 非常推荐。
悲伤的消息。 约翰·霍克斯 (John Hawks) 说詹姆斯·F·克劳 (James F. Crow) 已经去世。 国家科学教育中心进一步提及。 大约 5 年前,我给 Crow 发了一封电子邮件,只希望得到最低限度的回复,询问面试情况。 不到24小时,他就回复了! 我认为它说了很多... 了解更多
我在这个网站上大量阅读 RA Fisher 的《自然选择的遗传理论》。 你不需要理解书中的所有内容,也不必同意其中的所有内容,但它是理解进化遗传学的一个很好的起点。 我注意到你可以得到它...... 了解更多
在我下面的帖子中,Rob 评论说:我的一般反应是不接受有关狗的遗传起源的最新新闻稿。 我跟踪文献,它相当流畅。 例如,我今天早上醒来,这就是我的 RSS 中显示的内容,现代狗更像是亚洲融合... 了解更多
遗传是强大的。 该领域的起源早于格雷戈尔·孟德尔,并进一步追溯到普通的人类常识。 19 世纪的原始遗传理论在 20 世纪初期让位于孟德尔主义,孟德尔主义恰好是一个非常强大的形式系统,用于预测世代信息的传递模式…… 了解更多
一位朋友向我指出了这篇文章在《自然》中的热烈评论部分,重建隐藏种族的基因组。 问题是大自然最初声明波多黎各的土著泰诺人已经灭绝。 这导致了大量愤怒的评论,其中一名研究人员卡洛斯·布斯塔曼特 (Carlos Bustamante) 感到…… 了解更多
引人入胜的轨道周期、澳大利亚湖泊水位和原住民的到来:如果您阅读了一些关于火生态学的学术文献,您很难不得出现代人类改变地球的结论! 现代智人的标志似乎是大型生物的灭绝,倾向于…… 了解更多
“进化是可预测的吗?” “科学”杂志上的一篇文章问道。 这是第一段:“一定程度”部分是重点。 我是一般观点的忠实粉丝,但我对进化论了解得越多,我对广泛的真理就越怀疑。 给定的动态通常具有一定程度的有效性,但将其扩展得太远...... 了解更多
核心:人类 X 染色体受到来自自然选择的更多压力,导致遗传多样性减少。 但是,人类种群中 X 染色体多样性的差异似乎更多地是种群历史的函数,而不是这些种群之间自然选择能力的差异。 在过去的几年里... 了解更多
更新:John Hawks 的实验室也在同一领域工作,他不同意此处提供的具体结果。 时刻提醒大家注意发布会上呈现的性感效果! (有人应该做一项研究!)彼得·帕勒姆上周在皇家学会会议上声称,遗传学揭示的人类进化、迁移和历史,...... 了解更多
进化适应可以逆转,但很少:以下是主要结果:该论文尚未在线。 当它出来时我肯定会检查它,至少如果数学不是太难。 原因是这些类型的模型总是依赖于简化的假设,而且它们可能没有洞察力…… 了解更多
原始机器人 我们被汉密尔顿困扰。 具体来说,威廉 D. 汉密尔顿 (William D. Hamilton) 是一位在 2000 年去世之前去世的进化生物学家。我们一直困扰着他,因为在他去世十多年后,关于他的想法的争论仍在困扰着知识界。 去年夏天,一篇论文引起了巨大的争议,该论文声称... 了解更多
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”