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我还记得 LL Cavalli-Sforza 的时候 人类基因的历史和地理 它是黑暗中的一根蜡烛,用几十年来辛苦收集和分析的基因数据的碎片照亮了人类历史。 我们已经走了很长一段路。 二烯 指给我看一篇新论文, SNP 微阵列揭示精细人类遗传结构:

我们报告了使用 Affymetrix SNP 微阵列对来自非洲、亚洲和欧洲 240,000 个全球人群的 554 名个体的 27 多个位点进行基因分型的分析。 为了提供更广泛、更完整的人类遗传变异样本,我们纳入了来自印度南部两个邦的种姓和部落样本、来自东欧的达吉斯坦人和来自马来西亚的伊班人。 与查尔斯·达尔文的观察结果一致,我们的结果强调了人类群体之间共有的变异,并证明许多遗传变异在地理上是连续的。 同时,主成分分析揭示了我们样本中几乎所有已识别群体之间明显的遗传分化,并且在大多数情况下,可以根据 SNP 基因型将个体明确分配到定义的群体。 使用基于模型的聚类算法将所有个体准确地分类为大陆群体,但在密切相关的群体之间,某些个体的遗传和自我分类会发生冲突。 250K 数据可以对印度种姓和部落群体之间以及高地和低地达吉斯塔尼群体之间的遗传变异进行高水平解析。 特别是,来自泰米尔纳德邦和安得拉邦的高种姓个体形成一个确定的群体,来自这两个邦的低种姓个体形成另一个群体,而伊鲁拉部落样本则形成第三个群体。 我们的结果强调了遗传和地理距离的相关性,并强调了其他因素,包括影响人口结构的社会因素。

以下是补充中的一些图表,为了清晰起见,我对其进行了重新格式化和标记:


sups3a.png
sups3b.png
sups3d.png
sups4.png
一些评论:
看一下 HGDP 和非 HGDP 样本之间的差异。 这些分析的范围很广,但并不总是具有代表性。 我之前曾抱怨过,HGDP 中的“南亚”对该地区西北边缘的样本进行了过采样,您可以在这些图上看到这一点。 增加样本量可能只会让粗糙的模式变得清晰,但细粒度的细节无疑会在令人惊讶的过程中被发现。
非洲 PC 图表证实了之前的发现 y格米人整个非洲。 不过,我对班图人在南非扩张的“边界”上存在细粒度差异的可能性感到好奇。 索托-茨瓦纳族包括在博茨瓦纳占主导地位的族群,而恩古尼族则在南非很常见。 尽管这两个地区都存在科伊桑人,但后者的移民与当地人的比例似乎比前者更高。 在南非的气候下,特别是在湿润的东部地区,班图人会比相对干旱的博茨瓦纳更大程度地利用他们的文化优势(特别是他们从事的农业类型)来扩大人口。 从长远来看,这些特定的数据可能会成功,也可能不会,但可能会有一些结果揭示班图扩张边境沿线群体的民族起源,这个话题以前曾具有政治意义(以白人试图声称班图族群仍在扩张 after 开普敦的欧洲定居点成立)。 由于缺乏书面记录,遗传学可以作为考古学的重要补充。
在东亚 PC 图表中,我想指出的是,LL Cavalli-Sforza 认为,近二十年前,华南人与东南亚人聚集,而华北人与东北亚人聚集。 由于多种原因,这显然是一个有争议的主张,并且其他途径的数据似乎与之相矛盾(例如,中国本土 Y 谱系的相似性)。 在我看来,查看 Cavalli-Sforza 在其原始分析中使用的 HGDP 样本可能会得出这个结论,但更大的数据集表现出更多的连续性。 越南人和泰国人等东南亚族群的历史起源就在今天的中国南部地区。 语言关系 这些民族仍然作为少数民族留在中国。 接下来的问题是这些人口移居后与当地人进行了多少融合,以及在中国本土与北方迁移的汉族之间发生了多少融合。 无论“最终答案”是什么,我怀疑我们是否会遇到这样一种情况,即我们可以免除华南假定祖先人口之间的混合的数量限制,或者对于泰国人和越南人(来自福建的华人的大规模同化)进入泰国人口将成为一个必须警惕的重要混乱)。 有趣的是,正如你所预料的那样,高棉人的文化领域覆盖了今天泰国和越南的大部分地区,但他们在基因上似乎与华南人群的距离更远,但这里的样本量很小。 东南亚大陆(缅甸到越南)有许多“孟高棉”残余人口。 在缅甸和泰国,北方人口在很大程度上接受了土著居民的高雅文化,特别是印度风味的特华达佛教。 相比之下,越南北部人口保留了更多自己的文化独特性,他们的大乘佛教就证明了这一点(越南有讲马来语的占婆人,他们是赛维特印度教徒,证明了印度文化以前在该地区的优势)。
南亚 PC 图表说明了我上面提到的 HGDP 人口抽样; 他们往往既是伊朗人又是印度人,因此扭曲了人们对南亚人口与其他群体关系的看法。 这些数据的新内容是印度南部种姓人口的关系。 非婆罗门群体是贱民,即贱民,而伊鲁拉人是古代南印度部落人口。 社会历史学家经常断言,贱民和部落之间的区别是暂时的,因为前者是前部落人,他们以边缘方式融入了主流印度教南亚文化,而后者仍然置身于主流印度教南亚文化之外。 印度南部的婆罗门有从印度北部迁徙的历史记忆。 从外表上看,泰米尔婆罗门似乎确实与泰米尔纳德邦的一般人群不同,在印度北部表现出更常见表型的个体频率更高。 这些数据证实了先前的结果,即种姓分层具有遗传现实。 另一方面,他们也支持我们的直觉,即南亚群体之间存在很多相似之处。 南印度婆罗门的血统被归为“欧洲”*族群的比例比达利特人大得多。 事实上,祖先比例最低的婆罗门比例高于比例最高的达利特人。 但达利特人确实有一些欧洲血统,而部落则几乎没有。 回到之前部落作为达利特人同化到印度社会结构的模式,在融合之后,少量的通婚很容易导致这种基因流动。 尽管遗传和社会结构之间存在粗略的相关性,但显然存在基因流动(例如, 南布迪里·桑班达姆 是正式化的种姓关系的相对较新的实例),而且也有记录表明社区在最近的种姓地位方面进入“提升”,而其他群体则有衰落的传说。 大多数传说无疑都是神话,其作用是为特定群体炮制吉祥的起源,但肯定有可能有地位较高的个人和群体从权力和显赫地位上跌落。
迪内克斯提到,一些东南亚群体与印度人的基因共享似乎比你想象的要多。 对此有两个明显的解释:这两个群体分别从北方和西北迁入的人群的基因覆盖了古代基底的深层共同祖先。 或者,最近的基因流。 以印度为例,东北部的一些印度-雅利安南亚群体显然已经同化了最近从东南亚迁移来的人口(孟加拉国最初的藏缅查克马人在身体上仍然不同,在文化上仍然是特华达佛教徒,但现在讲孟加拉方言)。 但我们有印度与东南亚沿海地区之间贸易网络的有力历史证据,以及对东南亚大陆的强大文化影响。 如果祖先是最近的,那么东南亚的印度人比例可能会比印度(一个子集)的多样性要低,而如果是深厚的共同祖先,那么它会相对多样化(尽管如果来自非洲以外的连续创始人的影响)无论如何,移民的运作方式也许不太多样化)。 显然还有待进一步探索。
更新: 世界结构.png
相关新闻: 欧洲遗传图谱、东亚遗传图谱、日本种群亚结构和南印度系统发育地理学。
*如果这是外生的,正如迪内克斯指出的那样,如果人口起源于乌拉尔东部,那么它可能不是严格意义上的欧洲人。 “西欧亚”可能更准确。
(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
• 类别: 科学 •标签: 基因 
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  1. HGDP对南亚西北部地区进行过度采样的主要原因是印度政府禁止将人类DNA样本带出该国。 这意味着对于南亚样本,HGDP 必须依赖于巴基斯坦人口——这是一个很棒的集合,但显然不足以全面反映南亚多样性。
    很高兴看到尽管有禁令,但仍在针对印度群体开展一些扎实的流行基因组工作。

  2. 这就说得通了。 许可证似乎在 1990 世纪 XNUMX 年代冷却了,因为现在有很多研究正在进行。 当然,侨民社区是来源,但那里的部落社区几乎没有代表性(即使是在毛里求斯或特立尼达招募来务农的农民也不是部落)。

  3. 我想看看其中一张涵盖所有种族的地图,只是为了正确地看待问题。

  4. “相比之下,越南北部人口保留了更多自己的文化独特性,他们的大乘佛教就证明了这一点(越南有讲马来语的占婆人,他们是赛维特印度教徒,证明了印度文化以前在该地区的优势)。”
    我不会说这是“独特性”,而是保留了很多“中国高雅文化”,他们被中国殖民了大约一千年,而南越人(南越人)居住在中国广东和更北的地方,与汉人有接触文化的历史比他们被殖民的时间还要长。 就占族而言,随着越南人南下,他们大部分被同化,这发生得相对较晚(我相信越南人最终在18世纪摧毁了占族国家)。

  5. Razib,我迫不及待地想看到第 4 页,但无法打开它。 还有其他方式可以链接吗? 如果一切都失败了,我可能(喘气)必须付费才能订阅。

  6. 谢谢,拉齐布。 这使得
    关于这些图谱,我不明白一件事:有没有办法合理估计一个群体到另一个群体的遗传距离? 如果我理解主成分分析(我不理解),PC1 比 PC2 更“重要”,所以你不能仅仅将笛卡尔平面上的距离作为估计值,对吗?

  7. 行政长官,对。 所有非非洲人都聚集在一起对抗非洲人,所以如果你不扩大规模,就会显得很奇怪。 查看支持中的 Fst 数字。 你是棕色的,对吧? 我认为南亚人大约是欧洲人和东亚人之间的1/3。 至少有代表性的。 非常接近欧洲-中东分支,但又非常独特。

  8. 我是中国人,我读了很多关于南汉人和北汉人基因差异的文章,大多数南汉人携带与北方人相同的基因,尤其是父系。

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