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暴力隐喻 詹妮弗·拉夫 (Jennifer Raff) 的另一条评论 一个麻烦的遗产,这次重点关注尼古拉斯·韦德斯对群体基因组学的解释。我不想说陈词滥调,但如果说韦德的书有一件事值得喜欢的话,那就是很多人都在谈论人类群体遗传学。话又说回来,如果韦德的书有一件事让人不喜欢的话,那就是很多人都在谈论他们不太详细掌握的事情,并且混淆了问题。詹妮弗显然对群体基因组学了解很多,但坦白说,我怀疑她的一些歌迷对她的结论表示赞同,但无法真正理解她所阐述的技术细节。他们信任她,这是一个可以接受的立场。更具体地说,她暗示基于模型的聚类(例如,结构、混合和冰沙)将自然地产生一组由 K 个祖先群体组合组成的个体。特定的 K 没有什么特权。但是有一些方法可以更正式地确定哪个 K 最“适合”数据。我没有谈论,而是设置了 Admixture 来运行一些 HapMap 数据,并将检查交叉验证结果以了解哪些 K 值最合理。

我还可以说更多,但我已经厌倦了这种无休无止的争论。我将重点关注詹妮弗阐述的一个方面: 人类遗传变异具有临床意义。这是一个有道理的立场,甚至可能是群体遗传学家的大多数立场。 但我不再相信人们可以从表面上看这个模型作为可以用来驳回离散种族类别等想法的零模型。临床预期基于距离动态隔离。作为一个粗略的程式化模型,您可以看到上面的示意图,其中显示了因地理位置而分开的三个谱系,并随着时间的推移不断交换基因。这当然适用于世界大部分地区,但事实上,在经常主张传统种族界限的地区,存在着严重的不连续性。例如,跨距离的遗传变异在 喜马拉雅山脉。显然,东亚和南亚之间存在混合(我自己的基因组中有 10-15% 是东亚人,而我是南亚人),但南亚人总体上对欧洲人表现出比对东亚人更大的亲和力。这并不意味着距离隔离毫无用处;事实上,它显示了地理的重要性以及它如何通过距离来强制隔离进行调节。



簇但我对临床模型有一个更大的疑虑:它让人们认为现存的人口是非洲以外的多样化血统的后裔,而这些血统自最初的定居以来就有些孤立。那么,遗传距离只是分化以来时间以及基因流大小(与地理距离成反比)的函数。 但这个模型可能是错误的。 回到南亚人,将他们放在遗传地理地图上并试图引用深刻的人口历史是完全愚蠢的,因为证据是 建立他们是一个复合合成群体,其时间起源相对较新。南亚人在西亚人和东亚人之间的 PCA 图上的位置很方便,这并不是由于等距地理位置所稳定的古老分歧。这是因为南亚人是西欧亚人口和与东亚人有更密切关系的古代土著群体的混合体。大约一万年前,基因和地理之间的对应关系会有很大不同。

詹妮弗关于韦德书的大部分帖子都植根于对诺亚·罗森伯格作品的解释。我确信罗森伯格很高兴被卷入这场争论,但我忍不住注意到他 2005 年论文中的一个部分, 谱系、聚类以及研究设计对人类人口结构推论的影响:

对于来自同一集群的人口对,随着地理距离的增加,遗传距离以线性方式增加,这与最终的人口结构一致。 但是,对于来自不同集群的对,遗传距离通常大于具有相同地理距离的集群内对之间的遗传距离。 例如,欧亚大陆有一个人口而东亚有另一个人口的人口对的遗传距离大于欧亚大陆或东亚内等距地理距离的人口对的遗传距离。 松散地说,正是这些小小的不连续的遗传距离跳跃(跨越海洋,喜马拉雅山和撒哈拉沙漠),为结构识别与地理区域相对应的聚类的能力提供了基础。

该模式的两个例外包括分别来自巴基斯坦和中国西部的哈扎拉族和维吾尔族,他们的遗传距离随着欧亚大陆和东亚人口的地理距离不断扩大。 这些种群均匀地分布在与欧亚大陆和东亚相对应的集群中,因此,与大多数其他种群不同,它们并没有反映出遗传距离随地理距离的不连续跳跃……。

从标题中可以推断出,他正在尝试解决聚类/路线争论,并解释为什么地理聚类从基于模型的聚类(以及 PCA)中出现。 但他举的两个族裔群体的例子,恰好位于其地理所预测的位置,也是最近欧亚大陆西部和东部人口混合事件的例子。 它们并不反映人类悠久的历史,而是近代民间漂泊的产物。就维吾尔族而言:三四千年前欧亚西部人种可能迁移到塔里木盆地,然后在过去两千多年里,欧亚东部人种随后涌入。哈扎拉人是来自中世纪波斯的蒙古难民和阿富汗高地当地说达里语的蒙古难民的聚居地。

维吾尔族和哈扎拉族在遗传民族发生方面实际上可能比我们之前想象的要典型得多。美洲原住民、南亚人、东南亚人和欧洲人似乎都是截然不同的人类分支之间融合的产物。由于各种技术原因,检测许多这些混合事件并非易事,在我看来,这些新事实应该更新我们之前对其他群体的期望。东亚人看起来并不混血,只是因为缺乏参考人群。

距离隔离和临床模型的另一种选择是,在更新世,由于人口密度低导致基因流低,人口稀疏且高度分化。偶尔会发生混合事件,就像美洲原住民的祖先发生的那样。但正是在全新世期间,发生了一场革命,一些人口获得了文化特征,这使得他们在人口上蓬勃发展。这些爆炸淹没了之前的大部分变化,并且还相互混合。我们今天看到的是这些离散脉冲事件累积的重写本。

我敢打赌现实可能介于这两种模型之间,并且因地区而异。但需要牢记它们。

 
• 类别: 种族/民族, 科学 
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  1. 除了可能说明人类历史的目的之外,我仍然不明白为什么离散与临床的事物对于社会世界中“种族”的地位如此重要。毕竟,按照具有社会意义的标准分类的人群(宗教群体、民族语言群体、地区亚群体等)确实存在客观可测量的差异,无论是在遗传、身体还是社会方面……

  2. 绝对精彩的帖子。也许我们能为像她这样的人做的就是询问她是否认为存在不同的物种。您的“种族/物种不是同构”的引用可能是您能做的最好的事情,尽管您可能不会得到任何回应。根据她的说法,《濒危物种法》被严重误导了,对吧?

  3. 大多数情况下,我同意伪伊拉斯谟的观点,尽管我会扩展他的观点。

    我想彻底颠覆“种族是一种社会建构”的论点。我承认,我们选择群体在很大程度上是因为他们融入我们广泛的社会背景的方式。但我要指出的是,他们融入我们广泛的社会背景的方式可能与他们的基因分布密切相关。

    即使事实证明不存在像撒哈拉沙漠、喜马拉雅山或海洋这样的障碍,基因变异会出现不连续的跳跃,但对于我们真正关心的事情来说,这基本上并不重要。

    在人类群体中,我们真正关心的最重要的恰恰是他们在社会重要特征上的表现。如果两个群体,例如撒哈拉以南非洲人和欧洲人,在一项重要的社会特征(例如智商)上存在显着差异,并且很大程度上是由于遗传差异,那么这就是我们认为他们与其他人显着不同的一个很好的理由。对我们作为社会人来说具有重要意义的事物的立场。这成为认为这些群体或多或少统一的一个很好的理由,即使在欧洲和撒哈拉以南非洲之间充当缓冲区的地区,基因——甚至与智商相关的基因——存在连续的分级。这些差异对我们来说当然比身高、速度、皮肤颜色或身体形状的差异更重要。我们不太关心这些群体之间是否存在连续的等级——我们关心的是欧洲人和撒哈拉以南非洲人这两个大群体在社会重要特征上有多大差异。我们更关心这样的大差异,即使基因存在分级,而不是不连续的小差异。

    作为社会人,我们为什么要假装关心其他事情?

    所以,是的,种族在很大程度上是一种社会建构——因为对我们来说重要的是社会特征。但是,毫无疑问,遗传差异会影响这些性状的差异。

  4. 乔希 说:

    拉齐布,我是外行,如果我听起来像个白痴,请原谅。

    在我看来,Raff 博客的种族辩论中最大的争论点是 K 的任意性。我认为 K 的任意性是无关紧要的,原因如下:

    假设对人类和黑猩猩样本进行了聚类分析,并任意设置 K=2。由此形成的簇显然是黑猩猩簇和人类簇,正如人们所期望的那样。

    但根据 Raff 的说法,这个结果是 (a) 错误的并且 (b) 无意义的,因为 K 被任意设置为 2。但是,我确信即使 Raff 也会承认人类和黑猩猩确实是不同的簇,所以显然 K 的任意性不会使在这种情况下形成的簇变得毫无意义或不正确。

  5. 乔希 说:

    拉齐布,还有一件事。你能告诉我这个论点是否有问题吗?

    “K 是任意的,但 K 的所有值都是正确的。

    簇 A 内的每个人比 A 中的随机成员与簇 B 中的随机成员具有更多的相似性。

    但是 - 请理解这一点 - 集群 A 内的成员(将这些个体称为 A.1)可能比 A.1 的随机成员与 A* 的随机成员具有更多相似性(A* 是 A – A .1).

    如果希望 A.1 形成自己的簇,那么只需增加 K 即可。

    让我给你举个例子:

    1. 两个随机的美洲印第安人比一个随机的美洲印第安人与一个随机的蒙古人有更多的相似性。
    2. 随机的美洲印第安人和随机的蒙古人比随机的美洲印第安人和随机的非洲人具有更多的相似性。

    这两种说法都是正确的,但它们是在不同的 K 值下出现的。”

  6. 恕我直言,我认为您过于重视“距离隔离”这句话的字面解释。我认为没有人会认真地声称“距离”意味着直线距离。人类不是乌鸦。 “距离”更确切地说是指地理上的隔离及其对人口流动便利性的影响。

    这是您提到的罗森伯格论文中的引用:

    “对遗传和地理距离之间关系的检查支持这样一种观点,即集群的出现并不是抽样方案的产物,而是由于与遗传距离相比,地理障碍相对两侧的大多数种群对的遗传距离发生了小幅不连续的跳跃。同侧对的距离。”

    随着技术的进步,我们的移动性也在进步。当然,人类群体中存在遗传结构。当然,我们的基因趋向于变得更加同质化。当然,同质化是一个随机过程,有各种有趣的离散事件需要发现和研究。我不认为离散“种族”的想法是一个非常有帮助或有用的概念。其一,它仅特定于该结构的非常高的级别,并且具体有多高的级别还没有很好地定义。谁能给我一个准确的数字,有多少场比赛?这个数字是否被普遍接受,或者它只是对不同的人有不同含义的术语之一?

    我认为每个人都可以以某种方式对此进行辩论,也可以回顾一下模糊逻辑和模糊集合论。可以做出诸如“撒哈拉以南非洲人更有可能患有镰状细胞贫血症”之类的说法,而无需假设撒哈拉以南非洲人和欧洲人等标签是离散且相互排斥的。模糊逻辑极其强大、优雅且微妙,对人们有着广泛的应用。

  7. 现在我重读这篇文章,我有一个问题:从她的角度来看,她是否关心共享基因是否来自“与东亚人有更密切亲缘关系的古代土著群体”或东亚人,因为它们的基因大致相同?

  8. 我不认为离散“种族”的想法是一个非常有帮助或有用的概念。

    没什么。

    我在研究中使用距离隔离模型,所以冷静地与他们交谈,就像他们很愚蠢一样 😉

  9. 举个例子——我的女儿一半是北方中国人,一半是北欧人。在全球 PCA 图上,她与维吾尔人和哈扎拉人聚集在一起。

    我也厌倦了阅读/讨论种族遗传学,我的女儿也是如此。

    我希望看到中国人的起源更加充实,但可能仅此而已。

  10. 拉齐布很公平。我对韦德的不满更多,但这并没有反映在我的评论中。干杯。

    是的,Sandgroper,我听到你的声音了。我几乎只是标准的北欧人,但我有许多来自四个不同大陆的混血表兄弟。我怀疑我自己的家人是否与我属于不同的“种族”。

  11. 我怀疑我自己的家人是否与我属于不同的“种族”。

    根据你自己的评论,如果你有柏拉图式的种族观念,这只是一个问题。显然,我女儿(一半是亚洲人,一半是欧洲人)的基因组反映了她的进化史,这与她的父母不同,因为它的网络要宽得多。

  12. CupofSoup:基因分型对我和我女儿来说非常有用。我妻子拒绝了,理由是她“知道自己是纯汉族,不需要实验室的人来告诉她”。事实证明并不是那么简单,这很有趣,我想她现在后悔没有这样做。抛开其他不说,这很有趣,而且如果你和家人“搞定”了,解释力就会大大增强。我很高兴看到我妻子对科学敞开心扉,这不仅没有冒犯她,反而发现了启发性——基因阐明了人类历史。

    我女儿最终主修了生物化学和遗传学,现在处理“种族”问题没有问题,但她刚刚超越了流行音乐。将军,它本身对她来说不再很有趣,她发现无休止的辩论/争论脱离了重点,毫无意义且令人厌烦。她现在的重点/兴趣/工作是医学科学研究。对她来说,为什么在她工作的地方旁边有一个名为“亚洲癌症”和“种族真实吗?”的部门并不神秘。她认为这个问题“甚至没有错”——如果某件事在现实生活中有用,那么它就有真正的利他目的。

    我对解开古代人类历史和迁徙有着持续的业余兴趣,仅仅是因为它本身对我来说很有趣——真相之所以有趣,只是因为它就是真相,而我希望知道它。伴随的背景噪音确实变得非常烦人。

  13. FWIW,当詹妮弗·拉夫(Jennifer Raff)抛出老话“经历过种族主义压力的人可能比没有经历过种族主义压力的人更容易患上高血压”时,她实际上是在给人们带来真正的伤害,但老实说我不能被打扰。是的,喝酒的人、吸烟的人、饮食不良的人、锻炼不足的人、承受各种环境和工作压力的人、具有某种遗传倾向的人都更有可能患病。患上高血压和高血压,你可以从基因上进行映射,至少它可以是高度遗传的,所有这些都比一段时间遭受某种形式的社会偏见所产生的压力更明显,但她小跑当我不相信她有资格知道这一点时,她也没有给出任何引用。当某人的意识形态如此强烈,以至于他们重复实际上对人们的健康无益的事情时,就应该进行还击,但我不会这样做。如果她不明白重点,她就不会。

  14. “在人类群体中,我们真正关心的最重要的恰恰是他们在社会重要特征上的表现。”

    如果平均相关性和相关性模式对社会很重要怎么办?

  15. “我也厌倦了阅读/讨论种族遗传学,我女儿也是。”

    我认为,作为(主要)地理结构的种族隔离墙的打破最终将导致医疗的巨大改善。

    我认为在未来,在一个地理人群中测试药物然后为不同人群开处方的想法将被视为疯狂(无论是在种族规模还是在许多较低的区域规模上)。

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