拉齐卜·汗（Razib Khan）在欧亚大陆中心
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欧洲基因 博客正在筹款。 我主要是为了支持他继续撰写博客。 我不同意他发布的所有内容，但是该网站是很好的宝贵资源。 到目前为止，“基因组博客”还没有达到我的预期，主要是因为最初的热情爆发并没有得到持续的关注。 制片人 社区（除了commentariat）。 但 欧洲基因 士兵们……
无论如何，作为捐赠的一部分，我对自己的基因型进行了分析。 我对此并不是很感兴趣，因为我对我的基因型了解很多，而且对于像我这样的东亚欧亚人> 10％的人来说，该分析也不太有用。 但是我认为我会发布PCA，因为它很有趣。 在上图中很难看到（单击以查看大图），但是您注意到我几乎平等地位于欧亚大陆的对立面之间（西欧人与东亚人）。 大多数南亚人在两者之间占据一席之地，但肯定偏向西欧亚人（绿色人种）。 但是您会注意到，我几乎是南亚主要人群中最“东部”的人群。 根据您的计算方式，我在东欧亚大陆的10％到20％之间。 这比几乎所有其他南亚人更朝着这个方向“拉动”我。 就像巨像一样，我向东看，向西看，站在险峻的欧亚大陆上，弥合鸿沟。
无论如何，如果您有12美元的积蓄，请考虑捐赠给 欧洲基因。 物流是关键。
孟加拉是蒙古人种和高加索人性状开始融合的地方，对吗？ 当然，表型= /基因型。
https://en.wikipedia.org/wiki/Chakma_people
巧合的是，我最近读了这样的话 http://www.hindustantimes.com/india-news/manipuri-woman-alleges-racism-harassment-at-delhi-airport-s-immigration-desk/story-yoylKApQWGqZRGJwjRNFQM.html
这是一千到两千年前发生的脉冲混合。 但是，是的。 同样，南亚血统也蔓延到缅甸。
回复：@Anonymous
整个东北人口在德里遭到虐待。 更正后，所有妇女在德里都受到虐待。 再次纠正，当从阿萨姆邦（Assam）出发的火车进入比哈尔邦（Bihar）时，虐待开始了。 关于女人穿裤子等的事情。比玛鲁对印度是个诅咒。
https://en.wikipedia.org/wiki/Chakma_people
巧合的是，我最近读了这样的文章http://www.hindustantimes.com/india-news/manipuri-woman-alleges-racism-harassment-at-delhi-airport-s-immigration-desk/story-yoylKApQWGqZRGJwjRNFQM.html
回复：@Razib Khan、@vijay
这是一千到两千年前发生的脉冲混合。 但是，是的。 同样，南亚血统也蔓延到缅甸。
尊敬的拉齐布·汗（Razib Khan），
东南亚人（如缅甸人，柬埔寨人，马来人和泰国人）是否拥有较小的ANI /西欧亚血统？ 我之所以这样问，是因为我注意到东南亚人通常在ADMIXTURE计算器中获得相当可观的南亚成分。 因此，我想知道他们是否具有伴随南亚组成部分的很小的ANI / West Eurasian，还是他们的“南亚”组成部分像ASI / ASI一样？
感谢您对我的询问的慷慨答复。
致以最诚挚的谢意，
加根
https://en.wikipedia.org/wiki/Chakma_people
巧合的是，我最近读了这样的文章http://www.hindustantimes.com/india-news/manipuri-woman-alleges-racism-harassment-at-delhi-airport-s-immigration-desk/story-yoylKApQWGqZRGJwjRNFQM.html
回复：@Razib Khan、@vijay
整个东北人口在德里遭到虐待。 更正后，所有妇女在德里都受到虐待。 再次纠正，当从阿萨姆邦（Assam）出发的火车进入比哈尔邦（Bihar）时，虐待开始了。 关于女人穿裤子等的事情。比玛鲁对印度是个诅咒。
对于这个博客没有自尊心的问题，没有任何抱怨！ 😉
关于PCA地图。
*我发现有趣的是，美国原住民人口在西伯利亚地区中的居中地位。 我希望它会更多地转向东亚方面。
*查询从欧洲到西伯利亚再到东亚的集群是否代表以祖先北方路线人口为源的非非洲人群体，而从欧洲到南亚再到萨胡尔的集群是否代表以祖先南方路线为源的非非洲人群体。人口。
南部路线的人口难道会稍微靠近中轴线的非洲方向吗？也许是因为它早于北部路线的迁徙？
*与南亚人口相比，东亚人口在PCA相空间中的紧凑程度也是值得注意的，尽管两者的总人口数量和地理范围都相当。
*关键似乎表明数据集中没有代表东南亚人。 大概他们会在南亚人和东亚人之间。
*看起来，您可以通过混合四个特征向量种群（撒哈拉以南非洲，欧洲，东亚，萨胡尔）的混合物来完全复制PCA的细节。
*有趣的是，有多少PCA相空间完全是空的。 老虎伍兹在图表上将有一个点，与每个参考人口中的每个参考人口都相距遥远，大约在两个轴的中间。
这种方法的一个特点是，诸如美洲印第安人在现代欧洲和东亚之间的连续体中沿维度（PC）1和2的位置。 如果显示更多PC，它们将从该连续体中删除更多。 实际上，根据采样的情况，甚至沿1/2尺寸的美国原住民也可能不在那儿–在Lazaridis等人的一份全球PCA中可以看到这种情况的一个例子。 2014年增刊。 如果有足够的巴布亚人或美洲原住民，他们将排在PC 2的末尾，而不是东亚人，在此分析中，他们将从3开始在其他PC中“达到峰值”。
PCA和ADMIXTURE的相似之处在于样本数量（不仅是样本类型）对结果有影响，使解释变得复杂。 如果您对此感兴趣，可以在此处了解更多信息：http://biorxiv.org/content/early/2016/07/28/066431
回复：@Davidski
Karitiana印第安人就是这样出来的。
乌尔奇64.45
阿方托瓦戈拉 3
戴1.35
还有卡拉什...
伊朗新石器时代：I1945 38.6
帕尼雅20.2
Yamnaya_Samara：I0357 17.4
Afanasievo：RISE509 16.55
安德罗诺沃：RISE505 3.8
Iran_Late_Neolithic：I1671 3.45
伊朗人：I1293 0
关于PCA地图。
*我发现有趣的是，美国原住民人口在西伯利亚地区中的居中地位。 我希望它会更多地转向东亚方面。
*查询从欧洲到西伯利亚再到东亚的集群是否代表以祖先北方路线人口为源的非非洲人群体，而从欧洲到南亚再到萨胡尔的集群是否代表以祖先南方路线为源的非非洲人群体。人口。
南部路线的人口难道会稍微靠近中轴线的非洲方向吗？也许是因为它早于北部路线的迁徙？
*与南亚人口相比，东亚人口在PCA相空间中的紧凑程度也是值得注意的，尽管两者的总人口数量和地理范围都相当。
*关键似乎表明数据集中没有代表东南亚人。 大概他们会在南亚人和东亚人之间。
*看起来，您可以通过混合四个特征向量种群（撒哈拉以南非洲，欧洲，东亚，萨胡尔）的混合物来完全复制PCA的细节。
*有趣的是，有多少PCA相空间完全是空的。 老虎伍兹在图表上将有一个点，与每个参考人口中的每个参考人口都相距遥远，大约在两个轴的中间。
回复：@Shaikorth、@Davidski
这种方法的一个特点是，诸如美洲印第安人在现代欧洲和东亚之间的连续体中沿维度（PC）1和2的位置。 如果显示更多PC，它们将从该连续体中删除更多。 实际上，根据采样的情况，甚至沿1/2尺寸的美国原住民也可能不在那儿–在Lazaridis等人的一份全球PCA中可以看到这种情况的一个例子。 2014年增刊。 如果有足够的巴布亚人或美洲原住民，他们将排在PC 2的末尾，而不是东亚人，在此分析中，他们将从3开始在其他PC中“达到峰值”。
PCA和ADMIXTURE的相似之处在于样本数量（不仅是样本类型）对结果有影响，使解释变得复杂。 如果您对此感兴趣，可以在这里获得更多信息： http://biorxiv.org/content/early/2016/07/28/066431
使用10台PC，您将获得准确的模型。
回复：@Shaikorth
关于PCA地图。
*我发现有趣的是，美国原住民人口在西伯利亚地区中的居中地位。 我希望它会更多地转向东亚方面。
*查询从欧洲到西伯利亚再到东亚的集群是否代表以祖先北方路线人口为源的非非洲人群体，而从欧洲到南亚再到萨胡尔的集群是否代表以祖先南方路线为源的非非洲人群体。人口。
南部路线的人口难道会稍微靠近中轴线的非洲方向吗？也许是因为它早于北部路线的迁徙？
*与南亚人口相比，东亚人口在PCA相空间中的紧凑程度也是值得注意的，尽管两者的总人口数量和地理范围都相当。
*关键似乎表明数据集中没有代表东南亚人。 大概他们会在南亚人和东亚人之间。
*看起来，您可以通过混合四个特征向量种群（撒哈拉以南非洲，欧洲，东亚，萨胡尔）的混合物来完全复制PCA的细节。
*有趣的是，有多少PCA相空间完全是空的。 老虎伍兹在图表上将有一个点，与每个参考人口中的每个参考人口都相距遥远，大约在两个轴的中间。
回复：@Shaikorth、@Davidski
这不是典型的全局PCA。 这就是为什么您可以从10台PC上获得准确的古代和近代血统比例的原因，即使对于高度分散的人群也是如此。
Karitiana印第安人就是这样出来的。
乌尔奇64.45
阿方托瓦戈拉 3
戴1.35
还有卡拉什...
伊朗新石器时代：I1945 38.6
帕尼雅20.2
Yamnaya_Samara：I0357 17.4
Afanasievo：RISE509 16.55
安德罗诺沃：RISE505 3.8
Iran_Late_Neolithic：I1671 3.45
伊朗人：I1293 0
这种方法的一个特点是，诸如美洲印第安人在现代欧洲和东亚之间的连续体中沿维度（PC）1和2的位置。 如果显示更多PC，它们将从该连续体中删除更多。 实际上，根据采样的情况，甚至沿1/2尺寸的美国原住民也可能不在那儿–在Lazaridis等人的一份全球PCA中可以看到这种情况的一个例子。 2014年增刊。 如果有足够的巴布亚人或美洲原住民，他们将排在PC 2的末尾，而不是东亚人，在此分析中，他们将从3开始在其他PC中“达到峰值”。
PCA和ADMIXTURE的相似之处在于样本数量（不仅是样本类型）对结果有影响，使解释变得复杂。 如果您对此感兴趣，可以在此处了解更多信息：http://biorxiv.org/content/early/2016/07/28/066431
回复：@Davidski
您的帖子与此PCA无关。
使用10台PC，您将获得准确的模型。
我所说的影响样本位置的样本数量适用于所有PCA，这不是个人批评。 研究已经证明了这一点：
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1000686
http://journals.plos.org/plosgenetics/article/figure/image?id=info%3Adoi/10.1371/journal.pgen.1000686.g003&size=large
不论巧合与否，C类似于对人群进行的全球PCA的常见“ V”形。
如果样本数量甚至不均匀，那么与具有均匀样本的PCA相比，就会发生变化。
但是， 这不一定意味着使用多个维度的模型会产生“错误”的结果，即使样本大小“不均匀”也是如此。 我不认为您的Karitiana成绩确实超出预期。
回复：@Davidski
支点
使用10台PC，您将获得准确的模型。
回复：@Shaikorth
我所说的影响样本位置的样本数量适用于所有PCA，这不是个人批评。 研究已经证明了这一点：
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1000686
http://journals.plos.org/plosgenetics/article/figure/image?id=info%3Adoi/10.1371/journal.pgen.1000686.g003&size=large
无论是否巧合，C都类似于对人群进行的全球PCA的常见“ V”形。
如果样本数量甚至不均匀，那么与具有均匀样本的PCA相比，就会发生变化。
但是， 这不一定意味着使用多个维度的模型即使样本量“不均匀”也会产生“错误”的结果。 我不认为您的Karitiana成绩确实超出预期。
PCA面临的挑战不是让高度分散的人群劫持分析。是什么让您认为这根本不合时宜？
在最新的科学文献中，Karitiana被建模为东亚，MA1和Onge。
这与我的模型基本相同，只是我使用的是更相关的AfontovaGora3以及可能更相关的Ulchi。
戴在这两个人中坐得更好，尽管昂格也可以。 让我们看看当最新的科学文献开始使用AfontovaGora3和近亲而不是MA1时会发生什么。
回复：@Shaikorth
我所说的影响样本位置的样本数量适用于所有PCA，这不是个人批评。 研究已经证明了这一点：
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1000686
http://journals.plos.org/plosgenetics/article/figure/image?id=info%3Adoi/10.1371/journal.pgen.1000686.g003&size=large
不论巧合与否，C类似于对人群进行的全球PCA的常见“ V”形。
如果样本数量甚至不均匀，那么与具有均匀样本的PCA相比，就会发生变化。
但是， 这不一定意味着使用多个维度的模型会产生“错误”的结果，即使样本大小“不均匀”也是如此。 我不认为您的Karitiana成绩确实超出预期。
回复：@Davidski
一旦达到临界质量，一切都不会改变。
PCA面临的挑战不是让高度分散的人群劫持分析。
是什么让您认为这根本不合常理？
在最新的科学文献中，Karitiana被建模为东亚，MA1和Onge。
这与我的模型基本相同，只是我使用的是更相关的AfontovaGora3以及可能更相关的Ulchi。
戴在这两个人中坐得更好，尽管昂格也可以。 让我们看看当最新的科学文献开始使用AfontovaGora3和近亲而不是MA1时会发生什么。
回复：@Davidski
PCA面临的挑战不是让高度分散的人群劫持分析。是什么让您认为这根本不合时宜？
在最新的科学文献中，Karitiana被建模为东亚，MA1和Onge。
这与我的模型基本相同，只是我使用的是更相关的AfontovaGora3以及可能更相关的Ulchi。
戴在这两个人中坐得更好，尽管昂格也可以。 让我们看看当最新的科学文献开始使用AfontovaGora3和近亲而不是MA1时会发生什么。
回复：@Shaikorth
即使不是最重要的漂移指标，有时也总会有漂移的迹象（例如，由现代原住民定义的，而不是可能是祖先人口的东亚人/昂热或ANE所定义的）。 如果拉扎里迪斯（Lazaridis）的“昂格·阿纳（Onge-ANE）”型模型正确的话，甚至东亚地区也可能是“漂移区”。 但是使用多维尺寸可以很好地显示出看起来很合适的模型。 我对ohwilleke的答复是要注意，只有两个维度可以给人留下奇怪的印象（例如，美洲印第安人是现代欧洲+东亚）。
我们还没有实际的白令混血人口，因此在这种情况下，“不算太差”应被视为一种赞美。 研究这种材料的科学家可能是如何考虑他们目前的模型的，尽管我认为更多相关的样本不会有太大的变化。 他们偶尔会使用AG2和EHG代替MA-1作为ANE，但结果并没有很大的不同。 既然我们在这个问题上，如果您使用AG3，Dai和Onge作为来源，是否可以显示在Karitiana发现的类似Onge的东西Skoglund＆co？
更正：昂热比戴安（Dai）好坐。 掉落Ulchi时Onge消失，但是契合感很糟糕。
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.65
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 1.9
戴0.15
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.7
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 2.05
卡里蒂亚娜
阿方托瓦戈拉 3
戴41.8
安达曼_昂格 0
回复：@Shaikorth
回复：@Davidski
更正：昂热比戴安（Dai）好坐。 掉落Ulchi时Onge消失，但是契合感很糟糕。
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.65
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 1.9
戴0.15
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.7
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 2.05
卡里蒂亚娜
阿方托瓦戈拉 3
戴41.8
安达曼_昂格 0
那很有意思。 假设Ulchi具有论文建议的ANE和Onge / Dai数量（使用MA-1，AG2和EHG），则最后一个拟合表明ANE的数量比前两个要多。
用于Karitiana和Ulchi的qpAdm与AG3和Dai或Onge混合使用吗？
拉齐布
如果您愿意这样做，则应发布十个维度的坐标。
我一直在研究一种适用于整个欧亚大陆的建模设置，并将在本周末/下周初将结果发布在Eurogenes（以及其他一些地方）上。 我想您会对看到的结果感到满意。 到目前为止，来自南亚半岛的人们正在获得出色的榜样，ASI的比例是完全合理的。
不过，如果您不这样做，那完全没问题。
更正：昂热比戴安（Dai）好坐。 掉落Ulchi时Onge消失，但是契合感很糟糕。
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.65
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 1.9
戴0.15
卡里蒂亚娜
乌尔奇64.7
阿方托瓦戈拉 3
安达曼_昂格 2.05
卡里蒂亚娜
阿方托瓦戈拉 3
戴41.8
安达曼_昂格 0
回复：@Shaikorth
那很有意思。 假设Ulchi具有论文建议的ANE和Onge / Dai数量（使用MA-1，AG2和EHG），则最后一次拟合表明ANE的数量比前两个要多。
用于Karitiana和Ulchi的qpAdm与AG3和Dai或Onge混合使用吗？
Anthrogenica论坛上的一个法国人使用此映射工具改进了Eurogenes已经很好的K15分析结果：
http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/K15.htm
如果他能写出可以自动放置用户正方形的软件，那就太好了，但是所有这些结果都是我得到的最准确的结果。 他们将我准确地放置在正确的蓝色方块上。
这是一千到两千年前发生的脉冲混合。 但是，是的。 同样，南亚血统也蔓延到缅甸。
回复：@Anonymous
尊敬的拉齐布·汗（Razib Khan），
东南亚人（如缅甸人，柬埔寨人，马来人和泰国人）是否拥有较小的ANI /西欧亚血统？ 我之所以这样问，是因为我注意到东南亚人通常在ADMIXTURE计算器中获得相当可观的南亚成分。 因此，我想知道他们是否具有伴随南亚组成部分的很小的ANI / West Eurasian，还是他们的“南亚”组成部分像ASI / ASI一样？
感谢您对我的询问的慷慨答复。
致以最诚挚的谢意，
加根
我的马来西亚n子声称马来西亚人是Aryan。 他们从印度越过海来到苏门答腊，然后又狂奔到马来西亚。 但是那时马来西亚的种族政治是一个雷区。