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长期以来，读者都知道选择和漂移在塑造进化过程中的作用长期以来一直是该领域的问题。 甚至早在查尔斯·达尔文（Charles Darwin）时代，就有一些人，包括他著名的斗牛犬托马斯·赫克瑟利（Thomas H. Huxely），他们就怀疑自然选择是进化变化的主要动力（尽管达尔文说服了他有变种的普遍血统的现实）。 1900年左右的几十年中，彼得·J·鲍勒（Peter J. Bowler）将其描述为“达尔文主义的蚀相”。 所有知识分子都理解并接受了进化论，但是许多人对达尔文的框架和论点持怀疑态度。 日食随着遗传学整合到进化论中而逐渐消退，从而产生了种群遗传学，并于1950年诞生了新达尔文主义综合理论。
有人可能会辩称，这标志着适应主义的高潮，人们接受了选择在塑造生物现象的所有皮亚库纳细节方面的作用。 但是即便如此，仍然有人持谨慎态度（有人争论说人口遗传学之父之一塞沃尔·赖特（Sewall Wright）是否在他对进化过程的隐喻中主张随机性起着重要作用，即平衡在整个世界中不断变化。适应性景观）。
在1960年代，经验结果报告了分子进化领域中高度实现的多态性，而思想家例如Motoo Kimura提倡的形式模型（最终归为“中性理论”）之间的对话引发了我们对进化思想的革命。 。 尽管许多人可能会认为选择约束和塑造形态变异（或更普遍地表现为较粗略的表型特征）的首要性，但在分子尺度上的无效假设是，大多数变异是中性过程的结果。 就是说，即使大多数新突变是有害的（某些生物的大多数基因组甚至可能都不是这种情况），那些获得高频率产生多态性的突变通常是偶然发生的，而不是因为它们受到青睐。
数十年来，这场辩论令人惊讶地激烈。 当我在1990年代中期第一次遇到它时，它已经冷却下来，但是似乎没有最终的解决方案（尽管我的印象是，在进化遗传学家中，中性主义的形式似乎被广泛接受为任何形式的默认模型）假设检验）。
总的来说，我不相信基因组学会在进化生物学方面“改变一切”。 相反，进化基因组学确实站在巨人的肩上（好吧，大多数是死去的白人）。 但 我确实认为，基因组学提供了在中性随机力的相对作用和选择在分子水平上塑造变异方面的相对作用的可能性，从而获得更大的经验明确性。 完整的基因组序列（或足以在基因组中获得可观的模式意义）是宝贵的信息。 它可以说是与DNA的模式有关的所有信息（在将来的某个时候，长读将捕获结构变异，而表观基因组学也将发展）。
去年春天，我写了一篇引人入胜的新论文， 自然选择会限制多种物种的中性多样性， 在文中 选择主义反击！ 标题说明了一切。 作者认为，使用广泛的基因组有两种形式的自然选择，即背景选择限制了有害等位基因的高频率出现，而正等位基因的选择则允许基因组的相关区域以高频率扫荡并消除。变异（并因此产生单倍型模块），可以帮助解决所谓的“李文汀悖论”。 悖论很简单：中立理论预测，种群数量将决定一个物种中所见的变异量。 大种群有许多突变，遍历的频率范围为〜0到1，而小种群的多样性要小得多，这是因为漂移可以很快地固定突变体。 有些人解决了这一悖论的方式是，大量人口受到强大的选择动力的约束，这些动力限制了中性变化。 特别是，正向扫描（产生“遗传图稿”）和负向约束条件使基因组的大部分区域均质化。 由于以上文件均为开放存取 我建议您阅读。 他们发现选择似乎确实会在选择主义解决方案所暗示的方向上影响具有不同种群数量的物种（种群数量较大的物种应具有更多的多态性，但选择约束的差异更大）。
但是格雷厄姆·库普（Graham Coop）在bioRxiv上发布了说明， 连锁选择是否解释了物种间遗传多样性的狭窄范围？，这表明尽管 定性的结果与选择主义的叙述相吻合，如果选择对人口统计学变化所驱动的随机力起主导作用，那么影响的大小根本就不是人们所期望的。 那是因为 果蝇 今天的人口普查规模之大并不意味着它在整个历史过程中拥有庞大的人口普查规模，而且遗传多样性对时间范围内最小的人口规模具有强烈的敏感性（这是因为大多数多样性可以通过漂移力）。 上图显示了Coop使用其模型对上述论文中的结果进行了重新分析。 他建议，从数量上看，关联选择的影响似乎要适度得多。 从预印本：
要了解这两种解释对多样性水平的贡献，有助于区分基因组中的中性多态性的平均观测水平（π）和不存在连锁选择时的预期水平（π0）。 我们理想化的中性变异水平（其中π0≈4Neμ）反映了在没有关联选择的情况下种群的有效大小（Ne）（此处，Ne不能简单地从整个基因组范围内的中性多样性水平进行估算）。 为了说明这一点，请采用极端的情况，在这种极端的情况下，链接选择可以解释人口普查规模较大的物种变异中的几乎所有赤字，而种群规模的波动仅起较小作用。 在这些物种中，π应当比π0小几个数量级，Ne应当与人口普查大小大致相同的数量级。 相反，如果种群大小的波动解释了大部分赤字，那么所有物种的π都应接近π0，而对于种群数量较大的物种，Ne则要比人口普查种群大小低很多数量级。
合作社确实观察到变化的模式 中 基因组的形状可能会受到连锁选择的强烈影响，因此，对连锁选择的透彻了解对于生成捕获自然动力学的适当模型至关重要。 但最终，他似乎拒绝了“始终选择”的观点。 他的论点对我来说具有说服力，但我认为以上作者的工作将跟进原始论文。
原始纸张和对其做出回应的预印本都应仔细阅读。 我不认为这将是一场长达数十年的辩论。 是的，那里有许多组装不好的草图基因组，但是在未来十年中，我们将获得数据来对这些相互竞争的论点进行强有力的测试，以检验不同进化力在塑造变异中的作用。 至少在序列的规模上……。
选择论难道不意味着物种的形成应该在实验中很容易观察到吗？ 果蝇?
选择论难道不意味着物种的形成应该在果蝇实验中很容易观察到吗？
这不是选择主义的意义所在。 而且，据我所知，在学术界，大多数人不再像选择主义者或中立主义者那样说话。 你还停留在1980世纪XNUMX年代......
我可能没有正确理解这个论点，但在我看来
1) 随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
然而，是否存在可供选择的最佳种群规模？这可能会解决问题吗？
所以说
选择 > 弹出大小为 x 时的随机性
随机性 > 当 pop 大小为 10x 时的选择
反之亦然？
回复：@notanon
1) 随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
你正在为性而争论。 另外，您还提到了一些有关健身景观的争论。
回复：@绿野仙踪
1）随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
然而，是否存在可供选择的最佳种群规模？这可能会解决问题吗？
所以说
选择 > 弹出大小为 x 时的随机性
随机性 > 当 pop 大小为 10x 时的选择
回复：@Wizard of Oz、@Razib Khan
反之亦然？
很有可能——我不能说我真的考虑过这个问题
令人惊讶的是，如果突变与有效种群规模成正比，那么这就产生了有效种群规模对于机制的其余部分来说太小或太大的逻辑可能性——特别是如果该机制是为更小的种群开发的。
回复：@绿野仙踪向导，@绿野仙踪向导
反之亦然？
回复：@notanon
很有可能——我不能说我真的考虑过这个问题
令人震惊的是，如果突变与有效种群规模成正比，那么这就产生了有效种群规模对于机制的其余部分来说太小或太大的逻辑可能性——特别是如果该机制是为更小的种群开发的。
事实上，我看到了逻辑上的可能性，但无法以必要的专业知识对事实进行评论，而且我不明白拉齐布的答复，这对我来说太神秘了。
参见#8。 我用一根拇指打字来完成此操作，因此不会重复。
回复：@notanon
回复：@Razib Khan
选择论难道不意味着物种的形成应该在果蝇实验中很容易观察到吗？
这不是选择主义的意义所在。 而且，据我所知，在学术界，大多数人不再像选择主义者或中立主义者那样说话。 你还停留在 1980 世纪 XNUMX 年代……
1）随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
然而，是否存在可供选择的最佳种群规模？这可能会解决问题吗？
所以说
选择 > 弹出大小为 x 时的随机性
随机性 > 当 pop 大小为 10x 时的选择
回复：@Wizard of Oz、@Razib Khan
1) 随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
你正在为性而争论。 另外，您还提到了一些有关健身景观的争论。
拉齐布对我来说太神秘了。 我不会要求“傻瓜式”版本，但它会帮助我们这些人，我们这些人费了很大的劲去理解一些超出我们自己专业知识的技术，但在几周后就忘记了必要的细节。快速访问全面的词汇和概念词汇表的按钮。
当我回答notanon“反之亦然？”时我当然在质疑我认为他用他的公式说了什么
选择 > 弹出大小 X 时的随机性
随机性 > 弹出大小 10X 时的选择
我理解他的意思是，随机性的影响（顺便说一句，在这种情况下与遗传漂变相同吗？）在更大的人群中会更大 - 从某种意义上说，它可能是任何大规模基因型变化的最可能原因 - 但那你一直在说相反的话。 我是否误解了你们其中一个或两个？
很有可能——我不能说我真的考虑过这个问题
令人惊讶的是，如果突变与有效种群规模成正比，那么这就产生了有效种群规模对于机制的其余部分来说太小或太大的逻辑可能性——特别是如果该机制是为更小的种群开发的。
回复：@绿野仙踪向导，@绿野仙踪向导
事实上，我看到了逻辑上的可能性，但无法以必要的专业知识对事实进行评论，而且我不明白拉齐布的答复，这对我来说太神秘了。
1) 随机性会产生故障保护——如果选择效率太高，可能会导致死胡同
2）针对特定环境的最佳选择非常有意义，至少部分正确（imo）
你正在为性而争论。 另外，您还提到了一些有关健身景观的争论。
回复：@绿野仙踪
拉齐布对我来说太神秘了。 我不会要求“傻瓜式”版本，但它会帮助我们这些人，我们这些人费了很大的劲去理解一些超出我们自己专业知识的技术，但在几周后就忘记了必要的细节。快速访问全面的词汇和概念词汇表的按钮。
当我回答notanon“反之亦然？”时我当然在质疑我认为他用他的公式说了什么
选择 > 弹出大小 X 时的随机性
随机性 > 弹出大小 10X 时的选择
我理解他的意思是，随机性的影响（顺便说一句，在这种情况下与遗传漂变相同吗？）在更大的人群中会更大——从某种意义上说，这可能是任何大规模基因型变化的最可能原因——但那你一直在说相反的话。 我是否误解了你们其中一个或两个？
很有可能——我不能说我真的考虑过这个问题
令人惊讶的是，如果突变与有效种群规模成正比，那么这就产生了有效种群规模对于机制的其余部分来说太小或太大的逻辑可能性——特别是如果该机制是为更小的种群开发的。
回复：@绿野仙踪向导，@绿野仙踪向导
参见#8。 我用一根拇指打字来完成此操作，因此不会重复。
我想我只是在小报层面重述了这篇文章，作为消化它的一种方式。
我不认为存在分歧，一篇论文说 x，另一篇论文说 y，所以他们基本上在中间取消了，也就是之前的位置。有点像选择本身就是在平衡选择下——人口规模变得太大，进化说当你们一半人死于随机脑痘时回到我身边。
我在想的另一件事是，这可能意味着物种在处于最佳流行尺寸（无论是什么）时会进行很多选择。
不过，这些只是随机的想法——而不是争论。
参见#8。 我用一根拇指打字来完成此操作，因此不会重复。
回复：@notanon
我想我只是在小报层面重述了这篇文章，作为消化它的一种方式。
我不认为存在分歧，一篇论文说 x，另一篇论文说 y，所以他们基本上在中间取消了，也就是之前的位置。
有点像选择本身就是在平衡选择下——人口规模变得太大，进化说，当你们中有一半人死于随机脑痘时，请回到我身边。
我在想的另一件事是，这可能意味着物种在处于最佳流行尺寸（无论是什么）时会进行很多选择。
不过，这些只是随机的想法——而不是争论。