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根据一篇新论文 自然, 古代基因从早期现代人类流向东尼安德特人, 大约100,000年前，解剖学上现代人类的基础种群与尼安德特人东部的种群混合在一起。 上图来自本文，显示了（左侧）整个系统发生树上基因流的比例和方向，以及（右侧）各个组的差异发生日期和有效种群大小。 在 纽约时报 卡尔·齐默（Carl Zimmer）有一篇文章， 古代人类可能在尼安德特人身上留下了遗传标记 （另请参阅 自然, 在古代人类中杂交富矿的证据越来越多）。 读起来很有用，因为他报告说一些研究人员认为他们的结果有误，因此他们进行了复核，其他著名的研究人员则认为结果在很大程度上是可信的。 这并不意味着结果是正确的……尽管由此而来的团队有我所信任的人员来关注细节，并且结果在实现上并非令人难以置信 先验 理由。
这将我们引向何方？ 正如在Twitter上所观察到的那样，就人类的系统发育关系和人口历史而言，本文有一些奇怪的结果。 大约在100,000年前，为阿尔泰人做出了贡献的现代人类血统就已经做到了。 这是我们所知道的“走出非洲”事件之前的40,000至50,000年，这似乎导致了我们今天看到的非洲以外人类遗传变异的模式，除了古朴的混合物。 如本文所述，最近在中国等地发现了非常古老的“走出非洲”前的现代人类遗骸，而且一直存在 Skhul和Qafzeh原始人 在近东。 因此，这不一定是一个太大的问题。 但是，如果您仔细观察San之上的系统发育树，则与大约200,000万年前的其他现代血统不同，就在混合事件发生之前，但是阿尔泰尼安德特人的现代人类血统看上去 同等相关的o所有现代人类。 这似乎很奇怪，因为在这100,000年间，应该有重要的样本结构。 有多种方法可以“解决”这一问题……尽管其中一位作者说过，但各种群体和混合物的分歧日期相差如此之大有很多原因（例如，古老的混合物混入San可能会退缩）。他们与其他群体的分歧）。 我需要对此进行更多考虑，并阅读补充资料。 细节中的图片变得更加阴暗，而不是清晰……。
但是总体结果的确阐明并突出了我们在生成理解新结果的框架时可以做出的一些概括性推断。 梅特·梅斯帕卢（Maet Metspalu） 该小组将发表一篇有关萨胡尔族人口中“非非洲”之前的现代混合物含量低的论文（即，现代人的运动比规范的运动更早），我现在判断他们的结果是真正的积极比以前更高的程度。 这些阿尔泰尼安德特人可能没有贡献于现代人类尼安德特人的血统，因为现代人类中的尼安德特人血统与欧洲尼安德特人的血统更近（欧洲尼安德特人的血统不像阿尔泰人那样具有现代人类血统）。 跟随那个吗？
结果是这些结果将改变我们对古代人口结构本质的先前期望。 是的，这很复杂，但是有一种模式。 遗传模式表明基因组中存在针对渗入变体的选择，因此尼安德特人和现代人类表现出杂种分解。 鉴于没有这样的基因组证据表明欧亚血统混入了KhoeSan中（我已经问过，人们已经看到了），这表明我们知道，对于人种而言，杂种不相容性似乎在200,000至600,000年之间出现。 似乎由于人种动力学的缘故，种群的灭绝在人参中也很普遍。 尼安德特人在整个人类领土上的遗传相关性表明，他们受到这种动态的影响，在该群体是独特种群的600,000年中，发生了大规模的沿袭修剪事件。 对于现代人类，我们现在知道，由于灭绝事件的发生，第一批定居者并不一定总是在以后留下遗传影响。 有了这些事实，如果出现了“人类胜利”的“虚假曙光”，就不足为奇了。
这些结果的确确是在约50,000年前人类爆炸的一种特殊叙事的最后期满，这是由于独特的生物学变化将其自身级联成为一种文化爆炸，其中人为制造的人席卷了所有人。 理查德·克莱因（Richard Klein）在2002年出版的书中也许可以找到关于这一论点的最好例证， 人类文化的曙光。 他在书中提出，50,000年前存在一个单一突变，导致多效性级联，并允许出现完整的精心设计的语言，并迷惑了我们与行为现代性相关的功能。 这种模式是在“线粒体夏娃”的普及中被预示的，这暗示着 所有人类都是大约十万年前的一个居住在东非的很小部落的后裔。 （日期根据变异率估算值的变化而变化）
这就是我们现在所知道的改变了这一点。 第一的， 非洲境内的人口，特别是最南端的San，有分歧 早得多 比一百多年前 最新的基因组估计表明，分歧日期早于目前的约200,000年。 第二， 非洲以外人类的有效人口规模小得令人难以置信，这表明该国的人口从最初的很小的人口开始扩张，但是对于将其推广到非洲内部的群体，应该保持谨慎。 那就是 闪电战 现代人类扩展的扫描模型并不适用于 中 非洲，从考古学和基因组学方面都可以推断出，直到最近，在该大陆上仍存在着高度分化的人族血统。 而且，这些血统可能已经与现代人类混为一谈，就像他们在非洲以外的地区一样。
最后， 的出现 智人 至高无上似乎是一个过程，而不是出现的单个事件 从头 就像人类的天体中的超新星一样。 大同遗迹 在埃塞俄比亚，是解剖学上的现代人类。 引起Omo的人们大约生活在200,000万年前。 人类血统的脑性化逐渐增加，直到大约200,000年前，尼安德特人最为著名。 因此，某种形式的现代人类在非洲存在了150,000万年，而其他世系则在其他地方占主导地位。 尽管像中国这样的地方的遗迹表明，非洲人的分支确实已侵入了世界其他地区……但它们可能没有留下太多的遗传痕迹。 这可能是更新世期间气候变化引起的运动的一部分，也可能是马尔萨斯压力和人类之间因种间竞争而产生的自然迁移之一。 但是他们显然并没有征服所有人。 为什么？ 我们不知道而且我们不知道为什么情况在50,000年前有所不同。 作为零假设，可能会让人觉得它是随机的。 这种周期性的交易发生了，而且恰好发生了非洲血统在一次大规模的灭绝事件中被遗忘了的情况。 但是，当您考虑到这些现代人类在席卷其他群体之后又进入了Sahul和西伯利亚，然后最终进入了新世界时，这很难让人相信。 我们有些不同。 另外，现代人最终也吸收或消灭了非洲内部的其他血统。
一代人以前，许多人以为他们找到了答案。 那个男人出生于50,000年前的东非平原上，众神赐予了他整个世界。 只有他才有灵魂。 今天我们知道那是错误的。 我们只是不知道什么是对的。
附录： 我们需要开始考虑欧亚基因通过更新世流向非洲的情况。
这是一个巨大的惊喜，但另一方面它也很有意义，因为没有充分的理由说明为什么人类和尼安德特人在产生现代欧亚人的杂交事件之前很久就不会接触。
迷人。 如果我没看错的话，现代大洋洲人可能含有这种“基础 AMH”成分的微量元素，这些成分通过 两个干预人群 （首先是阿尔泰尼安德特人，然后是丹尼索瓦人）。
我知道几年前我读过一些博主，比如 Dienekes，他们似乎在暗示非洲较高水平的古老混合物可能是非洲人与非非洲人相比显得如此“基础”的唯一原因。 AMH 的真正来源甚至可能根本不是撒哈拉以南非洲，而是北非甚至近东。 然而，这似乎与位于非洲的线粒体和 Y-DNA 的最基础单倍群背道而驰。 当然，我们之前误解了单倍群（见 平安夜的七个女儿) 但除了 YAP Y-DNA 单倍群之外，我认为非非洲起源是非常难以置信的。 你怎么看？
迷人。 如果我没看错的话，现代大洋洲人可能拥有这种“基础 AMH”成分的微量元素，这些成分通过两个中间种群（首先是阿尔泰尼安德特人，然后是丹尼索瓦人）进入了他们的基因库。
嗯。 可能不是，但我不确定。 我显然没有给 mait metspalu 的海报拍照，但基本结果是它看起来他们的一些现代人类血统是所有其他非非洲人的基础，包括基础欧亚人。 所以第一波离开非洲的浪潮……著名的“南线”。 这被 sahul 中占主导地位的第二波浪潮所覆盖（相当势不可挡）。 我不认为他们说他们是通过丹尼索瓦人感染的，尽管第一波可能有更高的丹尼索瓦人百分比。 这项研究中的丹尼索瓦人似乎没有任何第一波血统。
我知道几年前我读过一些博主，比如 Dienekes，他们似乎在暗示非洲较高水平的古老混合物可能是非洲人与非非洲人相比显得如此“基础”的唯一原因。 AMH 的真正来源甚至可能根本不是撒哈拉以南非洲，而是北非甚至近东。 然而，这似乎与位于非洲的线粒体和 Y-DNA 的最基础单倍群背道而驰。 当然，我们之前误解了单倍群（参见夏娃的七个女儿），但除了 YAP Y-DNA 单倍群之外，我认为非非洲起源是非常难以置信的。 你怎么看？
是的，仍然持怀疑态度。 我认识的大多数拥有全基因组的人似乎也持怀疑态度。 非洲人的多样性非常高，我认为古老的混合物不能解释这一点。 可能是最初的欧亚人口取代了大多数非洲人，而这个欧亚人口被第二个经历了瓶颈的欧亚人口所取代……但这比大多数来自非洲的人口要少。
我知道几年前我读过一些博主，比如 Dienekes，他们似乎在暗示非洲较高水平的古老混合物可能是非洲人与非非洲人相比显得如此“基础”的唯一原因。 AMH 的真正来源甚至可能根本不是撒哈拉以南非洲，而是北非甚至近东。 然而，这似乎与位于非洲的线粒体和 Y-DNA 的最基础单倍群背道而驰。 当然，我们之前误解了单倍群（见 平安夜的七个女儿) 但除了 YAP Y-DNA 单倍群之外，我认为非非洲起源是非常难以置信的。 你怎么看？
回复：@Razib Khan
迷人。 如果我没看错的话，现代大洋洲人可能拥有这种“基础 AMH”成分的微量元素，这些成分通过两个中间种群（首先是阿尔泰尼安德特人，然后是丹尼索瓦人）进入了他们的基因库。
嗯。 可能不是，但我不确定。 我显然没有给 mait metspalu 的海报拍照，但基本结果是它看起来他们的一些现代人类血统是所有其他非非洲人的基础，包括基础欧亚人。 于是第一波离开非洲的浪潮出现了……著名的“南线”。 这被 sahul 中占主导地位的第二波浪潮所覆盖（相当势不可挡）。 我不认为他们说他们是通过丹尼索瓦人感染的，尽管第一波可能有更高的丹尼索瓦人百分比。 这项研究中的丹尼索瓦人似乎没有任何第一波血统。
我知道几年前我读过一些博主，比如 Dienekes，他们似乎在暗示非洲较高水平的古老混合物可能是非洲人与非非洲人相比显得如此“基础”的唯一原因。 AMH 的真正来源甚至可能根本不是撒哈拉以南非洲，而是北非甚至近东。 然而，这似乎与位于非洲的线粒体和 Y-DNA 的最基础单倍群背道而驰。 当然，我们之前误解了单倍群（参见夏娃的七个女儿），但除了 YAP Y-DNA 单倍群之外，我认为非非洲起源是非常难以置信的。 你怎么看？
是的，仍然持怀疑态度。 我认识的大多数拥有全基因组的人似乎也持怀疑态度。 非洲人的多样性非常高，我认为古老的混合物不能解释这一点。 可能是最初的欧亚人口取代了大多数非洲人，而这个欧亚人口被第二个经历了瓶颈的欧亚人口所取代……但这比大多数来自非洲的人口要少。
所以我读了这篇论文，它让我想知道一些事情。 因为阿尔泰尼安德特人的基因组质量最好，难道它不是用作确定非大洋洲欧亚人中尼安德特人混合的“官方”百分比的主要参考吗？
如果我没记错的话，他们首先过滤大多数非洲人具有祖先等位基因但尼安德特人是衍生的位点，然后查看欧亚人中的等位基因。
但是，如果那个特定的尼安德特人有超过 2% 的非洲样混合物，那么现代欧亚人中的尼安德特人数量就会被掩盖。 这也会使西部尼安德特人看起来与欧亚混血种群的关系更为密切，仅仅是因为他们不像阿尔泰尼安德特人那样像非洲人。
我在论文中找不到任何地方讨论根据这些新知识重新计算百分比。
是vindija。 http://science.sciencemag.org/content/328/5979/710.long 但后续论文使用了阿尔泰 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4072735/
回复：@Rick
如果我没记错的话，他们首先过滤大多数非洲人具有祖先等位基因但尼安德特人是衍生的位点，然后查看欧亚人中的等位基因。
但是，如果那个特定的尼安德特人有超过 2% 的非洲样混合物，那么现代欧亚人中的尼安德特人数量就会被掩盖。 这也会使西部尼安德特人看起来与欧亚混血种群的关系更为密切，仅仅是因为他们不像阿尔泰尼安德特人那样像非洲人。
我在论文中找不到任何地方讨论根据这些新知识重新计算百分比。
回复：@Razib Khan
是vindija。 http://science.sciencemag.org/content/328/5979/710.long 但后续论文使用了阿尔泰 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4072735/
最初的论文估计高达 4%，但后来使用 Altai 序列的论文将其细化为 ~2.3%。 因此，这仍然与来自阿尔泰标本中类似非洲的混合物的较低估计一致。
是vindija。 http://science.sciencemag.org/content/328/5979/710.long 但后续论文使用了阿尔泰 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4072735/
回复：@Rick
最初的论文估计高达 4%，但后来使用 Altai 序列的论文将其细化为 ~2.3%。 因此，这仍然与来自阿尔泰标本中类似非洲的混合物的较低估计一致。
我最近看到一位进化生物学家的采访，他说马鹿洞人在14,000年前与现代人一起生活在中国西南部，所以可能有一些杂交。 他们是否能得到任何 DNA 与现代 DNA 进行比较还有待观察。 中国人认为自己起源于中国，所以如果他们有马鹿洞人的 DNA，也许这会被证明是真的。
这位生物学家还说，由于美拉尼西亚人与丹尼索瓦人有 4-6% 的 DNA 相同，因此丹尼索瓦人很可能起源于大洋洲而不是西伯利亚。
那么，多区域理论是否正在取得进展，或者像往常一样，第三种理论是否正在出现，从非洲和多区域主义的角度来看？
即使 Red Dear Cave 基因渗入到中国人中，其数量级也仅为其祖先的 1% 或更少。 这与起源于中国的中国人的想象完全不同。
传统意义上的多区域理论并未取得进展。 走出非洲与 几乎 完全替代，与完全替代的走出非洲相反，可能是对现代理论的最好描述。
如果向尼安德特人的渗入是真实的，那么应该存在与时间和地点相关的混合程度。 或许。
Razib，“多效级联”是现有术语还是您编造的？ 当我用谷歌搜索时，没有任何回报。 我认为这意味着在这种情况下，“一个基因发生变化，然后与其他基因相互作用，导致许多其他事情发生变化。”
我昨天读了一些关于这个新发现的新闻文章。 如图所示，人类基因混合/基因渗入可能是相互的和多向的。 我预测，随着越来越多的证据和发现，未来可能会出现更复杂的模式。
在南非发现纳勒迪人时，许多科学家认为人类的进化就像冰川一样，有无数的分支和 合并 或类似鱼网的过程（而不是像有许多死胡同的结构的树）。
我想知道是否有可能从乌兹别克斯坦 Obi-Rakhmat Grotto 的尼安德特人-AMH 遗骸中提取 DNA？
谢谢你这么直截了当地说明这一点。 十年前，当我进入这个领域时，无神论者自我想到当时占主导地位的“走出非洲 - 完全替代”范式与创世纪创造神话有着令人不安的相似之处。 然而，我接触过的那些自称“世俗”的科学家强烈否认有任何此类关系，而基因证据似乎支持他们。 令人惊讶的是，文化神话是如此根深蒂固，甚至在声称不相信它们的人中间也是如此。
这位生物学家还说，由于美拉尼西亚人与丹尼索瓦人有 4-6% 的 DNA 相同，因此丹尼索瓦人很可能起源于大洋洲而不是西伯利亚。
那么，多区域理论是否正在取得进展，或者像往常一样，第三种理论是否正在出现，从非洲和多区域主义的角度来看？
回复：@ohwilleke
即使 Red Dear Cave 基因渗入到中国人中，其数量级也仅为其祖先的 1% 或更少。 这与起源于中国的中国人的想象完全不同。
传统意义上的多区域理论并未取得进展。 走出非洲与 几乎 完全替代，与完全替代的走出非洲相反，可能是对现代理论的最好描述。
“……考古学和基因组学的推论都表明，直到最近，该大陆上高度分化的人类谱系一直存在……”
也许也在亚洲（部分地区）。
“中国西南地区更新世晚期具有古代亲缘关系的人科股骨”
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0143332
我认为文化正变得越来越强大，不是吗？ 看看自旧石器时代晚期以来，相对密切相关的现代人类种群之间的人口更替——如果文化上的微小差异可以完全边缘化我们自己物种的成员，那么其他亚种有什么机会留下更大的遗传遗产，特别是他们的混合不兼容问题？
这不取决于 1% 的重要性/独特性吗？
这些结果确实证明了大约 50,000 年前人类爆炸的特定叙述最终到期，原因是奇异的生物变化将自身级联成文化爆炸
. . . 以及乔姆斯基语言学范式的最终失效，当然，这不会阻止它成为未来五十年美国语言学教育的标准范式。
语言具有独立于意义的结构，但生成语法的全部要点在于理解其结构应该告诉我们一些关于普遍人类心理的信息，前提是假设单个基因突变引起了所述心理。 我不确定乔姆斯基是否直接说过这个，但他总是暗示他的理论是这种突变发生在一些短暂而准时的“人类爆炸”中。
但是，如果人类的出现与其说是一声巨响，不如说是一声漫长而缓慢的呜咽？ 普遍语法的基石假设在哪里？
在我看来，放弃这个假设会使普遍结构的研究更加有趣。