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来自HGDP的rs17822931的分布

来自HGDP的rs17822931的分布

吉浦(Koshi-ichiro)等人。 “ ABCC11基因中的一个SNP是人类耳垢类型的决定因素。” 自然遗传学38.3(2006):324-330。

吉浦(Koshi-ichiro)等人。 “ ABCC11基因中的SNP是人类耳垢类型的决定因素。” 自然遗传学38.3(2006):324-330。

我有 讨论过 rs17822931 in ABCC11 几次。 原因是多方面的。 首先,在许多感兴趣的特征上,它以简单的孟德尔(隐性表达)方式在人群中表现出差异。 其次,分布存在暗示性变化。 第三,这些特征在没有生物医学的情况下还是很有趣的。 换句话说,这是一个很酷的例子 多效性 人类的遗传变异不会让你沮丧。 如果您签出 SNPedia页面 您会注意到它与耳垢类型(湿与干),体味和 初乳 分泌。 这还不是完整的清单,我有一定的信心,生物学家并未对影响其变异的所有主要表型进行研究。

直到最近,我才真正对这种性状的种群遗传学感兴趣。 但是与一些分子生物学家的朋友交谈后,我意识到我应该跟进并深入研究,我发现这很有趣。 具体地说,因为它与体味有关,无论是否喜欢,它都是现代世界中重要的表型。 特质正好在我的家人中分离。 我儿子是TT基因型,因为他的父母是杂合子。 这意味着他成年后会表现出较少的体味。 少多少?

In 皮肤科学杂志 我发现 SNP在SNP中的功能表征 ABCC11 等位基因—对腋窝皮肤新陈代谢,气味产生和相关行为的影响。 显然,这不是我经常阅读的期刊,但是其中一些表格令人着迷。 受试者是几百名菲律宾人。 这是一个感兴趣的等位基因以中等频率分离的种群。 因此,有许多人有干耳垢和湿耳垢,以及所有相关的特征。

这是我提取的一些表格*:

平均恶臭评分
5小时 24小时
TT 2.59 2.6
CT 3.26 3.4
CC 3.21 3.5
基因型
TT CT CC
使用除臭剂 0.5 0.86 0.97
不使用 0.5 0.14 0.03

我不知道主观的恶臭量表是如何工作的,但是道德很简单。 那些具有TT基因型的人饱和度要低得多。 这体现在日常行为中。 日本有大量的数据表明,去看医生的人身上的异味问题很有可能是湿润的耳垢。 来自菲律宾的数据表明,具有基因型TT的个体必须充分意识到自己的体臭,才能放弃购买除臭剂,尽管我认为这在美国受菲律宾影响的文化中是很规范的。

1-s2.0-S0923181113003058-gr1但对我而言,最有趣的是不同基因型汗液的化学差异。 他们指出, Nα-3-甲基-3-羟基己酰基谷氨酰胺(HMHA-Gln), Nα基因型之间是-3-甲基-2-己基-谷氨酰胺(3M2H-Gln)和3-甲基-3-硫烷基-己醇-半胱氨酸-甘氨酸。 除了这些化学物质是“恶臭共轭物前体”之外,我对这些化学物质了解不多。 不足为奇的是,个体微生物菌群随基因型的变化而不同。

已经尝试了解 选择 可能影响了该特征区域变异分布的过程,但我并不完全相信所见即所得。 尤其是当作者认为耳垢表型在某种程度上是因果关系时(或者至少可以使因果关系得到见解,如果这是有道理的),那么它可能只是一种发展的副作用。 需要考虑的是,某些模型假定该特征为隐性表达,这对于体味和耳垢是正确的。 但是我们不知道 if 选择发生在这些特征上。 由于多效性性状,给定基因的变异所导致的优势可能表现出不同的优势水平,从完全优势到加性再到隐性表达。 选择的目标可能显示出与许多副作用表型不同的优势系数(为您提供一个具体的例子,欧洲人对蓝眼睛和非蓝眼睛颜色负责的位点表现出一定的隐性,但它也对变异有影响。在皮肤上添加的颜色)。

A 使用HGDP数据集的2009年论文 找到了选择的证据 ABCC11 使用XP-EHH,但不使用iHS。 换句话说,跨种群而不是种群内部的单倍型差异扩大,这通常意味着种群之间的固定距离很近,而不是种群内部正在进行的种群固定。 为了更好地了解等位基因的分布,我决定查询SNP中的SNP。 1000个基因组浏览器。 我邀请您自己查看数据。 在这些人群中,有些人群的样本量开始变得相当大。 有趣的是,在西非人口中,祖先变体几乎是固定的,或者完全是固定的。 由于最近(近10,000年)的欧亚混合物,可以很容易地假设情况并非如此。 在欧洲,衍生变体的频率很低,大约为10%,但是在芬兰样本中,它的峰值为〜25%。 这与HGDP数据集中的模式保持一致。 非洲人的祖先变体C通常是固定的,而欧洲人的衍生变体T的发生频率较低,从西南到东北则呈上升趋势(即俄国人的高峰,撒丁岛人的比例最低)。 但是,尽管北非的莫扎比人没有,但HGDP数据集中的中东样本也具有欧洲的T比例。 HGDP中的南亚样本具有比欧洲人更高的衍生变异水平,介于该群体和东亚之间。 但是1000个基因组的数据会导致图的变厚(而且,样本量很大!)。 孟加拉国的人口比例甚至甚至超过了巴基斯坦的人口比例。 基因型计数如下:12 CC,54 CT,TT。 当我看到这一点时,我以为是东亚混合物,约为10%至20%,这可能是相对于巴基斯坦群体而言T富集的原因。 但这是不正确的。 以下是印度电传的计数:20 CC,49 CT和33 TT。 斯里兰卡泰米尔人号:23 CC,49 CT和30 TT。 关于衍生变体的许多假设涉及对东北亚寒冷气候的适应。 在东北亚,情况可能仍然如此, 但您在这里看到的是NW到SE的祖先系到 ABCC11 在南亚。 除HGDP数据外,旁遮普和古吉拉特人的祖先变种比例较高,**。

来自1000个基因组的东亚样品的结果也很有启发性。 Dai族(在文化上与the族有关)在T族中的抽样频率约为200%,北京的汉族为56%,华南的汉族为97%,日本为Japanese族。 86%,而来自该国南部地区的越南人占88%。 首先,我的直觉是 对于隐性性状选择的等位基因来说,这似乎是一个奇怪的模式。 相反,选择显性特征的可能性更大,在该显性特征中,由于隐性状态的隐性表达,平衡频率保持在100%以下。 第二,对于Dai族来说,祖先的比例似乎很高。 这个特殊的人口是从中国南部的湄公河地区取样的,在中国您可以到达的最南端。 这种与纬度相关的跃迁对于解释为什么经常出现这种变化与气候有关的论点有很长的路要走(日本也有南北向跃迁)。

这使我们在哪里? 老实说,我认为我们无法围绕这种变化对选择的性质做出一般性结论。 在我看来,它在非洲受到功能限制。 非洲人口具有衍生的变体,但是可以通过最近的欧亚混合来解释(例如,LWK样本是肯尼亚努比亚人与具有欧亚血统的尼罗河人混血的样本。冈比亚或塞内加尔有关欧亚混合Fula)。 但是,一旦您离开非洲,似乎就消除了限制,而且许多人口的派生频率很低 非同义的 突变。 这 2006纸 侧重于感兴趣的SNP的样本是大洋洲样本,并且派生的变体分数太高,无法简单地与南洋杉混和。 可能是在非洲以外平衡选择的某种形式吗? 谁知道。 在某些地区,它可能是中性的,在另一些地区则是积极选择,在一些地区是平衡的,在非洲则受到限制。

但是,尽管该基因座具有进化上的谜团,但表型之间的相关性仍在不断增强。 由于其孟德尔特征,它是一个经典的遗传学插图。 在形态方面,我应该强调,与体臭有关的信息可能与 顶泌腺,位于腋窝和生殖器中,也是乳腺分泌物的前体。 理解了这些途径以及它们如何影响发展的人可能会说得更多。 我确信在某个时候,我们将能够回答有关该基因座及其与人类生物学变异的关系的重大进化问题,但这可能需要对其表型后果进行更好的分类。

附录: 如果您拥有23andMe帐户,则以下链接将显示您的基因型(以及您帐户中的其他任何人): https://www.23andme.com/you/explorer/snp/?snp_name=Rs17822931 (提前登录)。

*我将链条翻转,因此将T转换为A,将G转换为C。

**公平地说,泰米尔人在早期的研究中有一些证据,但是在1000个高基因组的南印度人口中,有两个样本数量很高。

 
吉浦(Koshi-ichiro)等人。 “ ABCC11基因中的一个SNP是人类耳垢类型的决定因素。” 自然遗传学38.3(2006):324-330。

吉浦(Koshi-ichiro)等人。 “ ABCC11基因中的SNP是人类耳垢类型的决定因素。” 自然遗传学38.3(2006):324-330。

当我上大学时,一个韩裔美国朋友向我吐露,他的室友出了问题。 他在垃圾箱中看到一个q尖,它的末尾使他震惊。 我朋友描述的是湿润的耳垢(如果您想看的话,可以自己在Google上搜索)。 因为这是他第一次与非韩国人住在一起,所以他以为每个人的耳垢都像他自己一样是干的。 上方和左侧的图显示了与该性状具有极强相关性的等位基因频率。 在韩国,干耳垢的频率接近100%。 由于干耳蜡的表达方式是隐性的,因此您需要两个拷贝的等位基因,因此在祖先变体以欣赏频率存在的任何人群中,您都将具有该特征的湿变体。

这就是为什么一个日本小组在2006年发表了这方面的研究的原因, 中的一个SNP ABCC11 基因是人类耳垢类型的决定因素。 大部分日本人碰巧都湿了耳垢。 事实证明,湿润的耳垢还有其他一些有趣的关联。

体味

Nakano,Motoi等。 “腋臭症与湿耳垢类型有很强的联系,通过ABCC11基因的基因分型来确定。” BMC Genetics 10.1(2009):42。

腋臭是科学的体味。 这些结果表明,具有祖先等位基因的人之间有很强的联系,这会导致耳垢湿润,并产生强烈的体味。 显然,这是一个“可以使用的新闻”的结果,因此看到本文并不奇怪: 除臭剂用量对 ABCC11 基因型:个人卫生中个体遗传学的范围:

耳垢类型和腋臭由rs17822931(位于ABCC11基因中的单核苷酸多态性(SNP))遗传确定。 尽管腋臭也是孟德尔的,但文献一直关注孟德尔的耳垢特征。 rs17822931中存在种族多样性,东亚地区等位基因A的频率较高。 尚未研究对除臭剂使用的影响。 在这项工作中,我们对rs17822931对大量(N〜17,000个人)人群除臭剂使用的影响进行了详细分析(雅芳父母和孩子纵向研究(ALSPAC))。 我们发现有力的证据(P = 3.7×10-20)表明根据rs17822931基因型的不同除臭剂用量。 在从不使用除臭剂或不经常使用除臭剂的类别中,AA纯合子几乎高出5倍。 但是,欧洲有77.8%的欧洲人基因型无气味的白人仍使用除臭剂,而有4.7%的欧洲人基因型无气味的人士仍未使用除臭剂。 我们提供了与rs17822931相关的行为影响的证据。 如果使用气溶胶除臭剂,则这种作用具有生物学基础,可导致家庭环境的变化。 这也表明潜在的成本节约可节省气味,并减少个人卫生选择中个性化遗传基因的使用范围,从而减少某些化学品的不适当暴露。

我不想进入生物学这个太多的细节。 只需说SNP在 ABCC11 有很多影响。 似乎在某个时刻可能发生了选择事件以提高其频率。 我对一个事实感到好奇,即在欧洲人口中,等位基因是最不常见的,是撒丁岛人中的一个。 如果是选择,我很确定不知道目标表型。 减少体味可能只是一个不错的副作用。 最终,尽管这是个人的。 如果您读过NPR的愚蠢文章 密码开关 博客,您将看到 研究表明您的种族决定了您的耳垢气味。 实际上,显然没有。 就基因而言,该基因在种群之间具有很高的差异,但是湿表型和干表型在许多家庭中分离,并且在许多种群中以明显的频率被发现。 这两个等位基因都在我自己的直系亲属中发现。 我的妻子和我自己都携带两个等位基因。 我们是杂合子。 我的女儿是祖先变体的纯合子。 我即将出生的儿子是衍生变异体的纯合子。 也许我们会节省购买除臭剂的费用?

 
• 类别: 种族/民族, 科学 •标签: ABCC11, 体味, 耳垢, 人类遗传学 

耳当我上大学时,有时我会与宿舍里的家伙们进行深夜的交谈,而且讨论会朝着非常奇怪的方向随机进行。 在其中一个准沙龙中,一位来自韩国的父母的朋友对湿耳垢的想法表示惊讶和厌恶。 事实证明,他没有意识到世界上大多数人都湿,黏, 耳垢。 在阅读过程中,我偶然发现了这个数据,不得不向大多数讨论者解释,东亚人一般都有干耳垢,而同时又使我的韩裔美国朋友相信湿耳垢并非完全不正常。 耳垢不是我们在礼节性交谈中探索的东西,因此,大多数人会不知道该表型存在种群间差异这一事实,这是有道理的。

但这还不止于此。 在过去的五年中,耳垢的遗传学已经 如何 由于它的变化性以及它可以告诉我们有关非洲以外事件以来人类的历史和进化的信息,因此重新成为人们关注的焦点。 不仅如此,似乎耳垢的变化还有其他 表型的 相关因素。 周围及其附近的SNP ABCC11 特别是东亚人表现出与其他世界人口不同的迹象。 在东亚,围绕该基因座几乎固定的变体在频率上与非洲的变体几乎不相交。 这是等位基因的频率 rs17822931 on ABCC11阿尔弗雷德:
abcc11A


研究博客网站 干耳垢表型的表达取决于AA基因型,它具有隐性表达。 因此,在等位基因频率为A〜0.50的人群中,干耳垢表型的频率为〜0.25。 在A等位基因频率为〜0.20的人群中,干耳垢表型的频率为〜0.04。 在欧洲人后裔中,干耳垢表型的比例低于〜5%。 由于隐性表达,虽然日语和汉语中的少数人应该表现出湿润的耳垢,但有趣的是,ALFRED数据库表明,韩国人固定了A等位基因。 相反,在非洲,G等位基因似乎是固定的。

所以问题是:为什么? 一份新的论文 分子生物学与进化 有人认为,自人类离开非洲大约100,000年前以来,等位基因频率差异是正向选择的函数。 自然选择对一个人的影响 ABCC11 SNP确定耳垢类型:

非同义单核苷酸多态性(SNP),rs17822931-G / A(538G> A; Gly180Arg) ABCC11 该基因决定人类耳垢的类型(即湿润或干燥),并且是东亚和非洲人群之间最有区别的非同义SNP之一。 最近对全基因组进行阳性选择的扫描显示,一个基因组区域跨越 ABCC11, 朗普2新加坡航空1 东亚人已经对这些基因进行了选择性扫描。 考虑到潜在的功能重要性以及位于该区域的SNP的种群分化,rs17822931是经过地理限制的正向选择的最合理的候选多态性。 在这项研究中,我们通过分析非洲(HapMap-YRI)和东亚(HapMap-JPT和HapMap-CHB)人群中位于rs17822931侧翼的两个微卫星基因座,估算了东亚人rs17822931-A的选择强度或选择系数。 假设采用隐性选择模型,基于聚结的模拟方法表明,rs17822931-A的选择系数在东亚人群中约为0.01。,以及使用伪采样变量进行的模拟实验显示,rs17822931-A的突变发生在2006年以前(95%可信区间,介于1023到3901代之间)。 此外,我们显示,绝对纬度与rs17822931-A在亚洲,美洲原住民和欧洲人口中的等位基因频率显着相关,这暗示rs17822931-A的选择性优势与对寒冷气候的适应性有关。 我们的结果提供了一个惊人的例子,说明本地适应如何在人类特征的多样化中发挥重要作用。

周围地区 ABCC11 随着对自然模式检验的预测,自然选择测试的出现正在受到审查。 连锁不平衡 (LD)。 LD基本上是在测量基因组中遗传变异与预期偏离的关联。 一种 选择性扫描 倾向于在自然选择的目标周围产生大量LD,因为当相关等位基因频率增加时,其邻居也会 搭便车 沿着。 搭便车的过程意味着,在一个种群中,您可能会看到基因组区域,这些区域显示出相关的长序列。 单核苷酸多态性 (SNP),单倍型。 最初的选择性事件可能会产生一个非常长的均质块,随着时间的推移,该变异会通过重组和突变而破裂,因为变异会被注入到基因组中。 LD的范围和衰减可以帮助我们评估选择事件的时间和强度。

但是LD可以通过自然选择以外的其他过程出现。 例如,想象一下,非洲人和欧洲人的人口在给定的一代中混合在一起。 平均而言,欧洲人和非洲人的基因组成不同,因此,由于重组只会缓慢地打破欧洲人和非洲人祖先的基因组区域之间的物理联系,因此第一代人的LD会比预期的多。 LD的衰减则可以使人感觉到 混合后的时间 以及选择。 不仅如此,随机的人口事件和过程也很重要,并且可能推动LD的出现。 考虑一个瓶颈,其中单基因型的频率仅由随机遗传漂移驱动。 这些替代方案的详细信息在2009年的论文中进行了探讨 地理在人类适应中的作用.

所有这些都是以下事实的序言: 周围有很多LD ABCC11。 以下是HapMap群体的可视化效果:

abcc11B

abc11从左到右,您会看到中国和日本人,犹他州白人和尼日利亚的约鲁巴人。 的绝对值 D' 〜0表示存在连锁平衡; 在整个基因组中没有等位基因非典型过度相关的默认或无效状态。 这里的轴是周围的SNP的成对组合 ABCC11,重点关注rs17822931,这是一个非同义的SNP,似乎是耳垢和其他表型差异的可能功能来源。 就LD等级排序而言,结果并不令人惊讶,在整个基因组中,东亚人的LD往往比欧洲人多,而欧洲人的LD比约鲁巴人多。 部分原因可能是人口历史的函数,非洲以外的连续瓶颈模型将假定,漂移和其他随机作用力将对东亚人的基因组产生比欧洲人更强的影响。 但这似乎不可能是这里的全部。 注意新大陆以及大洋洲等位基因频率的变化。 一些美洲印第安人种群在rs17822931上祖先G等位基因的频率似乎更高。 上图更容易理解,Y轴显示给定位置的杂合程度。 GA是杂合的,GG是纯合的。 非洲人往往比非非洲人表现出更多的杂合性,但请注意,在17822931年rsXNUMX附近,东亚样本的杂合性急剧下降。 ABCC11。 请记住,在二元模型中,随机交配群体的杂合度往往不会超过0.50(尽管在选择性育种中,F0.50代的杂合度可能会超过1)。

本文的主要发现超出了以前的了解,似乎是:a)一个东亚人如何在rs17822931处以高频率的AA基因型到达的明确模型,以及b)气候与A频率之间的相关性我会稍等一下,但第一点呢? 利用两种变化的性质 微卫星 在东亚人感兴趣的SNP的侧面,并采用隐性选择模型,作者认为A等位基因的频率开始升高,距今约50,000年前,并且选择系数为每代〜1%。 对于选择参数而言,这是一个重要的值,并且鉴于该时期前后将非非洲人分为西部和东部群体而定的时机是可能的。

但老实说,我对此表示怀疑。 置信区间不会激发信心,据我所知,对于隐性性状的选择应该表现出较少的连锁不平衡。 在低频情况下,自然选择对等位基因的影响很小,因为它在杂合子中主要被“掩盖”,因此在很长一段时间内其比例才开始更快地上升。 在这段时间内,重组将有时间在SNP周围切成单倍型,从而缩短了统计上相关的单倍型模块的长度。 而且,作者们自己似乎并不相信耳垢的表型本身就是选择的目标,因此从我的立场来看,耳垢的隐性表达模式应该不那么重要。

abcc11d围绕着基因的想法 ABCC11 可能与适应寒冷有关,这是暗示性的,但人类人类学家认为,几乎每个东亚的显着特征都与寒冷有关。 您会发现,广东人居住在冰屋中,经历了各种各样的适应严酷条件的适应活动。 现实情况是,今天的中国,韩国和日本大部分地区都是亚热带的。 无论如何,最后一个图显示了多个谱系之间的相关性。 早些时候,他们发现,通过比较人类与其他灵长类动物在该区域周围的变异,非洲人似乎需要进行纯化选择。 这意味着存在约束,以使中性力不会改变功能上重要区域的频率。 众所周知,非洲人平均比非非洲人更具多样性,这可能是因为后者是前者的样本,但在少数基因上却是相反的。 这很可能是由于人类离开祖先非洲环境后功能约束的放松。 这对于rs17822931显然是正确的; 大多数非非洲人口都表现出一定的杂合性。 在这里,东亚人的等位基因频率几乎固定,这是个例外,而不是常规。 最后一个图中的回归线在统计上都是显着的。 有趣的是,欧洲人和美洲原住民中,得出的A等位基因的纬度和频率之间有特别强的相关性。 相反,亚洲人口之间的关系较弱。 亚洲ALFRED样本之间的纬度差异只能解释等位基因频率差异的17%。

但是,我们不应该仅凭此证据就允许假说上升或下降。 毕竟,在过去的10,000人中,可能有大量的人口流动。 也许 特别 在东亚,汉族南部的扩张可能触发了泰国和越南人民从华南地区迁移到东南亚大陆。 适应的最佳证据将出现在混合人群中。 推测那些高纬度地区的人比低纬度地区的人具有更高的AA基因型频率。 与其将种群分为三个粗略类别,不如使用从STRUCTURE或ADMIXTURE派生的祖先量子作为自变量的更复杂的处理方法,将很有用。 记住,适应应该显示出祖先与表型脱钩的证据。

最后,我必须指向讨论的这一部分:

rs17822931-A的选择优势的原因是什么? 尽管人们对耳垢的生理功能了解甚少(Matsunaga 1962),但是干耳垢本身不太可能提供实质性的优势。 rs17822931-GG和GA基因型(湿耳垢)也 与腋臭渗透密切相关,表明ABCC11蛋白在腋生顶泌腺中具有排泄功能(Nakano等,2009)……,

我真的不知道这意味着什么。 所以我查了一下。 这是我发现的 腋臭与湿耳垢类型有很强的联系,通过对它们的基因分型来确定 ABCC11 基因:

人体中的分泌腺和/或内分泌腺会引起异味,尤其是来自腋生和耻骨顶腺的异味。 与其他哺乳动物一样,气味可能对异性有类似费洛蒙的作用。 尽管气味不会影响健康,但腋臭(AO)是一种状况,无论其强度如何,个人对其腋臭感到不舒服,并且可以去医院就诊。 可以根据需要进行去除腋窝的手术。 AO可能是一种寡聚性状,其中rs17822931占了大多数表型变异,而其他未知的功能性变异则占了其余部分。 然而,尚未开发出明确的诊断标准或客观的测量方法来表征气味,并且个人是否患有AO主要取决于他们的评估和/或检查者的判断。 人体气味可能是由于皮肤细菌将前体分解为刺激性气味而引起的。

也许该论文的标题应该是“为什么野蛮人闻起来不好”? 无论如何,关于韩国遗传学的书名的想法是:“最不臭的种族。” *

引文: Ohashi J,Naka I和Tsuchiya N(2010)。 自然选择对确定耳垢类型的ABCC11 SNP的影响。 分子生物学与进化PMID: 20937735

*我指的是 最干净的比赛.

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”