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51qciM4cBhL._SX258_BO1,204,203,200_*单词后的过去*

如果科学很难,历史就很难。 更难 因为目标是 理解 像我们想象中的逝世幽灵一样消失的时代发生了什么。 但是我们必须谨慎。 我们是一个伟大的讲故事的物种,被叙事所吸引。 即使是通常包装在古朴而坚不可摧的散文中,这种以经验为依据的严谨分析也是现代学术的标志,是一种特殊而独特的事物。 过于夸张地说,历史是在……的工作的基础上完全形成的。 修昔底德 (或 司马迁)。 实际上,尽管修昔底德尽管有明显的观点和偏见,但仍以历史客观性为借口,这为那些提出过去 is 小说(以这种方式 希罗多德 可能实际上更诚实了)。 描绘一个能激发民族自豪感或奉承我们当代自我形象的神话般的诱惑总是很诱人的。 事实上,现代民族国家 在科技时代,关于近代历史的本质,人们进行了激烈的辩论,当时那些时代的人们仍在这里作见证,这是在说明摆在我们面前的任务的艰巨性。 遇到的问题必须用更少的资源来回答。

许多历史我们只能隐约看到 机会偶然性通过偶然性和我们祖先的异想天开而闻名。 在西方,揭示古代的文件是通过有限传播的隧道传给我们的,这是在公元1000年之前的最后几个世纪中文本复制的一个狂热时期。 加洛林人是, 拜占庭,并 阿巴斯 所有人都参与了资本密集型项目的赞助,该项目采用古代文字并为后代复制。 我们今天拥有的绝大多数古代作品都可以追溯到这一时期[1]。 赞助这些项目的精英人士的偏见和担忧对于确定原始资料的性质至关重要,而原始资料的性质为我们理解今天我们认为理所当然的更深层次奠定了基础。 我们知道复制的很少,因为现存的材料大量引用了古代世界中有关各种主题的大量作品(甚至我们所拥有的许多作品只是其中的一部分) 多方面的努力,例如Livy)。

手足情谊但是,如何超越文本所能告诉我们的,并从历史过渡到史前史呢? 在这里,事情变得不透明,并以文本的性质(或缺乏文本)为条件。 当您观察到人类历史上很早的时候,我们对个体演员和日常生活的了解实际上比后来的时代要大,这很清楚。 回归 文明的变化 技术 减轻了保存文本的风险[2]。 迈锡尼人和古典希腊人之间的希腊“黑暗时代”纯粹是考古学的范围(甚至在迈锡尼时代,大多数线性B都是官僚性质的;我不知道像我们这样的叙事文学 埃及 or 巴比伦)。 对于古典希腊人来说,破裂的创伤非常大,以至于他们迈锡尼时代的过去成为了传奇人物。 青铜时代军阀的堡垒被视为“独眼巨人”的作品,就好像只有巨人才能创造出它们一样。 同样,在英国,从中央罗马统治结束到盎格鲁-撒克逊人的基督教化之间的时期,大约两个世纪,由于书面记录的匮乏,人们只能淡淡地察觉(这也解释了为什么这个时期经常被用作背景)为了 历史幻想).

9780192807281_p0_v1_s260x420 然而,当文本保持沉默时,仍然有实质性的遗存。 他们的收集和分析是考古学的一门历史学科。 我们所了解的历史以文字处理,因此将其焦点限制在我们拥有文字的时期,这本身就是历史的巧合。 理想情况下,传统历史和考古学应该协调一致,并且至关重要的是, 言语有一种欺骗和误导的方式。 最明显的是,当我们仅听取可以通过语言说话的人的观点时,我们对过去的理解存在很大的确定性偏见,因为他们识字或可以接触识字的专业人员只是更广泛的人类经验的一小部分。 考古学很少有这种偏见,因为所有阶级都没有物质证据(尽管如果人们希望用文字表达罗马平民的更广泛的横截面, 金驴子 是一个不错的起点)。 读者知道,对我来说,这是一个很好的例证,这是本书中的扩展论点 罗马的沦陷,这提供了重要的证据来支持 统一的罗马国家在5世纪的衰落与衰落恰逢我们所谓的文明的真正退化。 单纯地看文本材料的修正主义者长期以来一直认为古典观点具有误导性,并且为了减少对其实质的争论,认为古典文明已经发展和转化,将其能量引导到了不同的活动中(例如,基督教神学作为一种宗教而兴起)。古典文科的后继者,请参阅彼得·布朗(Peter Brown) 西方基督教世界的兴起). 但是,剩下的材料告诉我们,尽管人们可以就在文本中重塑高级文化表示歉意,但确实确实存在着经济和人口崩溃。 人们可以选择加权这些事实,也可以不加权,但是无论人们希望对它们掩盖多少,这些事实仍然存在。 600罗马的基督教神学家可能比400罗马(当时主要是非基督教城市)的基督教神学家多得多,但400罗马的人口可能是其10-20倍左右。

41hdiv6SmHL._SY344_BO1,204,203,200_ 在一个几乎没有文字的世界上,这几乎是人类的全部历史,物质的遗留就是我们必须掌握的一切。 尽管我们可以尝试收集久违绘画和石头刻划的人们的思想,但现实情况是,他们所狩猎的东西,他们所吃的东西以及他们所居住的住所将为我们提供飞跃的具体信息想象力是不必要的。 超越文本,可以使我们真正地用梦想而不是梦想照亮人类历史广阔的黑暗海洋,从我们物种的曙光开始,直到最近识字是少数人的特权,以及许多人的经历对我们死了。 尽管如此,这些绘画在调色板上只有几种颜色,因为考古学充满了巨大的感知空白。 盆不布。 洞穴不是帐篷。

这使我们进入了生物学,特别是遗传学,因为事实证明DNA实际上是可以从考古现场提取的材料之一。 它是一种强大的大分子,如今研究人员认为可以从中提取一些信息是可行的。 至今已有1至2百万年的历史,尽管这是最好的情况。 当涉及人口变化的问题时,遗传见解是关键,并以允许进行更严格分析的方式显示数据。 像以前的帖子一样,我现在必须在此点头 LL卡瓦利-斯福尔扎人类基因的历史和地理。 卡瓦利-斯福尔扎 代表作 尝试通过人口统计资料重新打开这本书。 这是第一页,也是第一章。 在此之前,在第二次世界大战之前,有一家手工业,它试图做Cavalli-Sforza在20世纪后期取得的成就。 但是,这些努力受到两个问题的阻碍。 首先,它们不是科学的,经常依赖于其博学的直觉(它们不是假设推论的,尽管如果您有大量数据,这被高估了)。 其次,对直觉的依赖意味着许多结论与当时的意识形态偏好整齐地吻合,国民社会主义是最令人发指的,但远不止于此,这是对史前史的民族主义的不屑一顾。 没有种族灭绝的科学浪漫史(请参阅Pat Shipman的著作) 种族主义的演变)。 第二次世界大战后,考古学家改变了方向,使文化进化与变化与人口变化脱钩。 诸如 欧洲种族 当它们成为主流之前的几十年,它就变得不合时宜了,而且人们强烈反对一种虚假的假设,那就是锅,这是文化传统,会迁移,而人们不会迁移。

 

k7442 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)和他的学生进入这种知识分子气候,引发了学术爆炸的雷区(请参阅 人类基因组多样性计划:科学实践民族志)。 分子人类学最早的化身是深度研究。 特别是,对猿类和人类起源的时间深度进行了重新校准,分子生物学家与古生物学家发生了冲突,并最终胜出(参见 猴子拼图 这些争议的历史)。 然后,有一场“走出非洲”的辩论(请参阅 非洲出埃及记)。 尽管这些争论有些琐碎且个性化,但围绕这些思想竞赛的含义的情绪往往仅限于学者(尽管学者们自己可能并未感到后果有限;显然,在1990年代后期,斯坦福大学的一位文化人类学家提出了一个建议)。演示文稿中,他与约瑟夫·曼格勒(Josef Mengele)将卡瓦利-斯福尔扎的照片并列。 Cavalli-Sforza所做的工作是使遗传学致力于解决更多当代现象,回答当下风云突变的问题,在国家和人民规模上解决与人类生存有关的问题。 几十年来,他的实验室从数百个基因位点收集了足够的信息,以得出推断的总和,这些推断最终被提出来。 人类基因的历史和地理.

CosttoSequenceaGenome-e1409924136899 让我们退后一步。 Cavalli-Sforza和他的同事最多只能使用数百个标记。 请注意,约2%的人类基因组代码编码蛋白质,但就碱基而言有3亿个位置。 今天,任何想付款的人都可以通过SNP芯片服务获得数百万个职位。 我儿子有 十亿美元 职位,因为他一直 全基因组测序。 出于系统发育的目的,您不需要数十亿,数百万甚至数千美元,这取决于您所考虑的问题的性质。 但是,它透视了我们在真正的20年中走了多远。 甚至5年。

由于科学的本质,卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)在 人类基因的历史和地理。 但是他有很多正确的地方,因为在特定的争论点上,结果是如此清晰和有力。 简而言之,当分析甚至数百个中性(即不受自然选择影响)的标记时,大陆层面上的非常宽泛的模式就会消失。 例如,数据证实了遗传多样性的梯度,这暗示了人类起源于非洲所在地以及欧洲的相对同质性(除了芬兰人以外,欧洲人口在大多数情况下的种群间成对遗传距离极低)。 但是,更微妙的违反直觉的关系通常并不牢固(例如,华北和华南人并不像他在1990年代报道的那样分叉)。 和, 从这篇文章的目的来看,最关键的是从目前的系统志模式推断过去的人口统计学有严重的局限性。

*现在是过去的窗口*

下载文件511NSSGQNWL._SY344_BO1,204,203,200_ 历史人口遗传学的基本思想(考古学)由Cavalli-Sforza在 聚乳酸 在斯坦福大学时,我们将研究现代人群中多样性和相关性的模式,并将其与历史,地理以及过去和现在所了解的相交。 然后 允许那些交叉点回溯人类历史上最悲惨的时刻(请参阅他的 伟大的人类流散症)。 尽管Cavalli-Sforza最初关注的是散布在基因组中的常染色体标记,但在1995年至2005年期间,使用单亲数据(Y和mtDNA上的标记)进行了大量工作。 mtDNA仅通过女性传播,在细胞水平上数量丰富,并且具有 高度易变的区域 在分子系统发育学中的应用。 与mtDNA相比,Y染色体表现出一些技术难度,但是随着更好的提取技术的出现以及对高度可变性的关注 微卫星 在mtDNA区域,下一步将是mtDNA作为人类历史记录法医重建的关键工具。 此外,两者都具有不重组的优点,因此,系统发育树的生成不是人工的,而是反映了基因组这两个区域的传递性质的本质(与 合并的 框架)。

人口迁移最后,这一研究领域通常导致在世界地图上对系统发生树进行转置,概述了人类迁徙的模式。 它也与另一条明确的研究路线相吻合 模拟人类的扩张 走出非洲成为“串行创始人瓶颈”的过程。 也就是说,离开非洲的每个人口都以单向方式逐步扩展,从而导致遗传多样性随着非洲的发展而减少。

Ramachandran,Sohini等。 “人类遗传与地理距离之间的关系为起源于非洲的一系列创始效应提供了支持。” 美国国家科学院院刊102.44(2005):15942-15947。

Ramachandran,Sohini等。 “人类人口的遗传和地理距离之间的关系为起源于非洲的一系列创始效应提供了支持。” 美国国家科学院院刊102.44(2005):15942-15947。

从最广泛的角度来看,该模型并非没有有效性。 似乎现代人类的大多数祖先都可以追溯到大约50万到100万年前在非洲周围或非洲蓬勃发展的人口。 我们在现存人口中看到的许多洲际种族差异都很好地适合于分叉的树状模型(例如,非非洲人从非洲人分支,西欧亚人和东欧亚人分叉,美洲印第安人从东欧亚人分支)。 但是问题是分支本身变成荆棘,然后又重新出现在自己身上,并且在某些情况下与其他分支交织在一起,形成了祖先根系非常不同的世系。 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)及其继承人最早的努力是在一块非常粗糙的大陆粮上进行的,那里的动力学效应如此惊人,以至于它们可以毫无困难地跨过大多数中性标志物展示自己。 但是,当问题更狭窄且时间和空间范围受到更多限制时,早期的方法还不足以感知真实的动态情况。

Li,Jun Z.,等。 “从人类基因组范围的变异模式可以推断出世界范围内的人类关系。” 科学319.5866(2008):1100-1104。

Li,Jun Z.,等。 “从人类基因组范围内的变异模式推断出世界范围内的人类关系。” 科学319.5866(2008):1100-1104。

到2000年代中期,研究人员开始将精力集中在重组常染色体标记上。 但是现在,他们有了一个完整的人类基因组可以与之进行比较,还有SNP芯片,这些芯片可以轻松地快速产生大量数据。 在2008年 出版了起源 人均国内生产总值 由Cavalli-Sforza和他的同事收集的数据集,并利用新技术进行了更深入的推断。 首先,您拥有650,000个SNP,而不是数百个标记。 其次,强大的新分析和计算资源的出现使遗传关系的基于树的和PCA可视化的补充成为可能。 基于模型的理解 遗传变异和种群结构。 所谓“基于模型”,是指算法假定特定参数(例如“ 3个祖先种群”)并根据数据进行操作(例如“ 650,000个个体中有1000个SNP”),以生成最能代表以下结果的结果:数据与模型的拟合度。国民生产总值 这与PCA不同,后者具有较少的假设,并且以几何形式表示遗传变异(每个轴代表数据中变异的独立维度)。 基于模型的聚类非常清晰,在美学上也很吸引人。 它给出了精确的结果。 但是,模型本身不一定正确.

使用这些方法的任何人都了解其局限性。 如果使用PCA预测数据集的变化,那么输入的数据组成将影响最大的主成分。 因此,如果您要在更广阔的空间范围内提问,则应注意特定样本人群超载感兴趣的样本集的可能性。 在这种情况下,更多的数据可能会导致洞察力降低。 基于模型的聚类会出现类似的问题,因此您无法适当地对总体进行加权。 另一个主要问题是 模型施加了限制,可能会产生错误的推论 (这是错误的,因为它们不能准确反映人口统计历史记录)。 最简单的是,您可能会要求更多的人口划分,而不是数据的人口统计和遗传历史的实际划分。 考虑一下来自软木塞的爱尔兰人和来自一个小村庄的尼日利亚人的数据集。 毫无疑问,PCA会向您显示两个非常紧密且截然不同的集群。 使用基于模型的框架,您可以寻找超过K = 2(两个祖先群体)的划分和结构。 该方法的设计方式是 你会得到结果。 但是,他们不会提供很多信息,因此会被迫。 他们不会很强大。 该模型不适合实际。

*从模型到现实*

显然,没有任何模型能够捕捉到现实的所有要素。 但是,如果模型与现实的差异太大,以致您对真实的事物有错误的认识,那么该模型就没有那么有用了。 错误是一个确定的错误。 除了基于模型的混合分析外,该分析假设了一定数量的祖先种群,这些祖先种群聚集在一起以产生数据集的遗传变异,您会注意到,2008年的论文也具有遗传变异的树表示形式。 这两者共同给出了有用的真实和实质性结果。 但是,在许多特定情况下,它们误导了虚假的观点。

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Reich,David等。 “重建印度人口史。” 自然461.7263(2009):489-494。

南亚人就是一个例子,他们约占世界人口的20%。 2009年的论文, 重建印度人口史,同时使用了较高的常染色体标记物密度集和 新的分析框架 得出一些具体的结论,解决了关于印度次大陆人民遗传史的本质的许多困惑。 那我们以前知道什么? 如果你回到旧的观念 身体人类学家 他们观察到,许多南亚族群与西欧亚大陆的人民(欧洲人和西亚人)有着密切的联系。 这随地理和种姓的变化而变化。 换句话说,西北有种姓氏,种姓制度也有上有下。 您可以在PCA中看到这一点,其中,印度人群体与欧洲人的距离有所不同,而欧洲人则是一个非常紧密的群体。 它也显示在基于混合的分析中。 通常有一个K值出现南亚模态簇,并且在南印度非婆罗门附近几乎是固定的,随着人们向巴基斯坦移动,或者在北印度种姓等级上升,频率降低(剩余的是西亚和欧洲集群(孟加拉国除外,后者拥有东亚混合物)。 在 人类基因的历史和地理 使用较旧的距离测量方法,南亚人比欧洲人和中东人更占优势。

到目前为止一切都很好。 可以想象这样一类遗传变异,一端是南亚人,另一端是西欧亚人。 在东亚人和欧洲人之间的PCA中,南亚人通常位于中间,但更接近欧洲人。 但是,当您深入研究详细信息时,此模型一直存在重大问题。 该 mtDNA和Y染色体 南亚人给予 非常 不同的结果。 前者将它们与西欧亚人区分开来,与东欧亚人有距离的亲和力。 另一方面,后者更像是西欧亚大陆人。 其次,南亚人在与单词群体的相关性方面表现出很大的差异,这取决于地理和阶级。 如果南亚人深深扎根于该次大陆,如上面的迁移图所暗示的那样, 那么我们谈论的是基因流动的巨大障碍,这些障碍一直存在 HAST 几千年的。 另一种解释是,南亚人是两个截然不同的群体之间最近混合的产物,当假定的人群中祖先成分和PCA位置存在许多个体间差异时,这通常是常态。非洲裔美国人)。 最后,针对自然选择的测试面向 检测最近的扫描 表明南亚人与欧洲人和中东人在 单倍型 of SLC24A5, 这意味着要么是极端的联系,要么是最近的混合与迁移(在这两个模型的边缘将很难区分,因为联系是通过迁移来介导的)。

在这一点上,我将回避技术问题,只是提出,关于南亚人的工作预示了过去十年中我们在现代人口结构起源方面学到的许多知识。 当您接受一个模型时,有关南亚遗传变异的难题就解决了,该模型中,西欧亚人口与当地土著群体混合在一起,与其他东亚欧亚人之间有远距离亲缘关系(请参阅 印度最近人口混合的遗传证据)。 南亚内部人口差异较大的原因是混合事件的最新性质以及源种群之间的遗传距离高。 这实际上可能是过去一万年来世界大部分地区的故事。 代替常规的分支过程,想象一下以网状模式周期性地融合在一起的分支。 另一种理解的方式是,过去的10,000年是一个故事,讲述了过去100,000年累积的人口结构遭到破坏。 该领域的调查可以在评论中找到 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理.

*推断具体的,古老的DNA *

到目前为止,我们一直在谈论增加现有人群中遗传变异分析的能力。 瓶颈和积极选择休假等流程 脚印 在现代人的基因组中。 但是这些推断方法有局限性。 而且,在很大程度上,它们需要简化人口动态,以使其能够用于描绘过去的画像。 研究人员必须假设过去很简单,否则他们所使用的方法无法告诉他们所声称的那么多。 人口最脆弱的人群的复杂性永远无法超越遗传方法将其剥离的能力,因此对模型施加的层数有一个上限。

41ePHetk1dL._SY344_BO1,204,203,200_ 古代DNA改变了游戏规则,因为它没有这些限制。 不仅仅是从现在推断过去,现在还可以从过去推断过去! 也就是说,可以生成一个时间上的时间断面,该断面明确地探索了跨时间和空间的遗传变异的轨迹。 仿佛在回顾历史,最早的工作是 线粒体DNA就像1980年代的“ mtDNA Eve”一样。 此处的序列靶标较小,而mtDNA丰富。 但是,立即的结果是检测到大量不连续性。 在许多地区,人口不断地相互替代。 用新方法对现存人群推断出的脉冲混合事件现在可以理解为过去约50,000年间迁移和人口变化的自然结果。 多亏了Svante Paabo和 埃斯克·威勒斯列夫(Eske Willerslev) 在过去的5年中,我们从人类古老的DNA中获得的样本数量已经增长到如此之高的程度,以至于一条明亮的线正照耀着史前黑暗的洞穴。

*欧洲人,制造和揭幕*

由于欧洲研究人员的集中以及欧亚大陆北部合适的保存条件,古代DNA彻底改变了我们尤其是对该大陆的遗传历史的理解方式。 两项新论文将样本集扩展到170个人,并且现在已经回答了许多主要问题,而其他新问题也因令人困惑的结果而引发。 几年前我在和 斯宾塞·威尔斯 斯潘塞(Spencer)是一位历史和遗传爱好者(他是理查德·勒沃廷(Richard Lewontin)的最后一批研究生之一)。 因此,自然而然地,随着遗传科学的出现为历史提供了启示,我们已经非常密切地跟踪了它的发展。 斯宾塞(Spencer)是专业的遗传人类学家。 过去曾经无法回答的许多问题现在都可以回答。 真相如此之快,以至于很难对所有真相做出回应(如果您等待太久才能发布, 一切可能都变了).

卡尔·齐默(Carl Zimmer)的作品 纽约时报, DNA破解了现代欧洲人的根源,对于该领域的加速研究现状是准确的。 这相当于拥有罗塞塔石碑。 古代人现在重新生活。 他们说! 所有东西都变了。 在 自然 Ewen Callway引用一位科学家用通俗易懂的语言说:“基督,这是什么意思?” 我将尝试进一步充实含义,但论文本身做得很好。 这些是第一步,但它们是非常大的步骤。 还有很多事情要做,真理将近在眼前。

首先,两篇论文, 来自草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源亚洲青铜亚洲人的人口基因组学。 正如标题所暗示的那样,后一篇论文涵盖了欧洲以外的人口,而前一篇则针对欧洲。 样本大小分别为69和101。 第一篇论文使用了产生许多SNP的方法,而后者则依赖于全基因组测序(变异是变异,因此,尽管对于正在生成数据的在职科学家而言非常重要,但实际上这只是结果的次要细节。 )。 两者都在主要结果上达成广泛共识。 此外,还有第三部作品,即预印本, 欧洲八千年的自然选择,其结果与上面的第二篇论文一致(它的一部分涉及选择以及系统发育组学)。

*欧洲的遗传结构比金字塔更年轻*

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关于欧洲人是农民还是狩猎采集者的古老争论总是有些前后矛盾。 所有人类都是狩猎采集者的后代。 相反,问题在于现代欧洲人是否主要来自上次更新世末期在欧洲大陆居住的人,还是他们是否起源于大约一万年前在中东发展农业的人。 也就是说,农业是否通过文化传播或迁移而传播? 植物还是人? 答案实际上并不简单,但是今天的结果没有争议。

首先, 迁移似乎一直是主要动力 它定义了农业的传播,尤其是在早期。 从基因上讲,这些最早到达欧洲的农民与欧洲北部和西部的狩猎采集者有很大的不同。 在接触之前,他们的某些祖先已经被远距离隔离了几万年。 如今,伊比利亚半岛的人们与当地农民捕猎时的狩猎采集者相比,遗传上的共性要比现代北欧人少,现代北欧人的更新世世代代是其祖先的大部分。 不过,我要提出的主要限定条件是,农民本人似乎在离开中东的途中捡拾了欧洲的猎人与采集者的混合物。 分数约为〜50%。 另一个组成部分被称为“基础欧亚人”,因为该元素是所有其他欧亚人(包括欧洲猎人与采集者)的外来群体。 就是说,基础欧亚人是进化论的一个分支,其中包括安达曼岛民,澳大利亚原住民,日本人和欧洲的狩猎采集者。

拉扎里迪斯(Lazaridis),伊奥斯夫(Iosif)等。 “古老的人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。” 自然513.7518(2014):409-413。

拉扎里迪斯(Lazaridis),伊奥斯夫(Iosif)等。 “古老的人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。” 自然513.7518(2014):409-413。

左图是纸上的 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。 WHG =“西方(欧洲)猎人聚集地”。 EEF =“欧洲早期农民”。 您可以看到EFF是复合化合物。 我认为现在EEF在哪里获得了类似WHG的血统就没有太多的清晰度了。 它可能是中东的结构。 或者它可能在东南欧。 在补充 Haak等。 他们测试了匈牙利人的样本,而且似乎EEF个体比西欧的猎人-采集者样本更接近它。 因此,欧洲的祖先人口可能已经有了结构,但这里的信心很低。 而且据我所知,基础欧亚大陆还是个谜,在发现Nepture之前几乎占据了“行星X”的角色。 为了使这些模式有意义,它们必须存在,但是关于它们的详细信息尚不清楚。 当然,以与北欧亚大陆类似的方式探索中东的人口遗传学方面,现在似乎存在着巨大的空白(我的理解是, 卡洛斯布斯塔曼特 在拉美裔人口中扮演重要角色 1000个基因组; 不幸的是,没有其他人提倡加入中东组织,因为这是人类历史上如此重要的一部分。

话虽如此,如果人们假设EEF中的西欧亚混合体来自欧洲的狩猎采集者,那么显然 现代欧洲人的大多数血统可以追溯到更新世 (即,如果回顾10,000年,EEF + Yamnaya可能意味着超过一半的血统类似于WHG)。 但是,这一比例掩盖了发生大规模移民和人口流动的事实,因此不再具有从冰河时代避难所扩展的简单模型。 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)长期以来一直争辩说,祖先的纯比例并不重要,因为人口增长驱动的“前进波”将随着时间的流逝而稀释初始遗传信号(尽管非WHG样祖先的最终比例实际上是在欧洲大部分地区比卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)承认的要高 早期的2000s)。 现代欧洲人的血统是否主要来自欧洲狩猎采集者的血统, 在给定区域中占主导地位的局部连续性的想法已被彻底驳斥。 例如,在不列颠诸岛的猎人与采集者的血统,在最初的前进浪潮中,可能主要来自混入南部和东部远方的农业群体,而不是始于全新世初期北欧殖民的人们。

k8488 迄今为止所引用的论文强调的第二个人口变化事件是来自东方的。 从草原的迁徙。 该事件在整个北欧大部分地区产生了不成比例的影响,甚至占主导地位。 从文化上讲,它通常植根于 Yamnaya 复杂,从而导致了各种各样的,分散的“女儿”社会。 大卫·安东尼(David Anthony) 马,轮子和语言 全面调查考古地形。 如果您对此主题感兴趣,但还没有阅读,请阅读它。 安东尼在这部作品中概述了通过扩大流动牧民的方式来传播印欧语言 精英。 他参与了这些研究中一些样本的检索, 从我的理解中,他个人感到惊讶,遗传数据不仅暗示着精英移民,而且还暗示着人们在流浪。 不仅是一群兄弟,而且整个民族都在前进。

Haak,Wolfgang等。 “从草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源。” 自然(2015)。

Haak,Wolfgang等。 “从草原大量迁徙是欧洲印欧语系的起源。” 自然(2015)。

这些人专注于遗传学,他们自己似乎是不同元素的复合体。 首先,他们的某些血统是来自于 Haak等。 术语“东部猎人聚会”(EHG)。 另外一半来自与近东有亲缘关系的人口,但与EEF有所不同。 这两篇论文之间存在一些分歧 自然 至于细节,但是 Allentoft等。 承认他们没有EHG样品,这可能影响了他们检测混合物的能力。 Allentoft等。 也从 Haak等。 在强调中,他们将重点放在Yamnaya中的祖先部分上,该词根据这条线中最古老的个体的位置而被称为“古代北欧亚”(ANE)(请参见 上旧石器时代的西伯利亚基因组揭示了美洲原住民的双重血统)。 似乎清楚的是,这一因素与其他西欧亚人口有很大的不同,大约有20至30万年的历史。 而且,他们为EHG贡献了大约一半的血统(其余的类似于WHG)。 Yamnaya族人的后裔在整个欧洲带来了这个组成部分,撒丁岛人和西西里人除外,这些人可能由于在地中海沿岸的地位而被孤立了(西西里人后来也有近东混杂物)。 但这不仅仅限于欧洲人,因为相当一部分美洲原住民以及西亚和南亚的祖传遗产(至少是卡拉什)也显示出与这一部分的联系。 Allentoft等。, 喜欢 Haak等。指出这个更广泛的群体中可能存在结构。 也就是说,ANE本身是多元化的,其在美洲原住民和欧洲人中的祖先与对西伯利亚部分有所贡献的祖先有所不同。 实际上,我已经与研究人员进行了交谈,他们认为“古老的北欧亚”一词具有误导性,因为该组的分布尚不明确(欧亚大陆推断出的最高馏分在北高加索地区)。 卡拉什(Kalash)与欧洲人拥有不同的ANE来源是可行的。

要注意的一个关键问题,这使一些人感到困惑,是像Yamnaya这样的组织的祖先与整个欧亚大陆的其他组织表现出共性。 因此,如果您替换了类似的组,那么利用基于模型的程序对混合物成分进行的更改可能不会像您想像的那样极端。 为了说明我要具体讲的内容, 希腊和土耳其之间的人口转移 在1920年代,混合动力的影响远比简单的混合前后的估计要好得多(因为从基因上讲,这两组非常相似)。 从图 Haak等 不会使用自然爆发的混合物成分,但根据推断的祖先种群的遗传特征推断出的人口统计学混合。 蓝色部分代表WHG,但绿色(Yamnaya)和橙色(EEF)元素都具有类似WHG的血统(这就是为什么我说现代欧洲人很可能大多> 50%的WHG类似) 。

一个时间维度 Haak等 特别强调 但似乎很清楚 Allentoft等。 同样,在青铜时代,非山形屋的血统也逐渐开始重新兴起。 为什么? 我将在下面解决。 但, Allentoft等。 拥有更广泛的欧亚样本,包括跨乌拉尔地区和跨阿尔泰地区的印度裔欧洲人口。 在这两个领域中,后继文化都具有类似EEF的血统。 也就是说,就像 有线洁具 人口,与母公司Yamnaya组不同。 这强烈暗示了这个复杂的建筑群在青铜时代从东欧(远至中国西部)向后迁徙。

战前 In 纽约时报 大卫·安东尼(David Anthony)的作品陈述了两件事,使我成为一个没有专长的有兴趣的外行人而感到困惑。 首先,他似乎认为Yamnaya和EEF下降人口的合并不是一个战争式的过程。 他具体说:“不是匈奴人阿提拉杀了所有人。” 这是一个有用的图像,但老实说,请注意,匈奴不是主要生产者,其目的不是像成吉思汗想做的那样,通过杀死定居者来增加牧草(见 帝国末日:匈奴阿提拉和罗马沦陷)。 相反,他们征服和服从了其他野蛮人团体,并向东罗马帝国勒索了贡品。 匈奴人的人口影响并非直接来自他们,而是他们及其继任者(尤其是阿瓦尔人)的事实促进了其他群体的迁移,首先是哥特人,后来是斯拉夫人的扩张。 到阿提拉时代,野蛮人的领导人已经意识到,被征服者对于作为经济生产者至关重要,他们的俘获和征服将使他们能够参与炫耀性消费的地位竞争。 我不认为在文明世界之外的铜器时代和青铜时代确实如此,当时的文明世界是一小片在野蛮之海中的扫盲群岛。 以上两篇论文均表明Europ发生了大规模的人口混乱。 虽然据我们所知战争是 必然不可避免 对于我们的物种, 在农业兴起和现代之间,这似乎很普遍。 斯堪的纳维亚有线商品文化也被称为“巧合”并非偶然。 战斧 文化。 是的,许多考古学家认为它们主要是身份的象征。 我愿意打赌很多考古学家是错的。 众所周知这是会发生的。

gokturk_empire_by_still_ates 安东尼提出的第二个问题是山药时代后的各种文化之间的联系,特别是在中国西部边缘最早的印欧人之间的联系,距离他们可能的起源地有4,000英里。 这些东部群体的遗传特征也很可能是由于共同的草原文化介导了来自欧洲的基因流。 安东尼指出:“我本人很难理解这一点。” 这完全使我感到困惑,因为他是一位专业的考古学家,所以他必须知道,广泛的基因流动和文化纽带跨越了欧亚腹地的广阔地带,这一点也不奇怪! 我向卡尔·齐默(Carl Zimmer)指出了 突厥帝国 公元6世纪中叶,它从核心的阿尔泰地区迅速扩张,并预示了后来的突厥人的分布,从尼罗河到北极海的边缘。 语言和生活方式可调节人际关系和人口统计联系。 草原民族的蠕虫特征是众所周知的,并已从历史和半历史记录中得到证明。 诸如匈奴人,阿瓦尔人和阿兰人之类的团体起源于欧亚大陆的心脏,并根据需要沿文化亲和力来回移动。 阿兰斯(Alans)在13世纪曾在中国的蒙古人统治下服役,但800年前,他们曾随Vandal部落来到北非,并在那里保持了独立的身份,直到被查士丁尼征服为止。 似乎完全有理由认为,这种过度机动的模式是在整个生态持续适宜性的整个范围内伴随着农牧主义而出现的,只是随着火药帝国的崛起和战争的结束而结束。 粉碎Oirat 由满族(俄罗斯默许)。

*北欧的原型物理特征比金字塔更年轻*

斯宾塞·威尔斯(Spencer Wells),世界新面貌

斯宾塞·威尔斯(Spencer Wells),世界新面貌

即使有所有这些新结果,植物药理学仍然纠结和复杂。 我只刮了上面的表面。 您确实需要阅读论文及其补充,甚至可以了解正在发生的事情(是的,理想情况下,您会知道 f3 统计信息是!)。 但是,随着时间的流逝,种群基因组学使我们对自然选择和表型的特性有了更清晰的认识。 我们与白人欧洲人相关的一整套特质很可能是最近的,直到青铜时代之后。 白人至上主义者 早20th世纪 他认为古代埃及人(实际上,所有文明)都是由金发碧眼的北欧人建立的,结果可能是错误的,因为 这些文明可能早于北欧金发碧眼的民族的存在,无论是其遗传结构还是其物理类型(至少为任意数量)。

大自然14507-f4 色素沉着的遗传结构是遗传学家广为了解的,因为全基因组关联在该领域非常有成果。 与身高等特征不同,群体之间的色素沉着差异很大。 而且,这种变异在很大程度上归因于一些效果显着的基因。 在 SLC24A5 使用一个混合的非裔美国人进行测试,SNP约占欧洲人和非洲人黑色素指数差异的1/3。 正如我之前观察到的 SLC24A5 在派生形式中,它在欧洲人中几乎是固定的。 在里面 1000个基因组 在数以千计的个体的数据集中,我发现了一些带有杂合子和祖先副本的样本。 在中东,该等位基因也接近固定,尽管不完全相同。 从图中可以看出,我改编自 Allentoft等。在南亚人中,衍生的等位基因频率也很高。 我的整个家庭都是“欧洲”变种的纯合子。 有 一些暗示性证据 这种单倍型来自中东。 在欧洲的狩猎者和采集者中,这种频率很低[3]。 但是,到了青铜时代,它已经在欧洲以及欧亚草原上进行了固定。

我更感兴趣的是 SLC45A2。 衍生的等位基因在欧洲现代人群中几乎是固定的,尽管在 SLC24A5。 在伊比利亚和撒丁岛的人口中,祖先的类型在〜10%的范围内。 在欧洲的青铜时代,频率只有〜50%,处于现代中东人口的范围之内。 甚至在草原上频率较低,假定的印度欧洲人也从那里迁徙。

最后,在这个色素沉着小组中,他们包括了一个主要的SNP。 OCA2-HERC2 地区。 该基因座因参与蓝褐色眼色变化而闻名,可以解释75%的变化,并且还表现出欧洲基因组中第三长的单倍型。 从这些SNP天真地预测 可信地争论 全新世初期的欧洲古代狩猎采集者是黑皮肤的和蓝眼睛的! 欧洲青铜时代的样本, 在这种情况下,偏向北欧人的遗传变异范围与现代南欧人相当。 草原上的人们似乎根本没有蓝眼睛。

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这些结果与 Mathieson等. 要观察的一件事是,具有更深时间深度的旧石器时代的样本在所有这些位置都是“祖先的”。 即使样本量很小(N = 4),它们也来自不同的时间和地点。 这是否意味着它们比欧洲的全新世狩猎采集者还要黑得多? 作为 有些人指出 我们不能只是从今天的基因架构到过去的直线推断。 记住尼安德特人 表现出色素沉着多态性,但类型不同。 更深入的功能分析可能会产生旧石器时代的欧洲人具有等位基因的可能性,这些等位基因也导致皮肤变白,但它们与当今分离为多态性的等位基因不同。 我已经说过 我怀疑现代欧洲的许多祖先是在最后一次冰河世纪之前形成的。 现代遗传变异在预测表型方面给出这些结果的原因是,它们可能通过一组不同的多态性而达到了相同的性状值。 来自现代人群的基因型-表型图可能无法很好地预测30,000年前的关系。 为什么人们会认为色素沉着变化的选择始于全新世的风口浪尖?

但是,我确实认为我们可以更有把握地预测基因上更接近现代人群的表型性质。 青铜时代的欧洲人符合这一要求。 而且,我个人了解这段时期的个体外观可能是基于遗传结构的: 我的两个孩子在色素沉着基因座上均表现出基因型特征,与许多青铜时代的欧洲人相似。 也就是说,它们是针对的派生变体而固定的 SLC24A5,并且是杂合子 SLC45A2 OCA2-HERC2 (我的儿子是我的儿子,但不是我的女儿,是一个杂合子 基特尔; 似乎确实会改变头发的颜色)。 就他们的肤色而言,他们可以作为本土的南部欧洲人通过,但绝对不能作为北欧人通过。

*文化带动基因领先*

的另一个主要发现 Mathieson等。 和 Allentoft等。 是在整个欧亚大陆发现的衍生等位基因,随着成年人在过去4,000年中的频频扫荡,它们可以消化乳糖。 该等位基因涵盖了各种各样的人群,从 巴斯克人飞往南亚人。 对于色素沉着,似乎我们需要共同考虑祖先和选择的影响(在南亚 SLC24A5 频率 绝对是选择和下降的函数)。 但随着 LCT 选择似乎很重要。 欧亚大陆的主要遗传特征是在青铜时代建立的,但乳糖酶持续等位基因的频率仍然低得多。 长期以来,针对单倍型变异模式的自然选择测试长期以来一直对 LCT 所以这并不奇怪。

51r8Ph-vcaL._SY344_BO1,204,203,200_ 有趣的 Allentoft等。 这表明,尽管青铜时代的草原种群具有较低的衍生等位基因频率,但似乎确实比当代种群具有更高的频率。 这表明这种单倍型的起源仍然可以归因于Yamnaya情结,这种单倍型跨越整个印欧语系人口,也包括芬兰人群体和巴斯克人。 在 10,000年爆炸Greg Cochran 提出了以下假设: LCT 使印欧牧民得以传播。 这些结果并不是这种直接因果关系的有力支持。 相反,让我吃惊的是,牧民的优势推动了相关等位基因的选择压力。 生物学没有推动文化发展,文化推动了生物学发展。 2,000年前的朱利叶斯·凯撒(Julius Caesar)遇到的喝牛奶的凯尔特人和德国人可能仍处于适应农牧民生活方式的中间阶段,他们的祖先逐渐完善了这种生活方式。

*就像白人一样,我们所有人都应该*

外观也焕然一新

外观也焕然一新

Twitter上的一个笑话是,白人的遗传学是似乎永无止境的那些富饶的研究领域之一。 令人惊讶的是,古老的DNA领域首先在无数数十亿其他国家的丰富历史之前阐明了这片朦胧的大雾大陆的性质吗? 很有趣,但是这些故事,真实的故事,我想告诉我们很多关于过去一万年来现代人口的情况。 欧洲的教训可以概括。 我们没有来自中国,中东或印度的大量古代DNA。 至少不足以完成种群基因组学,这需要比少数几个更大的样本量。 但是,在气候允许的情况下,我们可能会这样做。 当这种情况发生时,我相信将会讲出非常相似的故事。 使用现存的遗传学,我们已经可以推断出南亚的现代人群是基因型和表型的新颖结构。 东南亚,美洲甚至非洲也是如此。 在东亚也许也一样。 也许在大洋洲。 即使没有混合物,人类也会进化 原位 和变化,但随着混合的增加,变化的范围越来越大,适应的参数空间变得越来越丰富 柔软.

在以撒·阿西莫夫(Isaac Asimov)的作品中 后来的基金会 在他的著作中,他谈到了未来种族多样性的存在(据我回忆,他在纸浆时代的早期作品是纯白人星系)。 哈里·塞尔登(Hari Seldon)在某一时刻遇到了一个外表看起来像东亚的人,他们讨论了东亚血统被称为“东方人”而欧洲外表被称为“西方人”的人们的陌生感。 由于对这些人口在原住民星球上的古代分布失去了记忆,只有语义回忆的影子在以特兰托为基地的横跨银河的帝国中像幽灵一样存在。 但是,当然,在未来数万年中,即使不进行基因和机械改造,现代种族类型也不大可能以我们认可的任何方式持续存在。

但是这些来自古代DNA的结果告诉我们,在不久的将来很可能是正确的 最近的过去也是如此。 白人欧洲人是一种新类型。 但是棕色的南亚人也是如此。 埃塞俄比亚人和大多数北非人群体一样,最近都有民族起源。 班图人的扩张在历史视野的边缘重塑了非洲的面貌。 依此类推。 从大的角度来看,年轻的地球创世主义者是错误的,但是具体来说,诺亚的儿子在大约5,000年前遍布世界的想法并不像过去那样疯狂! 今天,整个欧亚大陆的人类遗传变异可能大部分是渐进的,但最近却不是。 相反,它的特点是尖锐的不连续性和孤立的,与祖先血统不同的当地居民。

*文化造就了人的形象*

51L3op-B8fL._SY344_BO1,204,203,200_ 大约十年前,在古人类学中,普遍假设人类在大约50,000年前就已经完全形成,并在灭绝种族的浪潮中消灭了所有其他人类。 理查德·克莱因(Richard Klein)在 人类文化的曙光。 克莱因(Klein)的论点是,某种随机事件(一种突变)导致了一个新物种(我们自己的物种)的标点符号。 这种奇异的遗传过程使我们的血统中出现了完全形成的语言学,从而促进了文化灵活性的发展,这使其余的人类血统进化出了死胡同。 这是一个单一而优雅的故事。 它呼吁简约原则。 对于克莱因的模型而言,“古老的”混合物的现实是一个困难,这一事实可以证明,他对自己的混合物中的遗传声称表示怀疑。 纽约时报 在其他大多数人继续前进之后。 对于克莱因来说,生物学上的改变解释了我们物种的崛起和成功,而不是文化上的解释。

当时我发现论文很引人注目。 毕竟我们是一个非常特殊的物种。 现代的 智人 到达了大洋洲和新世界。 东西 一定发生了。 大事了还有什么可以解释我们其他血统的迅速扩张和边缘化? 我是生物学家,所以生物学是一种吸引人的因果机制。

线性

*英国人面对大海的运气*

大约在同一时间,出现了尼安德特人掺混物的证据, 卢克·乔斯汀(Luke Jostins) 发表的结果表明,其他人类谱系也正在经历脑电化,然后再缩短其轨迹。 也就是说,他们的大脑在灭绝之前就变得更大了。 对我来说,这表明 智人 由于我们历史上很深的一系列进化事件,也许是几百万年的祖先,世袭正在经历几乎不可避免的变化。 伴随着混合的证据,这让我重新考虑了自己的先验。 也许有些 智人 宗族将向外扩展并做我们所做的事情,也许这并非不可避免 us。 也许 尼安德特人视差 场景不像我们想象的那么梦幻?

41z97bDZvUL._SY344_BO1,204,203,200_ 以大约1600年的欧洲为例。在英格兰和德国北部(或后来成为德国北部),您有两个新教徒,并且在基因上相似。 但是到1850年,从更广泛的遗传学角度来看,英国似乎在人口统计学上将超过德国。 詹姆斯·贝里奇(James Belich) 补充地球 回顾了这段时期的历史,当时英格兰率先进行了一场人口革命,远远超出了人们在1000年的预期。但是到了2000年,德国或德国人已经有所追赶。 如何? 数以百万计的德国人从19世纪中叶开始大量移民到美国,并被美国的人口革命“吸引”。 关键是历史,文化和社会而不是生物学的偶然性解释了基因库随着时间的推移的轨迹。 人类的过去和基因频率的急剧波动,可能是由长而有力的文化力量驱动的。

在上面的处理中,我注意到,在现代南欧大体上取代了当地猎人和采集者群体的EEF农民本身就是一个复合体。 EEF中的狩猎者和采集者的血统远胜于他们取代的那些人,但是唯一的原因是地理上的巧合。 吸收到EEF中的WHG样群体位于更东边,因此更接近新石器时代农民的最初扩张地。 同样,几乎可以肯定的是,尼安德特人融入现代人口中的混合体仅限于特定群体。 这并不是说人类之间没有生物学差异,这可以解释各种各样的现象。 任何看着尼安德特人头骨和现代人类头骨的人都知道那里。 范围人口之间也可能存在生物行为差异。 基因文化共进化是一个真实的过程,即使需要制定细节。 但是生物学和文化之间的相互作用是复杂的,在许多情况下,文化变革正在推动生物学变革,然后固定了对“赢家”有利的差异(乳糖酶的持久性似乎是一个完美的例子)。 但是就像在个别情况下一样 我们还必须记住,获胜通常是幸运的一部分。。 通常被认为是确定性过程的自然选择在某种程度上也是随机的[4]。

*从遗传岛到人类汹涌的大海*

对于在古代DNA领域工作并遇到过去的变化的许多遗传学家来说,最令人震惊的事情之一就是高水平的人口结构。 也就是说,您有许多世代同居的群体,但这些群体展现出洲际尺度的遗传距离。 但是正如我上面提到的,戴维·赖希本人在印度也发现了同样的结果。 而且,在非洲,您有很长的共生种群,例如刚果的侏儒族及其农业邻居,他们在遗传上有很大的不同,已经有数万年的历史了。 Allentoft等。 枯燥地观察到,“这些结果表明基因库发生了明显的时间变化,并且还表明 欧亚大陆的古代群体在基因上更加结构化 比当代人多。”

种姓 大约10年前,我读了尼古拉斯·德克斯(Nicholas Dirks)的《 心灵等级。 德克斯是一位杰出的学者,现在是加州大学伯克利分校的校长。 他强调 欧洲类别和系统化在创建现代种姓制度中的作用。 我不想将他的论点简化为讽刺画。 显然,种姓早于欧洲殖民主义。 德克斯会承认这一点。 但在 心灵等级 难以撼动的是,他相信英国对形式化的强加使其成为了我们今天真正理解的那种感觉。 这种种姓必须被理解为一种当代和早期的现代现象,而不是作为南亚社会结构特征的一种古老的现象。

遗传学 证据 现在很清楚,它描绘了一个非常不同的风景。 许多种姓,甚至 加提,我们今天看到的边界已有数千年的历史了。 内婚制早于英国人。 它可能早于 雅利安人! 这种形式的种族隔离可以追溯到最初的混合事件,而不是英国人或雅利安人发明种姓,而是要随着每个新来的人口重新发明和修改,并将其霸权强加于次大陆。 在 纽约时报 大卫赖希 声明说:“您的群体在遗传上与欧洲人和东亚人一样独特。 他们并肩生活了数千年。” 然后,他继续说:“这些文化障碍正在消散,并且混杂在一起,”这暗示着随着时间的推移,农民样本中WHG血统的上升。 当然,记得里希(Reich)在印度的工作确实突出了顽固的等级制度以及等级制度是多么有趣。 在局部地区保持遗传变异,该变异通常在规模上接近洲际。

我们永远无法知道,六千年前,北欧第一农耕文化LBK人在遇到土著猎人和采集者时是否实行了种姓式的种族隔离制度。 我们也不能完全有把握地说他们的关系是否表现出与班图族农民和刚果格米人之间类似的共生关系(尽管确实要注意,在这种情况下,班图人社区的地位较高,个别格米人通常有半奴隶制)地位)。 但是,我们需要看一下文化进化模型和经验结果可以告诉我们如何理解这些模式。 古代DNA可以非常具体地告诉我们等位基因频率变化的细节。 我们可以在一定程度上自信地重建祖先的面孔和肤色。 假设样本量足够大,这些数据集可以相对清晰地解决种群基因组学家对动物模型的提问和回答。 但是,人类是卓越的文化动物,这是至关重要的新变量,将需要新的学者集合起来,对人类的过去,现在甚至未来建立真正的多学科理解。 产生对人类历史研究有影响的结果的强大基因组技术需要利用研究人类历史科学的全部学者。

1 –三倍复制是很重要的事情,因为不同的文化具有不同的偏好和目标。 例如,阿拉伯的努力主要集中在古代人的哲学生产上。 没有拜占庭人,我们将无法获得古典希腊的人文主义作品,尤其是戏剧传统。

2 –关于东部近古铜器时代的外交历史的许多已知信息都保存在楔形文字的碑文中。 尽管笨拙,但与后来出现的羊皮纸和纸莎草纸相比,这种在粘土板上写字的形式显然更坚固,并且对复制的依赖性较小。

3 –我很想知道它是否与欧亚大陆目前常见的单倍型相同。

4 –即使在新世代中受到青睐,新的突变通常也会灭绝。 只有当频率由于偶然机会而变得足够高时,选择才会不可避免地将其频率提高,也许是固定。

 

老西伯利亚人

伦敦大学学院的进化遗传学家马克·托马斯(Mark Thomas)说:“这开始暗示着我们正在寻找一个'指环王'型的世界-有许多原始人类。”不参与工作。

马克·托马斯,据报道 自然

这是参考 古代DNA会议 哪里 大卫赖希 报道称 Denisovans,是外来的古老人口,约占巴布亚人祖先的5-10%,本身就是尼安德特人的合成和一个目前未知的神秘团体。 这并不奇怪,因为这些结果的概述在 2012年ASHG,尽管毫无疑问,他们正在接近出版。 但是对于这篇文章,我想将重点转移到不同的时间和地点, after 具有古老血统的古老混合物, 以及我们自己内部的网状结构.


但是首先我们需要回溯一下。 让我们想一想我们在2000年代初所知道的。 如果您想复习一下,可以查看我们的Spencer Wells 人间之旅 或斯蒂芬·奥本尼海默(Stephen Oppeneheimer) 走出伊甸园,分别关注Y和mtDNA谱系。 这些书是大约50-100,000年前在解剖学上现代非洲人的传播和多样化的单亲系统地理分析时代的顶峰。 这些研究人员没有关注整个基因组(尚不存在该技术),而是专注于通过直接的母系或父系传承下来的DNA片段,并使用A. 合并的 框架。 从广义上讲,这些树木是和谐的,并告诉我们我们的世系,所有现存的人类,都起源于大约100,000年前蓬勃发展的非洲小种群。 这些见解充斥着其他学科中人类进化思想家的思想(请参阅 人类文化的曙光). 智人, 威尼斯,维迪,维奇.

在最初的“离开非洲”移民之后, 瓶颈 创始人事件导致我们血统的扩大,因为它取代了所有前辈。 由 末次盛冰期大约20至25,000年前,人类遗传变异的大致轮廓得以确立(除了向新世界的扩展之外)。 现在我们知道,这幅画在最无害的情况下是非常不完整的,并且在给出最少的慈善解释的情况下极易产生误导。

网状。 图。 混合物。 这些话都表明了这样一个现实,即大多数现代人类并非是根深蒂固的区域人口的聚居点,而这些人口可以追溯到更新世的深渊。 古代血统的重组。 在最宏大的规模上,这可以通过以下方式加以说明: 现代人类“古老”血统的证据。 但是,甚至更普遍地,我们看到证据表明不同血统之间存在广泛的混合,这些血统是我们认为是原型的主要世界人口。 这是对的 印第安人, 南亚人欧洲人。 情况也是如此 埃塞俄比亚人澳大利亚人口。 一个大问题浮出水面 当我们谈论已灭绝的古代人口时,它们是现代人的奠基人:当现代指称仅仅是它们所描述内容的组合时,使用它们是没有意义的。 但是语言和历史是他们所穿的东西,我们不能改变谈论“北欧亚先祖”,古怪和同时有些前后矛盾的尴尬(欧亚大陆是具有当代历史显着性的现代结构)。

混合物中掺入了另一份古老的DNA论文,该论文重建了大约20,000万多年前住在贝加尔湖附近的西伯利亚的一个男孩的基因组。 标题是 上旧石器时代的西伯利亚基因组揭示了美洲原住民的双重血统。 这是最重要的发现: 现代美洲原住民血统的绝大部分来自北欧亚人口,该地区与西欧亚大陆的亲和度比东欧亚大陆的亲近度高。 而且,这是一个古老的混合事件。 在论文本身中,他们观察到所有 “第一美国人” 种群似乎显示出与西伯利亚基因组相同的混合距离。 这些结果也与西方欧亚大陆,尤其是东北欧的这种混合人口大体一致。 与美洲印第安人的人口相比,在整个欧洲范围内,这一因素似乎很少,甚至在某些人口中,例如芬兰人,也处于同等地位。

Fig1 在左侧,您可以看到MA-1西伯利亚样品的地理相似性。 在PCA中,它转向了西欧亚大陆。 但是在以圆圈代表人口的地图上,阴影中清楚地显示了美洲印第安人与MA-1之间混合的确凿证据。 使用的统计数据, F-3,查找与外群体(X)和假定进化枝之间的复杂人口史。 从该测试中可以明显看出,美洲印第安人具有一些与MA-1相关的混合物。 由于西伯利亚遗骸的年代,混合似乎不太可能是从美洲印第安人到西欧亚大陆及相关人群的。 相反,相反似乎更合理。 您还可以从地图上看到与MA-1的特定欧洲和中亚人口的亲密关系。 这很有趣,需要进一步跟进。 尽管MA-1及其亲属比东欧亚大陆更接近西欧亚大陆,但东北东北亚的欧亚大陆和西南洋人口之间似乎仍存在早期分歧。 最终,他们以各种比例回到了欧洲,产生了现代欧洲人,但是在更新世期间,这两个群体似乎有自己的发展方式。

树混合 右侧的TreeMix图中有此提示。 请注意,现在漂移的MA-1与其他西欧亚大陆有关(分支很长)。 我怀疑其中某些原因是因为这个人 过去有近千代。 我不但很难用古代人来命名古代人口,而且我怀疑古代人口中的某些变异已经消失了,因此它们似乎是异国情调的,很难适应更广泛的系统发育框架(他们有成千上万的SNPs)。 然而,由于mtDNA和Y染色体的结果,MA-1可以适应离开非洲之后向北或向西迁移的更广泛的种群框架。 这两个都表明MA-1是西欧亚大陆的基础,单倍群U代表mtDNA,R代表Y谱系。

要真正了解这里发生的事情需要花费一些时间。 距今约15,000年后的次生化石产生了一些遗传物质,并表现出与MA-1的连续性。 这表明西伯利亚可能是最近才发生大规模人口替代的。 我们知道其他地方可能就是这种情况。 读让·曼科(Jean Manco)的 祖传之旅 一种可能的情况是,更新世的欧洲人就像MA-1,但在新石器时代早期被中东农民所取代。 但是后来中亚的爆发将具有MA-1亲和力的混合人口(印欧语系)带入了欧洲历史的中心。

最后,必须记下表型。 作者研究了124种与色素沉着相关的SNP(请参阅 补充)。 结论似乎是MA-1是 不能 高度 像大多数现代北欧人一样,已去除色素。 这出于某种原因,因为美洲印第安人的这种祖先会导致表型变异,这种变异似乎并不存在。 尽管作者确实提出,早期的第一批美国人的形态差异很大(例如, 肯纳威克人)可能是由于该人口具有西欧亚亲和力。

这在哪里离开我们? 当然还有更多问题。 尽管我有信心在几年之内就能消除困惑。

引文: DOI:10.1038 / nature12736

附录: 阅读补充。 它们足够丰富,如果您没有访问权限,则无需阅读信函。 另外,当东西方的欧亚人分歧时,我们现在是否可以最终掩盖辩论? 显然,最近不可能有一个> 20,000岁的人与西方人有更紧密的联系。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 考古学 

信用:埃里克·亨特(Eric Hunt)

信用: 埃里克·亨特

我爱我一些豆芽! 蔬菜,苦瓜,各种香精。 我一直都是这样。 其中某些肯定是环境。 我的家人来自以对亚洲的热爱而闻名的南亚地区 支撑和大胆 感觉。 但是也许我是这样出生的? 有大量证据表明 口味具有重要的遗传成分。 这并不意味着基因决定了人们的口味,但是它无疑为被动学习打开了大门。 基因与环境的相关性。 如果您没有发现令人反感的味道,则更有可能探索其深度,并培养自己的调色板。

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你敢吗?
信用: 杰米科(WA Djatmiko)

当然,我不是唯一对此类问题有浓厚兴趣的人。 随着我们获得的边际收入,许多美国人已经成为“美食家”,他们在寻找祖先可能永远无法理解的风味和新颖性。 从哲学的角度更深层次地讲, Qualia 如果在味觉感知中存在可预测的主体间性程度,则重新出现(确定, Qualia 总是存在的,尽管从科学的角度看,它在基本意义上往往是难以解决的)。


但是有 遗传,然后是基因。 我们知道,在某些方面,感知是可遗传的, 但是也许更有趣的是,如果您可以将特定的基因组位置固定在上面。 然后,进化的故事变得更加丰富。 轨迹也是如此 TAS2R16,其中 非同义的 位置516处的突变似乎导致对苦味的敏感性增强。 更具体地说,是 rs846664,并且衍生的T等位基因固定在非洲以外,而祖先G等位基因仍在非洲人群中以明显的比例分离。 中的新论文 分子生物学与进化 将这个基因座放在显微镜下,尽管并没有得出明确的结论。 等位基因变异的起源和差异选择 TAS2R16 与非洲的水杨酸苦味相关 提出了一些有趣的发现。 首先,让我们看一下最感兴趣的SNP样本群体中变异的分布:

区域 菌群数 T516G
非洲以外 非非洲人 0.000
埃塞俄比亚 闪米特 0.059
坦桑尼亚 桑达威 0.083
埃塞俄比亚 渗透的 0.093
埃塞俄比亚 库希特 0.095
坦桑尼亚 伊拉克 0.111
中西部非洲 富拉尼 0.114
肯尼亚 尼日尔-科尔多凡尼 0.133
埃塞俄比亚 尼洛·撒哈拉(Nilo-Saharan) 0.156
肯尼亚 Afroasiatic 0.162
中西部非洲 尼日尔-科尔多凡尼 0.214
肯尼亚 尼洛·撒哈拉(Nilo-Saharan) 0.225
肯尼亚 0.250
中非 尼日尔-科尔多凡尼 0.329
坦桑尼亚 哈扎 0.333
中非 布拉拉 0.361
中非 尼洛·撒哈拉(Nilo-Saharan) 0.367
中西部非洲 Afroasiatic 0.462
中西部非洲 尼洛·撒哈拉(Nilo-Saharan) 0.500

正如您可以看到的 T在非洲以外是固定的,并且在许多非洲人口中有所不同 先前的工作暗示了这一点,尽管非洲范围内的覆盖范围并不好。 但是要观察的一件事是非洲内部A的频率 不可能是 最近的欧亚混合物解释。 出现频率太高以至于不能作一个唯一的解释,在任何情况下,都没有证据表明哈德扎血统中约有33%来自欧亚血统(哈德扎是非洲狩猎采集者的三大主要群体之一,以及布须曼人和P格米人)。

在这篇论文中,作者在一个非洲国家的不同非洲人口中重新排列了约1,000个碱基对。 外显子 该基因的区域(编码氨基酸的物质)。 他们发现的是分离的SNP,特别是516对实现表型改变至关重要。 具有T变体的人不仅表现出更强的苦味敏感性,而且 细胞/组织 与记者的表达提高了。 由于它们具有如此密集的基因组区域,因此可以执行各种 基于核苷酸的测试以检测自然选择,然后尝试 合并的 推断家谱史的模型。

在这一点上,我将为您省去一些细节。 这是他们发现的东西。 首先,看起来该地区确实在许多非洲人口中处于自然选择之下,尤其是 单倍型 T在516为中心。 但是,并非在所有测试中均会重现该结果。 合并的模拟清楚地说明了原因:该突变是一种古老的变体,在人参谱系中具有深厚的根源。 换句话说,这种变化早于 智人。 看起来T等位基因的频率迅速增加 相对 最近,虽然大约在50,000年左右,而不是大约10,000年。*基本上是在“走出非洲”事件发生的时间。 此外,有一个迹象表明,这正在非洲内部进行选择: TAS2R16 远远超出了全基因组范围的值(此基因座的Fst在非洲基因组中基因座的前1%)。 最后,应该注意的是,G等位基因单倍型似乎受到更大的限制,好像它们正在纯化选择中一样。 这意味着切换到T并非全部增益。

在这一点上,您可能已经准备好讲述一个故事,讲述一些欧亚人等非洲人口如何改变生活方式,饮食变化导致感官知觉发生转变。 这似乎不是故事。 相反,作者似乎无法就如何推动这些远古的古老遗传变异对这些最近的趋势做出清晰的解释达成共识。。 他们确实观察到变异确实倾向于在地理上聚类,远比全基因组结果所暗示的要聚。 可能正在进行一些调整,他们根本不知道是什么。 在简介和其他地方,您可以在 TAS2R16 确实与其他特征相关。 不太令人惊讶,因为 多效性; 一种具有多种作用的基因。

超出此特定结果的含义,让我们考虑一下可能的收获: 与味觉一样重要的东西可能是进化过程其他方面的副作用。 换句话说,我们不知道在这种情况下选择的表型目标是什么,但是我们确实可以很好地处理主要的副作用之一,即感官知觉。 怎么一个 味道 似乎 **而且,有许多理论提出,苦味敏感性的变化是由于对有毒植物的适应等而引起的,但实际上没有人知道,这只是低悬果的最合理的解释。 非洲的这些结果表明,在性状和基因上存在更多的变异,并且地理覆盖范围广,这似乎是一个难以置信的模型(人们会认为猎人-采集者哈扎将表现出最大的敏感性,不是吗?) 。 我们人类认为许多特征和趋势是基本的,必不可少的,并且具有重要意义,实际上,许多特征和趋势是强大的进化力量对人类造成的负面影响。 遗传相关矩阵 定义了基因组中相互依存的隐藏网络。 所以在那儿,我说了。 生活是一场意外。 好好享受。

引文: 坎贝尔,迈克尔C.,等。 “与非洲的水杨苷苦味敏感性相关的TAS2R16等位基因变异的起源和差异选择。” 分子生物学与进化(2013):mst211。

*如果接近10,000,我认为基于单倍型的测试会有所回报,但事实并非如此。

**一些伊壁鸠鲁人可能被指控减少口味的商品!

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 进化, 进化遗传学, 味道 
SNP rs452处SLC1426654变异的分布。 信贷,HGDP浏览器

的分布 SLC452 SNP rs1426654的变异。 信用, HGDP浏览器

妮娜·达芙莉(Nina Davuluri),《 2014年美国小姐》,作者:安迪·琼斯(Andy Jones)

妮娜·达芙莉(Nina Davuluri),《 2014年美国小姐》,获奖者: 安迪·琼斯

随之而来的次要问题之一 妮娜·达芙莉(Nina Davuluri)赢得美国小姐 看起来肤色不佳的人能够赢得任何 印度 选美赛。 快速浏览 Google图片“印度小姐” 会阐明我所暗示的现实。 印度美女的理想,尤其是女性的理想,偏向本地南亚人肤色分布的淡淡末端。 如果将Nina Davuluri与 南亚事实上,她可能处于中等水平。 但令人惊讶的是,在印度主流媒体中看到一个看起来像她一样美丽的女人。 当我向印第安人*指出这一奇特的方面时,其中一些人会认为那里有黑皮肤的女性名人,但是当我 查找有问题的女演员 他们总是皮肤不是很黑,尽管也许 对照 可能是那个行业的标准。 但是无论文化现实是什么,色彩变化与审美变化之间的烦恼关系促使我们提出以下问题: 为什么南亚人的肤色如此多样化? 一份新的论文 PLoS遗传学, 的轻皮肤等位基因 SLC24A5 南亚人和欧洲人中的血统共享血统,深入探讨这个遗传问题。

该地区许多垂手可得的水果是几年前采摘的。 一些大效应遗传变异 已知是 多态的 在欧亚大陆的许多人口中,南亚人口中的种族隔离。 用通俗易懂的语言来说,这意味着导致表型发生重大变化的一些基因,甚至在印度次大陆人的家庭中,都以不同的风味漂浮着。 ERGO,您会看到肤色完全相同的兄弟姐妹之间存在巨大差异(非裔美国人(作为混合人口)是相似的)。 欧亚大陆东部和西部的色素沉着消失似乎是由于 趋同进化 (重叠的基因组中的不同突变), 智人 从美拉尼西亚到非洲,深色皮肤的祖先条件得到了很好的保护。


那么您可能会问这篇论文的角度是什么? 两件事情。 首先是 它对南亚人口有很好的报道。 这很重要,因为要了解肤色变化,您可能应该查看数量差异很大的人群。 先前的许多工作都集中在人类分布极端的人群中,即非洲人和欧洲人。 使用这种方法存在明显的局限性。 如果您正在研究变异性状,那么专注于表达完整变异范围的种群可能会很有用。 其次,本文深入研究了人类色素沉着的多样化所带来的细微的进化和系统生物学问题。 人们常说种族常常是肤浅的,似乎不理会人类生物学变异的重要性。 但是皮肤是很重要的。 这是我们最大的器官,色素沉着基因座似乎确实很奇怪。

您可能知道,大约20%的遗传变异分布在各大洲种群(种族)之间。 但这并不是所有基因都如此。 色素沉着通常是该规则特别值得注意的例外。 在2005年末,发表了一篇论文,可以说它迎来了现代色素沉着基因组学的时代, SLC24A5,一种假定的阳离子交换剂,会影响斑马鱼和人类的色素沉着。 作者发现,一个 非自发突变 非洲和欧洲人肤色差异的25%至33%左右。 而且,在这两个人群之间以及在欧洲人和东亚人之间,等位基因频率几乎是不相交的。 在将欧洲人与非洲人和东亚人进行比较时 几乎所有的变体都是分区的 横过 人口很少。 派生 SNP与祖先状态不同,在欧洲人中的发生率约为100%,在非洲人和东亚人中则为〜0%。 人们经常说(您可以用谷歌搜索!),该变体是欧洲人与非洲人相比在人类基因组中祖先提供信息最多的第二等位基因。

SLC24A5 仅仅是个开始。 SLC45A2, TYR, OCA2基特尔 仅仅是基因座的众多字母汤中的一部分,人们已经知道它可以影响人类正常的色素沉着变化。 尽管色素沉着基因相对较大 可以肯定地说,在任意两个合理不同的地理种群之间,该特征的种群之间变异的90%是由于〜10个基因引起的。 通常有一个 权力法 分布也是如此。 效果显着的前几个基因超过了变异的50%,而随后的基因座逐渐变得不那么重要。

那么,这项工作如何推动整体结果向前发展呢?

–根据他们的人口覆盖范围,作者确认 SLC24A5 在次大陆上,所有讲印度语的欧洲人和德拉维人的人口似乎都是多态的。 衍生变体的发生频率从西北地区的〜90%,整个次大陆的婆罗门族的〜80%,到某些部落群体的〜10-20%。

–尽管存在一个南北坡度,但它是适度的,具有〜0.25的相关性。 与经度的相关性要强得多,但是我可以肯定,这是由于他们在恒河平原东部对印欧人口的抽样偏低所造成的。 正如该文章所暗示的那样,经度的相关性与以下事实有关:在这些边缘地区的藏族和缅甸人往往缺乏西欧亚等位基因。

–使用基于单倍型的自然选择测试,作者推断该等位基因的频率在印度北部而不是南部呈阳性上升。 由于衍生的等位基因频率较低,作者可能没有能力检测南部的选择。 而且,我确实想知道在北部进行的选择是否仅仅是在西欧亚大陆发生的事情的回声。 但是,如果您看一看北部的A等位基因频率,则大多数人群似乎比推算出的变异具有更高的频率。 “北印度祖先”.

也许更有趣的是 这些结果阐明了人类进化动力学和系统进化论的更广阔的前景。 对周围区域重新排序 SLC24A5 这些研究人员证实,在西欧亚大陆和南亚的所有人口中,其衍生变种看起来都相同。 这是什么意思 在西欧亚人与东欧亚人分离之后,这种突变发生在最后一次冰河世纪末的某个时候。 作者使用一些标准的系统发育技术给出了一些数字,但他们承认,古老的DNA将在更深层次的问题上提供真正的清晰度。 当我看到这样写的东西时,我的直觉和希望是,很快就会有更多的论文发表。

当我第一次阅读 的轻皮肤等位基因 SLC24A5 南亚人和欧洲人中的血统共享血统,我认为阅读必不可少 古代DNA将美洲原住民与欧洲联系起来基于矩的混合参数和基因流来源的高效推断。 原因可以追溯到我在本文顶部生成的情节:请注意,美洲原住民并不携带西欧亚变种。 SLC24A5。 约24,000名西伯利亚男孩的发现以及他古老的DNA表明,这里有一群亲密的人 接近 西欧亚人比东欧亚人对美洲原住民祖先的贡献更大。 缺少欧洲版本的 SLC24A5 在美洲原住民中,有一位学者向我暗示,这种扫荡尚未开始,或者欧洲变种不受欢迎。 其他论文报道的是,约有20-40%的欧洲人起源于古老的北欧亚大陆,与西欧亚大陆无关(或至少没有密切关联)。 这个人口很可能与西伯利亚男孩有关。 由于欧洲人对于的派生变体是固定的 SLC24A5,这对我而言意味着必须在24,000年前之后才发生扫荡。

journal.pgen.1003912.g002 在这一点上,我不得不承认,我认为需要谨慎地将其称为“欧洲变体”。 仅仅因为它在欧洲几乎是固定的,并不意味着该变体在欧洲出现。 如果查看派生变体的频率,您会发现它在中东北部相当高。 观察中东小组中的某些人口,祖先的变体可能全部由非洲历史上的混杂因素来解释。 如果在最后一个冰河时代开始扫荡,那么欧洲大部分地区将无人居住。 现代的发行方式提供了很多信息,但肯定不能说明全部情况。

我们在哪里 SLC24A5 从整体上来说,色素沉着已成为基因组学上的完整特征。 我们不了解为何如此强烈选择浅色皮肤的全部故事。 我们还不知道选择从何处开始以及何时开始。 但是,通过逐步解决这一难题,我们可能会在不久的将来掌握这一具有适应性的显着特征。

引文: Basu Mallick C,Iliescu FM,MölsM,Hill S,Tamang R等。 (2013)的轻皮肤等位基因 SLC24A5 在南亚人和欧洲人中通过后裔共享身份。 PLoS Genet 9(11):e1003912。 doi:10.1371 / journal.pgen.1003912

*根据我的个人经验,出生于美国的印第安人常常不具有相同的偏见和偏见,部分原因是与印第安语环境相关的微妙的棕色阴影在美国似乎很可笑。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 基因, 基因组学, 肤色不均 

可能在KITL基因座上具有等位基因的个人(来源:David Shankbone)

个体上的多态 基特尔 轨迹? (信用: 大卫·香克伯(David Shankbone)

色素沉着是后基因组时代为数不多的复杂特征之一,几乎可以完全表征。 事后看来,原因很明显。 追溯到1950年代(请参见 人口遗传学)有使用人类谱系的推论,表明正常的人类变异对该特征的影响少于十个影响较大的基因。 换句话说, 这是一个多基因特征,但并非如此。 这意味着控制变异的等位基因将具有相当大的响应,并且完全在统计遗传技术的能力范围内以捕获其效应。

我应该谨慎对待这个问题。 直到最近中期(见 突变体)尚未完全了解此特征的细节。 如今,不同人群的继承性质 is 众所周知, εξελικτική 历史 就这些事情而言,也以相当清楚的方式众所周知。 50,000英尺的角度是这样的: 数百万年前,我们失去了皮毛,出现了黑皮肤,而我们离开非洲大约50,000年前,我们中的许多人就失去了色素沉着。 (实际上,北部纬度的人种似乎在 他们的色素沉着)


A 在新纸 手机 进一步细化了细节,这可能是此过程的结果。 成为一个 手机 论文中有很多灵巧的分子技术来阐明其机理途径。 但是我会掩饰这一点,因为它既不是我的专长,也不是我的重点。 该论文的摘要是它表明 p53,是一个相对众所周知的抑癌基因,似乎与反应元件有相互作用(该基因产物在许多区域结合,这是一个 转录因子基特尔 轨迹。 该基因座是众所周知的,部分原因是它与色素的变化有关。 人与鱼。 所以 基特尔 是跨越子生区的普遍的色素沉着途径之一。 欧洲人和东亚人都有一些衍生出的变体,它们与皮肤较浅有关,尽管在两种情况下都具有多态性(它尚未席卷固定)。

适应的工资? (图片来源:Hoggarazzi摄影)

适应的工资? (信用: Hoggarazzi摄影)

但这是一个 手机 因此,必须有一个不仅是进化的,更具体和实用的角度。 还有。 事实证明,在单核苷酸多态性突变 p53 反应元件导致上调的趋势 基特尔 和雄性生殖系增殖。 当涉及到肿瘤的发生,特别是睾丸癌时,后者就显得尤为重要。 这种癌症是似乎没有体细胞突变的一种 p53 本身。 此外,作者观察到,欧洲裔人的睾丸癌发病率比非裔美国人高4-5倍。 而且,大概是 基特尔 与黑色素生成增加有关。 这组作者认为,由于欧洲人皮肤较白,由于在其他基因座进行选种,因此在 基特尔 (增加了晒黑的反应)。 有证据表明在该基因座有选择(长单倍型和纯合性增加),所以这并不是一个不合理的推测,尽管功能等位基因丧失的频率很高,表明该模型很可能是复杂的。

我不知道这个故事的细节是否正确(尽管我对此很感兴趣 变异 基特尔 与其他生物体的癌症有关)。 但这说明了由于人类迁出非洲而导致的快速进化变化的可能后果之一: 由于多效性而产生有害的副作用。 换句话说,当您修改种群的基因组架构时,在优化功能的一个方面时,您将不得不权衡取舍。 基因不仅仅具有一种后果,而且还包含在无数种途径中。 随着时间的推移,进化理论预测会出现缓慢的重新平衡,因为修饰基因的出现掩盖了有害的副作用。 但是在那之前,我们将尽力承担适应的重担。

引文: Zeron-Medina,Jorge等。 “ KIT配体中的多态性p53反应元件会影响癌症风险,并且已经过自然选择。” 细胞155.2(2013):410-422。

 

亚述

信用: 阿维克

“不要以为我是来给人间和平的:我来不是要去和平,而是一把剑。” 马太福音10:34

“那些日子,地上有巨人……当上帝的儿子们来到人类的女儿那里,他们给孩子们抚养孩子时,同样地,有能力的男人也变老了,成名了。” 创世记6:4

七年前,我写了一篇短文, 为什么是父权制?,它试图对复杂社会(即不是“小规模社会”)中普遍存在的父权制提供一个简洁的解释。 从广义上讲,我的推测是,在过去的几千年中,少数男性群体(按比例)在社会和政治上的统治地位是一个例子。 “诱发文化”。 农业社会较高的人口密度产生了 相对的 剩余的可获取的边际剩余,可以用来支持专门从事贸易,宗教和战争的非农民阶级,所有这些阶级都是相互联系的。 这种新的经济和文化背景促使人们重新组织了人类社会权力关系的典型分布,这是由于我们继承自旧石器时代人类的物种的基本认知结构的反应。 阿贡或种内竞争,一直是人类社会化游戏的一部分。 这种本能在男性群体中的扩大和传播完全改变了人类社会(另一种动态是合作结构的细化,尽管这通常表现为人类联盟之间的激烈竞争)。

为了大致了解我说的“转换”的含义,请考虑 刊文 in 华尔街日报 其中描述了其中一位的妻子 2012年新德里黑帮强奸:

有些人将XNUMX月的帮派强奸和类似袭击归咎于传统社会期望的冲突(农村地区普遍存在)和印度城市的现代性的冲突,在印度城市,农民工遇到了按照一套不同的规则生活的城市居民的价值观。 例如,在德里残酷的袭击中,袭击者劫持了与之同住的那名妇女和年轻男子,询问他们为什么晚上晚上一起出门,年轻人告诉法庭。

说到那天晚上的事, 戴维女士说,她不明白一个女人怎么可能和一个不是丈夫的男人一起出去玩。

这种“伴侣保护”的常态在许多“传统”社会中都是理所当然的。 您会看到它反映在1995年的电影中 第一骑士,亚瑟王(King Arthur)在亲吻的基础上尝试对兰斯洛特(Lancelot)和吉尼弗雷(Guinevere)进行叛国罪(对领域不敬)。 我不会进行过多的心理分析,但最后要说 激进的不平等现象和复杂社会分层的出现改变了本来形成于小规模群体的本能,而小规模的群体无疑是小规模的冲突。 据我所知,小规模社会的文学倾向于暗示一种相对宽松的,甚至是现代的对性的态度,这在欧洲人的世界中是看不到的。 Ecumene.

在这一点上,您可能对审查这一猜想感到好奇。 也许我会突出支持该模型的历史和考古证据? 不,我认为 人类权力结构发生这种彻底重塑的证据,导致了我们所理解的父权制的出现,这反映在我们物种的进化史上。 有两篇论文说明了在母系谱系mtDNA和父系谱系Y染色体中看到的不同模式。

首先, 40%的中国人的Y染色体是三位新石器时代的超级祖父的后代:

人口的人口变化是深入研究人类过去的核心问题之一。 为了确定与男性谱系有关的主要种群扩展,我们对非重组区(NRY)78 Mbp处的3.9条东亚Y染色体进行了测序,发现了超过4,000个新的SNP,并鉴定了许多新进化枝。 相对发散日期可以使用分子钟更精确地估计。 我们发现所有旧石器时代的分歧都是二元的。 但是,在大约6 kya(一千年前)出现了三个类似新石器时代的强烈恒星膨胀(假设恒定替代率为1e-9 / bp /年),这表明〜40%的现代中国人是只有三个超级祖父的父系后代当时。 这一观察结果表明,中国主要的父系扩张发生在新石器时代,可能与农业的发展有关。

其次, 线粒体基因组多样性分析确定柬埔寨原住民的新的和古老的母系:

柬埔寨拥有各种原住民(大概是古代)人口,在遗传多样性研究中这些人基本上被忽略了。 在这里,我们调查了来自1,054个地理区域的14个柬埔寨人的母系基因库。 使用线粒体全基因组测序,我们确定了八个新的线粒体DNA单倍型,所有这些都是新定义的基础单倍型或基础亚支。 大多数新的基础单倍体具有很长的合并年龄,范围从〜55,000到〜68,000年,这表明当今的柬埔寨原住民仍在其母系中携带古老的遗传多态性,并且大多数常见的柬埔寨单倍体可能起源于本地,然后扩展。在史前时期到周边地区。 此外,我们观察到柬埔寨人与印度次大陆人口之间的关系相对密切,这支持了大约60,000年前现代人类从非洲通过印度次大陆向东南亚大陆迁移的最早的沿海路线。

这里的科学方法很简单,或者至少是经过尝试和检验的。 此处的主要收益在于原始数字和排序。 基本上,这是植物学工作的延伸,可以追溯到20年前,但仅限于类固醇。 因此,应谨慎行事。 古老的植物志文献被证明是 在许多细节上是错误的。 但这没关系,那里仍然有黄金,您只需要看一下即可。

本文对中国Y染色体多样性的广泛意义是显而易见的。 如 成吉思汗模态单倍型 这些是具有“星状系统发育”的谱系。 它们以短的顺序从一个共同的祖先中爆发出来,几乎没有突变步骤。 爆炸只是人口快速增长的反映。 Y谱系的偏斜分布(即三个谱系代表了近一半的人口)对我来说表明了一种模式,其中雄性雄性的生殖能力要比普通雄性好得多。 由于“精英流失“。

线粒体DNA

引文: 张晓明,等。 “线粒体基因组多样性分析确定了柬埔寨土著居民中新的和古老的母系。” 自然通讯4(2013)。

第二篇论文探讨了母体系mtDNA。 有一些有趣的特定结果。 与乔·皮克雷尔(Joe Pickrell)的一致 TreeMix结果 它看起来确实像柬埔寨人和印第安人有着古老的血统,可追溯到旧石器时代。 左侧的PCA显示了人口与其单倍群的关系,一个明显的发现是 柬埔寨人倾向于与印度人聚在一起,而不是东北亚人。 这个结果并不令人惊讶。 正如我之前提到的 线粒体谱系 南亚人比西欧人更接近东亚欧亚人。 Y染色体的结果倒置,而常染色体位于中间。 此外,上述结果表明,华南汉族mtDNA往往与与东南亚东南亚泰国人有缘的Dai族一样占据该地块的同一部分。 相反,少数华北汉族人倾向于与藏族和阿尔泰族人聚居。 中国化可能是男性介导的吗? 有间接的民族志证据表明了这一点(例如,某些广东人的婚姻习俗可能反映了Dai族妇女的同化)。

对我来说,最大的结果是 它说明了由于农业及其后代父权制的兴起,在过去一万年中,男性和女性的迁徙模式之间存在差异。 我认为没有狩猎采集者成吉思汗。 这样的繁殖多产的雄性,配得上象海豹,只有在文明的文化和技术装备下才可行。 约20,000年前 铁木真 成为小家族中的大人物可能会感到满意。 由于到公元1200年意识形态和军事上的各种进步,您看到了一个人的权力上升,他实际上可以断言他是“世界征服者”。

雄性大猩猩

信用: 布罗肯(Brocken)

当然,我不相信农业之前的世界是静止的。 相反,中国Y染色体论文报道了一种推断的谱系灭绝模式,该模式是规则且一致的。 但是文明加剧了种族灭绝的规模,尤其是在权力游戏中失败者的雄雄大屠杀。 相对的 mtDNA在整个欧亚大陆大片地区的连续性证明了这样一个事实,即“第一批妇女”的血统仍然在定居的农业人口中持续存在,其基因组已被无数次的征服和同化序列重塑。 虽然可以想象女性介导的基因流是恒定,连续和局部的,但我相信男性介导的基因流具有更标点的模式。 由于文化和社会创新(例如马或伊斯兰教)以及长期以来形成的Y染色体变异(自从最后一轮征服者浪潮被一次扑灭后就消失了),它就爆炸了。 显然,这对总基因组有影响,我怀疑在某些情况下,雄性介导的重复扩增导致常染色体和mtDNA谱系之间出现惊人的矛盾。 你看到这个 阿根廷,由于欧洲移民的男性偏向,美洲原住民的mtDNA似乎比常染色体祖先具有更高的持久性。 柬埔寨似乎是这样,那里的非东北亚常染色体血统似乎比同等的mtDNA所占比例低。

随着无处不在的基因组分型和测序的兴起,地理覆盖范围将变得足够细致,广泛的模式和特定的细节将变得清晰。 然后,我们最终将能够理解,以粮食为动力的社会是否真正迎来了由少数人统治许多人的时代。 镰刀变成剑有多容易?

 

他将是一个野人。 他的手必与每个人交战,每个人的手必与他交战。 他要住在全体弟兄面前。

–创世记16:12

到现在为止,您可能已经看过或读了两篇刚发表的重要论文 科学, 2000年中欧石器时代的平行社会古代DNA揭示了中欧线粒体遗传多样性形成的关键阶段。 该 详情 已经在其他地方进行了广泛的探索。 如果您没有学术访问权限,我强烈建议您 补充 第二篇论文。 如果您对考古学的基本知识掌握得不好,这也很有启发性(我没有)。 例如,我不能 确认 不同考古文化的合并策略是否合适,因为我自己并不完全了解这些独特的考古“文化”的性质(引述归因于考古学家从物质遗存中推断出文化的事实,等等。在我们理解文化的意义上,它们可能不是文化)。 但是总体发现是显而易见的,在数千年前的古代欧洲,有许多人口替代和合并。 第二次世界大战后的考古学论点是,一个人无法从物质遗骸中推断出人口统计特征的变化(因为后者可以纯粹通过模因手段扩散),这似乎是错误的。 对应关系出人意料地紧密。


在这些文件发表之前,在其广泛的概述中就很清楚了。 我的职位几乎不会改变 格林德尔的末日。 如今,我们很难想象(或以任何合理的方式重建)史前欧洲如此混乱的社会,正如更广泛的mtDNA论文的作者之一所观察到的那样。 您无法根据现代的变化模式推断出这种替换模式。 从目前的变化分布推断出过去的系统地理学显然有局限性,因为在缺乏足够密集的数据集的情况下,必须遵守简约性的要求受到了限制。 早期的争论是,在坚持人口统计学在将农业生活方式从中东新石器时代的社会转移到欧洲的过程中(LL Cavalli-Sforza等人)的学者与推动这一论点的学者之间进行了争论。的 文化传播 (Sykes等人)。 这些显然是风格化的极端立场,但它们抓住了关于文化如何转变和扩展的争议的本质。 学者们研究了当今欧洲和中东人口,并比较了他们的遗传相关性,通常与男性和女性血统(Y和mtDNA)进行了比较。

该模型存在一个主要问题: 我们拥有的古老DNA告诉我们,当前的人口遗传分布与过去的人口遗传分布相关性很低。 而且,不仅欧洲古老的人口像耕地一样杂乱无章,而且翻天覆地,而且中东的人似乎也很可能也是如此。 因此,该方法必然会误导一开始。 一些主要人口流动的前提是错误的。 但是我相信我们的理解还有另一个主要缺陷: 史前人并没有完全被雾化。 无论是相信人口运动或文化传播的中心作用,这两个论点都似乎认为史前人类主要是在小规模地动员和互动。 漫射. 这似乎是错误的。 或至少它错过了足够多的图片,以致给人留下了错误的印象。

要了解我正在经历的事情,请考虑19世纪美国向西方的移民。 工作中有多种力量。 首先,美国许多地方存在着真正的人口压力。 以新英格兰为例。 它根本没有更多的土地用于自给农业,可以支持超过马尔萨斯极限的更多人口。 主要有三个回应。 该地区可利用的水力自然natural赋使“价值链”向工业的过渡成为可能。 总生育率降低(与第一生育率有关)。 最后,向西部大规模迁移,首先是纽约北部,然后穿过大湖,甚至到达太平洋。 这些变化在很大程度上可以建模为个人(对于家庭/公司)动态。 人们正在对不断变化的激励措施做出理性的反应。 但这错过了“更高层次”的结构性转变。

现在大家都知道 美国政府实施了一项大规模的种族清洗和安抚西部领土原住民计划,使移民成为可行的选择。 它通过在战争中的胜利(加利福尼亚)或外交大手笔和协调的人口袭击(俄勒冈州和华盛顿州)获得了西部沿海国家。 这些事件与宏观文化动态相关联,并封装在一个口号中,例如 天命。 增加模型的地理范围 文化和人口 欧洲本身也发生了变化,在美国也感受到了变化(即欧洲向中西部等地的移民是该国定居的重要因素,而这种移民通常是由于来源国的社会和政治动态造成的)。 这些宏观动力学的现实意味着人口统计变化经常以不连续的方式在脉冲中发生。

信用: 德巴赫曼

由于史前时代是由于缺乏文字来定义的,因此我们无法从中撰写详细的叙述, 我们将永远不了解导致我们推断出的文化和遗传变化的特定宏观动力学 (除非开发时间机器)。 但是,我们至少可以构建一个正确的框架来获得人类过去交互方式的真实味道。 正如我在其他地方所说的,我相信一旦常染色体和Y染色体结果上线(mtDNA更加丰富,因此更容易提取),我们将看到许多不连续和移位实际上在雌性谱系中得到了减弱。 我的意思是,这些论文中的图片实际上可能不如真正的实际变化那么激进。 在印度 外加剂的来源人群 足够明显,以至于混合物似乎是由男性介导的。 与西欧常染色体系谱相比,西欧亚Y染色体谱系在分数方面的表现更好,西欧常染色体系的谱系也比西欧亚mtDNA更好。 从西亚到大西洋欧洲的整个区域更多地是一个连续体,因此必须根据古老的DNA进行可靠的推论。

最后,我认为需要注意的最后一个大方面是 在较小的空间尺度上,古代种群之间的遗传距离非常大。 我怀疑随着农业和帝国主义国家的兴起,我们已经看到了跨越欧亚大陆广大地区的大规模基因平衡过程。 虽然我认为如果仅将史前史视为具有模糊高阶结构的小规模乐队的事,我们会误导自己,但事实仍然是规模比后来出现的规模要小。 这使我得出结论,在过去,人口遗传多样性作为距离的函数可能要比记录的大多数历史记录中的更大。 因此,关于从当代变异中衍生出来的人类遗传多样性特征的推论是令人误解的。

*需要明确的是,大陆人口之间的Fst可能相同。 但是小规模的Fst可能更大。

 
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更新: 只是看这部电影.

现在没有时间写这件事,但请检查 科学杂志 今天下午(在发帖几小时后),发表了一篇有关古代mtDNA的重要论文,以及谱系频率的变化与他们发现的文化之间的惊人关联。 事实证明,当您剥开最麻木的东西时,它比我们想象的要复杂得多且令人惊讶。 国家地理,为该项目提供了资金,上面已经贴出了一个帖子:

他们发现,DNA谱系频率的变化与中欧新文化在一段时间内的变化和出现密切相关。 换句话说,7,000年前居住在中欧的人们的DNA谱系与5,000年前居住在中欧的人们不同,并且再次不同于3,500年前的人们。 在青铜时代,中欧是一个充满活力的地方,居住在那里的人们的遗传组成表明,欧洲史前史并没有什么动静。

斯宾塞·威尔斯(Spencer Wells)是地理项目负责人兼国家地理驻地探险家,他解释说:“从新石器时代的农耕开始到青铜时代,考古遗址的[遗传]数据揭示了连续的移民潮和人口替代-遗传“革命”相结合,创造了我们今天看到的遗传模式。”

我希望这不会导致新的简便性来取代旧的无迁移方式。

 
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“体育画报” 作家 大卫·爱泼斯坦 有一本新书, 体育基因:非凡运动表现科学之内。 标题让我印象深刻,粗俗易懂, 但我知道作者并不总是对此种东西有控制权。 在过去的一年中,我与爱泼斯坦有过一定的往来,他给我发了一些与人类进化遗传学和古人类学有关的文章,以确保它们听起来并不疯狂。 我还没来得及读这本书,但从 访问 我听了 美国国家公共电台 它具有丰富的数据和精妙的理论。 尽管标题似乎暗示运动能力是一个单一的基因特征,其中人口的大部分变异是由于遗传变异造成的, 爱泼斯坦否认了这一事实,而是提出了一种现实,即运动能力是一个复杂的特征,它在许多方面都受到众多遗传和环境变量的影响,并且涉及这些变量之间的相互作用。 那样会使字幕显得不那么性感,但是它具有正确的属性。


爱泼斯坦(Epstein)对这项研究进行的调查涉及必将引起轰动的敏感话题(例如, 连接体育,种族和遗传学的紧迫性和挑战)。 但是从访谈的角度来看,这本书中似乎会有很多“真相”事实。 例如,他报告说 在美国17至2.14岁之间,身高20英尺(40米)高的男性中,有XNUMX%在 NBA! 显然,没有任何基因可以保证使您成为NBA球星,但是拥有等位基因特征使您身高达到XNUMX英尺显然会有所帮助。 这也说明了 “ 10,000小时规则” 在流行文化中已被接受。 练习很重要 ,人才很重要。 在极高的性能水平下,人们经常需要专注于一遍又一遍地执行重复性任务。 但是,人们也可能需要一种自然的基因补充。 大多数NBA球员的孩子都不会成为职业篮球运动员,但是可能性要高得多。 爱泼斯坦在访谈中以轻松,简洁的方式概述了这些事实,并消除了导致基因决定论的婴儿疾病,从而导致购买了DNA试剂盒,该试剂盒会告诉您您的孩子是否是运动员。

尽管很复杂,但我从戴维·爱泼斯坦(David Epstein)对他的书的描述中可以摆脱的一件事是,关于如何造就一位优秀运动员的大量科学文献。 这似乎是合理的,因为职业体育是一项有利可图的企业,而有钱的地方就有科学的探索。 但这有助于时不时地重申这一信息。

附录: 提起詹姆斯·克劳(James F. Crow)2002年论文的好地方 本质上的不平等:遗传学家对人类差异的看法

Pritchard,Jonathan K.,Matthew Stephens和Peter Donnelly。 “使用多基因座基因型数据推断种群结构。” 遗传学155.2(2000):945-959。

在那之前 结构 只是 结构体。 我的意思是 人口子结构一直如此。 问题是,作为人类,我们将如何以赋予某种智慧和启发的方式来表征和形象化它。 我们可以评估种群子结构的一种简单方式是可视化个体或种群之间的遗传距离。 二维图。 另一个很流行的方式是在一个物体上表示距离 邻居加入树,如左图所示。 如您所见,这并不总是令人满意的: 提示过多的茂密树木通常几乎无法解释,只是最琐碎的推论 (尽管它们的羽毛状拓扑具有美感!)。 并且,在诸如相邻树和MDS图等图形表示消除了太多相关信息的情况下,混乱的F ST矩阵有相反的问题。 所有距离数据都有其详尽的细节,但几乎没有 格式塔 理解。

Rosenberg,Noah A.等人。 “人口的遗传结构。” 科学298.5602(2002):2381-2385。

进入这个混乱的世界 结构 条形图。 当我说 ”结构 柱状图”,在2013年,我真的是指许多基于模型的聚类系统进化包。 因为速度更快,我更喜欢 混合物。但是品牌对其自身难以衡量的部分,无法做出有效提升 混合物 实际上只是对游戏基本规则的一种扭曲 结构 放。 您在右边看到的是漂亮的条形图之一,在过去的五年甚至更长的时间里,这些条形图定期出现在此博客中。 我已经重复了他们的工作,但这并不意味着, 广告恶心,尽管重复自己也没有什么害处。 您所看到的是一系列人口中的个体如何在K ​​= 6时震动。更具体地说,假设您的个体池可以看作是六个祖先人口的各种比例的混合体。 每条线都是一条单独的线,每条线和特定颜色的比例阴影表示特定的K(对于K = 6,人口1、2、3、4、5、6)。

我应该在此提醒您,这并不意味着这些人实际上是六个祖先群体的组合。 当您考虑它时,这是常识。 仅仅因为有人用给定的K生成条形图,但这并不意味着该条形图有意义。 例如,我可以设置K = 666。 结果将完全没有价值(甚至是邪恶的!),但它们将是结果,因为如果您放入垃圾,该算法将产生某些东西(垃圾)。 这就是为什么我说人口结构是具体的 难以言喻的。 我们知道,这是我们可以直观理解的真实历史的结果。 但是,如何为我们的视觉表现力和定量精度生成该结构的图却更加困难和滑溜。

要真正了解正在发生的事情,回顾提出的原始论文可能会很有用。 结构, 利用多基因座基因型数据推断种群结构。 尽管有后续行动,但该初始发行版中列出了该套件的胆量。 基本上,您有一些数据,多基因座基因型。 自从 结构 该技术于2000年首次亮相,当时它还没有成千上万个位置的SNP芯片数据时代。 今天,术语“多基因座”听起来几乎很古朴。 在2000年,古典常染色体时代正在逐渐消退,但人们仍然使用 RFLP s,不是。 这证明了该框架的健壮性。 结构 它顺利过渡到海量数据集的时代。 大致来说, 结构 是经验基因型数据,关于种群动态的形式假设,以及用于在前两个前两个元素之间进行映射的强大计算技术。 用纸的语言你有 X,个体的基因型, Z,人口和 P,群体的等位基因频率。 它们是多维向量。 这在这里并不重要,因为您只有 X。 真正的咕unt作 结构 正在生成向量, Q, 它定义了祖先人口对每个人的贡献。 这是通过 MCMC,它探讨了给定数据的概率空间以及烘焙到包装蛋糕中的先验条件。 尽管有些人似乎将MCMC的细节视作黑匣子,但是当您想从默认设置转变时,实际上对它的工作原理有一些直觉通常会很有用(确实有人在运行 结构 谁不清楚烙印到底是什么)。 最终的结果是,在结构化人群中,基因型不存在。 哈迪-温伯格平衡. 结构 正在尝试找到一种解决方案,这将导致HWE中的人口增多。

这使我们想到了如何理解结果以及选择哪个K的问题。 如果你跑 结构 您可能正在遍历许多K值,并多次重复迭代。 您可能必须合并输出以进行复制,因为它们将使用不同的输出而有所不同。 算法。 但是无论如何 每次迭代都会产生一个可能性 (这是从给定K值的数据的概率中得出的)。 “选择”适当的K的最直观的方法是简单地等待,直到可能性开始趋于平稳。 这意味着该算法无法将更多信息量的果汁榨取到K值。*这似乎很枯燥乏味, 但这确实带给您真正的理由,为什么您不应该在深度上将任何给定的K视为自然或实数。 K的选择与现实关系不大,而与工具性息息相关。 例如,如果您的目标是在世界范围内的人口中检测非洲人血统,那么即使K值越高,模型拟合越好(KMC值越高,通常花费的时间越长),K值就足够了。 相反,如果您想辨别更精细的人口群,则明智的做法是,将K信息最多,无论需要多长时间。

今天,基于模型的聚类 结构, 罢工混合物 是人口遗传工具包背景家具的一部分。 现在在块上有更新的方法。 像这样的包 混合树 使用等位基因频率将过时的系统进化图转换成更具信息量的图集。 其他 框架 不依赖于一个位点之后的独立信息位点,而是吸收了基因座上的模式,从而在单个基因组内生成祖先。 尽管可以从中推断出一些历史信息 结构,这通常是一个特殊的过程,类似于阅读茶叶。 连锁不平衡方法的优势在于,它们可以明确地探索基因组中的历史过程。 但话虽如此, 结构 酒吧的情节革命引起了巨大的变化,曾经奇妙的事物变得平淡无奇.

*专案 三角洲K 统计资料也很受欢迎。 它结合了可能性的变化率和重复运行之间的变化。

 
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我的朋友Zack Ajmal一直在运行 哈拉帕祖先项目 几年了。 这是对学院中进行的基因组研究的非机构补充。 他的动机在很大程度上是为了填补人们在学术文献中看到的南亚人口覆盖范围的空白。 这在很大程度上是由于政治原因,因为印度政府历来不愿允许收集样本(因此, 人均国内生产总值 数据以巴基斯坦人为南亚参考,而 堆图 从休斯敦的印第安裔美国人那里收集DNA)。 当然,这类项目并非没有盲点。 扎克必须依靠公共数据集来更好地了解部落人口和达利特人等群体,因为他们在散居国外的人中代表性不足,因此他从中吸引了许多项目参与者。

一旦Zack拥有了基因型,他要做的主要工作之一就是将其添加到更广泛的数据集中(包括许多公共样本),并使用 混合物 基于模型的群集程序包。 Admixture所做的是获取特定数量的人口(例如K = 12)并为个人生成数量分配。 因此,例如,对于K = 40,可以为个人A分配1%的人口60和2%的人口2。个人B可以是45%的人口1和55%的人口2。 这些不一定是“实际”人口。 相反,这里的人口及其比例使您能够辨别各个人之间的关系模式。

由于Zack拥有 将他的结果在线,我认为对过去两年中出现的模式进行回顾将很有用,因为他在某些地区的样本量现在已达到中等水平。 尽管他有K = 16的人口,但并不是所有人都会关心我们,因为南亚人并不倾向于展示许多成分。 我将重点介绍七个:南印度人,Bal路支,高加索人,东北欧元,东南亚,西伯利亚和东北亚。 这些不是真实的人口,但是标签告诉您 这些组件在哪个区域是模态的。 因此,例如,“ S Indian”成分在印度南部达到顶峰。 伊朗东南部和巴基斯坦西南部的Bal路支人中的“ B路支”。 波罗的海东部人民中的“ NE欧元”。 后三个是亚洲组成部分,纬度从南到北再到中心。 他们只关注第一个感兴趣的人群, 孟加拉人。 我将把这最后三个结合在一起称为“亚洲人”。

下表是一个表格,其中大部分是Zack结果的个人(尽管有一些公开数据的汇总结果)。 在下面的评论。

种族 印度人 俾路支 高加索 东北欧 亚洲
孟加拉语 53% 28% 2% 5% 8%
孟加拉语Baidya 45% 30% 3% 5% 12%
孟加拉语Baidya 45% 27% 3% 6% 12%
孟加拉文婆罗门 45% 35% 2% 11% 4%
孟加拉文婆罗门 44% 35% 5% 11% 4%
孟加拉文婆罗门 43% 35% 4% 10% 4%
孟加拉文婆罗门 42% 32% 4% 8% 6%
孟加拉文婆罗门 41% 33% 7% 8% 5%
孟加拉文婆罗门 40% 33% 4% 10% 4%
孟加拉文婆罗门 40% 30% 6% 10% 7%
孟加拉穆斯林 50% 25% 1% 5% 15%
孟加拉穆斯林 49% 28% 3% 4% 15%
孟加拉穆斯林 45% 27% 4% 4% 17%
孟加拉穆斯林 45% 26% 2% 2% 16%
孟加拉穆斯林 45% 24% 1% 3% 19%
孟加拉穆斯林 43% 25% 3% 2% 18%
孟加拉穆斯林 48% 27% 0% 5% 15%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 48% 37% 6% 5%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 48% 37% 3% 5%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 48% 35% 5% 6%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 47% 38% 6% 4%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 47% 40% 3% 5%
泰米尔·婆罗门(Tamil Brahmin) 46% 40% 3% 6%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyengar) 50% 35% 2% 8%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyengar) 47% 38% 6% 4%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyengar) 47% 35% 6% 6%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyer) 48% 38% 4% 5%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyer) 48% 38% 2% 5%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyer) 47% 37% 2% 5%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyer) 47% 37% 6% 8%
泰米尔(Tamil Brahmin Iyer) 43% 35% 6% 5%
泰米尔穆斯林 58% 28% 3% 2%
泰米尔·纳达尔(Tamil Nadar) 62% 30% 0% 0%
泰米尔·纳达尔(Tamil Nadar) 59% 32% 3% 0%
泰米尔·纳达尔(Tamil Nadar) 55% 30% 3% 0%
泰米尔·维拉拉尔(Tamil Vellalar) 50% 35% 6% 1%
泰米尔·维拉拉尔(Tamil Vellalar) 51% 32% 5% 0%
泰米尔·维拉拉(斯里兰卡) 60% 32% 5% 0%
泰米尔·维拉拉(斯里兰卡) 60% 33% 0% 0%
泰米尔·维拉拉(斯里兰卡) 56% 36% 0% 0%
泰米尔·维斯瓦卡玛(Tamil Vishwakarma) 70% 23% 0% 0%
泰米尔·维斯瓦卡玛(Tamil Vishwakarma) 66% 25% 4% 0%
安德拉邦 60% 34% 2% 0%
安德拉邦 54% 36% 2% 3%
安得拉邦(海德拉巴) 56% 29% 5% 0%
安得拉邦(海德拉巴) 47% 35% 8% 4%
安得拉邦古达 61% 30% 2% 1%
安得拉邦卡玛 51% 33% 7% 0%
安得拉邦卡普 62% 30% 2% 1%
安得拉邦奈杜 51% 32% 4% 2%
安得拉邦雷迪 57% 37% 1% 0%
安得拉邦雷迪 54% 38% 3% 0%
安得拉邦雷迪 51% 35% 4% 0%
安得拉邦雷迪 50% 36% 2% 1%
安得拉邦Telegu Brahmin 45% 33% 6% 4%
AP Brahmin(Xing,N = 25) 49% 36% 3% 6%
AP Naidu(Reich,N = 4) 61% 31% 1% 1%
卡纳达(Kannada Devanga) 60% 31% 3% 1%
卡纳塔克邦天主教徒 56% 37% 3% 0%
卡纳塔克邦Lingayat 55% 34% 4% 0%
卡纳塔克邦 54% 36% 2% 0%
卡纳塔克邦婆罗门 51% 35% 3% 5%
卡纳塔克邦艾扬格 49% 36% 5% 5%
卡纳塔克邦艾扬格 48% 39% 3% 5%
卡纳塔克邦艾扬格 48% 37% 3% 7%
卡纳塔克邦婆罗门 47% 38% 4% 6%
卡纳塔克邦·康卡尼·婆罗门 47% 37% 2% 6%
卡纳塔克邦·康卡尼·婆罗门 46% 33% 6% 7%
卡纳塔克邦Kokani Brahmin 44% 34% 6% 5%
喀拉拉邦 47% 33% 7% 2%
喀拉拉邦婆罗门 43% 39% 4% 6%
喀拉拉邦基督徒 53% 35% 4% 0%
喀拉拉邦基督徒 50% 35% 8% 1%
喀拉拉邦基督徒 45% 33% 7% 3%
喀拉拉邦穆斯林拉瑟 53% 35% 2% 1%
喀拉拉邦穆斯林拉瑟 51% 28% 4% 3%
喀拉拉邦奈尔 48% 40% 4% 0%
喀拉拉邦奈尔 47% 38% 5% 5%
喀拉拉邦叙利亚基督教徒 50% 37% 6% 0%
喀拉拉邦叙利亚基督教徒 50% 35% 9% 1%
喀拉拉邦叙利亚基督教徒 46% 33% 5% 4%
喀拉拉邦叙利亚基督教徒 44% 33% 6% 4%
帕坦(HGDP,N = 23) 23% 42% 16% 11%
卡拉什(HGDP,N = 23) 22% 43% 18% 11%
布鲁索(HGDP,N = 25) 23% 41% 12% 10%
Brahui(HGDP,N = 25) 12% 58% 12% 2%
信德(HGDP,N = 24) 29% 46% 10% 6%
克什米尔人潘迪特(Reich,N = 5) 32% 39% 12% 9%
旁遮普 43% 36% 5% 9%
旁遮普 39% 39% 9% 7%
旁遮普 34% 43% 7% 7%
旁遮普 34% 40% 12% 8%
旁遮普 33% 44% 5% 10%
旁遮普 31% 41% 14% 8%
旁遮普 29% 36% 11% 11%
旁遮普省(X,N = 25) 31% 44% 10% 7%
旁遮普婆罗门 35% 40% 8% 11%
旁遮普婆罗门 33% 41% 13% 10%
旁遮普Chamar 40% 33% 9% 6%
旁遮普人贾特 28% 39% 11% 10%
旁遮普人贾特 30% 44% 6% 14%
旁遮普人贾特 28% 42% 8% 13%
旁遮普人贾特 28% 46% 7% 13%
旁遮普人贾特 28% 40% 10% 15%
旁遮普人贾特 27% 44% 10% 13%
旁遮普人贾特 27% 35% 16% 11%
旁遮普人Jatt穆斯林 30% 39% 13% 8%
旁遮普语Khatri 30% 42% 12% 12%
旁遮普语拉合力穆斯林 31% 44% 11% 8%
旁遮普语Pahari Rajput 34% 43% 11% 7%
巴基斯坦旁遮普邦 28% 36% 16% 7%
旁遮普邦(Punjabi Ramgarhia) 35% 43% 5% 9%
哈里亚纳邦(Haryana Jat) 25% 33% 12% 17%
哈里亚纳邦(Haryana Jat) 25% 33% 12% 17%
哈里亚纳·贾特(Haryana Jatt) 28% 38% 5% 20%
哈里亚纳·贾特(Haryana Jatt) 26% 39% 10% 17%
拉贾斯坦邦(Rajasthan Marwari Jain) 47% 34% 5% 6%
拉贾斯坦·阿加瓦尔(Rajasthani Agarwal) 51% 37% 6% 1%
拉贾斯坦·婆罗门 32% 38% 9% 15%
拉贾斯坦·马尔瓦里(Rajasthani Marwari) 48% 34% 6% 2%
拉贾斯坦·拉杰普特 45% 38% 5% 9%
UP 40% 28% 10% 8%
上婆罗门 41% 37% 7% 11%
上婆罗门 40% 37% 7% 11%
上婆罗门 37% 38% 2% 14%
上卡亚莎(UP Kayastha) 47% 38% 5% 3%
穆斯林 33% 33% 10% 9%
穆斯林 28% 35% 12% 11%
UP穆斯林Pathan 48% 36% 7% 4%
UP穆斯林赛义德 33% 31% 13% 7%
上赛义德 36% 37% 7% 8%
UP /哈里亚纳邦·阿加瓦尔 52% 35% 6% 2%
UP /哈里亚纳·贾特(Haryana Jatt) 28% 42% 7% 18%
UP /中央邦 51% 27% 1% 7%
UP /旁遮普语 40% 33% 7% 10%
UP /旁遮普语Khatri 27% 43% 10% 11%
比哈里·巴尼亚(Bihari Baniya) 47% 31% 5% 5%
比哈里·婆罗门(Bihari Brahmin) 39% 38% 5% 11%
比哈里·卡亚莎(Bihari Kayastha) 53% 33% 1% 7%
比哈里穆斯林 48% 28% 5% 8%
比哈里穆斯林 42% 34% 9% 6%
比哈里穆斯林 41% 36% 7% 8%
比哈里穆斯林 42% 32% 7% 9%
比哈里·赛义德(Bihari Syed) 42% 35% 4% 9%
古吉拉特语(HapMap,N = 63,Patel) 54% 42% 0% 1%
古吉拉特语(HapMap,N = 34,非调色板) 44% 39% 5% 7%

A 最近的一篇文章 这表明,在今天的孟加拉国周围,发生了公元500年左右的今天的孟加拉国环境,南亚和东亚人之间存在一个单一的混合脉动。传统的婆罗门人到达孟加拉国的解释表明,公元1000年前后都是一个时期(孟加拉是其中之一)。印度北部机构佛教的最后堡垒,因此对婆罗门的服务需求将减少。 结果很容易与这两个事实相吻合。 孟加拉语中的所有非婆罗门人(拜达语是西孟加拉邦的一个非婆罗门人的高级种姓)都拥有丰富的东亚血统。 孟加拉婆罗门人所拥有的远远少于这个。 此外,他们的“ NE欧元”成分约为非婆罗门成分的两倍。 孟加拉婆罗门仍然是一个由一些混杂物组成的综合社区的空间(他们的东亚比例仍然明显高于南亚其他地区),但是传统叙事的轮廓似乎可以解释这些结果的大致轮廓。

当您查看来自德拉威四个州的南印第安人时,有四个事实使我印象深刻:

–婆罗门与非婆罗门人之间有明显的区别(扎拉在哈拉帕数据集中的大多数非婆罗门人都是上等种姓,尽管公共数据集有达利特人和部族人口)

–南印度婆罗门在区域和宗派上几乎没有什么区别(例如,艾扬格与艾耶是泰米尔婆罗门,除以神学差异)。

–南印度婆罗门在遗传上不同于北印度婆罗门。 与北印度婆罗门一样,它们似乎占“ NE欧元”部分的一半(例如,与孟加拉婆罗门相比)。

–南印度的非婆罗门种姓几乎没有“ NE欧元”成分,在恒河平原的非婆罗门种中的比例较低,但比例一致(随着向旁遮普邦的迁移,比例更高)

我不知道婆罗门的Pancha-Dravida族群的起源是什么,但是它们看起来是内生的,来自同一来源,并且很可能早些时候就与当地的基质混合了。 这可以解释它们相对于北印度婆罗门的统一性和较低的“ NE Euro”分数。 上面的结果还表明,叙利亚基督徒来自Nair社区或相关社区的convert依者。 这不足为奇。

最后,我们移至印度北部,该区域在西北的旁遮普邦和东部的比哈尔邦之间延伸。 尽管在该地区的大部分地区,婆罗门语中的“ NE欧元”分数较高,但是当您向西北方向移动时,这种关系似乎会破裂。 尤其是Jatt社区,在次大陆上似乎是最高的。 有 早期理论 雅特人在中亚的起源。 我已经解雇了他们,但现在我想他们需要重新审视。 推理很简单。 旁遮普邦东部的贾特人的“ NE欧元”比例高于其西北地区(Pathans,Kalash等)和其地区的婆罗门团体(例如,潘迪特),其种姓地位在理论上更高。 对这两个趋势的违反暗示着不容易通过简单的社会和地理过程来解释的东西。 在西北地区,祖先和种姓地位之间的联系似乎也被打破了,因为祖先的成分有很大的差异。

应该更多地了解南亚民族志的人。但是在那之前,我邀请南亚文化遗产的读者将其结果提交给Zack。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 基因, 基因组学, 哈拉帕祖先项目 

众所周知,亚历山大大帝入侵了印度河流域。 巧合的是,在这个地区的山脉上,是一群孤立的部落人口,他们的外表与南亚人不一样。 特别是,它们的皮肤白皙得多,并且通常是金发或蓝眼睛。 自然地,这导致了19世​​纪和20世纪初的猜测,他们是白人失去的种族,也许是亚历山大的一些马其顿士兵的产物。 这部分是鲁德亚德·吉卜林小说的基础 该名男子谁是国王。 当然,随着时间的流逝,这些人中的一些人本身已经提出了这个想法。 对于诸如 卡拉什 在巴基斯坦的这一推测得到了其宗教的异国情调的支持,该宗教似乎是印度欧洲的,类似于吠陀印度教,受伊斯兰教的影响很小。

卡拉什女孩, 信用: 戴夫·瓦茨(Dave Watts)

这一系列论题的主要问题在于它们是错误的。 我之所以提出这个陈旧的想法,是因为许多人,包括Wikipedia,显然都不知道这是错误的。 我已经有记者真诚地提出了这个模型,而且我已经看到他们在会谈中随手提出了这个模型。 有许多历史遗传问题仍然是神秘的或倾向性的。 这不是其中的一个。 卡拉什(Kalash)和布鲁豪(Burusho)的成千上万个SNP分发给了公众。 如果您想知道这些种群是如何遗传积累的,请自己分析它们。 我知道它们与马其顿人无关,因为我有很多欧洲人口数据集,而我有很多南亚数据集。 巴基斯坦山丘上的人民显然是后者的统统的一部分,尽管它已转向伊朗人民。

那些寻求进一步证明而又无法以任何原因自己分析数据的人,可以查看我有关以下主题的文章:

卡拉什的视角

卡拉什人树上

附录: 有人更正了相应的Wikipedia条目会很好。

 

就像许多人一样,我一直在关注弗洛雷斯霍比特人的故事, H. floresiensis自2004年以来就引起了人们的关注。并且, 像大多数人一样,我没有个人专长或技能,无法评估这种假定的人参素物种是否真的是新物种 (与病态的现代人类相对)。 那么我们如何评估一个新的 PLoS ONE的 放在一边的文章 is 一个新物种? 首先,我非常模糊的印象是,在过去约10年中,新物种营地已经在病理性现代人类背景下获得了发展。 但是,撇开所有这些可能对我而言,关键的问题是,古老的人类掺入我们自己的血统的现实可能意味着: 这个世界比我们2004年想象的要陌生。 由于各种解剖学和古人类学原因 H. floresiensis太不可思议了。 但是,像西伯利亚人红素的基因组会在现代巴布亚人中产生混合的想法那样令人难以置信?

附录: “纽约时报” 在《 PLOS ONE》的纸上。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 霍比特人, 人类进化 

与穆罕默德有关吗?
信用: 伊恩·贝蒂

去年一篇论文 出自AJHG 据报道,埃塞俄比亚人口似乎是西欧亚人和撒哈拉以南非洲人的复合体。 由于多种原因,结果本身并不太令人惊讶。 首先,埃塞俄比亚人和非洲之角的其他人口在西欧亚大陆人与撒哈拉以南非洲人之间在物理上是等距的。 因此,20世纪的人类学家有时将它们放入“高加索人”种族分类中。 第二,非洲之角的语言有 亚非关系。 亲密语言(例如索马里语)与更熟悉的语言(例如阿拉伯语)有着深厚的联系,但闪族的埃塞俄比亚语言(例如阿姆哈拉语)在历史上距离更近。 第三,以前对这些种群进行了大量的遗传分析,从这些种群中可以明显看出它们的合成特征(例如,mtDNA和Y结果表明存在各种各样的单倍群)。 什么 联合会 一篇论文报道说,埃塞俄比亚人的欧亚祖先与大约3,000年前的撒哈拉以南印度土著人混合在一起,发生了一次脉冲事件,而今天他们在西亚最亲近的现代关系是黎凡特人。 为了给它一个温和的光泽,约会是有争议的(使用基因组长度上标记的遗传相关性衰退的模式)。 这不只是渐进式变化。


就像我一样 注意到 if 这种混合物的约会是正确的,然后现代埃塞俄比亚人将其作为连贯的生物文化实体 发布日期 埃及文明已有数千年的历史了。 在位期间 哈特谢普苏特,大约在公元前1500年,有一个贸易代表团派往蓬特(可能是索马里兰)的土地。 埃及人对邦特人的描写很奇怪,因为他们看上去不像撒哈拉以南非洲人,而且邦特兰的女王似乎表现出 肥胖症 在科伊桑人中更为普遍。 我推测是在古埃及文明时期 东非的人口结构一直在发酵。 统治喀麦隆东部和南部撒哈拉以南非洲景观的班图人才开始认真地扩大 公元前1000年后 (大约在1,500年前到达南部非洲)。 看来,类似科伊桑人的人民的范围比今天的情况更偏北和偏东。 此外,景观上可能还有其他种群,目前尚无特征(可能是Khoisan织布机很大,因为它们的分布使得遗物种群得以生存到今天仍待研究)。 这 提什科夫实验室 例如,有一篇论文正在准备研究西欧亚人到达时在非洲之角存在的假定的撒哈拉以南非洲人口(高地埃塞俄比亚人的撒哈拉以南部分似乎不像班图人)。

我再次提出所有这些,因为 二烯 突出显示摘要 乔·皮克雷尔 在接下来的几周 2013年中小企业:

南部非洲的历史涉及土著猎人与采集者之间的互动,这些人暂时或永久地进入该地区。 这些相互作用对当前种群遗传结构的影响尚不清楚。 在这里,使用连锁不平衡的模式,我们表明,在南部非洲的狩猎采集者和牧民的遗传历史中,至少有两个混合事件:一个涉及与讲尼日尔-刚果的非洲人口有关的人口,另一个涉及祖先与西欧亚(欧洲或中东)人口密切相关。 我们估计,在Khoisan中至少有百分之几的祖先起源于后一个混合事件,该事件平均发生在1,200-1,800年前。 我们表明,整个东非都存在着类似西欧亚血统的信号。 特别是,我们还发现了肯尼亚,坦桑尼亚和索马里几个种群的遗传史中的两次混合事件的证据,最早的涉及与南欧人有关的种群,我们可以追溯到大约2700年至3300年前。 因此,我们建议西欧亚血统通过东非间接进入南部非洲。 这些结果证明了大规模的基因组数据集如何为复杂的人口运动模型提供信息,并突出了人类历史上大量未描述的从非洲到非洲的迁徙对基因组的影响。

这里没有指定Khoisan,所以我自由地将布什曼的形象放在职位的头上。 但似乎更合理 科伊,他们在遥远的过去某个时候从非班图族(班图族抵达时就接受了)养殖牛。 已经有证据表明,神秘的坦桑尼亚桑达威人有古老的欧亚混合物,因此这并不奇怪。 这 桑达威语言 与Khoisan(点击)的语言具有相似性,尽管作为一个连贯实体的更广泛的语言家族仍存在争议(除了单击等广泛的独特相似性外,某些布什曼语言本身可能并没有真正的亲和力)。 直到我们获得更密集的地理覆盖范围的人口数据集之前,桑达威人的民族起源的整个问题似乎都蒙上了一层阴影。

欧拉姆人民领袖扬·琼克·阿夫里卡纳(Jan Jonker Afrikaner)

至于欧亚血统如何进入科伊桑河,这是一个容易想象的过程,因为近五个世纪以来,欧洲和亚洲的近代血统已经以历史记录的方式进入了这些人口。 其中一些是通过有组织的民族融合而实现的,一个人被另一个人同化(就像阿兰人在被罗马人击败后被西班牙人破坏者同化)。 考虑情况 奥兰人,他们现在是 娜玛·考伊(Nama Khoi) 纳米比亚的一个部落。

在20世纪初期的现代南非崛起与18世纪的开普殖民地建立之间的这段时期内,北欧,亚洲(印度和印尼)和本地人(科伊桑和后来的班图人(Bantu)起源于各种接触(欧洲男人和奴隶之间的关系,非洲和亚洲奴隶之间的关系等)。 最终的人中最有名的是 开普彩色。 尽管阿夫里卡纳(Afrikaner)在语言上和荷兰宗教改革(Dutch Reformed)在宗教上,但这些人拥有多种多样的种族传承,白人阿夫里卡纳(Afrikaners)被降为二等身份。 鲜为人知但仍广为人知的是 格里夸,边疆人 建立了自己的政治单位 类似于他们的白人南非荷兰人表亲在19世纪到达东部以逃避殖民统治以及由于其“野兽”身份而遭受的种族压迫。 最后,您会遇到像Oorlam这样的组织,他们像Griqua一样,通过其欧洲文化遗产和与纳米比亚灌木丛的联系而获得了优于本地居民的优势,而这些国家甚至超越了荷兰共和国和英属南非最遥远的边境地区。 但是,在班图人部落强加给他们的一系列失败之后,他们最终被淹没在Khoi Nama中。 您在这里看到的是欧洲和本土文化传统之间的平衡变化,其显着性是与开普殖民地的距离的函数(众所周知,一些格里夸人已经消失在沙漠中并同化为他们的“母亲的亲戚”,这或许可以解释为一些丛林人有欧洲和亚洲血统)。

这种活力似乎完全有可能在非洲的古代发挥作用(并且 other 地方)。 在某些情况下,人口优势和环境条件是可以接受的,合并后的人口与欧亚人保持着很大的亲和力,而不是“本国”。 在非洲之角,情况确实如此,埃塞俄比亚政体介入了阿拉伯事务,并成为东方东正教政治团体(包括埃及的科普特人,亚美尼亚人和叙利亚东正教徒)的一部分。 埃塞俄比亚在很大程度上是西欧亚大陆的边疆 iko烯 而非撒哈拉以南非洲的一部分。 相反,您所处的环境就像Sandawe一样,长期以来人们一直怀疑其模糊的Cushitic亲缘关系,但他们像Hadza邻居一样成为狩猎采集者,并采用了Khoisan语言和文化的广泛元素。 最后,您可能会认为,科伊人只保留了极为有用的文化知识,例如欧亚前辈的畜牧业,无论如何,祖先的血统都可能是由已经杂交的类似桑达威的牛牧民所介导的。*

从总体上看,这些结果告诉我们,人类史前的故事是复杂且多层次的,从基因上将其剥离会给我们留下更多的印象 问题答案. 十年前,一个距今约50,000万年前的简单故事,就是非洲以外的人(例如,欧洲人与亚洲人分离,美洲印第安人与亚洲人分离)之间的裂变,是我们可以接受并怀着良心接受的强大程式化模型。 今天,我们面临着一个更加难以理解的世界,古朴和全新世的混合物散布着整个场景。 世界人口的很大一部分(例如 印度)似乎是在不到10,000年前合并的非常不同的人群之间混合产生的副产品。 在过去的3,000年中,撒哈拉以南非洲地区的大部分地区在文化上和在基因上都进行了彻底的重塑。 现在有大量证据表明,在过去的5,000年中,东部非洲经历了“回迁”(尽管长期以来,单亲血统表明了这一点)。 人类离开非洲伊甸园的简单故事不再可行,因为非洲并不是每个人都适合的伊甸园,现代非洲人自己也感受到了欧亚迁徙事件的印记,以及广泛的内部民间流浪。

最后,我想说,可能最有遗传价值的人可能是 姆布蒂P格米人 刚果东部。 我怀疑,班图人的扩张和所有非洲人的欧亚后裔迁徙对他们的影响最小。 至少我希望。

* 伦巴 津巴布韦的历史很可能是过去2,000年在南部非洲发生的事情的线索之一。

 
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信用: 3年2013月5日的Sci Transl Med:第192卷。 第五期,第192页,第86页。 10.1126ra3006338,科学。 翻译中DOI:XNUMX / scitranslmed.XNUMX

就在我入睡之前,一位读者给我发送了一封电子邮件,其中指出了尼克·韦德(Nick Wade)的一本书。 纽约时报, 基因侦探发现如何自然抵抗霍乱。 这是关于 科学转化医学, 霍乱地方性恒河三角洲孟加拉国人口的自然选择。 作者使用“多种信号的复合”(CMS)测试以确定自然选择的基因组区域(寻找较长时间) 单倍型,高频衍生等位基因,以及具有 高跨人口频率差异)。 结果并不令人惊讶,我出生在孟加拉国,我可以证明这是细菌恐惧症的噩梦。 坦白地说,这是论文的次要和次要方面。 首先让我们引用韦德的治疗方法:

作为测试自然选择的必要先决条件,研究人员研究了孟加拉人口的种族构成,发现他们是印度人口,其中东亚基因的掺混率为9%, 可能是中国人。 根据统计计算,这种混合物几乎恰好发生在52代之前,或者大约在公元500年,假设每代29年。 印度的古普塔帝国此时正在衰落,但尚不清楚与东亚人的通婚是通过贸易还是征服进行的。 “我们现在可以回到历史学家那里,看看接下来发生了什么,”卡尔森博士说。

但是有时科学在传播中会出现混乱。 他们在报纸上怎么说? 同样,相关部分:

我们估计,印度和东亚人口之间的混合发生在52±2代前(一代= 29岁)…或大约在公元500年,这是基于连锁不平衡(LD)的指数下降以及使用ROLLOFF分析的距离得出的。合适的年龄估算大致对应于印度古普塔帝国的崩溃,中国唐朝的崛起以及孟加拉在单一统治者下(公元590年至625年)的短暂统一。 尽管可以使用其他历史记录,例如连续混合或多次混合事件,但单事件模型显示出非常适合我们的数据,并且我们没有发现对非常古老的流量的统计支持……使用基于最大似然的祖先估计软件ADMIXTURE( 32),我们在BEB中发现了9.3±2.6%的东亚血统。

如果您阅读了本文的其余部分,则可以看到Wade在哪里可以得到这种混合是“可能是中文”的想法,但是我认为它不会从文字或补充中跳出来。 也许他是从被引用的第一作者那里得到的。 我不知道。 这项工作的人口史组成部分对于理解通过疾病进行的选择并不是必不可少的,但是,当允许这种混淆出现时,问题在于它将成为巩固的传统智慧。 我以前已经看到过这种情况,因为可随意使用的线条具有持久性和扩散性。 此外,当遗传学家走出假定知识的狭窄领域时,这也使遗传学家显得肤浅。

实际上 这些补品清楚地表明了这些东亚人在孟加拉祖传基因库中的地位。 在K = 5时,您看到出现了一个类似马来人的祖先成分,并且孟加拉语的所有东亚祖先都被分配给了这个祖先。 您还可以将汉人和新加坡的华人数据集分为日文和马来文组成部分。 新加坡的华人更像马来人。 这是完全可以预料的,因为新加坡华裔人口不成比例地来自福建西南地区,其中少数是客家(据说是华南地区的北部移植),还有拥有马来血统的海峡巴巴华人。 汉族数据集来自HapMap,北京样本偏北。 总而言之,现代孟加拉语的东亚血统几乎可以肯定是由与东南亚亲缘关系最密切的一个群体衍生的, 不能,中文.

我长期以来一直对此感到怀疑,因为我有两个不相干的孟加拉人(我的父母)的基因型。 我已经说过了 before。 我对东亚航段的长度进行了一些初步调查,确实发现了大约1,000年前的混合事件,因此我可以相信ROLLOFF结果。 但是,将它们与不同的人群进行比较,很明显,东亚人血统对于他们两个人来说都是东南亚人。 这是我15分钟前使用133,000个LD修剪的SNP生成的MDS:

Chamar是北方邦(孟加拉北部和西部)的低种姓群体。 您会注意到我的父母(“ RazibFam”)都向 南部东亚团体。 完全不奇怪。 不管您如何分析结果,这都会跳出来(第二个维度从另一个东南亚群体中淘汰了一些近交个体)。

因此,假设发生一个混合事件(或主要事件),那么什么是好故事? 东孟加拉邦一直处于遥远的边缘 阿里亚瓦尔塔,是北印度平原的文化核心。 玛加达(Magadha)是比哈尔邦(Bihar)古普塔帝国(Gupta Empire)的心脏地带,长期以来是一片行军之地。 像中国西北部西安地区一样,玛加达人经常是古典伊斯兰前印度大政体的所在地,尽管(或也许是因为?)它与印度北部更广泛的印度-阿里扬文化有着密切的联系。上恒河平原。 随着Magadha的垮台,孟加拉国在诸如Pala之类的王朝时期崛起,在第一个千年后期,Indo-Aryan社会的疆界迅速向外和向东扩展。 但我怀疑孟加拉东部是空的。 很有可能是在某些时候从东南亚赶来的大刀阔斧的农业家。 这是 这些 我相信他们沉迷于孟加拉社会 在toto。

 

在过去的大约2万年中,直到现在的大约100-200年, 导致现代人类的血统显示出逐渐增加的颅骨能力。 为什么? 解剖学改变的含义是,我们的大脑越来越大,因此,我们的颅骨需要扩展以适应增大的大小。 大脑更大不是小事。 人脑约占我们精力消耗的25%。 换句话说,它们很昂贵,因此大概可以使他们在健身方面取得一些重大进步。

造成这种大脑大小增加的原因很多。 请注意,尽管这种逐步增长要早于世界文化的创造力。 旧石器时代晚期,以及距今约50,000年的行为现代人类的出现。 实际上,自从 末次盛冰期 距现在约20-25 XNUMX年。 因此,这并非您想像的那么简单。

大约一代前人类学家 罗宾·邓巴 提出了一个对许多人都具有说服力的答案。 利用其他灵长类动物以及人类学的比较数据, 他认为,语言的促成增加了社会复杂性,这对我们的血统产生了更大的认知要求。 基本直觉是显而易见的。 跟踪两个对偶之间的交互并不是特别苛刻的要求。 但是,“三体”社会问题不仅越来越复杂。 随着乐队规模扩大到一打十二个人,并且乐队组包括数百个(部落?),个人必须跟踪一个疯狂的,复杂的关系网络。 邓巴(Dunbar)的调查表明,人类的真实社交网络(例如,您熟悉其个人生活的非著名人士)与200个人相差无几。 这是 邓巴的号码.

这个上限的神经学原理很明显: 您的大脑只能将如此多的人以及这些人之间的联系保留在长期记忆中。 从理论上讲,大脑可能会变得更大,但人类女性骨盆只能张开那么多并保持适当的运动这一事实似乎可以作为对颅骨能力的检查。 那么,邓巴的数字是在较大的社会群体(并在这些群体中很好地自我协商)的个人获得健身的收益与女性身体的解剖学极限之间取得折衷的结果。

修饰,八卦和语言的演变,这本书概述了论文的详细形式是在15年前出版的。 但就今天而言,就学者而言,罗宾·邓巴(Robin Dunbar)非常炙手可热,非常热门。 原因是无处不在的社交网络技术的兴起。 几年前,我的一个朋友提出,也许有了Facebook,我们现在可能有办法超越Dunbar的人数。 我对此表示怀疑。 但话又说回来,计算机使我们能够摆脱可能领域的认知缺陷,所以这并不是完全不可能的(想象做一个 MCMC 用手!)。 但是结果似乎出现了,事实证明,硅谷内的许多人要么将邓巴的数字视为真正无法逾越的上限,要么是一项艰巨的挑战。

详细信息概述在 商业周刊 片, 邓巴号,来自社交网络专家。 尽管该文章报道了一些学者,他们在价值或效用上都不赞成Robin Dunbar的数字,但我认为很明显,尽管进行了这场学术辩论, 我们的社会领域被限制在不到1,000个人的价值这一事实是一个有力的发现。 这很重要,因为它表明在扩展包括数亿个人的国家在内的大型社会组织时,存在一些特别相关的数字单位。 这些邓巴数量级的单位可能是上个世纪社会哲学家所指的民间社会“排”。 它们是建立社会的基础。

但是对我来说,更有趣的问题是 社交网络规模和拓扑结构因个人而异。 如果一个人的社交网络规模的预期值为150,则有什么变化? 可能患有严重自闭症的人收敛于零,因为他们无法与其他人形成传统的关系。 但是自闭症患者的机能如何呢? 那另一端呢? 是否存在那些认知能力的分配方式可以使他们超出Dunbar数的范围? 那些对这方面的文献更加熟悉的人可以自由地启发我……。

我将给您留下一段引人入胜的段落:

…Dunbar实际上描述了数字的刻度,划定了不断扩大的连接圈。 最里面的是一个三到五个的小组,我们是最亲密的朋友。 然后是一个12到15岁的人,他们的死亡将对我们造成毁灭性的打击。 (邓巴指出,这也是陪审团的规模。)然后是50,“邓巴在他的著作《如何一个人需要很多朋友吗? 超过150个时,还会有更多的响声:例如,一千五百个是狩猎者-采集者社会中的平均部落人数,即说相同语言或方言的人数。 这些数字(邓巴从调查和人种学中得出的数字)增长了大约三倍。 为什么,他不确定。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 邓巴号, 脑性化 

几年前我 审查 克里斯托弗·贝克威斯(Christopher Beckwith)的大法官 丝绸之路帝国:从青铜时代到现在的中央欧亚大陆历史。 在许多方面,贝克威斯的叙述都是对传统形式的一种令人耳目一新的颠倒。 宏观历史,沿着欧亚沿海沿岸的租船社会文明地将卷须向着心脏地带发展,并遭到周期性的野蛮喷发,然后它们不得不加以吸收。 据我所知,贝克威斯不是一个主观主义者。 相反,视角的倒转有助于充实历史和近史前时期工作中被忽视的动力。 例如,他强调了一个现实,即欧亚沿海沿岸的核心政治往往是通过两种文化之间的综合过程,在已建立的文明的野蛮行军中结晶的。 琐罗亚斯德教派起源于霍拉桑的北部边界,而不是伊朗西南部的法尔斯腹地。 汉朝的前身是中国的秦朝,起源于西北的一个行军国家,而以前的统治者周氏也是如此。 在印度,古典印度教文明首先以精细的形式凝结于 摩揭陀,在 阿里亚瓦尔塔。 在西罗马,从根本上讲是野蛮而独特的边缘政治,与罗马之间只有微弱的联系。 麦格纳·格拉西亚(Magna Graecia),而且可能更受神秘事物的影响 伊特鲁里亚.

最后的世界征服者?

边境的活力是如此确定的历史陈词滥调,我没有很大的热情去详细地回顾它。 相反,在跟随贝克威斯之后,我认为我们需要认真地重新考虑这样一个主张,即超越文明边界的欧亚心脏地带的广阔地域不仅是热衷于剥削的军事化野蛮人的来源。 是的,所有这些都是真的,但是内部欧亚贸易网络交汇处的文化和种族混杂似乎有可能以我们现在才开始理解的方式从根本上重塑了当代景观。 但首先, 我们的世界观必须承认,并非所有的民族和土地都为世界的形状做出了同样重要的贡献.

从有组织的宗教到官僚主义,文明社会的各个要素似乎以独特的独特形式出现在欧亚沿海沿岸的三个宪章壁炉中。 在西部是从黎凡特和美索不达米亚辐射出来的社会集群。 在东部,华北平原是原始汉族文明的发源地。 在南亚,印度河和恒河之间的西北地区形成了有影响力的社会集群。 为了说明我的观点,Java的文化是独特的,具有深厚的本土根源。 但是,南亚和后来的西方欧亚大陆(以伊斯兰教的形式)都明显地影响了其高度文明。 在东南亚大陆,越南人民大体上向北看向中国。 他们的统治者是自称为皇帝的皇帝,他们管理着一个官僚社会。 相比之下,西方社会则更像印度,因为它们的象征性货币植根于南亚(例如,上座部佛教和 查克拉瓦尔丁).

印欧语系的传播?
信用: 德巴赫曼

但是,心脏地带的野蛮人也不是没有成就。 尽管仍然有关于 全功能包 我认为这是印欧语系的起源,这至少是该语言家族的至少一部分扩展是通过欧亚心脏地带来调解的。 历史的后期 突厥 在500年的发展过程中,该语言家族迅速发展,从一群聚集在跨西伯利亚边缘的方言,发展到涵盖中国到欧洲的国际方言。 尽管突厥人通过一种语言团结在一起,但他们在生物学上是多种多样的。 诸如吉尔吉斯人和雅库特人等人口仍然主要是东亚欧亚人。 诸如鲁梅利安土耳其人(Rumelian Turks)之类的have酒只有东欧的血统最温和(如果有的话)。 占据中间地带的那些群体包括大多数中亚人,例如乌兹别克人。 我怀疑其中一些同样适用于印欧语系。 在遗传上几乎没有共同点,但是最终会发现遗传亲和力的迹象。

征服多元文化主义者!

在较早的时代,文明崛起的叙事趋向于显性或隐性的种族扩散主义。 我的意思是说,在上古时期和中世纪早期,有权者主张血统,这些血统可以追溯到古希腊人,特洛伊人或希伯来人。 这建立了他们的合法性,因为北欧人所继承的高度文明具有地中海的前身。 在我们最近的时代中,散布在北方的北欧部落的种族主义叙述更为明确。 这两个模型中的一个可行假设是 朝气蓬勃的纯洁 赫伦沃尔克 随着时间的流逝,过去的年份会下降。 阿萨比耶 通过自然过程放松。

现代人拒绝了这些叙事,因为它们既传奇又令人讨厌。 甚至相信基督徒的人也不太可能接受英国王室属于大卫王的血统。 由于古典教育的衰落,荷马的英雄与我们根本不相关。 就北欧超人的理论而言,这种种族凯旋主义在纳粹分子中不受欢迎。 在他们的位置上有一系列早期的冲动,也许最好的体现是 盆不是人 考古学框架。 文化平等主义的含混感不是一个宽泛的框架,而是与周期性的“锅”的迅速和爆炸性扩散相适应的。

但我在这里提出一种新模型。 单一化,杂交和合成活力之一。 这种模式的文化元素由来已久。 奥斯曼帝国的土耳其人吸收了亚美尼亚,库尔德和希腊的名人,因此后来的苏丹人身上几乎没有“突厥”血统。 但是他们的语言仍然是突厥语,其文化神话的某些方面植根于他们的中亚血统。 今天,多元文化主义通常被认为是一种平等主义的意识形态,但是奥斯曼帝国则代表了一个更准确的历史实例。 尽管起源是合成的,但它们具有核心的自我认同感,具有霸气,宽广和包容性。 那些不吸收这种自我身份的人被定为具有二等身份的主体。

今天,遗传学告诉我们,欧亚大陆之间的这些长期联系和扩散非常古老。 现代欧洲人 似乎具有东方欧亚血统的重要意义。 许多 东欧亚 组也表现出相同的模式。 现代印度人显然是西欧亚和南欧亚人口之间的混合体。 而这些仅仅是更遥远的遗传亲和力而已。 今天 Dienekes发表了翻译 一项德国研究项目的记录,该研究记录了数千年前欧亚心脏地带的种族复杂性。 心脏地带的多层复杂性具有非常古老的根源。 在 丝绸之路帝国 克里斯托弗·贝克维斯(Christopher Beckwith)强调,草原的自由人形成了兄弟般的纽带,使他们跨越了种族和家庭(例如Jamukha和Temujin)而相互联系。 也许基于虚构亲缘关系的这些意识形态范式是民族的自然反应,这些民族的起源是综合的,他们不能依靠隐性和传统的身份神话。.

欧亚沿海沿岸的庞大政体有足够的盈余值得统治者窃取。 在古埃及,法老甚至把整个土地都当作自己的私有财产而被盗。 这就是草原兄弟般的渴望,而这正是人们经常捕捉到的东西。 他们是如何做到的? 由于来自欧亚大陆两极的不同民族的起源,他们的主要货币可能是意识形态工具包中,这可能允许进行更大程度的协调和组织。 沿海社会的统治者将其农民群众视为一种采掘资源,而诸如特木真(Temujin)和阿蒂利亚(Atilla)的人都是企业家,他们始终最大限度地发挥其人力资本的生产力,并作为精益的组织机器来运作。 他们是那个时代的投资银行家,掠夺了遥远土地的人力资本,并将它们捆绑在一起实现一个自私的目的。

附录: 我们 历史的地理枢纽.

 
• 类别: 创办缘起, 科学 •标签: 人类学 

在我 之前的帖子 关于威廉王子的mtDNA谱系及其可能的印度起源,我没有详细讨论遗传隐私问题。 在这种情况下,讨论是有意义的,因为 不列颠DNA 通过看远方的亲戚来推断他的血统。 假设我们为威廉拥有的生物学血统是正确的,那么他必须分享其亲属的mtDNA,这些亲戚从一个普通的女性祖先那里以不间断的血统下降。

对...的关注 侵犯隐私 几乎立即出现。 虽然我对煽情主义持严重保留 不列颠DNA 从事过 我认为以他们的方式推断威廉的血统对他们来说是完全合法的。 首先,威廉王子是公众人物,与英国王位直接相关。 尽管某些旋转可能令人反感, 记住,这是一个人,他在那里 因为他的祖先。 其次,任何进行家谱研究的人往往未经家人同意就公开其家庭成员的信息。 If 众所周知,威廉的mtDNA单体组具有致病性,而从公众那里隐瞒信息的情况似乎很简单。 由于发现的一切都是相对平庸的,所以威廉可能有一个南亚的祖先。 关于我的很多信息我宁愿不让其他人首先知道,但这不是世界运转的方式。 在宏伟的计划中,这没什么大不了的,我们应该关注更具体的公众对科学的理解问题,以及更广泛的关于遗传隐私的长期问题。

附录: 我知道有关亲子关系的担忧。 总的来说,我通常认为在大多数情况下,这可能是在任何情况下都会出现的信息,因此对它的早日出现不会造成伤害。 此外,对于历史人物,例如 托马斯·杰斐逊(Thomas Jefferson) 假定的血统是白人后裔,关于他们是否应该合作,因为可能的道义含义,人们意见分歧很大。 我怀疑大多数人都同意最好了解此信息,即使它暗示一线假定的黑人杰斐逊后裔可能在其世系中有父子错配。 最后,显然,对于mtDNA,这些问题已大大减少,因为可以保证生育。 尽管人们永远不知道被收养的某人是否从未被告知过他的真实情况。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 基因, 威廉王子 

所有样品的MDS

诺亚·罗森伯格(Noah Rosenberg)的实验室已经淘汰了所有微卫星论文的母亲, 人类微卫星变异的综合基因组数据集中的种群结构。 在我看来,这是过去十年来他实验室中运用微卫星标记进行的所有工作的顶点,这些标记应用了他们开发的各种奇特的分析技术(例如Procrustes转换)。 需要注意的最大事情是,人类样本数量接近6,000个,有600多个位点。 计划 微卫星 变异和发散非常快(变异率10-4 而不是10-8与SNP一样)600个基因座足以区分人群。 由于这种快速突变,我对他们尝试使用确定的较小人类集探索人与黑猩猩差异的尝试有点怀疑,尽管那可能只是原理上的证明(如果标记进化得太快,它们可能不会告诉您太多有关非常深的分歧的有益信息)。

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阅读本文很明显,仅合并样本是一项巨大的壮举。 而且不仅仅是样本量,他们的人口覆盖率也很高(267)。 正如迪涅克斯所观察到的 微卫星有些“复古”,但请尝试使用整个基因组甚至SNP进行此类种群覆盖。 您可以达到N> 5,000,但是使用SNP时,重叠标记会开始迅速下降,直至达到 远不及 比此数量的微卫星提供更多信息。 Dienekes非常喜欢左侧的树,并且我上传了其中的一个较大版本以供您欣赏(如果您的浏览器将其缩小,则只需放大即可)。

但是上面的树在某种程度上说明了这种分析的局限性。 与其进行分析,不如进行分析,它实际上是更有用的数据集,您必须对其进行切片和切块,然后在更细的粒度上进行探索。 将所有样本汇总在一起,将大大减少信息量和难以理解的程度。 在创建大型数据集的聚合中,这已经很明显了,因为他们必须修剪非常大的子种群,这样才不会使结果不堪重负。 即使那样,对于熟悉数据的人来说,显而易见的问题也会浮出水面,尽管对于那些肤浅的阅读者而言,问题可能并不清楚。 南亚人中的古吉拉特语数据集在二维可视化图中与所有其他人群分开。 这是经常发生的事情,因为看起来古吉拉特人是从非常特殊的种姓中取样的,这增加了该地区种族的感知亲和力。 同样,合并所有人口并在二维图上表示它们,更是一种审美宣言,而不是内容丰富的可视化。 您必须括号内的人口才能看到增值结构。 最后,即使是粗略的观察也需要谨慎进行。 罗森伯格的实验室近十年来一直在说明埃塞俄比亚遗传多样性的衰退。 这是一个经典的结果,显示在研究生水平的人口遗传学课程中。 但是人类学和 遗传基因 告诉我们,埃塞俄比亚人是撒哈拉以南非洲人的复合人口 欧亚亲和力。 可以期望大多数读者知道这一点,但是如果有些人只是简单地将一般情节作为面值并将其洞察力应用于所有人群,就好像他们确实受到一系列创始人的影响一样,我不会感到惊讶(我的观点是埃塞俄比亚人是由于向后迁徙而合成的产物,遗传多样性的下降说明了从非洲迁出的普遍迁徙的逆转)。

总的来说,我发现这篇有趣的论文为理解人类遗传变异的背景打下了基础。 我要提供的唯一的最后警告是,微卫星是基因组的非典型区域,它们以中性方式快速进化。 这使它们非常适合于查明人口差异并从有限的标记集推断历史。 但是我认为人们应该对特定的新颖结果持谨慎态度,当我们拥有高密度SNP数据时,不要将其视为权威。

请注意: 他们已经 发布数据。 如果读者想对这些数据做与本文不同的事情, 树混合 可以处理微卫星。 另外,向他们发布该道具的道具 创用CC.

引文: Pemberton,Trevor J.,Michael DeGiorgio和Noah A. Rosenberg。 “关于人类微卫星变异的全面基因组数据集中的人口结构。” G3:基因| 基因组| 遗传学3.5(2013):891-907。

 

克里斯托弗·哥伦布

几年前 有一个小的争议 当一些进化的基因组学家报道说,他们通过重新组合保存在现代人群中很久以来保存下来的片段,重建了波多黎各已灭绝的塔伊诺人的基因组。 争议与以下事实有关:今天有些人声称自己是 泰诺,因此,他们不是绝种。 尽管该争议最终结束了,但这些方法仍然存在,并继续得到使用。 现在,一些带给您的人一起创造了一些工作,这些工作使用基因组学重建了加勒比海和内地的近期人口历史。 更好的是,它是完全开放的访问权限,因为它位于arXiv上, 重建加勒比地区的人口遗传史 (请参阅 Haldane's Sieve的评论 以及,由老小我开始。) 尽管作者汇集了各种数据集(例如,HapMap,POPRES,HGDP),但重点是上面地图中突出显示的人口。

结果中的许多新颖见解始于他们观察到的一个独特的“拉丁美洲”人口遗传集群,在加勒比海人口中与欧洲有着很强的亲和力。 这在他们的ADMIXTURE分析中清晰可见。 他们所做的是汇集各种人口,并运行一种方法,将每个人的祖先分解为K个祖先人口的组合。 如果合并的人口是清晰且截然不同的,则结果将是清晰而截然不同的。 例如,如果您有50个芬兰人和50个尼日利亚人并将其合并,并以K = 2运行ADMIXTURE,则SNP的数量很少(10,000个绰绰有余),所有芬兰人和尼日利亚人将分为两个不同的祖先这些人口根据这些基于模型的聚类。 但是,必须始终记住,尽管这些方法可以映射到现实中,并让我们对数据集内的变化有所了解, K本身是人工构造。 因此,例如,已知HGDP玛雅人种群具有不平凡的欧洲基因流。 如果您使用这种玛雅人作为“美国原住民”参考,那么您将低估混合人群中的原住民血统,因为您的参考原住民已经偏向欧洲人(如果您没有适当的选择,这显然是一个主要问题。参考,因为它已灭绝,例如与Taino一起灭绝)。

有了这些警告性的初步建议,这些结果又如何了? 如您所见,许多加勒比人口是各个大陆“父母”人口的直接组合。 这在K = 3时很明显,其中绿色=非洲,红色=欧洲,蓝色=本地(请注意,正如我所说,玛雅人具有一定的欧洲血统)。 通过查看种群内的个体差异,您已经可以获得有关混合物性质的一些见解。 在墨西哥,欧洲人与本地人的比例范围很广,尽管在此数据集中没有“纯粹”的人。 此外,整个人口中非洲血统的数量很少,但相对均匀。 尽管非洲人的意识不是现代墨西哥民族认同的主要内容,但非洲血统的人却是西班牙殖民事业的重要组成部分(请参见 帝国:西班牙如何成为世界强国,1492-1763年)。 在某些地区,例如韦拉克鲁斯(Veracruz),仍然有明显的非洲血统的人,但在墨西哥的许多地方,这些人已婚,其身体特征被稀释到看不见的地步。

加勒比海沿岸的局势更为复杂。 在这些情况下,被埋没的是土著而不是非洲的祖先。 基因组学已经“重新发现”了这一祖先,在某种程度上,许多学者此前一直怀疑现代波多黎各人和多米尼加人继承了塔伊诺人祖先的很大一部分的可能性。 在波多黎各和多米尼加共和国,有关的问题是非洲和欧洲血统的比例很大,其中古巴是这种现象的最极端例子。 特别是在古巴发生的事情是,从西班牙移民的浪潮较晚,因此一些现代白古巴人受掺混物的影响要比其他加勒比海地区少得多(请记住,直到1898年古巴还是西班牙的一部分)。 在海地,情况发生了逆转,在18世纪末和19世纪初的革命中有种族色彩,白人被驱逐(只剩下一小部分混血阶级)。

但是,事情真的变得有趣的是K = 8。 黑色成分是欧洲伊比利亚式元素,与拉丁美洲人(包括玛雅人)不同。 正如您在此PCA上看到的那样,拉丁裔元素与伊比利亚人口有关,因为他们从加勒比海人口中占据了欧洲部分,并利用它们来充实祖先的分布。 有几种解释方法。 二烯 他认为这可能只是几百年前伊比利亚原始人口的一个功能,与当代人口有所不同。 例如,与其他新世界表亲相比,当代西班牙人显然比其他> 1600的欧洲人更容易受到基因流的影响。 另一个可能性是,从西班牙的某个特定区域进行了极端采样,而这种采样是如何作为其自己的集群分解出来的。 例如,我知道有不成比例的移民来自安达卢西亚和Extramadura。 但是这里的模式并没有向我暗示这种可能性(黑点应该更偏南了,我想如果它们来自那两个省)。

相反,他们似乎赞成的解释是,由于瓶颈,该元素已偏离祖先群体。 这在人种学上是不可行的; 西班牙殖民实验的早期特征是 事实上的 一夫多妻制。 许多冒险家的生活与18世纪后期东印度公司的白人大公们的生活一样。 有人认为,这一普遍存在的普通法一夫多妻制时期已经影响了这样的事实,即传统上非婚生子女是非婚生子女。 在拉丁美洲非常普遍。 作者偏爱瓶颈模型的原因之一是,拉丁裔元素与伊比利亚元素之间的遗传距离相当高。 在漂移/瓶颈使等位基因频率特别迅速地偏离的情况下,这通常很常见。 不仅如此,在拉丁美洲的海洋中,这种趋势最为明显,与许多庞大而庞大的大陆特许经营权相比,许多拉美岛屿的后续移民相对较少。

23andMe祖先分解给1/4亚洲人的朋友

作者探索人口历史的另一种方式是查看 祖先的长度分布。 这是如何工作的很简单。 第一代杂种的每个亲代的祖先长度都不会中断,但随后的一代将开始发生碎片化,因为重组会通过后代将长的相同的长块分开。 您可以在左侧的图中看到这一点,由于减数分裂重组事件,我的一位亚洲祖父母的朋友在欧洲和亚洲血统之间交替出现。 从混合开始的时间越长,随着重组将长块切开并重组祖先成分,块将变得越来越小。 通过查看长度的分布和长度的混合,作者可以构建人口的人口历史。 简而言之,似乎许多欧洲血统都很快出现了,但很早就定居了。。 这与这一时期由于一夫多妻制所证实的欧洲男性的高生殖产量保持一致。

对非洲血统执行了相同的方法,作者发现了一个有趣的结果。 似乎在早期,大多数加勒比黑奴来自撒哈拉以南非洲的最西端,从塞内加尔河到现代加纳。 从贝宁湾(Benin Bight)到赤道(Equator),在较长的土地上后来显示出与东部人口的亲和力。 我不十分了解奴隶制的历史,无法证实或否认这一发现的现实,但它说明了基因组学与广泛的采样策略相结合的力量。 更相关的是,我怀疑基因组学的作用是将幅度分配给已知的动力学。

最后,作者还推断出加勒比海人口中本地混合物的各种关系。 他们证实了一些证据表明,从南到北迁移到中美洲和加勒比海地区,并且还证实了从现在到现在之间的特定的民族语言联系。 事实上的 灭绝的加勒比人口和南美洲大陆。 这些结果中的一些早已被提出,但是缺乏历史文献使得推论难以理解。 基因组学无法解决这些争论,但它们为我们提供了启示。

总体而言,这是一个有趣的研究,因为我认为这是对基因组学将要使用的历史人口统计问题的测试。 长期以来,许多生态学家和系统进化论者都拥有“遗传学作为工具”的思想流派,现在您将拥有一个“基因组学作为工具”,与许多其他领域的人们并肩而立。 加勒比和拉丁美洲的人口是垂头丧气的果实,因为西班牙和葡萄牙的殖民实验得到了充分的证明,并且来源人口非常不同(因此很容易从噪声中挑选出信号)。 但是,在同一时期,还有其他一些历史问题也很有趣。 在 阿尔比恩的种子 大卫·哈克特·费舍尔(David Hackett Fisher)描述了四种有助于美化这个国家文化的英裔美国人的风俗习惯。 这些, 20,000-1620年间,约有1640名清教徒抵达 并在700,000年成为约1970的祖先。尽管20,000并不是一个瓶颈(实际上,他们来自英格兰的不同地区),但我很好奇这些人是否仍然可以辨别为“ Old Americans”的一部分基因组数据。 这只是在不久的将来可以解决的众多可能问题之一。

: 的arXiv:1306.0558
 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”