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上周我 乞求马达加斯加人的基因型。 我还不太明白,但是我得到了第二好的东西: 马达加斯加人基因型的一部分。 我决定试一试。

但是首先是一些预备。 这是我们对此人的了解(或该人所知道的):

– 25%的法国人(祖父)
– 18.75%的西非? 6.25%法国人? (祖母法属安的列斯)
–来自孟买的19%印度穆斯林Bohras + 6.25%马拉加斯,Sakalava部落,玛哈真加王室(外祖父)
– 25%马达加斯加(Sakalava,外婆mtDNA单倍体M23)

就祖先而言,这是一个非常混杂的人。 至于马达加斯加人,我们对他们了解很多。 他们或多或少是南澳大利亚人的杂种人群,与 到婆罗洲南部的达雅克人。 我假设这些南洋人是环印度洋贸易网络的一部分,该网络在第一千年的下半叶被伊斯兰教的崛起所边缘化。 这么早就可以解释为什么马达加斯加人似乎只受到印度文化影响的影响,更不用说伊斯兰教的影响了。 他们的祖先还有非洲部分,在马达加斯加岛以西的低地人口中更为突出。 这 萨卡拉瓦 是一些非洲人(相对于东部高地的梅里纳(Merina)而言,他们更像是南方人)。

以下是使用EIGENSOFT生成的ADMIXTURE和PCA的一些结果。 大多数PCA地块都不太有用,因为我没有提前太多时间微调人口(这是第一遍),所以我没有发布它们。 ADMIXTURE的运行对我来说似乎很有帮助。 我合并了部分疯子个人的三个数据集:

–#1,一个以东南亚为重点的人群,主要使用泛亚财团人口

–#2,使用HGDP的亚洲重点数据集

–#3,使用Henn等人的非洲重点数据集。 人口以及一些HGDP


#1受到薄标记集的困扰。 东南亚的群体有〜56,000个标记,但有部分疟疾的人只与他们共享〜22,000个标记。 尽管如此,我还是成功了。 我可能在#2中补偿过度,因为我使用了约590,000个标记(HGDP与23andMe原始数据有很好的重叠)。 最后,#3拥有约180,000个标记,对于这种探索性工作,我觉得这已经足够了。

菌群数 K1 K2 K3 K4 K5 K6 K7 K8 K9 K10 K11 K12 K13
台湾原住民 0% 0% 0% 2% 0% 0% 5% 23% 69% 0% 0% 0% 0%
苗族 0% 0% 3% 78% 0% 0% 7% 4% 3% 2% 0% 0% 2%
吉国 0% 0% 73% 2% 0% 0% 9% 1% 1% 3% 1% 0% 9%
Wa 0% 0% 5% 4% 0% 0% 17% 2% 1% 7% 0% 0% 63%
马尔加什 31% 0% 2% 0% 6% 26% 0% 0% 0% 2% 31% 0% 3%
亚罗语 0% 83% 0% 0% 1% 2% 0% 3% 2% 0% 0% 8% 0%
爪哇 0% 4% 1% 1% 0% 0% 1% 25% 8% 22% 1% 5% 32%
拉马霍洛特 0% 61% 0% 1% 1% 3% 1% 13% 7% 2% 0% 8% 2%
明打威 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 98% 0% 1% 0% 0% 0%
西爪哇省 0% 4% 1% 1% 0% 2% 0% 26% 9% 22% 1% 4% 31%
托拉雅 0% 13% 0% 1% 1% 1% 3% 44% 21% 7% 0% 2% 5%
印度 1% 1% 0% 0% 2% 59% 0% 0% 0% 1% 25% 1% 11%
日文 1% 1% 2% 3% 0% 1% 87% 1% 1% 1% 0% 0% 1%
肯修·内格里托(Kensiu Negrito) 0% 0% 0% 0% 0% 0% 1% 1% 1% 2% 0% 90% 4%
犹他州,白色 1% 0% 0% 0% 2% 20% 0% 0% 0% 0% 74% 0% 3%
露雅 78% 0% 1% 0% 2% 18% 0% 0% 0% 0% 1% 0% 0%
玛曼瓦 0% 1% 0% 0% 83% 0% 0% 9% 3% 0% 0% 2% 0%
西棉兰老岛 0% 6% 1% 4% 3% 3% 11% 36% 24% 5% 2% 1% 4%
西吕宋 0% 4% 1% 5% 2% 2% 16% 36% 24% 4% 1% 1% 4%
卡伦 9% 1% 6% 6% 0% 0% 18% 2% 1% 8% 0% 1% 50%
计画 1% 1% 8% 5% 0% 0% 12% 6% 2% 18% 1% 2% 43%
羟色胺 1% 0% 1% 1% 0% 0% 0% 2% 0% 84% 1% 0% 10%
汉台 0% 0% 6% 16% 0% 0% 45% 10% 13% 3% 0% 0% 7%

菌群数 K1 K2 K3 K4 K5 K6 K7 K8 K9 K10
姆布蒂P格米人 0% 100% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0%
比亚卡P格米人 0% 9% 6% 0% 0% 0% 0% 59% 0% 25%
法语 0% 0% 100% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0%
巴布亚 1% 0% 0% 99% 0% 0% 0% 0% 0% 0%
柬埔寨人 75% 0% 0% 2% 10% 5% 8% 0% 1% 0%
日文 0% 0% 0% 0% 0% 0% 98% 0% 1% 0%
28% 0% 0% 0% 0% 1% 70% 0% 1% 0%
曼登卡 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 100%
红宝石 0% 0% 3% 0% 0% 0% 1% 0% 95% 0%
0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 100% 0% 0%
Bant S非洲 0% 4% 0% 0% 0% 0% 0% 23% 0% 73%
土家族 34% 0% 0% 0% 0% 3% 63% 0% 0% 0%
izu津 12% 1% 0% 1% 0% 9% 78% 0% 0% 0%
苗族 48% 0% 0% 0% 0% 1% 51% 0% 0% 0%
赫镇 1% 0% 0% 0% 0% 1% 69% 0% 29% 0%
锡伯 4% 0% 2% 0% 1% 2% 73% 0% 18% 0%
通过 88% 0% 0% 0% 0% 2% 10% 0% 0% 0%
拉hu 11% 0% 0% 0% 0% 82% 7% 0% 0% 0%
49% 0% 0% 0% 0% 0% 51% 0% 0% 0%
纳西 4% 0% 0% 1% 0% 9% 85% 0% 1% 0%
Tu 8% 0% 4% 0% 3% 3% 74% 0% 7% 0%
班图肯尼亚 0% 5% 2% 0% 1% 0% 0% 7% 0% 84%
马尔加什 5% 1% 37% 0% 11% 3% 0% 4% 4% 36%
印度 0% 0% 0% 0% 99% 0% 0% 0% 0% 0%

菌群数 K1 K2 K3 K4 K5 K6 K7 K8 K9 K10
哈扎 16% 0% 76% 1% 5% 1% 1% 1% 0% 0%
也门犹太人 0% 0% 0% 84% 0% 0% 0% 0% 0% 15%
埃塞俄比亚 19% 0% 4% 52% 25% 0% 1% 0% 0% 0%
桑达威 6% 0% 1% 2% 90% 1% 0% 1% 0% 0%
比亚卡P格米人 0% 0% 0% 0% 0% 100% 0% 0% 0% 0%
姆布蒂P格米人 0% 0% 0% 0% 0% 0% 100% 0% 0% 0%
法语 0% 0% 0% 20% 0% 0% 0% 0% 1% 80%
柬埔寨人 0% 100% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0%
曼登卡 98% 0% 0% 0% 0% 1% 0% 0% 0% 0%
约鲁巴语 96% 0% 0% 0% 0% 4% 0% 0% 0% 0%
Bant S非洲 72% 0% 0% 0% 0% 9% 1% 17% 0% 0%
班图肯尼亚 77% 0% 1% 2% 12% 5% 2% 0% 0% 0%
马尔加什 32% 13% 0% 3% 5% 4% 1% 0% 7% 36%
露雅 77% 0% 2% 1% 12% 5% 3% 0% 0% 0%
印度 0% 1% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 99% 0%
8% 2% 0% 1% 0% 1% 0% 79% 3% 6%

我不太相信泛亚重点数据集所占的比例。 但是我认为我应该报告他们。 不知道为什么马达加斯加人显示了这么多雅库特。 可能是杂交的产物吗? 至于其余的人,对于东非班图人来说,这个人的非洲血统似乎并不是很典型。

 

标记显示按以下方式抽样的人口 HUGO泛亚SNP联盟


髓: 东南亚由一系列不同的民族定居。 可以通过检查遗传变异的模式来部分分辨定居的模式。 在南岛人到来之前,整个东南亚地区的南亚人似乎都占主导地位。

大约一年半以前,我查看了 in 科学 它首先通过了 HUGO泛亚SNP联盟 数据集,汇集了广泛的亚洲人口。 您可以在上面的地图上看到这些位置(哎呀,标签太小,无法读取代码)。 与该数据集相关的重要问题是 它在东南亚地区的覆盖面很广,在 人均国内生产总值。 不幸的是,只有约50,000个标记,在我看来,这对于真正细粒度的区域内分析而言并不是最佳选择。 但是总比没有好,并且绝对足够进行更粗略的规模分析。

自从我第一次审阅本文以来,有些事情已经发生了变化。 首先,我取下了 泛亚SNP数据集。 我很快就会自己玩。 二,看完后 奇怪的平行,音量 12,我对东南亚历史了解得更多。 最后, 近大洋洲之间古老混合的可能性 使曾经是该地区的遗传 桑达兰(Sandaland)和萨胡尔(Sahul) 特别感兴趣。


在介绍遗传学之前,让我们回顾一下东南亚的民族志,因为这可能使我们梳理一些结果的含义。 东南亚最大的民族语言群体是 南方人。 与南岛人有关的一个有趣的观点是 他们不仅限于东南亚。 如您所见,南美洲人的范围从南美海岸(复活节岛)到非洲东南部(马达加斯加)。 虽然有 关于这个的辩论 在我看来,南岛移民目前最有可能的出发点是台湾。 尽管今天台湾主要是汉族,但这是相对较新的移民的产物。 土著居民显然是南澳大利亚人。

虽然东南亚为重点,但第二语言族是泛亚语系。 这个民族语言群体的内部结构很多,因为那里有一个众所周知的连贯的高棉族,其中包括缅甸和泰国的一些少数民族以及柬埔寨人。 另外,您在东部有越南人,在印度东北有一些部落。 关于这些印第安部落,Munda,是否是最初的印第安人,将由Dravidian和Indo-Aryan的演说家后来取代,还是侵入该次大陆,一直存在着争论。 我相信 最新的遗传数据 指出从东方入侵南亚。 在历史时期之前,东南亚大陆上的南亚大陆可能不太分散。 缅甸和泰国的两个主要民族都是入侵性和吸收性高棉人,历史上证明了后者的势头。

最后是缅甸和泰国(以及老挝)的民族语言群。 前国家由 巴马尔是大约1,500年前起源于华南地区的汉藏人口。 在缅甸,星期一的生活依然存在,而具有泰国血统的Shan族在整个国家的东北边缘占据着统治地位。 在泰国和老挝,Mon-Khmer的边界被边缘化为孤立的残余群体。 但是值得注意的是,在这两个政体中,高棉人都为征服种族的文明取向定下了基调。 泰国被遗弃的中国人影响了大乘佛教,而印度人则影响了被征服民众的小乘佛教。 尽管泰国人和柬埔寨高棉人之间存在观念上的种族鸿沟,但由于柬埔寨社会的共同根基,其广泛的文化相似性 高棉帝国 清楚了。

有了民族志背景,让我们看一下我们从本文中获得的两个主要数据。 第一个图显示了族群语言数据库中以颜色编码的人口关系数据库的系统树。 在那棵树旁边,有一个K = 14的结构图,这意味着14个祖先种群。 他们已经对条形成分进行了上色,以与民族语言类别相匹配(例如,红色= Austro-Asiatic,Austro-Asiatic情态成分)。 第二个图显示了两个PCA面板。 在数据集中,PC 1是遗传变异的最大组成部分,PC 2是第二大组成部分。 我为巴布亚族人添加了标签。

回到上面的时间顺序,我们知道泰国人排在最后。 在那之前,中藏人来了。 我想知道的问题是南亚人与南亚人之间的关系。 有趣的是,不仅在东南亚的岛屿地区,而且在许多华南地区的人群中,南澳大利亚人的比例都很高。 相比之下,在泰国的孟高棉山部落中,它们大概是泰国移民之前存在的群体的代表,而该部落却不存在。 对我来说,值得注意的是,南亚人不仅表现出与泰国和中藏关系有关的分裂,而且在某种程度上表现出与南朝鲜人有关的分裂! 马来西亚中部的原住民似乎讲一种亚洲-亚洲语言。 最终,在人口稠密的爪哇岛,东南亚岛屿南部边缘的南亚大陆部分频率升高。

由于东南亚大陆的文字记录更厚,我们知道,奥亚人团体早于泰国人和中藏人。 我相信,东南亚地区的奥古斯语元素也早于南洋语。 就是说,我相信,在菲律宾和台湾之间的南极洲人到达之前,存在着南亚大陆基底。 马来西亚内陆的Negritos具有遗传和生理上的独特性,他们会讲奥亚语。 这不足为奇,似乎狩猎者-采集者团体经常转而使用常驻农业人员的语言。 由于他们的孤立,其中一些团体坚持讲马来西亚“第一批农民”的语言,即使这些先驱者被新移民吸收。

PCA清楚地表明,在这些东南亚人群中,南澳大利亚人在遗传上是种类最多的。 为什么? 我相信这是因为他们是迟到者,他们与居住在目标地区的任何人按顺序混合在一起。 在东南亚岛屿的东部,混合物是美拉尼西亚人。 STRUCTURE图和PCA都显示出这种双向混合的证据。 结构简单明了,但请注意,第一个面板中,而在第二个面板中,南极洲人相对于外群的线性分布。

为什么爪哇岛的南亚大陆地区比北部地区高? 由于爪哇岛的肥沃性,它今天是印度尼西亚人口最稠密的地区。 我假设,更有效的农业形式可以促进南澳大利亚人的传播,这种农业可以从边缘土地上挤出更多的生产力。 相对于爪哇,马来半岛,婆罗洲和苏门答腊在农业上处于边缘地位。 在爪哇,南亚大陆的密度最高,而在北部地区则很薄。 南极洲人似乎有可能在岛上和海上边缘地区进行了一系列“跨越式”的跳跃,而这并非由亚洲亚洲人所耕种。 一些印度尼西亚人团体,例如住在苏门答腊岛西海岸同名岛屿上的明塔怀(Mentawai),与台湾人聚在一起,好像他们在整体上移植了自己的社会。

在谈到东南亚的遗传学和史前史时需要提到的一件事是“ Negritos”。 如他们的名字所示,他们是一个具有非洲特色的小人物。 从上面的图表可以清楚地看出,这些人在基因上与非洲人的关系并不特别密切。 菲律宾的内格里托人似乎与美拉尼西亚人有某种关系。 有趣的是,他们说的是南澳大利亚语。 再次追随边缘化的土著人似乎吸收其邻居的语言的趋势。 马来西亚的Negritos有所不同, 但请注意,其中一个人口表现出南亚文化,但是 不能 南极洲,外加剂。 这与我的假设相吻合,即在他们自己被南洋人所吸收之前,南亚人是最早将这些部落边缘化的人。

一个对人种学方面的东南亚了解程度超过我的人,也许可以用更大的能力来解读上述结果。 但是在这一点上,我认为我们已经有了这样的年表:

1)首先,您在东南亚拥有广泛的美拉尼西亚人相似的狩猎和采集人群。

2)然后,亚洲亚裔人口从中国南部的边缘向南移动。 有些人向西推到印度,而另一些人向南跳到适合爪哇等农业地区。

3)然后,南极洲的居民沿着水路向南掠去,并把东南亚的南亚大陆人边缘化,尽管不是在大陆上。

4)巴马尔(Bamar)来自中国南方,距今已有1,000多年的历史,它使缅甸的南亚奥秘边缘化。

5)泰国人不到1,000年前从中国南部到达,占领了东南亚大陆的中部地区,并向缅甸西部入侵。

我可能会猜测,马达加斯加的马达加斯加人是南澳大利亚人,他们的祖先几乎没有南亚的元素。 我相信是这样,因为它们是跨越式发展的一部分,社会通过适当的点对点将水移植到各个社会中(马达加斯加人的语言似乎是婆罗洲南部方言的一个分支!)。

到目前为止,我一直在谈论北向南运动。 然而,论文观察到遗传多样性出现了南北梯度变化,这暗示着作者从南向北迁移 (北部的东亚群体是南部的子集)。 但是,过去可能比我们认为的要复杂。 现代人类完全有可能通过一条南方路线到达东北亚,在冰河时期向南退缩,并向北扩展,有些群体又将其推回南方。 实际上,看看美拉尼西亚人与东亚欧亚大陆之间的距离有多远,我认为最合理的模式是东南亚没有相对较新的扩张。 相反,大多数东亚欧亚人的祖先在中国的避难所中幸存下来,而一系列以农业为动力的扩张则在最近重新塑造了东南亚。 这些种群或多或少地与土著基质混合在一起。 这将导致遗传多样性的吸收。 最后,汉族从黄河流域的大规模扩张可能在过去约3,000年间导致了中国许多宗族的灭绝。

引文: 。,Abdulla,M.,Ahmed,I.,Assawamakin,A.,Bhak,J.,Brahmachari,S.,Calacal,G.,Chaurasia,A.,Chen,C.,Chen,J.,Chen,Y 。,Chu,J.,Cutiongco-de la Paz,E.,De Ungria,M.,Delfin,F.,Edo,J.,Fuchareon,S.,Ghang,H.,Gojobori,T.,Han,J. 。,Ho,S.,Hoh,B.,Huang,W.,Inoko,H.,Jha,P.,Jinam,T.,Jin,L.,Jung,J.,Kangwanpong,D.,Kampuansai,J 。,Kennedy,G.,Khurana,P.,Kim,H.,Kim,K.,Kim,S.,Kim,W.,Kimm,K.,Kimura,R.,Koike,T.,Kulawonganunchai,S 。,Kumar,V.,Lai,P.,Lee,J.,Lee,S.,Liu E.,Majumder,P.,Mandapati,K.,Marzuki,S.,Mitchell,W.,Mukerji,M 。,Naritomi,K.,Ngamphiw,C.,Niikawa,N.,Nishida,N.,Oh,B.,Oh,S.,Ohashi,J.,Oka,A.,Ong,R.,Padilla,C 。,Palittapongarnpim,P.,Perdigon,H.,Phipps,M.,Png,E.,Sakaki,Y.,Salvador,J.,Sandraling,Y.,Scaria,V.,Seielstad,M.,Sidek,M 。,Sinha,A.,Srikummool,M.,Sudoyo,H.,Sugano,S.,Suryadi,H.,Suzuki,Y.,Tabbada,K.,Tan,A.,Tokunaga,K.,Tongsima,S 。,Villamor,L.,Wang,E.,Wang,Y 。,Wang,H.,Wu,J.,Xiao,H.,Xu,S.,Yang,J.,Shugart,Y.,Yoo,H.,Yuan,W.,Zhao,G.,&Zilfalil, B.(2009年)。 《亚洲科学中的人类遗传多样性图谱》,326(5959),1541-1545 10.1126 / science.1177074

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”