Denisovan和尼安德特人先祖在当今人类中的结合景观:

当今，某些人的原始血统中约有5％是来自古老的Denisovans的，甚至比尼安德特人的约2％还要大。我们开发了一些方法，可以区分当今Denisovan和尼安德特人的祖先的位置人类并将其应用于来自257个不同种群的120个高覆盖率基因组，其中包括20位具有高Denisovan血统的独立大洋洲人……在大洋洲，Denisovan片段的平均大小大于尼安德特人的片段， 这意味着在这些人群的历史中，Denisovan外加剂的最新平均日期 （p = 0.00004）。 根据现有的历史模型，我们记录的南亚Denisovan血统比预期的要多，这反映出以前未记录的与古人类有关的混合物 （p ＝ 0.0013）。 就像尼安德特人的祖先一样，丹尼索万的祖先在现代人类遗传背景上也是有害的，这反映在基因附近的枯竭上。 最后，两种古老祖先的减少在X染色体上以及在睾丸中比其他组织中表达更高的基因附近尤为明显（对于Denisovan，p = 1.2×10-7至3.2×10-7，对于2.2×10-3至2.9×即使在控制了跨基因类别的选择性限制水平的差异之后，尼安德特人的血统也为10-3）。 这表明，男性生育力下降可能是人口差异超过500,000年的混合物的普遍特征。

参与 看补品 对于功能性的东西。 我不会解决这个问题。 多年来，这些结果大部分是通过发行或其他论文发表的。 相反，我想强调非海洋族群中Denisovan外加剂模式的变化。 这是重要的部分：

总之，从理论上讲，现代人类中丹尼索万混合的证据可以通过一次将丹尼索万渗入现代人类中来解释，然后再由丹尼索万血统较少的人在大洋洲，南亚和东亚人中进行不同程度的稀释。 但是，如果稀释不能解释这些模式，则必须发生至少三个不同的Denisovan渗入现代人类祖先的过程。

您可以在上图中看到它。 南亚族群一直在远高于趋势线之上，这是推断的Denisovan作为与祖先共享祖先的函数。 澳大利亚人 非西方欧亚血统。 另外，如果您查看 在南亚的Denisovan血统，您会发现他们遵循ANI-ASI方针。 也就是说，它似乎是通过“南印度祖先”进入南亚人口的。 有趣的是，安达曼岛民的昂热样本比低种姓的南亚人群少了Denisovan，这提醒我们，尽管昂热及其亲属是最接近ASI的现代人口，但它们并非来自ASI。 推断出的德尼索瓦人比例最高的是尼泊尔的夏尔巴人。

右图是从 外加剂促进了对西藏高海拔地区的遗传适应，作者发现 与其他东亚人相比，夏尔巴人在祖先血统中处于极端状态。 这个数字很难弄清楚，所以我要告诉你，很多夏尔巴人都是红色的，而其他藏族则处于中间位置，大多数东亚人的红色比例较低，而Dai族则是红色。没有任何。 HapMap中的古吉拉特语样本具有较低的东亚成分。 几乎可以肯定，这是所有东部欧亚人（也许是大洋洲人）共同血统的产物，而ASI是其中的一个后裔。 Denisovan在低种姓的南亚人中的比例表明，ASI中的比例与夏尔巴人的水平大致相同。 我怀疑ASI和藏族团体是通过不同的途径获得他们的Denisovan的，但似乎我们还不知道。

总的来说，我确实对古代DNA能够告诉我们的事情感到惊讶。 没有它，我们就不会谈论这些混合事件。 它们的信号太弱，无法在基因组中留下明显的痕迹。

到现在为止，您可能已经听说，从女性血统传下来的线粒体DNA是从西班牙约400,000万年前的人类化石中提取的。 如果您听不到，我建议 埃文·卡拉威（Ewen Callaway） 和 卡尔 齐默的 需要。 纸在 自然，如此门控， Sima de los Huesos人参蛋白的线粒体基因组序列. 令人惊讶的是，这些原始尼安德特人携带的mtDNA谱系比后来的尼安德特人更接近西伯利亚Denisovans。 那是特定的发现，如果您阅读了反应，那么很显然，这使在该领域工作的研究人员感到困惑。 但是退后一步，想像一下世界 也完全不需要 古代的DNA会是这样。 是的，将支持广泛的猜想（例如，走出非洲），但许多具体细节将被取消。 因此赞美数据！ 有时复杂性更接近事实，这就是其中一种情况。 这些都是好问题。

在本文的原始图中，您可以看到这些人在mtDNA系统发育树上最接近Denisovans。 但是，必须指出的是，它们比任何其他古代人类DNA都古老了数十万年。 由于mtDNA仅通过雌性传下来，因此倾向于更容易受到遗传漂移的影响，这可能会相当迅速地转变血统。 在数十万年中，有些人会失去祖先的mtDNA系，这并不是不太可能。 这就是“线粒体夏娃”发生的情况。 她当时不是非洲唯一的活着的女性，但是其他所有直接的母亲世系都灭绝了。 树内有终止的“鬼分支”。 您所看到的只是下降到线粒体谱系中最后一个共同祖先的谱系。 这并不意味着这些没有贡献mtDNA的女性的祖先就消失了。 只是他们的血统在某个特定点已经通过儿子了（我祖母的特定mtDNA几乎灭绝了，她有六个儿子和一个女儿）。 当然，在链接的文章中着重介绍了这种模式的其他解释。 基因流在血统之间或从不同血统一起流动。 我们必须记住，与后来发现的整个基因组相比，Denisovan人的mtDNA与尼安德特人的分歧更大，这也许表明存在复杂的混合物。 mtDNA树伪造了，但我认为它不能使我们得出任何可靠的结论。

这些结果将在明年左右用来自基因组其余部分的常染色体DNA进行更新。 即使他们无法对整个基因组进行测序，即使是成千上万的标记也足以澄清问题。 尽管所有这些发现都需要谨慎考虑，因为这是一个事实。 非常 古老的血统，也许更接近许多欧亚“古老”的多元化时期 智人 超出了我们的想象。

引文：
Q Fu、M Meyer、XGao、U Stenzel、H A. Burbano、J Kelso、S Pääbo
中国天元洞一个早期现代人类的DNA分析
美国国家科学院院刊 2013 ；提前出版，22 年 2013 月 10.1073 日，doi:1221359110/pnas.XNUMX

上图使用以下图表说明了系统发育关系： 混合树 包裹。它是来自 纸 I 暗指 昨天。纸， 中国天元洞一个早期现代人类的DNA分析，是开放获取的，所以每个人都应该能够阅读它。线粒体DNA分析表明，天元样本来自北京地区，距今约40,000万年，是 单倍群B，这在欧亚大陆东部和新大陆很常见。这是一个令人满意的结果，因为对这个单倍群的理解是它在距今 50,000 年左右发生了多样化。 这些数据有力地支持了这样的论点：天元人与你在上面看到的人群形成了一个独特的分支，而不是西部欧亚人。 这很重要，因为该示例似乎与 相对较好的精度 距今 40,000 年前，支持了考古学的论点，即现代人类在 40-50,000 年前就已经分化为西方和东方血统。相反，统计基因组推论倾向于 较低的背离日期。在这一点上，我们可以有一定的信心，东西向分歧的某些方面早于 随后的基因流事件，这可能会导致考古学盲目方法的混乱。

到现在为止 大概看过 全新 德尼索万 媒体上的纸。 约翰·霍克斯 正如您所期望的，它拥有出色的概述。 我唯一要补充的是重申 我认为近史前和史前时期的人口流动大大掩盖了我们对过去遗传变异模式的理解。 Denisova人参素呈现难题的原因（例如，澳大利亚人和美拉尼西亚人如何与仅在西伯利亚发现遗骸的人口混为一谈）是我们正在从现在的角度观察它。 我们还能透过什么其他镜头观看？ 我们不是时间旅行者。 但是，也许我们应该更加意识到强加于我们对世界的感知和模型的过滤器。 这可能是对任何有关史前历史的命题只有一个中等信心的时候。

另外，我也不知道为什么，但是我很喜欢这棵树：

In 纽约时报, DNA 将人类故事变成真相:

在寒冷的西伯利亚洞穴中发现的一个女孩四万年前的小指尖，与更快、更便宜的基因测序技术相结合，正在帮助科学家绘制出一幅令人惊讶的复杂的人类起源新图景。

新观点正在迅速取代传统观念，即现代人类在大约五万年前凯旋地走出非洲，取代了之前出现的所有其他类型。

相反，基因分析显示，现代人类在相对较近的时期遇到了至少两个古人类群体并与之繁衍：生活在欧洲和亚洲的尼安德特人，大约在 30,000 万年前灭绝，以及一个被称为丹尼索瓦人的神秘群体。 ，他住在亚洲，很可能在同一时间消失。

即使它们已经灭绝，它们的 DNA 仍然存在于我们体内。 “从某种意义上说，我们是一个杂交物种，”伦敦自然历史博物馆人类起源研究负责人、古人类学家克里斯·斯金格在接受采访时说。

首先，出于新颖性的原因，我们强调人类家谱的奇异卷须。就连《走出非洲》的现代古生物学之父克里斯·斯金格也声称我们是混血儿！但我们不要忘记，非非洲人是非洲边缘地区快速辐射的产物。 亲密生态区 在过去约 50-100,000 年内。我不完全确定这是 as 非洲人也是如此（回想一下布须曼人对其他人类来说是多么的基础；他们似乎早在“走出非洲”的浪潮之前就已经分歧了）。

髓： 现代人，尤其是美拉尼西亚人中更多的穴居人混合体！

关于美拉尼西亚人的古老适应性渗入的新论文 一直 别处讨论过。 但是我认为值得回顾，因为这可能预示了即将发生的事情。 随着越来越多的基因组进入在线状态，研究人员正在梳理人类的基因组，以寻找怪异和意想不到的变异。 纸在 分子生物学与进化，标题为 OAS1的全球遗传变异为美拉尼西亚种群提供了古老混合的证据 （为什么该期刊甚至不允许补充信息向公众免费提供？）。 本文中的两个主要数字很好地说明了主要结果。

第一个图是单倍型的系统发育树。 美洲国家组织1 轨迹，饼图显示一组人口中占个体总数的比例。 因此，您可以在上面看到“深谱系”与其他单倍型簇相对较远（通过与共同祖先深度成正比的突变差异来衡量），并且深层谱系仅在该组中的巴布亚语中发现。 第二个图显示了较大族群中深谱系单倍型的频率。 我删去了表明非洲人的百分比为零的部分。 单倍型几乎只在美拉尼西亚人中发现，除了他们抽样的200多个南亚人中的事实之外，其中3人携带了它（2个巴基斯坦人，1个斯里兰卡人）。 虽然上图中的某些方面虽然不明显，但是摘要中却需要您清楚地知道：

一份新的论文 PNAS, 东亚古代人类祖先：“这些结果表明丹尼索瓦人或丹尼索瓦相关人群与东亚人的祖先之间存在混合，并且解剖学上现代人类和古代人类的历史可能比之前提出的更为复杂。”它是开放获取的，所以一定要阅读它。约翰·霍克斯有一个 长时间的沉思。我的主要想法是 我开始认为人们压榨这个橙子的次数太多了。 如果这里的广泛结论是正确的，我不会感到惊讶，事实上我会倾向于这个方向。但相对痕迹祖先的发现就那么惊天动地吗？现实情况是，一年多前 该领域的科学解释框架发生了变化。 这是因为古代 DNA 的具体性，可以进行直接比较，而不是对现存人群的基因组进行统计筛选。请记住，在 2010 年之前，有大量论文利用微妙的统计数据和计算能力“证明”和“证实”了带有替代模型的“走出非洲”。这些技术的力量和精确度往往掩盖了误差幅度和结论的不确定性的现实。当机器朝相反方向转动时，我们需要保持谨慎，瞥见我们现在所知道的可能存在的东西……。

类人或 智人 指一组个人。 从大范围看，实际上并没有那么清晰和明显。 “古老的”人类什么时候成为“现代”的人类？ 考虑到人类的变异，什么是“人类的普遍性”？ 一组生物被赋予一个名称，该名称表示一种现实，即它们可能具有共同的血统，并且在行为上相互作用，并且是潜在的伴侣。 但是，其中许多现象在边缘上都是模糊的。 许多相同的问题出现在 “物种概念” 辩论是在自然复杂性的规模上下进行的。 出现了类似的问题 当我们将基因的历史与种群的历史混为一谈时。 这样的合并对于第一近似具有价值和实用性。 的故事 线粒体前夕 实际上是一个特定基因座（线粒体基因组）的历史。 但这确实告诉了我们有关人类历史的很多信息，即使事后看来，似乎有些科学家对这些发现也有过高的解释。 过去一年中，我注意到的主要问题之一是 古老混合物的可能性增加 在现代人类基因组中，人们经常会因总基因组祖先与某一特定基因的进化史之间的差异而感到困惑。