引文： Freedman，Adam H.等人。 “基因组测序突出了狗的动态早期历史。” PLoS遗传学10.1（2014）：e1004016。

我们通过强大的基因组技术在表面下抓取的次数越多，就越能发现我们对自然历史的了解更加混乱。 一旦搞清楚了，我们将获得准确的复杂性，但是现在在许多领域，这种清晰度还很少。 事实是，新发现或推论并不意味着 当旧的空间不足时，空间中有足够的点来构建新的解释性星座。 由于现代基因组学对生物医学的关注，人们对人类的关注不成比例，但是随着时间的流逝，很明显，这种关注将扩展到整个生命树上，并且光线将逐渐取代暂时的雾气。 首先是对人类特别感兴趣的生物和/或 模型生物 （后者是有助于阐明一般生物学现象以及大量研究人员的研究对象的物种）。 家犬具有两类优势。

红巴辛吉

关于我们“最好的朋友”起源的理论很多。 一种思想流派（尽管不一定占主导地位）是，狗是相对较新的人类义务人类，它是新石器时代革命工具包的一部分。 公平地说，这一观点被许多研究人员以常识为由拒绝了，即狗是在10,000-15,000年前与美洲印第安人一起到达的。 这些显然是新石器时代之前的狩猎和采集人群。 但是有一些 基因组研究 这确实表明，即使有早期的驯化事件，现代的家犬血统也可以追溯到大约一万年前的中东。 基因组学的最新著作似乎相当有力地证明了这一假设。 这些研究人员表明，与多态性子集（数万或数十万个碱基对的数量级）相反，如何仔细，彻底地查看整个基因组（数十亿个碱基对）生物可以产生更深的历史洞察力。

《 PLOS GENETICS》上的一篇新论文， 基因组测序突出了狗的动态早期历史，已经有一段时间作为预印本了，但回顾一下我们现在知道和不知道的重点似乎很有用。 如上图所示，家犬经修订的自然历史的关键要素必须包括该物种的系统发生起源中的最低程度的复杂性。 关于狗的起源的最简单的故事的讽刺漫画是它是一只被驯服的狼。 高度起源于祖先状态（许多特征已从最后一个拥有狼的祖先转变而来），但仍然是狼。 这个想法需要更新，因为上面的论文强调了 现存的狼不是狗衍生自的更新世狼种群的完美代表。 对于一些古老的DNA，这已经很清楚了，但要查看来自欧亚大陆不同地区的三只狼的完整基因组，西非的Basenji和澳大利亚的野狗（连同拳击手作为参考家犬基因组，以及金杰克作为外群），一个主要发现似乎是现代犬是从狼群中衍生出来的，而狼群并未在上述采样中体现出来。 这很重要，因为许多关于狗的推论都是通过简单地假设现代狼是这两个血统的最后共同祖先的适当代理而得出的。

这种替代似乎比我们想象的要不稳定，这在我们认为理所当然的遗传多样性和瓶颈结果中尤为明显。 如果说现代狼是狗衍生自祖先种群的标准，那么瓶颈是相对较轻的瓶颈之一，大小下降了几倍（狼种类更多，但差别不大）。 但是以上作者通过查看这些狼的整个基因组的遗传多样性模式发现，从克罗地亚，以色列和中国采样的这三只狼也都显示出种群瓶颈的迹象。 这使结果更有意义，看起来现代狗谱系似乎经历了一个数量级（16倍）的种群瓶颈。 使用不同方法的时间肯定也早于新石器时代革命大约10,000年前，因此与考古证据一致。 在与农民建立联系之前，狼首先是猎人与采集者的同伴。 狗是否可能适应 淀粉饮食 发生在最初的瓶颈和该世系的祖先与现代狼的祖先分离后发生的（现代狼似乎具有足够的变异性，使其在任何情况下都属于该特征的祖先范围）。 此外，还有诸如Dingo之类的犬种，它们对淀粉饮食没有任何适应性，这具有历史意义，因为它们直到最近才与农业人口并存。

我确实要注意，基因组学并不能改变一切。 确实有许多关于经典遗传技术，比较解剖学和古生物学的广泛概述。 例如，家犬似乎确实形成了单系谱系。 这个简单的意思是，全世界的家犬似乎共享一小部分共同的祖先，而不是从不同的狼血统收敛的形态进化的实例。 然而，更令人惊讶的是，这些结果暗示与狼互惠。 这意味着家犬不是特定现代狼种群的专门分支，而是现代狼的姐妹血统。 尽管通常说狗只是被驯服的狼，但人们很可能会说狼是野狗（是的，我同意这只狗可能是更多的衍生动物，但我认为我们不能用现代的狼代替古老的狼，并称其为好）。 两者都是在更新世繁荣的犬科祖先的子集。 对特定血统的混合测试表明，狗的起源似乎暗示了当地狼血统的基因流动。 由于先前的遗传亲和力或多样性可能是由于基因流动而不是后裔的模式造成的，这将使试图确定特定驯化或适应区的尝试感到困惑（较早的尝试断言，来自中东或中国的家犬可能是前提是错误的假设，以及比整个基因组密度低的标记集的局限性）。

这项研究的主要缺点显然是样本量有限。 它在论文中得到了自由承认，这就是为什么作者还试图从地理和文化上都具有丰富知识的人群中选择个体（例如，野狗在狼的范围之外，并且不与古代农业人群共存） ）。 我对狼样品具有代表性表示怀疑，而不是对选择三个犬种（巴辛吉，丁戈和拳击手参考）的看法表示怀疑。 我们比对狼了解更多关于狗的遗传学和历史的知识，而对于后者而言，似乎比前者更令人惊讶的松散末端。 但是，如果我必须打赌，我会说作者是正确的，他们的推论将会成立（相互的专论，狼的瓶颈等）。 但是，毫无疑问，随着样本数量的增加，此模型将增加很多细节，并且分析中包括了古老的DNA。 尽管最近的研究似乎很清楚地表明，在狗的情况下，驯化是后来的更新世（而不是全新世）的作用， 确切 哪里，何时，是谁的细节仍然很笨拙.

但是上面的标题强调了最终的总体情况： 说完之后，更新世将看起来像一个陌生的国家。 许多要进行深度测序（高覆盖率）和大样本量的生物首先是哺乳动物 古生代 由更新世塑造的起源。 长期以来，这个地质时期对人类的重要性一直是学术界关注的话题，但是基因组学及其对自然历史怪癖的启示可能会强调冰河世纪对许多熟悉的自然历史的生态重塑作用和超凡魅力的物种。 这就是基因组学将为大范围进化生态学打开大门的地方。

引文： Freedman，Adam H.等人。 ”基因组测序突出了狗的动态早期历史。” PLoS遗传学10.1（2014）：e1004016。

相关新闻： 请看一个 Haldane的《 Sieve》中一位作者的帖子.

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对于那些对狗的进化基因组学感兴趣的人来说，这是一个激动人心的时刻。 在2010年 SNP阵列 纸出来了 全基因组的单核苷酸多态性和单倍型分析揭示了犬驯化的丰富历史。 今天，我们要处理整个基因组，这很重要，因为许多SNP阵列都是在家养的狗身上确定的（即，它们被设计用来拾取狗的变异，因此可能会扭曲我们对狼变异的认识）。 最近我谈到了 分析 狗的进化基因组学 狗的选择基因组学以及狗与人之间的平行进化。 该小组的主要有趣结果是，根据一些考古和mtDNA发现，将狗和狼血统的差异进一步推后了约30,000年。 在东亚说服力方面，我没有发现他们对这只狗的起源的争论。 现在是arXiv上的新预印本， 基因组测序突出显示了选择中的基因和狗的动态早期历史，进一步推动了这一点。

自 约翰·霍克斯 已经打过了，我没有太多关于狗淀粉适应纸的内容 自然, 狗驯化的基因组特征揭示了其对富含淀粉的饮食的适应性。 他们的样本量给我留下了深刻的印象，但正如约翰所说，这方面的研究具有巨大的可能性。 作者认为，农业促进了驯化。 这很公平，我要说得很仔细，因为美洲印第安人似乎早于农业就把家养的狗带到了新世界。 换句话说，“驯化”事件可能是一个多层次的事件。 从支持信息中可以看出，很明显，家养动物几乎都是西方品种。 随着对适应性变体的搜索扩展到其他血统，我们可能会对选择的特征感到惊讶，因为它们在狗中会有所不同。