他们如何推断出如此奇怪的结果？ 魔法？ 否。基本上，作者着眼于 连锁不平衡。 知道了？ 可能不会。 如果您好奇，困惑并打算了解他们的方法在您的骨头中的作用，那么您可能需要阅读 Loh等。 除非相信伟大的蜂巢思想，否则 帝国实验室，或尝试吞下陈腐的凝结水。

如果您考虑基因组的短至中等长度序列，则存在遗传变异，等位基因，分布在该序列之间。 这些等位基因的频率因人群而异。 并且，有时在等位基因组合中存在相关性，如果在整个基因座上进行等位基因随机分类，则可能会在单个序列中看到。 一个具体的例子是人口，这是非洲人和欧洲人之间最近发生的混合事件的产物。 重组需要很多代人才能打破等位基因之间所有具有非洲和欧洲血统特征的关联，因此可以简单地通过在个体水平上对基因组进行分相来推断出长的血统块。每个同源物都继承自每个亲本，而不仅仅是基因型值）。 群体内将存在连锁不平衡，因为由于最近在基因组水平上不同的祖先，特定的变体将与整个基因座的其他变体相关联。 如果您注意到SNP 1具有非洲等位基因，则位于基因座附近的SNP 2也比预期具有更大的非洲等位基因，直到达到连锁平衡为止。

如上所述，随着时间的流逝，这些关联会随着时间的流逝而被打破 基因重组。 因此， 整个基因组之间连锁不平衡的衰减可以让您推断出自假定的混合事件以来的时间。 这适用于各种时间深度。 非裔美国人的LD较远，因为这种混合物是相对较新的。 迄今为止 较早的混合事件 一个人一定更狡猾，因为随着两个遗传背景的融合，重组破坏了先前的独特联系，LD衰落并变得极其微弱。 但是，多重混合事件以及随之而来的连锁不平衡模式又如何呢？ 作者在上一篇文章中所做的是在似乎有两种可能的混合事件的情况下，测试数据与LD曲线的组合的拟合度。 而且，他们发现了确实符合此模型的多个人群。

从LD衰减曲线推断出的混合事件的结果不包括技术性：

Pickrell等人最简约的模型。 提议很简单，因为它很疯狂。

1）在原始的西欧亚大陆人口和原始的苏亚人口之间的非洲之角周边地区发生的一次古老的原始混合事件

2）当事件1的下游派生种群遇到科伊桑人的祖先时发生第二次混合事件

Pickrell等。 推论西欧亚人与非洲人之间约有3,000年历史的埃塞俄比亚高原闪族人混合事件 帕加尼等人 只有一点点疯狂的结果。 然后进入第2步，将原始布希曼/原始pro头与大约1,500年前的杂种东非人混为一谈。 让我们从表面上接受这些遗传结果。 他们带给我的是文化的力量。 尽管如今Khoe Nama等团体已大为减少，但他们设法在欧洲殖民主义时期之前保持其完整和独立（直到20世纪初期，德国人才真正摧毁了纳米比亚）。 一群班图族农民淹没了南部非洲的大部分地区，但科伊桑族的某些群体设法维持了居住区，在那里他们坚持其独特的文化传统并延续了自己的语言。 当然，其中有些当然是生态，因为 卡鲁 该地区并不特别适合班图人文化工具包。 但是，我还怀疑，东非人对Khoe甚至间接对布什人的制度和经济影响（例如，牛文化），也使这些人对班图人的扩张更加健壮。

成为一个 在arXiv上预印本，本文 我在这里说的其中的内容对您是免费的，并在方法和疯狂方面对补充内容进行了详尽的解释。 对于这些结果如何疯狂和不正确的讨论，我并不特别热衷。 他们太疯狂了。 但是我对这里的方法学了解得足够多，可以理解逻辑， 并接受作者正在抓住一些非常奇怪和真实的东西，即使它们的特定解释和特定结果可能会引起争议。 现在让我引用这篇论文：

西方欧亚血统通过阿拉伯进入非洲东部的假说必须与以下事实相吻合：该血统的最好的现代代理人通常是在南欧而不是中东（补充表4）。 这一观察结果可以在欧洲古代DNA的研究中得到解释，该研究表明，大约在5,000年前，与现代南欧人有密切遗传关系的人们就出现在斯堪的纳维亚半岛的最北端[Keller等，2012； Skoglund等，2012]。 因此，我们认为今天居住在中东的人们不能代表3,000年前居住在中东的人们是有道理的。 的确，即使在历史时期，也有从中东进出中东的大规模人口迁移[Davies，1997； Davies，2008； Davies，XNUMX]。 肯尼迪，XNUMX年]。

想一想。 如果Pickrell等。 al。 是对的 您认为中东在这方面特别特别吗？ 我想说的是，如果对采样策略不谨慎（我想到的是他们在数据中看到的撒玛利亚人），那么高血缘关系可能会导致奇怪的结果，尽管我怀疑这是一个谨慎的群体。 但是我确实认为，某些欧洲人口比古代黎凡特人更能代表古代黎凡特人，因为现代黎凡特人受到了多个人口统计学波的冲刷（尽管我希望看到更多与基督教阿拉伯*样本的比较）。

Pickrell等人投下了第二个重磅炸弹。 等：

我们注意到，我们已经根据人员的大规模活动来解释混合信号。 解释这些结果的替代框架可能会提出按距离隔离模型，在该模型中，种群主要保留在单个位置，但个体从相对较小的半径内选择配偶。 原则上，这种模型可以通过“类似扩散”的过程将西欧亚大陆血统引入非洲南部。 有两种观点反对这种可能性。 首先，我们观察到的基因不对称：尽管一些东非人口拥有西欧亚血统的50％，但中东和欧洲的撒哈拉以南非洲血统的水平要低得多（最多15％[Moorjani等等（2011年）]，并且似乎不包含与科伊桑人有关的血统。 其次，尽管中部非洲在地理上更接近假定的祖先来源，但南部非洲却存在着西欧的血统信号，但中部非洲却没有。 从西欧亚大陆到东部非洲，再从东部到南部非洲的迁移，可以最简单地解释这些特定于地理和非对称的分散模式。

当我们将人类遗传变异称为渐进遗传时，隐含了按距离隔离。 而且，它不是完全没有作为空模型的效用。 但是我认为我们需要在人类氏族的这种简约优雅中以单调逐步的方式永恒地交换伴侣，从而增加另一层复杂性。 在过去的10,000年（甚至更早！）中，许多人口都陷入了动荡的人口动荡，因为远方的外国人将自己融合到当地的土地上，并废除了旧的以带来新的东西。 这篇文章的作者本人是 这种事件的产物。 人类的遗传故事不是 只是 在小型销售社会的环境中，连续不断地扩散的基因流之一逐渐蔓延。 不，这种平静的背景条件周期性地受到易位人群爆炸的干扰，这很可能是由某种技术或文化革命引起的。 在许多情况下，遗传影响太大而无法做任何事情 但是 民间流浪。

与远距离隔离不同，这些图案不会在整个空间中线性流动，而是在生态肥沃的地形中呈现出不协调的绑扎图案。 而不是薄雾滑过平原，而是将山洪冲刷到沟壑中。 一个更温和的比喻是，这些是人口统计波动，这些波动向外扩展，暂时使逐距离隔离动力学的平静表面扭曲，最终淡出背景并成为新常态。 但是一旦涟漪消失，我们如何知道那曾经是？ 这确实是一件困难的事情，这些结果表明了固有的问题。 Pickrell等人可能是波纹的回声。 从不再存在的来源检测问题。 古代黎凡特的第一批农民的接穗是否藏在托斯卡纳的山谷和坦桑尼亚的平原中？ 一个疯狂的主张也是，但不一定是错误的。

引文： arXiv：1307.8014v1 [q-生物.PE]

*我知道有些基督徒阿拉伯人不想被称为阿拉伯人。

约翰·霍克斯（John Hawks）在他的文章中似乎暗示，色素沉着，表型和基因型的古老差异可能与过去10,000年欧亚大陆的规范有所不同。 我宁愿不提出这个问题，而只提出一个适度大胆的主张，并对未来几年会告诉我们人类的过去提出自己的怀疑。 首先，让我们做好准备。 在100,000到15,000年前之间，现代人类遍布世界各地，直到今天居住的每个大陆。 有几个“触摸即走”的时刻。 这 鸟羽 事件可能是一个，而 末次盛冰期 也许另一个。 人口日趋衰落。 由于密度低以及由此导致的基因流动障碍，mtDNA和Y染色体记录中明显的许多深层系统发育可追溯到这一时期。 似乎现代人类并未从一万五千年前的一两个人口迅速扩张。 线粒体夏娃告诉我们事实并非如此。 正如我之前所说，15,000年的“最新技术”将以这个故事而告终。 大约2005年前，当美洲印第安人到达新世界的绝壁之时，哥伦布时期以前的遗传变异模式正在建立。

我认为这个故事不会成立。 它似乎无法准确地描述世界上20％的南亚人口 成为。 更确切地说，南亚人的单亲世系始终存在着特殊的矛盾。 母系靠近东亚欧亚，父系靠近西欧亚。 考察了整个基因组的常染色体数据表明，与西欧亚大陆的亲和力适度接近，尽管它是地理（西北到东南）和种姓（高到低）的函数。 这些难题通过最近超过10,000年的混合解决了。 但这不仅是特定人类群体的存在。 当今非洲的遗传变异模式非常新颖，几乎没有归因于“最后一次冰河期”。 相反，班图人的扩张似乎抹去了撒哈拉以南非洲以前存在的变异的大部分地区。 科伊桑人，P格米人和哈扎人是大量班图人以前的残余，似乎对东非班图人的遗传学只产生了边际影响。

以上两个案例说明了双重动力学，我相信它们塑造了全新世早期现代人类遗传变异的本质： 伟大的修剪和伟大的综合。 修剪工作包括大量文化多样性的边缘化和同化，以及遗传多样性的边缘化和同化。 y格米人和科伊桑人似乎具有其他非洲人未发现的古老混合物，而大洋洲人则具有其他人未发现的古老混合物。 如果不是为了地理和园艺实践，近大洋洲的居民可能会遭受马来西亚和菲律宾内格里托人的命运。 但是谈到内格里托斯人，安达曼岛民和南亚人，则说明了第二个方面：伟大的综合性。 南亚人是安达曼岛民的近亲的后裔。 在 第一批农民 彼得·贝尔伍德（Peter Bellwood）提出了一个从核心农业灶台扩散的优雅模型，它解释了我们在我们周围看到的现代语言和遗传模式。 作为一个极端的零假设，它很有用，但我认为我们在字面上也要谨慎对待一个程式化的事实。 贝尔伍德的论点接近于提出古代农业种族隔离。 但是mtDNA仍然强烈暗示着当地血统的女性被大量人口吸收（这一结果在历史模式下显然是合理的）。 种族纯度 从未在人类男性“待办事项”列表中名列前茅。 在接下来的几年中，有一个中等的可能性，即其他欧亚人口的起源将与南亚人相似：征服者与被征服者之间，入侵者与土著之间的辩证法产物。 最后，在阴影中，从我所能收集到的东西中，人们对它的理解很少，这是在大修剪和综合行动的后退潮中脱颖而出的第三种动力：设法避开命运的土壤之子被发现从人树上修剪掉了 不同的生存策略.

显然，这还不是全部。 这 哥伦比亚交易所 是一章，尽管它以许多方式呼应了它们，但它追溯了史前的修剪和综合。 汉人的扩展是我提到的那个时期之后的另一个故事。 但是这些故事是众所周知的，而且很重要。 我在这里建议的是，在不久的将来，只有淡淡的记忆会开始走出阴影，因为它们已经在我们的基因中留下了印记。

现代塞浦路斯人显示出遗传特征，将其分为三个假定的祖先群。 西亚，在高加索地区是莫代尔。 南欧，撒丁岛的莫代尔。 还有西南亚，这是阿拉伯半岛的模态。 塞浦路斯人基本上看起来像叙利亚人，但西南亚人较少，西亚和南欧人之间的平衡更多，而祖先的次要组成部分则少得多。

仅仅因为一个岛由一群农民定居，并不意味着随后的入侵或迁移不会产生影响。 台湾的土著部落似乎是该岛的原始农耕者，他们定居后，经历了数千年的逐渐而持续的文化变革 原位。 但是在过去的300年中，中国大陆福建定居者在人口统计上使台湾本土人不知所措。

在青铜时代，塞浦路斯似乎是近东政治和文化体系的一部分。 塞浦路斯的名义上的国王与埃及的法老有着密切的外交关系。 但是在青铜时代结束和古典时代之间，塞浦路斯成为了希腊文化区的一部分。 尽管有数百年的拉丁和奥斯曼帝国统治，但仍然如此，尽管土耳其人占少数。

关于塞浦路斯的一件值得注意的事，与众不同 希腊大陆是几乎完全没有北欧祖先成分的。 因此，我们可以得出平庸的推论，即北欧人最初与中东农民的人口膨胀并没有关联。 相反，我想专注于 西亚和南欧的祖先组成部分。 上个冰河时期之后欧洲人口重新聚集的一种模式是，狩猎采集者从伊比利亚和意大利的半岛“避难所”扩张，后来被中东农民的扩张以及也许来自欧洲的印度裔欧洲人的扩张所覆盖。蓬草原。 尽管我在地中海人群中看到的是 几个 近东扩张浪潮。 我现在提供一个假设，即K = 10时的南欧祖先元素是近东地区第一批农民的签名。 西亚人是随后的浪潮。 我假设这两个群体必须与某种文化或技术转变相关，尽管我对此没有任何假设。

从以上观点可以清楚地看出，我相信现代撒丁岛人是第一批农民的后代，不受后来的人口动荡的影响。 我认为，巴斯克人是从同一波航海农业者的合并中崛起的，而土著人民是在此之前融合在一起的（土著人很可能是上个冰河世纪结束后扩张的北亚欧亚人的后裔）来自前述的避难所）。 他们越过地中海的肥沃地区跳起脚步，推高了法国南部的山谷，并脱离了直布罗陀海峡。 有趣的是，巴斯克人缺乏迪内克斯（Dienekes）的表现出的西亚少数民族元素 西班牙人，葡萄牙人以及法国的HGDP （甚至 K = 15 它们只是混合两种方式，而撒丁岛人则表现出次要的西亚成分。 另外， 西亚 和 南欧 元素在斯堪的纳维亚人中的比例代表比芬兰人好几倍。 在维吾尔族中没有发现南欧元素，尽管有北欧和西亚元素。 从所有这些模式中，我可以推断出，南欧元素源于从近东向西推动的印欧前农民。 它是整个西北欧大部分地区的第二大组成部分，是整个南欧大部分地区（包括希腊）的第二大组成部分。

第二个问题 第一农 阐明了从近东到欧洲和南亚的农业传播之间的差异。 与欧洲相比，整个南亚的农业扩张似乎更为缓慢，或者至少停滞了更长的时间。 清晰的西亚移植文化来到了今天 巴基斯坦 约9,000年前。 但是直到大约4,000年前，新石器时代才到达印度的最南端。 我认为次大陆西北部的“潜伏期”解释了“古代北印第安人”和“古代南印第安人”之间的假定杂交。 重建印度人口史。 在南印度部落人口中，“北印度祖先”的比例很高，约为40％，并且Y染色体标记（如R1a1a）是由于以下事实：这些族群本身就是轮换耕种者之间的次要合并从西北扩展，以及与当地ASI相关的当地居民狩猎者和采集者群体，这些ASI与原始西亚农民在古代巴基斯坦遇到并被同化（Pathans约为25％ASI）。 我相信，德拉威人的语言仅在最近的4-5,000人之内与农民（从部落中很常见，其中一些人可能已恢复为兼职的狩猎者聚会）而从西北到印度的南部到达。 Dravidian口语小组的到来相对较晚，这说明了为什么我想到了斯里兰卡拥有印欧语系； 如果有的话，该岛可能只是靠讲德拉瓦迪语的人来定居，这使古吉拉特邦和信德省的印欧语系人士跃居并迅速取代了当地的韦达人，他们是狩猎者和采集者。

请注意： 这是K = 15.

*维基百科说 为 狩猎采集，但即使在这里，这个数字也可能很小。