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印度基因组学

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扎克·阿杰马尔(Zack Ajmal)一直在服用他的 参考3数据集 漫步在 哈拉帕祖先项目。 或者,更准确地说,他一直在驱动计算机以处理ADMIXTURE结果,从而提高了K的后一个值。 因为它是 哈拉帕 祖先项目扎克(Zack)的人口过多地吸引了南亚人。 他设法掌握了 重建印度历史中的数据集。 如果您还记得,本文表明,脱离祖先结构推断算法的南亚成分实际上可能是两个古代种群(“北印度祖先”(ANI)和“南印度祖先”(ASI))的稳定混合体。 ANI是可以很容易地与其他西欧亚人进行比较的人口。 没有“纯”的ASI群体,但是安达曼群岛的土著人民是最接近的群体,它们与几万年前的大陆ASI人口不同。

在K = 11(即11个推断的祖先人口)的情况下,扎克似乎已经迷失了对这种南亚混合模型的期望模式。 让我 引用他:

现在,让我们使用Onge分量在10%到50%之间的所有参考人群,并使用上面的公式计算其ASI百分比。 结果在电子表格中。 有几个人口的南印度祖先人口比任何Reich等人群体都高,其中Paniya最高,为67.4%。

%ASI和%Onge(一个Andaman组)之间的r平方为0.994。 这意味着前者的99.4%的变化可以通过后者的变化来解释。 %ASI始终高于Onge。 为什么? 安达曼岛民和ASI的最后共同祖先在数万年前就开始分歧了。 二烯 观察到的ADMIXTURE需要良好的参考人群,并且Onge与大陆ASI人群的上一个共同祖先相距甚远,以至于它不是这个古老群体的完美代表。 但是似乎低估是系统地朝着同一方向倾斜的,因此可以解释这两种趋势之间的良好契合。

Zack自然在这些推断的祖先种群之间生成了Fsts的成对矩阵。 请记住,Fst中的值显示了两个种群中遗传变异的比例,可以在两个种群之间进行划分,但不能在两个种群之间进行划分。 因此,这是对遗传距离的粗略衡量。

这是矩阵。 我重命名了一些人口:


亚洲人 安达曼 E亚洲 亚洲西南 欧洲 西伯利亚 W非洲 巴布亚 美洲印第安人 科伊桑/侏儒 非洲人
亚洲人 0 0.165 0.121 0.09 0.071 0.134 0.184 0.21 0.175 0.261 0.15
安达曼 0.165 0 0.122 0.161 0.152 0.144 0.224 0.209 0.207 0.304 0.304
E亚洲 0.121 0.122 0 0.152 0.137 0.067 0.216 0.205 0.139 0.294 0.187
亚洲西南 0.09 0.161 0.152 0 0.048 0.163 0.179 0.235 0.208 0.257 0.143
欧洲 0.071 0.152 0.137 0.048 0 0.143 0.186 0.223 0.178 0.261 0.148
西伯利亚 0.134 0.144 0.067 0.163 0.143 0 0.232 0.228 0.141 0.311 0.203
W非洲 0.184 0.224 0.216 0.179 0.186 0.232 0 0.286 0.281 0.123 0.059
巴布亚 0.21 0.209 0.205 0.235 0.223 0.228 0.286 0 0.29 0.367 0.26
美洲印第安人 0.175 0.207 0.139 0.208 0.178 0.141 0.281 0.29 0 0.364 0.252
科伊桑/侏儒 0.261 0.304 0.294 0.257 0.261 0.311 0.123 0.367 0.364 0 0.133
非洲人 0.15 0.195 0.187 0.143 0.148 0.203 0.059 0.26 0.252 0.133 0

上面的南亚人口是 与您之前看到的组件有很大的不同。 它似乎比ANI更重要。 这很好地提醒我们,我们为这些祖先组提供的标签是助记符,不应将它们视为字面意义和具体含义。 我个人觉得Fst矩阵难以阅读,因此我生成了许多多维比例尺图,说明了与矩阵的关系。 可以通过混合和匹配总体来实现清晰度,这就是我所做的。 另外,我只显示维度1和维度2。 请记住,维度1是权重更大的维度。

不要将这些视为所有现代人口都来自其中的真正的具体人口。 这XNUMX个总体是满足算法要求的抽象。 但是,我确实认为,考虑到这一警告,存在一些暗示性的模式。

首先,与其他西欧亚群体相比,“西南亚人”部分与“非洲西非人”的关系并不那么紧密。 但实际上我们知道,西南亚人口 ,那恭喜你, 更接近非洲人。 这是怎么回事? 西南非洲的人口有非洲的混合物。 而且,这种混合物最近才到,它很容易消失。 这与正常的南亚模态成分形成对照,后者表明混合后需要更长的时间,这种时间足够彻底,从彼此的遗传背景中挑出两个祖先群体并不容易。 裂变和融合是任何地理上广泛的物种历史的正常组成部分。 ADMIXTURE将捕获融合的早期部分。 但是经过足够长的时间后,融合变成了它自己独特的元素。

您在PCA的欧亚大陆上看到了常规的东西向划分,但在这些地块上也看到了南北向次生分量的证据。 安达曼人口比西欧亚大陆更靠近东亚欧亚大陆,但它们也占据着自己的位置,突出了南北轴线。

最后, 与“西南亚人”相比,南亚/ ANI人口似乎更接近“欧洲人”。 这太有趣了。 但是在这里,您必须非常小心并记住,这些“纯”祖先成分本身可以在较高的K值处或当您适当限制数据集时分解成取代基元素(非洲人和近交群体倾向于在ADMIXTURE中生猪簇)。 如果您阅读过所有基因组博客,就会知道“欧洲”和“亚洲西南”组件本身在仔细检查后会分开。 “西南亚”部分通常分为北部和南部分支。 就遗传距离而言,北部分支通常比南部分支更靠近其他“欧洲”群体。 以下是一些按欧亚比例分类的西欧亚族群:

南亚%
伊朗人 30%
Lezgins(高加索语) 29%
格鲁吉亚人(高加索人) 26%
Adygei(高加索语) 24%
亚美尼亚 22%
土耳其人 21%
叙利亚人 19%
德鲁兹 18%
黎巴嫩 17%
撒玛利亚人 16%
巴勒斯坦的 15%
塞浦路斯人 14%
沙特 14%
也门人 14%
俄语 8%
托斯卡纳 7%
匈牙利 7%
犹他州白人 7%
奥卡迪亚人 5%
英国的 5%
法语 5%
意大利语 5%
芬兰 4%

还要注意,西南亚人与欧洲人之间的距离小于欧洲人与南亚人之间的距离。 处理K或将数据集限制在西欧亚组中,可能会显示出更细粒度的关系。

 

每当 扎克·阿杰马尔(Zack Ajmal) 将新的更新发布到 哈拉帕祖先项目 他将一些数据附加到他的 种族数据库。 这使我进入Wikipedia,因为 应该有多少人知道“穆斯林拉瑟”的含义? 好吧,如果您是穆斯林Rawther,也许是印度南部的穆斯林,那么您会的。 但是,众所周知,南亚民族语言分类和等级制是拜占庭式的,我很难理解它们。 就我而言,这并不奇怪,因为在最近的一段时间里我的家庭背景相对混杂(例如,印度教徒和穆斯林,以及具有不同种姓背景的人),所以我们不是那种可以花很多时间讨论的人我们的纯血统和所有这些东西。 不幸的是,Wikipedia并不总是有用的,因为在特定的南亚种族群体中编辑条目的人通常是这些种族群体的人,因此您会获得大量无关的信息,并且特别偏向于该群体的卓越和成就感(此外,有时还有一些有趣的东西,关于那个种姓的外观有多臭名昭著!)。 有时还有其他信息来源。 例如,扎克(Zack)有几个来自 泰米尔纳达尔种姓。 我对这个团体有些了解,因为1)我有一个朋友,其家人是纳达尔(他是美国人),所以说他是美国人纳达尔是毫无价值的),2) 纽约时报 去年秋天对该小组进行了简介。

当扎克(Zack)注意到一个团体 泰米尔·维斯瓦卡玛(Tamil Vishwakarma) 提交了条目后,我去了Wikipedia。 那是我第一次听说这个小组。 这是我发现的:

在印度,Viśvákarma这个词是指牧师,工程师,建筑师,雕刻家,寺庙建造者和艺术家的种姓。 该术语适用于五个子类型; 铁匠,木匠,铜匠,金匠和雕刻家。他们以吠陀时期的潘查·贾纳斯(Rathakara,Karmakara,Thakshaka,Kumbhakara和NishadaSthapathies)连接自己,并崇拜各种形式的Viswakarma,例如Twostar,Daksha prajapathy,Rakshaib和Maya等等。

Vishwakarma Brahmins也被称为Rathakara Brahmins,Rigveda(1.6.32)中提到的Rathakara表示很高的地位,并且与Yajna kunda中的圣祭火有关联……根据Srautasutras,Rathakara(战车的制造者)有权执行所有祭祀……。在许多祭祀中,例如拉贾苏亚(Rajasuya),拉达卡拉(Rathakara)扮演着祭品的接受者(ratninaḥ)……

首先,我不知道这意味着什么。 例如,“许多牺牲,如拉贾苏亚……”。 因为我不知道Rajasuya应该是什么,所以对我没有任何印象。 但是这里的重点是,毗湿婆w玛正在断言与婆罗门的关系。 这,我可以理解。 南亚的许多非婆罗门团体都希望与婆罗门人结盟,因为婆罗门人地位很高,社会地位较高。 我认为大部分时间都是由人组成的,到底有多少下落的婆罗门? 这有点像是在穆斯林中声称穆罕默德的后裔,或者是欧洲穷人中某个淫乱而滥交的国王的后裔。

但是经过Harappa祖先项目数月之后,您可以根据以下几方面对概率进行评估 仅在遗传学上。 南印度婆罗门在基因上与其他非婆罗门南印度人一致。 那么,我将如何探索维斯瓦卡玛主张的真实性呢?

首先,我看K =4。因此,该数据集包含四个祖先人口:南亚人,欧洲人,东亚人和非洲人。 这些是假设的抽象,因此请关注 相对的 个人和群体之间的关系, 不能 在绝对量子上。 我采用了Zack的ADMIXTURE结果,种族标签,并自己添加了一些类别。 您可以看到CSV 点击此处。 基本上,我选择了具有种姓身份的人,并将其分为婆罗门与非婆罗门。 请注意,非婆罗门类别包括所有种姓等级的群体。 它在社会上是异类的。 我还添加了地理标签。 NW =巴基斯坦,印度西北三分之一。 NE =孟加拉国和印度的东北三分之一(比哈尔在这里东北)。 S位于南部,是德拉威统治下的四个州。 中央的C包括Mahrashtra,古吉拉特邦(Gujarat)等。

首先,我们来看看 所有 婆罗门和两个毗瑟瓦卡玛。 我按南亚血统排序。

Vishwakarma在婆罗门之中是离群值。 您会看到一个间断。

按南亚,欧洲,然后是东亚血统进行分类,以下是维斯瓦卡玛(Vishwakarma)的邻居:

他们就像其他非婆罗门南印度人一样。 没有间断。 我无法证明 精神 Vishwakarma的婆罗门教徒,但我想说他们可能是在宣称婆罗门协会要提升其相对于其他种姓的地位。

现在,让我们看一下所有Harappa样本。 我将首先按地区分类,然后按南亚血统分类。

一些笔记。 雅特 我认为最初是旁遮普邦的永久农民耕种者。 他们认为自己很棒! Sourastrians是从古吉拉特邦(Gujarat)到南部的泰米尔纳德邦(Tamil Nadu)的移植。 他们保持了印度-雅利安方言。 我的父母是两个有着很多东亚血统的孟加拉人。 这里非常适合预测南亚祖先量子的两个参数模型:地理和种姓。 这种情况最严重的地方似乎在西北偏远地区,婆罗门似乎没有比非婆罗门人少那么多的南亚人,事实上,也许比农民的贾特人多得多的南亚人。

最后,根据历史渊源和长期以来的持续存在,一般认为加勒比印第安人的起源是印度—恒河平原东北部一半的农民。 博杰普尔 在特立尼达和圭亚那。 这看起来是正确的。

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”