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印度基因组学

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研究博客网站髓: 非洲印第安人主要是非洲人,拥有大量的印度少数民族血统。 后者不成比例地由女性介导。 似乎祖先是西北印度人,在非洲环境之外,自然选择一直作用于他们。

沿着南亚的西海岸,从 马克兰 在巴基斯坦西南部,一直到 康坎 在印度西南部的沿海地区,有一些孤立的非裔印度人社区。 他们叫 西迪斯 或Habshi。 他们的非洲血统从其外表以及民俗风俗方面都很明显,这些地方使他们回到了撒哈拉以南非洲。 然而,它们已经吸收了许多印度文化特质。 他们通常会讲当地语言,并按伊斯兰教,印度教或罗马天主教的比例练习。

Siddis如何以及为何到达印度? 几乎可以肯定,最早到达它们的日期必须受到印度-伊斯兰政体在第二个千年初崛起的时期的限制。 穆斯林军阀的大都会混血包括非洲人的不同群体,其中一些人掌权并建立了自己的自觉非裔印度朝代,与土耳其,阿富汗,波斯和阿拉伯受感染的小州区分开。 这些是现代西迪社区的起源吗? 南亚西海岸的西迪的口述历史表明没有。 实际上,这些非洲印第安部落沿阿拉伯海边缘的地理集中表明了不同的历史参与者:葡萄牙人。 在亚洲大部分地区,甚至到中国,非洲人的角色都与新世界中的角色截然不同。 它们是作为精英消费而非生产而购买的对象。 他们在法庭上任职,守护着后宫等。低地亚洲不需要进口劳动力,因为这里有大量的人力资源。 尽管在新世界的许多地方,黑人非洲奴隶是资本主义生产体系中的重要齿轮,但在亚洲,就像在伊拉克南部等少数地区以外的阿拉伯世界一样,黑人是奴隶们的奢侈消费信号(一段时间以来,这在欧洲法院也很盛行)。

昨天在《科学》杂志上发表了两篇新论文。 美国人类遗传学杂志 检查印度Siddi的遗传学,着眼于阐明其历史民族起源的细节。 尽管论文有很大程度的重叠,但仍然存在细微的差异,从而导致了互补。 沙阿(Shah)等人。 使用更粗的标记集,而 Narang等。 可以查看更多的种群,但是由于删除了不覆盖其种群的SNP,因此标记集要薄得多。 让我们依次回顾这些论文。


印度西迪斯人:非洲后裔与印度的混合物:

西迪斯人(非洲印第安人)是一个部落居民,其成员居住在古吉拉特邦的卡纳塔克邦沿海地区和安得拉邦的某些地区。 历史记录表明,大约300-500年前,葡萄牙人将Siddis从非洲带到印度; 但是,关于它们更精确的祖先起源的信息很少。 在这里,我们进行了全基因组调查,以了解Siddis的种群历史。 我们使用了成千上万的常染色体标记,表明它们继承了非洲人,印度人以及欧洲人(葡萄牙)的祖先。 此外,对单亲(Y染色体和线粒体DNA)标记的分析表明,Siddis的祖先是撒哈拉以南非洲的班图人。 我们估计,西德迪斯族非洲祖先与邻近的南亚族群之间的混合可能发生在过去的八代(约200年前)中,与历史记录一致。

本文的主要增值是与印度人混合的时间的估计。 我会讲到这一点,但让我们真正快速地了解系统发育关系:

PCA和外加剂估计值完全一致。 西德迪斯人比非洲人更多,但显然与印度人混为一谈。 为了获得更详尽的了解,作者还研究了单亲世系。 注意母体mtDNA与父系Y祖先估计之间的显着不一致。 更奇怪的是, 使用常染色体估计值,总血统的代数和父系血统的数量,注意更接近的值。 我认为这是一个很好的解释:发生在非洲的奴隶运输受到男性的强烈偏见。 这些非洲出生的男性同化为非洲裔印第安人社区,该社区早年通过结婚的妇女在印度裔中占有很强的地位。但是,一旦重要的锡迪族社区发展起来,他们便吸收了新来的人,这些人是男性,并且增强了常染色体和Y染色体血统的非洲数量,但没有增强mtDNA。 喜欢 阿根廷 当非洲裔印第安人和当地人之间的界限更加通透时,西迪斯人的母系便是最初几代人的阴影。

最初的一代可能是最近的一代,因为作者估计外加剂的平均日期是现在之前的约8代。 标准误差 1代。 这几乎是伪造锡迪斯人从第一代印度-伊斯兰人的到来所产生的命题。 相反,西德迪斯人似乎更可能追溯到印度洋人类贸易,这是葡萄牙人口述历史上所暗示的。 重要的是要记住,阿曼阿拉伯人和其他人也参与了这种贸易,但是葡萄牙人在16世纪和18世纪处于独特的位置,将非洲人从其东非的据点运送到印度西海岸的防御工事。

他们估计此混合事件的方式非常简单。 地理上不同的种群具有自己独特的遗传变异。 如果您从非常不同的人群中选择两个人,那么他们所携带的两个人中只有一个人是通过的(授予 重组的 两个亲本链的混淆)。 这意味着后代将有两个 同源染色体 这反映了非常不同的祖先历史。 举一个具体的例子,如果某人有一个印度父母和一个非洲父母,那么他们的一条DNA链将具有一系列遗传变异,这些遗传变异与该DNA链所通过的父母的祖先极为相关。 这就是为什么第一代混合种族个体具有很高的杂合率和很少的纯合运行的原因。 它们的成对子链不太可能具有最近的共同血统。

这也意味着在混合种族的第一代人群中,您会看到很多 连锁不平衡 (LD)。 这意味着与种群1相关的标记x,y和z可能会在同一DNA链上找到,而与种群2相关的标记a,b和c可能会在其他DNA上找到。股。 因此,您将获得长单倍型,跨基因的独特标记集,表明两个亲代群体的人口统计历史相同。

但是我规定了第一代,因为随着时间的流逝,LD将由于基因重组而衰变。 左侧的示意图说明了正在发生的事情。 回想一下,在减数分裂过程中,亲本染色体分离并分类,形成了单倍体配子,这些单倍体配子将单链传递给后代。 但是,这个过程并非总是没有意外的。 特别地,父母的独特链可以断裂并重组以在链水平上形成新的单倍型。 例如,假设您的母亲有一条是母亲的,另一条是父亲的。 通过重组,她可以传给其后代(相对于自己的父母而言,母本为2/3,母本为1/3),因为这些母线可以重组。 因此,在第一代中,杂种在单链的祖先之间具有完美的关联,但是重组将打破这些关联。 第一代非洲印第安人可能会将25%的非洲人和75%的印度人的后代传播给他们的后代。 在几代人中,这种混合与匹配打破了通过掺和物产生的联系。 如果假设这种重组率是恒定的,那么连锁不平衡的程度和单倍型嵌段的长度可以给我们一种自混合以来的时间感。 如果混合物是最近的,则此方法相对有效,因为在几代人之后,LD的程度将渐近地接近没有混合物事件可能期望的基线。 换句话说,对于时间上的事件而言,精确度很高,但是对于远古时代而言则相对较低。

如该论文所述,维吾尔族人口在距今约2,000年之前表现出混合事件的特征,而非裔美国人人口所表现出的混合事件已有数百年的历史。 Shah等人的一位作者。 是大卫·赖希(David Reich),他是一篇论文的共同作者之一,该论文著名地(对本博客的读者来说!)认为,南亚人是“北印第安人祖先”(ANI)和“南印第安人祖先”(ASI)的古老混合物。 此事件对于LD方法来说太过古老,以至于无法确定日期,至少是他们在这里使用的日期。 西德迪(Siddi)在发生混合事件时类似于新世界非洲人,但他们的性别偏见却大不相同。 在新世界中,母亲的血统绝大多数是非洲的,而父亲的血统则是欧洲的(尽管某些非洲群体有美洲印第安人的血统)。 我认为这可以告诉我们印度Siddi社区的特点。 有趣的是,我认为他们的这种倾向可能类似于阿什肯纳兹犹太人和罗姆人,其父系血统与其文化和身体上的显着特征相关,外源性混合物通过雌性血统出现。

最后,在对单亲世系的分析中,他们表明,非洲的班图人与西迪之间似乎有着明显的联系,而且就附近印度人群体而言,非洲人的混杂事件是单向的。 这些样本来自古吉拉特邦和卡纳塔克邦,并且由于西迪族倾向于穆斯林,而其邻国则可能是印度教徒,因此我认为我们应该谨慎地进行概括。 对HGDP的分析显示,在北部和西部的一些南亚群体中,非洲人的生活非常重要。 我认为这有点老了,可以追溯到有些混杂的西亚集团,但这很有意义,巴基斯坦的穆斯林更有可能吸收其他穆斯林人口,尽管可能是异国情调的。 我私下分析的一位巴基斯坦人展示了一个清晰的非洲祖先信号,他们无法解释,因此它可能是许多南亚穆斯林(虽然不是印度教徒)遗传背景的一部分。

那么第二篇论文呢? Narang等。 在印度境内,种群的变化范围较大,但标记物的数量较少。 而Shah等人。 使用了约800,000个标记物(Narang等人的组合集)。 大约是20,000,在某些情况下,他们将其与大约3,000个祖先信息标记配对。 从我所见,大约20,000个PCA就足够了,但对于大陆内部的差异,它就在泡沫上,用于分析假定的祖先种群之间的混合(即,由Structure,Admixture,frappe等产生的条形图)。 此外,而Shah等人。 Nakar等人使用了来自卡纳塔克邦和古吉拉特邦的Siddi样品。 只专注于古吉拉特邦(Gujarati Siddis)。 最大的结果似乎证实了Shah等人的暗示: 印度与Siddis的混合物表现出地区性偏见。 沙阿(Shah)等人。 得出的结论是,使用ASI偏斜的印度样本比使用ANI偏斜的样本效果差。 Narang等。 证实了这一点,表明古吉拉特语Siddis对西北印度裔群体的展示和掺和倾向更多。 其中一些可能是欧洲或中东的混合物,但我怀疑最好的解释是,作为主要是穆斯林的这些锡迪斯人与印度伊斯兰背景的人之间的互动不成比例。 特别是,来自印度北部和西北部(今天为巴基斯坦)的移植物数量不成比例,随着原始德里苏丹国的崩溃,这些移植物迁移到了印度中部和南部。 这些精英首先会经常购买西迪迪斯人(尽管一些印度教徒也购买或接受了黑人奴隶的礼物,他们的国际联系更加脆弱,而且他们的政体往往比海基要多)。

由于标记集更薄,因此作者对混合事件的了解不多,只是它是最近的。 但是,关于功能相关的基因有一些有趣的地方:

我们还想看看是否有一些生物过程被选择性地从任一祖先的混合种群中富集了。 考虑到两个祖先种群之间的FST值≥0.1的SNP,我们从3396个SNP中选择了18,534个进行功能分析。 其中有1218个SNP被滤出,因为它们在OG群体中的频率在预期频率的5%以内,这是两个祖先群体等位基因频率的祖先加权平均。 根据等位基因频率与印度和非洲祖先群体的亲近度,将其余的SNP分为两组,分别为1240和938个SNP。 对这些组中的基因类别进行分析后发现,钙粘蛋白,钾通道,膜蛋白和溶质载体以及接近IE的组中的蛋白激酶和接近非洲血统的组中的激酶和免疫相关基因均显着富集。 进一步的功能注释聚类(FAC)显示,与SNPs频率接近印度祖先群体的频率相关的基因组中,与轴突发生和钾转运相关的过程明显丰富(表5)。 但是,FAC并未透露其他小组贡献的过程的任何具体丰富之处。

换句话说,仅凭祖先就与您期望的有所不同。 为什么? 我怀疑由于非洲相对于南亚常见的高病原体负载而导致某种形式的功能限制的释放(是的,与非洲相比,南亚的病原体负载低!)。 好像气候没有那么不同。 在这里,与祖先的印度成分相比,席德族人口中似乎过分代表的基因类别(换句话说,“印度”祖先的比例在该位置高于预期):

这是讨论中的详细说明:

…。 但是,我们想检查OG是否保留了任何一个祖先的任何丰富的生物过程。 我们寻找功能富集的目标是与基因相关的AIM,其在OG中的发生频率接近任何一个祖先种群。 我们观察到与离子通道活性和钙黏着蛋白基因有关的过程大量富集。 这些富集过程中的基因型谱与IE祖先的谱接近(图7)。 在非洲血统人群中选择离子通道基因一直是全球的长期难题。 然而,人口居住在该国盐碱化地区并显示出这些基因的差异这一事实令人着迷,并使得人们不得不推测这一发现与生物学有关。 鉴于最近的GWAS对非裔美国人的高血压和血压进行的一项研究涉及与离子通道,钙黏着蛋白和钙调蛋白有关的类似基因家族这一事实,这一点尤其有趣。

IE在这里的意思是“印欧语系”。 由于样本来自印加语地区的古吉拉特邦,因此人们会期望这种亲和力,尽管回想起西迪斯人倾向于偏向北方。 无论如何,约束和选择对这些基因座的含意早已被讨论过了,而非裔印度人案例则是对较大模式的有趣复制。

总结要点:

1 – Siddis的起源相对较新。 1500年以后,可能是早期的英国人。

2 –与南亚人混在一起更像是“女性媒介”。 就是说,印度血统趋向于产妇,尽管并非唯一。

3)祖先似乎也偏向南亚北部和西部。 沙阿(Shah)等人。 有一个卡纳塔克邦(Karnataka)样本,该样本位于讲德拉维语的地区(尽管有印度-雅利安少数民族人口),但他们仍然发现,在该群体中,北印度祖先人口比南印度祖先人口更适合。 主要警告是 五月 是由于南印度背景下的外来西亚或欧洲血统。

4)似乎有一些证据表明选择性限制和压力发生了变化,即使在大约10代左右的时间里,这些变化也对全基因组产生了影响。

最后一点: 如果这里引用的数字是正确的,那么我相信,南亚边界内的大多数非洲祖传元素都分布在南亚穆斯林之中。 对经过文化鉴定的Siddis的数量进行的慷慨估计似乎约为250,000。 如果巴基斯坦人基因组的0.25%是非洲人,我认为这是合理的话,那将是约400,000万西德迪斯! 我怀疑印度穆斯林,甚至是一些具有中东血统的孟加拉国人(例如我的母亲),由于达累斯回教的世界主义和无处不在的黑奴作为消费信号,因此他们也拥有不平凡的非洲祖先元素和伊斯兰精英中的军事突击部队。 至于在印度教徒中有多少人,我认为这不是非洲人与印度教徒通婚的一个好标准,而是印度穆斯林逊尼派统治者将边缘穆斯林群体,特别是被印度逊尼派统治者视为异端的教派同化为印度教种姓。系统。

引文: Anish M.Shah,Rakesh Tamang,Priya Moorjani,Deepa Selvi Rani,Periyasamy Govindaraj,Gururaj Kulkarni,Tanmoy Bhattacharya,Mohammed S.Mustak,LVKS Bhaskar,Alla G.Reddy,Dharmendra Gadhvi,Pramod B. ,David Reich,Chris Tyler-Smith,Lalji Singh和Kumarasamy Thangaraj(2011)。 印度西迪斯人:非洲后裔与印度混合物美国人类遗传学杂志: 10.1016 / j.ajhg.2011.05.030

引文: Ankita Narang,Pankaj Jha,Vimal Rawat,Arijit Mukhopadhayay,Debasis Dash,印度基因组变异联合会,Analabha Basu和Mitali Mukerji(2011)。 ,最近在非洲裔印度裔人口中的混合物美国人类遗传学杂志: 10.1016 / j.ajhg.2011.06.004

附录: 第一个人物中,黑人的面孔是唯一的一种触动? 好像文盲们不会读报纸! 虽然有点有趣。

 

两年前 重建印度遗传史 改变了我们应该如何看待南亚历史基因组学。 简而言之,印第安人可以被看作是西欧亚人群体“北印第安祖先”(ANI)和另一群体“南印度人祖先”(ASI)的混合体,该群体与西欧和东欧亚人有着远距离的联系。 至少达到一阶近似。 最后的 秋季 我发表在一篇新论文上,该论文调查了印度的以南亚语为母语的民族,并得出结论说,他们是次大陆的外来民族。 这是一个有趣的观点。 南亚的史前治疗经常使用语言术语来表示假定的古代人口。 一种模式是,首先是最古老的亚洲亚洲文化组织Munda。 然后是德拉维人。 最后是印度雅利安人。 这些遗传数据暗示蒙达到达 after 最初的ANI-ASI合成。 印度的蒙达人可以被看作是ANI-ASI,与东亚的欧亚血统相重叠。

扎克·阿杰马尔(Zack Ajmal) K = 11 ADMIXTURE的运行突出了一些其他问题。 他有一套南亚语系的样本,以及许多讲印度-雅利安语和德拉维语的人口。 我现在认为,我们现在可以进一步澄清和完善我们对印度人民的模式。 这里是:

1)ASI,大约10,000年BP

2)ANI从西北进入次大陆,与ASI合成

3)Munda的祖先从东北进入,在其区域内以ANI + ASI进行合成

4)随后的一组与ANI有关的西欧亚大陆,因此我将其称为ANI2,从西北进入,并覆盖ANI + ASI合成。 在次大陆的东北象限,该群体将蒙达人边缘化,他们被同化或逃到了更偏远的地方。 我相信ANI2可能是印欧人,但也可能是德拉维人

5)第二组奥亚人从东北进入,并与AN2 + ANI + ASI合成。 在某些地区,它们被吸收(阿萨姆邦),但在其他地区,它们在文化上占主导地位(梅加拉亚邦)

以下是两个图解,它们说明了我来自哪里。 上面K = 11的“ S Asian”部分似乎重叠,但与ANI不同。 “ Onge”组件与ASI扮演相似的角色。 “ SW Asian”和“ European”元素非常简单。 它们与“ S Asian”(S亚洲人)密切相关,但它们确实与之分开。 他们与遥远的非印度族群的关系以及向西北的倾斜向我暗示了这一因素的最新出现。


两种模式。 对于印度裔欧洲人和德拉威人的南亚群体,您看到的是垂直分布,其与ANI / ASI的组合人口相对应。 但是请注意,亚洲-亚洲人群体的垂直分布。 他们的祖先是东亚欧亚元素,因此无法通过双向混合对它们进行完全建模。 我相信追踪ASI的“昂热”比例高估了南亚地区的ASI,因为在许多东南亚和Dai族群体中,这一比例似乎太高,以至于我无法作为ASI的完美代理。他们。 但是无论如何 请注意,与其他南亚人一样,南亚人似乎主要是ANI / ASI的混合体。 显然有一个离群人口。 我去找他们。

下图显示了AN2之和与稳定混合比例的比率。

我们从认识 重建印度遗传史 南印度部落和达利特人拥有大量西欧ANI。 但是,从基因组博客作者,尤其是Zack的进一步分析中, 我们可以看到,西欧亚血统还有一个组成部分,可能不是ANI,而是过时的。 这些组成部分与西南亚或中亚欧亚大陆具有相似性。 在Zack的K = 11中,它们分别标记为“ SW Asian”和“ European”。这是您注意到的大问题: 此元素增加东南-西北,从低种姓到高种姓。 在许多德拉威人中几乎没有这种情况。 在次大陆的西北部很常见。

再一次,除了一个局外人以外,南亚人联盟几乎完全缺少AN2,就像一些德拉维部落一样。 另一方面,即使是南亚的大多数AN2团体也明显具有一些ASI和ANI。 但是拥有ASI和ANI并不能保证AN2。 在亚洲-亚洲大陆中发现的东亚欧亚大陆似乎总体上被限制在该次大陆的东北部。 最后,我们有一个离群的亚洲亚洲人小组。

这些都是 卡西。 他们不是蒙达人,似乎与其他东欧亚人口有更紧密的关系。 它们也有一个很小但引人注目的AN2组件。 这是怎么回事? 我相信,在携带AN2的人已经将蒙达人边缘化之后,卡西人抵达了印度东北部。 一些卡西族人可能被吸收到了后蒙达语(讲印欧语或德拉维语的农民)中。 但是,一些卡西族人在高地保持了自己的身份,在那里他们还与拥有AN2的后蒙达族通婚。 相比之下,保留其文化身份的蒙达族撤退了。

这是一张供您细读的表格(请记住,推断出ASI):


团队 语言 Status 亚洲人 昂热 E亚洲 亚洲西南 欧元 西伯利亚 ASI
帕尼亚 德拉威 部落 47% 45% 4% 0% 0% 1% 67%
桑塔尔 南亚 部落 40% 45% 13% 0% 0% 0% 67%
邦达 南亚 部落 27% 44% 27% 0% 0% 0% 66%
Ho 南亚 部落 34% 44% 20% 0% 0% 0% 66%
哈里亚 南亚 部落 33% 44% 21% 0% 0% 0% 65%
萨瓦拉 南亚 部落 33% 44% 21% 0% 0% 0% 65%
马瓦西 南亚 部落 38% 44% 16% 0% 0% 1% 65%
g 南亚 部落 26% 43% 28% 0% 0% 0% 65%
阿苏尔 南亚 部落 42% 42% 14% 0% 0% 0% 64%
加达巴 南亚 部落 29% 42% 24% 0% 0% 0% 63%
德拉威 达利特 58% 40% 1% 0% 0% 0% 60%
库伦巴 德拉威 部落 54% 39% 2% 2% 1% 0% 60%
撒哈里亚 印欧 达利特 44% 39% 12% 0% 2% 1% 59%
陈楚 德拉威 部落 53% 39% 3% 0% 2% 1% 59%
马达加 德拉威 达利特 57% 38% 0% 0% 1% 1% 58%
比尔 印欧 部落 56% 37% 0% 1% 3% 1% 57%
北坎纳迪 德拉威 57% 37% 1% 1% 2% 0% 56%
满浪 印欧 L种姓 49% 36% 8% 1% 3% 0% 56%
萨基利 德拉威 达利特 59% 36% 1% 2% 0% 0% 55%
坎萨里 德拉威 L种姓 59% 35% 1% 2% 0% 0% 54%
维西亚 德拉威 中种姓 62% 34% 0% 2% 0% 0% 53%
哈拉基 德拉威 部落 57% 34% 0% 3% 3% 1% 53%
塔鲁 印欧 部落 52% 32% 3% 3% 6% 2% 50%
杜女士 德拉威 U种姓 59% 32% 0% 4% 2% 1% 50%
洛迪 印欧 L种姓 58% 32% 1% 2% 6% 0% 50%
维拉玛 德拉威 U种姓 60% 29% 0% 7% 2% 0% 46%
斯里瓦斯塔瓦 印欧 U种姓 56% 28% 0% 4% 10% 0% 44%
古吉拉特人 印欧 64% 26% 0% 3% 6% 0% 42%
梅格哈瓦尔 印欧 达利特 55% 25% 0% 8% 10% 1% 41%
科钦犹太人 德拉威 50% 24% 1% 16% 7% 0% 39%
Vaish 印欧 U种姓 52% 24% 0% 6% 15% 0% 39%
古吉拉特人b 印欧 56% 22% 0% 7% 13% 0% 36%
卡西 南亚 部落 21% 21% 48% 0% 3% 5% 36%
本尼以色列犹太人 印欧 45% 19% 0% 26% 8% 1% 32%
克什米尔人Pandit 印欧 U种姓 51% 18% 0% 12% 15% 2% 31%
柬埔寨 4% 17% 75% 1% 1% 0% 30%
新加坡马来语 5% 17% 73% 1% 1% 0% 30%
加罗 藏缅人 部落 8% 17% 65% 0% 0% 9% 29%
信德 印欧 52% 13% 0% 16% 13% 1% 25%
帕坦 印欧 部落 48% 11% 1% 17% 19% 2% 21%
布鲁修 隔离 部落 47% 10% 6% 12% 18% 5% 21%
拉hu 藏缅人 0% 10% 86% 0% 0% 3% 20%
通过 藏缅人 0% 8% 91% 0% 0% 0% 18%
o路支 印欧 部落 49% 7% 0% 27% 12% 1% 16%
婆罗辉 德拉威 部落 50% 5% 0% 28% 12% 1% 14%
马克兰尼 印欧 47% 5% 0% 29% 11% 1% 14%

 

扎克·阿杰马尔(Zack Ajmal)现在拥有 Harappa祖先项目的50多名参与者。 这不包括HGDP中的巴基斯坦人口,古吉拉特人的HapMap,SVGP中的印第安人。 尽管如此,所有这些样本仍几乎无法覆盖南亚的广大地区,即印度恒河平原。 这是Zack到目前为止提交的样本的来源:

  • 旁遮普邦:7
  • 伊朗:7
  • 泰米尔语:6
  • 孟加拉:5
  • 安得拉邦:2
  • 比哈尔邦:2
  • 卡纳塔克邦:2
  • 加勒比印第安人:2
  • 克什米尔:2
  • 北方邦:2
  • 斯里兰卡:2
  • 喀拉拉邦:2
  • 伊拉克阿拉伯人:2
  • 英印:1
  • 罗马:1
  • 果阿:1
  • 拉贾斯坦邦:1
  • och路支:1
  • 未知:1
  • 埃及/伊拉克犹太人:1
  • 马哈拉施特拉邦:1

同样, 请注意,印度人口最多的两个州北方邦(约200亿)和比哈尔邦(比哈尔,约100亿)的代表性不足。 尽管如此,该项目已经产生了一些有趣的收益。 在下面,我用个人标签重新编辑了Zack的静态图片(尽管请访问他的网站以获得更动态的内容)。 我用红色指针突出了我自己和我的父母。

左边是我从扎克(Zack)的屋子里拼接出来的一组地块和桌子。 各个 职位。 您需要知道的是,在K = 12时,我使用了Zack给出的各种假定的“祖先种群”标签,这些标签是从他的ADMIXTURE运行中得出的。 到目前为止,我还展示了哈拉帕祖先项目的参与者及其种族标签。 最后,在中间sm一下,您会看到 第一时间 值,由最小的人口差异标准化。 因此,框中的值代表了 行和列中的推断祖先人口 (我也四舍五入,因为我不想给人以过分精确的印象)。 最后一点很重要,它们不在实际人口之间的人口距离度量之间。 相反,它们是跨生成的群体的等位基因频率的距离测度,这些频率来自于您将ADMIXTURE约束的参数,以及您首先放入算法中的遗传变异。

从广义上讲,跳到您身上的第一件事是“巴布亚人”与其他所有人之间的高距离值。 这是有趣的。 实际上,巴布亚人与其他祖先人口之间的遗传距离大于假定的非洲人口与除巴布亚人以外的其他非非洲人之间的遗传距离。 这说明您需要非常谨慎地从这类程序中做出明确的推断。 有趣的是,巴布亚人遗传距离最小的人群是“南亚人”。 这意味着什么? 我认为这有一个简单明了的解释。 我相信,南亚集群是一个混杂的复合体,正如 重建印度历史,并且大洋洲的人口代表了长期居住的南亚群体的相对“纯粹”的东部扩张,这些群体通常被与侵入该地区的其他群体混合而淹没。 这也解释了一个事实,柬埔寨人与各种南亚人口共享了这个巴布亚人的某些组成部分。 最后,我不会做太多事情,但是在ADMIXTURE中,我完成了HGDP数据集中真实的巴布亚人口,分为两个祖先部分,其中从巴基斯坦到柬埔寨的南亚群体仅占一个。 请记住,大洋洲最初是由美拉尼西亚人和澳大利亚人定居的,大约40-50,000年前,看起来像是美拉尼西亚人和澳大利亚原住民 到这个初始时期的日期。 因此,南亚人与巴布亚人之间的联系可能很古老,并且这两个群体在很长一段时间以来一直很独特。

对于到目前为止接受调查的南亚人来说,什么都没有 奇怪。 随着南亚和东亚的发展,南亚元素趋于增加。 这就是您所期望的。 而且,跨越西亚和中亚大部分地区的巴基斯坦/高加索地区是将伊朗样本与南亚样本联系起来的要素。 伊朗人所占的南亚部分很少。 如果南亚元素仅仅是混合人口的结果,并且从中衍生出这一祖先群体之一的“祖先南印度人”通常不在巴基斯坦西部,那么这是有道理的。 正如您所期望的那样,孟加拉语中东亚成分丰富,但在来自南亚北部边缘的许多人中,东亚成分的比例却有所不同。 显然,您越往西走,“东方”元素就越有可能成为土耳其人,而越往东(在某种程度上朝南),则起源越可能在南部。 其他大多数模式都是您所期望的。 最后,我想指出的是,我怀疑Zack是第一个发布某人祖先分数的人。 游泳 使用SNP芯片标记的种姓。

这都是 有关参与的详细信息.

 

Zack已发布 他的数据来源,以及他本周如何过滤和格式化它们。 我认为第一波结果将很快上线。 到昨天为止,这就是他所拥有的(我知道他今天还有更多):

–旁遮普邦7
–孟加拉1
–比哈尔邦1
–泰米尔5
–卡纳塔克邦1
–英裔印度人1
–罗马1
–伊朗3

印度中北部的整个地区都不见了。 我希望在第一波结果发布之后会有更多的人加入。 但是,,从我与Zack讨论的内容来看,由于需要采取初步步骤,因此第一波浪潮可能会产生更丰富的结果,这似乎是合理的。 因此,早起有一些好处。 拥有1个代表北方邦和比哈尔邦300亿人口的样本真是荒谬。 那是一个人代表的南亚人的25%。 我已经从一个出生于UP的朋友那里得到了一份承诺,一旦输入数据就将其提供给他,但是那里肯定还有其他人。 (当我替父母换班时,孟加拉国的N应该上升到2)

公共数据源包括古吉拉特人,泰米尔人,巴基斯坦人(旁遮普人,帕坦人,信德斯人)和一些南印度人团体(泰米尔人和泰卢固人)。 这在空白处留下了空白 北印度平原.

这是 再次为项目做简要介绍.

 

模特儿快速复审。 在19世纪,一旦将人类起源于非人类祖先物种的观念注入了知识分子的血脉,就立即引发了关于原始人类家园的位置的争论。 这 Urheimat 我们所有人查尔斯·达尔文(Charles Darwin)偏爱非洲,但在许多方面都与文化背道而驰。 进化论是在白人至上和欧洲霸权时代的最高潮之前诞生的,达尔文的模型不得不反对这样的信念,即非洲人是有色人种中最原始的种族。 在白人至上的意识形态意识减弱之后,以及在第二次世界大战期间和之后遭受的冲击之后,关于人类起源的争论仍然存有争议,并遵循相同的纲要(尽管没有严格的规范性推论)。 但是随着几十年的过去,更多的研究人员开始相信达尔文是正确的,人类起源于非洲大陆。 首先,人类谱系在非洲的渊源被接受,但最终有一所学校主张将其从非洲扩展到更近的地方。 这些学术纠纷的转折点是 “线粒体前夕” 1980年代的理论。

一些古生物学家长期以来一直在争论, 解剖学上的现代人类 起源于非洲,现在得到了遗传学研究的支持,这表明非洲人是非洲人最多的地方。 基础 在整个大陆范围内都有人类进化,因此可以将非非洲人视为非洲人的一个子集。 由此产生了智慧的栗子,即非洲人的遗传多样性比其他所有人口的总和还多。 到2000年,人们可以说“走出非洲”的凯旋主义已经发展到这样一种程度:在谈到解剖学上的现代关系时,几乎是一种灭绝主义的模式得以确立。 智人以及在过去一百万年左右的时间里在非洲以外发展起来的其他团体,例如尼安德特人。

研究博客网站 但是事实证明,理论上的二分法过于粗糙和绝对。 多区域主义系统渐进主义之间的划分,其中 智人 在世界范围内同时从其人类祖先演变而来,并且在非洲古典部落遗传和形态计量学分析的时代,非洲一个部落迅速扩张以完全取代所有其他部落的模型也许是有道理的,但是现在我们可以以更细粒度的方式看待原始基因组材料。 实际上,我们现在可以看一下 灭绝人类激素变异的基因组模式! 尽管长期以来一直有迹象表明,从遗传学和遗传学的角度来看,扩展和替换范例太极端了。 形态数据,以及出版物 上个春天 in 科学 的一篇论文,声称尼安德特人和非非洲人之间的混合含量在1-4%的范围内 所有 基于尼安德特人和现代人类遗传变异的比较的非非洲群体,可以将绝对主义者的扩张和取代视为不言而喻的真实正统观念。 但是,一种正统观念没有让步,而对数据所呈现的旧模型的震惊并没有导致新的稳健范式的融合。 可以这么说,我们生活在科学困难时期。

其中最引人注目的结果之一是 科学 去年春天的一篇论文指出,所有非非洲人与尼安德特人参考基因组的混合物几乎相同,约为1-4%。 这意味着从奥克尼群岛到新几内亚。 由于尼安德特人只分布在欧亚大陆的西半部,这意味着这种混合物是早期事件。 到现代人类在欧亚大陆,大洋洲和新世界扩展时,它已经在人群中的各个人之间平均分配。 回想一下两者之间的对比 非裔美国人和维吾尔人。 在维吾尔族中,祖先的数量在各个个体之间均等分布,但在非裔美国人中,仍然存在大量的人口内部变异。 原因是非裔美国人很新,从遗传意义上说比维吾尔人年轻一个数量级,并且仍然有祖先群体混入非裔美国人的人群中。 我们今天所称的维吾尔族在基因上可能大约有1,000-2,000年的历史(尽管从前者的语言学角度来看,他们的文化起源或多或少都比较古老,而作为穆斯林东突厥人群体的民族自我概念却在世上)。后者)。 这里的含义很明显:“非洲以外”运动暂停了一下,在非洲,原非非洲人与可能在中东的尼安德特人混为一谈,只是在未定的逗留之后才开始大规模的人口扩张。 来自的论文 上个春天 使这一切明确:

OoA瓶颈的一个更可能的解释是,欧亚大陆人口众多,在扩张前几万年来与其他现代人类相对隔离。 非洲以外的现代人类的第一个化石证据是在80,000至100,000年前的中东Skhul和Qafzeh,这至少比欧亚散居者早了20,000年。 如果现代人一直留在中东直到扩展到欧亚大陆,那么在欧亚大陆扩张之前,将有足够的时间进行遗传漂移以显着降低杂合性。 这种“中东孤立”假说为欧洲和亚洲人口相对于非洲人口的相对同质性提供了有力的解释(见图3A-B),并得到了最近欧亚大陆时期140,000年前的最大似然估计的支持。西非人口分离。 有趣的是,最近对尼安德特人基因组的研究表明,非非洲人(而非非洲人)与尼安德特人的混合含量相似(1-4%)。 作者认为,在欧亚大陆扩张之前,在祖先非非洲人口的尼安德特人之间必然发生了这种混合。 有了化石,考古和遗传学证据,随着可获得全基因组序列数据,中东孤立假说需要进行严格的评估。

现在,该小组已在 基因组生物学 通过仔细观察抽样不足的人群的遗传变异,揭示了人类进化史的“深度时代”方面:南亚人。 您可能已经注意到 人均国内生产总值 人口包括巴基斯坦族群作为南亚的榜样。 那显然是因为在 拉吉许可证 在印度时代,政府对与HGDP财团合作持谨慎态度。 但是最近有障碍 在印度下来,并且可以用印度裔美国人切实地补充数据集。 因此,HapMap3中的GIH样本由休斯顿的古吉拉特人组成。 南亚人约有1.25亿,约占世界人口的20%,是全球遗传变异中“全局”的关键部分。

印度的遗传多样性和欧亚人口扩张的推论:

为了分析印度的遗传多样性的无偏样本并调查欧亚大陆的人类迁徙历史,我们对来自印度南部安得拉邦的三个种姓和一个部落群体的100个样本中的一个92 kb ENCODE区域进行了重新排序。 对四个印度人口以及八个HapMap人口(692个样本)的分析表明,在HapMap人口中没有看到南印度人口中所有SNP的30%。 Yadava,Mala / Madiga和Irula等印度人口的核苷酸多样性水平与HapMap非洲人口的核苷酸多样性水平一样高。 使用无偏等位基因频率谱,我们调查了人口向欧亚大陆扩展的情况。 主要人口群体之间的时间差异估计表明,本研究中的欧亚人口在同一时间范围内(大约90-110万年前)与非洲人不同。 不同的欧亚人口之间的分歧发生在他们与非洲人之间的40,000多年之间。

首先,我想记录在案,我认为存在足够高的不确定性(在论文本身的置信区间内很明显),我们需要谨慎对待将其结果的偏离时间作为我们押注房子的值上。 熟悉化石的人(例如, 约翰·霍克斯)或有关突变率的争议(例如, 二烯)可以评论约会的可行性。 但是,我认为我们可以推断出,与非非洲人在中东的定居相比,时间滞后比10,000年大了近1,000年。

这里的基本方法是,研究小组放大100号染色体上约12 kb的基因组区域,并调查他们的印度人口以及HapMap3人口。 这很重要,因为HapMap中的SNP可能对欧洲和其他更广泛调查的群体的变体表现出确定性偏见。 在HapMap人群中似乎没有发现南印度人群中30%的SNP,这一事实证实了这种预感。 在深入探讨本文的细节之前,让我们注意一下南印度裔群体来自安德拉邦,婆罗门,一个低种姓群体(Yadava),达利特人(Mala / Madiga)和一个部落(Irula)。 在这种情况下,甚至需要更全面的覆盖。 有建议表明,南亚族群具有悠久的内婚史和遗传特征,这将限制从该样本进行外推的有用性。 甚至在HapMap古吉拉特语样本中,当参照欧洲样本使用PCA时,似乎也有两个聚类。

本文基本上分为三个部分:

–一项常规的人口遗传统计调查,

θ= 4N eμ(N e =有效种群,μ=突变率)
π= 核苷酸多样性
H =杂合性
D = 田岛的D

–当代人群之间遗传距离的量度,F st 和PCA

–最后,从〜100 kb的遗传变异中提取出来,并将其插入人类进化史的明确模型中

表1(我重新格式化)显示了按“大陆”分类的遗传统计数据。 印度人包括一些古吉拉特人。 他们从HapMap总体中采样以使数字相等。

印度人1

euro2其中一些结果令人震惊。 普遍的看法是,非洲人是世界上最多样化的人口,但是一些南印度人的确确实是非常多样化的。 不过,特别令人感兴趣的是,一些印度团体根本不是很多元化。 这里发生了什么? 在这里,您必须查看每个组的详细信息。 南印度婆罗门可能是相对近期的人口扩张的结果,其他一些基因通过 一夫多妻。 来自的论文 去年 有人认为,可以将所有印度人口建模为古代北印度人和古代南印度人两个祖先群体的数量不同的双向混合。 杂合度值可以用这种方式来解释,尽管古吉拉特语和安达拉邦(Andhara Pradesh Brahmins)相对较低的值仍会令人惊讶。 坦白说,我只是对多样性统计感到困惑。 通过内婚和人口瓶颈造成的亚结构可能掩盖了更广泛的动态。 但是,我们可以得出这样的结论:与非洲人相比,所有非非洲人都是同质的想法可能不会成立。 上面的图2通过绘制杂合度与与非洲的距离作图来说明这一点。

接下来,让我们进入遗传距离。 您可以通过两种方式查看此信息:诸如F的摘要统计信息 st,它在总体方差之间和之内进行划分,而PCA则可视化了数据集中变化的最大维度。 因此,您都在下面(出于篇幅原因而进行了修改):

欧元决赛

一般而言,结果是可以预期的,但是有一些奇怪的细节。 例如,来自安达拉邦(Andhara Pradesh)的婆罗门(Brahmans)处于边缘,您希望他们与古吉拉特人(Gujaratis)聚集在一起。 古吉拉特人比丹佛州更接近丹佛的中国人? 这是一份临时文件,所以我几乎想知道这里是否有错别字或编码错误,因为我不知道GIH如何如此接近丹佛的托斯卡纳人和中国人,以及距离北欧人和北欧人更远的地方。来自北京的中文。 在其他分析中,这两个欧洲和中国样本相当接近。

因此,让我们开始真正的交易。 修改后的“走出非洲”模式,使非非洲人离开祖国大陆后“休息”:

人最终模型

我把这些数字捣碎了。 通过查看等位基因频率来生成模型。 他们通过对第100号染色体上〜12 kb进行测序,找到了变异体,该变异体位于基因非常贫乏的区域,以使其偏向中性,然后将它们插入∂a∂i程序的几个模型中。 我将在此处跳至文本:

…非洲人与祖先的欧亚人之间的分歧时间(88-112 kya,CI:63-150 kya)比欧亚群体之间的分歧时间(27-39 kya,CI:20-59 kya)大得多。 在当前的欧亚人口中,最近的分歧时间和较低的迁移率估计值支持了欧亚大陆人类定居的“延迟扩张”假说(图5)。 与先前的研究一致……这些估计表明,在整个欧亚大陆的人口扩张和各个欧亚人口的分化之前,一个欧亚祖先人口与非洲人口就相隔了四万多年。

549px-Islamic_Adam _&_ Eve
Manafi al-Hayawan,亚当和夏娃

仔细看看这些置信区间。 我们知道其中一些必须是虚假的:骨头不会说谎。 从我几乎不知道,对于现代人解决大洋洲的一个非常早期的共识日期是 40,000年前。 这恰好是他们的中位数,但是向年轻日期的分散可能是不正确的,除非原住民是一个单独的人口,这些人是较早移民潮的残余(或当前的原住民取代了较早潮的移民)。 为了使非非洲人类多样化,这些日期也很难调和。 中国化石的古老年代,展现了现代形态的某些元素.

在粗略的概述中,我认为我们可以接受本文概述的模型可能是正确的。 这将解释尼安德特人在非非洲人中的均匀混合,因为他们需要人口密集的时间才能将人口统计学上的尼安德特人基因整合成为其遗传背景的一部分。 但是在尼安德特人基因组出现之前,有许多论文声称表明现代人类中没有古朴的混合物,并且有大量的论文确实声称有这种混合物的证据。 关键是这些计算模型对它们的输入很敏感,而作为模型,它们可以简化实际发生的事情。 在讨论中,作者反复观察到,各种非非洲风云之间的迁移不会影响结果。 很好,但是有适度有力的证据表明 他们正在使用的印度样品 ,那恭喜你, 一群老人们。 当印第安人本人可能是其他族群之间的化合物时,那会让我怀疑有关约会“印第安人”分离的说法。

下面是从中提出的模型 重建印度人口史:

丰富

当重建人类进化史时,本世纪的青少年将非常激动。 您现在不敢对任何一匹马下注。

欧洲人附录: 我需要一个非非洲人的称呼。 所以我现在要组成一个: 欧亚大陆。 来自欧亚,澳大利亚和美国人。

引文: 邢金川,W·斯科特·沃特金斯,雅虎,乍得·德·霍夫,安妮科·萨博,唐娜·穆兹尼,迈克尔·J·巴姆沙德,理查德·吉布斯,林恩·乔德和富莉·尤(2010)。 印度的遗传多样性和欧亚人口扩展的推论基因组生物学: 10.1186/gb-2010-11-11-r113

 

价格_图1我已经提出了一些 职位 警告读者要小心,不要将PCA图与真实的遗传变异相混淆。 PCA图只是捕获大型数据集中的变化并提取出独立维的方法。 它擅长检测人口子结构 因为变化的最大组成部分通常会跟踪 人口差异之间,由相关的等位基因频率集组成。 请记住,PCA图通常是由两个最大的变异维度构成的,因此,它们将仅从历史分离和进化事件产生的种群之间的这些相关等位基因频率差异中得出。 观察到非洲裔美国人沿着欧洲人和西非人之间的轴心分布。 因为我们知道这是两个父母家庭,所以这是完全合理的。 人口差异之间的差异(例如, SLC24A5达菲)是可以产生独立尺寸的原材料。 但是,在较小的比例尺上必须谨慎,因为图上元素的分布作为主要成分的函数对输入的生成尺寸的变化很敏感。

我可以举一个具体的例子: 我自己。 我给你看了我的 23andMe血统 昨天画。 我没有向您展示我在HGDP数据集上的立场,因为我已经与其他人共享了基因,并且我不想采取步骤来显示其他人的遗传数据,即使是删除也是如此。 但是,我重新编辑了一些“演示”屏幕截图,并将其放置在情节中的位置,以说明上面我在说什么。 第一个镜头是我在HGDP数据集中遗传变异的第一和第二主要成分的二维图上的位置。


gsa-lillymendel世界毫不奇怪,我在中亚/南亚地区。 但是,您可能会感到惊讶的是,我不在南亚地区,而是在中亚地区。 在中亚地区,有维吾尔族和哈扎拉族。 这是两个杂种种群,是西方和东方欧亚元素的混合体。 维吾尔族人可能是塔里木盆地城市的伊朗人和托卡利人的印度裔欧洲人之间,以及后来的讲土耳其语的定居者之间交融的结果,这些定居者是在第一个维吾尔帝国的扩张和崩溃之后到达的(当前的维吾尔人与古代维吾尔人之间的历史联系充其量是微妙而复杂的)。 哈扎拉人是较新的人口,很可能是13世纪到达的蒙古士兵与Zagros和Khyber Pass之间的土著妇女,波斯人,土耳其人以及各种印度-伊朗族群之间通婚的产物。 具有讽刺意味的是,我位于哈扎拉(Hazara)集群的边缘,因为几乎可以肯定他们的一部分部分是成吉思汗(Naghis Khan)的后裔,而我的姓氏是汗。 但是我知道我的Y染色体谱系是R1a1,在中亚和南欧亚大陆非常普遍,而根本不是蒙古族。

23andmepczoom放大! 现在,我们将输入数据集限制为中亚/南亚组。 首先,看一下卡拉什。 他们很奇怪,这不足为奇,他们是巴基斯坦的一个近亲山区群,他们没有采用伊斯兰教。 巴基斯坦塔利班看起来像 当我们说话时结束他们。 我真的更希望它们只是从此缩放视图的数据集中抛出,因为在这种细粒度的比例上,我认为它们根本没有增加太多。 它们只是长期内婚法可以对您的等位基因频率产生影响的一个例子。 更大的图景是巴基斯坦人口与中亚人口之间的轴心。 观察到我已经换了职位。 考虑到全球范围内的遗传变异,我和中亚人聚在一起,而现在我是南亚人聚类的2/3。 我将告诉您,我现在已经与该次大陆各地的大约50个南亚人共享了“基因”,在23andMe图中,它们几乎完美地覆盖了南亚人。 我将标签放在近似种族语言的位置。 我是一个离群人。 23andMe告诉我,我是43%的“东亚人”。 典型的南亚地区在10%至30%之间。 我的第一个假设是,我有很多 古代南印度,在他们的算法中只是显示为东亚。 考虑到这一点,我尝试与许多南印第安人和东印第安人共享,并发现了两个有趣的观点。 首先,南印度人似乎不高于东亚地区的30-35%。 另一方面,孟加拉人更多是东亚人,孟加拉国的东亚人多于西孟加拉人。 我的孟加拉文样本量很小,因此请谨慎使用。 其次,PCA地块将南印第安人牢牢地置于南亚地区,但孟加拉人却朝着我自己的位置前进。 这再次表明,不同的方法告诉您的内容略有不同。 PCA只是变化的一小部分,但它在人口差异之间提供了非常有用的信息。 孟加拉人和南印度人在祖先绘画中具有相同的“东亚”分数,但在PCA上的立场始终是不同的,孟加拉人更接近东亚人。 另外,我要描述的是这个缩放图中有一个波斯民族,它们位于Balochi附近。 但是在全球范围内,它们处于欧洲集群的边缘。 另一个说明元素的位置对输入数据敏感,这是因为如何生成尺寸。

布莱恩·贝廷格(Blaine Bettinger)启发了我发布这篇文章的他,以他的祖先画作讲了一个故事,这幅画似是而非。 我能说什么首先,我的非洲血统不到1%。 这可能是噪音。 但是,我确实注意到,在与我共享基因且非洲血统少于1%但非0%的那些人中,具有穆斯林名字的南亚人更加丰富。 就像穆斯林南亚人有不平凡的西亚血统一样,我怀疑我们中的许多人通过同样的动力拥有撒哈拉以南非洲血统。 随着穆斯林的到来,撒哈拉以南的非洲士兵在整个南亚都非常重要。 孟加拉国甚至有一段统治时期 阿比西尼亚统治者。 但是对我来说,更大的问题是东亚部分。 这是一个 发表于4年前:

journal.pgen.0020215.g005

该图显示了Fst值,将印度裔美国人与欧洲人和东亚人进行了比较。 Fst测量等位基因频率的总体差异之间的差异,在这种情况下,等位基因为207 插入。 看看孟加拉人。 这些都是 西部 我相信孟加拉人的东亚成分较少,但即使到那里,东亚人的等位基因频率差异也接近欧洲人。 阿萨姆人说的语言与孟加拉语非常接近,他们很相似。 阿萨姆邦由 藏缅人 已有近600年的历史了。 来自孟加拉西南部的Oriya讲者与东亚人相距较远。 随着一路向南,向东,向西和北向,与东亚人的距离增加了。 这并不奇怪,但是很容易确认。 遗传距离随着向南移动而增加,这一事实意味着,对于南亚东北部的东北亚,您需要通过“古代北印度人”和“古代南印度人”的双向混合来使模型复杂化。 与这两个因素相邻的是东亚元素,在尼泊尔的印度-雅利安民​​族中也很明显。

谢赫·哈西娜(Sheikh Hasina),哈利达·齐亚(Khaleda Zia)当然,任何知道孟加拉语的人都不会对他们祖先的东亚成分感到完全惊讶。 左图是过去二十年来一直主导孟加拉国政治的两名女性的头像,Khaleda Zia和Sheik Hasina。 他们都是孟加拉人,但他们看上去确实不一样,而且我知道很多人看起来像彼此(或两者兼而有之)。 我的家人来自孟加拉国最东端的地区之一, 特里普拉邦。 事实上,我已故的外祖母在特里普拉(Tripura)住了一个童年(她年轻时几乎被特里普拉(Tripura)疯狂的大象的马哈拉尼(Maharani)踩死了!)。 小时候,我曾经看过父亲上大学时的黑白照片,我很好奇照片中间是那个看起来亚洲人的年轻人。 原来是我父亲! 有时,我们的期望会影响我们对人的看法。 我从没想过父亲会像亚洲人那样成熟,但其他人却告诉我他确实还在表现这些。

孟加拉人如何成为这种特殊混合物的问题仍然存在。 我认为,最合理的情况可能是将传统的村到村通婚和按距离隔离以及移民主义的某些组成部分综合起来。 Chakma等部落在历史时期已离开缅甸。 这 查克马 孟加拉国的人现在说孟加拉语,而不是他们祖传的汉藏语。 我相信孟加拉人的一个重要部分是祖先,他们是部族人,他们的宗教身份转变为印度教或伊斯兰教的身份(在查马克(Chakma)中是从宗座佛教,在印度教则是万物有灵论)。 加洛斯 在他们基督教化之前)。 但是南亚东部与东南亚大陆相邻,因此有理由认为,随着时间的流逝,持续的基因流动还将把东亚等位基因引入孟加拉语基因库。

图片来源:TopNews.in

 

二烯 有一个 张贴 他着重强调了以下事实: 南亚新陈代谢疾病 有一个数字说明了该地区的人口结构。 考虑结构的重要性对于全基因组关联非常重要,因为如果特征值/疾病频率只是跟踪隐性种群变异,您可能会得到虚假的相关性。 狄尼克斯(Dienekes)说:

两个簇的存在是显而易见的,而它们的解释并不是两个簇中都出现相同颜色的点:将这些个体放置在全局上下文中可能在这里很有用。 顶部群集的情况更清晰,显示了由旁遮普锡克教徒和印度教泰米尔人在任一端锚定的清晰渐变。

同样令人感兴趣的是,左派孤立的穆斯林/基督教徒群体与主流强烈偏离; 这些可能代表着外来因素,不会占印度人口的大部分。

第二个问题很容易解决。 基督徒离群者都以英语为母语。 这向我表明他们是 英印,一个由南亚和欧洲混合血统组成的社区。 南亚穆斯林绝大多数 土著血统。 但是,少数穆斯林精英是西亚人,或者具有丰富的西亚血统,这从他们看上去很白就可以看出。 贝纳齐尔·布托(Benazir Bhutto) 母亲具有库尔德人和波斯族裔背景(她的家人来自伊朗的伊斯法罕)。 我已经编辑了宗教和语言PC图以适合屏幕。

印度1

那么,沿着第二个主要组成部分延伸的集群又发生了什么呢? 第一部分可能只是欧洲/西亚-南亚的变化轴。 但我不知道第二种变化的来源。 请注意,次要群体中没有一个南印度裔群体(泰米尔语)。 剧情使我想起了去年秋天看到的东西。

下面的图S4是从补充 重建印度人口史。 我添加了一些标签。 当遗传变异包括非印第安人群体时,印第安人群体非常紧张。 但是,当您仅将变化限制为欧洲人和南亚人时,会发生一些奇怪的事情:
guj.pdf-页面

古吉拉特语样本来自休斯敦,并且来自HapMap第三阶段。我怀疑古吉拉特语中的次要簇与第一图中的次要簇属于同一类现象。 英裔印度人和西亚穆斯林是欧洲人的粗略代理,并且您有一个预期的欧洲-南亚轴心。 但是您也有这个奇怪的正交分量。 我以为是Reich等人的情节。 纸张是异常的,但是我不确定是否看到第二张纸。

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”