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LL卡瓦利-斯福尔扎

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信用:卢卡·吉亚雷利(Luca Giarelli)

信用: Luca Giarelli,LL Cavalli-Sforza,2010年

在阅读有关种群遗传学的论文时,我(可能几乎是任何人)要做的一件事是,将样本集分解为离散的元素,即查看每组中的个体数量。 从遗传变异的意义上讲,不需要任何深入的技术知识。 功率分析 在这里(尽管这些肯定在那里)。 如果您的样本量约为30个汉族汉字,那么我对汉族汉字存在的变化了解的足够多,因此不必为此担心 N 比〜30的科萨(Xhosa)样本,或者更明确的说,〜30的巴西人。 样本量不仅重要,而且来源也很重要。 巴西人从 南里奥格兰德州 与从 巴伊亚。 同样的担忧也适用于汉族(例如,广东与湖南),但程度较轻。

这是在阅读时想到的 人类掺和物历史的遗传图谱,Hellenthal等人的论文。 它展示了现代统计遗传推论在概述历史人口统计学动态方面的强大功能。 这是一项出色的工作,在时间允许的情况下,我将在以后的文章中尝试解决结果。 但是仔细研究 真纸, 补品,我来到这张桌子上:


表

我要在这里强调的是英国人和德国人的样本量相对较小。 由于西北欧的遗传距离较低,因此 N 可能没什么大不了的(例如,您可以交换法语或挪威语)。 事实是,当然有很多关于英语和德语个体的基因型数据。 但这其中的大部分内容都锁定在生物医学研究中,在这些研究中,无法发布数据以用于更广泛的用途(我认为 流行音乐 数据集的标记集重叠不足?)。 相反,对于默默无闻的巴基斯坦团体(如卡拉什和布卢索),您的样本量不错。 为什么? 因为 人类基因组多样性计划,带头 LL卡瓦利-斯福尔扎一书的作者 人类基因的历史和地理。 HGDP数据集是一种了不起的资源,由于其人类学重点,它保留了特定孤立群体的遗传变异。 例如,巴基斯坦的卡拉什(Kalash)看起来就像 被迫converted依伊斯兰教 并在一代人中被遗传吸收。 过去十年中,HGDP甚至向公众发布,因此“公民科学家”可以进行自己的分析。 直到最近我才说 人类基因的历史和地理 是LL卡瓦利-斯福尔扎(LL Cavalli-Sforza)最伟大的成就。 但是现在我开始认为HGDP可能会更大,它的易用性被认为是理所当然的,我们甚至都没有考虑它。

000e553e_中 但这并非不涉及有关负责人的费用。 如述 基因和文化的奥德赛:L. Luca Cavalli-Sforza的生活和工作在1990年代,通常的犯罪嫌疑人袭击了卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)和他的同事,做出了恶意和恶意的指控。 斯宾塞·威尔斯 告诉我,在某一时刻 乔纳森·马克斯 来到斯坦福大学(Cavalli-Sforza)所在的斯坦福大学(Stanford),并作了演讲,他在臭名昭著的纳粹医生旁边并列了一张Cavalli-Sforza的图像。 约瑟夫门格尔。 那些日子已经过去了。 愤怒的信徒已经转向其他有用的替罪羊来迫害,卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)即将在威尼斯退休,HGDP数据集已经发布在世界各地,这进一步加深了我们对人类当前和过去变化的了解。 1990年代的争议仅对标准有用 文化马克思主义者 试图获得某种名声和大学罪恶的人。 当然,他们在他们的项目中未能掩盖和操纵我们对现实的理解,因为它是真实的,而且永远都是真实的。 但是,由于宣传者和诡辩者的行为毫无根据和投机取巧,他们深深地陷入了自己的肉体之中,顽强地潜入了美国学术界,他们的生活和职业确实受到了损害和影响。.

作为一个说出自己的想法并倾向于说清楚的人,我知道我很乐意接受来自世界各地的人们的欢迎。 默默无闻的军队 (好吧,坦率地说,尽管我相对默默无闻,但多年来我还是遭受了很多攻击;黑暗的军队看到了所有的偏见者) 他们缺乏羞耻和克制,这是真正信徒之间的常态。 他们会 烧书 如果可以的话,我知道。 那我为什么坚持呢? 因为从长远来看,历史的弧线走向了真理,如果不是现在,那么走向未来。 现实是,我希望看到它,理解它,用手抓住并理解在我的骨头中。 将来有一天,我会很自豪地告诉我的女儿和即将出生的儿子,我并不热衷。 今天,在今天,我打开了我的胸怀,在过去10年中获得了比过去100年中更多的数据和遗传学方面的结果! 如果这种行为阻碍了职业发展的某些途径,那就去吧。 我的眼睛睁开了。 人不能单靠罪恶生活。

250px-1933-10月XNUMX日-柏林-烧书卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)和他的同事们坚持不懈地开展学术活动 毛茂 赋予了未来巨大的可能性。 如今,由于数据是封闭的,因此许多人均超出了HGDP的范围,但仍未在广泛的汇总调查中对这些人口进行分析。 像英国人和德国人这样的团体,肯定会在1990年代假设研究人员会被彻底抽样。 重点放在获取晦涩的种族的数据上,这些种族可能仍然以相对纯净的形式(由于较少的混合)维持了人类遗传多样性的提炼。 在2014年,尽管情况如此 中央储存库 使数据可用的是例外而不是常规。 我们仍然从Cavalli-Sforza的远见与毅力中汲取许多好处,而这正是成为一名学者并获得奖学金的意义所在。 有所作为,但以一种明了的方式,而不是为了 正统的时代。 这样的伟大很难理解,但让我们花点时间来反思一下。

附录: 如果你感兴趣, 人类基因组多样性计划:科学实践民族志,从我的回忆来看,这是一种很公正的态度,但是我将近10年前读过这本书……。

 
• 类别: 科学 •标签: LL卡瓦利-斯福尔扎 

你们中许多人都知道当你有两个相邻的人时 戴姆斯作为繁殖种群,如果它们本来就与众不同,它们通常会在基因频率上迅速达到平衡。 有很多很好的具体例子。 这 中国的穆斯林是说当地汉语方言的穆斯林。 这个社区最可能的根源可以追溯到蒙古元朝带来的大量中亚穆斯林,从1200年代末到1300年代,统治中国长达一个多世纪。 我见过的该群体的遗传研究表明, 西欧亚血统的估计范围约为10%。 其余的〜90%与汉族可以互换。 因此,我们假设回族人口约占西亚的10%。 如果您假设回族在1400年是“纯”的,那么您有24代(每代25年)。 “中亚穆斯林”的原始人口是异质的,包括伊朗人和土耳其人。 但是让我们想当然的是,他们到达时,他们的血统是东欧亚大陆的50%和西欧亚大陆的50%。 为了使回族在t = 10时回族达到西欧亚大陆的24%(假设西欧与东欧亚大陆的分裂比例为24/50,通婚开始后的50代),回族必须达到多少? 事实证明,您所需要的只是每代人恒定的7%的通婚率(汉族人口相对于回族而言是如此之大,您可以将其建模为无限大小)。

当您将一个人口分为两部分时,情况就更加简单了。 例如,想象一下塞族人和克罗地亚人是从一组无组织的南斯拉夫部落中分裂出来的,这些部落过滤到了古代的伊利里亚地区。公元600年左右,很快就在宗教(西方与东方基督教)之间形成了文化上的鸿沟。人口遗传壁垒。 如果您在遗传上假设两组在t = 0时完全相似,并且您将它们完美地分开了,那么随着时间的推移,由于等位基因频率的漂移,它们会发散。 但是现实是,地理上接近的群体之间的障碍并不能阻止所有通婚。 甚至文化上极端孤立的群体,例如东欧的罗姆人,也明显地与其周围的人口混杂在一起,因为它们似乎不超过总基因组含量的约50%的南亚人。 回到南斯拉夫人,在我们假定的情况下开始时非常相似,为了不偏离他们,需要多少通婚? 问题不在于通婚率, 相当, 一种 跨越两个界的每代移民将足以平衡等位基因频率。 从表面上看,这似乎是难以置信的,但请记住,差异主要是由基因漂移以及新变异(无论是通过其他外源性迁徙来源还是突变)驱动的。 极少的人口容易流离失所,因此迅速分化,但只需要很少的移民就可以使其恢复一致,因为它们具有成比例的重要性。 相比之下,一代到一代的样本差异会减少大量人口的频率(例如,投掷10枚硬币比按比例扔掉50/50比例要多于100枚硬币),按比例需要较少的基因流来保持平价。


这些关于基因如何在种群之间流动以及它们如何发散的模型在分析上非常有用。 它们使我们可以概念化基因流和群体亚结构如何在较大的地理规模上产生等位基因频率谱系。 逐个按位制图集汇总和平均等位基因频率后,您可以将这些变化视为空间的函数,并将其视为平滑的连续性。 当然,这是从LL Cavalli-Sforza's的PCA结果得出的综合地图中去除的 人类基因的历史和地理。 这种渐进的变异空间可以通过一些快速扩展事件和瓶颈以及地理隔离建立的变异来很好地解决,这些变异最终会通过基因流“平滑”(大洋洲和新世界等少数例外)。 想象一下例如新世界。 从我读过的 最短的 现代人类从北方推向最南端的时间范围大约为1,000年。 那是40代。 根据您的看法,它可能很短,也可能很长。 如果我们对农业前人口的理解是正确的,那将是通过一次典型的裂变而发生的,在该裂变中,部落将迅速人口膨胀以填补“空旷的空间”,并由于典型的马尔萨斯式压力(这在部落裂变中表现出来)而使疆界向前发展。

在很大程度上,这种小规模的人口扩散模型可以推算到未来,甚至可以追溯到最近的过去。 从我可以收集到的LL Cavalli-Sforza和 阿尔伯特·阿默曼 在农业和人口统计方面,似乎在数量而非质量上正在发生变化。 由于农业工作者可以从相同数量的土地上每单位热量中提取更多的卡路里,因此他们的人口将超过猎人收集者的土地,并且他们将通过数字的自下而上的力量扩展为相对“空”的猎人收集者的土地,随着前进的浪潮,印第安人也随之而来。 作为美国人,这与我们国家近代史的叙述相吻合,先锋家庭的神话也转移到了由果实所吸引的疆界上,而这可以通过劳动与土地的混合来赢得。 但是现实是,这样的叙述是神话,因为它过于专注于个人。 随着个人或家庭扩展到新的领域,边界的建立不仅是大规模行动和人口压力的问题。 它是由个人,亚文化,文化和政府动态组成的复杂系统,它们共同作用以扩大定居的疆界! 国民政府,在较早的状态下,程度较低,政府设定了体制参数,根据这些参数,印第安人人口得以从土地上清除,白人定居者被允许以以下方式开始其边远家园: 相对的 安全。 此外,在美国和欧洲社会出现更广泛的周期性变化之后,出现了一些稳定的脉动。 减少扩张到纯粹个人水平的自然增长令可能不准确,而且解释西方如何赢得西方现象的真实弧线的推论能力也很小。

我相信,史前时期的这种制度性参数经常被忽略。 我们看不到,我们无法想象。 我特别怀疑,随着农业的兴起,部落和国家之间复杂的制度脱颖而出。 文章开头的地图显示了几位经过历史证明的人的迁徙。 您会看到它们在哪里开始,在哪里结束,以及他们花了多长时间。 重要的是 这些是民间游荡,而不仅仅是一群流动的男性。 由于所有这些都是严重依赖马匹的游牧人口,因此很容易陷入技术决定论。 也就是说,我们将机动性归因于这些群体能够接触到的马匹(或骆驼)。 但是,巴努·希拉尔(Banu Hilal)和阿兰斯(Alans)所花费的时间之间的差异不是他们坐骑的速度,而是历史偶然性。 全民的快速人口迁移需要技术上必要的前提条件,但这还不够。 阿兰人从欧亚心脏地带平原到北非马格里布所花的200年历史,始于此,始于此。 在西班牙,阿兰人在5世纪被罗马军队摧毁,并被并入了最终征服北非的Vandals的同盟。 由于罗马人的体制崩溃,所有这些都是可能的。 同样,巴努希拉勒从阿拉伯向北非转移的迅速与埃及法蒂米德人的协助有关。 民间流浪的历史细节不必与我们有关,只要说不了解具体细节,就无法理解整个社会的大规模迁移,这足以说明我们。

我认为这是至关重要的易位问题。 大规模行动和自下而上的模型通常需要在源种群扩展和目标种群被吸收的过程中进行一些综合。 但是,Banu Hilal只是搬迁的贝都因人,纯朴而简单。 他们没有在埃及住过很长一段时间,也没有受到Cyrenaica城市的影响。 好像他们从A点到E点钻了一个虫洞,而没有遇到B,C和D。他们对马格里布来说确实是“文化冲击”,也是遗传冲击。 在从位置A到位置D的几乎瞬间,Banu Hilal和整个游牧民族都非常适合“越级”。

但不仅仅是Banu Hilal。 在很大程度上,人们认为,在发现时代,欧洲人向全球各地扩展。 自成一格。 我认为我们不应该认为它在质量上如此出色。 相反,它是古代模式的延伸。 水上运输很便宜,而且可以批量转移物料。 在古代,埃及又向罗马和君士坦丁堡供粮,因为其盈余可通过河流和海上途径轻易获得。 整个地中海的农业扩张似乎完全有可能是由于水的运输便利,从肥沃的地区到另一个地区的跳跃而在很大程度上发生的。 而不是动静 扩散 可以将其建模为一系列的行为 脉冲,最终被填充。我们对扩散的感知与测量的粗糙程度有关。

这种易位过程 集体 不可能仅仅通过几个家庭的团体的创造而发生。 古代的狩猎采集者比现代的采集者居住得多,因此它们的组织性和数量可能比我们想象的要多。 就像俄罗斯帝国必须平息乌克兰的黑土地,才能在农民不被哥萨克人或土耳其人骚扰的情况下耕种之前一样,也许某种形式的军事远征为古代农民扫清了道路?

但是机构的权力不只是军事上的。 农业的特殊方面之一是,就今天的最高产量而言,我们今天认为富裕和肥沃的地区往往比较边缘化的地区更晚定居。 举个例子,耕种开始于新月沃土的边缘山地,后来又扩展到美索不达米亚的低地。 最近的一个例子是泰国,那里的高地是重心,然后才开始向低层的现代稻谷转移。 湄南河。 为什么? 因为在土壤易于耕种的干旱地区,小规模耕作要容易得多。可能 生产性领地往往是资本密集的地区,需要对资源和人口进行更大程度的协调。 换句话说,没有制度性的支持,就没有利用生产可能性的前沿。 一个家庭或一组家庭只能做很多事情。 人们需要更精细的结构来充分利用这项技术的全部可能性。

这一切与遗传学有什么关系? 我相信,经过几个主要的人类遗传裂变(例如“非洲以外”)后,重新平衡的相对简单的按距离隔离模型可以很好地近似于我们在周围看到的变异模式。 在这一领域已经有超过一代的研究了。 但是,我认为有一些细节和边距偏差需要更复杂的模型来解释。 其中一些处于很深的史前时代,例如在非常不同的人类血统(新非洲人和丹尼索瓦人)之间混合的可能性。 但是其中许多是最近的。 我们距后基因组时代仅10年的时间。 我怀疑几年后,我们会感觉到像HGDP这样的数据集在地理上给出的覆盖范围确实是粗略的。 当我们深入研究更细的颗粒时,我怀疑我们会更好地了解人类遗传变异与无效变异的关系,乌龟 部落之间不断不断的遗传交流和平庸的裂变, 受到动物马尔萨斯压力的打击。 距今约10,000年前的乌龟地貌 动态 青蛙,无所不包,来回跳跃,探索边缘的生态位, 并重新创建它们. 约40,000年以来,行为现代性已被BP称为“大跃进”,而过去10,000年来,BP的发展突飞猛进。 由于模因的灵活性和可塑性,其中大多数显然是文化性的。 但是其中一些几乎可以肯定是遗传的,因为人口统计学上最迟钝的数千年遗传变异的温和积累被具有遗传意义的文化革命撕碎了。

简而言之,就潜在可能性的范围而言,公元前8,000年至12,000年之间的距离可能远大于今天和公元前8,000年之间的距离。农业可能预示了病态痛苦的时代, 但它也为令人震惊的可能性开辟了钥匙。

图片来源: 弗朗索瓦·马尔卡尔(Francois Marchal)

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”