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此前 本星期 我指出了围绕广泛报道的新论文而引发的争议, 人类异常长寿的遗传特征. “新闻周刊” 进行了最彻底的早期报告,但是现在 纽约时报 具有 发表了有关科学批评的跟进故事 原始论文的方法论。 没有什么新鲜的 “泰晤士报”虽然如此,但它表明,对在媒体上广泛传播的特定发现的接受或解释采取一致的科学异议可以产生结果。 主流媒体最终常常成为一种光荣的新闻发布服务,但是在这种情况下,科学家们正在表达自己的声音,媒体的叙事正在适应科学界的基础讨论。

有人告诉我,可能会有更多结果出来,这可能会在下周揭露这一争议。 敬请关注…

 
• 类别: 科学 •标签: 生物学, 基因, 长寿 

当我第一次在媒体上听到一项关于寿命的新研究时,该模型根据您的SNP资料得出了一个模型,该模型关于您是否活到77岁的准确性为“ 100%”。混乱或扭曲(也许 “每日邮报 首先破坏了禁运,其自旋在媒体领域四处蔓延。 但是后来我听了广播中的一位研究人员,尽管他似乎想淡化关于这一预测的确定性,但他并没有揭穿这一说法。 无论细节如何,我都不认为该模型是 与大多数人相关,因为在任何情况下都很少有人能深入到100年代(我确实有一个祖父曾在[孟加拉国!]达到XNUMX分,所以我的机会可能比正常水平大)。 该模型将使您沿着边界移动。 此外,多年来,人们对X,Y和Z的大效应基因的发现持怀疑态度。当X,Y和Z具有医学意义时,我会更加怀疑,因为其中的非科学偏见医学研究似乎真的很强大。 有很多名望和金钱。 一些媒体提前询问研究人员,这是否可能解锁基因“青年之泉”。 这是令人着迷的东西。

也是 这篇文章 来自丹尼尔·麦克阿瑟(Daniel MacArthur)博士, “长寿基因”研究发现严重缺陷,保修通知:

如果该论文的主张是正确的,那将是非常了不起的。 但是,来自GWAS社区的普遍感觉是,所确定的关联可能很大程度甚至完全是伪造的,这是由于未能完全控制病例和对照所使用的基因分型方法的差异而导致的。 该研究为百岁老人使用了两种不同基因分型平台(尽管都是Illumina制造)的混合物,而控制数据则来自在线数据库,其中包含使用多个平台检查的样本。 令人不安的是,类似的潜在基因分型偏倚也影响了它们的复制队列。

“新闻周刊” 我昨天提到的那一块 KáriStefánsson谈到了其中一个平台:

创立deCode Genetics的冰岛遗传学家KáriStefánsson对610-Quad有所了解-他的公司也使用了它。 他说,关于BU研究中与衰老相关的两个最强变体,即rs1036819和rs1455311,有一个奇怪而相关的怪癖。 对于任何给定的基因,一个人将具有两个“等位基因”或DNA形式。 在绝大多数人中,在基因组中的rs1036819和rs1455311处,这些等位基因对由一种“次要”形式和一种“主要”形式组成。 但是610-Quad芯片在这些特定位置往往会看到错误的信息。 Stefánsson说,它总是标识“次要”形式,而不标识“主要”形式,即使后者确实确实存在于DNA中,通常也是如此。 如果您在案例组中比在对照组中更多地使用容易出错的芯片(如BU研究人员所做的那样),您将在这些案例中看到更多的错误。 而且,由于您要寻找的是案例中的异常模式,因此您很可能将所有这些错误(即误报)误认为实际上并不存在的遗传链接。

Stefánsson说,他“坚信科学研究中发现的超常寿命与33种变异中的大多数之间的相关性,包括其他科学家尚未发现的所有变异,是由于基因分型问题。” 他还有另外一个证据。 有了他对610-Quad的了解,他说他可以对BU研究中的数学进行逆向工程,并估计使用该芯片对百岁老人中有多少进行了分析。 他的估计约为8%。 BU研究人员告诉NEWSWEEK,《科学》杂志最初并未提供实际分数,而是10%。 鉴于Stefánsson的计算只考虑了该研究中发现的两个变体,而其他人可能也存在类似的问题,因此这很接近。

斯特凡森(Stefánsson)认为150个SNP中的一个是有问题的,这是另一个危险信号。 该研究中SNP的效应量似乎非常大,因此您应该对正在发生的事情感到好奇。 这是一个 来自23andMe的帖子 出于这个原因,建议我们对结果保持谨慎:

-一项大型研究结合了四项全基因组长寿相关研究的结果,已于90月发表在《老年医学杂志》上。 该研究发现,没有符合其预先确定的全基因组意义标准的协会。 尽管他们使用了更具包容性的表型(XNUMX岁或XNUMX岁以上), 令人惊讶的是,在这项新研究中,可能有如此多的基因位点与100岁生存相关,其中一些具有非常大的效应大小,但在今年早些时候的大型研究中却没有发现。

23andMe应用了本文中概述的模型(SNP),并试图查看该模型是否对他们自己的数据库中的小样本有用。 他们没有发现任何值得注意的东西:

我们初步查看了我们的客户数据,看是否在Sebastiani等人中描述了建议的基于SNP的模型。 预示着超长寿。 常用的测试判别方法是计算在随机选择的案例和对照中,测试为案例正确分配较高分数的频率。 这就是所谓的“ c统计量”或“曲线下面积”。 这项新研究的作者说,他们的模型对此统计得分为0.93。 但是,当我们将134个年龄≥23的95andMe客户与50,000多个对照组进行比较时,我们得到的检验统计值为0.532,95%的置信区间为0.485至0.579。 使用27位年龄≥100的客户,我们得出的值为0.540,置信区间为95至0.434的0.645%。 寿命的随机预测指标在此范围内为0.5,因此根据我们的数据,该模型的性能并不比随机指标明显好。 即使样本量很小,我们也可以清楚地排除高达0.93的已发布结果的值。

如果您回到 麦克阿瑟博士的职位 他有一张图表,该图表表明,即使将它们盯在眼前,也都表明 科学 论文是方法学局限性的文物。 “新闻周刊” 以以下警告告终:

尽管如此,人们仍然想知道该论文是如何收录在《科学》杂志上的。《科学》杂志与《自然》杂志一起,是世界顶级的基础科学杂志。 大多数外行人永远都不会碰到这样的可能的技术故障-谁会阅读如此复杂的论文的方法部分,更不用说补充材料了,而其中的许多线索是这个奥秘?但《科学》杂志的审稿人应该有。 显然,该期刊(尚未对此处提出的担忧做出回应)很高兴发表该论文,因为该期刊上周举行了新闻发布会,并派出了代表发言。

这与媒体无关。 他们不必过多地引起轰动。 如果正确,则发现本身会引起中等程度的轰动。 但是,如果丹尼尔·麦克阿瑟(Daniel MacArthur)博士可以通过扫描补品发现某些迹象表明存在严重问题,那么在没有解决并解决问题的情况下,就不应该通过审查程序。 但是话又说回来,这是医学遗传学,要找到人类发病率和死亡率的根源,压力很大。 这是一个结果像这样的领域 ALH 84001 盛产。 内心想要什么是想要的。 这就是为什么专注于不太实际的进化遗传问题的原因。 没有人真正在乎 我们是否是尼安德特人的后裔。 正确的?

备注: 和更早的帖子自然 对此结果持怀疑态度的科学家引用了更多的报价。 另外,在阅读帖子后,我确实阅读了 原始纸。 显然,我被劝告着眼于上面强调的特定问题,但它往往具有启发性,可以将向公众展示的清晰而无用的摘要与原始论文中大量的动态内容相提并论。

 
• 类别: 科学 •标签: 基因, 长寿, 药物 

My 在下面发布 暗示了这样一个事实,即在美国,男性预期寿命的地区差异,甚至控制种族之间似乎存在着不小的差异。 据我所知,美国人似乎对地区主义的现实有一种精神分裂的态度。 一方面,我们是一个相对流动的人,国家的原始社会政治方面已被国家取代,成为简单的任意次国家单位。 然而,地区身份仍然存在,尤其是在南方人的情况下(德克萨斯州甚至可能是南方的一个特殊情况,以及其他地区,如卡真县)。 在口音和方言的情况下,差异是显而易见的,但人们可能会认为这些只是一系列隐含潜在变量的指标,这些变量在人们“走出区域”之前通常是难以察觉的。 在 阿尔比恩的种子 大卫哈克特费舍尔探索了美国地区主义作为历史著作的可能文化根源,同时在 北美九国 Joel Garreau 以当代人文地理学的方式处理这个主题。

这些作品用粗笔作画,在相对粗略的尺度上探索变化。 大多数美国人对当地宗教信仰的了解程度要高得多,而他们通常没有明确认识到这一点。 作为一个个人例子,我在一个地区度过了我的青春期。 西城际 哪里 摩门教徒和“牛仔”得到了很好的体现。 尽管这两个群体在政治上都是保守的,但在文化上却存在明显的差异,每个人都隐含地意识到了这一点。 直到后来我才知道,这个地区在 19 世纪经历了来自上南部的大量人口涌入,后来 “好的”,这在某些人的言语模式中很明显。 另一方面,许多摩门教徒起源于犹他州和爱达荷州东部,是 新英格兰洋基队 或者后来移民到犹他州的西北欧皈依者(摩门教对家谱的痴迷意味着如果你有摩门教朋友,你通常会通过随意的交谈来了解他们的家人来自哪里,因为他们知道)。 去年秋天 史蒂夫·塞勒(Steve Sailer) 指出巴拉克·奥巴马(Barack Obama)的表现不如约翰·克里(John Kerry)的县与全国趋势相反,是那些在18世纪由苏格兰-爱尔兰人定居和统治的县。 格雷格·科克伦(Greg Cochran) 告诉我,他小时候就知道起源于上南部的中西部人和洋基人之间的区别。

为什么这件事情? 因为美国的公共政策通常基于 鸡翅鹦鹉 一旦考虑了种族和收入的假设。 在联邦层面产生的公共政策处方将承认种族和阶级作为互动效应,但很少提到即使控制阶级的美国白人也可能由于不同的文化传统而表现不同。 美国的地方主义通常被认为是你说话的方式和吃的东西,但我相信这些只是整个民风中最明显的方面,这些往往是我们认为理所当然的假设和行为。

但我来这里不是为了说话,而是为了探索。 论文 八个美洲:调查美国各种族,县和种族县之间的死亡率差异 有美国每个县的白人男性寿命数据。 人口普查 有数据 家庭收入中位数,以及每个县或至少一个子集的非西班牙裔白人比例。 不幸的是,我发现的表格中缺少许多县的收入和非西班牙裔白人的比例,所以当我将它们与上面论文的补充数据中的表格合并时,我得到的县要少得多。 我邀请读者在评论中指出比我在人口普查网站上发现的更好的数据集。 当然,有许多可能的变量可以解释地区之间的长寿差异,从气候到兵役再到参与危险行为(摩门教禁止饮酒可能意味着更少的男性在年轻时死于愚蠢行为)。 但收入是人们想到的主要预测指标,所以这是我关注的重点。 下面是一组图表和地图,我在其中尝试梳理出区域差异。 x 轴始终是家庭收入中位数,而 y 轴是男性预期寿命。 请记住,我在查看结果时以各种方式过滤和约束数据集,因为我的选择自然会产生影响。 我提出这些结果的目的是利用读者对局部变化的了解。 我对提供美国内部为什么存在差异的一般解释不感兴趣,相反,我对异常值和尖锐的局部梯度感兴趣。 由于数据仅限于至少 80% 或更多非西班牙裔白人的县,因此严重偏向某些地区、农村地区和人口较少的县。 这不是最佳的,但我认为它可以解决这个粗略的检查。

非西班牙裔白人占 80% 或以上的所有县,男性预期寿命与家庭中位数

非西班牙裔白人占 80% 或以上的所有县,男性预期寿命与家庭中位数,仅标有州

我真正感兴趣的是分布的中间,而不是真正富有或真正贫穷的县。 所以我把收入限制在 35,000 美元到 65,000 美元之间。 所以与上面相同,但现在如上所述受到限制。

关注异常值。 发生了什么 佛罗里达州贝克县? 原始数据在下面,但我想在上面映射这些结果。 同样,这些是上图中的县(收入在 35 美元到 65 万美元之间),与残差的价值成比例。 换句话说,一个“深”蓝色的县在其上方偏离趋势线很远,而一个“深”红色的县在其下方偏离趋势线。 高于趋势线意味着该县的收入预期寿命很高,而低于趋势线意味着该县的收入预期低于预期寿命。

正如我上面所说,这些数据存在限制。 我使用的源表中缺少一些县,并且只保留了所有源数据集中存在的那些县。 此外,该地图不包括非常富裕的地区(新英格兰的部分地区)和非常贫困的地区(阿巴拉契亚的大部分地区),以及那些不到 80% 的人口是非西班牙裔白人的地区。 这里的收入数据肯定夸大了实际消费的差异; 它没有考虑生活成本。 但是,我认为早期地图的一般见解仍然存在: 靠近加拿大有利于一个县的平均预期寿命。

以下是高于趋势线 2 年或更长时间的县:
佛罗里达州 - 夏洛特 2.008085
ND – 病房 2.015647
SD - 劳伦斯 2.050383
MT – 加拉廷 2.058849
ND – 卡斯 2.079347
威斯康星 – 马拉松 2.112865
西澳 – 基蒂塔斯 2.146117
威斯康星州 - 邓恩 2.153582
明尼苏达州 - 斯蒂尔 2.156426
IA – 布雷默 2.200
543
德克萨斯州 – 班德拉 2.202348
明尼苏达州 - 斯登 2.262364
西澳 – Whatcom 2.280879
明尼苏达州 - 薇诺娜 2.289539
MN – 乌鸦翼 2.296179
ID – 库特奈 2.319326
威斯康星 – 木材 2.365409
东北 - 麦迪逊 2.386554
明尼苏达州 – 马丁 2.407487
MI – 埃米特 2.418643
纽约 – 汤普金斯 2.437007
纽约 - 塞内卡 2.546057
PA - 工会 2.568985
一氧化碳 – 拉里默 2.582040
东北 - 布法罗 2.583082
IA – 亨利 2.662992
明尼苏达州 – Freeborn 2.683949
MN – 割草机 2.770022
KS – 道格拉斯 2.811094
CO – 拉普拉塔 2.815263
威斯康星 – 欧克莱尔 2.821042
威斯康星州 - 克拉克 2.920767
MN – 棕色 2.980544
MN – 坎迪约希 3.064475
WA – 岛 3.071250
IA – 马哈斯卡 3.080397
UT – 铁 3.114267
华盛顿州 - 杰斐逊 3.229158
PA – 中心 3.274080
IA – 温尼谢克 3.305467
密歇根州 – 里拉瑙 3.378293
ID – 拉塔 3.605875
IA - 约翰逊 3.618503
或 – 波尔克 3.661479
莫 - 诺达威 3.750706
IA – 故事 3.761283
堪萨斯州 – 莱利 3.812826
犹他州 - 华盛顿 3.857329
明尼苏达州 - 道格拉斯 3.871383
SD - 布鲁金斯 3.893517
ID – 麦迪逊 4.116757
UT - 缓存 4.261088
IA – 苏 4.312095
或者——本顿 4.544464

以及以下 2 年或以上:
佛罗里达州 - 贝克 -7.775926
AL – 沃克 -4.976348
AR - 格林 -4.273662
MD——塞西尔 -3.862680
德克萨斯州 - 哈丁 -3.856310
田纳西州 - 卡罗尔 -3.577800
GA – 巴托 -3.459386
在 - 斯塔克 -3.429478
西弗吉尼亚州 - 伯克利 -3.344611
GA - 杰克逊 -3.282126
MS - 乔治 -3.254395
田纳西州 - 威尔逊 -3.244293
铝 - 奇尔顿 -3.208314
TX – 橙色 -3.199165
AL – 马歇尔 -3.176659
好的——加文 -3.107875
TN - 亨利 -3.006837
北卡罗来纳州 - 库里塔克 -2.953442
西弗吉尼亚州 - 杰斐逊 -2.951280
GA – 沃克 -2.876994
弗吉尼亚州 – 沃伦 -2.823080
AL – 圣克莱尔 -2.801636
TX – 范宁 -2.779233
AR – 洛诺克 -2.673197
MS – 汉考克 -2.639797
佛罗里达州 - 拿骚 -2.636036
肯塔基州 - 斯科特 -2.605132
田纳西州 - 罗伯逊 -2.579745
GA - 穆雷 -2.565466
田纳西州 - 劳伦斯 -2.544601
田纳西州 – 莫里 -2.534866
莫 - 杰斐逊 -2.503979
田纳西州 - 迪克森 -2.490682
乔治亚州 - 沃尔顿 -2.475931
GA - 戈登 -2.433042
MI - 奥西奥拉 -2.378020
佛罗里达州 - 粘土 -2.370529
GA – 保尔丁 -2.369467
TX – 明智的 -2.366306
IA – 马歇尔 -2.331662
MS – 珠江 -2.283195
好的 - 格雷迪 -2.256928
340 MO - 圣弗朗索瓦 -2.224602
WY - 甜水 -2.212283
IL - 李 -2.204632
AZ – 莫哈维 -2.203554
德克萨斯州 – 范赞特 -2.147798
密歇根州 - 卡尔霍恩 -2.143441
田纳西州 – Obion -2.138999
肯塔基州 - 肯顿 -2.124380
西弗吉尼亚州 – Kanawha -2.121422
哦 - 麦迪逊 -2.115574
在 - 迪尔伯恩 -2.089985
GA – 奥科尼 -2.077321
肯塔基州 - 尼尔森 -2.059997
田纳西州 – 瑞亚 -2.056843
田纳西州——Cheatham -2.053162
西弗吉尼亚州 - 罗利 -2.006031

(所有这些都是家庭收入中位数在 35 美元到 65 万美元之间的县。趋势线也是从这个受限样本中生成的)

 
• 类别: 科学 •标签: 长寿, 地区 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”