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髓: 自然选择是一种快速而肮脏的操作员。 当受到新环境的影响时,它会迅速做出反应,带来好与坏。 成功适应的关键不是完美,而是要比其他选择更好。 这可能意味着许多当代疾病是过去进化遗传妥协的副作用。

上图是从 最近的一篇文章 刚出来的 分子生物学与进化, 克罗恩病和IBD5的遗传搭便车。 您可能听说过 克罗恩病 以前,有成千上万的美国人为此受苦。 这是一个 炎症性肠病,甚至对非常年轻的人来说也可能使人衰弱。 患病率也 人口差异很大。 为什么? 它可能是环境中的某种事物(例如,不同的饮食)或遗传易感性,或者是某种组合。 上图旨在说明的是克罗恩氏病与农业生活方式的扩大之间的相关性。

但不要过分兴奋 古人! 这个故事有很多动人的部分,我需要重新开始。 您从父母那里继承的成千上万个基因被嵌入基因组中,并在一组序列中排列,一个接一个。 一方面,出于概念化进化动力学(例如自然选择或随机遗传漂移)的目的,将重点放在单个基因上是有用的。 它有能力说明一些基本原理和基本原理。 但是有时您需要采取更概要的观点,并在更广泛的背景下研究基因。 在这篇文章中,我将避免分子或统计学 上位性,基因与基因的相互作用。 相反,让我们只考虑基因组的静态情况,其中基因是物理具体实体,它们以特定的空间关系嵌入到其他基因中,位于遗传密码的上游或下游。 这些基因的物理或统计关联可以通过连锁形成事实上的超基因,并且它们的变体结合形成 单倍型,跨小段基因组的标记序列。 但是请记住,这些关联是由 基因重组,它将物理序列撕裂并播种到相反的DNA链上。

上面强调的一个大事实是,进化动力学不仅作用于基因,而且作用于局部基因邻域。 因此,当我们谈论对一个基因的选择时,我们需要回想一下,这会对那个基因的邻居产生影响。 让我们使用一个具体而真实的示例。 北欧人通常在周围有很长的单倍型 LCT 基因,编码乳糖酶的产生。 从功能上说,这种单倍型已在其中嵌入了一个变体,该变体允许成年后继续产生乳糖酶,因此能够以乳糖的形式从童年以后的牛奶中提取所有卡路里。 这种情况如何发生的分子遗传学细节与我们无关。 相反,让我们考虑一下为什么 LCT 具有很长的单倍型的特征。

这就是我们 认为 发生了在目前的5到10万年前之间,有一个人携带了一个显性的基因突变,这种突变允许乳糖酶持续产生直至成年。 乳糖耐受性仅需要一个拷贝的乳糖酶持续等位基因。 这就是为什么像丹麦这样的持久性等位基因以80-90%的比例存在的人群具有普遍耐受性的原因。 根据 哈迪-温伯格平衡 隐性性状的表达频率为1-4%(次要等位基因的频率的平方)。 回到具有突变体拷贝的个体,如果人们认为乳糖酶持久性将是非常有益的(这不难想象),那么该突变体的频率将迅速上升。 它会“扫荡”整个人口。 因为它具有主要的表达方式,所以原始突变体的一半孩子会表达该性状并携带等位基因,而另一半则不会。 在几代人中,由于积极的选择和通婚,一个原始副本可以在种群中快速复制。

但是,不仅是功能相关的遗传变异会扩散。 乳糖酶持久性等位基因将嵌入其所在的DNA链序列中的许多其他遗传变异体中。 随着乳糖酶持续性等位基因频率的快速上升 选择性扫描 它的邻居会 搭便车 沿着。 搭便车的程度取决于与肯定选择的变式的距离和扫掠的速度,而扫掠的速度本身可能取决于选择的强度。 所有这些共同解释了很长的单倍型 LCT 在北欧人中: 5至10万年前,携带乳糖酶持续等位基因的个体的相对较大的基因组片段由于适应新条件而非常迅速地提高了频率。 在某些北欧人群中,特定个体的功能相关变异不仅是选择的目标,几乎席卷了固定对象,而且许多邻近变异的频率也随与聚焦变异的距离成正比而增加。 换句话说,在这种情况下,自然选择大约是其中的一个特定功能单元 LCT,但副作用是,它也重组了北欧人整个人口基因组结构的整个范围。

这与克罗恩病和农业有什么关系? 克罗恩氏病可能是 LCT 从基因组的角度讲故事,而这种改变的触发因素可能是农业。 在继续之前,请允许我发布论文摘要:

IBD5(炎症性肠病5)是250号染色体上的5 kb单倍型,与欧洲人患克罗恩氏病的风险增加有关。 OCTN1基因位于IBD5的中央,编码抗氧化剂麦角硫氨酸(ET)的转运蛋白。 OCTN503的1F变体与IBD5密切相关,是一种功能增强突变,可增加ET的吸收。 尽管503F被认为是可能导致IBD5克罗恩氏病易感性的变异体,但除统计学上的关联外,几乎没有证据支持它在疾病因果关系中的作用。 我们假设503F是欧洲人最近才适应的一个高频率流行病,而IBD5上的疾病关联不是由IRF503或IL1基因中的5F本身引起的,而是由一个或多个附近的搭便车变异引起的。 为了测试最近在503F等位基因上出现阳性选择的证据,我们采用了iHS统计数据,该统计数据在欧洲人口中很重要。为了评估疾病变异搭便车的假说,我们对高密度微阵列数据进行了单倍型相关性测试。 1868年克罗恩病病例和5550个对照的样本。 我们发现在OCTN503和IRF1或IL1之间具有重组断裂点的5F单倍型与疾病无关...相反,我们观察到这三个基因之间没有重组的503F单倍型与强疾病关联... -导致IRF1或IL5发生突变。 为了进一步评估这些候选疾病基因,我们从健康个体和克罗恩氏病患者的下消化道活检组织中获得了表达数据。 我们观察到克罗恩病患者中IRF72的基因表达增加了1%(p = 0.0006),而OCTN1的表达没有显着差异……。

都是一口但是,让我们在这里回顾一下。 IBD5是250千碱基单倍型,与克罗恩病有关。 很大一部分相关的标志物似乎也与患病个体相关。 这并不意味着整个部分与克罗恩病有因果关系。 但是,有两个基因被列为可能的候选基因, IRF1 IL5。 最后,还有另一个基因, OCTN1在统计学上与克罗恩氏病相关,但缺乏生物学上的合理联系。 相反,它似乎对氨基酸的吸收有作用 麦角硫因,与的503F等位基因 OCTN1 导致在此过程中获得功能。 有趣的是,作者观察到 OCTN1 恰好位于单倍型的中间。 换句话说,您可以想到基因组上游和下游的基因组 OCTN1 作为该基因的两个翅膀或边缘延伸穿过单倍型。

IBD5单倍型是更广阔的领域。 IRF1, IL5OCTN1 是嵌入在此景观中的一般功能。 503F是一个特殊功能,因为它具有 OCTN1。 克罗恩氏病是另一种现象,与这种基因组状况有关,但属于不同的类别或类别。 它尤其与具有5F等位基因的IBD503单倍型相关。 本文的主要目的是逗弄所有这些众多的关联。 作者发现,就生物化学而言,克罗恩氏病的症状与503F等位基因无关,只要该等位基因与已知的CRF风险变异无关。 IRF1 IL5。 在这些情况下,基因重组破坏了将503F与这两个基因的风险等位基因结合的关联。 这样,在这种情况下,基因组景观的架构就掩盖了更具体的因果链,从而导致克罗恩氏病的风险增加。

所以发生了什么事? 作者认为503F等位基因在过去的某个时候被选择性地偏爱,而侧翼是克罗恩病风险升高的Crohn变体。 IRF1 IL5。 万物平等,最好不要患此病,但万物不平等。 如果对目标503F施加足够强大的选择压力,那么将其作为带有一些有害等位基因的“总包装”的事实的负面影响就无关紧要了。 在足够长的进化时间内,有害的等位基因将通过负选择进行纯化,因为重组确实会破坏关联, 但是有很多现实,包括在起点和终点之间。

为了推断503F是自然选择的目标,作者使用了基于单倍型的测试来检测这种现象, 卫生系统。 该测试倾向于检测中游的选择性扫频,或者由于平衡动态而不会转移到注视的扫频。 这暗示着作为选择目标的等位基因充其量往往趋于适度的频率,事实就是如此。 以下是补充资料,列出了具有所选等位基因百分比的人群列表(某些重复项是因为他们采样了不同的数据集):


菌群数 N = 503f个等位基因 N = 503L等位基因 503f的百分比
撒丁岛 40 16 71%
托斯卡纳 9 7 56%
图尔库 11 9 55%
巴斯克 23 23 50%
阿迪吉 15 17 47%
奥卡迪亚人 15 17 47%
意大利语 12 16 43%
犹他州 40 56 42%
法语 24 34 41%
库奥皮奥 8 12 40%
托斯卡纳 23 35 40%
7 13 35%
德鲁兹 27 67 29%
俄语 13 35 27%
维吾尔族 5 15 25%
Terekli-Mektab(达格斯塔尼) 13 43 23%
马克兰尼 11 39 22%
o路支 10 40 20%
莫扎比 12 48 20%
巴勒斯坦的 19 83 19%
卡拉什 8 42 16%
帕坦 8 42 16%
库巴奇(达格斯塔尼) 7 39 15%
婆罗门新木 4 26 13%
婆罗门 5 33 13%
哈扎拉 6 42 13%
布鲁修 6 44 12%
婆罗门·维迪卡(Brahmin Vydika) 5 41 11%
信德 5 43 10%
贝都因人 10 88 10%
婆罗辉 5 45 10%
班图南非 1 15 6%
红宝石 3 47 6%
锡伯 1 17 6%
达ur尔 1 19 5%
拉hu 1 19 5%
Tu 1 19 5%
Yi 1 19 5%
柬埔寨 1 21 5%
姆布蒂(Mbuti Pygmy) 2 74 3%
姆布蒂(Mbuti Pygmy) 2 74 3%
姆布蒂(Mbuti Pygmy) 2 74 3%
姆布蒂(Mbuti Pygmy) 2 74 3%
曼登卡 1 47 2%
本田多拉 1 51 2%
伊鲁拉 1 59 2%
比亚卡·皮格米 1 69 1%
功(San) 0 22 0%
阿鲁尔 0 16 0%
班图肯尼亚 0 22 0%
比亚卡·皮格米(Biaka Pygmy) 0 10 0%
柬埔寨 0 10 0%
中文 0 16 0%
通过 0 20 0%
0 70 0%
汉族 0 18 0%
喝骂 0 42 0%
赫镇 0 20 0%
日文 0 62 0%
日文 0 38 0%
高棉柬埔寨语 0 8 0%
马拉西亚语 0 12 0%
姆布蒂侏儒 0 30 0%
美拉尼西亚 0 44 0%
0 18 0%
蒙古 0 20 0%
南德 0 36 0%
纳西 0 20 0%
鄂伦春 0 20 0%
巴布亚 0 34 0%
佩迪(北索托) 0 22 0%
0 14 0%
0 20 0%
索托 0 10 0%
南方汉语 0 8 0%
台湾 0 6 0%
特松加 0 12 0%
茨瓦纳语 0 14 0%
土家族 0 20 0%
越南语 0 18 0%
科萨 0 4 0%
约鲁巴语 0 50 0%
祖鲁(国语) 0 18 0%

从这些数据中,作者推断出503F等位基因的选择是因为它增强了HXNUMXO的转运。 麦角硫因,这是许多植物性食品所缺乏的,随着新石器时代革命的到来,这种食品就显得尤为突出。 换句话说,克罗恩氏病是适应农业单一栽培带来的营养缺乏的副产品。 该论文似乎面临的主要问题是,许多长期从事农业生产的中东人口的503F等位基因频率不高。 这并不意味着这里提出的选择性模型是不可能的,但是,它确实表明,如果这是一个合理的适应,那么中东人口必须具有自己独特的变体。

我认为这是一篇很棒的论文,尽管我对结论并不自信。 农业显然是对人类基因组的主要选择压力之一。 即使2000年代中期的某些自然选择的初步测试未能成立,因为它们往往会使真实的自然选择目标与假阳性混为一谈,但我相当有信心,与农业有某种联系的基因将会在功能约束和自适应雕刻方面得到丰富。

引文: 乍得·霍夫(Chad D. Kazima Bulayeva,Tatum S. Simonson,Lynn B. Jorde和Stephen L. Guthery Crohn病以及IBD5上的遗传搭便车,Mol Biol Evol, doi:10.1093 / molbev / msr151.

 

研究博客网站
:您将有30个新的突变使您与父母区分开。 但是,这个数字周围有摆动的空间,您可能有更多或更少的空间。 这个数字可能在兄弟姐妹之间有所不同,并解释了兄弟姐妹之间的差异。 此外,以前使用的突变率估计值可能高2倍。这可能会使许多人类和与人类相关的世系的“最后共同祖先”在时间上推迟2倍。

里面有一封新信 “自然遗传学 on 从头 人类的变异,导致媒体上的头条作者陷入了自然的疯狂之中,试图将结果“钩”到 X-战警 专营权。 我隐含地假设大多数人都知道他们都有特定且可识别的新遗传突变。 众所周知,与“突变体”相关的重要问题是它们具有明显的可识别表型,而不是它们具有我们看不见的细微遗传变异。 另一个隐含的方面是,表型是高潜在突变负荷的准确信号或表示。 换句话说,如果可以的话 看到 某人的性格很奇怪,想必他们的内在遗传学就很奇怪。 这就是模型的逻辑,这些模型假定突变负荷与 智能化 or 好物,并且这些自然地与人类审美偏好的进化论基础联系在一起(例如,性选择的“好基因”模型)。

人类家族内部和家族之间全基因组突变率的变化:

JBS Haldane于1947年提出,雄性种系可能比雌性种系更具诱变性。各种研究都支持Haldane在包括人在内的多种哺乳动物中提出了雄性种系中较高的平均突变率的主张……在此,据我们所知,这是首次从两个亲子后代三人组的完整基因组序列中对男性和女性种系突变率进行的直接比较分析。 通过广泛的验证,我们在两个三重后代中鉴定出49个和35个新生线突变(DNM),以及在体细胞或DNA衍生的细胞系中产生的1,586个非生殖系DNM。 最显着的是,在一个家庭中,我们观察到92%的DNM来自父系,而相反,在另一个家庭中,64%的DNM来自于母系。 这些观察结果表明,家庭内部和家庭之间的突变率差异很大。

从我的收集来看,有一个直接的原因说明为什么雄性种系(通过精子传递给雄性后代的遗传信息)更具诱变性: 精子终生产生,随着时间的流逝,复制错误逐渐蔓延。 这与雌性卵相反,雌性卵在出生时就存在完整的补体。 突变通过精子蔓延这一事实只是突变首先蔓延到种系的边界条件,即 DNA修复 过程。 在极少数情况下,这是件好事(因为突变实际上可能会增强适应性),而在很多情况下,这是不好的(因为突变会降低适应性),而且通常是中性的。 请记住,就功能和适应性而言,大量的突变没有任何作用。 请考虑以下事实:1个欧洲血统的人中有25个具有突变,如果该突变表现为纯合子基因型,则该突变可导致普通人群的囊性纤维化。 但是绝大多数的囊性纤维化突变都存在于杂合子中,并具有“掩盖”有害等位基因的常规功能基因。*而且,即使是纯合子形式,也有许多突变是沉默的(例如,如果存在在一个基地的变化 同义词位置).

如上所述,直到最近估计突变率只是一个推断问题。 在最宽广的画布上,人们简单地观察了两个长期分离的相关谱系之间的差异(例如,黑猩猩与人类),因此积累了许多差异突变,并分析了差异。 对于那些表现出表现出显性表达模式的疾病的个体来说,这可能是一个细粒度的推断,因此 从头 后代的突变可能会改变表型。 幸运的是,对于大多数人而言,这不是主要问题,而且突变在我们的大部分生命中仍然是隐秘的。 但是不再。 在不久的将来某个时刻,通过廉价的测序技术,我们大多数人将可以得到我们基因组的准确和精确的副本,并且我们将能够准确地看到我们有独特突变的地方,这些变异将我们与父母和兄弟姐妹区分开来。

在本文中,作者采用了两个“三重奏”,即亲子三胞胎,并以很高的准确性比较了它们在全基因组范围内的遗传变异模式。 当您寻找时,准确度显然很重要 从头 当碱基对数以十亿计时,突变将在数百个范围内计数。 将来,当我们拥有成千上万的基因组文件和无所不能的计算工具时,我怀疑会有各种各样的方法来确定您基因组区域的“典型性”,但是在本文中,作者自然而然地将父母与孩子进行了比较。 。 如果是突变 从头 从父母的遗传模式应该是可以理解的。 但是,测序技术并非十全十美,因此当您寻找测序技术时,误报的可能性将很高。 从头 “在干草堆中”发生突变(例如,可以将后代读取中的错误视为突变)。

所以他们从大约3,000名候选人开始 从头 比较三人组的基因组后,每个家庭三人组的突变(DNM),但由于它们过滤掉了假阳性,因此在实验上进一步缩小了范围。 您可以阅读补充资料中的血腥细节,但似乎他们将重点放在已确定的候选项上,以查看它们是否是:种系DNM,非种系DNM,从父母那里继承来的变体或假阳性。 因此,事实证明,最初的DNM中有一半是体细胞的,而大约1%是种系。 请记住,不同之处在于种系突变将被传给一个人的后代,而体细胞突变只会影响一个人一生的生理适应能力。 为了进化,种系突变更为重要,尽管随着年龄的增长,体细胞突变将变得非常重要。

在进行了繁重的方法学研究之后,结果本身很有趣,尽管泛化性有限,因为您仅关注两个三重奏。 在检查结果之前,这里有个图说明了研究设计:

据我所知,本文有两个主要发现:

1)三重奏中DNM的性别介导性质存在差异。 一对更接近预期。 雄性种系的贡献是绝大多数DNM的原因。

2)对人类突变率的更精确估计,这可能对进化系统发育学中使用的“分子钟”估计有影响。

以下是图中的发现,该结果显示了估计突变率附近的95%置信区间:

CEU是指常用于医学遗传学的白色犹他摩门教徒样品,而YRI是指来自尼日利亚人的约鲁巴语。 请记住,这只是两个家庭。 这严重限制了您可以汲取的见解的力量,但是您已经看到,尽管CEU三重奏显示了男性和女性对DNM贡献的预期不平衡,但YRI三重奏却没有。 但是,这三个三元组的确暗示了比以前的研究更低的突变率,而先前的研究从物种差异中推断出其价值。 这是与人类进化有关的部分: 人类与黑猩猩的差异被推回到7万年正如最近对化石发现的一些解释所暗示的那样。” 仅通过一项研究,我还不会花这笔钱,但我一直听说,这篇论文并不是在科学真空中得出的。 其他研究人员正在对突变率进行类似的重新校准,这可能会将时间推迟到许多不同的类人和人类血统(包括现代人类)的最后一个共同祖先。

将镜头移回当前,并具有更多的个人基因组相关性:

突变是随机过程,因此,预期个体内同期配子之间的突变数量会发生相当大的变化。 如果以泊松过程为模型,则95%置信区间的平均值为 每配子约有30个DNM(突变率约为1×10-8),范围从20到41,这是两倍。 截短选择可能会去除突变最多的配子,从而减少成功繁殖的配子之间的这种差异,但是,干细胞祖先或环境中任何其他异质性(例如,导致同时配子的细胞分裂数量的差异)将可能会增加配子间变异的数量。

使用从23andMe获得的小得多的标记集,我发现我的两个兄弟姐妹在分配全兄弟姐妹方面,在后裔身份方面相差近3个标准差。 在不久的将来,我们也许能够确定整个家庭中突变负载的实际实现程度,而不仅仅是理论上。 正如作者所指出的 其中很大一部分可能是父亲的年龄。 鲁珀特·默多克(Rupert Murdoch)的孩子比他的许多孙辈还年轻,因此那里有许多“自然实验”,因为雄性相距40年以上。

在社会层面上,我们也许能够根据父亲平均年龄的上升所估算的公共卫生成本来估算确切的成本。 就个人而言,我们也许还可以注意到高水平的DNM与感兴趣的特征(例如智力和美丽)之间家庭内部的相关性。 与更细粒度的祖先推断工具相比,我认为这将是炸药。 但这并不是好像我们以前不知道兄弟姐妹有所不同。

引文: Donald F Conrad,Jonathan EM Keebler,Mark A DePristo,Sarah J Lindsay,Yujun Zhang,Ferran Casals,Youssef Idaghdour,Chris L Hartl,Carlos Torroja,Kiran V Garimella,Martine Zilversmit,Reed Cartwright,Guy A Rouleau,Mark Daly,Eric斯通,马修·埃·赫勒斯和菲利普·阿瓦达拉(2011)。 人类家族内部和家族之间全基因组突变率的变化自然遗传学: 10.1038 / ng.862

*在随机交配种群中,比例由哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium,p)定义2 + 2pq + q2 = 1,因此q = 0.04,q2 = 0.0016和2pq = 0.0768。 CF的杂合子基因型超过纯合子50比1。

博客附录: 这封信的第一作者是唐·康拉德(Don Conrad),他是 基因组解压缩.

 

左图是从休斯敦的古吉拉特人和丹佛的中文生成的主要成分1、2和3的三维表示。 当这两个人口聚集在一起时,中国人形成了一个非常同质的群体。 它们在遗传变异的三个主要解释维度上相差不大。 相比之下,古吉拉特人 do 各不相同。 这不足为奇。 在补充 重建印度人口史 值得注意的是,古吉拉特人确实倾向于在PCA中陷入两个截然不同的集群。 当您处理HapMap Gujarati数据集时,您会一遍又一遍地发现这一发现。 实际上,没有两个等效的集群。 相反,有一个“紧密”集群,从现在开始,我将在数据集中将其标记为“ Gujarati_B”,另一个集群“ Gujarati_A”,实际上仅由Gujarati_B集群之外的所有个人组成。 即使与其他相比 南亚 人口这两个不同的类别在HapMap古吉拉特人中仍然存在。

扎克已经 确定了两个集群之间的主要区别: 古吉拉特邦(Gujarat_A)的某些人拥有更多的“西欧亚”血统。 为了将来对此更加正式,我只是根据合并数据集中的个人,根据其在前两台PC中的位置,将其分配到两个古吉拉特语群集中的一个。 昨天晚上,我以2个SNP运行ADMIXTURE K = 10到75,000。 我还删除了美国原住民组织,并从HapMap中添加了更多的欧洲和东亚样本。 以下是K = 4时的一些人口:


让我们深入到个人层面。 这里有古吉拉特人,信德人,还有我的父母(孟加拉人)。 我按“欧洲”和“南亚”组成部分(分别是浅蓝色和绿色)分类,而在巴布亚语中是紫色,在东亚人中是红色。

ADMIXTURE图与PCA完全对齐。 在PCA中,Gujarati_A展示了与欧洲集群的距离谱,而在ADMIXTURE中,您看到了相同的距离。 相反,Gujarati_B相对统一。 发生什么了? 我将在发布类似的内容 棕褐色叛变即将推出。 但是我的猜测是Gujarati_B是以下内容的子集 帕特尔。 换句话说,它们在基因上是不同的 加提。 我怀疑Gujarati_A是来自许多不同群体的更多样化的群体 贾蒂斯.

这有关系吗? 我相信是的。 If 古吉拉特语_B是古吉拉特语的一个子集,是一个独特的民族社会群体,因此它们可能不像古吉拉特语_A那样好地代表南亚医学遗传学。 更具体地说,古吉拉特语(Gujarati_B)可能是频率较高的稀有疾病等位基因,因为它们是近交氏族。 相反,虽然古吉拉特语_A可能表现出南亚内婚制的所有特征,但如果它们数量更多, 不同 组,那么他们将拥有各种不同的稀有等位基因。 他们有的 共同点 可能更一般地说是南亚。

 

髓: 在这篇文章中,我研究了种族血统与癌症死亡风险之间的关系,这些风险取决于特定的治疗过程。 我回顾了研究,该研究表明,如果您患有白血病(以复发概率衡量),那么美洲原住民血统可能是您对治疗反应的一个非常重要的信号。

如果您是一位已接受处方药治疗的敬业患者,我认为您已经完成了尽职调查并仔细检查了医生的建议(不,不幸的是,医生并不代表一个人无所不知)。 当我接受进一步的研究时,有几次我被处方了药物,我看到了关于种族不同推荐剂量的注意事项。 由于我个人的背景,当我说“亚洲”时,我感到很好奇。 医学文献中该术语的问题在于,在美国语境中,“亚洲人”源自1980年出于官僚和政治目的而建立的人口普查类别。 它融合了在遗传上相对较近的人群,即东亚和东南亚人口,与较远的东南亚人口,即南亚人口(当我的兄弟姐妹出生时,我记得我的父母在填写医院文书工作时将他们的种族列为“亚洲人”)。

但是至少具有“亚洲”类别的问题是显而易见的。 考虑“西班牙裔/拉丁美洲裔”类别。 在美国,这个词在1970年左右的政府命令中也变得流行起来,作为祖先来自说西班牙语的美洲人的统包,其中西班牙人,葡萄牙人和巴西人是边际案例。 此外,在整个美国文化中,将西班牙裔编码为非白人已变得相对普遍。 尽管事实上,所有拉丁美洲人口都有大量自我识别的白人人口,但阿根廷和乌拉圭等一些人绝大多数是白人。 在美国,有54%至92%的西班牙裔 识别为白色 就他们的种族而言。 差异在于某些调查允许使用“其他种族”选项,这是第二受欢迎的选择。 调查将受访者分为几类,例如白人,黑人,美洲原住民或亚洲人,得出的结果是拉美裔默认为白色自我识别。

研究博客网站 隐含地,我们知道,这比官僚主义便利和投机的美国身份政治混搭更为复杂。 HapMap的墨西哥裔美国人样本来自 洛杉矶。 在上方,您会看到K = 3 in 混合物 针对墨西哥裔美国人。 每个稀薄的“切片”都是一个个体,其颜色比例反映了三个假定祖先组之一的基因组贡献。整个图块也有欧洲人和中国人。 蓝色似乎与美洲印第安人相对应,红色与白色欧洲相对应(绿色残渣在东亚国家是模态的)。 洛杉矶的墨西哥裔美国人社区显然是混血儿。 在拉丁美洲可能被称为 混血。 但是根据调查数据, 强迫 选择这个似乎与西班牙白人身份相关的社区, 目标。 看到几乎所有的人都是说西班牙语的人,而不是土著人(我知道美国的讲西班牙语的拉丁美洲人人口很少,并且在不断增长,但不是讲西班牙语的拉丁美洲人),这是有道理的。 但是墨西哥裔美国人身份的另一个方面浮出水面 阿兹特兰,这是对墨西哥大部分人口的纳瓦族根源的致敬。

但是,无论文化细微差别和细微之处可以被长期分解, 正确表征西班牙裔人群的遗传结构也很重要。 有些墨西哥裔美国人在血统上主要是白人欧洲人,而有些则主要是美洲印第安人。 许多以大致相等的比例混合在一起。 这不仅仅是一个小细节。 回到我的第一段, 致新信 “自然遗传学 报告关于白血病患儿对治疗的差异反应与美国原住民血统成正比. 急性淋巴细胞白血病复发的祖先和药物基因组学:

尽管在大多数工业化国家/地区,儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)的五年生存率现已超过80%,但并非所有儿童都从这一进展中获得了同等的收益...许多临床研究都报告了儿童ALL生存后的种族差异...与欧洲裔美国人或亚洲人相比,非裔美国人或具有西班牙裔种族的人的存活率较差……种族差异的原因仍然不确定,尽管遗传和非遗传因素都可能很重要……在未选定的大型研究中询问全基因组种系SNP基因型在所有ALL患儿中,我们观察到即使调整了已知的预后因素(P = 0.0029),与美国原住民血统共隔离的基因组变异也与复发风险相关(P = 0.017)。 与祖先相关的复发风险差异被增加了一个额外的化疗阶段所消除,这表明对治疗方法的修改可以减轻祖先相关的复发风险。

他们通过两种不同的方法推断祖先。 首先,他们使用主成分分析来提取遗传数据集中最大的独立变异维度。 当您执行此操作时,会发生的情况是您快速概括了数据集中人口遗传集群的完全可理解的模式。 在左侧,您会看到一个PCA,其中最大的方差成分将非洲人与非非洲人(x轴)分开,第二大的差异将欧洲人与东亚人(y轴)分开。 基础数据来自HapMap和HGDP的合并。

这种模式反复出现。 在这个更广泛的框架内,您会看到更多具体趋势。 我在二维图上标记了墨西哥裔美国人的人口。 注意其线性拓扑。 这是可能混合的迹象。 大致上,任何给定个体在两个假定父母群体之间的直线上的位置与他们与这些群体的距离成正比。 用简单的英语来说,一个半中国人和半瑞典人将被放置在与这些人口在PCA地块上与中国和瑞典集群等距的位置。 墨西哥裔美国人横跨欧洲人和东亚人之间的地区。 就他们最近的人口历史而言,这是完全合理的。 这也意味着 仅仅知道某人在其遗产中是“墨西哥人”并不能像告诉您某人是“中国人”那样,告诉您关于他们祖先的信息。 墨西哥人口在遗传上有很多差异。

我介绍了有关PCA绘图的序言,因为使用PCA阐明HapMap的血统及其受白血病影响的儿童样本人群的数字可能有些令人困惑。 您会看到面板A,B和C分别是PC 1、2和3。 这意味着顶部面板解释最多的变化,而第三面板解释最少。 由于字体较小,我添加了一些额外的标签。 您可以立即在顶部面板中看到上述二维图中的明显变化: 非洲人与非非洲人分开。方框表示总体中25%到75%的间隔。 相比之下,“纯”参考人口的分布非常紧凑,而儿童在其数据集中的分布却更加多样化。 看来,一些自认为白人的孩子在非洲血统上的负担很高,而美国黑人的自然差异要比尼日利亚的约鲁巴人大得多。 墨西哥裔美国人的分布反映了非洲血统,这种血统已被墨西哥人广泛吸收。

面板B显示了第二个PC,它在粗略的东西向轴上分隔了非非洲人。 那么亚洲人怎么了? 同样,1980年人口普查再次发动! 在“亚洲人”中,很大一部分是“南亚人”,其“欧洲人”比“亚洲人”的血统更为丰富。 再次,少数“白人”儿童似乎具有丰富的亚洲血统。 西班牙裔模式很容易解释,可能只是美洲印第安人与欧洲人的混合物变种。

最后一台个人电脑似乎将美国原住民与其他人口分开。 那么为什么白人和亚裔儿童在这里也表现出差异呢? 首先,不平凡的白人美国人拥有大量的美洲原住民血统。 布雷特法弗 例如,有一个祖父母曾是Choctow部落的成员。 其次,我怀疑大部分差异是由于美洲印第安人和一些欧亚群体之间的共同血统而没有出现在白色的犹他州样本中,该样本是从欧亚大陆的最西端或中国样本中抽取的。

可视化祖先的另一种方法当然是放置K个祖先组,并为给定K中的每个个体分配给定的祖先量子。在右侧,您将看到一个结构条形图,其中垂直显示了2,500+个人,阴影比例祖先。 我已经放置了临时标签。 样本中的大多数孩子都是白人,因此大多表现出欧洲(红色)血统。 从我对美国黑人社区的了解中可以看出,在这种可视化中,他们已被分为两个类(请参阅算法的补充)。 约10%的黑人美国人超过50%的白人,而中位数的黑人美国人拥有20-25%的白人血统。 亚洲集群之所以奇怪,是因为它融合了东亚和南亚人。 南亚人是65-90%的“欧洲人”,具体取决于其祖传地区。 最后,您有墨西哥裔美国人,他们跨越了欧洲人和美洲印第安人之间的混合物,还带有一些非洲元素。

STRUCTURE会为左侧的自我识别人群产生平均值。 非裔美国人的比例几乎是正确的。 对于西班牙裔类别,欧洲人似乎比洛杉矶的墨西哥裔美国人要多,但是有历史原因怀疑德克萨斯州的墨西哥裔美国人具有更多的西班牙血统,而美国的古巴裔则绝大多数是白人(波多黎各人的白人血统比黑人更多)或美洲印第安人)。 非欧洲血统的白人比例非常低,我对此表示怀疑。 我假设有一些混血儿个体识别为白人,但我想知道大多数拥有1%“美国原住民”的白人美国人是否具有可以追溯到冰河世纪的深厚共同血统,或者这是否是该方法的产物。

但是,这一切有什么意义呢? 祖先分析很有趣,有趣,并且与更广泛的社会政治辩论和冲突有关,但这是一个与医学有关的故事(这就是为什么 “自然遗传学)。 简而言之, 作者发现,以化学疗法的程度为条件,美国原住民血统是复发的非常高的危险因素。 我合并了表3和图2中的一些面板以显示发生了什么:

右边是风险(或缓解)因素的列表。 我强调了 比例 原住民血统的祖先,被视为连续变量。 在左侧,您可以看到癌症复发的可能性与美国原住民血统的关系。 红线是指美国原住民血统少于10%的人,蓝线是超过10%的美国人。 在顶部面板中,您会看到对自认白人的影响。 底部面板显示了未接受“延迟强化”治疗的患者的结局。 我没有展示的面板E清楚地说明了 提供延迟的强化治疗时,两条线会聚。 如果美洲原住民的遗传背景中有某种原因导致此问题,那么似乎可以将其建模为“基因与环境的相互作用”。 也就是说,遗传介导的结果取决于特定的环境条件(在这种情况下, 缺乏 的治疗方法)。

但是祖先不是魔术。 作者设法在基因组水平上追踪了与美国原住民血统相关的候选SNP。 特别是位于rs6683977的风险等位基因位于 偏二苯醚4B 在拥有超过10%的美洲原住民血统的人中,这一比例明显低于不到10%的人。 在该基因组区域的美国原住民血统也与特定的复发风险相关。

这似乎是在成本效益计划中使用遗传数据的相对直接的应用。 在美国,医疗费用的增加是一个主要问题。 许多人对技术专家的“基于证据”的态度感到好奇,他们对特殊治疗的功效及其与产生的费用之间的关系感到好奇。 对于特定的遗传背景,成本效益演算可能与一般人群的演算有所不同。 尽管就白人孩子的投资回报率(即生存10年的可能性)而言,进一步的化疗可能是不合理的,但对于美国原住民来说,这可能是正确的。 权衡这样的成本和概率似乎没血,但我们每天都在隐式地这样做。 这只是该公司的另一个工具。

引文: 杨JJ,程C,戴维达斯M,曹X,范Y,坎帕纳D,杨W,尼尔G,考克斯NJ,Scheet P,鲍罗维兹MJ,温尼克NJ,马丁PL,威尔曼CL,鲍曼WP,卡米塔BM,卡罗尔A ,Reaman GH,Carroll WL,Loh M,Hunger SP,Pui CH,Evans WE和Relling MV(2011)。 急性淋巴细胞白血病复发的祖先和药物基因组学。 自然遗传学PMID: 21297632

 

我回想起2000年代初的预测,如果推断当时的就业增长率,到25年左右,将有2020%的美国人口担任系统管理员。 显然,这些预测并没有太当真,各方面都在嘲笑IT会减少劳动力投入并提高生产率的想法。 当我看到一封新信时,我回想起那些较早的文章。 自然 今天早上在我的RSS供稿中, 数以百计的变异聚集在基因组基因座和生物途径中,影响人类身高:

最常见的人类特征和疾病具有遗传的多基因模式:许多遗传位点的DNA序列变异会影响表型。 全基因组关联(GWA)研究已鉴定出600多种与人类特征相关的变体1,但这些通常可以解释表型变异的一小部分,从而引发了有关进一步研究的使用问题。 这里, 使用183,727个人,我们发现了数百种遗传变异, 在至少180个基因座中,影响成年身高,一种高度遗传和经典的多基因性状2, 3。 大量的基因座揭示了对人类常见疾病和性状的遗传研究具有重要意义的模式。 首先,这180个位置不是随机的, 但是反而丰富了与生物途径相关的基因 (P = 0.016),并且是骨骼生长缺陷的基础(P <0.001)。 其次,可能的因果基因通常位于最紧密相关的变体附近:在包含已知骨骼生长基因的13个基因座中的21个基因座中,该基因最接近相关的变体。 第三,至少 19个基因座具有多个独立相关的变体,表明等位基因异质性是多基因性状的常见特征,对已经发现的基因座进行全面探索应该发现其他变体,并且可能已经确定了相关基因座的相当一部分。 第四, 相关的变体被丰富,可能会对基因产生功能性影响,在改变蛋白质氨基酸结构和附近基因表达水平的变体中被过度代表。 我们的数据解释了身高约10%的表型变异,并且我们估计,效果大小相似的未确定的常见变异将使该数字增加至表型变异的约16%(可遗传变异的约20%)。 尽管还需要其他方法来充分剖析多基因人类性状的遗传结构,我们的发现表明GWA研究可以识别大量与生物学相关的基因和途径有关的基因座。

增刊运行将近100页,并且作者列表非常多。 但是至少所有的补充都是免费的,因此您应该检查一下。 尽管您不能超越薪酬壁垒,但仍有一些值得一提的专栏文章。


图1b在这项研究中,他们将多项研究汇总为一个 荟萃分析。 摘要中没有提到的一件事:他们对照一项基于家庭的研究检查了他们的GWAS SNP。 这很重要,因为在后者中,人口分层不是问题。 家庭成员自然在遗传背景上有很多重叠。 另外,如果我没看错的话,他们关注的是欧洲血统的人群,因此这可能无法捕捉到较大的等位基因,这些等位基因会影响身高之间的差异,但在给定的人群中不会发生变化(请注意,如果您探索色素沉着遗传学只是通过欧洲人,您会错过全球范围内最重要的变量, SLC24A5,因为它在欧洲人中是固定的)。 无论如何,正如您所看到的,他们所做的是推断出他们的方法可捕获的基因座数量,以解释预测变量为样本量的变化。 在500,000个个体上,它们位于约700个基因座,大约是遗传变异的20%。 我最初的想法是,我在这里看不到收益递减,但是由于我没有读过补充资料,因此我不予理会,因为我对此一无所知。 他们确实断言他们可能低估了这些方法的功效,因为可能存在效果更小的通用变体,这些变体可以使分数最高。

但是即使他们也承认他们只能走这么远。 以下是结论中的一些部分,这些部分将其清楚地列出:

通过将我们的样本量增加到超过100,000个人,我们确定了常见变异,这些变异约占表型变异的10%。 虽然比某些模型预测的要大26, 该数字表明,目前实施的GWA研究无法解释遗传因素对身高变化的估计贡献的80%。。 该结论支持以下观点:生物学见识而不是预测能力将是GWA研究最初浪潮的主要结果,并且需要新的方法(包括针对较低频率变异的测序研究或GWA研究)占更多的“遗漏”遗传力。 我们的发现表明许多基因座均表现出等位基因异质性,这表明许多尚未鉴定的因果变异体(包括常见变异体)将映射到GWA研究中已确定的基因座,并且已鉴定的因果基因座比例可能大大高于该比例已经确定的因果变体。

在我们的研究中,许多相关变体与常见的nsSNP紧密相关, 如建议的那样,如果这些相关的常见变体是稀有因果变体集合的代理,那将是无法预料的27。 尽管较不常见和/或相当罕见的变体对遗传力的重大贡献可能更合理,但我们的数据与最近的建议并不矛盾。28 许多影响很小的常见变体大部分解释了高度的调节。

总之,我们的发现表明,可能需要其他方法,包括针对较少见的变异的方法,才能更完整地剖析复杂人类特征的遗传成分。 我们的研究结果也强烈表明,GWA研究可以鉴定出许多位点,这些位点共同暗示了生物学相关的途径和机制。 我们设想,通过额外的遗传,功能和计算研究,对相关基因座基因进行彻底的探索将导致对人的身高以及其他多基因性状和疾病的新颖见解。

倒数第二段介绍了大卫·戈德斯坦(David Goldstein)的想法 综合协会.

但是,我们仍处在几年前的位置,老式的高尔顿定量遗传学(统计的一个分支)是预测后代身高的最佳选择。 与智力一样,“身高基因”并不是常识上的改进。 但是,如果您要解释10-20%的变异范围,那肯定不是一件容易的事,而生物学细节将引起您的兴趣。

 

这是事实,当代人类进化遗传学依靠其对疾病的潜在洞察力来产生资金,支持和兴趣。 我认为,与疾病引起的痛苦并存时,这并不是一线希望,但仍然是一线希望。 因此,由于可能的医学相关性,可能引起关注的结果本身可能会推向前沿。 中的新论文 PLoS遗传学 说明了似乎深奥的进化见解与对医学界很重要的疾病之间的关系。 我们看一下其破坏会导致可怕疾病囊性纤维化的基因, CFTR,并揭示了可能的进化相关性的一些有趣的遗传模式。 纸是 CFTR Met 470等位基因与人群分离的可育男性较低的出生率相关。 来自作者的总结:

囊性纤维化(CF)是欧洲人群中最常见的致死性隐性疾病,其特点是涉及多个器官系统的临床异质性。 在囊性纤维化跨膜调节剂(CFTR)基因中已鉴定出1,600多种致病突变,但我们对基因型与表型相关性的理解还不完全。 男性不育症是CF患者的常见特征; 但是奇怪的是,在没有其他CF相关并发症的不育男性中也发现了CF引起的突变。 此外,CFTR中的三种常见多态性与原本健康的男性不育症有关。 我们研究了可育男性的这三种多态性,并发现一种名为Met470Val的基因多态性与男性生育力的变化有关,并显示出阳性选择的特征。 我们认为,由于具有生育力优势,Val470等位基因已在欧洲人群中高频率出现,但其他遗传因素以及可能的环境因素已在人类进化过程中减轻了这些影响的强度。

导致囊性纤维化的等位基因的高频率是 有点神秘。 基本的人口遗传理论告诉我们,致命的隐性特征(至少在前现代时代)应仅在非常低的频率下才存在,以使大多数有害等位基因被正常拷贝“掩盖”。 这 ΔF508 在北欧血统的1人中,有30人发现了这种突变(您看到的比率略有不同,但都在同一范围内)。 这意味着假设随机交配 哈迪-温伯格平衡 如果以纯合子状态出现的ΔF0.1等位基因聚集在一起,则超过508%的后代会出现这种疾病,而当您认为这些个体的适应性收敛于零时,这并不是一个小数目。

在本文中,它们不能达到ΔF508,而其他疾病直接导致等位基因。 相反,他们发现一个特殊的 SNP 对生育力有很大影响,并且在某些情况下与疾病相关的等位基因也有关系。 考虑到囊性纤维化与 不孕不育。 我认为总体逻辑是理解遗传学 CFTR 其详细信息将使我们更好地了解其内部体系结构以及导致其适当或不适当功能的各种网络和路径。


CFTR 跨越约200,000个碱基对,但是在本文中,作者集中于美国样本中的几个感兴趣区域 杂石 社区。 特别是在5'处有5-胸苷(3T)重复等位基因 拼接 的地点 内含子8,这是一种干扰正常转录的变体 外显子9。 然后内含子8上有TG重复(TG),外显子10上有SNP, rs213950。 在后一种情况下,两个等位基因导致 氨基酸 甲硫氨酸和缬氨酸分别位于第470位(Met470和Val470)。 这两个变体均对5T等位基因有影响,增加了其 外表 与囊性纤维化的结果有关。 Met470Val 突变的分子遗传学影响是一把双刃剑。 Val470 产生的 CFTR 蛋白成熟得更快,但与 Met470 等位基因相比活性较低。由于 5T 降低了剪接效率,人们可以凭直觉理解为什么 Val470 的存在(其导致蛋白质活性降低)在两者结合时可能会产生有害影响。

该论文侧重于囊性纤维化,因为对Met470Val的关注意味着他们正在从医学的角度研究次级变体。 修饰符,而不是主要代理。 但是,从进化的角度来看,有很多东西可以挖掘! 首先,让我跳到讨论中,他们似乎承认了本文目前在医学上的适度相关性:

最后,关于引起疾病的CF突变(例如ΔF508)是否为健康携带者带来了生育优势,一直存在着长期争论。不幸的是,我们在这里报告的结果并未提供对此问题的见解。 在欧洲人中,最常见的CF引起的突变(即ΔF508,G542X,N1303K,W1282X)和在Hutterites中最常见的突变,M1101K…都位于携带祖传的单倍型,第470外显子的Met10等位基因……在polyT基因座的9T等位基因,以及(通过推论)TG10或TG11等位基因…因此,Val470等位基因的任何积极的生育作用都不会影响欧洲人群中常见的CF致病突变的频率。

A 单倍型 仅指沿基因组的等位基因的序列/相关性。 您知道DNA由一串碱基对AGCGCTGAGCGCAA组成。 如果上面序列的第一个和最后一个位置有变异,并且如果两个基因座的替代变体不是随机关联的,而是沿物理序列显示出高度相关性,则可能是这些变异的单倍型。 在本文的情况下,突变的三个区域组合形成单倍型。 表1和表2列出了其Hutterite样品中等位基因和单倍型的频率。

hap1

hap2

表1列出了样品中每个等位基因的频率,而表2列出了这些等位基因组合的频率。 单倍型。

接下来的两个数字显示了主要发现,Val470与Hutterite男性(而非女性)较高的生育率之间存在关联。 请记住,p值= 0.05是统计显着性的正常标准。 第二个图中的刻度线间隔为95%。

hap3

hap4

我是否需要强调等位基因与生殖结局的关联有多重要? 基因频率的变化是由生殖结果的变化所驱动的,无论结果是随机的还是与表型系统相关的。 漂移或选择。 与繁殖密切相关的性状通常具有较低的遗传力,因为由于选择的均质能力,这些性状的所有变异都会很快消失。 有趣的是,在这种情况下,它们暗示着生殖结果存在可遗传的变化,正如他们所知道的那样。 先验 在所有条件相同的情况下,选择应该消除了变异。

这是一个更鲜明的数字,它以更逐步的方式说明了单倍型与生育力之间的联系:

journal.pgen.1000974.g002

好的,这在不同人群之间有何不同? 下一个数字直接来自 HGDP浏览器:

journal.pgen.1000974.g003

Met470Val的变异表现出非洲/非非洲差异。 我认为,由于某些HGDP样本组的规模较小,因此非非洲部分的变化(例如,将托斯卡纳与俄罗斯人进行比较)主要是噪声。 San样本中的0.10频率很有趣。 我从未听过有人断言HGDP San很可能与非非洲混合,因此这个南部非洲群体中Val470的存在向我暗示,它在非非洲人中的出现并非 只是 历史的随机行为(即,“走出非洲”事件和瓶颈的结果)。 随着人们远离热带地区,或者新的选择压力,对新颖适应的生态约束可能会有所放松。

我想更早地强调单倍型变异的本质,因为作者们确定了自然选择在非非洲人中推动Val470频率升高的可能性。 使用基于单倍型的测试 自然选择。 在下图中,面板A显示了单体型模块。 简而言之,Val470的单倍型比Met470长得多,这足以说明Met470是否为祖先状态,在该状态下许多变异通过漂移而潜伏着(LCT,具有赋予乳糖酶持久性的衍生变体的基因在选定的等位基因上具有很长的单倍型,因为它的频率上升快于重组,而突变可能会破坏原始副本的独特遗传特征。 图B显示扩展的单倍型纯合性(EHH),而图D显示iHS(综合单倍型评分)。 后者在某种程度上是对前者的精心设计,能够检测到选择性扫频,这些扫频没有像EHH最好地发现的那样接近固定。 面板C在非洲和非非洲人口之间具有Fst。 Fst是汇总人群之间差异的统计信息。 Met0.43Val为470,而全基因组为0.11。 SNP的Fst和iHS值均在分布的5%尾部,如小图E所示。

journal.pgen.1000974.g004

Fst的差异以及等位基因Val470在整个遗传尺度上的均一性建议(赋予生殖健康)强烈指出了自然选择的可能性。 但是他们发现生殖差异很大。 为什么Met470仍然存在? 在讨论中,提出了一些可能性:

实际上,鉴于在哈特族人中观察到了巨大的生育力影响,令人惊讶的是,Val470等位基因尚未在非非洲人群中固定下来。 但是,可能有几种原因导致这种情况没有发生。 首先,有关Val470等位基因的生育力影响的综合数据表明,取决于基因背景,该等位基因可能与生育力的增加和减少均相关。 在内含子5 polyT位点存在8T等位基因时,Val470增加CBAVD和男性不育的风险…在没有5T等位基因的情况下(如在Hutterites中),相对于Met470,Val470等位基因与男性生育力增加相关。 尽管这种相互作用的机制尚不清楚,但它提供了一个抵消变异的例子,该变异可能会增加固定Val470等位基因的时间。 第二,如上所述,由于在其他器官系统中的多效作用,Val等位基因在某些环境中也可能有害,例如在存在特定病原体或5T等位基因的情况下。 第三,我们观察到的生育优势仅限于男性。 我们发现在Hutterite妇女中没有这种关联……这将进一步减缓等位基因的传播,因为所有Val携带者中有一半没有选择优势。 最后,这项研究是在一个拥有最佳生殖条件的人口中进行的,生殖条件包括出色的营养和丰富的食物,获得现代保健的机会以及孕产妇死亡率可以忽略不计。 因此,当竞争性选择压力可能更为普遍时,与在整个进化历史的大部分时间里对人类的影响相比,基于Hutterite生育率的健身效果估计可能会被夸大。 综上所述,非洲以外人群中Val470等位基因的缺乏固定可能与在哈特人中观察到的生育力影响并不矛盾,而是暗示了其他遗传变异或环境因素的拮抗作用,在大多数人类中抑制了这些作用进化。

请记住,我们已经看到一段时间了,它显示出积极的自然选择特征 通常不固定为100%。 为什么不? 提供了许多解释,而以上解释属于拟议的一般类别。 以快照的形式查看一个相对孤立的人群可能无法完全了解发生了什么。 另一方面,Hutterite的遗传均匀性大概消除了许多混淆信号,否则这些信号可能使关联模糊不清,因此该样本具有优缺点。 当然,随着时间的流逝会发生进化,并且在切片上达到顶峰可以告诉我们它所告诉我们的内容,没有更多,也没有更多。 这是一个起点,但是我敢打赌,一旦我们对基因组中的动力学分布有了更好的了解,它将变得更有道理。 科学理解通常以分段的方式进行,但是总和要大于零件,因为总和经常表现出变化的结构,这使我们可以从零件中榨取更多的汁液。

引文: Kosova G,Pickrell JK,Kelley JL,McArdle PF,Shuldiner AR,Abney M和Ober C(2010)。 CFTR Met 470等位基因与人群分离出的可育男性的较低出生率相关。 PLoS遗传学,6(6)PMID: 20532200

 
• 类别: 科学 •标签: 基因, 基因组学, 医学遗传学 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”