最近，由我们自己和许多合著者撰写的关于自然表型变异的比例（由常见的SNP解释）的论文发表在《自然遗传学》上（Yang等，2010）。 常见的SNP解释了人类身高遗传力的很大一部分（Yang等人）。 在审稿过程中（该论文在《自然遗传学》上发表之前被其他两个期刊拒绝）和在Yang等人发表之后。 （2010年）对我们来说很清楚，我们对所用方法，结果的解释和发现对人类身高的遗传结构以及其他特征（例如复杂疾病）的了解并没有得到很好的理解或赞赏。 在这里，我们以与主要出版物不同的方式来解释其中的一些问题，即以许多评论，问题和答案的形式。 我们还报告了许多其他结果，这些结果表明加性遗传变异的估计值不受种群结构的驱动。

这又是一个 脱胶的PDF链接。 这是引发这一反应的原始论文， 常见的SNP解释了人类身高遗传力的很大一部分.

另一个模型是，可以通过重新概念化性状的“遗传结构”来解决“遗传性缺失”的问题。 这意味着当前许多假定的多基因性状模型的主要假设是该变异是由于许多影响较小的基因导致的，这些基因以加性和独立方式修改了性状值。 换句话说，从这个意义上讲，遗传结构是线性系统。 一个明显的替代或补充可能性是存在遗传相互作用，这些相互作用会产生线性偏差。 这将是 上位性，其中有 不同 启示 取决于您所谈论的生物学类型（例如，分子与进化论）。

一篇新论文 in PNAS 使得许多“缺失的遗传性”与许多试图冒出关联的模型中的可加性假设有关。 但首先，我要指出 基因观察:

该研究支持GeneWatch UK的早期发现，即通过双胞胎研究计算得出的许多常见疾病的遗传力可能不存在（2）。 大型基因研究未能找到能解释常见疾病（如心脏病，癌症和身高等特征）“缺失遗传力”的基因，使科学家感到困惑。 通常，未找到预期遗传力的85％至95％。 今天的新研究证实，一种解释可能是多个基因之间的相互作用会降低预测的遗传力。 优生论者罗纳德·费舍尔（Ronald Fisher）在1918年开发了最初的双胞胎研究方法，并没有适当地解释这些相互作用，后来的分析并没有纠正费舍尔的错误。

“长期以来，医疗保健业发生基因革命的主张都是基于错误的假设”，GeneWatch UK总监海伦·华莱士（Helen Wallace）博士说： “如果遗传力远低于预期，这意味着遗传差异在解释某些人为何患有某种疾病而其他人没有这种疾病的过程中仅扮演很小的角色。” 基因检测可以帮助患有罕见疾病的人，但对预测和预防大多数人所患的常见疾病将永远无济于事。”

海伦·华莱士（Hellen Wallace）本人引起了我的注意，她发了一封夸张的电子邮件，称埃里克·兰德（Eric Lander）出现在她的模型中，其中基因与基因的相互作用越来越大。 但是通过阅读本文，我认为作者强调的问题之一是，狭义上的遗传力h之间经常存在混淆。²，以及广义上的遗传力H²。 H² 造成加性遗传变异。 作者似乎在说，您可能必须从广义上着眼于遗传力。 他们说：“广义遗传力H² 衡量基因的全部贡献... H² 是临床风险评估的相关量，因为它可以衡量我们根据基因型预测表型的最终能力。”

我已经表征 GeneWatch之前曾是“遗传创造论者”，这是因为它们的陈述不实和夸张。 仔细阅读这篇文章似乎根本不符合他们的议程，尽管这确实暗示了将基因型映射到表型的尝试将很困难。 让我跳到本文的结论：

最后，尽管我们将重点放在了这里，但我们认为，对遗漏遗传力的担忧不应分散医学遗传学的基本目标。 人类遗传学研究旨在发现与共有性状相关的变异，应首先被视为模型生物中突变狩猎的类似物，其主要目的是确定潜在的途径和过程。 关键重点应该是研究迄今为止发现的变体的生物学作用。 众所周知，人类中一个变体解释的表型变异比例是该基因对于生物学或医学重要性的非常差的预测因子。 [一个经典的例子是编码HMGCoA还原酶的基因，该基因只能解释胆固醇水平变化的一小部分，但却是降低胆固醇药物的有力靶标（1）。]最终，生物医学研究的最重要目标不是解释遗传力。 （即预测个性化的患者风险）但要了解疾病的潜在途径，并利用这些知识来制定治疗和预防策略。

您可以在PNAS上阅读全文，它是开放的。 但是实际上您必须阅读补充资料，而我仅阅读了其中的几部分。 我相信吗？ 我认为该模型可行。 坦率地说，我想检查一下确认，并且在那里列出的人们使我充满信心，即使您自己不计算方程式，此处的理论也是合理的。 但这是凭经验吗？ 完全是另一个问题。 作者指出，不久将有后续文件。 我会好奇的是，不同特质在相互作用效果上的差异程度。 附表使我们有品味。 您会看到单卵双卵和双卵双卵的相关性。 在加性模型中，第三行应为〜0。查看出生体重和投票行为，并将其与身高和智商进行对比。

Citaion： 缺失遗传力的奥秘：遗传相互作用会产生幻影遗传力， DOI：10.1073 / pnas.1119675109

当您谈论变化时，问题变得更加棘手 跨社会。 这是一个简单而又复杂的问题。 一方面，我们知道随着时间的流逝，随着营养的改善，世界各地的人们越来越高。 鲜为人知的是 过去的几个世纪以来，人口一直在减少 自上一次冰河末期距今约20,000年以来。 为什么？ 人们可能会提出许多原因，包括遗传和环境原因，但这确实使我们指出了一个事实，那就是身高故事并非单调。 就是说，它并没有朝着一个方向发展，也没有一种简单的尺寸能适合所有答案。

但这只是时间的维度。 空间如何？ 问题 不同的种群对身高的最终遗传潜能是否存在差异 是有争议的。 然而，在极端情况下似乎是合理的 各个群体之间的基因频率存在真正的差异，这将说明它们在特征值上的不同分布。 对于以中位数身高较低（通常被称为“侏儒”）为特征的非常多的人群而言，这尤其有趣。 特别值得注意的是中非the格米人，他们与他们的班图人和尼罗河人邻居处于文化共生的状态，采用他们的语言，但仍然与众不同。

这些人口的身高中位数非常低，但显然不是矮人（他们是成比例的）。 值得庆幸的是，至少 现在，非洲the格米人的种群遗传学相对得到了很好的理解。 似乎西方和东部的y格米人是非常不同的族群，它们的共同血统也许在过去几万年的数量级上。 毫不奇怪，the格米人群体与非non格米人邻居之间的遗传距离非常大。 西方P格米人倾向于显示出与班图人邻居混合的证据，而不是东方人（我怀疑这是由于班图斯在该地区居住时间更长）。 但对我来说，最难解决的问题是，中非the格米人在遗传上似乎比其班图人或尼罗河人更接近南部非洲的科伊桑人！ 我认为，这是非洲境内一个古老的狩猎-采集者连续体的证据，由于最近班图族农民和尼罗河牧民的扩张，该边际被边缘化和覆盖。

无论如何，这与身高的遗传学有什么关系？ 中的新论文 美国体质人类学杂志 结合人口遗传学和定量遗传学的基本逻辑假设得出的推论，以推断P格米人和非P格米人之间的身高差异实际上很可能是由于遗传差异。 非洲P格米人身材矮小的遗传测定的间接证据:

中非P格米人人口是全世界最短的人口。 已经提出了许多进化假说来解释这种矮小的身形：适应食物限制，气候，森林密度或高死亡率。 但是，由于缺乏长期的调查和人口统计数据，很难对这些假设进行检验。 如今，非洲determined格米人与非Non格米人相比，身材矮小是由遗传因素决定的，这一点仍然未知。 在这里，我们研究了一个独特的大型新人体测量数据集，该数据集包含来自1,000个中非y格米人和附近的非-格米人的10多人，这些人是根据文化标准而不是身高进行分类的。 我们表明，气候或森林密度可能不会在现有P格米人和非P格米人之间的成年身材差异中起主要作用，而不会排除这种因素在过去起着重要的进化作用的假设。 此外， 我们分析了213个个体的子集中身材与中性遗传变异之间的关系，发现the格米人的身材与非Non格米人基因库的遗传相似性水平显着正相关 对于男人和女人。 总体而言，我们表明与邻近的非侏儒症表现出高水平遗传混合的侏儒个体可能更高。 这些结果首次表明，中非P格米人和非-格米人之间发现的主要身材形态差异可能是由遗传因素决定的。

首先，P格米人和非P格米人之间成年人身高的差异是否存在合理的生理原因？ 作者回顾了相关证据：

内分泌学家描述了非洲P格米人矮小身材的生理决定： 胰岛素样生长因子1（IGF1）和生长激素结合蛋白（GHBP）的血清水平异常低，而生长激素（GH）和IGF2的水平与非侏儒对照组没有差异…在这种情况下，梅里米（Merimee）提出，非洲P格米人的矮小可能归因于青春期期间没有生长突增，而在y格米人格中牵涉的遗传因素应在GH-IGF1轴上找到…最近的基因表达研究进一步表明，在成年非洲y格米人中，GH的轻度低表达（1.8倍）和GH受体的大幅度低表达（8倍），在非-格米人中没有发现讲班图语的人…但是，唯一专门研究P格米人身材的遗传研究未能在两个非洲P格米人和非-格米人之间发现编码IGF1的基因的启动子区域的等位基因频率差异……在这种情况下，whether格米人是否身材矮小完全是由于个体在生长过程中经历的环境压力（即表型可塑性），或者是由于复杂的遗传机制，尚待证明。

我认为，IGF可以存在于肉和牛奶中，因此有合理的饮食原因可以使人想象到这种差异。 就已知影响身高的基因之间的差异而言 中 人群 横过 人口，根本就没有很多已知的基因可以解释人口差异之间的巨大差异。 更不用说当前的许多研究都使用了欧洲人口，因此很可能会产生确定性偏见，而这种偏见可能会遗漏许多非洲人口中常见的差异。

本文的基本方法不太难理解：

1）使用STRUCTURE，该程序可为个人分配不同的祖先量子。

2）并比较整个群体中特定的侏儒模态量子的变化与高度变化。

P格米人基因组中是否有许多影响较小的遗传变异，导致它们的成年中位数身高相对较低 那么通过混合产生的矮小基因组矮矮胖胖的矮矮胖矮胖矮胖矮胖的矮矮胖胖的，矮矮胖胖的非矮矮胖胖的矮矮胖胖矮矮胖胖的矮矮胖胖矮矮胖胖的矮矮胖胖的矮矮胖胖。 假设是，如果由于社会差异而对身高产生强烈的环境影响，则两者之间的脱节 遗传同一性 和 人类学认同 将提供信息。 例如，如果P格米人由于其作为边缘化P格米人的共同身份而处于特别的压力之下或被剥夺了特定的营养摄入，那么与非P格米人不同的混合水平就不会有多大作用（反之亦然）。

为了达到显着性目的，有很多统计数据（p值> 0.05）。 例如，我真的不了解分解男性和女性的意义。 只需将其转换为偏离性别中位数的标准差单位即可！ 但是无论如何，下面的两个面板很好地说明了主要的相关性。 y格米人为红色，非-格米人为蓝色：

y轴简单明了，高度很高。 您可以看到他们样本中的y格米人平均较短。 x轴是 从STRUCTURE推断出的祖先成分，通常在非y格米人中发现。 您可以看到，非expected格米人比expected格米人拥有更多的这种情况，但是即使在此图中，evident格米人中非-格米人血统和身高之间的相关性也很明显。 相反，在非P格米人中，P格米人的血统与较低的成年身高相关。

作为一个单独的结果，这个特殊的发现并不太令人震惊。 如果有一个人口由于遗传因素而短缺，我怀疑一个人将不得不押注中非the格米人。 正如论文中所指出的，在其他狩猎者-采集者热带种群中发现类侏儒形态。 这可能不是人类的祖先类型，但是由于遗传或环境因素，它在我们的历史中反复出现。 全局是 可以使用相同的一般步骤来探讨许多数量性状在群体之间遗传配置的差异。 随着即将来临的廉价基因分型和测序的时代，我相信它将会完成。 一个勇敢的研究人员在新世界中有很多混合人口可供选择。 在巴西，有被社会认同和自我认同为白人的人，其欧洲血统要比被社会认同和自我认同为非白人的人低。 比较 社交、 和 遗传 非洲和欧洲祖先捐赠的价 医生 和 心理 这些种类的种群的数量特征将在未来引起人们的极大兴趣。

链接功劳： 二烯

引文： Becker NS，Verdu P，Froment A，Le Bomin S，Pagezy H，Bahuchet S和Heyer E（2011）。 非洲P格米人身材矮小的遗传测定的间接证据。 美国身体人类学杂志PMID： 21541921