引文： 自闭症谱系障碍四重奏家族的全基因组测序

以上是从补充 自闭症谱系障碍四重奏家族的全基因组测序。 您可以在下面阅读有关研究的信息 纽约时报。 我只是想强调上面的散点图，尤其是图A，是为了反对亲年长者对年长的父亲的警惕。

引文： Recent evolution of the mutation rate and spectrum in Europeans, Kelley Harris doi: 10.1101/010314

上图来自预印本， 欧洲人突变率和光谱的最新发展，它报告了来自 1000个基因组 数据。 实际上，大约在一年半前的一次海湾地区人口基因组学会议上，我对顶峰发现进行了预览，但是许多细节对我来说却是新的。 如摘要中所述，“针对过渡5'-TCC-3'→5'-TTC-3'，丰富了欧洲私有版本。” 这里的含义是 不同的人口变异不同。 预印本将这一观点放在一个更广泛的背景上，即一段时间以来，由谱系和全基因组测序推断出的不同突变率与物种差异的系统发育模型之间存在冲突。 此时，无需考虑技术细节。 相反，我们只需添加一下 西伯利亚古代基因组论文 确认了这种差异，并强烈支持本预印本中的论点 猿类谱系中的突变率可能会发生变化，这对不变分子钟的有效性提出了质疑。

坦白地说，我相信哈里斯对她在这里看到的模式是正确的。 她一直在查看这些数据已有几年了，因此，如果这里有任何统计伪像，我相信她，她的顾问或同事都会抓住它。 但是，尝试将有关突变谱差异与人口史差异的这些结果整合在一起存在一些问题。 其中一些指出 注释 在bioRxiv。 除了早期的欧洲农民（EEF）对东欧农民的简单语义融合外，还尝试表明减少了欧洲农民的富裕程度。 北方 欧洲是北欧祖先（ANE）混合物的功能，通过指出芬兰人的案例，其说服力降低了，芬兰人是已知具有次要东亚混合物的芬兰人，该混合物是最近从西伯利亚运来的。 我认为当您看到另一个问题“因为东亚人与ANE的共同祖先比西方欧亚人的共同祖先”时，这不是问题。 我认为这不是主流观点。 相反，最好将ANE和西欧亚人建模为与东欧亚人有着深厚共同血统的独特分支。 看 图3 拉扎里迪斯（Lazaridis）等人。 这里的混乱很重要，因为 提出的论点似乎像现代东亚人一样，ANE缺乏特定突变类的丰富。 如果两者与西欧亚人组成一个集团，这是有根据的推测，但事实并非如此。

这使我们想到了何时以及为什么欧洲人的祖先开始表现出这种特殊的突变模式。 碰巧的是，结果表明，即使没有芬兰样品，也存在朝着后者的富集的南北梯度。 这将支持一个模型，其中ANE混合料从最初的较高比例减少了。 那就意味着，这种变化可能发生在20至30万年前，当时我们假设西欧亚大陆的祖先和北欧亚祖先之间的分歧。 但这不是唯一的选择。 EFF祖先的一个元素是基础欧亚大陆，它恰好与西欧亚大陆，ANE和东亚欧亚大陆等距。 换句话说，在大约60万年前的主要非洲以外事件发生之前，基础欧亚人可能与所有这些人群分离。 如果突变谱偏差源自基础欧亚大陆，那么随着欧洲人北移，该梯度可能是欧洲EEF祖先减少的一个函数。 看一下芬兰和意大利样本之间的差异，我认为情况并非如此，差异太小了。 欧洲的EEF比例差异很大。 因此，ANE稀释模型实际上似乎更合理。

但是还有最后一个元素需要探索。 为什么首先要进行浓缩？ 事实证明，这种突变在黑色素瘤中非常普遍。 我特别感兴趣的是：“已知叶酸缺乏会引起DNA损伤，包括尿嘧啶
掺入错误和双链断裂，在某些情况下会导致先天缺陷和男性生育能力下降。” 当浅色皮肤的人暴露在阳光下时，可能会发生叶酸缺乏。 令我吃惊的是，与北欧人相比，南欧人与北欧人相比，这些特定转变的突变负荷更高，可能只是因为它们处于阳光普照的气候中。 我们知道 欧洲人最近皮肤变得更加轻盈，因此我们看到的突变范围可能是由于最近的因素所致。 没有人具体知道为什么欧洲人最近皮肤变得很白皙，但是这些突变可能只是这种表型变化的副作用，这种变化是由强大的选择力驱动的。

引文： 欧洲人凯利·哈里斯（Kelley Harris）的突变率和突变谱的最新发展 http://dx.doi.org/10.1101/010314

附录： 如果这1000个基因组中至少有一个中东人口，那真是太好了。

信用： 坎贝尔（Campbell），卡塔琳娜（Catarina D.）和埃文·埃希勒（Evan E.Eichler）。 “人类种系突变的特性和发生率。” 遗传学趋势（2013年）。

我们生活在一个伟大的时代。直到最近，人口遗传学中的关键参数（例如突变率）仍必须被推断和假定，尽管它们是进行更复杂推断的基础。 现在，对于人类（人类仅仅是个开始！），我们推断出的大部分内容都将以更直接的方式进行评估。 卡特琳娜·坎贝尔（Caterina Campbell）和埃文·艾希勒（Even Eichler）在 遗传学趋势 它将对目前的领域进行调查， 人类种系突变的特性和发生率。 请注意，使用血统书分析低位10的突变率有一个粗略的收敛^-8 范围。 另外，似乎确实有不成比例的新突变通过精子通过父系传承。 这应该会增加我们对年长父亲的适度担忧（这在片中重申了一些警告）。 最后，作者认为这些结果是 地板 对于突变率，部分是由于与推断出的“进化率”更高的长期冲突。 这很重要，因为要推断谱系之间的最后一个共同祖先，突变率的值显然很关键。

到现在为止你可能已经读过 纽约时报或 在 博客，约 新论文 in 自然 它报告了年长父亲携带更多孩子的经验趋势 从头 突变。 你真正需要的只是这个数字：