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F2。大伊拉姆03
在我空闲的时候,我一直在阅读 斯科特·巴克(R.Scott Bakker) 大考验,因为我需要休息一下 刚果:民族史诗史 (我在一次大战前停下了脚步)。 您可能会猜到后者 不是一件“感觉不错”的工作。 坦率地说, 大考验 改变步伐可能不是减轻心情的最佳选择。 这是我遇到过的幻想类型中最黑暗且具有哲学纹理的例子之一,但是鉴于巴克尔(Bakker)的先前作品以及他作为学术哲学家的背景,这不足为奇。 尽管该系列没有像乔治·RR·马丁(George RR Martin)那样沉迷于图形和视觉上丰富的死亡和血腥描述 冰与火之歌,这更令人困扰和恐惧。 如果马丁用灰色调处理,从乔恩·斯诺的光彩夺目到拉姆齐·博尔顿的黑朽烂,巴克的角色似乎都被色彩的空白所吞噬。 不道德而不是不道德。

马丁(Martin)擅长创作色彩鲜明的生动人物,在充满狂热和动感的世界中活动(至少直到第三本书时,情节相对较快)。 相比之下,巴克的作图和刻画都逊色,但这部分是因为他为更广泛的哲学和道德框架留出了更多空间,而哲学和道德框架则笼罩在整个叙事中。 戈尔古特拉斯井长井 比起在Bakker迄今为止的五本书中沿历史潮流席卷而来的各种主角,对我来说,更令人难忘,还活在我的想象中。

斯科特·巴克(R. Scott Bakker)擅长的领域以及在我看来他与托尔金(Tolkien)竞争的地方,是一个宇宙规模的世界,并经过深思熟虑 神话 为了他的人性 中学世界。 巴克(Bakker)的远见卓著,穿越人类的青铜时代到大约4,000年的中世纪。 叙事行动中的主要参与者是来自以下三个方面的人: 男人的种族,总共有五个,其历史可以追溯到称为“ 打破大门,因为人类涌入了他们所居住的大陆的西部,并进行了种族灭绝运动 农人 和他们的奴隶阶级 埃瓦马.

我为什么要用幻想小说系列的叙事来吸引你? 因为来自古代DNA的最新结果和人类史前历史的遗传推论表明,史诗般的幻想的“虚构”叙述实际上可能是全新世之后人类形成的合适模型。 我的一个朋友半开玩笑地说,人类过去200,000万年的历史与古代人口结构的崩溃有关。 在幻想小说中,主要人物本身通常就是这种破碎的人口结构的典范。 就像“半血统”一样。

作为一种原始的,具有前瞻性的流派,幻想消除了对自由主义个人主义道德框架的需求,因为历史相对主义使我们能够“代替”主角,他们的动机和关注点与现代人有着深远的异同,尽管常常带有同情心和强烈的同情心。当代的转折。 乔恩·斯诺(Jon Snow)的一生在很大程度上是由他尽管表现拙劣而需要证明自己来激发的。 今天的具体动机今天很难理解,因为合法性没有历史上的法律或规范特权,但是为自己找到位置的一般需要是我们可以同情的。 斯诺(Snow)在一个由高贵的房屋和交战的政治机构(按地区和语言划分)的世界中的处境,这是大多数现代人都不满意的情况,但他不是渴望推翻旧政权的革命者。 相反,他可能会在维护和永续发展中发挥重要作用。

阿卡德的萨尔贡 在静态和等级世界的背景下,个人从谦虚的位置迅速崛起并不是世界历史范围内的畸变。 萨尔贡大帝,第一个有记录的皇帝,其统治范围横跨多个政体,来自卑微的背景。 吉尔伽美什(Gilgamesh),一个贵族家庭的接班人可能是半神话,但萨贡(Sargon)是一个真实的人。 在历史的边缘,却是一个真实的人。 在一个由团体身份,亲和力和隶属关系定义的公司实体世界中,他的成功是通过选择拥有超过1,000年历史的城市国家体系而实现的。

萨贡的世界是我们只隐约知道的轮廓。 腔隙有很多,尤其是其中的起源。 苏美尔 在萨贡的阿卡德人中扮演文化祖先角色的人们。 苏美尔人的起源是语言上的孤立,至今仍未解开谜团。 苏美尔文化霸权的终结部分是由于 古田人,来自当今库尔德斯坦丘陵的人们,以及与 埃兰,来自现代Khuzistan。
埃兰图古田人在语言上的亲和力未知,而埃兰人与苏美尔人一样,似乎是语言孤立的一部分。

这种无知很大程度上与扫盲在历史上的重要性有关。 我们对Elam的了解通常是通过美索不达米亚的视角。 苏美尔人和阿卡德人,再后来的巴比伦尼亚人和亚述人,都把埃兰视为最大的敌人,波斯成了罗马的敌人。 古田人是从美索不达米亚东部山区开始的部落联盟,因此没有真正的土著文化传统。 他们似乎甚至没有足够独特的考古传统来追踪其迁徙。

F4。大 没有文字和材料,那又会把我们留在哪里呢? 显然,我们有一个新方法: 古代DNA。 使用这种方法,可以通过查看遗传变异的模式来推断人口变化。 当今对我们“神秘”的各个民族与现代人口之间的遗传关系将为我们提供深刻的见解。 我预测,当伊朗伊斯兰共和国取得第一个成果时,它将与巴基斯坦南部的人民,尤其是Bal路支和布拉威族人民,以及与印度的更广泛联系有着强烈的亲和力,超出预期的局部连续性。

上个月 科学 在我上面讨论的几千年之前,发表了一篇有关古代伊朗基因组的新论文, 东部新月沃地的新石器时代早期基因组。 它是开放式访问,因此您可以自己阅读,我鼓励您这样做。

是什么使本文不同于 之前发生了什么? 两件事情。 首先是次要的:更好的采样。 特别是,它们具有更好的区域抽样。 例如, 伊朗琐罗亚斯德教徒 (该链接具有plink格式文件)。 其次,更重要的是 他们至少有一个样本的覆盖率是其10倍以上。 这意味着他们可以使用 基于单倍型的方法 并更好地呼吁基因型。 在补充资料中它的用途要广泛得多,但是由于可以访问更高质量的全基因组数据,因此与早期论文相比,作者更讨论了这些种群的功能特征。 从特定基因座推断功能时,您需要比在整个基因组中更自信。

系统发育部分加强了早期工作的论点:建立农业的两个大部落把农业带到了北非,以及西欧和南欧亚大陆。 尽管“文明的摇篮”经常出现在河流景观中,但农业革命始于近东的高地,后来演变为死水。 只有在这里原始的旱地农业才能在干燥的土地上扎根。 这就是“打破大门”。

似乎有两个主要阶段。 第一阶段是扩张性的。 西方农民被赶往欧洲和北非。 东部农民向南亚和中亚进发。 但是,请看一下伊朗人在PCA中的位置以及伊朗内部的亲和力。 现代伊朗人向西转移的程度比您从完美连续性中所期望的要大得多。 此外,人口对西方农民与东方农民的单倍亲和力表明,与来自巴基斯坦,尤其是该国西南部的Bal路支和马克兰尼的讲伊朗话的人相比,今天的伊朗人对西方农民的亲和力更高。 这是因为存在第二个阶段:从西方回流到伊朗,反之亦然,大争夺战消除了大分裂。

在最初的扩展阶段,风格化模型可能与任何模型一样好。 这个世界由猎人和采集者主导,他们的社会政治扩展和组织能力很小。 农民可能很早就开始组织领地,他们的生活方式在某种程度上处于矛头。 狩猎采集者逃亡,或被迅速吸收为下属,失去了他们的文化特色。 但是,酋长国之后的下一个阶段是更为复杂的安排,这可能会超越部落的忠诚度,尤其是当一个部落跨越整个大陆时。

仔细观察地图可以发现,Bal路支人和撒丁岛人对这两个古代民族的亲和力比当今占领中东的许多民族更为亲密。 为什么? 主要是因为它们的独特之处在于在新石器时代之后较少受到回流迁移的影响。 而且,如果您看一下欧洲和南亚,您会发现,印欧语系还通过调解这些部落的基因流向其他传统占主导地位的地区而在这些地区留下了印记。 北欧对西方农民的偏见要小于南欧。 在南亚地区,对东部农民最偏颇的偏见是the路支(Baloch),他们恰好与非印度裔欧洲人共同居住在该地区, 婆罗辉。 这些Dravidian演讲者基本上是 区分 来自the路支。 在其他群体中, 毗湿婆罗门 偏向东方农民。 相反, 蒂瓦里,北印度婆罗门,更加平衡。 我相信这是因为印度-雅利安人从草原带走了西方农民的祖先。

我不想再讨论系统发育方面的问题,而是要转到功能方面的考虑。 看来古老的东方农民并没有我们与农民联系在一起的许多适应措施。 这是完全合乎逻辑的。 我们的大部分遗传特征是文化变革的产物,而不是文化变化是我们遗传特征的产物。 零假设应该是刚刚从事农业的狩猎采集者基本上就像适应新生活方式的狩猎采集者。

但是色素沉着遗传学有一些有趣的元素,我对此相当了解。 本文的结果表明, SLC24A5,我们知道,影响最大的色素沉着等位基因位于这些农民中。 这不足为奇。 它也以高频率隔离在西方农民中。 在白种人的狩猎采集者中,甚至在中石器时代的瑞典的狩猎采集者中。 但是,在西欧的狩猎采集者中发现的很少。 今天,它在派生版本中在欧洲已完全修复。 奇怪的是,作者提到 SLC45A2,另一种亮白皮肤的等位基因,在欧洲更为集中,已发现在新石器时代的爱琴海中分离。 因此,可能是西方和东方农民引入了两个主要的亮肤等位基因。 最后,众所周知的等位基因在欧洲人中会产生蓝眼睛,在欧洲中石器时代的猎人-采集者中频发, 还发现在WC1中存在隔离。 WC1是他们古代数据中质量最高的基因组,因此这似乎是一个推断。

我认为这告诉我们的是,长时间以来,亮白等位基因一直以明显的频率分离。 他们有很深的历史。 周期性地,特定的单倍型成为选择的目标,并且发生扫描。 就我个人而言,我越来越倾向于这样的假设,即功能和特性的多样性是该选择的目标,而表型通常是副作用。 更令我着迷的是,与撒丁岛人和Bal路支人一样独特的人民实际上在外观上并没有太大的不同。 巨大的回流甚至影响了它们,也许随之而来的是等位基因,这些等位基因被选出并从大西洋到印度河产生了相对统一的表型?

以前对历史和史前时代的理解大多是由对进步和变革的平庸和刻板的观念推动的。 人口扩散的支持者想象到无国籍的村民往外推。 扩散主义者认为技术和材料会沿着贸易路线流动。 没有大的破坏,而是有发展和连续性。

那不是古代DNA告诉我们的。 在另一种情况下,我提到ISIS之所以吸引一些人,是因为ISIS “英雄”叙事。 同样,现代人类的起源可能比我们想象的更为英勇。 我们是在澳大利亚过境的人类的后代。 最终进入新世界的人类后裔。 接近史前史的动荡和动荡会不会让人感到惊讶?

 
• 类别: 创办缘起 •标签: 史前 

约瑟夫·皮克雷尔博士更新了他的预印本, 南部非洲的遗传史前史,其中有关Sandawe的更多资料。 我已经探索了 桑达威 有点使用ADMIXTURE,所以我直接跳到了 滚下:

…为了进一步研究这一点,我们转向了ROLLOFF。 我们使用Dinka和French作为混合人口的代表(因为日期估计值对于不正确指定的参考人口是可靠的)。 结果显示在补充图S22中。 两种种群都显示出可检测到的曲线,尽管Sandawe中的信号比Hadza中的信号强得多。 Hadza的隐含日期是89代(2500年),而Sandawe的隐含日期是66代(2000年)。 这些信号在质量上与Pagani等人[65]相似。 在埃塞俄比亚人口中。 有两种可能的历史情景可能导致这些信号:Hadza和Sandawe都直接与大约2,000年前的欧亚西部人口混合在一起,或者它们与本身又与欧亚西部人口混合在一起的东非人口混合在一起。 后一种可能性将与已知的向桑达威[16]混合的东非混合物一致。

 

帕加尼等。 指论文 埃塞俄比亚的遗传多样性揭示了语言分层和对埃塞俄比亚基因库的复杂影响,这表明非洲之角的西欧亚非裔人口起源可追溯到3,000年。BP让我们在这里待一会儿。 第一的, 看起来像印度次大陆的人口 在全新世形成。 其次,似乎 欧洲的遗传基础受到了重大破坏 自上次冰河时代结束以来。 最重要的结果是,大部分欧洲血统,具有西南偏东北的血统,可能是东欧亚血统的起源。 但我认为,在欧洲史前时期内,西欧亚群体接连被替换的可能性同样重要。 存在后者的遗传信号,但更难分开,因为系统发育树的这些分支具有较新的共同祖先,并且没有那么分化。 第三, 在历史时期 我们已经看到欧亚大陆中心地区发生了大规模的改组,因为伊朗的人口已经放弃了突厥人。 第四,有大量的间接证据表明,整个内格里托集团的东南亚地区都有大量人口替代。 首先是南亚大陆的祖先,然后是南洋人。 最后,现在已经证实了从埃塞俄比亚到坦桑尼亚南部的东非边缘地区大量的遗传更新。

现在我想到的一个问题是 平底船,也许是在现代索马里的一个神秘土地,与古董埃及进行了交易。 从埃及壁画中的描绘来看,尽管它们可能位于非洲,但它们似乎并没有表现出撒哈拉以南非洲的传统外观。 而且,古埃及人显然很熟悉撒哈拉以南非洲人的面貌,因为努比亚人早早出现在壁疣中。 但是这些结果来自 滚下 Pagani等人关于混合时间的推论为我们提供了一种可能的解释: 邦特人是西南亚扩张到东非的野外人,他们的外表很朴实,因为外加剂还没有广泛传播。。 最终,我们将在这里进行准历史。 埃塞俄比亚的人民处在埃及和近东的边缘,但相距甚远,我们没有得到任何证明人类发展过程的文学文献的待遇。

这甚至没有触及班图人的扩张,后者似乎是在西欧亚人第一次入侵东非地区之后发生的。 值得注意的是,桑达威人是科伊桑人和西欧亚人的混合体,而他们的班图人邻居大概都没有这两种元素。 当金字塔在埃及兴起时,这一切都没有发生.

 
• 类别: 创办缘起, 科学 •标签: 基因, 基因组学, 史前 

pc1
合成图

在数十万个人群的500,000个SNP遗传变异研究中,显然我们超出了ABO血液频率列表。 传统的人类没有真正的办法能够辨别相关等位基因频率变化的模式,这些模式指向 之间 在这种标记密度水平上的群体遗传差异。 所以你依靠 技术 可以从数据中提取一般模式,然后以易于理解的格式呈现给您。 但是,人类有一种不幸的倾向,即 技术 具有他们永远不应该拥有的特定权限。

研究博客网站 人类基因的历史和地理 可以说是上一代人最重要的历史遗传学工作。 它肯定已影响了遗传学领域的许多领域,并且由于其大量大量的遗传数据直观显示,它也是遗传学之外的人们了解人类之间系统发育关系的主要来源。 但是,这项伟大的工作从未取得成功的一个方面是利用“合成图”可视化了人群之间遗传变异的组成部分。 这可能是偶然的,几年前发表了一篇论文, 解释空间种群遗传变异的主成分分析,这表明您在上面的地图上看到的渐变可能是工件:

大约30年前,Cavalli-Sforza等人。 率先在人口遗传学中使用主成分分析(PCA),并使用PCA绘制地图,概述了整个大陆地区的人类遗传变异。 他们将这些图中的梯度和波型解释为特定迁移事件的特征。 这些解释一直是有争议的,但是很有影响力,在人口遗传数据分析中,PCA的使用已经变得很普遍。 但是,PCA对显示连续空间变化的遗传数据的行为(例如人类大陆组中可能存在的行为)的特征还不太清楚。 在这里,我们发现,在Cavalli-Sforza等人的地图中观察到的梯度和波类似于正弦数学伪像,这些伪像通常在将PCA应用于空间数据时出现,这暗示这些模式不一定反映特定的迁移事件。 我们的发现有助于对PCA结果进行解释,并建议PCA如何帮助校正关联研究中的连续人群结构。

今年早些时候的一篇论文进一步介绍了早期的工作,并使用了一系列模拟来显示梯度的性质如何变化。 鉴于 最近的事 结果很有趣。 范围扩展和混合的种群遗传模型下的主成分分析:

在一系列极具影响力的出版物中,Cavalli-Sforza及其同事使用主成分(PC)分析来绘制地图,描绘出人类遗传多样性如何在地理空间中变化。 在欧洲,变异的第一个轴心(PC1)被解释为农业的半数扩散模型的证据,在该模型中,农民从大约10,000年前的近东扩张,并以很少或没有杂交的方式取代了当地的狩猎-采集者。 PC映射的这些解释最近受到质疑,因为原始结果可以在空间变化的等位基因频率模型下重现而无需任何扩展。 在这里,我们研究PC映射,以在范围扩展和混合模型下模拟数据。 我们的模拟包括一个新石器时代农民扩张的空间现实模型,并假设农民和当地猎人-采集者种群之间存在不同程度的杂交。 一个重要的结果是,在宽范围的条件下,PC1映射中的梯度沿一个方向定向 垂直 到扩展轴,而不是沿着与扩展轴相同的轴。 我们认为这种令人惊讶的模式是“等位基因冲浪”现象的结果,这种现象产生了高等位基因频率差异的区段,这些区段与扩展方向垂直对齐。

第一个图显示了他们执行模拟的通用框架:

驾驶室1

您有一个由全欧洲的人口,人口单位组成的格子。 他们调制了人口增长(r),承载力(C)和迁移(m)等参数。 此外,它们具有从西南或东南扩张的各种情况,以及一个接一个的两次扩张,以模仿冰河时代之后的旧石器时代的欧洲人口重新聚集,以及后来被新石器时代的群体取代的情况。 他们调节了从旧石器时代到新石器时代的基因的混合和渗入,因此您拥有了一个完整的范围,其中最终的欧洲人大多是新石器时代的或主要是旧石器时代的。

以下是一些显示结果的图:

[nggallery ID = 25]

Allesur如您所见,奇怪的是,在某些模型中,合成地图坡度相对于人口膨胀轴旋转了90度! 在这方面,著名的合成地图显示了新石器时代的扩张可能是伊比利亚的扩张。 也许是后冰河时代南部避难所的辐射?

一种解释可能是在人口“前进波”上进行“等位基因冲浪”。 基本上,随着人口的迅速增长,随机因素(例如随机遗传漂移和瓶颈)可能会沿着人口波前的边缘产生多样化。 其原因是这些迅速扩张的种群从连续的瓶颈和人口膨胀中爆发出来,这将在沿扩张边缘冒泡的许多差异化种群之间产生遗传差异。 在祖先群体中频率较低的等位基因可以在前进的人口统计波的边缘“固定”在后代群体中。 这或多或少地解释了这一点 一组 去年给出的R1b1b2在西欧非常高的频率。 以此,他们推翻了R1b1b2是旧石器时代标记的经典假设,并建议它是新石器时代的标记。

这是他们从论文得出的结论:

先前的研究表明,在PCA中观察到的原始模式可能未反映任何扩展事件(Novembre和Stephens 2008)。 在这里,我们发现在非常普遍的条件下,由膨胀产生的分子多样性的模式可能与文献中预期的不同。 特别是,我们发现了新石器时代农民从东南扩展而产生从西南到东北的最大分化轴的条件。 这种令人惊讶的结果似乎是由于等位基因冲浪导致扇形区产生垂直于扩展轴的分化。 尽管我们的很多结果可以用冲浪现象来解释,但仍有一些有趣的问题尚待解决。 例如,在旧石器时代居民和新石器时代移民人口之间观察到的相对较低掺混率的相变发生在取决于我们的模拟设置的值上,需要进一步研究以根据所有模型更好地表征该临界值参数。 另一个未解决的问题是要知道为什么PC2映射中通常为我们的模拟设置观察到的模式有时会出现在PC1映射中。 这些无法解释的例子提醒我们,PCA正在总结由于多种因素(祖先的膨胀和混合,持续的有限迁移,生境边界效应以及样品的空间分布)而造成的样品变化模式。 在复杂的模型中,例如我们在欧洲的带有混合剂的扩展模型,可能很难弄清是什么过程导致了任何特定的PCA模式。 我们的研究强调应将PC(和AM)视为探索数据的工具,但根据过去的迁移路线来解释PC和AM地图的逆过程仍然是一项复杂的工作。 对于区分PC和AM映射中观察到的模式的多种解释,使用更明确的人口统计模型进行额外的分析比以往任何时候都更为重要。 我们推测,利用已经经历过冲浪的等位基因签名的方法可能是研究范围扩展的有效方法。

这是什么大图景? 在教科书中 人类进化遗传学 有人断言,与PCA本身相比,合成地图从未变得非常流行。 我认为这是正确的。 但是,原始的合成图谱对于遗传学之外的许多人来说都变得很突出。 他们认为彼得·贝尔伍德的 第一农,并被许多史前史学家(例如科林·伦弗鲁(Colin Renfrew))所给定。 但是对这些种类的依赖 工具 一定不要对现实视而不见,即您在对具体现实的理解和理解之间放置的抽象层越多,您就越有可能被古怪的方法和偏见所误导。

在这种情况下,我确实认为一阶直觉会告诉我们,显示PC的合成地图将根据人口统计脉冲显示坡度。 然而,这种直觉可能并不正确,并且随着过去现代正统观念在过去一代人中从现代人口变异模式推论中得到推翻,我们应该非常谨慎。

引文: OlivierFrançois,Mathias Currat,Nicolas Ray,Eunjung Han,Laurent Excoffier和John Novembre(2010)。 人口遗传学下的主成分分析
范围扩展和混合摩尔生物进化模型

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”