我很高兴看到我的同事奥马尔(Omar)在过去一年中将重点放在预印本上, RAD Capture(Rapture):基于序列的灵活高效的基因分型:
大规模并行测序已彻底改变了生物学的许多领域,但是对许多个体中的大量DNA进行测序是成本高昂的,并且对于许多研究而言都是不必要的。 减少基因组复杂性的技术,例如基于序列捕获和基于限制酶的方法,可以使每单位成本分析更多的个体。 尽管有其实用性,但当前的降低复杂度的方法仍存在局限性,尤其是在分析大量个人时。 在这里,我们开发了一个大大改进的限制性酶切位点相关的DNA(RAD)测序方案,以及一种称为Rapture(RAD捕获)的新组合方法。 通过将RAD标签隔离和测序文库制备分为两个不同的步骤,新的RAD协议提高了多功能性。 该协议还可以恢复更多独特的(非克隆)RAD片段,并为标准RAD和Rapture分析提供更好的数据。 然后,Rapture使用选定的RAD标签的溶液内捕获将测序读段靶向所需的基因座。 Rapture结合了RAD和序列捕获的优点,即对许多个体而言非常便宜且快速的文库制备,以及在分析的基因组位点的数量和位置方面具有很高的特异性。 我们的结果表明,Rapture是一种快速而灵活的技术,能够以最少的测序和文库制备成本分析大量个体。 此处介绍的方法应提高农业,环境和医学等许多领域的遗传分析效率。
这与方法有关,但也有一些有趣的鱼类基因组学结果。 明年左右会有更多。 我们不能全都是人类或模型生物生物学家,所以这对于从事生态,保护以及更广泛的非模型环境的研究人员来说是极好的。 对于许多此类工作以及人口基因组研究,您不需要医学级的30%全基因组覆盖范围。 话虽如此,这是将要修订和提交的预印本,我建议奥马尔删除有关医疗用途的内容。 在这个领域,他们将以覆盖范围和最佳技术杀死他们,而不是最具成本效益的技术。