这两个Negrito团体的区别非常明显。 但是，更明显的是两个推断聚类之间的Fst值。

	NE亚洲	内格里托	苗族	美拉尼西亚	亚洲人	内格里托	南亚	南岛
NE亚洲	0	0.101	0.046	0.099	0.095	0.098	0.07	0.045
菲律宾Negrito	0.101	0	0.11	0.105	0.113	0.124	0.108	0.096
苗族	0.046	0.11	0	0.108	0.107	0.099	0.072	0.058
美拉尼西亚	0.099	0.105	0.108	0	0.099	0.113	0.104	0.1
亚洲人	0.095	0.113	0.107	0.099	0	0.104	0.103	0.108
马来西亚Negrito	0.098	0.124	0.099	0.113	0.104	0	0.086	0.098
南亚	0.07	0.108	0.072	0.104	0.103	0.086	0	0.062
南岛	0.045	0.096	0.058	0.1	0.108	0.098	0.062	0

这里明显的是 两个推断种群之间最大的遗传距离是在马来西亚和菲律宾内格里托群之间！ 让我们对关系进行一些可视化：

观察到菲律宾的Negrito集群倾向于与南斯拉夫的人有亲戚关系，而马来西亚的Negrito集群则对南亚人有一个亲和力。 您可以从不同的部落中得知，在前一种情况下，与南洋人混合在一起，但马来西亚的Negritos呢？ （谁是济海人， 宪水 这是单个条形图：

在这个人口中有大量的亚洲-亚洲混合气。 之前我们已经看到ADMIXTURE的推断人群群只是一个 粗暴 过去存在的实际人口的指南。 现实情况是，人类的历史一直以人口的反复裂变和融合为特征，因此所有ADMIXTURE群集都将根据您使用的时间顺序组合在一起。 马来西亚和菲律宾Negrito集群与地理上接近的集群之间的亲和力向我表明，他们在告诉我们有关古老混合事件的信息，这些事件已重新组合成一个新的复合种群自然不属于该算法的地步。 可能是在台湾之后，菲律宾是原始南朝鲜人的第一个主要登陆地，因此它们可能在很早的时候就对Negritos产生了重大影响。 即使使用ADMIXTURE，大多数Negrito部落也已经清楚了这一点。 对于马来西亚的Negritos来说，混合不是那么极端，但是他们说一种南亚语的事实表明了杂交。

我还进行了一些主要成分分析。 基本上每个维度代表遗传数据集中的独立变化轴。 变化的第一个组成部分显然是东亚的ins欧亚大陆。 请注意，它是第二维的5倍。 我强调了两个Negrito人口。 观察到它们通常没有表现出特别的亲密关系：

那么这个故事的寓意是什么？ 不要凭封面判断一本书！ 直到最后一个冰河时代结束〜12,000年前，水域上升为止，欧亚大陆的东南部地区，再到大洋洲，都没有那么零散。 从地理上看，您拥有今天的马来西亚和印度尼西亚西部的圣达兰州。 东部有萨胡尔（Sahul），它将澳大利亚和新几内亚合并在一起。 20世纪，身体人类学家向印度扩展，向东南扩展至澳大利亚。 异种种族。 使用ADMIXTURE和PCA 能够 看到冰河时期东南欧种族从印度延伸到澳大利亚的阴影。 因为在澳大利亚和美拉尼西亚以外的地区，阴影很深，或者是很薄的淹没层，或者是残留的部落，例如菲律宾的阿提（Ati）或马来西亚的西曼格（Semang）。

马来西亚Negritos〜1900

但是这些人口有其自己的人口结构和区别。 我敢打赌，马来西亚的Negritos距离Andaman Islanders的Onge更近，而这两个群体是从 西 桑达兰德斯的分支。 菲律宾Negritos来自 东 分支，以及他们与美拉尼西亚人的亲密关系 五月 这是由于两个族群之间存在着长期的基因流动（另一种选择是，两个族群中很老的南洋杉混种都将其非南洋杉混种的等位基因频率移到了更近的位置）。 总的来说，我怀疑过去的大约10,000年与过去有根本的不同，因为农业人口统计学的影响，人口的替代和扩张以前所未有的规模发生。 就遗传多样性而言，其余的Negritos可能只是冰山一角，随着猎人让渡给农民，它们消失了。

图片来源： 马克西米利安·道尔贝克（MaximilianDörrbecker）

至于这些人什么时候登陆，关于这个特定问题有一些争论。 来自澳大利亚的最古老的遗迹， 芒戈曼至今已有70,000万至30,000年的历史。 如果我们选择较旧的日期，那么在非非洲现代人类扩张之后，澳大利亚将几乎立即定居。 如果我们接受较年轻的日期，那么澳大利亚的定居将与欧洲的现代人类最终取代尼安德特人并存。 目前的共识似乎是，芒戈曼可以追溯到目前的大约46,000年。 由于某个地区某物种的某个特定个体的首次约会很可能会怀念没有化石的较早个体，因此澳大利亚似乎是由解剖学上的现代人类在大约46,000年之前定居的，但比这个年代早了一点。日期。 这意味着至少在解剖学上现代的人居住在澳大利亚 比欧洲早一万年前。 一个人对此可能不应该感到惊讶。 非洲以外的人类最初可能是热带适应的，所以横向迁移本来就容易些，但是在澳大利亚，没有人激素竞争者。

但是这些考古学见解与澳大利亚当前的原住民人口有何关系？ 这样的问题充满了政治性，但让我们把它放在一边。 我们知道，澳大利亚并非与世界其他地区完全隔离。 这 澳洲野狗 在过去的4,000年中从东南亚来到这里。 澳大利亚北部的原住民当然熟悉农业的概念，因为他们与 托雷斯海峡岛民，他们是农民和海员，并且与新几内亚有联系（请参阅 冰后）。 一些人类学家，例如 约瑟夫·伯德尔，提出现代原住民是多重迁徙事件的复合体，并且经历了许多演变 原位。 此外，在20世纪初期，受过经典训练的自然人类学专家注意到澳大利亚原住民与印度人民之间在形态上的相似之处，从而形成了 异种种族 （印度人类学家仍在使用的术语）。 正如我之前指出的，从基因上看，南亚和澳大利亚之间的联系似乎 充其量可能是遥远而脆弱的，从我们对单亲标记（已知的遗传变异仅通过母亲或父亲，mtDNA和Y传递）中推断出来。 遗传数据似乎暂时拒绝了伯德尔的模型，并赞成在萨胡尔建立一个单一的原始定居点，并随后进行多样化和孤立（澳大利亚，塔斯马尼亚岛和巴布亚新几内亚仅在大约10,000年前因海平面上升而分开）。

但是，单亲世系只能告诉我们很多。 可以从相对短的mtDNA和Y序列中收集的信息是有限的，并且这些基因谱系受到其自身特定动力的影响。 人类的交配模式不仅表现出性别偏见，而且从进化的角度来看，这些世系的中立性 被质疑。 而且，这些基因座的单倍体性质还意味着有效种群规模很小（即每个人只有一个拷贝，而不是大多数基因的两个拷贝），并且随机波动可能比其他地区更极端。基因组。 一方面，更多的随机变化可能会导致更大的群体差异出现，这可能是有益的，但另一方面，它也可能过快地淹没过去的历史，并导致趋同，而这并不能告诉我们有关系统发育的联系。

这就是为什么发表一篇新的论文来探讨澳大利亚原住民的更广泛的基因组变异模式对于阐明和增加我们的进化历史假设的准确性的重要性，这将对这一种群做出更具体的推论。 由于历史和政治原因，获取数据存在并且曾经存在困难。 但是，既然壁垒已经被突破，我想我们会在不久的将来看到更多。 澳大利亚原住民祖先样本中的全基因组遗传多样性:

在现代人离开非洲之后，澳大利亚可能很快就定居了，但是这种古老移民的细节尚未得到很好的了解。 争论的焦点在于，更新世的Sahul大陆（由新几内亚，澳大利亚和塔斯马尼亚组成）是首先通过一次浪潮定居，然后是向澳大利亚原住民和新几内亚人口（共同出身）地区分化，还是该大陆的不同地区最初独立地填充。 尽管要成功地评估和应用疾病关联作图方法，但了解基因组结构和多样性的区域差异将很重要，但澳大利亚一直是相对较少的DNA研究对象。 我们在来自Riverine地区的参与者样本中报告了澳大利亚原住民SNP多样性的全基因组调查 。 这些澳大利亚原住民与其他全球人口的亲缘关系表明，他们与巴布亚新几内亚人和美拉尼西亚人有着很深的共同渊源，几乎没有证据表明以后会有大量移民，直到欧洲殖民者才刚到来。 这项研究提供了有价值的，有力的洞察力，可以洞悉全球人类殖民化的早期和重要阶段。 为了充分了解非洲大陆独特的人口历史和随之而来的遗传遗产，以及对理解健康问题的重要性，将需要对澳大利亚进行更广泛的调查，包括不同的地理样本人口。

样本由来自以下地区的38位个体组成：30位女性和8位男性 里维纳地区 新南威尔士州。 样本量可能很小，但是对于本文所要提及的粗略问题和相对粗略的问题，它们已经足够了。 考虑到一个美国原住民和一个布什曼的基因组测序可以告诉您，后者的基因多样性可能比前者高得多。 如果您用每个人口中的六个个体构建了一个系统进化树，那么您会发现，从基因上讲，美洲原住民是布什曼的一个子集。 如果您试图区分以下问题，例如“澳大利亚原住民的最后一个共同祖先和爪哇人活到现在已有5,000或50,000年”，那么这是一个足够的样本。 一个更大的问题是样品通过父系血统具有大量的欧洲掺混物。 从我听到的消息中，我们曾试图建立一个更“纯净的”原住民群体，但是最后的后勤工作太困难了。 科学是可能的艺术。

他们使用了将近一百万的Affymetrix芯片 单核苷酸多态性 （3亿个碱基对中），但为了进行此分析，将其进一步过滤掉了。 大多数工作使用了约160,000个SNP的数据集，这些数据集是通过质量控制以及与HapMap3和HGDP SNP集相交而来的。 再次，鉴于提出的粗略问题，大概160,000，大约16,000，就足够了。 请记住，他们正在尝试超越我们从经典常染色体标记物和单亲谱系推断出的范围。 这是朝这个方向迈出的一大步。

左图显示了两个系统发育树（注意事项： 为了便于显示或清晰起见，我可能会重新编辑这些数字。 这些树的效用很明显： 他们向您展示了人口之间的关系。 因此，您将每个给定种群中的所有个体扔进一个锅中，求出它们的遗传特征平均值，然后对它们进行成对计算。 其他组来自 人均国内生产总值 数据集。 他们使用的统计数据是F _st; 基本上是种群间遗传变异的量度。 等位基因（遗传变异）的频率随人群的不同而变化，以及人口中不同个体具有不同基因型的事实，这恰恰是捕获随人口而变化的组成部分的事实。 例如，如果等位基因 x 在两个总体中两个频率都为0.5，则F _st 是0。没有区别。 如果 x 是一个人口中的1个人口，另一个人口中的0个人口，那么F _st = 1.所有变异都在种群之间，因为种群内没有变异。

这些树在视觉上说明了F中的关系 _st 成对人口比较矩阵。 遗传上接近的种群沿着树的长度彼此相距不是很远，而遗传上非常不同的种群彼此的末端距离更远。 但是请记住，在通过已知的筛选器解释它们之前，这些可视化并不一定会以具体的方式告诉我们任何内容。 例如，莫扎比族人（MOZ）位于主要集群之外。 为什么？ 在不了解其历史的情况下，我们可能会认为它们是在早期与原始非洲人隔离的（尽管要注意与树干的最小距离，奇特）。 但是我们知道它们的历史，并且该网络区域中的拓扑结构是混合的结果。 莫扎比人具有大量的近期撒哈拉以南非洲血统。 同样，东亚欧亚大陆簇根附近的两个群体实际上是西方和东方欧亚人口之间相对较新的混合体。 维吾尔 和哈扎拉人。

澳大利亚原住民类似于莫扎比人，维吾尔人和哈扎拉人。 它们在第一个面板中的位置靠近大洋洲星团的根。 这是由于他们大量的欧洲混合物，我们知道他们的口述历史，记录的历史以及许多现代澳大利亚原住民的身体综合本质。 为了生成第二棵树，作者通过减去混合的欧洲成分来重构澳大利亚原住民的等位基因频率。 他们这样做的原因是，他们在HapMap3中拥有西欧的人口，以及他们所知道的这些群体之间的后代人口，以及未知的原住民父母人口。 他们使用“结构”程序简单地执行了代数，即“土著=混合土著-欧洲”（好的，不是“简单地”）。 如您所见，通过使用重构的原住民等位基因频率，树现在将这个组AuR *牢固地放置在大洋洲群集中。

仅靠大洋洲群体本身的聚集就可以向我们提供有力的证据，证明萨乌尔的定居点是一个人口，后来又多样化了，而不是独立的独立群体。 但是，让我们备份一下，然后再来看一下混合方面。 在左侧，您应该熟悉HGDP数据集的PCA图。 每个轴代表遗传变异的独立维度。 对于第一个面板，x轴PC1是非洲人与非非洲人之间的距离。 这是变化的最大维度，它指向非洲以外的事件。 第二个维度似乎或多或少地很好地映射到东西轴上。 请记住，每台PC都是根据其可以独立解释的总遗传变异的比例进行排序的。 有趣的是，PC3和PC4允许将大洋洲和美洲印第安人与其他群体分开。 在按距离隔离和串行瓶颈模型中，这两个群体在传统人类范围的地理边缘上会因其与欧亚群体分离后的历史而具有某些遗传特性，这也就不足为奇了。 这就是为什么 卡拉什 巴基斯坦的一些地区也属于异常地区，这个非穆斯林部落仍被隔离在他们的山谷中，因此积累了自己的遗传特色。

但是请注意，美洲印第安人和大洋洲人在第一小组中的位置是，他们比东亚人更接近西欧亚大陆。 就美洲印第安人而言，长期以来存在这样一种模式，即古老的白令人口向新世界扩展后，其血统就更接近西欧亚大陆了。 今天，在诸如雅库特之类的西伯利亚人中确实如此，但是要使俄国血统与古代的西欧亚大陆基层之间的近渗现象难以区分。

但是掺混物当然也是难题的一部分。 将土著和美洲印第安人的线性拓扑与 非裔美国人。 PCA图将重点放在人口差异之间，因此，这种清晰线性的分布类型表明了两个不同人口之间最近可能的混合。 就分布而言，新世界和澳大利亚的人口相对较少且稀少，因此在这两种情况下都已经大量吸收了欧洲血统就不足为奇了。 个人“外出务工”的孤立案例可能说明了更大的趋势。 2002电影 兔用防具 是现实的一种戏剧化，混合遗产的孩子常常会认同一种文化和父母。 就遗传方式而言，这不是基因与文化之间的非典型分离。 父母双方对常染色体的遗传贡献相同，但文化贡献更多是偶然的事情。

为了进一步探索土著居民中的混合物，作者进行了 罢工 和结构分析。 这两种方法在细节上有所不同，但执行的操作基本相同。 他们采取个体并将其基因组的组成部分分配给K个假定的祖先群体。 因此，K = 2表示2个祖先组，而K = 10表示10个祖先组。这里，我们考虑的是K =5。同样，使用这些方法时要格外小心，因为如果没有上下文，我们可能无法解释结果。 但是在这种情况下，目的是清楚而明确的： 在此澳大利亚原住民样本中，欧洲血统的范围和范围是多少？ 两个 罢工 结构计划在结果上相互平行； 原住民样品的祖先数量变化很大。 巴布亚人和美拉尼西亚人是适当的大洋洲参考。 美拉尼西亚人的剩余成分（从上到下的阴影橙色和黄色）类似于东亚人。 这是 南岛 扩展到太平洋。 巴布亚人和原住民普遍缺乏这一点，考虑到他们与南斯拉夫人的文化隔离程度较高，这是有理由的。

罢工 结构结果与PCA图完美吻合。 两者都表明，原住民是混合的，父母是西欧亚（欧洲）和大洋洲，并且这种混合因人而异。 F _st 也提出了这一建议，尽管是在较粗的人群范围内进行的，并且仅在具有掺混可能性的先验知识的情况下进行。 不仅如此，这些个体的mtDNA和Y染色体结果也以相同的推断比例得出。 回想一下，只有8个雄性，因此Y样本很小。 但是他们计算出约40％的Y血统不是原住民，而近100％的女性是Y血统。 在新世界中，这种混和在混血儿和非裔美国人人群中以及混合人群中很常见。 开普彩色 南非的人口。 从这些单亲标记物推断出的常染色体祖先的比例是关于用其SNP芯片计算得出的，这表明这种性别偏向的混合模式在过去两个世纪中持续存在。 请记住，如果发生了一些更复杂的人口统计信息，我们可能无法从单亲世系中推断出混合。 想象一下，如果新南威尔士州的原住民部落被一个未混合的群体淘汰，那么只有来自该混合群体的雌性得以幸存。 在那次事件之后，mtDNA和Y染色体谱系都将是原住民，但是欧洲血统将保留在常染色体中。

左边是个人到个人祖先量子的估计。 该模式是最常见的值，接近整个种群的总基因组估计值，约为原住民的约2/3。 混合物的变化范围很广。 看起来在这个澳大利亚原住民社区中，这个样本中有20％是欧洲血统的50％或更多。 有趣的是，一个人是约100％原住民。 作者的确指出，他们的估计可能不及原住民祖传量子。 SNP芯片是以欧洲遗传变异为基准构建的，因此在欧洲人具有单态性的基因座上缺少澳大利亚变异。 但是即使考虑到这一点，这里的原住民群体还是很混杂。 这促使我问：澳大利亚的约20万白人中是否有比土著群体本身更多的独特土著遗传材料？ 我已经建议过 动态 确实是在巴西运作的情况，但是这种比喻仅仅是最好的选择。 许多澳大利亚白人源于最近的移民浪潮，可能没有祖先可以追溯到19世纪的祖先（即，他们的所有祖父母和/或父母可能都出生于欧洲或不列颠群岛）。 但这必须与澳大利亚土著人的血统比巴西美洲印第安人的血统更为欧洲这一事实加以权衡。 这 土著人的快速成长 澳大利亚人不能纯粹是具有高生育能力的人。 相反，许多混合遗产的人都被确认为土著。 在某些文献中，城市原住民的离婚率估计在70-90％的范围内。

到目前为止，我们已经涵盖了与古人类学和历史种群遗传学相关的澳大利亚原住民遗传学的各个方面。 但是，正如我观察到的很多时间一样， 进行这类人群分析的主要原因之一是要弄清楚医学遗传学的背景参数。 土著和非土著澳大利亚人之间的预期寿命差距为 大约十年。 在与欧洲人接触后，在新世界发生的同样由疾病引起的人口崩溃也似乎在欧洲定居前后推动了澳大利亚人口的变化，这似乎也是合理的。 由于原住民通常是猎人-采集者群体，因此许多需要更高密度的传染病只能在欧洲人中进行孵化。 欧洲定居点附近的原住民，或在其中居住的原住民，自然会受到这些感染的影响，发病率和死亡率更高。 一个人想知道原住民遭受的某些疾病是否是由于人群之间在免疫力方面的遗传差异以及“文明疾病”（例如2型糖尿病）引起的。

如论文所述，在阐明风险等位基因时，混合种群既带来陷阱，也带来机遇：

尽管AuR [Riverina Aboriginals -Razib]样本中存在的混合物在进行疾病基因发现的传统关联方法方面提出了潜在的挑战……这为使用混合物作图开辟了可能性……混合物作图最适合于CKD等性状，外加剂组的两个亲代群体之间的频率差异。 该方法本质上是寻找相对于其他区域或对照而言具有更高风险群体祖先的基因组区域。遍布整个基因组的一组关于祖先的信息丰富的标记（祖先信息标记或AIM）是一种外加剂映射的基本要求。

上面的CKD是指慢性肾脏疾病，与非土著居民相比，土著居民的罹患率高约10倍。 左图显示了SNP rs12458349的分布，SNP rsXNUMX是具有最高F的衍生等位基因 _st AuR *和HapMap3之间的值 人群。 rs12458349嵌入其中的基因组区域与糖尿病性肾病有关，这是CKD的主要原因。 这里衍生的意思是，相对于祖先状态，SNP在进化上是新颖的，所有其他人类种群都在其中表现出这一点。

那么，为什么这种衍生的变体在原住民（和其他大洋洲人）中出现频率很高，而在其他人群中却没有？ 这可能是随机的遗传漂移。 随着人口迁移到非洲，他们可能逐步经历了瓶颈和孤立，并且时空序列中的每个群体都会积累自己独特的变体。 或者，可能是适应，它通过围绕该基因组区域进行正向选择来提高频率。 但这正是样本量和代表性受到限制的地方，因为这些并不是我们之前关注的粗略问题。 从文本：

遗传漂移或等位基因频率的随机变化预计将是人口相对较小和/或长期隔离的主要力量，例如澳大利亚原住民。 差异也可以通过自然选择来解释。 该区域中几个高度分化的SNP的存在，跨度近0.5 Mb，暗示存在一个长的普通单倍型，这可能表明遗传搭便车和最近的阳性选择。 但是，由于样本量小，难以进行广泛的掺混物定相和直接研究基于连锁不平衡的选择信号，因此很难区分可能的解释。

但是请注意，在巴布亚人和土著人中存在衍生的等位基因，但在美拉尼西亚人中不存在。 在系统发育网络中，原住民是外来群体，但在这个特征上，美拉尼西亚人是。 毫无疑问，这是一个未来的地方，因为这里的模式将引人入胜，并且可能具有医学上的意义。

总体而言，本文已证实了我们所知道的许多内容，或者至少巩固了我们的背景假设。 美拉尼西亚，新几内亚和澳大利亚的当代人民有着共同的祖传传统。 这些人与非洋洋人之间的聚结可以追溯到最后一个共同祖先，这表明他们在目前所在地的住所是古老的，并且 或者 回到第一个解决方案。 从当代模式到对过去的变化进行推断时，应该格外谨慎，但我认为在此范围内，我们处于更坚实的基础上。 澳大利亚南部和塔斯马尼亚州的部分地区气候可能相当合理，可能已保存了古老的DNA样本，因此将来可以更加确定地解决这些问题。

但是，除了系统发育之外，对澳大利亚原住民遗传学的更深入研究还可能使我们对农业和更高的人口密度对我们物种的基因组产生的影响有更深入的了解。 由于与托雷斯海峡人民的接触，澳大利亚原住民意识到了农业，但他们似乎从未采纳过。 与澳大利亚相反 新几内亚的高地 随着园艺生产方式的发展，人口密度相对较高。 因此，这里有大约10,000年前接触过的两个人口，并且在此期间之后的生产方式有所不同。 在比较 等位基因频率 然后，这两个种群之间的关系将对10,000年内漂移和选择推动进化变化的力量具有启发性。

显然，还需要做更多的工作，而从一个样本中推断将不会。 在欧洲人到达之前，北海岸原住民当然与东南亚水手接触过，他们说的话有所不同 语言组 来自该大陆其他地区的人。 尽管没有其他明显的欧洲混杂因素，在西部沙漠中存在具有不平凡的金发个体数量的部落的存在也需要探索。 从何而来 约瑟夫·伯德尔记录 关于这些部落中孟德尔式的金发主义继承模式，似乎遗传结构与欧洲人有很大不同。

在过去的一代人中，我们已经开始真正地了解人的生命之树是如何分支和繁荣的。 现在是时候填补空白，并且随着全基因组测序的临近，许多技术限制将被消除。 但是社会和政治方面呢？ 现在，这个原住民团体的同意为所有澳大利亚原住民的进化遗传史打开了一扇窗，尽管那是不完美的。 但是，如果发达国家有更多的人进行测序，并且非常详细地了解自己的遗传史，将会发生什么？ 如果在澳大利亚古老的白人种群中发现了原住民血统的重要部分，那么是否可以开展一项合作项目来“重建”这些人的原住民基因组，从而在社会政治雷区周围找到一个终结点吗？ 我想我们会尽快看到的。

图片来源：原住民板球队，1868年，Wikimedia Commons

引文： McEvoy，Brian P.，Lind，Joanne M.，Wang，Eric T.，Moyzis，Robert K.，Visscher，Peter M.，van Holst Pellekaan，Sheila M.和Wilton，Alan N.（2010年）。 澳大利亚原住民祖先样本中的全基因组遗传多样性《美国人类遗传学杂志》： 10.1016 / j.ajhg.2010.07.008