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昨天发帖 我报告了关于非洲之角的普遍已知信息,即其人口在基因上似乎介于撒哈拉以南非洲和欧亚大陆之间。 从地理角度来看,这是完全合理的,但也有人建议这不仅仅是地理因素的影响。 距离隔离 (即,由于基因流动,在0.5到0.0区间上位于1.0位置的种群可能在两个方向上都表现出相同的亲和力)。 例如,您观察到对非洲之角的闪族和库克族人口几乎完全没有“班图”遗传影响,而在欧恩角以南和西部的群体中也缺乏欧亚的影响 在某种程度上,马赛人。

在纪律方面进行横向调整,在过去的几代人中,有一个名副其实的家庭手工业,这为许多人的近代起源提供了理由。 民族语言学 人口通过文化自我创造的过程。 显然,有很多这样的例子,其中有一些是人类学家深入研究的(例如,从丁卡人身份向努尔身份的转变)。 但是,不幸的是,有朝着这个方向过度概括的趋势。 在某些方面,这是特殊的,因为这些模型以文化的可塑性为前提,而没有遵守那些完全相同的现象可以执行的尖锐而强大的规范。 这 非穆斯林的遗传分离 伊斯兰教崛起后在中东地区的研究似乎已经得到了基因组学证据的充分验证。 穆斯林和非穆斯林的规范都使他们偏向内婚,而伊斯兰霸权和统治的性质使得穆斯林很可能与“伊斯兰国际”有世界性的联系。 相反,非穆斯林少数民族在伊斯兰阿拉伯征服之后开始了漫长的内卷进程,直到上个世纪才因移民和较小程度的解放而受到破坏。

回到非洲之角。 非洲之角的绝大多数人民说一种亚非语言。 阿拉伯语和希伯来语是该类别中最著名的成员,但是分类非常广泛,从马格里布的柏柏尔人的方言一直到古代的阿卡德语。 这里有两个特别值得注意的大亚科: 闪族和库奇族。 上面的地图显示了非洲之角内的分布。 可以观察到埃塞俄比亚的闪族人语言倾向于集中在基督教中北部地区,而库什蒂人则在其他地方都可以看到,因此可以“迅速而肮脏”地总结出这里的模式。 此外,宗教和种族之间也存在交汇处,例如库什基派的穆斯林(索马里,阿法尔等)和库什基派的基督徒(许多奥罗莫等)。 据我所知,许多库奇族的社会和政治精英都倾向于融入阿姆哈拉犹太教徒的身份(海勒·塞拉西的母亲是 穆斯林奥罗莫)。 因此,我们可以生成一个可能的模型,其中闪族语种到达埃塞俄比亚的时间较晚,并通过精英模拟传播,因此闪族语族和库奇族人之间的差异在基因组维度上应该是很小的(例如尼日利亚的豪萨人和约鲁巴人之间的边际差异)。 或者,我们可以假定闪米特元素与先前存在的Cushitic底层是有区别的。

长话短说,我发现以非洲之角为中心的数据集运行了更多的ADMIXTURE, 能够 实际区分角中的库奇族和闪族族元素,并尝试将它们识别为具有不同的祖先成分。 首先,技术细节...。


我从运行中开始的数据集开始 发布 昨天。 马赛人的异常离群值已被删除。 这些是少数“固定”少数族裔祖先组成部分的个体。 这说明马赛人内部存在某种结构,但更像是远缘亲戚,而不是种族差异。 运行此程序后,我注意到在非犹太人也门和沙特阿拉伯的样本中会弹出很多类似的内容。 在某种程度上,这就像“打w鼠”。 如果您消除了一个问题,其他问题只需从木制品中弹出即可。 因此,我删除了所有非犹太也门人和沙特人。 标记数目保持不变,为210,000个SNP。

离群值仍然存在一些问题,特别是肯尼亚的班图人,以及较小程度的黎凡特样本。 但是在这一点上,我决定继续使用它,因为无论如何,这对于非洲之角的故事来说是微不足道的。 昨天我说过,总体上非洲之角的人口并没有自己的集群,而是其他大多数(东非和阿拉伯)的混合体。 在我删除了一些伪造的Masai组件并运行ADMIXTURE直到K = 10时,我终于得到了非洲之角群集“ HoAc”。 此外,我还发现您可以看到Cushitic Oromo和Somalis,闪族Ahmara,埃塞俄比亚犹太人和Tigray之间的系统差异。

下面是K = 7和K = 9的条形图。较低的K与我昨天发布的内容没有太大不同,而K = 8和K = 10的次要成分太多。 我只发布了细粒度和非洲之角聚焦的图,而不是显示平均祖先量子量的更一般的摘要图。 此外,在这些下方,我发布了K = 7和K = 9的祖先推断群体之间遗传距离的二维表示。尽管如此,我还是删除了几个组件,因为一个组件显然是虚假的“扩展家庭”聚类,并在某些情况下更好地可视化关系。

顺带一提,似乎非洲之角所有人口都有一个HoAc基地,有人可能会称其为“ Cushitic”,尽管这并不完全准确。 在此基础之上,您会看到基于语言族的差异。 闪族人的祖先成分与也门犹太人中确定的祖先成分相同,而库奇族人则缺乏这一祖先成分。 但是,请注意,闪族人通常在库希特语族群中具有组成部分,尤其是经常固定在其中的索马里人。 这就是为什么我将语言人口扩展的顺序放在上面的原因,从而使Semitic被覆盖在Cushitic的基础上。 此外,似乎有从尼罗河族到埃塞俄比亚人的混合体,但没有索马里人的混合体。 这在奥罗莫语中最为一致和明显,在通过距离模型进行隔离看来似乎是合理的,因为奥罗莫语在地理上最有可能与Nilo-Saharan人口互动,而与索马里语的互动最少。

最后,请记住,如果索马里人是100%的聚类X,这并不意味着索马里人是从某个真实的均质祖先聚类X派生而来的。但是我们应该谨慎,因为他们会随着时间的流逝而在垂直方向上告诉我们有关关系的信息。 如果完全混合在一起的群体表现出一定程度的内部同质性,并且祖先的“参考”种群本身不再存在,则可以分成自己独特的群体。 这似乎是在南亚发生的情况,某些群体摇摇欲坠地称为“ 100%的南亚人”,但他们在更深的基因组水平上似乎是两个祖先群体之间古老融合的稳定混合物,两者之间存在很大分歧。 与非洲之角的南亚比喻可能使我们推断,索马里人与这些人口同等。在“东非祖先”(AEA)阿拉伯人之间最初发生混合事件之后,索马里人与最近到来的该地区缺乏混合过去。 这可能只是地理和历史偶然性的函数,因为索马里人的位置由于其霍恩地区的准半岛性质而更加“受到庇护”。 此外,索马里相对干旱,不适合农业生产,因此它的生态友好程度可能不如埃塞俄比亚的高地,闪族人因此带来了新的农业工具包。

您还可以说更多话,但我会暂缓,并提请注意: 我很可能正在寻找这些特定的集群,并通过确认偏差得出它们。 如前所述,如果以适当的方式调整ADMIXTURE的参数,则可以“到达”所需的答案。 如何防止这种情况发生? 如果我继续进行临时运行并凭直觉进行,那么很多重复通常会有所帮助。 您自然会了解潜在的潜在分布,可以防止锚定离群值,因为您知道它是非典型的(这是出于开创性的结果被忽略的原因,因为它们不适合范式,因此这种偏向存在另一面)。 我也跑 交叉验证 时不时地找到K的最佳数量,但是 放慢程序的速度,所以这对我来说是个权衡的问题。 我相当确定埃塞俄比亚人和索马里人之间的区别是有力的,因为相同的关系模式(例如,阿姆哈拉人比提格里人更喜欢提格里的倾向)会反复出现。 但是我对在这里得出的关于亚非语言族群以及库什蒂克族和闪米特族群体划分的推论并不那么自信。

您可以找到更多文件 点击此处.

图片来源: 维基百科上的数据

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”