当我写下 更新世是人类的希伯利亚时代, 我的意思是 人性。 由于偶然的原因,古代DNA的新遗传科学首先阐明了西北欧亚大陆的历史。 但在 大分歧 欧洲并不是那么例外。 实际上,历史学家维克多·利伯曼(Victor Lieberman)写道 奇怪的平行,他在欧亚大陆的宏观历史中,着重强调了直到近代早期西方与其他国家之间的距离之前,西欧和东南亚大陆的轨迹有多么相似。 简而言之, 欧洲史前史为我们所有人的史前史更新了先验。
由于种种原因,与专业责任有关,我着眼于 混合树 情节经常发生。 喜欢 PCA TreeMix非常适合探索性数据分析。 您在其中扔了一堆种群,并且它搜索了一堆可以拟合模型的参数。 但是结果往往很奇怪。
他们并不奇怪,因为他们“错了”。 它们之所以怪异,是因为我们将强迫数据给我们答案,并且该模型会弹出一些在条件上合理的东西。 通常,我们只是没有大局而已。 统计推断表明过去十年来美洲原住民与欧洲人之间存在奇怪的联系……但它花了 西伯利亚的古代DNA 解决这个谜。 欧洲人和美洲印第安人的共同祖先具有祖先的血统。 在欧洲,这种血统是相对较新的,大约在过去4至5千年。 统计遗传推论可以告诉我们我们的模型缺少某些东西,但是它不能总是清楚地准确地指出我们所缺少的东西。
上面的TreeMix图中的图像很难辨认。 点击它。 但是它将显示给您的是两件很奇怪的事情:
1)基因流从东非(主要是HapMap Masai为其价值)节点与Mbuti(HGDP)到巴布亚人(HGDP)之间。
2)基因流从东非节点附近到定义整个东欧亚,美洲和大洋洲节点的点。
我会笑的很开心,但是我一直在TreeMix中看到它。 我知道我不是唯一的一个。 我对此没有任何解释。 显然不是最近的混合物。 相反,人口之间的亲和力只是我们没有一个好的模型。 了解我们对古代欧洲的了解后,这些似乎无法解释的基因流动边缘很可能反映了史前事件,这些事件仅在过去一万年来被完全掩盖的人口格局的背景下才有意义。 来自中国的古代DNA可能会为这些话题提供很多启示。 我预言中国人将在旧石器时代的祖先身上表现出与现代欧洲人相同的不连续性,并且在这些TreeMix地块中,东欧亚人与一些非洲人之间的亲缘关系可能是被“欧亚大陆”吸收的“幽灵人口”的阴影,并且可能对一个移民到非洲的群体的某些祖先做出了贡献。
我将TreeMix设置为检查1000个SNP块之间的协方差。 我在数据集中总共有215,000个标记(非常高质量的标记)。 我将其与Mbuti一起扎根,设置5个迁移边缘,然后运行10次。 他们看起来都一样。 大多数人口来自公共资源。