玩笑基因表达博客 /
可视化 拉齐布汗 •17年2013月XNUMX日 •200字
您可能在某些时候看过这些动画,但是如果没有,我建议您检查一下。 他们当然会做出诸如 DNA→RNA→蛋白质 “回过神来。” 在你下面 转录, 接着 翻译.
尽管DNA复制可视化可能对我而言最令人印象深刻:
沃尔特和伊丽莎·霍尔医学研究所 大约有十二种这种动画。 分子电影 有很多,尽管其中有些更像是动画GIF。 非常感谢这个小组将这些视频放到那里,因为我看到它们在YouTube上没有归因地使用(具有不同的配音等)。
In 种群与系统发育 复杂数据的可视化对于甚至向专业受众传达理解也变得极为重要。 对我来说,与分子遗传学论文有关的问题之一一直是 言语描述和静态示意图通常无法以足够生动的细节捕捉到所概述的模型。 似乎在将来,更好的可视化工具可能会允许更广泛地利用三维动画来说明结构力学模型。
拉齐布汗 •9年2011月XNUMX日 •300字
我一直在玩 混合物 和 本征软件 与HapMap数据集以及一些朋友和家人一起合并到其中。 有趣的是,您从ADMIXTURE条形图得出的直觉推断与PCA散点图有所不同。 无论如何,我一直在Facebook上发布一些初步结果(部分原因是我的一个朋友在Facebook上,并对自己的遗传背景感到好奇),并且一个研究生的朋友指出了我的意思。 结构,这可以推断类别的最佳数量*(一个可以在ADMIXTURE中进行交叉验证)。 我回避了 结构 因为它在计算上更加密集。 还有其他建议吗? 具体来说, 不能 被提及 二烯 or David
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折页下面是我的计算机经过一整夜都可以玩的游戏的味道。 K = ADMIXTURE中的5个祖先群体。 HapMap犹他州白人,托斯卡纳人,墨西哥人,北京中国人按此顺序排列。 最后的6个小节是:我的父亲,我的母亲,然后是四个欧洲血统的个人,分别为1欧元,2欧元,3欧元和4欧元。在合并文件和修剪创始人并细化标记以减少链接不平衡之后,我离开了具有120,000个SNP。 请注意,我在不同的K上使用了不同数量的SNP,并且有些非常小的差异令人惊讶。 我的母亲总是比我的父亲更“亚洲”。
* Structurama网站上的某些下载链接目前似乎无法正常运行,但是您可以下载源代码。 没有尝试Mac链接。
关于拉齐卜·汗
“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”