巴基斯坦仪仗队

几天前，我建议丹尼尔·麦克阿瑟（Daniel MacArthur）博士可能有南亚血统。 现在，当遇到意外时，最好的选择是坚持先前的假设，除非该意外足以使您“更新”模型。 经过几天的进一步分析，我将更新：我确实认为Dan MacArthur具有南亚血统。 Dienekes进一步挖掘，发现沿着2号染色体的前3/10左右有“南印度祖先”祖先的标志。现在，您必须记住，该基因组区域仅是南亚的一半。 另一半是欧洲人。

但是无论如何，有人提出了一个问题：也许麦克阿瑟具有罗曼尼的传统？ 我对此表示怀疑，部分原因是：

1）在19世纪，英国的罗曼语并不多

2）英国罗曼语已经非常混杂

我在这篇文章中的初衷是讨论最近订购的小吃，这导致我的许多朋友在23andMe感到非常恼火。 但是，由于有些书呆子级的阴谋，我想浏览一下他们的新“祖先组成”功能，我认为我必须首先讨论它。 虽然我同意许多 二烯 对于此新功能的担忧，我必须承认，至少该方法不会产生积极的误导性结果。 例如，我之前曾抱怨说，“祖先绘画”在不平凡的情况下给出了疯狂的结果。 它说我是约60％的欧洲人，这在他们的非最佳参考人口群体中有一定的连贯性，但随后我的女儿说我的欧洲人> 90％。 由于23andMe确实确认她与我的血统相同，所以50％的结果是没有道理的； 一些读者认为，在将不明确的基因组片段分配给“欧洲”遗产时，他们的算法存在很大的偏见（这也是东非人的问题）。

这是我女儿的新染色体画：

23andMe的一方面 新的祖先组成特征是，它非常以欧洲为中心。 但是，大多数客户是白人，大概他们使用的参考人群（来自客户）也是白人。 尽管他们可以使用许多公共领域的非白人数据集，但我认为在这种情况下，他们更喜欢吃自己的数据狗粮。 但这确实是宏大计划中的一个小问题。 与以前相比，这是一个巨大的升级。 现在，作为一个南亚人，这并没有告诉我太多。 但是，这也不再告诉我可笑的事情了！

但是关于遗漏，我很想知道为什么这个新功能将我的家庭评价为东亚地区的〜3％，而其他分析则使我们处于10-15％的范围内。 问题所在 非常 很高的价值是，南亚人经常会有一些残留的“东方”信号，我怀疑这不是真正的混合物，而是人工制品。 然而，包括孟加拉人在内的东北印度人经常有真正的东亚外来者。 在PCA地块上，我的家人向东亚人转移了很多。 他们收到的信号可能不是噪音。 我为家人所见过的几乎所有东亚血统都为母亲带来了更大的价值，而这一点在这里仍然成立。 只是值太低了。

无论如何，这不是我所见过的最奇怪的事情。 我在四处寻找与我“共享”基因组的人，但我偶然发现了这一点：

您可以从屏幕截图中猜到 这是 丹尼尔·麦克阿瑟（Daniel MacArthur） 个人资料。 并且据此，第25号染色体的约10％是南亚！ 第一次脸红对我来说似乎完全是荒谬的，所以我点击了具有类似北欧背景的人的其他个人资料……但我没有看到任何类似的东西。

该怎么办？ 需要更多的证据来证明我的先前假设，因此我下载了 麦克阿瑟博士的基因型。 然后，我将其与三个HapMap人口，犹他州的白人（CEU），古吉拉特人（GIH）和丹佛的中国人（CHD）合并。 最后基本上是一个控件。 我拔出了10号染色体。我还把Dan的妻子Ilana添加到了数据集中，因为我相信Dan的妻子是用相同的Illumina芯片打字的，并且具有相似的种族背景（即非常白人）。 重要的是要注意，数据集中仅剩28,000个SNP。 但是，对于基于洲际尺度变化的基于模型的聚类，通常在SNP数据上10,000绰绰有余。

我做了两件事：

1）我在无监督的情况下以K = 3运行了ADMIXTURE

2）我运行了一个MDS，可以可视化多个维度上的遗传变异

在继续之前，我将陈述发现的内容： 这些方法支持了23andMe在10号染色体上的推断。麦克阿瑟博士似乎与南亚人有亲和力 （即，这是他的“咖喱染色体”）。 这是表格形式的平均（中位数）值，麦克阿瑟和他的妻子被提出进行比较。

您可能想要发行。 在非创始人的CEU样本中，没有一个超过20％的南亚地区。 尽管确实让我感到惊讶的是，有那么高，但使我更容易相信麦克阿瑟在第10号染色体上的结果是fl幸的：

这是MDS的两个最大维度：

同样，很明显，这条10号染色体向南亚人转移。 如果我现在有更多时间，我可能要做的就是得到特定的染色体片段，将其定相，然后将其与各种南亚人群进行比较。 但是我现在没有时间，所以我去检查了 口译。 我提高了设置以减少噪音，这样它只会吐出最可靠和最显着的结果。 如您所见，第10号染色体再次出现，与另一个染色体不太一样。

有没有合理的解释呢？ 也许麦克阿瑟博士 可以打电话给有帮助的亲戚？ 回想起来，他的父母是从英国移民的，英国的白人确实有南亚血统可以追溯到19世纪，这并非闻所未闻。 虽然说实在的，但我现在对这一切都不了解。 这种基因型已经“淘汰”了好几年了，那么没人会注意到这种特殊性呢？ 也许问题在于每个人都在看全基因组平均数，而这还没有引起人们的关注？ 我真正想做的是查看所有染色体的分布，然后看看丹尼尔·麦克阿瑟（Daniel MacArthur）的10号染色体如何堆积。 这可能是自然的随机行为。

此外，我想我应该补充一下，南亚的比率约为1.5％，这与麦克阿瑟的曾曾曾祖父母之一是印度人一致。 假设25年的生成时间使它们进入19世纪中叶。 当然，在如此低的比例下，方差会很大，因此很有可能需要将实际的混合物日期推迟一代或一代。