./plink --bfile IBDControl --genome

以下是相关结果：

您甚至可以在不知道列的含义的情况下推断出一些事情。 请注意，父子、兄弟姐妹和不相关的比较之间存在差异。 距离度量 DST 与 23andMe 中的全基因组比较基本完全相同。 Web 应用程序正在运行 Plink，或者它使用完全相同的算法。 Z0 = IBD 0，Z1 = IBD 1，Z2 = IBD 2。请注意，在我的兄弟姐妹中，我有相当数量的 IBD 2，但在我父母的情况下要少得多。 那是因为父母给你一份，但你可以与你的兄弟姐妹分享一个基因的零个、一个或两个。 相比之下，我们的父母几乎没有任何 IBD = 0，因为他们保证给你一份。 我假设在这种情况下 IBD = 2 是一个变体的人群范围内的固定。 请注意，在最后一列中，无关个体 (~2)、兄弟姐妹 (~10) 和父子 (~500) 的值不同。

我在古吉拉特人中进行了类似的测试。 请记住，我根据 PCA 集群将它们标记为 Gujarat_A 和 Gujarati_B，后者形成了紧密的人口集群，而前者则没有。 以下是成对组的平均成对 DST 值：

平均值：0.746

仅 Gujarati_A 的平均值：0.744

仅 Gujarati_B 的平均值：0.749

仅 Gujarati_A 和 Gujarati_B 对的平均值：0.745

Gujarati_B 比 Gujarati_A 更接近。 我不确定这些 DST 值是否与 23andMe 文件中的值完全可比。 我会告诉你为什么。 我将这些对限制为 RATIO > 2.5 的那些。 这是我发现的：

注意 Z2 ~ 0，与上面的计算相反。 我假设阅读本文的人知道这是一个简单的原因，所以一定要告诉。 IBD 对 23andMe 的估计总是让我觉得太高了。 无论如何，令我惊讶的是 绝对相关的个人似乎在 Gujarati_A 集群中！ 那里发生了什么事？ 我的第一个想法是我弄乱了数据，或者我编码错误。 我假设这是在进入 HapMap 数据集之前经过仔细检查的。 有没有其他人看到这个奇怪的结果？ 如果不是，我认为我犯了一个错误（实际上这是我现在的工作模式）。

让我们深入到个人层面。 这里有古吉拉特人，信德人，还有我的父母（孟加拉人）。 我按“欧洲”和“南亚”组成部分（分别是浅蓝色和绿色）分类，而在巴布亚语中是紫色，在东亚人中是红色。

ADMIXTURE图与PCA完全对齐。 在PCA中，Gujarati_A展示了与欧洲集群的距离谱，而在ADMIXTURE中，您看到了相同的距离。 相反，Gujarati_B相对统一。 发生什么了？ 我将在发布类似的内容 棕褐色叛变即将推出。 但是我的猜测是Gujarati_B是以下内容的子集 帕特尔。 换句话说，它们在基因上是不同的 加提。 我怀疑Gujarati_A是来自许多不同群体的更多样化的群体 贾蒂斯.

这有关系吗？ 我相信是的。 If 古吉拉特语_B是古吉拉特语的一个子集，是一个独特的民族社会群体，因此它们可能不像古吉拉特语_A那样好地代表南亚医学遗传学。 更具体地说，古吉拉特语（Gujarati_B）可能是频率较高的稀有疾病等位基因，因为它们是近交氏族。 相反，虽然古吉拉特语_A可能表现出南亚内婚制的所有特征，但如果它们数量更多， 不同 组，那么他们将拥有各种不同的稀有等位基因。 他们有的 共同点 可能更一般地说是南亚。