那么论文怎么说呢？ 第一的， 我不得不承认，本文中的散文很难理解。 也许这是该项目的协作性质以及所包含的修订的功能。 但是在我看来，当统计数据本来可以更好地放入补编中时，他们挤压了对统计数据的口头描述。 我对犹太人的历史或遗传学并不清白，而且我发现很难在许多场合下理解特定句子的相关性。 其次，我需要强调非遗传方面的基本错误。 首先，一个小： 罗马皇帝君士坦丁converted依基督教并使其成为罗马帝国的国教后，犹太人开始与世隔绝。 在此过程中，犹太人被剥夺了convert依异教徒或接受pro妓的权利。 君士坦丁没有使基督教成为国教。 相反，他扩大了对该宗教的官方容忍度，并随后对其进行了支持，就像三世纪末的皇帝们光顾了该宗教一样。 Sol Invictus。 尽管他们不是异教徒，但君士坦丁的儿子们还是应异教徒的要求接受了邀请，并获得了象征性的头衔，成为古代罗马宗教的祭司，并允许继续向神殿提供补贴。 帝国主义的基督教化是一个渐进的过程，发生于4世纪初至5世纪初。 可以说，狄奥多西大帝确实通过明确禁止（虽然更具象征意义）禁止异教徒牺牲，以及默许批准暴力基督教激进分子消灭公共异教，使基督教成为了约400年的官方国教。的破坏 Serapeum））。 此外，我认为说犹太人不能招募异教徒是不正确的。 例如，我知道著名的六世纪新柏拉图主义者起源于撒玛利亚人，这表明非基督教团体之间的宗教运动在君士坦丁大帝之后的两个世纪仍然没有发生任何后果。

其次，文本中存在一个相当混乱且大的错误，该错误本应被某人捕获： 关于北非犹太人的第一个证据是在公元前312年，当时埃及的托勒密·拉吉国王将犹太人定居在当今突尼斯的Cyrenaica市。 昔兰尼加 今天不是突尼斯，而是利比亚东部。 这似乎是个晦涩的历史点，但不应太晦涩，因为过去一年来，利比亚东西方之间的分歧在新闻中占据了很大的新闻（与本文可能有关，Cyrenaica实际上是这 Eastern 罗马帝国，而的黎波里塔尼亚和马格里布则是 西式 罗马帝国; 从文化上讲，一个是希腊世界的一部分，另一个是拉丁文）。

至于遗传学，您可以看到许多 狄更斯（Dienekes）的非补充人物'。 我不得不说，我很欣赏他们进行了IBD分析，但是很难从图表中提取信息，因为除了少数近交群体以外，差异是如此之小。 各种聚类算法并不能告诉我们很多我们所不知道的东西。 北非犹太人与其他塞法第犹太人一起，与阿什肯纳兹犹太人结成部落，共同对抗中东犹太人。 有证据表明欧洲人在Sephardic犹太人中混血，这在北非人口中似乎很明显，大概是Sephardic和非Sephardic血统的合成（指示欧洲血统的长IBD长线指示了最近的血腥性，暗示了欧洲血统的发生）。被驱逐前的伊比利亚半岛）。 我建议的一种模式可能是，即使西班牙被驱逐后的几十年中的原始数字是平价的，长期的不同生育率也可能导致当代人口中非先祖血统的减少。 使用巴斯克人，巴勒斯坦人和突尼斯人作为参考人群，作者似乎并不能从我所收集到的关于犹太人地理的函数中看出马格里比掺混物的高度升高。 我的主要忧虑是，突尼斯人的数据是高度近交的。 我怀疑这可能会使Maghrebi分数降低到“应有的”水平以下。 与他们所拥有的北非数据进行比较的一个主要问题是，其中许多具有大量的非洲外来成分，或者可能无法代表马格里布的更广泛的人口。 对于高度近交的突尼斯柏柏尔人和被选择隔离的莫扎比人来说，确实是这样。 我认为撒哈拉以西地区和摩洛哥南部地区也是样本，在更广阔的马格里比地区，这些地区是微不足道的。 我最关注北部摩洛哥的样本，因为它既不是高度近交的，也不是地理边缘或孤立的。

这是一篇补品值得一读的论文。 作者的方法清晰（即易于复制），就像他们对结果的摘要感到困惑一样。 IBD部分也有更全面的评论，我认为这是PCA和STRUCTURE的主要附加值。 作者观察到，也门犹太人与其他犹太人共享的IBD升高，这表明该社区不仅仅是土著pro妓起源。 话虽这么说，我认为我们需要谨慎对待我们的先验知识以及它们如何影响我们对数据的解释。 例如，跳至补编的表1，您会发现意大利北部样本与犹太人口之间的IBD相对较高。 如果您不知道意大利北部人（我相信此示例来自 贝加莫）不是犹太人，您可能想知道他们是否是犹太人！ 这种关联就是为什么我认为加入邻居的树并没有告诉我们很多有用的原因。 这些树木将几千年的复杂混合过程分解为一个视觉摘要。 即使在本文中，我也不确定这种复杂性是否已完全解决。 因此，几乎肯定会有后续行动，因为我认为它毫无疑问地回答了北非犹太人的存在所构成的核心问题。

犹太人的遗传起源非常复杂，以至于在解释特定的狭窄历史人口统计学问题时，有大量的草图可供参考。 这个领域的遗传学银器时代即将来临。 但是我确实希望在不久的将来我们也将开始与其他团体做同样的事情。 除了Jewnetics之外，这个世界还有更多。 扎克·阿杰马尔（Zack Ajmal） 现在，他的数据集中有来自印度各地的大量婆罗门。 看到他们的关系IBD会不会很有趣？

图片来源： 维基百科上的数据

想象一个半黑半白的人。 有些特定的等位基因对黑人或白人祖先具有高度诊断性（例如， SLC24A5 或达菲（Duffy）。 在混合个体中，这些等位基因将与来自一位亲本的同一染色体片段相关。 他们将有线性的血统。 通俗地说，一对染色体来自一个种群，另一对来自另一种群。 现在，假设您有一群白人和黑人血统混杂的个体，他们在世代之间相互配对。 祖先的分数将保持大致相同 （假设有大量有效种群），但是特定种群的祖先的基因组片段将被分解 重组。 初始混合事件产生的代数越多，祖先段的块就越会被加扰。 LD是可以测量此数据的统计数据，因为我们正在谈论整个基因座上相关等位基因的模式。 给定足够长的时间，LD将收敛于您在随机交配种群中的期望值。 但是，如果混合事件发生的时间足够近，则LD将在一定间隔内升高，这可以使您对过去发生混合事件的时间有所了解。 Ashkenazi犹太人的LD形态是经过欧洲人和中东人混合而来的，而不仅仅是等位基因频率介于这两类人之间的人口。

关于方式，近交如何？ 我会就近亲繁殖的意思发表后续文章，但这是一篇论文，可以使人们更好地了解阿什肯纳齐犹太人的生活， 基因组时代的亚伯拉罕的孩子–主要的犹太散居人口组成了具有共同中东祖先的独特遗传集群:

犹太人之间的IBD表现出较高的共享段频率...一个社区中的中位数对人群共有50 cM IBD（四分位数：23.0 cM和92.6 cM），预计该水平将由一个表亲中的第4或第5个表亲共享。完全纯种的种群。 但是，这些社区中的典型共享群体比第5个堂兄弟之间的共享群体要短（8.33 cM长）， 表明大多数成对的犹太人之间有更远距离的亲戚关系s...。

在不同的犹太社区中，观察到三种不同的模式……希腊和土耳其犹太人的IBD水平相对适中，与法国HGDP样本中观察到的相似。 意大利，叙利亚，伊朗和伊拉克犹太人表现出很高的IBD水平，这是极度近交人群所期望的。 与其他人群不同 阿什肯纳兹犹太人展出 在范围较短的一端增加了细分受众群的份额 （即5 cM长度），但在较长的一端（即10 cM）减少了共享…。

另一张纸， 精细的种群结构和下一代测序时代:

可以容易地量化基因组共享的数量，并且可以估计种群中随机的一对个体之间的关系程度。 例如，在阿什肯纳兹犹太人口中，随机的一对个体在基因上平均与第四堂兄弟相似，这表明最近的族谱可能很重要。 近交对稀有疾病发生率的影响已在历史上的内配气种群中得到证实，例如阿什肯纳兹姆，哈特人和一些岛屿群……但是，如果世界上许多地理区域的结构都按逐代相同的精细结构（ IBD）分析，那么这些地区的人群中稀有等位基因的发病率也可能升高，而相应的独特稀有疾病的发病率也相应上升。 实际上，就基因组片段的平均IBD量而言，Ashkenazim在上述全球样本中并不是异常值.

正如该文件所指出的 拉尔夫（Ralph）等。 等 许多欧洲人口共享IBD片段，表明在〜2,000年的时间范围内存在相当多的相关性。 许多短道的阿什肯纳兹（Ashkenazi）犹太模式是为什么服务喜欢 23andMe 对那个背景的个体产生了如此多的“相对”匹配。 这些人有很多相同的祖先，但是这些人通常回溯到很久以前。 因此，当考虑“近亲”为近亲表亲婚姻的产物时，阿什肯纳兹犹太人不是以这种方式近交的。 它们不会表现出异常长的IBD区域，这就是您在两个父母之间有很多非常共同的祖先的情况下在人群中流动的东西。 父母与子女之间的关系系数为50％。 表亲之间（在近亲交往中）为12.5％。 在四个表亲之间是0.2％。

仅仅因为阿什肯纳兹犹太人没有通过这种措施自交，并不意味着他们在基因上不是相对同质的人，并且表现出很大的独特性。 他们是这样。 但是正如我前面所说，这种独特性很可能是由于古老的世界主义混合，然后由于他们在伊斯兰和基督教文明中处于边缘化少数群体的地位而导致向相对严格的内婚制转变。

长期以来，人们一直将Ashkenazi犹太人（AJ）视为一种遗传隔离株，但仍不清楚种群的瓶颈，混合或正向选择如何影响其遗传结构。 在这里，我们分析了一个大型的AJ队列，发现相对于欧洲人而言，连锁不平衡（LD）和按血统身份更高，这与分离株的预期相同。 然而，自相矛盾的是，我们还发现了更高的遗传多样性，这是年龄更大或更混合的群体的标志，而不是长期分离的群体的标志。 最近的报道重申，AJ人群与其他犹太散居人口具有相同的中东血统，但同时也表明，与其他犹太人相比，AJ人群是欧洲人中混血最多的人群。 我们的分析确实表明，与以前的Y染色体分析相比，欧洲掺混物含量更高。 此外，我们还显示，混合物与高LD直接相关，这表明混合物已增加了AJ人群的遗传多样性和LD。 此外，我们应用了扩展的单倍型测试来确定阳性选择是否可以解释AJ流行疾病的水平。 我们确定了选择中的乳糖和酒精耐受性相关的基因组区域，尽管我们找到了一些AJ流行疾病位点阳性选择的证据，但这些疾病中大多数的发生率较高可能是瓶颈后遗传漂移的结果。 因此，AJ人群显示了过去的建国事件的证据； 然而，混合和选择也极大地影响了其当前的遗传组成。

Ashkenazi犹太人的样本量约为400，而他们的样本数量约为700,000。 就像我说过的那样，犹太人与其他人群的关系确实不是本文的核心内容，而是从春季开始的早期版本，但其中有PCA情节（对不起。 Mike），该 罢工 条形图，以及从Fst统计数据得出的系统发育树。 再次提醒您，PCA向您展示了数据中遗传变异的最大独立组成部分。 条形图具有一组祖先种群，这些个体是其祖先组成的。 最后，Fst测量遗传变异的种群组成之间。 两个种群的Fst越大，遗传距离就越大。

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作者使用德鲁兹人和巴勒斯坦人作为中东祖先的参考文献，作者估计欧洲人与阿什肯纳兹犹太人的混血约为30-55％。 这与以前的研究处于同一水平，因此不足为奇。 正如我在之前的帖子中所述 作者可以以完全不同的方式得出相同的结果。 据我所知，这些作者倾向于强调，在遗传距离上，阿什肯纳兹犹太人更接近欧洲人，而不是黎凡特阿拉伯人。 当然，这类声明必须谨慎处理。 阿什肯纳兹犹太人和托斯卡纳人之间的遗传距离不到什锦犹太人犹太人和俄罗斯人之间的遗传距离，而犹太人-俄罗斯人的遗传距离比犹太人-巴勒斯坦人的遗传距离大约50％。 请记住，有大量的间接证据表明 托斯卡纳 也许他们本身是意大利半岛的土著居民和近东方人之间的一个相对较近的杂居人口。

本文所做的一件事是反驳任何强有力的断言，即阿什肯纳兹犹太人是遗传上同质的种群，它经历了强大的瓶颈。 基本上，犹太疾病只是操作近交的结果，这种想法是当遗传变异从一个种群通过低有效种群规模消失后发生的。 关键在于，阿什肯纳兹犹太人和欧洲外邦人的杂合性比较。 前者实际上比后者更杂合。 从先前的研究中有一些证据表明，Ashkenazi犹太人的长期有效人口规模不一定很小，因此这并不令人感到意外。 请记住，杂合性仅是指某个位置杂合的个体所占的比例。

成为杂合体的一种方法是自然掺合。 请记住，许多基因之间的种群不同。 例如，有一个色素沉着基因 SLC24A5，所有欧洲人都在一个州，而所有西非人都在另一个州。 自然地，非裔美国人在这个基因座上比祖先群体表现出更多的杂合性。 Ashkenazi犹太人的情况不太极端，因为两个父母群体在遗传上更接近，但这一原则仍然成立。

最近遗传上不同人群之间混合的结果是高水平的 连锁不平衡，是整个基因组中不同基因座的等位基因的非随机关联。 为什么？ 在许多基因中，两个种群可能非常不同。 后代从一个亲代那里继承了一半的基因组，而从另一亲代那里继承了一半，而亲代则传给了他们的后代特定等位基因的关联。 染色体上可能存在一组欧洲独特的等位基因，以及一组非洲独特的等位基因，因此在杂种个体中，这些等位基因在各个基因座之间都具有很强的相关性。 这些关联会随着时间的流逝而细分 重组。 该过程的规律性可以作为一个时钟，用来测量自混合以来的时间。 非裔美国人被用来校准自中国西部维吾尔人与西方和东方欧亚混血人混合在一起以来的时间。 我认为本文的作者没有这样做，因为与上述两个例子相比，祖先的种群在遗传学上相当接近，因此首先存在的连锁不平衡现象较少。

在阿什肯纳兹（Ashkenazi）犹太人中，他们发现比欧洲人更多的连锁不平衡以及更长的连锁不平衡。 单倍型。 这可能是人口瓶颈的结果，漂移可能会导致基因组区块频率升高，但正如他们在论文中指出的那样，这可能会降低杂合性。 那么自然的推论是不同种群之间的混合可以解释这两个数据点。

但是，让我们开始追逐吧。 Ashkenazi犹太人中哪些基因表现出自然选择的特征？ 更确切地说，基因组的哪些独特区域表现出自然选择的特征？ 他们使用了基于标准单倍型类型的方法。 基本上，您正在寻找基因组中相关等位基因长块的区域，这是一种选择性清除的迹象，这是由于一个偏爱的变体沿着侧翼基因组区域拖曳的缘故，因为它的频率快速上升，其速度比重组破坏的速度快。协会。 由于重组的确会随着时间的推移而破坏关联，因此您需要相对较新的选择性扫描以使用这些方法检测它们。 由于犹太人，尤其是阿什肯纳兹犹太人，是相对较新的历史记录，因此时间安排对于犹太人的扫荡不成问题。 但是另一个因素是，他们使用的两个主要测试EHH和iHS都不擅长进行刚刚开始的扫描。 EHH适用于几乎完成的扫描，因此所选等位基因的频率接近100％。 iHS最好是中档值。 通过结合使用这两种技术，他们发现与阿什肯纳兹犹太人特征性疾病有关的六个基因具有自然选择的特征。 自然选择是不言而喻的，因此似乎一直在发生这种疾病只是该疾病的副作用或副产品 适应.

他们发现的最强烈的信号是 醛脱氢酶2。 欧洲人最强烈的信号， LCT，在Ashkenazi犹太人中找不到。 但是 LCT 在欧洲人中发出强烈信号？ 许多南欧人口的派生频率很低 LCT 等位基因，表明他们尚未受到乳糖酶持久性的强烈选择。 这些是与阿什肯纳兹犹太人在基因上接近的相同种群。 作者认为，犹太人和欧洲人的混合物发生在派生物扫掠之前。 LCT 等位基因，但似乎更合理的是，Ashkenazim与欧洲人口（例如意大利人）混合在一起，而这些人并没有表现出太多的乳糖酶持久性。 至于 醛脱氢酶2，该位点的遗传变异与酒精中毒之间的关联是众所周知的，并已被用来解释该疾病的犹太人患病率低。 在这种情况下，作者认为免受酒精中毒是自然选择的积极副作用：

尚不清楚驱动ALDH2基因座选择的机制，但是在该选定区域内可能的选择靶标是TRAFD1 / FLN29基因，它是先天免疫系统的负调节剂，对于控制对细菌和病毒感染的反应很重要（49）。 TRAFD1 / FLN29可能在对病原体的免疫反应中赋予了选择性优势，也许接近犹太人从巴比伦被囚禁返回以色列的时候。 尽管尚不清楚选择机制，但这仍然是一个公认的已知表型的推定选择区域的杰出例子。

许多其他基因座自然没有显示出自然选择的特征。 但是这种工作是探索性的，并且其技术的力量是有限的。 实际上，我们似乎在理解犹太人的系统树上走得很远，并且我们终于掌握了可能修剪树枝的外在参数。

引文： 史蒂芬·布雷（Steven M.Bray），珍妮佛·穆勒（Jennifer G.Mulle），安妮·多德（Anne F. 阿什肯纳兹犹太人口PNAS的创始人效应，混合和选择的签名： 10.1073 / pnas.1004381107

相关新闻： 约翰·霍克斯, 关于阿什肯纳兹人口历史的新数据.

图片来源：Wikimedia

我可能不同意第一篇文章的结论细节（我个人认为，如果不是巴勒斯坦人或穆斯林，反社会立场在许多圈子中的重要性会有些怪异，但我不反对。认为这与种族主义有关）。 但是第二篇文章对我的文章的断言显然是错误的。 这个人可能没有读到批评中的链接，因为我指出“犹太人的血统在基因组上有很多相同。” 我怀疑您是否必须精通科学术语才能使我所谈论的内容有所偏离。 但是第二篇文章中的另一个问题是，海报似乎并不太在乎Mizrahi犹太人。 显然，这群人没有欧洲血统，而且显然不是欧洲殖民者。 我知道，以色列的左派和阿拉伯/穆斯林批评者的确关注该州的阿什肯纳兹犹太人世俗犹太复国主义者，许多左派在某种程度上不适当地将白人/非白人二分法应用于以色列社会（犹太人是白人，阿拉伯人是非白人） ）。 我注意到的关于犹太遗传学的评论和问题中出现的一种趋势是隐性替代 德系 犹太人为犹太人。 再次，好像非欧洲的犹太人是琐碎的事，可以从修辞等式中排除掉（以色列的情况确实如此，其中约有一半的犹太人是非欧洲裔的）。

这是使我普遍怀疑任何给定的科学结果的事情 一定 需要一套政策或价值立场。 我一遍又一遍地看到了相同的科学数据被用于支持截然相反的规范立场。 显然，科学并没有驱动核心论点的逻辑。 相反，科学是一种事实，是为了赋予权威和其文化声望的魅力而产生的。

两组的方法相似。 以感兴趣的犹太人和非犹太人为对象，并用SNP芯片对其进行排序，然后尝试提取一些有用的模式以进行分析。 我想再次强调一个重要的问题： 提取有用模式的不同方法得出的结果有所不同，这些结果本身在很大程度上是人类的构造，仅大致映射到现实的形状上。 “遗传距离”的度量实际上只是有用的修饰，其生物学现实情况是数十亿个碱基对之间的差异有些不同。 这就是为什么有时很难谈及这些研究的“底线”是什么； 底线代表了人类在自然过程中生成直观类别和表示形式的尝试，这在某种程度上与我们格格不入。 因此，在谨慎行事的情况下，让我们看一下本文中的数字可能说明我们微不足道的人类直觉。

首先，这是PCA的一部分，其中各种犹太群体与HGDP数据集中的一系列人口以及一些其他人口混合在一起。 具体来说，我将重点放在面板B上，该面板扩大了包含欧洲和西亚裔人口的地块区域。 此外，我添加了一些额外的标签，并扩展了图例以使查看更加清晰。

第二个数字将变异限制在欧洲和西欧亚人口中，以便提取出变异的两个最大维度。 请注意，关系的常规配置保持不变（如果稍微旋转一下），但是现在大小发生了变化。 在第一个情节中，未混血的非洲人口是最多样化的群体，而在第二个情节中，具有相当非洲血统的阿拉伯群体，如贝都因人则是。 因此，本征向量1似乎按照其非洲血统大致将西亚组排序，而第二本征向量是各个区域组内的粗略的东西轴。

PCA与上一篇论文非常吻合。 Ashkenazi犹太人大约介于欧洲和中东人口之间，正如人们所期望的那样，如果他们在某种意义上是各族之间的混合体。 在第一篇论文中，“意大利”小组来自意大利北部。 本文来自托斯卡纳（图1和图2分别为Tus / T）。 更有趣的方面是非阿什肯纳兹集团。 本文似乎证实了早​​先论文中明显的东西方划分，即阿什肯纳兹和塞法第集团与伊拉克和伊朗的米兹拉希犹太人一样，形成了一个自然集群。 此外，摩洛哥的犹太人似乎接近Ashkenazi-Sephardic族群（摩洛哥犹太人是Sephardic，但出于本文的目的而分开了一些）。 在HGDP样本中，最接近摩洛哥犹太人“东道国”人口的是阿尔及利亚的莫扎比人，他们是撒哈拉柏柏尔人。 不幸的是，我认为这不是柏柏尔人的最佳代理，因为莫扎比人拥有撒哈拉以南非洲血统的很大一部分，比我从马格里布的人口中收集到的更多。 但是他们也加入了自己的摩洛哥人小组，尽管我没有在补充表1中找到表示该样本出处的符号。

另一方面，也门犹太人更容易理解。 他们似乎摇了摇 只是另一个中东人口。 在这两个情节中，它们都是沙特人的子集。 由于它们在阿拉伯半岛的西南部受到区域限制，因此这是有道理的，因为沙特的样本在其最近的血统中似乎具有更多的区域多样性（下一个数字在我看来很清楚）。 因此，也门犹太人大约是“主流”犹太人群体的第三大集群。 尽管他们的历史不像伊拉克和伊朗的犹太人那样古老，他们大概可以追溯到阿契美尼德人的波斯帝国时代（自然是巴比伦犹太人的较早时期），但它确实做到了 伊斯兰教之前。 另外，遗传数据表明，自伊斯兰教崛起以来，这个犹太人社区就一直是内婚制，如下图所示。

它使用ADMIXTURE方法，每种特定颜色代表八个祖先种群。 我已将该图截断为感兴趣的人群，尤其是中东的人群。

自从伊斯兰崛起以来，中东犹太人一直是相对内婚的推论得到了这一数字的支持，在个人的基因组中，红棕色部分与撒哈拉以南非洲血统非常接近。 阿拉伯和北非穆斯林团体倾向于拥有一些可观的撒哈拉以南非洲血统，但犹太团体则没有。 这可能是由于一个事实，即撒哈拉以南非洲人作为奴隶的到来是伊斯兰时代国家的一个特征，这些国家与撒哈拉以南的非洲的贸易联系远比任何古代社会都广泛。 在伊斯兰教中没有悔改的犹太人被边缘化，没有充分参与这些社会的商业和文化生活。 当时似乎可以假设，奴隶血统和血统的人进入犹太社区的途径很少，这在穆斯林社会中很普遍，在穆斯林社会中，如果父亲是自由的，则承认奴隶妇女的后代是自由的。 德鲁兹人是传统上仅限于黎巴嫩山区的后穆斯林教派，表现出与中东犹太人同样缺乏撒哈拉以南非洲人的血统，这大概表明了他们在过去一千年中被阿拉伯世界边缘化的迹象。伊斯兰教一般。

从这个数字看来，摩洛哥犹太人在某种程度上与摩洛哥的非犹太人口完全不同。 从非洲-欧亚大陆岛的最西端开始，该地块中的绿色部分似乎缺乏分组。 完整的数字表明，东部地区以及撒哈拉以南非洲地区的人口也缺乏这种疾病，但那些具有混合性的人群除外。 然后，此部分指向世界岛中心内的起源，重点是 马什里克 和一些偏东地区。 对我来说，这一部分对摩洛哥犹太人的贡献之大，是因为人们早先观察到阿什肯纳齐人，塞帕第奇人和摩洛哥塞帕第奇人犹太人之间有密切的联系，而且所有这些群体在一定程度上都与中东有联系（尽管其中有些可能是法国和法国巴斯克人之间的对比表明，同一国家内的不同群体可能有不同的贡献，因此摩洛哥非犹太人的样本可能没有代表性）。

最后，让我们看一下该表，该表尝试使用等位基因共享来总结遗传距离。 较低的值表示更多的遗传亲缘关系。

我可以说，把所有的变化放到一个手提包里似乎并没有真正告诉你太多。 这是作者：

然后使用等位基因共享距离（ASD）的方法探讨了我们人群样本之间的遗传关系。表1提供了每个犹太社区与其对应的寄主人口，所有犹太社区，西欧亚犹太社区以及它们各自的犹太群体之间的遗传距离（由以下推论得出） PCA和非犹太黎凡特人。 与基于PCA的推断犹太子集群相比，Ashkenazi，Sephardi，摩洛哥，伊朗，伊拉克，阿塞拜疆和乌兹别克斯坦的犹太人社区具有最低的ASD值……在除Sephardi犹太人社区以外的所有社区中，这种ASD差异在统计上都是显着的…ASD Ashkenazi，Sephardi和高加索犹太人口及其各自宿主之间的价值低于黎凡特的每个犹太人口与非犹太人口之间的价值。 这可能是由于黎凡特的遗传上更加多样化的非犹太人口在我们的计算中固有的偏见的结果。 埃塞俄比亚和印度犹太人社区与其东道主人口相比，其ASD值最低。

那么这里的底线是什么？ 我认为最重要的是没有底线，我们需要根据具体情况进行操作。 在这篇文章中，我重点介绍了中东犹太人，但让我们关注的是印度犹太人，与犹太散居者分开的孟买的本尼·以色列和科钦人，后者与犹太人的融合度更高。没有塔木德（Talmud），没有科钦犹太人（Cochin犹太人）。 这两个群体在基因上都类似于他们的印度寄主种群。 然而， Y染色体标记强烈暗示Bene以色列人是中东男性犹太人的后代 （许多携带科恩模态单倍型）。 在印度可能发生的情况是，尽管存在文化上的区别，但犹太人和非犹太人之间几代人的交往导致两组之间的差异被淘汰。 为什么与其他犹太人群体有所不同？ 我怀疑这与犹太人和印度的回教文化之间相对缺乏一种特殊的关系有关，这与伊斯兰世界或基督教世界相对。 在印度，犹太人只是另一个群体，没有受到特别的排斥或边缘化。 非犹太人可以而且确实进入了印度犹太社区，而这在伊斯兰或基督教世界是大忌。 开封的犹太人似乎也经历了类似的过程，他们的婚姻并最终失去了身份，因为与印度的犹太人（尤其是科钦的犹太人）相比，他们最终与犹太侨民的隔离更大。 开封的犹太人的最后几代人可能来自中东商人，他们目睹了该社区的儿子通过培养该文化的经典而进入中国官僚机构，以及犹太著名汉族妻子的闹剧，他们倾向于在这里养猪。他们的院子。

引文： Behar，D.，Yunusbayev，B.，Metspalu，M.，Metspalu，E.，Rosset，S.，Parik，J.，Rootsi，S.，Chaubey，G.，Kutuev，I.，Yudkovsky，G.， Khusnutdinova，E.，Balanovsky，O.，Semino，O.，Pereira，L.，Comas，D.，Gurwitz，D.，Bonne-Tamir，B.，Parfitt，T.，Hammer，M.，Skorecki，K 。，＆Villems，R.（2010）。 犹太人Nature DOI的全基因组结构： 10.1038 / nature09103

但是自然会变得比这更复杂。 在伊斯兰教和基督教崛起为嵌入犹太人的主要宗教文明之后，启蒙犹太教犹太教建立了一个 莫迪斯维旺迪。 犹太人是一个法人实体，是少数人从属于多数人的企业，其与多数人的关系是通过在社区中有发言权和权力的知名人士进行调解。 尽管犹太人经常对死刑执行感到困惑，但犹太人在前现代政治部门中的地位并没有争议。 犹太人是有义务的对象，通常对有能力的人有用。 他们不是有权利和责任的公民。 在过去的几个世纪中，这种情况已经明显改变。 法国大革命和民族国家观念的出现，在这个民族国家中，所有公民在法律面前享有同等的权利和责任，加上科学的种族观念，使犹太人与他们所居住的社会（特别是在欧洲）的关系变得复杂（尽管泛土耳其人和泛阿拉伯民族主义是相似的，并导致相似的身份问题）。 尽管有西班牙这样的现象， “血液清洁”以及犹太人的自我观念 以色列到了19世纪，犹太人提出了具有非常特殊和确定的生物学品质且可遗传的种族观念。 纳粹的彻底灭绝计划与先前对犹太人社区的袭击形成鲜明对比，在犹太人社区，conversion依基督教和更广泛的同化是合理的目标。 纳粹分子不仅要消除犹太人的文化，而且要消除他们的生物学上的存在。 具有讽刺意味的是，欧洲犹太人自己将这种种族/民族特色的感觉内化了，即使在根本没有宗教信仰犹太身份的人（例如西格蒙德·弗洛伊德）中也很明显。 这解释了最初的犹太复国主义计划的世俗性质，该计划的目的是为犹太人创建一个民族的民族家园，从而使他们在国家之间而不是在国家之间成为一个国家（这是一个宗教和同化犹太人最初反对）。

随着大屠杀和第二次世界大战后种族民族主义的拒绝，根据头骨度量标准以及更合理的血统来对人进行测量和分类的通常是伪科学的实践，因此声名狼藉。 一些学者开始重新配置犹太人，而不是将其配置为生物后裔，而是将其配置为宗教意识形态或自白，最终成为种族身份。 这种文化模式的最极端支持者认为，犹太人群体是通过文化传播和宗教信仰化而出现的。 波兰的犹太人是采用犹太教犹太教的波兰人。 摩洛哥的犹太人是采用犹太教犹太教的阿拉伯人或柏柏尔人。 依此类推。 换句话说，这所学校将犹太人转变为德国改革运动的尝试，使犹太人成为另一种没有种族内涵的宗教坦白（因此需要对选择的某些方面进行重新解释） 员工兜帽）。

但是，由于基因科学的兴起，以及在犹太世界更广泛的潮流中，这种钟摆已经转回去了。 关于第二个问题，我将指出，美国改革运动已从其更为激进的调解中撤回了对外邦人的敏感性。 与手头主题特别相关的是，改革犹太教扭转了其对犹太民族思想的拒绝。 我怀疑这在很大程度上是因为美国犹太人和西方国家的犹太人在反犹太主义下降时，不需要通过自觉地将自己与主流的宗教身份观念结合来证明他们属于自己的身份。

现在我们来谈谈遗传学。 这 犹太人的遗传学涉及大量相关领域。 它的很大一部分是出于医学上的考虑，特别是“犹太疾病”，例如泰-萨克斯（Tay-Sachs）。 尽管大量研究的最终目的是澄清关联研究中的人口分层，但是在过去的几年中，人们对犹太人彼此之间以及与其他人群的可能起源和关系有了很多了解。 最初的重点是单亲谱系，雄性和雌性标记分别通过Y染色体和mtDNA。 这些的总体结果是 完全替代和纯粹文化传播的极端情况都是错误的。 一方面，世界各地的犹太人普遍拥有意料之外的遗传亲和力，这不是从地理上就能预测的，而只能从他们作为犹太人的共同宗教-种族身份来预测。 但是犹太人在地理上的聚集方式让人想起了他们所定居的外邦人口，这表明他们可能是在最初分离后独立发展和/或与当地人口混合在一起的。

其中最流行的 此博客上的帖子 着重讨论了阿什肯纳齐犹太人和外邦人之间的差异，尤其是欧洲血统的人们。 左图说明，年纪轻轻或犹太人的白人美国人在基因上很容易区分开。 考虑到医学遗传学家早就知道这种疾病具有生物学根源，并且在这些人群中严重偏重，因此犹太人表现出特别独特的遗传特征可能并不令人惊讶。 独特的性状暗示着独特的基因。 而且从文学记录中证明的犹太人的人口历史可以很容易地在遗传学研究得出的许多结果的框架内进行拟合。

但是，我上面提到的关于流离失所的犹太人社区之间的分歧的问题又如何呢？ 中的新论文 美国人类遗传学杂志 竭尽全力试图在不同的犹太人社区以及他们可能与之交往的其他人群之间建立一套关系。 基因组时代的亚伯拉罕的孩子：主要的犹太散居人口包括具有共同中东祖先的独特遗传集群:

一个多世纪以来，犹太人和非犹太人都试图定义当代犹太人的亲缘关系。 先前对血型和血清标志物的遗传研究表明，犹太人群体起源于中东，成对的犹太人之间的遗传相似性更高。 然而，这些和后续研究的单等位基因Y染色体和线粒体遗传标记并不能解决组内和组间犹太遗传同一性的问题。 在这里，对七个犹太人群体（伊朗，伊拉克，叙利亚，意大利，土耳其，希腊和阿什肯纳兹）进行全基因组分析，并与非犹太人群体进行比较，结果显示出独特的犹太人群体，每个群体都有中东血统，与当代中东人十分接近。东部人口，以及不同程度的欧洲和北非混合物。 根据主要成分，系统发育和通过血统（IBD）分析确定了两个主要类别：中东犹太人和欧洲/叙利亚犹太人。 IBD区段的共享以及欧洲犹太人彼此之间以及与南欧人口的接近表明欧洲犹太人的起源相似，并且驳斥了中东欧和斯拉夫人口对阿什肯纳齐犹太人形成的大规模遗传贡献。 艾克肯纳兹犹太人基因组中IBD的快速衰退与严重的瓶颈紧随其后的是大规模扩张相一致，例如所谓的人口膨胀奇迹，即从50,000世纪初的15人增长到5,000,000世纪初的19人。 XNUMX世纪。 因此，这项研究表明，欧洲/叙利亚和中东犹太人代表了由共享的IBD遗传线编织在一起的一系列地理隔离物或集群。

我能看到的这项研究的主要局限性是，没有包括非阿什肯纳兹犹太人的两个非常众多且有趣的群体，即摩洛哥人和也门人。 也门尤其令人感兴趣，因为在历史上对坚持犹太宗教的也门国王有一些提及，因此暗中可能把相当数量的南部阿拉伯人带入了该宗教。 我所看到的有关也门犹太人遗传学的研究在关于他们是否与其他犹太人或与非犹太人也门人表现出更多亲和力方面混杂在一起。 但是紧挨着结果宝库的那是一个小小的抱怨。 快速回顾研究中的组：

阿什肯纳兹（Ashkenazi）–轻松，中欧犹太人

伊拉克犹太人–米兹拉希（Mizrahi），大概是从巴比伦社区后裔的犹太人，其历史可以追溯到 第一次流放

伊朗犹太人– Mizrahi，应来自巴比伦犹太社区。 在波斯美索不达米亚征服巴比伦后的大部分历史中，美索不达米亚和伊朗的心脏地带被合并为一个政治部门。 在奥斯曼帝国设法抵制波斯之后，美索不达米亚和伊朗之间的分歧得以固定，波斯的萨法维德王朝在16世纪试图收回伊拉克之后，美索不达米亚和伊拉克之间的分歧得以保持。

叙利亚犹太人– Sephardic，但古代黎凡特犹太人的住所，其历史可以追溯到古罗马时期和1492年后的Sephardim。 叙利亚的原始礼拜传统显然延续到近代灭绝之前的现代时期

土耳其犹太人– Sephardic，但安纳托利亚犹太人的住所可以追溯到上古罗马时期和1492年后的Sephardim

希腊犹太人–主要是塞帕尔迪克人，是希腊犹太人的住所，其历史可以追溯到上古罗马时期和1492年塞帕尔丁之后（请注意，直到19世纪，希腊还是奥斯曼帝国的一部分）

意大利犹太人–我相信这项研究将他们归类为Sephardic，但该群体的起源和性质尚不明确。 意大利的犹太人社区可以追溯到上古罗马，因此不在Ashkenazi-Sephardic二分法之列，但在操作上它受到Sephardic Diaspora泛地中海游移的影响

实际上，最后一点是不同的犹太社区相互影响和相互影响，这是一个普遍的事实。 在极端的情况下，在中世纪时期对犹太人的迫害远至德国和西班牙，导致新移民涌入印度南部喀拉拉邦的犹太社区。 就像有一个从大西洋延伸到中国边界的伊斯兰世界，以及一个横跨西班牙和俄罗斯的基督教世界一样，犹太人的世界也从其心脏延伸到了中欧和中东，一直到遥远的地方前哨基地，如华北的开封和南印度的喀拉拉邦。 但是，强大的文化相互联系流并不一定需要大量的基因流。

让我们看一下图中所示的结果。 首先是一张表格，显示以上列举的犹太人口与HGDP数据库中选定群体之间的成对遗传距离。 对角线上方的数字表示Fst，换句话说，遗传变异在总种群中的比例，由种群之间的行-列对定义。 数字越大，两个种群之间的遗传距离越大。

由于我不得不缩略一些数字，因此以下是描述这些结果要点的文本：

这些发现表明，最遥远和最有区别的犹太人口是伊朗犹太人，其次是伊拉克犹太人（分别为所有其他犹太人口的平均FST 0.016和0.011）。 最接近的遗传距离是希腊人和土耳其人Sephardic犹太人（FST = 0.001）之间的距离，后者又接近意大利人，叙利亚人和Ashkenazi犹太人。 因此，可以识别出两个主要群体，可以归为中东犹太人和欧洲/叙利亚犹太人，这一观察结果得到成对FST和系统树分析的支持……。

在150年前希腊独立之前，土耳其和希腊社区在运作上几乎是统一的，因此，小距离是有道理的。 值得注意的是，在遗传距离上的区别映射到了罗马帝国和波斯帝国之间的区别，在罗马帝国和波斯帝国中，两个犹太人社区分别以不同的位点出现，分别是美索不达米亚和巴勒斯坦-亚历山大轴。 在罗马帝国境内的叙利亚犹太人比欧洲犹太人更像欧洲的犹太人，而不是东方的伊拉克犹太人。 尽管这可能部分是由于过去几百年来西班牙Sephardim的涌入。

但是Fst的数字可能很难用数字解释 完形 时尚。 因此，让我们看一下PCA图。 他们过滤了SNP，以获取最原始的信息。 也就是说，在人口差异之间表现出很多差异。 他们使用这些SNP提取了变异的最大独立成分。 请注意，PC 2和PC 3之间的差异很小，因此都引起了人们的兴趣。 首先，以下是与其他HGDP人口相关的犹太人群体：

没有惊喜。 犹太人跨越欧洲人和中东人。 但是，让我们深入研究。 他们还使用了PopRes数据集，据我回忆，该数据集比HGDP更具国际性。 我添加了一些澄清标签。

在我们如何理解犹太人，特别是阿什肯纳兹犹太人与欧洲人的关系方面，以上内容并没有真正改变。 粗略地说，犹太人与欧洲群体的遗传关系追踪了一个地区受到罗马影响的程度。 犹太人最接近意大利人，最不接近芬兰人和俄罗斯人。 另外，请记住要谨慎对待PCA图； 据我所知，这些维度不属于旨在最大程度地提高犹太群体之间人口差异的SNP集合，从而提高了区分犹太群体的能力。

回到HGDP样本，您会看到类似的模式。

伊朗犹太人和伊拉克犹太人，未曾受塞巴第散居犹太人或罗马帝国感动的犹太人与西方的犹太人群体截然不同。 实际上，有趣的是观察到，至少在总基因组含量上，各个黎凡特阿拉伯阿拉伯群体与伊拉克犹太人和伊朗犹太人相邻时，它们与叙利亚犹太人非常接近。

观察变异的另一种方法是通过结构，那里有K个祖先基团，单个基因组被认为是K个基团的合成。

结构图证实，阿什肯纳兹犹太人比其他犹太人更欧洲化，伊朗犹太人欧洲化程度最低。 地理学的这种影响，或者说是距离的隔离，在其他研究中也得到了证实。 但是，在完全不考虑距离的完美国际化的犹太人散居人口中，它应该更弱或不存在。 该模型似乎是错误的。 对于这种模式，最合理的解释是由单亲血统支持的， 是当地的犹太人口与周围的人口混杂在一起。 当然，可能是Ashkenazi犹太人经历了人口瓶颈，成为一个高度内婚的近交社区，因此遗传漂移导致了它们的独特性。 但是在那种情况下，他们应该表现出与巴基斯坦卡拉什（Kalash）一样独特的特征，可以认为他们是通过基因隔离形成了自己的“微种族”的。

回到大体上的遗传关系摘要，这里是用上面的Fst数生成的系统发育树。 我认为应谨慎对待这些树木，因为此类树木本质上是尖锐的且不连续。 甚至作者都观察到，这些犹太人群体以及整个人类群体的特征是随着时间的流逝而产生的基因流动和混合，因此，其中某些代表下的假设是理想化的。 树木总是被认为是健壮的，但是不知何故，我在不同的研究中已经看到非常广泛的树木，这常常取决于标记集或同一组人口的技术。

最后，作者检查了犹太群体基因组中的后裔认同度（IBD）。 IBDjust指基因组的一个区域与另一个相同的事实，因为它们是同一原始副本的后代。 例如，兄弟姐妹的后代具有巨大的基因组区域，因为每个亲代贡献了后代基因组的一半。 几代人通过重组打破了一条物理链上遗传变异的相关性。 如果两个不相关的个​​体的基因组长区域在血统上相同，则表明他们共享一个最近的共同祖先，而他们的基因组贡献并没有被太多的时间和重组所稀释。

本文的图3总结了主要的IBD结果。 在面板A中，红色条形是犹太-犹太比较，黄色是非犹太-犹太人，蓝色是非犹太-非犹太人。 小图C在二维平面上绘制了从IBD结果得出的遗传关系。

犹太人在血统上共享许多相同的基因组。 另外，关于哪些组彼此接近，其他结果也达成了普遍共识。 他们在文本中指出，犹太人之间血统相同的部分很小，这意味着重组已经打破了大块。 因此，这意味着高比例的犹太人-犹太人IDB是更多过去的许多共同祖先而不是最近的一些共同祖先的功能。 尤其是阿什肯纳兹犹太人，与较长的街区相比，跨短街区的基因组共享增加，这表明人口稀少。 基因位点在IDB基因座周围也被适度富集，这可能表明了犹太人群在功能上的共性。 如果您对犹太人倾向于共享IDB的基因感兴趣，请在此处列出：

毕竟我们在哪里？ 我认为讨论的这一部分解决了广泛的调查结果：

中东人口是由巴比伦和波斯帝国中的犹太人组成的，据认为这些地区在地理上一直保持连续。 相比之下，其他犹太人口则是由近来移徙是犹太人普遍习俗的希腊移民形成的，后者是从巴勒斯坦移居或驱逐出巴勒斯坦的犹太人和converted依犹太教的个人组成的。 在古罗马时期，大规模的宗教信仰转换导致罗马时代有6万人从事犹太教活动，占罗马帝国人口的10％。 因此，包括阿什肯纳兹犹太人在内的这些欧洲/叙利亚犹太人彼此之间以及与法国，意大利北部和撒丁岛人之间的亲缘关系，在建立欧洲/叙利亚犹太人群体和这与阿什肯纳兹犹太人在很大程度上是are依的卡扎尔人或斯拉夫人的直接直系后裔的理论不符。 在最近的其他几项研究中，还观察到了Ashkenazi犹太人与南欧人口的遗传接近性。

早期历史很重要，这些发现所指出的是，即使在2,000年之后，今天仍然存在西方和东方犹太人之间的鸿沟，这种鸿沟属于罗马波斯政治鸿沟。 就文化和遗传学而言，都有“先行者”的优势。 即使美国只有一小部分人是英语血统，但绝大多数美国人会说英语，并坚持 英国起源的文化传统。 同样，在群体历史的早期，混合事件可能会产生较大的影响，这要取决于后来人口规模的变化。

作者将重点放在特定的文化和历史参数上，指出奥古斯都时代的犹太人与查理曼大时代的犹太人非常不同。 到查理曼大帝时代，法利赛人的犹太教已将其他群体（在某种程度上除外卡拉派）边缘化。 在奥古斯都时代，犹太人被划分为不同的派别和说服力，并且充满多样性。 此外，在罗马宗教市场上，犹太人是一个中等企业家群体。 希律王朝本人是convert依的。 犹太人的宗教活动和信仰范围广泛，从埃森纳人近乎修道院的隔离，到订婚但分离主义的法利赛人，最后到在“希腊化犹太教”专栏下的更多融合主义习俗。 许多学者断言基督教是犹太教派最终起源于最后一个部门，基督教最终吸收了所有其他形式的希腊化犹太教。 法利赛人的犹太教，后来成为犹太教犹太教，最近又发展为犹太教 这里 犹太教的形成在很大程度上是由于必须适应和安抚主要的基督教和伊斯兰宗教文化，并在中世纪早期融入其中。 从基督教或伊斯兰教转变为犹太教通常是死罪（尽管在穆斯林土地上不禁止从基督教向犹太教的转变，尽管在穆斯林土地上居住的穆斯林很少，但在基督教土地上从伊斯兰教转变为犹太教是不被禁止的）。 因此，在公元500年以后，似乎发生了这样的情况：尽管有一些原始的黎凡特起源，但具有地理上确定的遗传多样性特征的犹太人散居者从周围人群中遗传分离出来。 这解释了为什么尽管斯拉夫基因在波兰-立陶宛以及后来的俄罗斯帝国中长期逗留，但它们相对较少地流入阿什肯纳兹。 相比之下，凯撒大帝时期的罗马犹太人社区已经很庞大了，大概与各种起源的城市无产阶级通婚了。讽刺的是，这些数据表明现代犹太人，尤其是阿什肯纳齐姆（Ashkenazim），但在较小程度上由于异教徒的希腊罗马世界的不受约束的特征，犹太人在很大程度上受到了尖锐的批评，而塞普哈季姆也与欧洲的异族有着共同的血统。 雅典（Contra Tertullian）雅典与耶路撒冷有很大关系。

图片来源：维基百科

引文： Atzmon，G.，Hao，L.，Pe'er，I.，Velez，C.，Pearlman，A.，Palamara，P.，Morrow，B.，Friedman，E.，Oddoux，C.，＆Burns， E.（2010）。 基因组时代的亚伯拉罕的孩子：主要的犹太散居人口组成了具有共同中东祖先的独特遗传集群《美国人类遗传学杂志》： 10.1016 / j.ajhg.2010.04.015