Unz评论•另类媒体选择$
美国主流媒体大都排除了有趣,重要和有争议的观点
通过电子邮件将此页面发送给其他人

 记住我的信息



=>
作者 筛选?
拉齐布汗
没有发现
 玩笑基因表达博客
/
混合工具

书签 全部切换变革理论添加到图书馆从图书馆中删除 • B
显示评论下一个新评论下一个新回复了解更多
回复同意/不同意/等等 更多... This Commenter This Thread Hide Thread Display All Comments
同意不同意谢谢LOL轮唱
这些按钮可将您的公开协议,异议,感谢,LOL或巨魔与所选注释一起注册。 仅对最近使用“记住我的信息”复选框保存姓名和电子邮件的频繁评论者可用,并且在任何八个小时的时间内也只能使用三次。
忽略评论者 关注评论者

的截图2016 06 13 18.15.37

刚收到通知,其中有一个更新 混合工具 GitHub。 另外,一些人感兴趣的是:“它包含一个使用GNU子例程库(gsl)的qpGraph的公共域版本。” 你可以找到 示例数据 帝国实验室网站。

(相关说明,也可以查看艾丽西娅·马丁(Alicia Martin)的 GitHub上,它有很多本地血统的东西)

 
• 类别: 科学 •标签: 混合工具 

尼克·帕特森(Nick Patterson)刚通过电子邮件告诉我,有可用的ADMIXTOOLS新版本。 这是 。 值得注意的是,两个最小的新程序 文件,qWave和qpAdm。 结合可用的数据集,应该足以让有动力的人自己产生一些结果……。

 
• 类别: 科学 •标签: 混合工具 

不到一个月前,我指出了 混合工具。 不幸的是,尽管我在家中只有一个台式机专门用于个人基因组兴趣爱好,但我仍无法腾出周末的时间来进行自己的分析。 这是非常可悲的,有时我对发布到公共领域的所有出色科学软件的使用量很少感到沮丧。 但是,如果您还没有看到它,我想指出您 Dienekes Pontikos使用ADMIXTOOLS的帖子。 坦白说,我对这类事情的亲身经历告诉我,在我使用该软件包并对其趋势有所了解之前,请不要做出任何判断。 但是,直到我们当中有志向的人设法度过一段时光之后,Dienekes才拥有了自己的全部领域。

 
• 类别: 科学 •标签: 混合工具, 个人基因组学 

DIY探索性分析未提供评论的时间快要结束了。 的Alpha版本 ADMIXTOOLS缺货。 这是一个中等大小的下载文件,压缩格式为166 MB。 请注意,其中大多数由数据文件组成,而不是程序本身。 我上传了一个 自述文件 如果您犹豫不决。 二烯 有预览。 我可能要等到这个周末才能四处逛逛。

如果您对这为什么这么大感到困惑,请 看我的帖子。 对于那些愿意花一些计算时间来探究问题的普通人来说,我们正接近亚当咬苹果的领域。

更新: 从评论:

对于未来的Google员工,您需要在Mac(Mac OS X 10.6.8)上进行编译的唯一方法是在Makefile中添加一行。 代替:

libnick.a: 目录表 \$(OBJ)
ar -r libnick.a\$(OBJ)

libnick.a: 目录表 \$(OBJ)
ar -r libnick.a\$(OBJ)
ranlib libnick.a

然后把所有东西弄干净。 应该编译好。

 
• 类别: 科学 •标签: 混合工具, 基因, 基因组学 

髓: 你是亚洲人是的,就是你!

重要论文的结论, Nick Patterson,Priya Moorjani,Yontao Luo,Swapan Mallick,Nadin Rohland,Yiping Zhan,Teri Genschoreck,Teresa Webster和David Reich:

特别是,我们提供的证据表明,大约公元前5000年的欧洲遗传史包括:

1.新石器时代的农民可能来自中东。

2.新石器时代的移民几乎完全取代了南欧中石器时代的土著居民,并使新石器时代的农民与北部的欧洲土著人混为一谈。

3.大量人口涌入西班牙,这与考古证明的贝尔-贝克烧杯现象同时发生(HARRISON,1980年)。

4.随后,邻近地区的人们之间交配,导致距离隔离(LAO等,2008; NOVEMBRE等,2008)。 这趋于使4,000年前的人口结构趋于平滑。

此外,今天撒丁岛和巴斯克地区的人口受这些事件的影响要小得多。

 

在里面 基因, 人类历史上的古代混合物。 通读它,我可以看到为什么未在其中发布 自然 or 科学: 方法至关重要。 在介绍新结果之前,作者回顾了五个系统发育和进化遗传导入的种群遗传统计。 这些统计数据用来衡量混合的可能性,混合的程度和混合的日期,通常是由同一小组在以前的论文中提出的,但嵌套在补编中。 一方面,这消除了推动科学发展的引擎的视线。 另一方面,我一直很欣赏这种不公正对待使洞察力成为可能的方法的好处是,那些没有学术知识的人实际上可以咬住研究者的思维方式。

我确实阅读了这些方法。 两次。 我之前遇到过所有统计信息,并且已经阅读了统计信息的产生方式, 但老实说,我承认我还没有内部化它们。 现在必须结束,因为作者终于发布了实现统计信息的软件包ADMIXTOOLS。 我计划在不久的将来使用它,并且如果您处于分析的最后阶段,那么最好是了解软件包的基本机制。 我将在以后的文章中更详细地回顾技术要点,更多是出于我自己的兴趣而不是您的兴趣。 但是目前,我会变得有些草率。 其中四个测试使用沿明确的系统树的等位基因频率进行比较。 这太笼统了,以至于无法提供描述,但据我所知,它是准确的。 从根本上讲,测试正在查看模型是否适合数据(相对于 混合树,它会在一定范围内找到最佳模型以拟合数据)。 最后一种方法 滚下,根据的衰减推断混合事件的时间 连锁不平衡。 简而言之,两个截然不同的种群之间的混合具有产生惊人的基因组相关性的具体结果。 随着时间的流逝,这些相关性由于重组而消失。 耗散的大小可以用来衡量过去发生原始混合物的时间。

让我们看一些结果。 表格的左侧是说明HGDP中最重要的3人口测试得分的表格的一部分。 作者检查了所有各种组合,这些组合以可能的混合物出现在顶部(即,两种来源在目标中产生特定的模式)。 请记住,这些三合会不应该从字面上理解。 维吾尔族不是日本人和意大利人的后裔。 相反,它们是来自对这两个来源具有遗传亲和力的种群的后代。 恰恰是,维吾尔族是东北亚突厥人的后裔,他们吸收了印欧语系。 大多数结果是相当明显和可解释的。 已知有几个中东人口具有撒哈拉以南非洲混合气,这一点在结果中得到了证明。 其他人可能会因为人口的模糊而更加困惑,但是Burusho显然在聚类算法上拥有古老的东亚血统,因此对我来说并不奇怪。 同样,由于Finno-Ugric或突厥人的祖先(随着沙皇扩大领土,Ta族经常被吸收为俄罗斯族裔身份),HGDP数据集中的俄罗斯人具有“东方”亲和力(或至少有些)。

其他一些结果更令人困惑,但是仍然可以找到历史解释。 我已经看到有证据表明,一些柬埔寨样品可能含有古老的印度混合物,尽管对我而言尚不完全清楚。 但这可以解释为什么在这一人口中有西欧混合气的特征(尽管有人想知道为什么捐助者不是Bal路支或帕坦。) 锡伯族和土族是东北亚群体,在中国与欧亚大陆内部的边界上。 将西欧亚混合成这些群体并不意外。 历史上证明了西欧亚人是汉朝灭亡后到达华北平原的雇佣军和士兵,一直到在忽必烈汗(Kublai Khan)统治下服役的阿兰斯(Alans)。 一些蒙古族和突厥族人的个人被证明具有欧洲人更典型的特征(例如,红头发),因此,这种混合物很可能是相对古老和广泛存在的,早在欧洲时代之前就已存在。 蒙古包.

上面的这些结果中有一个不合逻辑的注释。 作者使用 滚下 并推测到现在为止已有约800年的历史。 这远远低于早先的估计,后者比现在早了2,000年。 首先,我不得不说,我对早先报道的更高的价值表示怀疑。 从我所知不多的是,重新排列了亚洲内地格局的图尔-蒙古民族的动荡目前还没有真正超越中国的边缘。 回想一下,从史前到伊斯兰时代,中亚一直是伊朗人的领土(中亚从波斯纳特到突厥的完整过渡到今天还没有完成,尽管自公元1000年以来已经发展了几个世纪)。 突厥部落在帕米尔高原的另一侧被封锁了约一千年,是否值得置信? 也许。 但它应该值得怀疑,并且对这里提供的较低价值持开放态度。 作者考虑的技术原因是,当参考群体不合适时,基于结构的推论可能会高估混合。 然而,作者仍然承认,当查阅历史文献时,1,000年简直是难以相信的。 奇怪的是,它确实与蒙古统治的日期保持一致,在此期间,维吾尔族在蛮族帝国中担任公务员(蒙古文字源自旧的维吾尔文字)。 在这一时期,我设法挖出了一幅维吾尔族的洞穴壁画。 确实有艺术许可,但对我来说,它们看上去很东亚,而不是现代维吾尔族的混合欧亚外观模态。 我不会谈及现代维吾尔族人相当复杂的民族学和民族学,以及它们与俄罗斯和中国民族志学家的关系,但我要说的是,对于这一领域过分依赖历史文献的真实性,需要谨慎行事。 ,因为语义上的混乱。

因此,让我们进入主要课程: 欧洲发生了什么? 在将焦点放到宏观图上之前,让我们强调一个次要方面:作者发现了证据,证明有大量基因从北欧在大约4,000年前流向西班牙。 我让他们在这里讲话:

我们假设在这里看到的是“贝尔-贝克烧杯文化”的遗传信号(HARRISON,1980)。 钟形烧杯的最初文化流动似乎是从南到北,但是整个故事可能很复杂。 确实有一个假设是,在从伊比利亚开始扩张之后,有一个反向流回伊比利亚(CZEBRESZUK,2003)。 这种“回流”模型与我们的遗传结果大致相符,如果这是正确的解释,则表明这种逆向流动可能伴随着大量的人口流动。

有两件事要敲这里。 第一的, 锅随人而动。 那就是从结果中得出的推论。 这不是锅,不是人,而是人与锅。 第二,在基因流动方向上逆转的想法很有趣,我认为需要更加认真地对待。 似乎最合理的候选人是后来成为 凯尔特人。 凯尔特人曾经与贝尔烧杯有关。

但是更大的冲击是 欧洲人,尤其是北欧人,似乎具有重要的东北亚成分。 从散文的本质上,我觉得作者肯定感到吃惊。 他们基本上是这么说的。 在解决他们的困惑的过程中,他们用任何方式给猫剥皮。 在我看来,北欧人确实真正地部分源于与“第一批美国人”有亲缘关系的人口。 我之所以这样说,是因为他们所测试的西伯利亚样本实际上在3人口测试方面比南美美洲印第安人样本的结果差。

那么祖先的比例是多少? 使用西伯利亚人口,北欧人的估计间隔为5-18%。 作者将撒丁岛人作为他们的“纯”欧洲参考,并承认由于这一事实,他们的掺混物估计值可能低于实际价值。 推论就是推论,您相信这个结果吗? 当它发生的时候 作者还检查了冰人奥兹(Ötzi),发现他和现代撒丁岛人一样,在东北亚的血统也很少。 Ötzi的存在距今已有约5,000年。 使用 滚下 作者估计混合的日期大约是现在的4,000年,误差将近1,000。 此外,使用不同的数据集,它们的混合日期大约比现在早了2,000年。 后者显然是错误的(他们解释了为什么这会在文本中发生)。 但是Ötzi似乎已经限制了它的发展速度,至少在南欧是这样。

在发布之时,作者还没有时间从的摘要中引用这个有趣的块。 2012年ASHG:

蒂罗尔冰人(Tyrolean Iceman)的5,300年历史的木乃伊的完整基因组于1991年在意大利和奥地利的边界附近的冰川上发现,最近已发表,并对他的起源以及与现代欧洲人口的关系产生了新的见解。 这项研究的一个重要发现是,最近一次与南欧人特别是撒丁岛人的共同血统……我们使用了452个撒丁岛人的全基因组测序的未公开数据,以及来自Complete Genomics和1000 Genomes项目的公开数据,确认冰人与当代撒丁岛关系最密切。 对这些数据以及最近发表的有关瑞典的新石器时代农民和猎人-采集者的研究中的古代DNA数据进行的分析显示,冰人与农民个体最密切相关,但与猎人-采集者最不相关,撒丁岛人再次是当代欧洲人具有最高的亲和力。 引人注目的是,一项分析包括来自保加利亚的一个铁器时代早期个体的新的古代DNA数据,也显示了该个体与现代撒丁岛的最强亲和力。 我们的结果表明,蒂罗尔冰人不是从撒丁岛来的新移民,而是在当代欧洲人中,撒丁岛人代表的是与大约5000年前南高山地区人口最密切相关的人口。 来自欧洲遥远地区的古代DNA样本与撒丁岛的遗传亲和力也表明,在青铜时代,这种遗传特征在整个欧洲更为普遍。

我敢打赌,这个保加利亚样本不会展现东北亚血统,尽管谁知道呢?

在欧洲范围内,掺合料的强度具有一定的地理格局。 北欧人口最多,南欧人口较少,像塞浦路斯人这样的岛民几乎没有。 回想一下,撒丁岛似乎是最好的参考,因此〜0底可能只是我们所拥有的量尺的统计伪像。 话虽如此, 在距今不到5,000年的时间里发生了什么,以重新排列欧洲格局?

答案可能听起来很疯狂,但我认为最可能的解释(即使不太可能)与印欧语系有关。 我们知道,最晚在公元前1500年,希腊就说出了印欧语言。 从较不先进的聚类算法中可以明显看出的一件事是,巴斯克人和芬斯人在邻居方面有些不同。 尽管从基因上看它们并没有那么大差异,但它们仍然缺少一些“有趣的”元素。 左边的结果来自 二烯,尽管我已经复制了它。 您会看到法语和法语巴斯克语之间存在类似的区别。 巴斯克人似乎缺乏与西亚有联系的东西。 这些结果以及其他地方的暗示暗示,巴斯克人可能不是狩猎采集者的后裔,而是最早的欧洲农民。 那么谁来追赶他们呢?

虽然这使我感到奇怪,但我不禁想像印度欧洲人口迅速膨胀到欧洲,并推向南部半岛。 这些人可能是西亚人,北欧中石器时代人和东北亚人的新近形成的世界性混合体。 我不知所措,无法猜测谁是第一批像美国一样的东北亚人,尽管也许他们是西方的东北派别。 凯茨? 然后,这些人陷入了部落的混杂之中,这些部落本身是由移民的西亚农民和北欧人之间的综合而产生的。 简而言之: 也许印欧人是流浪汉! 如果您查看历史记录,这并不是一个完全疯狂的主张。 征服人群经常合成并吸收被征服者。 有时,他们甚至以深厚的文化方式被征服(例如,布尔加斯人)。


为了抵制有关诽谤和spec测的指控, 我完全理解我上面建议的大部分内容可能是错误的。 但是奇怪的结果将引发毫无根据的假设。 而且我不应该夸大这些结果的奇怪程度,我认为它们将经受住时间的考验。 作者是一流的,并且 约瑟夫·皮克雷尔博士发现了相同的模式 (与欧洲人和美洲原住民之间的联系)与TreeMix! 如果我们坐下来反思表型,那应该并不完全令人惊讶。 一些斯堪的纳维亚人一直以其具有普遍的欧亚风格为特色而令我感到震惊。 显然,这种趋势在萨米人和芬兰人中更为强烈,但在瑞典人和其他人中可以看到。 在南欧各国人民中,这对我而言并不那么明显。 我怀疑有人会把撒丁岛人与欧亚人混为一谈,而几年前我在意大利呆了一段时间时,我从未有过这种感觉(相比之下,有些芬兰人对我来说看起来很亚洲)。

最后, 本文着重指出了人口遗传与柏拉图无关的事实。 一个物种中的种群在满足理想主义者的意义上根本就不是清晰和独特的。 上一篇论文的作者对此表示赞同,说明了如何通过远距离隔离动力学将恒定的基因流与他们的混合测试混淆和混淆。 这些结果表明北欧人大约占东北亚的10%。 这是否意味着北欧人中有10%是非白人? 好吧,事实证明 白人总是10%非白人! 我们只是不知道。 我的女儿(北欧人占50%)现在是大多数非白人吗? 哦,等等,我是南亚人。 那意味着 我是白色的〜50%! 我的朋友是25%的日本人,现在超过25%的东北亚人吗? 语言和概念使我们在时间和空间的陌生界限上失败了。 人口和家谱不适合我们的分类。 从深层次上讲,我们都是混合体,沿着系统发育树划分祖先是有用且可理解的小说。 这些技术使肉体upon积在考古学的骨骼上,并熏蒸了历史的轮廓。 但是,我们始终需要意识到,历史不是人类创造的,而是挖掘出来的,然后在我们的博物馆中给它适当的修饰。 然而它 is.

相关新闻: 二烯 (显然)有很多话要说。

图片来源: 维基百科上的数据, 维基百科上的数据维基百科上的数据.

引用: 10.1534 / genetics.112.145037

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”