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古代的DNA

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k8488 In 马,轮和语言:欧亚草原的青铜时代骑手如何塑造现代世界 考古学家大卫·安东尼(David Anthony)概述了以下论点: 在青铜时代,欧亚大陆西部的草原迁徙改变了北欧的文化。 安东尼出版这本书时(如果您对此主题感兴趣的话,应该真正读一读),这有点怪异。 尽管他的思想谱系由来已久,但可以说可以追溯到几个世纪以前,并随着JP Mallory的著作而扩展到现在。 寻找印度欧洲人在过去的几十年中,最重要的是传播各种形式的信息。 特别是,印欧语系最早由农业学家到达的论点后来方兴未艾,在语言进化的系统发育模型中得到了一些支持。

安东尼的论点在某种程度上介于欧亚草原早期的现代移民主义和较新的理论之间。 他建议草原受到库尔干人的影响 是由于精英统治和文化模仿。 这里有一个类比,可能是匈牙利,那里有一个说乌格里克语的精英最终向人民传授了一种语言,但很少有独特的基因。

最终,安东尼与一些遗传学家合作,并提供了用于DNA分析的样品。 结果最终导致移民主义的复活, 来自草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源。 从我听到的消息中,安东尼的反应是基因改变的巨大幅度之一。

5156rR + E2lL._SX326_BO1,204,203,200_ 这是高级视图。 但是细节呢? 在过去的几年中,我 突出 工作表明 许多Y染色体谱系是星形的。 也就是说,他们经历了最近的人口增长。 最近大约在5,000年前。 但是Y染色体只是一个基因座。 我一直对X的结果感到好奇,因为X还能为您提供良好的性别动态。 女性花费时间的2/3,男性花费时间的1/3。

艾米·戈德堡(Amy Goldberg)这样做了, 从古代X染色体推断,新石器时代的家族迁徙与欧洲青铜时代的大规模男性迁徙形成鲜明对比:

人类史前的重大事件,例如安纳托利亚的农业向欧洲的传播以及新石器时代/青铜时代(LNBA)从庞蒂克里海草原的迁徙,都可以通过当时人们的遗传变异模式进行调查。 。 特别是,根据古代基因组对男女人口历史的不同研究可以提供有关史前人口社会结构复杂性和文化互动的信息。 我们使用机械混合模型比较了20个新石器时代早期人类遗骸和16个LNBA遗骸中的按性别特异性遗传的X染色体与常染色体。 与许多农业人口的祖国化所提出的先前假设相反,我们没有证据表明新石器时代早期在欧洲范围内传播农业的移民期间存在性别偏见的混合物。 但是,对于以后在LNBA期间从庞蒂克草原进行的迁徙,我们估计雄性会产生很大的偏见,每迁徙的女性中约有5-14个迁徙的男性。 我们发现,在多代人的时期内,有从草原到中欧的持续迁移(主要是男性)的证据,其性别偏向水平不包括单代人的脉动迁移。 在这两次迁徙过程中,针对特定性别的迁徙形成了鲜明的对比,这表明了不同的文化历史观,在新的石器时代的迁徙中,男女的大规模迁徙(大概是整个家庭)推动了大规模的迁徙,而后来的青铜时代的迁徙和相反,文化转变是由男性移民带动的,可能与新技术和征服有关。

的截图2016 09 30 22.33.39 左图显示了关于农民男性和女性以及草原男性和女性对青铜时代欧洲人口的定量贡献的推论。 简而言之,看起来北欧人的人口来自草原上的男性和本土女性的融合,这些女性本身是由一群欧洲狩猎采集者和西亚农民的祖先组成的。

但是有关此预印本的更有趣的事情之一是 外加剂不能通过单个脉冲事件进行建模。 似乎有几代人反复从草原迁出。 但是,这些男人并没有带来女人,至少在很多方面没有。 预印本列出了常识性原因: 这些是机动团体,可能是一群拿着武器的人。 如果您的游戏是其他人类的捕食者,那么对妇女和儿童进行行李托运并不是最佳选择。

有可能发生的历史类似事件。 阿根廷 线粒体世系展现出许多美洲印第安人遗产的国家。 但是整个基因组要少得多。 这是因为 男性偏向欧洲移民。 这一代将导致混合种群,但是许多代将缓慢替换整个基因组。

具体来说,我们永远不会知道印欧人征服北欧平原后会建立什么样的社会政治组织,因为我们没有文字。 但是,我们似乎不太可能只谈论组织的乐队或氏族级别的规模。 相反,很可能最初存在某种“印欧共同体”,其基础是统治和从当地人那里获取价值。 以这种方式,人们可以想象欧洲是草原上有进取心的男性的吸引力。 这也可以解释随着时间的流逝可能发生的“回迁”,从而在后来的草原文化中产生“欧洲”血统。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 基因组学 

地图

上面的地图和图表来自 欧洲冰河世纪的遗传史,在 自然 来自Reich实验室( 新数据已发布)。 这可能说明了该论文的主要发现,作者使用了大约40,000年的51个古代DNA样本的古遗传学断面,得出结论,欧洲更新世至少有37,000个主要的种群更新/中断。 它们对应于他们在数据中识别出的三个基因簇。 ElMirón,Věstonice和Villabruna组。 它们分别是抹大拉的马格里昂式,格拉维蒂安式和Epigravettian / Azilian文化。 也有一些流浪的人很难安置,但预示着其他失误。 来自Goyet的个人,其历史可追溯到XNUMX年前,大概是奥里尼加人的文化,在某种程度上 自成一格。 但是,与〜40,000岁不同 罗马尼亚样品,以及大约45,000年的历史 西伯利亚,Goyet是某些后来的欧洲人的祖先。

的截图2016 05 04 00.23.42 左图是 一种解释 他们的结果。 它表明,Goyet样本为马格达莱尼亚文化(在近20,000年后蓬勃发展)做出了巨大的贡献。 但是,Goyet没有为Gravettian文化做出实质性的继承,而Gravettian文化成功了! 相反,代表Gravettian家族的Vestonice集群与其他更新世欧洲人仅有少量混合,但对 康斯泰基 样本。 有趣的是,类似Goyet的血统可以在 洛斯堡 全新世的狩猎者和采集者。

这表明我的一个预测是错误的:我以为大多数欧洲猎人与采集者的血统最早可以追溯到Gravettian。 这是错误的。 实际上,本文提出了以维斯顿尼采集群为代表的格拉维提人的极小遗产。 相反,早先的人们通过全新世的“西方猎人与采集者”(WHG)在新近的欧洲人中留下了印记,这些人与新来的农民混在一起。

还有更多。 Loschbour的大多数血统都不像Goyet一样。 相反,它来自与维拉布鲁纳文化有相似度的人群。 这在某种程度上证明了我所做的另一项预测: 大多数欧洲猎人与祖先的血统可能会追溯到20,000年前最后一次冰河期之后建立的群体。 没错,因为类似维拉布鲁纳(Villabruna)的亲和力似乎是中石器时代的狩猎者和采集者的主要信号。

700px-Weichsel-Würm-冰川上面的某些模式令人困惑。 因此,在这一点上,我认为我想丢掉一个可以从本文中推断出的猜想,但是可能必须用未来的结果和分析来进行探索: 大约14,000年的维拉布鲁纳(Villabruna)集群是来自中东的狩猎和采集人口大规模扩张的产物。 我认为,“欧洲早期农民”(EEF)是“基础欧亚人”(BEu)和WHG之间混合的比例为40%至60%的原始论文有些令人误解。 相反,WHG是欧洲的中石器时代的狩猎者-采集者,主要来自中东狩猎者-采集者的扩张,该地区的人口随着最后冰河最高时期的恶劣气候制度而增加。 EEF中的WHG根本不是欧洲的狩猎者-采集者,而是本地的中东狩猎者-采集者。

维拉布鲁纳(Villabruna)的进一步亲和力使得很可能是外来物种。 正如该论文指出的那样,近14,000年前,欧洲猎人与采集者之间的亲密关系特别是与比利亚布鲁纳形成了,但不是BEu。 而且,这个集群中的某些人可能表现出与现代东亚人有关的人群的混杂。 该基因流与中东基因流无关,尽管我怀疑中东基因流只是该地区猎人-采集者的扩展,并且对局部底物有一定吸收。 关于为何可能存在这种亲缘关系还有其他解释(请阅读补充资料),但是其他论文也指出了这种关系的可能性,因此很可能是这种关系。 比利亚布鲁纳(Villabruna)的中东血统更加理解了它与“高加索狩猎者—采集者”(CHG)之间的关系。 从地理上讲,它们本应彼此靠近放置。

与北欧相比,这些西欧亚群与北欧玛尔塔人整体形成了非常深的分支,与东亚欧亚人,美洲印第安人和大洋洲一起嵌套在一起。 但是,如果您看一棵树,并考虑年表, 似乎在离开非洲事件后的5万至10万年中,现代欧亚人分化成几个不同的血统。 约有40,000年时限的个人不再与所有欧亚群体相关,也许是因为他们的血统已经灭绝了。 玛尔塔和北欧亚人似乎已经与其他西欧亚人分道扬after,这是在这两个人与东欧亚人分道扬soon之后不久。 只是没有太多时间允许这样做,但是确实发生了。

到大约30,000年前,许多作品已经到位。 我们随后看到的许多人口变化都涉及一组混合和匹配基本元素的操作。 这些人群的零散和隔离可能是为什么古老的DNA(本身参差不齐,贫瘠并能精确看到景观)赋予了这些原因的原因 全欧洲 在特定时间访问特定群集。 显然还有其他民族,但是他们并不总是能在考古现场看到,还是他们以边缘人的身份退回森林?

本文还有许多其他有趣的方面,例如尼安德特人掺和物。 但是我会再保存一天……。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA 

去年秋天,在ASHG上,这篇论文发表了, 古代埃塞俄比亚基因组揭示了整个非洲大陆广泛的欧亚混血:

对于大多数分析,重建非洲解剖学上人类的进化史的分析而言,表征非洲的遗传多样性是至关重要的一步。 但是,从欧亚大陆到非洲的历史性迁徙影响了许多当代人口,这使推论感到困惑。 在这里,我们介绍了一个大约生活于12.5年前的埃塞俄比亚男性('Mota')的4,500x覆盖率的古代基因组。 我们使用该基因组来证明欧亚大陆回流到非洲的人口与4,000年前在欧洲殖民的新石器时代早期农民有密切关系。 回流的程度比以前报道的要大得多一直延伸到中非,西非和南部非洲,甚至影响了约鲁巴和姆布蒂等人口,这些人以前被认为相对没有混血,拥有欧亚血统的6%至7%。

事实证明,存在生物信息学错误,这些错误否定了这些结果的严重性。 对Gallego Llorente等人的勘误。 2015年:

报告“古老的埃塞俄比亚基因组揭示了整个非洲大陆广泛的欧亚混合体”报告中提出的结果受到了生物信息学错误的影响。 将古代基因组Mota与现代群体SNP面板合并时,未运行将samtools v0.1.19产生的输入转换为与PLINK兼容所必需的脚本,从而导致人类参考基因组的纯合子位置由于缺少数据而被丢弃(与尼安德特人和丹尼索瓦斯混合的分析不受影响)。 如果将这些位置包括在内,则可以在Mota中调用来自现代参考专家组的255,922个SNP中的256,540 SNP。 从西欧亚大陆,更确切地说是从遗传上接近新石器时代农民的来源向东非大规模迁徙的结论不受影响。 但是,这种迁徙的遗传影响的地理范围被高估了:西方欧亚大陆的回流主要影响东非,只有少数撒哈拉以南人口; 与Mota相比,Yoruba和Mbuti没有显示出更高的西方欧亚血统。

我们感谢Pontus Skoglund和David Reich让我们知道这个问题。

首先, 科学家是人类,并且会发生错误。 因此,敬请作者自负。 另一方面, 结论对许多人来说从来没有闻过。 我对此感到困惑。 我问过ASHG的Iosif Lazaridis。 他对此感到困惑。 我问Pontus Skoglund。 他对此感到困惑。

不幸的是,摘要和新闻界都强调了生物信息学错误的结果。 在 纽约时报:

“最令人惊讶的是,所有现代非洲人口中都有相当多的回流,” 皮尼亚西博士说。 他和他的同事估计,尼日利亚约鲁巴人的基因组中有7%来自欧亚大陆。 在生活在刚果民主共和国雨林中的姆布蒂py格米人的基因组中,有6%的DNA来自欧亚大陆。

雷曼·雷曼(Ryan L. Raaum)是雷曼大学(Lehman College)的人类遗传学家,隶属于纽约城市大学(City University of New York),他称这项新研究“很棒”,但对其结论提出了质疑。 他认为,如果从近东来的人搬到非洲,该地区的考古学将发生急剧变化,这在逻辑上将是紧随其后的。 但是没有发生这种转变。 拉乌姆博士认为,欧亚脱氧核糖核酸也有可能早在3,000年前就进入了非洲。 Mota可能只是生活在一个孤立的社区中,从来没有遇到过拥有这些基因的人。

Raaum博士说,检验Pinhasi博士和他的同事的结论的最好方法是从同一年龄的非洲化石中收集更多的DNA。 如果研究人员是对的,他们也将缺乏欧亚DNA。 拉奥姆博士说:“然后,这种争论似乎似乎变得更加合理了。”

科学的经验法则是,当您获得令人震惊和惊讶的结果时, 检查以确保您在分析过程中没有犯任何错误。 这显然没有在这里发生。 责任必须散发。 作者与导师和合作者一起工作,而同行评审则检查以确保事情有意义。 整个非洲大规模混合的想法 只是没有道理.

如果这样的事情发生在我身上,我可能会立即吐出来。 这太可怕了。 但是再一次,这篇论文把它变成了 科学自然 写了这样的文章: 第一个古代非洲基因组揭示了大规模的欧亚迁徙。 该错误必须纠正。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 基因组学 

000e553e_中 在2007年,一位朋友告诉我在一个研讨会上遇到了一次相遇, LL卡瓦利-斯福尔扎 似乎几乎反身地提供了农业作为人类基因组中正选择信号难题的一种解决方案。 基本上,所有道路都通向农业。 我不得不说,近十年后,卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)对这些问题的深刻直觉似乎得到了证明。 农业是一件大事。

卡尔·齐默(Carl Zimmer) 纽约时报 有一个写 Matheison等。 (在里面 自然), 农业与古代欧洲的DNA变化有关。 没有太多的惊喜,因为 预印 已经有一年左右的时间了。 但是,将工作写在报纸上可以让研究人员进行一些即席的猜测。 恩,您有:

为什么? 长期以来,科学家一直认为,光亮的皮肤有助于在高纬度的阳光下捕获更多的维生素D。 但是早期的狩猎采集者在皮肤黝黑的情况下处理得很好。 赖希博士建议他们在捕获的肉中摄取足够的维生素D。

他假设是因为转向农业,从而减少了维生素D的摄入,这可能引发了肤色的变化。

这在某种程度上是卡瓦利-斯福尔扎的想法,并且 我也建议过。 然后是 性选择。 这些理论并不总是排他性的,色素沉着可能具有多种原因。 有趣的是,最好的方法和古老的DNA似乎暗示着许多最近的变化和可能的适应。 但是最终,我们仍然不清楚。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 基因 

CHG1

ncomms9912-f2 在过去的几年中,我们看到古代DNA研究人员在上一个冰河时代结束后谈到欧洲的古史时“在自然界中刻画了自然”。 关于这种历史重建,我们还没有走到尽头,但我确实认为终点站就在眼前。 在一个处于边际收益递减的平稳期之前,一个人可以抽样的人口如此之多,一个人可以假设的统计结构也如此之多。 例如,全新世的欧洲模式是两个非常独特的种群的综合体,它们在上一个冰河时期之后合并了,这太简单了。 一个模型 三个人口 对于绝大多数欧洲集团来说已经足够了。 尽管在这种情况下,更复杂的模型可能与结果相符,但偏执是要简约,并尝试与语言和考古证据保持一致。

一份新的论文 自然通讯, 上古旧石器时代的基因组揭示了现代欧亚大陆的深厚根源,填补了总体上的一些空白。 这篇文章顶部的图说明了这些作者对Lazaridis等人的示意图所做的修改。 约瑟夫·拉扎里迪斯(Iosif Lazaridis) Twitter:

CHG =高加索人狩猎采集者。 更具体地说,本文的作者分析了约10至13至15年的佐治亚州的两个化石,Kotias和Satsurblia。 Kotias的覆盖率约为15倍(也就是说,每个位置都被采样了XNUMX次左右,因此您在任何给定位置都具有良好的变化感),它特别有用。 他们发现的是上面Lazaridis的报告: CHG似乎是引起现代欧洲人广泛存在的原始群体之一,而西方的欧亚人写的很广。

非非洲人口的粗略程式化历史是这样的:“基础欧亚”(bEu)人口首先分开,然后西欧和东欧亚人分开,然后在西方,西方猎人的祖先之间就出现了分歧。采集者(WHG)和古代北欧亚大陆(ANE)。 欧洲早期农民(EEF)是WHG和bEu之间的化合物,对WHG略有偏见。 这 安那托利亚农民 尽管偏向于bEu,但它们也混杂在一起。 东部的狩猎者采集者(EHG)是WHG和ANE之间的平衡混合体,该群体与CHG融合在一起就产生了Yamnaya。 这就提出了一个问题: CHG是基础的欧亚人吗? 我对此表示怀疑。 几乎没有阐明古代近东的古地理学。 CHG像安纳托利亚农民一样,似乎是某种化合物。 在此期间,基础欧亚大陆可能表现为整个中东的等位基因频谱,来自西欧亚大陆群的向后迁徙的残留物与 ur-基本欧亚人,他们是第一个从非洲以外的移民中分离出来的人。 在最后冰河最高峰(LGM)的寒冷和干燥的世界中,一些北部的狩猎采集者似乎有可能迁入中东基础群体占领的领土。 此外,撒哈拉大沙漠在冰河时期处于极度干燥的时期,因此 ur基本的欧亚人不一定能够撤回非洲。

运用 G-PhoCS 他们推断出不同人群之间的分离日期。 我有两个问题。 首先,它们的突变率似乎是可能的,但是对于确切值以及在整个谱系中它是否恒定(关于系统发育距离的水平,恒定性的假设似乎是正确的),仍有一些争论。 第二, 这些结果的置信区间很大。 作者报告了结果,并尝试将分离与LGM距今约20万年前联系起来,但他们知道他们不能强有力地断言任何事情。 令我印象深刻的是 我们知道各组之间的分离顺序要好于分离时间。

ncomms9912-f4 但是,一个确定的结果是源自CHG的祖先模式(或共享漂移)。 正如人们所期望的那样,它在高加索地区很高, 而且在南亚。 这不足为奇。 几个 文件 有人认为,西亚欧亚混入南亚人似乎与北部北亚人有亲和力。 南亚的农业始于 梅赫尔格尔 使用传统的西亚文化工具包,而ANI-ASI外加剂的特性很可能就在这里扎根了。 在欧洲,许多研究人员认为,在农民最初进入非洲大陆时发生的最初混合事件之后,大多数地区的猎人聚集种群的替换已经相当完全,而且在南亚似乎也是如此。 尚无纯净的“南印第安祖先”,在许多地区,部落和种姓群体之间的血统差异也不是很大。

dstat 当您进入补充剂时,一切都会变得更加清晰。 在左侧您会看到一张D统计数据表格,其中左列是印度人口,右列是 最佳 根据推断的树型基因流,这些群体的命中率达到X(Yoruba,X; Onge,印度人口)。 需要注意的关键是,尽管一些印度团体受到Kotias CHG样本的打击最大,但另一些团体则值得注意的是北印度婆罗门 蒂瓦里 社区,来自 阿凡纳塞沃 最强。 从基因上说,阿凡纳索沃基本上是亚姆纳亚族的东部延伸。 换句话说, D统计数据显示出草原的迁徙和西亚的迁徙。 这也很有意义 补充图3,这表明瑞士Bichon WHG样本显示了一些南亚国家之间不平凡的共同漂移。 阿凡纳塞沃(Afanasevo)会通过他们的EHG血统带来这一点,这与WGH差不多一半。

来自单亲(Y和mtDNA)和功能基因的证据也很有趣。 CHG带有mtDNA单体组H13和K3,以及Y染色体组J和J2。 H中单倍群的流行似乎是由于新石器时代以后的人口替代。 CHG为Yamnaya贡献了大约一半的血统,但是这两个人没有R1a或R1b单倍群。 Haplogroup J2在以下种姓群体中尤为常见 南印度。 所有这些都表明,德拉维人的语言很可能是起源于西亚裔的农业主义者,这使人们认为胡兹斯坦的古代埃拉姆特人可能是德拉维人的远亲。

此外,派生出的 SLC24A5 在CHG和安纳托利亚农民中都可以找到。 单倍型是在西欧和南欧亚人群中常见的一种。 Kotias中SLC45A2的变体对于祖先变体而言绝对是纯合的。 总体而言,大多数南亚人除了欧洲轻型外没有其他类型的变种,除了 SLC24A5。 例外往往是西北和上等种姓的团体。 可能具有最强Afanasevo邮票的相同群体。

作者注意到的一件事是 高加索本身已经发生了很大的变化。 显然,与EEF相关的农民团体与CHG的后裔团体混合在一起。 而且,今天高加索在某些群体中拥有很高的ANE血统,但这些样本根本没有。 几年前在ASHG上,一位著名的人口遗传学家向我提出,他认为ANE可能不是最好的用语,因为没有有力的证据表明该群体在其他地方并不普遍。 但是CHG没有ANE祖先,尽管在现代跨高加索族群中非常重要。 这暗示了稍后的膨胀和混合事件。 据我所知,在许多印度人口中,ANE漂移并不明显,这将带有ANE的群体的出现推迟到农业之后的某个时期。 基因流入美洲印第安人群体,西伯利亚中部和阿尔泰的高ANE比例确实表明了它们在欧亚大陆北部的栖息地。

最后, 让我们记住,我们正在从手边的苗条遗迹中建构过去。 十年前,我们正在使用现存的遗传变异,因为这就是我们所拥有的一切,这使我们误入歧途。 在最广泛的草图中,推论是正确的,但在许多细节上,它们具有误导性。 同样,我们不应该认为古代产生DNA的种群必然是任何现代群体的直接祖先。 例如,我们知道,玛尔塔(Ma'lta)实际上不是ANE族的祖先,后者通过EHG和美洲原住民为欧洲人做出了贡献。 两组的ANE漂移比Ma'lta漂移多。 如 古代埃塞俄比亚基因组 从新颖的结果中可以得出许多有趣的结论,但是对自然界的关节进行首次雕刻并不总是最好的。

 
• 类别: 历史进程, 科学 •标签: 古代的DNA, 基因组学 

巴斯克

里面有一篇新论文 PNAS, 古代基因组将西班牙阿塔普尔卡(Atapuerca)的早期农民与现代巴斯克人联系起来。 这是对早期版本的很好的补充 在早期的伊比利亚新石器时代样本中。 这些人都可以追溯到更晚的时期,最远在大约5,000年前,以及大约3,500年。 尽管媒体大肆宣传,但这篇论文的结果还是令人期待的,这是巴斯克语言和文化是旧石器时代欧洲遗物的思想的最后钉子。 相反,它证实了这一结果,即巴斯克人很大程度上是将新石器时代革命带到欧洲的农业主义者的后裔。 遗传结果早在2010年就开始明确,当时 生物学 出版 欧洲父系血统的主要是新石器时代的起源。 在某些具体细节上,该论文的解释是错误的。 很可能 R1b 单倍群不随 第一 农民,但那是后来的到来。 但是,作者们很早就驳斥了这一观点,即巴斯克人中这种血统的发生频率很高。 事实本身 证明它是原始旧石器时代的签名。 实际上,大部分工作都表现出一定程度的循环性,前提是巴斯克人是狩猎采集者的原始后代,是考古推断的关键,然后又回过头来指出,巴斯克人固有的遗传独特性进一步证明了他们的独特性。

截图-09082015-10:30:26 AM 左边的混合图重复了我最近一直主张的一些事情。 首先,西班牙巴斯克人的独特之处在于受北非基因流和人类基因组影响的信号较弱。 遗传信号 与来自欧亚草原的人相关联,而不是与伊比利亚半岛的其他人群相关联。 这不是一个新发现。 不过,有趣的是,作者通过多种方法确认了 巴斯克人有西欧的狩猎者-采集者基因流,这种基因流是在第一个农民到来之后的。 我在上面提到的较早的论文建议伊比利亚人 红衣主教 这些样本中最古老的个体早于2,500年,具有狩猎者-采集者血统,与匈牙利而非西班牙样本具有相似性。 换句话说,最初的欧洲农民本身就是一个复合人口。 在整个欧洲扩张之后,他们似乎吸收了当地的狩猎采集者。 这是数千年来猎人与采集者血统的复兴 大卫赖希 之前已经提到过。 在整个欧洲大部分地区,不仅在伊比利亚半岛,这都是一种现象。

这使我们了解了如何解决这个难题。 看起来 考古学家和人类学家必须开始解决这个问题。 一种可能性是,将古代新石器时代的欧洲的人文地理插进来,猎人-采集者的人口居住在扩张的农民之间的区域,这些区域不适合他们的农业实践。 我怀疑 侏儒 这个例子可能是有益的,因为该群体与农业者长期共生并存。 还应注意,早期工作的结果表明,甚至在欧亚草原种群到来之前,猎人-采集者血统的比例就增加了,这改变了欧洲北部的特征,较小程度地改变了南部的特征。

最后,还有巴斯克语的谜。 以上论文的作者提到了与 古撒丁岛,比岛上的罗曼语方言还早。 撒丁岛人像巴斯克人一样,表现出了强大的农民血统标志。 实际上,撒丁岛人的血统比任何其他欧洲人都要多,这可能是由于 新石器时代前的边缘存在 在岛上。 在新石器时代早期,从西班牙到德国的农民群体之间的遗传亲密关系表明,该物种已经从一小支建立在巴尔干和/或安那托利亚的创始种群迅速扩张。 这种扩展很可能伴随着这些人的共同语言和文化的传播,以这种方式 巴斯克实际上可以使我们对第一个新石器时代的人,而不是猎人和采集者的文化特征有一些模糊的见识。 这些结果重申,巴斯克人的某些祖先确实从遗传意义上衍生自旧石器时代的人们。 但也许更重要的是,它指出了冰河时期与新石器时代的欧洲之间发生大规模文化破裂的可能性,而巴斯克人则与后者站在一起。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 巴斯克, 基因组学 

51qciM4cBhL._SX258_BO1,204,203,200_*单词后的过去*

如果科学很难,历史就很难。 更难 因为目标是 理解 像我们想象中的逝世幽灵一样消失的时代发生了什么。 但是我们必须谨慎。 我们是一个伟大的讲故事的物种,被叙事所吸引。 即使是通常包装在古朴而坚不可摧的散文中,这种以经验为依据的严谨分析也是现代学术的标志,是一种特殊而独特的事物。 过于夸张地说,历史是在……的工作的基础上完全形成的。 修昔底德 (或 司马迁)。 实际上,尽管修昔底德尽管有明显的观点和偏见,但仍以历史客观性为借口,这为那些提出过去 is 小说(以这种方式 希罗多德 可能实际上更诚实了)。 描绘一个能激发民族自豪感或奉承我们当代自我形象的神话般的诱惑总是很诱人的。 事实上,现代民族国家 在科技时代,关于近代历史的本质,人们进行了激烈的辩论,当时那些时代的人们仍在这里作见证,这是在说明摆在我们面前的任务的艰巨性。 遇到的问题必须用更少的资源来回答。

许多历史我们只能隐约看到 机会偶然性通过偶然性和我们祖先的异想天开而闻名。 在西方,揭示古代的文件是通过有限传播的隧道传给我们的,这是在公元1000年之前的最后几个世纪中文本复制的一个狂热时期。 加洛林人是, 拜占庭,并 阿巴斯 所有人都参与了资本密集型项目的赞助,该项目采用古代文字并为后代复制。 我们今天拥有的绝大多数古代作品都可以追溯到这一时期[1]。 赞助这些项目的精英人士的偏见和担忧对于确定原始资料的性质至关重要,而原始资料的性质为我们理解今天我们认为理所当然的更深层次奠定了基础。 我们知道复制的很少,因为现存的材料大量引用了古代世界中有关各种主题的大量作品(甚至我们所拥有的许多作品只是其中的一部分) 多方面的努力,例如Livy)。

手足情谊但是,如何超越文本所能告诉我们的,并从历史过渡到史前史呢? 在这里,事情变得不透明,并以文本的性质(或缺乏文本)为条件。 当您观察到人类历史上很早的时候,我们对个体演员和日常生活的了解实际上比后来的时代要大,这很清楚。 回归 文明的变化 技术 减轻了保存文本的风险[2]。 迈锡尼人和古典希腊人之间的希腊“黑暗时代”纯粹是考古学的范围(甚至在迈锡尼时代,大多数线性B都是官僚性质的;我不知道像我们这样的叙事文学 埃及 or 巴比伦)。 对于古典希腊人来说,破裂的创伤非常大,以至于他们迈锡尼时代的过去成为了传奇人物。 青铜时代军阀的堡垒被视为“独眼巨人”的作品,就好像只有巨人才能创造出它们一样。 同样,在英国,从中央罗马统治结束到盎格鲁-撒克逊人的基督教化之间的时期,大约两个世纪,由于书面记录的匮乏,人们只能淡淡地察觉(这也解释了为什么这个时期经常被用作背景)为了 历史幻想).

9780192807281_p0_v1_s260x420 然而,当文本保持沉默时,仍然有实质性的遗存。 他们的收集和分析是考古学的一门历史学科。 我们所了解的历史以文字处理,因此将其焦点限制在我们拥有文字的时期,这本身就是历史的巧合。 理想情况下,传统历史和考古学应该协调一致,并且至关重要的是, 言语有一种欺骗和误导的方式。 最明显的是,当我们仅听取可以通过语言说话的人的观点时,我们对过去的理解存在很大的确定性偏见,因为他们识字或可以接触识字的专业人员只是更广泛的人类经验的一小部分。 考古学很少有这种偏见,因为所有阶级都没有物质证据(尽管如果人们希望用文字表达罗马平民的更广泛的横截面, 金驴子 是一个不错的起点)。 读者知道,对我来说,这是一个很好的例证,这是本书中的扩展论点 罗马的沦陷,这提供了重要的证据来支持 统一的罗马国家在5世纪的衰落与衰落恰逢我们所谓的文明的真正退化。 单纯地看文本材料的修正主义者长期以来一直认为古典观点具有误导性,并且为了减少对其实质的争论,认为古典文明已经发展和转化,将其能量引导到了不同的活动中(例如,基督教神学作为一种宗教而兴起)。古典文科的后继者,请参阅彼得·布朗(Peter Brown) 西方基督教世界的兴起). 但是,剩下的材料告诉我们,尽管人们可以就在文本中重塑高级文化表示歉意,但确实确实存在着经济和人口崩溃。 人们可以选择加权这些事实,也可以不加权,但是无论人们希望对它们掩盖多少,这些事实仍然存在。 600罗马的基督教神学家可能比400罗马(当时主要是非基督教城市)的基督教神学家多得多,但400罗马的人口可能是其10-20倍左右。

41hdiv6SmHL._SY344_BO1,204,203,200_ 在一个几乎没有文字的世界上,这几乎是人类的全部历史,物质的遗留就是我们必须掌握的一切。 尽管我们可以尝试收集久违绘画和石头刻划的人们的思想,但现实情况是,他们所狩猎的东西,他们所吃的东西以及他们所居住的住所将为我们提供飞跃的具体信息想象力是不必要的。 超越文本,可以使我们真正地用梦想而不是梦想照亮人类历史广阔的黑暗海洋,从我们物种的曙光开始,直到最近识字是少数人的特权,以及许多人的经历对我们死了。 尽管如此,这些绘画在调色板上只有几种颜色,因为考古学充满了巨大的感知空白。 盆不布。 洞穴不是帐篷。

这使我们进入了生物学,特别是遗传学,因为事实证明DNA实际上是可以从考古现场提取的材料之一。 它是一种强大的大分子,如今研究人员认为可以从中提取一些信息是可行的。 至今已有1至2百万年的历史,尽管这是最好的情况。 当涉及人口变化的问题时,遗传见解是关键,并以允许进行更严格分析的方式显示数据。 像以前的帖子一样,我现在必须在此点头 LL卡瓦利-斯福尔扎人类基因的历史和地理。 卡瓦利-斯福尔扎 代表作 尝试通过人口统计资料重新打开这本书。 这是第一页,也是第一章。 在此之前,在第二次世界大战之前,有一家手工业,它试图做Cavalli-Sforza在20世纪后期取得的成就。 但是,这些努力受到两个问题的阻碍。 首先,它们不是科学的,经常依赖于其博学的直觉(它们不是假设推论的,尽管如果您有大量数据,这被高估了)。 其次,对直觉的依赖意味着许多结论与当时的意识形态偏好整齐地吻合,国民社会主义是最令人发指的,但远不止于此,这是对史前史的民族主义的不屑一顾。 没有种族灭绝的科学浪漫史(请参阅Pat Shipman的著作) 种族主义的演变)。 第二次世界大战后,考古学家改变了方向,使文化进化与变化与人口变化脱钩。 诸如 欧洲种族 当它们成为主流之前的几十年,它就变得不合时宜了,而且人们强烈反对一种虚假的假设,那就是锅,这是文化传统,会迁移,而人们不会迁移。

 

k7442 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)和他的学生进入这种知识分子气候,引发了学术爆炸的雷区(请参阅 人类基因组多样性计划:科学实践民族志)。 分子人类学最早的化身是深度研究。 特别是,对猿类和人类起源的时间深度进行了重新校准,分子生物学家与古生物学家发生了冲突,并最终胜出(参见 猴子拼图 这些争议的历史)。 然后,有一场“走出非洲”的辩论(请参阅 非洲出埃及记)。 尽管这些争论有些琐碎且个性化,但围绕这些思想竞赛的含义的情绪往往仅限于学者(尽管学者们自己可能并未感到后果有限;显然,在1990年代后期,斯坦福大学的一位文化人类学家提出了一个建议)。演示文稿中,他与约瑟夫·曼格勒(Josef Mengele)将卡瓦利-斯福尔扎的照片并列。 Cavalli-Sforza所做的工作是使遗传学致力于解决更多当代现象,回答当下风云突变的问题,在国家和人民规模上解决与人类生存有关的问题。 几十年来,他的实验室从数百个基因位点收集了足够的信息,以得出推断的总和,这些推断最终被提出来。 人类基因的历史和地理.

CosttoSequenceaGenome-e1409924136899 让我们退后一步。 Cavalli-Sforza和他的同事最多只能使用数百个标记。 请注意,约2%的人类基因组代码编码蛋白质,但就碱基而言有3亿个位置。 今天,任何想付款的人都可以通过SNP芯片服务获得数百万个职位。 我儿子有 十亿美元 职位,因为他一直 全基因组测序。 出于系统发育的目的,您不需要数十亿,数百万甚至数千美元,这取决于您所考虑的问题的性质。 但是,它透视了我们在真正的20年中走了多远。 甚至5年。

由于科学的本质,卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)在 人类基因的历史和地理。 但是他有很多正确的地方,因为在特定的争论点上,结果是如此清晰和有力。 简而言之,当分析甚至数百个中性(即不受自然选择影响)的标记时,大陆层面上的非常宽泛的模式就会消失。 例如,数据证实了遗传多样性的梯度,这暗示了人类起源于非洲所在地以及欧洲的相对同质性(除了芬兰人以外,欧洲人口在大多数情况下的种群间成对遗传距离极低)。 但是,更微妙的违反直觉的关系通常并不牢固(例如,华北和华南人并不像他在1990年代报道的那样分叉)。 和, 从这篇文章的目的来看,最关键的是从目前的系统志模式推断过去的人口统计学有严重的局限性。

*现在是过去的窗口*

下载文件511NSSGQNWL._SY344_BO1,204,203,200_ 历史人口遗传学的基本思想(考古学)由Cavalli-Sforza在 聚乳酸 在斯坦福大学时,我们将研究现代人群中多样性和相关性的模式,并将其与历史,地理以及过去和现在所了解的相交。 然后 允许那些交叉点回溯人类历史上最悲惨的时刻(请参阅他的 伟大的人类流散症)。 尽管Cavalli-Sforza最初关注的是散布在基因组中的常染色体标记,但在1995年至2005年期间,使用单亲数据(Y和mtDNA上的标记)进行了大量工作。 mtDNA仅通过女性传播,在细胞水平上数量丰富,并且具有 高度易变的区域 在分子系统发育学中的应用。 与mtDNA相比,Y染色体表现出一些技术难度,但是随着更好的提取技术的出现以及对高度可变性的关注 微卫星 在mtDNA区域,下一步将是mtDNA作为人类历史记录法医重建的关键工具。 此外,两者都具有不重组的优点,因此,系统发育树的生成不是人工的,而是反映了基因组这两个区域的传递性质的本质(与 合并的 框架)。

人口迁移最后,这一研究领域通常导致在世界地图上对系统发生树进行转置,概述了人类迁徙的模式。 它也与另一条明确的研究路线相吻合 模拟人类的扩张 走出非洲成为“串行创始人瓶颈”的过程。 也就是说,离开非洲的每个人口都以单向方式逐步扩展,从而导致遗传多样性随着非洲的发展而减少。

Ramachandran,Sohini等。 “人类遗传与地理距离之间的关系为起源于非洲的一系列创始效应提供了支持。” 美国国家科学院院刊102.44(2005):15942-15947。

Ramachandran,Sohini等。 “人类人口的遗传和地理距离之间的关系为起源于非洲的一系列创始效应提供了支持。” 美国国家科学院院刊102.44(2005):15942-15947。

从最广泛的角度来看,该模型并非没有有效性。 似乎现代人类的大多数祖先都可以追溯到大约50万到100万年前在非洲周围或非洲蓬勃发展的人口。 我们在现存人口中看到的许多洲际种族差异都很好地适合于分叉的树状模型(例如,非非洲人从非洲人分支,西欧亚人和东欧亚人分叉,美洲印第安人从东欧亚人分支)。 但是问题是分支本身变成荆棘,然后又重新出现在自己身上,并且在某些情况下与其他分支交织在一起,形成了祖先根系非常不同的世系。 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)及其继承人最早的努力是在一块非常粗糙的大陆粮上进行的,那里的动力学效应如此惊人,以至于它们可以毫无困难地跨过大多数中性标志物展示自己。 但是,当问题更狭窄且时间和空间范围受到更多限制时,早期的方法还不足以感知真实的动态情况。

Li,Jun Z.,等。 “从人类基因组范围的变异模式可以推断出世界范围内的人类关系。” 科学319.5866(2008):1100-1104。

Li,Jun Z.,等。 “从人类基因组范围内的变异模式推断出世界范围内的人类关系。” 科学319.5866(2008):1100-1104。

到2000年代中期,研究人员开始将精力集中在重组常染色体标记上。 但是现在,他们有了一个完整的人类基因组可以与之进行比较,还有SNP芯片,这些芯片可以轻松地快速产生大量数据。 在2008年 出版了起源 人均国内生产总值 由Cavalli-Sforza和他的同事收集的数据集,并利用新技术进行了更深入的推断。 首先,您拥有650,000个SNP,而不是数百个标记。 其次,强大的新分析和计算资源的出现使遗传关系的基于树的和PCA可视化的补充成为可能。 基于模型的理解 遗传变异和种群结构。 所谓“基于模型”,是指算法假定特定参数(例如“ 3个祖先种群”)并根据数据进行操作(例如“ 650,000个个体中有1000个SNP”),以生成最能代表以下结果的结果:数据与模型的拟合度。国民生产总值 这与PCA不同,后者具有较少的假设,并且以几何形式表示遗传变异(每个轴代表数据中变异的独立维度)。 基于模型的聚类非常清晰,在美学上也很吸引人。 它给出了精确的结果。 但是,模型本身不一定正确.

使用这些方法的任何人都了解其局限性。 如果使用PCA预测数据集的变化,那么输入的数据组成将影响最大的主成分。 因此,如果您要在更广阔的空间范围内提问,则应注意特定样本人群超载感兴趣的样本集的可能性。 在这种情况下,更多的数据可能会导致洞察力降低。 基于模型的聚类会出现类似的问题,因此您无法适当地对总体进行加权。 另一个主要问题是 模型施加了限制,可能会产生错误的推论 (这是错误的,因为它们不能准确反映人口统计历史记录)。 最简单的是,您可能会要求更多的人口划分,而不是数据的人口统计和遗传历史的实际划分。 考虑一下来自软木塞的爱尔兰人和来自一个小村庄的尼日利亚人的数据集。 毫无疑问,PCA会向您显示两个非常紧密且截然不同的集群。 使用基于模型的框架,您可以寻找超过K = 2(两个祖先群体)的划分和结构。 该方法的设计方式是 你会得到结果。 但是,他们不会提供很多信息,因此会被迫。 他们不会很强大。 该模型不适合实际。

*从模型到现实*

显然,没有任何模型能够捕捉到现实的所有要素。 但是,如果模型与现实的差异太大,以致您对真实的事物有错误的认识,那么该模型就没有那么有用了。 错误是一个确定的错误。 除了基于模型的混合分析外,该分析假设了一定数量的祖先种群,这些祖先种群聚集在一起以产生数据集的遗传变异,您会注意到,2008年的论文也具有遗传变异的树表示形式。 这两者共同给出了有用的真实和实质性结果。 但是,在许多特定情况下,它们误导了虚假的观点。

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Reich,David等。 “重建印度人口史。” 自然461.7263(2009):489-494。

南亚人就是一个例子,他们约占世界人口的20%。 2009年的论文, 重建印度人口史,同时使用了较高的常染色体标记物密度集和 新的分析框架 得出一些具体的结论,解决了关于印度次大陆人民遗传史的本质的许多困惑。 那我们以前知道什么? 如果你回到旧的观念 身体人类学家 他们观察到,许多南亚族群与西欧亚大陆的人民(欧洲人和西亚人)有着密切的联系。 这随地理和种姓的变化而变化。 换句话说,西北有种姓氏,种姓制度也有上有下。 您可以在PCA中看到这一点,其中,印度人群体与欧洲人的距离有所不同,而欧洲人则是一个非常紧密的群体。 它也显示在基于混合的分析中。 通常有一个K值出现南亚模态簇,并且在南印度非婆罗门附近几乎是固定的,随着人们向巴基斯坦移动,或者在北印度种姓等级上升,频率降低(剩余的是西亚和欧洲集群(孟加拉国除外,后者拥有东亚混合物)。 在 人类基因的历史和地理 使用较旧的距离测量方法,南亚人比欧洲人和中东人更占优势。

到目前为止一切都很好。 可以想象这样一类遗传变异,一端是南亚人,另一端是西欧亚人。 在东亚人和欧洲人之间的PCA中,南亚人通常位于中间,但更接近欧洲人。 但是,当您深入研究详细信息时,此模型一直存在重大问题。 该 mtDNA和Y染色体 南亚人给予 非常 不同的结果。 前者将它们与西欧亚人区分开来,与东欧亚人有距离的亲和力。 另一方面,后者更像是西欧亚大陆人。 其次,南亚人在与单词群体的相关性方面表现出很大的差异,这取决于地理和阶级。 如果南亚人深深扎根于该次大陆,如上面的迁移图所暗示的那样, 那么我们谈论的是基因流动的巨大障碍,这些障碍一直存在 HAST 几千年的。 另一种解释是,南亚人是两个截然不同的群体之间最近混合的产物,当假定的人群中祖先成分和PCA位置存在许多个体间差异时,这通常是常态。非洲裔美国人)。 最后,针对自然选择的测试面向 检测最近的扫描 表明南亚人与欧洲人和中东人在 单倍型 of SLC24A5, 这意味着要么是极端的联系,要么是最近的混合与迁移(在这两个模型的边缘将很难区分,因为联系是通过迁移来介导的)。

在这一点上,我将回避技术问题,只是提出,关于南亚人的工作预示了过去十年中我们在现代人口结构起源方面学到的许多知识。 当您接受一个模型时,有关南亚遗传变异的难题就解决了,该模型中,西欧亚人口与当地土著群体混合在一起,与其他东亚欧亚人之间有远距离亲缘关系(请参阅 印度最近人口混合的遗传证据)。 南亚内部人口差异较大的原因是混合事件的最新性质以及源种群之间的遗传距离高。 这实际上可能是过去一万年来世界大部分地区的故事。 代替常规的分支过程,想象一下以网状模式周期性地融合在一起的分支。 另一种理解的方式是,过去的10,000年是一个故事,讲述了过去100,000年累积的人口结构遭到破坏。 该领域的调查可以在评论中找到 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理.

*推断具体的,古老的DNA *

到目前为止,我们一直在谈论增加现有人群中遗传变异分析的能力。 瓶颈和积极选择休假等流程 脚印 在现代人的基因组中。 但是这些推断方法有局限性。 而且,在很大程度上,它们需要简化人口动态,以使其能够用于描绘过去的画像。 研究人员必须假设过去很简单,否则他们所使用的方法无法告诉他们所声称的那么多。 人口最脆弱的人群的复杂性永远无法超越遗传方法将其剥离的能力,因此对模型施加的层数有一个上限。

41ePHetk1dL._SY344_BO1,204,203,200_ 古代DNA改变了游戏规则,因为它没有这些限制。 不仅仅是从现在推断过去,现在还可以从过去推断过去! 也就是说,可以生成一个时间上的时间断面,该断面明确地探索了跨时间和空间的遗传变异的轨迹。 仿佛在回顾历史,最早的工作是 线粒体DNA就像1980年代的“ mtDNA Eve”一样。 此处的序列靶标较小,而mtDNA丰富。 但是,立即的结果是检测到大量不连续性。 在许多地区,人口不断地相互替代。 用新方法对现存人群推断出的脉冲混合事件现在可以理解为过去约50,000年间迁移和人口变化的自然结果。 多亏了Svante Paabo和 埃斯克·威勒斯列夫(Eske Willerslev) 在过去的5年中,我们从人类古老的DNA中获得的样本数量已经增长到如此之高的程度,以至于一条明亮的线正照耀着史前黑暗的洞穴。

*欧洲人,制造和揭幕*

由于欧洲研究人员的集中以及欧亚大陆北部合适的保存条件,古代DNA彻底改变了我们尤其是对该大陆的遗传历史的理解方式。 两项新论文将样本集扩展到170个人,并且现在已经回答了许多主要问题,而其他新问题也因令人困惑的结果而引发。 几年前我在和 斯宾塞·威尔斯 斯潘塞(Spencer)是一位历史和遗传爱好者(他是理查德·勒沃廷(Richard Lewontin)的最后一批研究生之一)。 因此,自然而然地,随着遗传科学的出现为历史提供了启示,我们已经非常密切地跟踪了它的发展。 斯宾塞(Spencer)是专业的遗传人类学家。 过去曾经无法回答的许多问题现在都可以回答。 真相如此之快,以至于很难对所有真相做出回应(如果您等待太久才能发布, 一切可能都变了).

卡尔·齐默(Carl Zimmer)的作品 纽约时报, DNA破解了现代欧洲人的根源,对于该领域的加速研究现状是准确的。 这相当于拥有罗塞塔石碑。 古代人现在重新生活。 他们说! 所有东西都变了。 在 自然 Ewen Callway引用一位科学家用通俗易懂的语言说:“基督,这是什么意思?” 我将尝试进一步充实含义,但论文本身做得很好。 这些是第一步,但它们是非常大的步骤。 还有很多事情要做,真理将近在眼前。

首先,两篇论文, 来自草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源亚洲青铜亚洲人的人口基因组学。 正如标题所暗示的那样,后一篇论文涵盖了欧洲以外的人口,而前一篇则针对欧洲。 样本大小分别为69和101。 第一篇论文使用了产生许多SNP的方法,而后者则依赖于全基因组测序(变异是变异,因此,尽管对于正在生成数据的在职科学家而言非常重要,但实际上这只是结果的次要细节。 )。 两者都在主要结果上达成广泛共识。 此外,还有第三部作品,即预印本, 欧洲八千年的自然选择,其结果与上面的第二篇论文一致(它的一部分涉及选择以及系统发育组学)。

*欧洲的遗传结构比金字塔更年轻*

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关于欧洲人是农民还是狩猎采集者的古老争论总是有些前后矛盾。 所有人类都是狩猎采集者的后代。 相反,问题在于现代欧洲人是否主要来自上次更新世末期在欧洲大陆居住的人,还是他们是否起源于大约一万年前在中东发展农业的人。 也就是说,农业是否通过文化传播或迁移而传播? 植物还是人? 答案实际上并不简单,但是今天的结果没有争议。

首先, 迁移似乎一直是主要动力 它定义了农业的传播,尤其是在早期。 从基因上讲,这些最早到达欧洲的农民与欧洲北部和西部的狩猎采集者有很大的不同。 在接触之前,他们的某些祖先已经被远距离隔离了几万年。 如今,伊比利亚半岛的人们与当地农民捕猎时的狩猎采集者相比,遗传上的共性要比现代北欧人少,现代北欧人的更新世世代代是其祖先的大部分。 不过,我要提出的主要限定条件是,农民本人似乎在离开中东的途中捡拾了欧洲的猎人与采集者的混合物。 分数约为〜50%。 另一个组成部分被称为“基础欧亚人”,因为该元素是所有其他欧亚人(包括欧洲猎人与采集者)的外来群体。 就是说,基础欧亚人是进化论的一个分支,其中包括安达曼岛民,澳大利亚原住民,日本人和欧洲的狩猎采集者。

拉扎里迪斯(Lazaridis),伊奥斯夫(Iosif)等。 “古老的人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。” 自然513.7518(2014):409-413。

拉扎里迪斯(Lazaridis),伊奥斯夫(Iosif)等。 “古老的人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。” 自然513.7518(2014):409-413。

左图是纸上的 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。 WHG =“西方(欧洲)猎人聚集地”。 EEF =“欧洲早期农民”。 您可以看到EFF是复合化合物。 我认为现在EEF在哪里获得了类似WHG的血统就没有太多的清晰度了。 它可能是中东的结构。 或者它可能在东南欧。 在补充 Haak等。 他们测试了匈牙利人的样本,而且似乎EEF个体比西欧的猎人-采集者样本更接近它。 因此,欧洲的祖先人口可能已经有了结构,但这里的信心很低。 而且据我所知,基础欧亚大陆还是个谜,在发现Nepture之前几乎占据了“行星X”的角色。 为了使这些模式有意义,它们必须存在,但是关于它们的详细信息尚不清楚。 当然,以与北欧亚大陆类似的方式探索中东的人口遗传学方面,现在似乎存在着巨大的空白(我的理解是, 卡洛斯布斯塔曼特 在拉美裔人口中扮演重要角色 1000个基因组; 不幸的是,没有其他人提倡加入中东组织,因为这是人类历史上如此重要的一部分。

话虽如此,如果人们假设EEF中的西欧亚混合体来自欧洲的狩猎采集者,那么显然 现代欧洲人的大多数血统可以追溯到更新世 (即,如果回顾10,000年,EEF + Yamnaya可能意味着超过一半的血统类似于WHG)。 但是,这一比例掩盖了发生大规模移民和人口流动的事实,因此不再具有从冰河时代避难所扩展的简单模型。 卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)长期以来一直争辩说,祖先的纯比例并不重要,因为人口增长驱动的“前进波”将随着时间的流逝而稀释初始遗传信号(尽管非WHG样祖先的最终比例实际上是在欧洲大部分地区比卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)承认的要高 早期的2000s)。 现代欧洲人的血统是否主要来自欧洲狩猎采集者的血统, 在给定区域中占主导地位的局部连续性的想法已被彻底驳斥。 例如,在不列颠诸岛的猎人与采集者的血统,在最初的前进浪潮中,可能主要来自混入南部和东部远方的农业群体,而不是始于全新世初期北欧殖民的人们。

k8488 迄今为止所引用的论文强调的第二个人口变化事件是来自东方的。 从草原的迁徙。 该事件在整个北欧大部分地区产生了不成比例的影响,甚至占主导地位。 从文化上讲,它通常植根于 Yamnaya 复杂,从而导致了各种各样的,分散的“女儿”社会。 大卫·安东尼(David Anthony) 马,轮子和语言 全面调查考古地形。 如果您对此主题感兴趣,但还没有阅读,请阅读它。 安东尼在这部作品中概述了通过扩大流动牧民的方式来传播印欧语言 精英。 他参与了这些研究中一些样本的检索, 从我的理解中,他个人感到惊讶,遗传数据不仅暗示着精英移民,而且还暗示着人们在流浪。 不仅是一群兄弟,而且整个民族都在前进。

Haak,Wolfgang等。 “从草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源。” 自然(2015)。

Haak,Wolfgang等。 “从草原大量迁徙是欧洲印欧语系的起源。” 自然(2015)。

这些人专注于遗传学,他们自己似乎是不同元素的复合体。 首先,他们的某些血统是来自于 Haak等。 术语“东部猎人聚会”(EHG)。 另外一半来自与近东有亲缘关系的人口,但与EEF有所不同。 这两篇论文之间存在一些分歧 自然 至于细节,但是 Allentoft等。 承认他们没有EHG样品,这可能影响了他们检测混合物的能力。 Allentoft等。 也从 Haak等。 在强调中,他们将重点放在Yamnaya中的祖先部分上,该词根据这条线中最古老的个体的位置而被称为“古代北欧亚”(ANE)(请参见 上旧石器时代的西伯利亚基因组揭示了美洲原住民的双重血统)。 似乎清楚的是,这一因素与其他西欧亚人口有很大的不同,大约有20至30万年的历史。 而且,他们为EHG贡献了大约一半的血统(其余的类似于WHG)。 Yamnaya族人的后裔在整个欧洲带来了这个组成部分,撒丁岛人和西西里人除外,这些人可能由于在地中海沿岸的地位而被孤立了(西西里人后来也有近东混杂物)。 但这不仅仅限于欧洲人,因为相当一部分美洲原住民以及西亚和南亚的祖传遗产(至少是卡拉什)也显示出与这一部分的联系。 Allentoft等。, 喜欢 Haak等。指出这个更广泛的群体中可能存在结构。 也就是说,ANE本身是多元化的,其在美洲原住民和欧洲人中的祖先与对西伯利亚部分有所贡献的祖先有所不同。 实际上,我已经与研究人员进行了交谈,他们认为“古老的北欧亚”一词具有误导性,因为该组的分布尚不明确(欧亚大陆推断出的最高馏分在北高加索地区)。 卡拉什(Kalash)与欧洲人拥有不同的ANE来源是可行的。

要注意的一个关键问题,这使一些人感到困惑,是像Yamnaya这样的组织的祖先与整个欧亚大陆的其他组织表现出共性。 因此,如果您替换了类似的组,那么利用基于模型的程序对混合物成分进行的更改可能不会像您想像的那样极端。 为了说明我要具体讲的内容, 希腊和土耳其之间的人口转移 在1920年代,混合动力的影响远比简单的混合前后的估计要好得多(因为从基因上讲,这两组非常相似)。 从图 Haak等 不会使用自然爆发的混合物成分,但根据推断的祖先种群的遗传特征推断出的人口统计学混合。 蓝色部分代表WHG,但绿色(Yamnaya)和橙色(EEF)元素都具有类似WHG的血统(这就是为什么我说现代欧洲人很可能大多> 50%的WHG类似) 。

一个时间维度 Haak等 特别强调 但似乎很清楚 Allentoft等。 同样,在青铜时代,非山形屋的血统也逐渐开始重新兴起。 为什么? 我将在下面解决。 但, Allentoft等。 拥有更广泛的欧亚样本,包括跨乌拉尔地区和跨阿尔泰地区的印度裔欧洲人口。 在这两个领域中,后继文化都具有类似EEF的血统。 也就是说,就像 有线洁具 人口,与母公司Yamnaya组不同。 这强烈暗示了这个复杂的建筑群在青铜时代从东欧(远至中国西部)向后迁徙。

战前 In 纽约时报 大卫·安东尼(David Anthony)的作品陈述了两件事,使我成为一个没有专长的有兴趣的外行人而感到困惑。 首先,他似乎认为Yamnaya和EEF下降人口的合并不是一个战争式的过程。 他具体说:“不是匈奴人阿提拉杀了所有人。” 这是一个有用的图像,但老实说,请注意,匈奴不是主要生产者,其目的不是像成吉思汗想做的那样,通过杀死定居者来增加牧草(见 帝国末日:匈奴阿提拉和罗马沦陷)。 相反,他们征服和服从了其他野蛮人团体,并向东罗马帝国勒索了贡品。 匈奴人的人口影响并非直接来自他们,而是他们及其继任者(尤其是阿瓦尔人)的事实促进了其他群体的迁移,首先是哥特人,后来是斯拉夫人的扩张。 到阿提拉时代,野蛮人的领导人已经意识到,被征服者对于作为经济生产者至关重要,他们的俘获和征服将使他们能够参与炫耀性消费的地位竞争。 我不认为在文明世界之外的铜器时代和青铜时代确实如此,当时的文明世界是一小片在野蛮之海中的扫盲群岛。 以上两篇论文均表明Europ发生了大规模的人口混乱。 虽然据我们所知战争是 必然不可避免 对于我们的物种, 在农业兴起和现代之间,这似乎很普遍。 斯堪的纳维亚有线商品文化也被称为“巧合”并非偶然。 战斧 文化。 是的,许多考古学家认为它们主要是身份的象征。 我愿意打赌很多考古学家是错的。 众所周知这是会发生的。

gokturk_empire_by_still_ates 安东尼提出的第二个问题是山药时代后的各种文化之间的联系,特别是在中国西部边缘最早的印欧人之间的联系,距离他们可能的起源地有4,000英里。 这些东部群体的遗传特征也很可能是由于共同的草原文化介导了来自欧洲的基因流。 安东尼指出:“我本人很难理解这一点。” 这完全使我感到困惑,因为他是一位专业的考古学家,所以他必须知道,广泛的基因流动和文化纽带跨越了欧亚腹地的广阔地带,这一点也不奇怪! 我向卡尔·齐默(Carl Zimmer)指出了 突厥帝国 公元6世纪中叶,它从核心的阿尔泰地区迅速扩张,并预示了后来的突厥人的分布,从尼罗河到北极海的边缘。 语言和生活方式可调节人际关系和人口统计联系。 草原民族的蠕虫特征是众所周知的,并已从历史和半历史记录中得到证明。 诸如匈奴人,阿瓦尔人和阿兰人之类的团体起源于欧亚大陆的心脏,并根据需要沿文化亲和力来回移动。 阿兰斯(Alans)在13世纪曾在中国的蒙古人统治下服役,但800年前,他们曾随Vandal部落来到北非,并在那里保持了独立的身份,直到被查士丁尼征服为止。 似乎完全有理由认为,这种过度机动的模式是在整个生态持续适宜性的整个范围内伴随着农牧主义而出现的,只是随着火药帝国的崛起和战争的结束而结束。 粉碎Oirat 由满族(俄罗斯默许)。

*北欧的原型物理特征比金字塔更年轻*

斯宾塞·威尔斯(Spencer Wells),世界新面貌

斯宾塞·威尔斯(Spencer Wells),世界新面貌

即使有所有这些新结果,植物药理学仍然纠结和复杂。 我只刮了上面的表面。 您确实需要阅读论文及其补充,甚至可以了解正在发生的事情(是的,理想情况下,您会知道 f3 统计信息是!)。 但是,随着时间的流逝,种群基因组学使我们对自然选择和表型的特性有了更清晰的认识。 我们与白人欧洲人相关的一整套特质很可能是最近的,直到青铜时代之后。 白人至上主义者 早20th世纪 他认为古代埃及人(实际上,所有文明)都是由金发碧眼的北欧人建立的,结果可能是错误的,因为 这些文明可能早于北欧金发碧眼的民族的存在,无论是其遗传结构还是其物理类型(至少为任意数量)。

大自然14507-f4 色素沉着的遗传结构是遗传学家广为了解的,因为全基因组关联在该领域非常有成果。 与身高等特征不同,群体之间的色素沉着差异很大。 而且,这种变异在很大程度上归因于一些效果显着的基因。 在 SLC24A5 使用一个混合的非裔美国人进行测试,SNP约占欧洲人和非洲人黑色素指数差异的1/3。 正如我之前观察到的 SLC24A5 在派生形式中,它在欧洲人中几乎是固定的。 在里面 1000个基因组 在数以千计的个体的数据集中,我发现了一些带有杂合子和祖先副本的样本。 在中东,该等位基因也接近固定,尽管不完全相同。 从图中可以看出,我改编自 Allentoft等。在南亚人中,衍生的等位基因频率也很高。 我的整个家庭都是“欧洲”变种的纯合子。 有 一些暗示性证据 这种单倍型来自中东。 在欧洲的狩猎者和采集者中,这种频率很低[3]。 但是,到了青铜时代,它已经在欧洲以及欧亚草原上进行了固定。

我更感兴趣的是 SLC45A2。 衍生的等位基因在欧洲现代人群中几乎是固定的,尽管在 SLC24A5。 在伊比利亚和撒丁岛的人口中,祖先的类型在〜10%的范围内。 在欧洲的青铜时代,频率只有〜50%,处于现代中东人口的范围之内。 甚至在草原上频率较低,假定的印度欧洲人也从那里迁徙。

最后,在这个色素沉着小组中,他们包括了一个主要的SNP。 OCA2-HERC2 地区。 该基因座因参与蓝褐色眼色变化而闻名,可以解释75%的变化,并且还表现出欧洲基因组中第三长的单倍型。 从这些SNP天真地预测 可信地争论 全新世初期的欧洲古代狩猎采集者是黑皮肤的和蓝眼睛的! 欧洲青铜时代的样本, 在这种情况下,偏向北欧人的遗传变异范围与现代南欧人相当。 草原上的人们似乎根本没有蓝眼睛。

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这些结果与 Mathieson等. 要观察的一件事是,具有更深时间深度的旧石器时代的样本在所有这些位置都是“祖先的”。 即使样本量很小(N = 4),它们也来自不同的时间和地点。 这是否意味着它们比欧洲的全新世狩猎采集者还要黑得多? 作为 有些人指出 我们不能只是从今天的基因架构到过去的直线推断。 记住尼安德特人 表现出色素沉着多态性,但类型不同。 更深入的功能分析可能会产生旧石器时代的欧洲人具有等位基因的可能性,这些等位基因也导致皮肤变白,但它们与当今分离为多态性的等位基因不同。 我已经说过 我怀疑现代欧洲的许多祖先是在最后一次冰河世纪之前形成的。 现代遗传变异在预测表型方面给出这些结果的原因是,它们可能通过一组不同的多态性而达到了相同的性状值。 来自现代人群的基因型-表型图可能无法很好地预测30,000年前的关系。 为什么人们会认为色素沉着变化的选择始于全新世的风口浪尖?

但是,我确实认为我们可以更有把握地预测基因上更接近现代人群的表型性质。 青铜时代的欧洲人符合这一要求。 而且,我个人了解这段时期的个体外观可能是基于遗传结构的: 我的两个孩子在色素沉着基因座上均表现出基因型特征,与许多青铜时代的欧洲人相似。 也就是说,它们是针对的派生变体而固定的 SLC24A5,并且是杂合子 SLC45A2 OCA2-HERC2 (我的儿子是我的儿子,但不是我的女儿,是一个杂合子 基特尔; 似乎确实会改变头发的颜色)。 就他们的肤色而言,他们可以作为本土的南部欧洲人通过,但绝对不能作为北欧人通过。

*文化带动基因领先*

的另一个主要发现 Mathieson等。 和 Allentoft等。 是在整个欧亚大陆发现的衍生等位基因,随着成年人在过去4,000年中的频频扫荡,它们可以消化乳糖。 该等位基因涵盖了各种各样的人群,从 巴斯克人飞往南亚人。 对于色素沉着,似乎我们需要共同考虑祖先和选择的影响(在南亚 SLC24A5 频率 绝对是选择和下降的函数)。 但随着 LCT 选择似乎很重要。 欧亚大陆的主要遗传特征是在青铜时代建立的,但乳糖酶持续等位基因的频率仍然低得多。 长期以来,针对单倍型变异模式的自然选择测试长期以来一直对 LCT 所以这并不奇怪。

51r8Ph-vcaL._SY344_BO1,204,203,200_ 有趣的 Allentoft等。 这表明,尽管青铜时代的草原种群具有较低的衍生等位基因频率,但似乎确实比当代种群具有更高的频率。 这表明这种单倍型的起源仍然可以归因于Yamnaya情结,这种单倍型跨越整个印欧语系人口,也包括芬兰人群体和巴斯克人。 在 10,000年爆炸Greg Cochran 提出了以下假设: LCT 使印欧牧民得以传播。 这些结果并不是这种直接因果关系的有力支持。 相反,让我吃惊的是,牧民的优势推动了相关等位基因的选择压力。 生物学没有推动文化发展,文化推动了生物学发展。 2,000年前的朱利叶斯·凯撒(Julius Caesar)遇到的喝牛奶的凯尔特人和德国人可能仍处于适应农牧民生活方式的中间阶段,他们的祖先逐渐完善了这种生活方式。

*就像白人一样,我们所有人都应该*

外观也焕然一新

外观也焕然一新

Twitter上的一个笑话是,白人的遗传学是似乎永无止境的那些富饶的研究领域之一。 令人惊讶的是,古老的DNA领域首先在无数数十亿其他国家的丰富历史之前阐明了这片朦胧的大雾大陆的性质吗? 很有趣,但是这些故事,真实的故事,我想告诉我们很多关于过去一万年来现代人口的情况。 欧洲的教训可以概括。 我们没有来自中国,中东或印度的大量古代DNA。 至少不足以完成种群基因组学,这需要比少数几个更大的样本量。 但是,在气候允许的情况下,我们可能会这样做。 当这种情况发生时,我相信将会讲出非常相似的故事。 使用现存的遗传学,我们已经可以推断出南亚的现代人群是基因型和表型的新颖结构。 东南亚,美洲甚至非洲也是如此。 在东亚也许也一样。 也许在大洋洲。 即使没有混合物,人类也会进化 原位 和变化,但随着混合的增加,变化的范围越来越大,适应的参数空间变得越来越丰富 柔软.

在以撒·阿西莫夫(Isaac Asimov)的作品中 后来的基金会 在他的著作中,他谈到了未来种族多样性的存在(据我回忆,他在纸浆时代的早期作品是纯白人星系)。 哈里·塞尔登(Hari Seldon)在某一时刻遇到了一个外表看起来像东亚的人,他们讨论了东亚血统被称为“东方人”而欧洲外表被称为“西方人”的人们的陌生感。 由于对这些人口在原住民星球上的古代分布失去了记忆,只有语义回忆的影子在以特兰托为基地的横跨银河的帝国中像幽灵一样存在。 但是,当然,在未来数万年中,即使不进行基因和机械改造,现代种族类型也不大可能以我们认可的任何方式持续存在。

但是这些来自古代DNA的结果告诉我们,在不久的将来很可能是正确的 最近的过去也是如此。 白人欧洲人是一种新类型。 但是棕色的南亚人也是如此。 埃塞俄比亚人和大多数北非人群体一样,最近都有民族起源。 班图人的扩张在历史视野的边缘重塑了非洲的面貌。 依此类推。 从大的角度来看,年轻的地球创世主义者是错误的,但是具体来说,诺亚的儿子在大约5,000年前遍布世界的想法并不像过去那样疯狂! 今天,整个欧亚大陆的人类遗传变异可能大部分是渐进的,但最近却不是。 相反,它的特点是尖锐的不连续性和孤立的,与祖先血统不同的当地居民。

*文化造就了人的形象*

51L3op-B8fL._SY344_BO1,204,203,200_ 大约十年前,在古人类学中,普遍假设人类在大约50,000年前就已经完全形成,并在灭绝种族的浪潮中消灭了所有其他人类。 理查德·克莱因(Richard Klein)在 人类文化的曙光。 克莱因(Klein)的论点是,某种随机事件(一种突变)导致了一个新物种(我们自己的物种)的标点符号。 这种奇异的遗传过程使我们的血统中出现了完全形成的语言学,从而促进了文化灵活性的发展,这使其余的人类血统进化出了死胡同。 这是一个单一而优雅的故事。 它呼吁简约原则。 对于克莱因的模型而言,“古老的”混合物的现实是一个困难,这一事实可以证明,他对自己的混合物中的遗传声称表示怀疑。 纽约时报 在其他大多数人继续前进之后。 对于克莱因来说,生物学上的改变解释了我们物种的崛起和成功,而不是文化上的解释。

当时我发现论文很引人注目。 毕竟我们是一个非常特殊的物种。 现代的 智人 到达了大洋洲和新世界。 东西 一定发生了。 大事了还有什么可以解释我们其他血统的迅速扩张和边缘化? 我是生物学家,所以生物学是一种吸引人的因果机制。

线性

*英国人面对大海的运气*

大约在同一时间,出现了尼安德特人掺混物的证据, 卢克·乔斯汀(Luke Jostins) 发表的结果表明,其他人类谱系也正在经历脑电化,然后再缩短其轨迹。 也就是说,他们的大脑在灭绝之前就变得更大了。 对我来说,这表明 智人 由于我们历史上很深的一系列进化事件,也许是几百万年的祖先,世袭正在经历几乎不可避免的变化。 伴随着混合的证据,这让我重新考虑了自己的先验。 也许有些 智人 宗族将向外扩展并做我们所做的事情,也许这并非不可避免 us。 也许 尼安德特人视差 场景不像我们想象的那么梦幻?

41z97bDZvUL._SY344_BO1,204,203,200_ 以大约1600年的欧洲为例。在英格兰和德国北部(或后来成为德国北部),您有两个新教徒,并且在基因上相似。 但是到1850年,从更广泛的遗传学角度来看,英国似乎在人口统计学上将超过德国。 詹姆斯·贝里奇(James Belich) 补充地球 回顾了这段时期的历史,当时英格兰率先进行了一场人口革命,远远超出了人们在1000年的预期。但是到了2000年,德国或德国人已经有所追赶。 如何? 数以百万计的德国人从19世纪中叶开始大量移民到美国,并被美国的人口革命“吸引”。 关键是历史,文化和社会而不是生物学的偶然性解释了基因库随着时间的推移的轨迹。 人类的过去和基因频率的急剧波动,可能是由长而有力的文化力量驱动的。

在上面的处理中,我注意到,在现代南欧大体上取代了当地猎人和采集者群体的EEF农民本身就是一个复合体。 EEF中的狩猎者和采集者的血统远胜于他们取代的那些人,但是唯一的原因是地理上的巧合。 吸收到EEF中的WHG样群体位于更东边,因此更接近新石器时代农民的最初扩张地。 同样,几乎可以肯定的是,尼安德特人融入现代人口中的混合体仅限于特定群体。 这并不是说人类之间没有生物学差异,这可以解释各种各样的现象。 任何看着尼安德特人头骨和现代人类头骨的人都知道那里。 范围人口之间也可能存在生物行为差异。 基因文化共进化是一个真实的过程,即使需要制定细节。 但是生物学和文化之间的相互作用是复杂的,在许多情况下,文化变革正在推动生物学变革,然后固定了对“赢家”有利的差异(乳糖酶的持久性似乎是一个完美的例子)。 但是就像在个别情况下一样 我们还必须记住,获胜通常是幸运的一部分。。 通常被认为是确定性过程的自然选择在某种程度上也是随机的[4]。

*从遗传岛到人类汹涌的大海*

对于在古代DNA领域工作并遇到过去的变化的许多遗传学家来说,最令人震惊的事情之一就是高水平的人口结构。 也就是说,您有许多世代同居的群体,但这些群体展现出洲际尺度的遗传距离。 但是正如我上面提到的,戴维·赖希本人在印度也发现了同样的结果。 而且,在非洲,您有很长的共生种群,例如刚果的侏儒族及其农业邻居,他们在遗传上有很大的不同,已经有数万年的历史了。 Allentoft等。 枯燥地观察到,“这些结果表明基因库发生了明显的时间变化,并且还表明 欧亚大陆的古代群体在基因上更加结构化 比当代人多。”

种姓 大约10年前,我读了尼古拉斯·德克斯(Nicholas Dirks)的《 心灵等级。 德克斯是一位杰出的学者,现在是加州大学伯克利分校的校长。 他强调 欧洲类别和系统化在创建现代种姓制度中的作用。 我不想将他的论点简化为讽刺画。 显然,种姓早于欧洲殖民主义。 德克斯会承认这一点。 但在 心灵等级 难以撼动的是,他相信英国对形式化的强加使其成为了我们今天真正理解的那种感觉。 这种种姓必须被理解为一种当代和早期的现代现象,而不是作为南亚社会结构特征的一种古老的现象。

遗传学 证据 现在很清楚,它描绘了一个非常不同的风景。 许多种姓,甚至 加提,我们今天看到的边界已有数千年的历史了。 内婚制早于英国人。 它可能早于 雅利安人! 这种形式的种族隔离可以追溯到最初的混合事件,而不是英国人或雅利安人发明种姓,而是要随着每个新来的人口重新发明和修改,并将其霸权强加于次大陆。 在 纽约时报 大卫赖希 声明说:“您的群体在遗传上与欧洲人和东亚人一样独特。 他们并肩生活了数千年。” 然后,他继续说:“这些文化障碍正在消散,并且混杂在一起,”这暗示着随着时间的推移,农民样本中WHG血统的上升。 当然,记得里希(Reich)在印度的工作确实突出了顽固的等级制度以及等级制度是多么有趣。 在局部地区保持遗传变异,该变异通常在规模上接近洲际。

我们永远无法知道,六千年前,北欧第一农耕文化LBK人在遇到土著猎人和采集者时是否实行了种姓式的种族隔离制度。 我们也不能完全有把握地说他们的关系是否表现出与班图族农民和刚果格米人之间类似的共生关系(尽管确实要注意,在这种情况下,班图人社区的地位较高,个别格米人通常有半奴隶制)地位)。 但是,我们需要看一下文化进化模型和经验结果可以告诉我们如何理解这些模式。 古代DNA可以非常具体地告诉我们等位基因频率变化的细节。 我们可以在一定程度上自信地重建祖先的面孔和肤色。 假设样本量足够大,这些数据集可以相对清晰地解决种群基因组学家对动物模型的提问和回答。 但是,人类是卓越的文化动物,这是至关重要的新变量,将需要新的学者集合起来,对人类的过去,现在甚至未来建立真正的多学科理解。 产生对人类历史研究有影响的结果的强大基因组技术需要利用研究人类历史科学的全部学者。

1 –三倍复制是很重要的事情,因为不同的文化具有不同的偏好和目标。 例如,阿拉伯的努力主要集中在古代人的哲学生产上。 没有拜占庭人,我们将无法获得古典希腊的人文主义作品,尤其是戏剧传统。

2 –关于东部近古铜器时代的外交历史的许多已知信息都保存在楔形文字的碑文中。 尽管笨拙,但与后来出现的羊皮纸和纸莎草纸相比,这种在粘土板上写字的形式显然更坚固,并且对复制的依赖性较小。

3 –我很想知道它是否与欧亚大陆目前常见的单倍型相同。

4 –即使在新世代中受到青睐,新的突变通常也会灭绝。 只有当频率由于偶然机会而变得足够高时,选择才会不可避免地将其频率提高,也许是固定。

 

41ePHetk1dL._SY344_BO1,204,203,200_ 大多数读者都知道,古代DNA彻底改变了过去的历史推论,尤其是史前史。 在15年的时间里,我们已经从一个活着的人类的基因组草图,发展到数万年前的人类基因组! 但是总的来说,由于在这种情况下减少的DNA降解,古代的DNA革命一直是温带气候和寒带气候之一。 PNAS上的一篇新论文为扩大这一分析的范围开辟了一条可能性, 来自加勒比地区的17世纪奴役非洲人的全基因组血统:

在1500年到1850年之间,有超过12万被奴役的非洲人被运送到新世界。 绝大多数是从西非和中西部非洲运来的,但是它们的确切来历在很大程度上是未知的。 我们使用了全基因组的古代DNA分析来调查三名被奴役的非洲人的遗传起源,这些人的遗体在加勒比海的圣马丁岛上被发现。 我们将其起源追溯到非洲内部不同的次大陆来源人群,包括喀麦隆北部的班图族人和现今尼日利亚和加纳的非班图族人。 据我们所知,这些发现为受奴役的非洲人的族裔起源提供了直接的直接证据,而这个时期的历史记录很少,并且证明了基因组数据提供了另一种类型的记录,可以为长期存在的历史问题提供新的思路。 。

希望这仅仅是开始。 这是创新经济学的一部分。 最好的古代DNA实验室正在培训其他人的技术。 从我现在的理解来看,还有大量积压的待分析。 随着专业知识的分散,劳动力和资本将不再是限速步骤。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA 

詹姆斯·查特斯(James C.Chatters)2002年的书

詹姆斯·查特斯(James C.Chatters)2002年的书

到目前为止,您可能已经阅读了以下最新新闻 西雅图时报埃斯克·威勒斯列夫(Eske Willerslev) 该小组将在《肯纳威克人》上发表遗传结果。 这种“窥探”是通过信息自由法获得的,这是因为肯尼威克·曼(Kennewick Man)被卷入 政治争议 自1990年代詹姆斯·查特斯(James Chatters)首次发现以来。 问题是 从形态上 这些遗骸不是当代美国原住民的典型代表,这可能使人们对该地区今天的土著人民的社会政治权利的合法性产生怀疑。 社会政治方面被殴打致死,我对此领域并不特别感兴趣。 相反,鉴于不久的将来将会出现的结果,科学会更加令人着迷,甚至令人惊讶。

2019387254肯纳威克人的最著名的重建很奇怪,因为它类似于英国演员 帕特里克·斯图尔特。 当没有DNA时,人类利用表型,形态来确定遗传相关性。 在1990年代,DNA不可用。 许多接触遗骸的研究人员的推论是,肯纳威克·曼(Kennewick Man)是不同的,因为他的形态可能类似于欧洲遗产。 争议变成了某种马戏团,以某种方式 史蒂夫·麦克纳伦,可以说是美国最重要的北欧 新异教徒,以与美洲原住民相同的理由对遗骸提出索赔! 后来的学者提出,肯纳威克·曼也许不是欧洲人,而是当代美洲原住民所不具备的欧洲人(例如,他可能是早期东亚欧亚人中与日本绳文有关的一部分)。

41VAznr2aiL._SX258_BO1,204,203,200_ 如果 “西雅图时报” 报告 是正确的,我相信是的, 肯纳威克人(Kennewick Man)是现代美国原住民祖先人口的一部分。 这应该使大多数政治辩论都搁浅,因为结果可能会平息许多土著激进主义者。 但是,仍有一些细节需要充实。 A 2012年出版 这表明欧亚大陆发生了二次移民,这导致了 NA-提纳 在北美北部和西部常见的人群。 相比之下,肯纳威克·曼(Kennewick Man)可能属于最早的乌拉圭裔美国人,他们是在大约15,000年前从贝伦吉亚来的相对较少的人口。 这是绝大多数土著血统,基本上是里奥格兰德州以南的全部。*

由于需要更新!

由于需要更新!

这里的上下文很重要。 现代古代DNA的一种见解是 在过去的大约10,000年中,有大量的人口流动,以及不同血统之间的混合。 肯纳威克·曼(Kennewick Man)死于9,000年前 我们了解的欧洲人 基因上不存在. 在整个欧亚大陆,非洲和大洋洲,全新世带来了巨大的人口流动(某些例外,例如安达曼群岛和西南非洲的沙漠)。 正如我在上面暗示的那样,新世界有所不同。 有一些人口统计方面的干扰,但在里奥格兰德州以南和整个北美东部,人口从相对均匀的创始人种群中减少,这些种群到达了更新世末期。 许多残骸似乎对美洲原住民的形态来说是“非典型”的事实,有力地证明了这一点。 原位 进化。**

几年前,一位人类学家告诉我,当您看到亚马逊当地人时,他们“看起来”像西伯利亚人。 是的,他们进行了更改和改编,但只是有些修改。 它向我说明了有限的遗传变异对种群的强大约束。 同样,尽管新世界各地土著居民的色素沉着有所不同,但远不及旧世界所见。 为什么? 也许是选择压力不同(或没有选择压力)的函数。 或者,也许不是最初就没有可供选择的变化形式? 旧世界的历史使我们所有简单的叙述变得混乱不堪。 实际上,由于新世界人口统计的简单优雅,它实际上可能是一个天赐之物。

*从我与Twitter的交流中 庞图斯·斯科格伦德 我相信成立的“第一美国人”群体中存在一定的人口结构,尽管数量不多。

**外加剂是一个问题,但是可以通过基因测试以及研究早期的现代遗骸来消除。

 

在下面发布 K14古代DNA论文的作者马丁·西科拉(Martin Sikora)做出了回应。 整个事情值得一读:

嗨拉齐布,

在阅读了您的帖子后,我认为从我这一角度看一点观点并不会造成伤害,因为我并不完全同意您的一些批评。 对我们论文的一些反应使我有些惊讶,但回想起来,它可能反映了故事的复杂性,这也是我也一直在努力的(现在仍然是!)。

造成这种混乱的部分原因是,假定我们发现K14某种程度上与Lazaridis等人提出的所有三个欧洲祖先有关,因此它必然也为现代欧洲人贡献了这些成分。 在您的帖子中,您似乎也暗示了这一点,即我们不“承认K14没有离开现代后代的可能性,并且是早期人口的一部分,但最终并未蓬勃发展”。 我实际上同意早期的人口问题,我们也承认在图2的建议模型中,该模型没有与K14相关的人口直接对现代欧洲人做出贡献。 可以肯定地说的是,K14与中石器时代的猎人-采集者(以及由此延伸的现代欧洲人)确实拥有大量血统,但与此同时,与所有西方欧亚人相比,东亚人与东亚人之间的距离不那么近。复杂的。 因此,如果您服用Lazaridis等。 作为骨干模型,您需要一些额外的基因流来解决这个问题,例如从基础欧亚大陆进入K14,或者在东亚和西欧亚大陆之间,在K14之后但ANE / HG分裂之前,存在某种基础基因流动。 虽然我们没有确定的分辨率,但我们的结果确实表明K14接近ANE / HG拆分的HG分支,或者已经在HG分支的下面,这意味着这些拟议的组件将不仅必须已经有点以36千里亚尔(Kya)区分,但也已经混合到一定程度。

关于您对PCA结果的看法,我不同意说,这是您对那个年龄段的个人的期望。 毕竟,K14距东亚/西亚欧亚大陆的分裂还有36,000年的距离,因此它在欧洲分支机构中缺乏大量的漂移。 但是,它已按预期从PC1转移到了欧洲(实际上比MA1还要多)。 Pontus Skoglund最近在MBE中发表了一篇不错的论文,证明了同样的效果(请参见doi:9 / molbev / msu10.1093中的图1920)。 如您所说,使用现代变体来推断古代样本的亲和力是有局限性的,而且PC通常很难解释。 本着同样的精神,我也不会解释K14中不同的外加成分,因为它本身已与所有这些成分混合在一起,而是反映了与这些成分所代表的现代人群的祖先关系。 显然,“中东”部分也是如此,但这仍然意味着K14在某种程度上祖先与这些人口有联系,而包括MA1在内的所有其他HG却没有。

总的来说,我确实认为移民起了重要作用,例如,我不认为“基础欧亚”随K14一起带到中欧或当时已经以另一种方式出现了,这似乎很清楚。 我也不会说我们的结果必然是对Lazaridis等人模型的反驳,但我确实认为它们表明,在旧石器时代上,它似乎已经相当复杂。 如果您需要为每个新个人提供一个新的移民/组成部分,那么对我来说,这至少在某种程度上是一个问题,即对于所有现代欧洲人来说,真的可以谈论三个或任何其他数量的离散祖先人口。 我个人希望高加索或中亚的古代样品能再次带来惊喜。 很酷的事情是我们可能很快就会知道,因为许多小组正在向图片中添加越来越多的样本。

无论如何,我只是想分享自己的想法,希望这可以使事情变得更清楚。

顺便说一句,您接下来的ANE帖子将重新评级,我可以确认这就是卡拉什。 同样有趣的是,相应的Kalash ADMIXTURE组件出现在MA1中,但在K14中几乎不存在(请参见图S20)。

 

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA 
信用:艾伦·莱特(Alan Light)

信用: 艾伦·莱特

如您所知,女演员达里尔·汉娜(Daryl Hannah)描绘了让·艾埃尔(Jean Auel)的主角艾拉(Ayla) 洞熊的家族,在电影版中。 与许多演员不同,汉娜(Hannah)是一个受启发的选择,因为她的确像小说中对艾拉(Ayla)的描述一样。 高个子,金发碧眼,额头高(请记住,在这些书中与尼安德特人有很多对比)。 Auel描述了人类尼安德特人的互动程度,以至于出现了杂交。 在1980年代,当她的系列作品首次受到关注时,这并不是一个特别受欢迎的角度。 这是“线粒体夏娃”的时代,那时替换是一个更时尚的想法(问米尔福德·沃尔普夫(Milford Wolpoff))。 尽管在细节上奥埃尔(Auel)可能对这个过程发挥了错误的作用(混合现象似乎发生在从非洲而不是在欧亚大陆北部的现代人类迁徙的早期),但总体而言,她还是承认人们的工作证明了自己是正确的。喜欢 斯万特·帕博(Svante Paabo).

但是有一个非常重要的领域是Auel犯了错: 看来,在冰河时期,解剖学上现代的欧洲人并不符合北欧人的高,金发和轻柔的理想。 我在K14上张贴KXNUMX头骨图像的原因之一 在下面发布 即使没有专业的骨骼形态分析背景 从视觉上看,这个人相当健壮。 早期人类学家显然将其称为“ Australoid”是有原因的。 澳大利亚和巴布亚的土著人民是当今最健壮的人类之一。 相比之下,其他人群则经历了很多的折磨,尤其是在过去的10,000年中。 那颜色呢? 我在中找不到参考 Seguin-Orlando等。 对基因组功能的任何分析,但在安妮·吉本斯(Anne Gibbons)的文章中 科学 她说K14是“一个矮个子,黑皮肤,黑眼睛的人。” 我怀疑她会这么说,除非她从研究团队那里知道这个人的基因型是什么。 也许以后会发表有关种群基因组学而非系统基因组学的论文,但是这些结果将与其他结果一致。

古代DNA揭开的一个故事是人类人口历史的复杂性。 商店里有很多惊喜。 同样重要的是,人类在过去的100,000年中已经适应并改变了功能,以至于显着的身体特征在时间和空间上变化很大。

 
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下载(1) 远古的DNA写下了丰硕的篇章, 纽约时报 卡尔·齐默(Carl Zimmer) 来自远古的DNA,更清晰地展现了当今的欧洲人。 该作品的主要来源是最近在欧洲发表的两篇论文, 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群 (无胶版) 以及 欧洲史前五千年断面的基因组通量和停滞。 像 早期mtDNA在古代DNA上的研究 这些结果表明,欧洲人口史 被周期性的不连续点所打断。 这是Zimmer文章中的重要内容:

考古学家发现,在接下来的3,700年中,早期的农业文化没有发生巨大变化。 但是大约4,000年前,青铜时代到来了。 人们开始使用青铜工具,通过更长的网络进行交易,然后搬入防御工事的城镇。

皮尼亚西博士和他的同事们发现,这个时代也带来了人类DNA的突然转变。 一大批人来到了匈牙利大平原,赖希博士相信他知道自己是谁:北欧亚大陆。

马车 欧洲人似乎不太可能在这种趋势上表现出特殊性,因为该趋势概述了世界范围内的广泛趋势 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理。 几十年来,已经有许多关于印欧语系来临的书籍。 大卫·安东尼(David Anthony) 马,轮子和语言 这可能是“他们来自草原”观点的最新最好总结。 如果对此有重大更新,现在看起来 印欧语系的人口影响比我们以前想象的要大得多。 但是印欧语系特别吗? 可能不是……早期的工作表明,随着农业的到来,欧洲出现了重大中断。 后来在非洲,您进行了班图人的扩张,取代了大多数当地人。 并作为 约翰·霍克斯 指出生活在大约45,000年前的古老西伯利亚人可能来自一个没有现代后裔的群体。 大约20,000万年后,随着Ma'lta男孩子从西伯利亚东部消失,这表明自解剖学上的现代人类到来以来,欧亚大陆的心脏已经多次翻滚。

附录: 我会以标题的次要问题 纽约时报 片。 画面不是真的更清晰,但是更阴沉。 只是那张清晰的老照片是 ,而新的阴天图片是 错误少。 最终,乌云可能会清除,但为此我们需要更多示例。

 
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截图-090614-19:56:13

截图-100614-01:23:00 David Reich在SMBE 2014上的演讲来来去去,从Twitter上的报道看来,这是他们去年秋天bioRxiv预印本中的结果的综合, 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群以及来自 俄罗斯萨马拉。 主要的收获是,遗传上现代的欧洲人基本上是三个截然不同的人口群体的混合体,这三个人口群体仅在全新世(近一万年)期间融合在一起。 我从bioRxiv预印本中获取的图中显示了模型的样式化变体。

但是令我困扰的一个问题是,如何现实地提出这样的主张,即这些节点中的某些确实是被基因流的障碍分隔开的真正不同的种群,而不是成为更广泛的遗传变异连续体的一部分? 例如,被水障隔开的人口,例如 Sahul 几乎可以肯定的是,它们显示出足够的减毒基因流,因此漂移可以有效地将等位基因频率移离了 巽他大陆。 另一方面,在我看来,从西欧到北欧的乌拉尔大平原上的遗传变异可能大部分是渐进的,从大西洋到西伯利亚的边缘,每个人口都与另一个交换基因。 有人认为,被称为“古代北欧亚大陆”(ANE)的古西伯利亚人口只是整个欧亚大陆的一条部落的一部分,该部落向欧洲的狩猎者和采集者延伸(很明显,我对此持怀疑态度,因为遗传距离似乎太大,但是谁知道遗传距离在更新世中以多快的速度增加?)。 另一方面,由于许多地区的条件恶劣,在更新世期间可能存在人口密度极低的区域,因此,由于更传统的遗传隔离,各种祖先群体可能已经被分离出来,足以漂移开来(例如,在我看来(Han Chinese)的祖先已经与西方欧亚人隔离了40,000年,除非您将维吾尔族和土耳其斯坦人等相对较近的融合算作是更广泛的融合)。

然而,我最近(在Twitter上)进行的一些讨论使我澄清了自己的想法,并承认出于某些目的,与欧洲的狩猎采集者相比,ANE是否是基因连续性的一部分并不重要。 原因是我相信人类的过去具有许多强大的人口统计特征,而由于古代DNA的力量,我们已开始理解这一特征。 如果扩展发生在特定的狭窄地理区域,并淹没了邻近的广阔区域,那么遗传变异是否以谱系为特征是无关紧要的,因为它看起来像是在远离起源中心的区域中的不连续替代。

这使我对这些动态的看法有了重大更新。 我最近读了Richersen,Boyd和Heinrich的 基因组学时代的基因培养共进化。 它很好地概述了文化进化和基因组学的交叉领域,但是 令我惊讶的是,作者们热衷于确定基因组学如何阐明文化进化中的问题,而又没有考虑相反的问题。 也就是说,我们对文化进化过程的理解能告诉我们什么基因组变异模式 应该 看到我们周围吗? 现代人类基因组学拥有大量数据,过去的人口遗传理论机制正在起草,以规避大量丰富的经验接缝,但在古人口学领域,它是一个模型。 文化 在允许我们获得动力学分布的期望方面可能提供更多信息。 更具体地讲,文化和经济因素对于理解为什么西欧的一些国家*于1492年之后进入新大陆的大规模定居而其他国家没有这样做至关重要。 显然,我们永远不会有过去50,000年的历史记录,但是对文化进化过程的更好理解可能使我们能够判断迅速的考古学转变是否预示着人口的转变。 然后这些可以作为基因组结果的解释框架。

*我之所以指定西欧,是因为这里的遗传距离很小,而且主要的移民国家,英国和伊比利亚人并没有特别聚在一起。

 

180px-斯巴达克斯雕像公共科学遗传学 最终发表了有关铁器时代色雷斯古代DNA结果的论文, 古代和现代基因组的人口基因组分析为蒂罗尔冰人的遗传祖先和欧洲的遗传结构提供了新的见解。 这似乎是一项在边际上有所改进的工作,尽管它为史前时期的迁移和混合画上了些混乱的印象,增加了坚固性。 作者自己承认,从古代DNA推论受制于这样一个事实,这一点很重要,即我们只是没有那么多样本。 基本上,每个人都在尝试根据我们拥有的样本建立构造模型,但是即使结果本身是可信赖的,也常常使我们误入歧途。

我应该提到上面的图像是斯巴达克斯(Spartacus),他是著名的色雷斯人。 它在保加利亚,覆盖了古代色雷斯的一部分。 但是从我所看到的遗传学 我现在可以肯定的是,斯拉夫移民对东南欧产生了很大的影响,现代保加利亚人比古代保加利亚人更像“狩猎采集者”。 这使我们指出了历史文化记忆的复杂性和细微差别。 保加利亚的名称源自 保加利亚,谁是突厥人。 但是现代保加利亚人讲斯拉夫语,而不是古代色雷斯人,而且我认为他们至少有和古代色雷斯人一样多的外来斯拉夫血统。 )。

 
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欧洲人如何成为欧洲人是一个很大的问题,很大程度上是因为欧洲人(即“白人”)仍然是名声不振的意识形态所称的“欧洲人”。 赫伦沃尔克 世界的。 但是,这个事实在任何话语中都产生了分歧,它的真实性不需要否认这个问题本身就是令人感兴趣的事实, 今天非常重要。 欧洲的考古历史悠久,气候温和至寒冷,可能有助于保存亚化石。 几十年来,考古学家一直在争论现代欧洲人的祖先是农民还是猎人。 真正的答案很可能是 情况很复杂。

但是,历史的不可思议的面纱的戈尔丹结现在被托尔的真相锤击碎了。 更确切地说,庞特斯·斯科格隆德(Pontus Skoglund)还有另一篇论文 科学 (我要输入多少次?), 石器时代的斯堪的纳维亚觅食者和农民的基因组多样性和混合剂差异。 如果您没有学术访问权限, 补品 很有钱

古代DNA 左侧面板显示了样品的位置和时间。 关键是 其中一些是农民,一些是狩猎采集者 (由他们的文化协会推断)。 以前已经用更原始的技术对它们进行了检验,但是最新的论文提出了先验,甚至授予了基因组覆盖率,相对于当前标准而言相对适中。 作者重申,大约5,000年前到达瑞典的首批农民与当地的狩猎采集传统之间存在巨大的遗传差异。 F st 大约为0.05。 为了获得规模感,最大F st 对于现代欧洲人来说,介于芬兰人(高度漂泊的群体)和意大利南部人(高度混杂的,具有近东血统的群体)之间,约为0.01。 F st 现代欧洲人和现代东亚人之间的距离约为0.10。 换句话说, 在瑞典,两个世代相传的近代古代人口的遗传距离约为今天欧亚大陆距离的一半。 其实这个F st 我很熟悉几年前在 ASHG 一个印度团体有一个海报,谈论一个地区内并存的南亚团体(cast子,贾蒂斯等)可能会有一个F的事实。 st 高达……0.05! 显然,我并不是说古代瑞典具有种姓特征,但我是在断言,欧洲在当地区域内完全农业的风口浪尖上的遗传独特性可能反映了现代印度,在印度,职业和社区身份与地理信息一样。

树混合 那么为什么遗传距离如此之大呢? 左图提供了有关原因的线索。 以Gokhem2为代表的瑞典农民比“冰人”奥兹拥有更多的“猎人-采集者”混合物。 Ajvide58具有重要的“北欧亚先祖”,在新世界中也有发现(Anzick1是来自蒙大拿州的克洛维斯人)。 值得注意的是,这两个欧洲农民都有一个带有红色阴影的成分,该阴影以前被称为“基础欧亚大陆”,因为它在非非洲系统发育树中构成了西欧亚大陆,东亚欧亚大陆和大洋洲。 因为这是一个外群,所以毫无疑问与其他人有很大的遗传差异,而且F值很高。 st 价值。 像Gokhem25一样,即使贡献约2%,也足以引入足够的发散漂移,从而产生大量等位基因频率差异。

pc 本文中的许多结果是预先准备好的。 例如,事实证明,现代瑞典人离狩猎采集者更近,而离农民则近。 右侧的PC图以北欧人为最高人口,而中东人则为最低人口。 右侧是Finnic团体,萨米族人不在榜首(我对此进行了编辑)。 所有古代的狩猎采集者都不在当代的分布范围之内。 要记住的一件事是,古代人 根据现代人口的变化。 因此,我怀疑这一阴谋低估了古代群体的独特性。 第二,现代芬兰人似乎是北欧入侵相对较晚的后来者,因为古代的狩猎采集者对此没有特别的亲和力。 相反,如果有一个人口类似于哥得兰岛的狩猎采集者,那就是立陶宛人。 这不足为奇。 我一直认为,近东地区的农民所接触的欧洲最后一个地区是波罗的海东部。 具有讽刺意味的是,该地区,确切地说是立陶宛人,是14世纪最后一个基督教化的欧洲大陆。

因此,我们已经确定,现代的瑞典人(以及因此而来的斯堪的纳维亚人)更多是来自狩猎采集者,而不是将农业带到北部的农民。 但这是在功能基因组中,故事发生了变化: 与猎人相比,农民在身体上看起来更像是现代的瑞典人。 这是因为在两个固定的SNP( SLC24A5)或几乎是固定的(在 SLC45A5)在现代欧洲人中,收益与农民和 不能 猎人们。 这两个SNP是欧洲人色素沉着最强的定量性状基因座。 没有他们,狩猎采集者似乎不太可能被我们称为“白人”。 一个直接的反对意见是,古代的狩猎者和采集者具有不同的色素沉着基因结构,因此它们的闪电等位基因是不同的。 也许吧,但是请注意,我们已经说过,现代瑞典人的血统主要来自这些狩猎采集者,并且据我们所知,该种群的遗传结构并不特别令人惊讶。 在这个基因座上替代祖先的等位基因变异往往会使这些人变得更黑(也就是说,通过与非欧洲人的混合婚姻)。 人们可以构建更复杂的基因-基因相互作用场景,但是我认为到此为止我们已经知道了简约性所在。

由于遗传距离较远,而且狩猎采集者从农民身上获得的基因流极少,而且可能存在非常显着的身体差异,所以我们似乎有可能构成群体间冲突的要素,或者至少存在群体间冲突的事实,这似乎是有道理的。不安共处。 尽管格林德勒的故事似乎不太可能是一段寓言,以回想这段遥远的时代,但就农民和狩猎采集者之间的互动方式而言,这可能与事实相距不远。 最终,这两个人凝结在一起,但是花了数千年的时间。

最后, 让我们回到其中蕴含的真正异国情调的事实 新论文:有一群基础欧亚人。 与欧洲的狩猎采集者相比,欧洲的狩猎采集者来自澳大利亚或东亚的祖先。 像“古代北欧亚人”一样,这似乎是“鬼族”,没有现代的榜样。 毫无疑问,在我撰写本文时,有论文正在撰写或推测出它们与欧洲以外人口的关系,因为似乎中东是一个需要深入探讨各种可能性的领域。 但是,也许这应该归功于这组基础欧亚人的农业创新? 就像过去的影子一样,它们的文化影响力很强,但数千年来的混杂以及人们的动荡和流动侵蚀了他们作为独立民族的身份。

引文: 石器时代的斯堪的纳维亚觅食者和农民的基因组多样性和混合剂差异,蓬图斯·斯科格伦德,海伦娜·马尔姆斯特罗姆,艾萨·奥姆拉克,马纳萨·拉加万,克里斯蒂娜·瓦尔迪塞拉,托尔斯滕·古瑟尔,珀尔,克里斯蒂娜·坦贝斯,尤里·帕里克,卡尔·埃兰·阿杰Willerslev,JanStorå,AndersGötherström和Mattias Jakobsson,科学,DOI:10.1126 / science.1253448

*萨米人后来被基督教化,但萨米人并不像立陶宛人那样真正地属于欧洲体系。 萨米人类似于各种土著群体或犹太人。 In 欧洲,但不是 of 它。

 
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混合物

引文: 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理,约瑟夫·皮克雷尔(Joseph Pickrell),大卫·赖希(David Reich),doi:10.1101 / 003517

440px-Pazuzu恶魔亚述第一千年公元前那时,地球上有巨人。 此后,当上帝的儿子们来到人间的女儿那里,又给孩子们抚养孩子时,同样地,他们也变老了,成为了有名望的大能者。

–创世记6:4

乔·皮克雷尔大卫赖希 已经提出了 BioRxiv的预印本, 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理。 由于它是BioRxiv的预印本,因此您可以1)免费阅读2)对其发表评论。 这是对“我们在哪里”的重大回顾,尽管对此博客的密切阅读者可能不会发现很多关于人口基因组学和古代DNA分析得出的实证结果的新发现。 关于这一点,让我强调两个句子。 第一的, 现在很清楚,远距离迁徙,混合和人口替代已经 一直是规则 而不是人类历史上的例外。 其次, 连续创始人效应模型不再是合理的零假设 用于模拟解剖学上现代人类在全球范围内的古老传播。 对于第二个问题,我特别想到了Sohini Ramanchandran在2005年发表的论文, 人口遗传与地理距离之间的关系为起源于非洲的一系列创始人效应提供了支持,尽管该模型显然比模型早,但在致谢中已明确指出。 对于本文涉及最新发现的广阔领域,它非常简洁,我谨向希望深入研究这份爆炸性文献的任何人表示赞赏。 Pickrell&Reich展示了使用更强大的技术对密集标记数据集进行的分析如何使历史遗传麻痹的隔行扫描层变得更加整齐。 但是,与此相辅相成的是古基因组学领域的发展,它可以对古代基因组进行显式分析。 预印本的另一部分涉及技术变化,这些变化允许对古代样品进行越来越多的DNA分析。 他们特别指出,在不久的将来,我们可能会专注于寻找非常稀有的原始蛋白,而不是专注于测序 已知单核苷酸多态性 在大量样本上进行分析,因为这种类型的技术挑战要低得多。

信用:毛鲁乔尼

信用: Maplocioni,Haplogroup R

由于作者是统计遗传学家,因此该预印本着重于基因研究的方面,但毫不犹豫地提出了许多可能在未来几年进行检验的历史和考古学假设。 而且,与更连续的基因流相反,他们对长距离迁移和标点混合事件的作用没有明确的立场(尽管分析当代人群的方法似乎更能检测前者)。 因此,我将危害一个通用模型。 似乎是导致这些人口变化的根源 是文化的变化。 在过去的大约30,000年中,文化变革非常迅速,不连贯,并在不断加速。 举个例子,公元500年埃及人与公元前500年埃及人之间的文化鸿沟要远大于公元前500年和公元前1500年埃及人之间的文化鸿沟。 “革命”一词对于诸如获取农业之类的文化适应是否必要,似乎很明显,这些是生活方式的转变,从根本上改变了当地的人类人口统计数据,因为某些人口在这种情况下进入了人口迅速膨胀的阶段。土地过剩(例如,农民每单位土地可比猎人采集的土地吸收更多的卡路里,因此,第一批农民总是会遇到大量的土地过剩,并在更高的生产率边界上运作)。 基本上是Peter Bellwood的模型 第一农 捕获了全新世发生的许多广泛特征,以产生普遍存在的混合物,我们在本文顶部的地图中看到了(这些方法会拾取最强烈的信号,因此通常会低估混合物)。 一小群人进行了文化适应,从而导致了人口膨胀的赢家通吃的情况,直到过去20,000年,尤其是10,000年反复达到新的平衡。 这些是遗传学家最淡淡的最主要的层面。 此外,我还要补充一个条件,我怀疑这些长距离跳蛙在遗传信号中经常变得强烈偏向男性。 如果单倍群R起源于北欧亚人口,这在美国原住民和欧洲人中留下了遗产,那对我来说完全不奇怪。

考古学家和历史学家将不愿从对移民主义持怀疑态度的主导地位转移。 部分原因是由于第二次世界大战后出现的意识形态偏见。这也仅仅是事实,即最新一批研究人员采用的统计方法过于抽象,难以为外界所解密(尽管我发现这种方法在 人类历史上的古代混合物 仔细阅读后可以理解,因此并非不可能)。 但是考古学家和历史学家在构建合理的模型时必不可少,这些模型可以解释我们在我们周围看到的遗传模式。 这些变化的动力是文化现象,而文化研究者则是最能发掘这种可能性的人。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 人类基因组学 
古太平洋生态区

古太平洋生态区

PCA21.40.43

引文: Nature(2014)doi:10.1038 / nature12960

阅读完补充资料后 拉布拉纳(La Brana)狩猎采集纸 在一般意义上,我还有一些其他想法。 您在与欧洲人一起的PCA地块上看到的一个结果是,La Brana样本(以及瑞典的狩猎者和采集者)已转移到现代北欧人,甚至在某种程度上甚至是芬兰人。 显然,这是值得注意的,因为它们不与现代西班牙人(甚至是巴斯克人)聚在一起。 但是,当您将它们绘制在世界范围内的发行版上时,您会看到其他内容: 在所有欧洲样本中,拉布拉纳(La Brana)人最倾向于亚洲人 (其中包括英国人,伊比利亚人,犹他州白人,芬兰人和托斯卡纳人)。 这不是由于神秘的东亚血统。 而是在许多地方都可以找到的是古西伯利亚血统 西欧亚人土著美国人。 这与 卢森堡狩猎采集者 这比拉布拉纳人要早约1,000年。 我不知道这些日期是否足够可靠,但似乎很合理,以至在古代欧洲可能发生了人口变化的事件,规模达1,000年。

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:自然(2014)doi:10.1038 / nature12960

为了更好地理解,他们使用了D统计量来估计马耳他和各个人口之间可能的混合/相关性。 负值表示H2和H1之间共享更多的漂移(混合物,基因流,共同祖先等)。 撒丁岛人是“北欧祖先”(ANE)的欧洲代表楼,马耳他人代表。 从统计上来说,拉布拉纳邦(La Brana)与玛尔塔(Mal'ta)的关系比除奥卡迪亚人和俄罗斯人以外的所有受测人群更为重要。 在这些情况下,它的变化更大,但没有统计学上的显着性。 我想在这里添加的主要条件是 拉扎里迪斯(Lazaridis)等。 据报道,有一个“基础欧亚”人口在整个欧亚大陆混血,并增加了马耳他与混血人口之间的距离。 向欧洲引入农业的农民似乎带来了这一因素,在高加索地区发现这一因素的比例很高,这说明了阿迪格人的价值。 事实上,阿迪格(Adygei)有 更多 不能 ANE比北欧人。 由于La Brana个人可能缺乏可能影响D统计量的基础欧亚大陆,从而使La Brana中的隐含ANE膨胀。

具备所有这些条件,这些拉布拉纳人似乎与远西伯利亚中部和新世界(通过这些西伯利亚人)的种群具有遗传亲和力。 此外,与其他古代欧洲狩猎采集者一样,与现代种群相比,它表现出遗传多样性降低的迹象。 我们对此有何想法? 从广义上讲,这确实不足为奇。 400,000万年前的伊比利亚人族 似乎与后来在西伯利亚发现的人群有亲缘关系。 从阿尔泰到西班牙的尼安德特人似乎具有惊人的相似性和遗传上的同质性。 欧亚狼也经历了 更新世的人口瓶颈。 对我而言,这表明古北生态区的特征是高度的人口流动和灭绝。 由于保存的可能性,古老的DNA是从北部地区取样的,但是这些地区也处于定居点的边界,对我来说,人口正在以低有效种群为特征也就不足为奇了,因为它们正在扩大来自小型创始团体的迅速发展。

最后,这对我们的人口同化和替代模型具有一定的意义。 似乎现代的欧洲人是过去10,000年中混杂在一起的各种不同成分的综合。 一个元素,是北部和东部的主要元素,是狩猎者—采集者,来自西北的早期西欧亚定居者。 这些是欧洲的冰河时代的居民。 他们很可能在古北区的纬度上有很长的联系。 我们看到的色素沉着基因的一件事是,这些西欧的狩猎采集者 非常 与现代欧洲人不同。 如果约50%的西欧血统起源于这些人口,那么我们将面临这样的可能性,即这些地点中有几个在混合事件发生后几乎经历了完全的选择性扫除。 这不是不可能的,但是,当我们认为遥远的北方长期以来就是人民的传送带时,我们提出了另一种选择。 西方狩猎采集者的东方表亲可能有 将全基因组相似性带入了与这些古代个体相似的现代欧洲人。 但是这些可能已经改变了他们的模态表型。 该论文的补充报道说,拉布拉纳河的Y染色体似乎是单倍群C的古老分支,在东亚欧亚大陆占主导地位。 可能与马耳他人有联系吗? 也许。 但是必须注意的是,在欧洲南部,这种单倍群的频率仍然很低。 因此,狩猎采集者很可能不会消失 在toto。 但 结合 mtDNA发生巨大变化的证据,这可能表明后来的青铜时代人口变化,被欧亚大陆广泛的遗传同质性所掩盖。

显然,图片仍只是部分形成。 但是,能够如此生动地描绘过去,真是太好了。

 
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引用文献:Nature(2014)doi:10.1038 / nature12960

引文: Nature(2014)doi:10.1038 / nature12960

在具有7,000年历史的中石器时代欧洲人中获得了免疫和祖先色素沉着等位基因:

古代的基因组序列已开始揭示出新石器时代到欧洲的农民的起源和人口统计学的影响…在新石器时代,农业,畜牧业和久坐的社会的采用可能导致与免疫力和饮食相关的基因的适应性变化4。 但是,早期的狩猎者和采集者所提供的有限数据使人们无法理解与最近人类进化过程中与农业的关键过渡相关的选择性过程。 在这里,我们对在西班牙莱昂的LaBraña-Arintero站点发现的大约7,000年历史的中石器时代骨骼进行了测序,以检索完整的欧洲农业前基因组。 在其他古代样本的背景下对该基因组进行的分析表明,从上旧石器时代到中石器时代,横跨欧亚大陆的中西部存在着一个常见的古代基因组特征。 LaBraña个人在几个皮肤色素沉着基因中携带祖先等位基因,这表明现代欧洲人的浅色皮肤在中石器时代尚不普及。 此外,我们提供的证据表明,在这个狩猎者-采集者中已经存在了与现代欧洲人有关的病原体抗性相关的大量派生的,假定的适应性变体。

关于这个皮肤黝黑的人的头条新闻是有根据的,例如 卢森堡 猎人-采集者样本具有大多数主要基因座的祖先“非欧洲”副本,已知这些副本具有较大的效应量(SLC24A5,现在在欧洲人中已经固定, SLC45A2,在大多数欧洲国家/地区,其频率都在80%以北 基特尔,一种已知对皮肤和头发有重大影响的低频变体)。 此外,此人与Ma'lta人有关,就像瑞典的狩猎采集者一样,但与卢森堡的男性不同(后者比西班牙的样本早了1,000年)。 本文中也有很多功能性的东西。 似乎免疫适应不仅是农业的功能。

我想指出的一件事是,我不确定瑞典人和西班牙人的狩猎采集者向芬兰人的转变有多大是由于旧石器时代的欧洲血统,还是由于混合了“东方”元素。 由于芬兰人似乎具有较新的东亚血统,因此中石器时代的样本中过多的西伯利亚古生物可能会将它们朝相同的方向移动。 自从拉布拉纳(La Brana)个体向东以来,在全世界的PCA中确实很明显,他们比其他任何现代欧洲人都更靠近东亚。

 
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古代DNA图

引文: 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群

请注意:
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在某些时候,您无疑会遇到您在左侧看到的那种树。 它们是血统之间历史关系的非常有用的可视化。 繁殖种群。 生命之树的比喻几乎被采纳 立即 由19世纪的进化科学。 在描述自然历史的动态方面,在几千万到数十亿年的数量级上,将谱系分叉和分叉的想法在很大程度上是准确的。 但是即使在这样的规模上,树也掩盖了并非无关紧要的事实。 水平基因转移 意味着即使非常清晰地描绘了生命树的分支,也可能在整个基因组区域中共享共同点。 定义两个假定谱系的最后一个共同祖先的值越小, 通过树的镜头反射的图像变得更加模糊。 然而,当比较在进化意义上在遗传上非常接近的种群时,由于其简单的用途,树形视觉隐喻仍然存在。 LL卡瓦利-斯福尔扎(LL Cavalli-Sforza)的树木茂密 人类基因的历史和地理,它描绘了仅在过去的几年中就出现了分歧的广阔而丰富的人口景观 数万 多年以来,我们自己的物种。

这并不是要忽略分支尖端最终可以收敛的不言而喻的事实。 遗传学家早就承认,并且 杠杆,长期以来被时空分隔的人口之间的混合。 没有人否认非洲裔美国人从黑人奴隶和白人定居者的关系中团结起来。 或者那个 人口遗传景观 如果不考虑定义特定地区的非洲,欧洲和美洲印第安人血统的不同数量,就无法理解拉丁美洲的人口数量。 在这些情况下,混合物的真实性经过了历史证明,在直接的表型意义上可见,并且可以使用 少量的古典记号笔.

在过去的10年中,尤其是在过去的5年中,发生了变化的是高密度标记集产生的分析成果。 我的意思是说,现代统计学遗传学家可以从数十万个标记物(通常是整个基因组)中提取模式,而不是LL Cavalli-Sforza及其同事可以使用的数百个标记物。 这使研究人员可以检测到更多的细微或遥远的事件,这些事件已被时间的影响慢慢消除。 在我看来,预示着范式转变的开创性论文是2009年的 重建印度历史。 在该出版物中,作者得出的结论是,占世界人口约20%的南亚人本身就是一个人工合成的人口,来自两个主要的祖先群体。 一组“北印度祖先”(ANI)与西欧亚人(欧洲人,中东人等)有密切的往来关系。 另一个团体“南印第安祖先”(ASI)与东亚欧亚人有很深的联系。 实际上,几乎所有印度次大陆人口( 例外)可以建模为双向混合,这两个祖先群体的比例各不相同(另请参见 印度最近人口混合的遗传证据 进行更新)。 最重要的是,这种混合物足够彻底和深入,以至于标准的聚类技术(例如PCA)无法在合并事件发生后约2,000至4,000年间推断南亚是一个合成群体。 。 一个主要的绊脚石是,没有 ASI存在着密切的代理关系,而ASI完全被后来的南亚人所吸收。 但是作者利用了这样一个事实,即安达曼岛民足以替代混合动力,以推断混合动力(他们从ASI转变到现在约20至30,000年)。 使用这些方法,同一小组也得出了关于美洲印第安人的类似结论。 重建美洲原住民的历史。 另一个研究小组对非洲之角的人口得出了相同的结论, 埃塞俄比亚的遗传多样性揭示了语言分层和对埃塞俄比亚基因库的复杂影响。 在非洲,甚至更奇怪的结果都可以发现, 南部和东部非洲的古代西方欧亚血统.

最近发现 一个古老的西伯利亚男孩 似乎代表了与西欧亚大陆有关的人口,这些人口贡献了新世界第一批定居者的血统。 这些结果通过有趣的提示预示。 全基因组研究 以及 单亲的 谱系。 在这种情况下,其强大之处在于,生命树中曾经仅由后代推断出的内部节点现在可以直接用古代DNA进行检查。 时间和区域设置有限制。 DNA呈指数级降解,即使在最好的情况下,似乎保存的边缘也将达到100,000至1百万年。 另外,由于热带潮湿气候适合于任何种类的生物分子的快速降解,因此寒冷和干燥的气候自然将使样品高度富集。

A_large_blank_world_map_with_oceans_marked_in_blue 对我来说,主要的含义是 在接下来的十年中,整个世界的一定规模和数量的更新世后生动物的自然历史 古生代 被照亮的程度要比我们想象的要大得多。 首先是人类和狗,然后是人类和狗,然后扩展到其他各种血统,例如野牛和麋鹿。 这是拼图的人为部分,它是bioArxiv上最新预印本的核心, 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群。 因为它是预印本,所以我不会重复太多,您可以自己阅读。 我想强调一下 你真的应该读补充 如果您想要的不仅仅是结论。 如标题所述,作者得出的结论是,总体上,在“非洲以外”的时间范围内,您至少需要三个祖先人口,以模拟欧洲人崛起的动态。 尽管有迹象表明这种利用现存种群的结果,但古代DNA的存在确实推动了得出结论的能力。 这是因为似乎这些古代人口中很少有人以“纯”形式存在。 从过去的人口分布中得出结论的主要缺点之一是,相互作用和混合比研究人员想象的要彻底得多。

这篇文章顶部的数字(已修改)列出了调查结果。 在预印本中,作者到达 最简单的模型,可以解释最多的数据。 他们自由地承认,边缘和边缘可能会进行修饰和修饰,并且可能用更复杂的模型来解释数据,但是关键的结果是他们拒绝了曾经在人类学方面占支配地位的更为简约的模型。欧洲人。 十年前(请参阅 平安夜的七个女儿)一些研究人员展示了猎人与农民的卡通模型,好像这是所有欧洲人血统的两个不同选择。 但事实证明,甚至更细微和现实的模型都是错误的,这些模型提出了不同程度的遗传和文化同化与相互作用。 这些数据和古老的DNA似乎很清楚, 是欧洲人血统中的相当少数人来自欧亚北部起源的三分之一人口。

Vision1 回到缺乏简约性的角度,在左边您可以看到非洲人以外直到最近才想到的多样化模式。 在这种框架下,一小批东北非洲人在50到100万年前离开了该大陆,并遍布世界其他地区。 一组人向东迁移,并增加了欧亚大陆东部,澳大拉西亚和新世界的人口。 另一个分支向北和向西移动,并产生了欧洲人和中东人。 然后可以将其余的人口历史建模为这种原始多样化的混合和重新安排。 在这种情况下,南亚人既是西欧亚人的混合体,又是东欧亚人的灭绝分支,这说明了他们与人类两个伟大分支的亲和力。 澳大利亚人的分散性可能只是他们长期在大洋洲被孤立的产物,而早在东亚欧亚人的多样化中。 这个模型已经很难与遗传数据相提并论,但可能会被遗忘。 或者至少我认为可以,因为我自己这样做。

Vision2 新模型的最简单形式使拓扑结构大大复杂化。 现在,在西欧和东欧亚人多样化之前,有一个早期的欧亚人口分支,并且在西部进化枝中,北欧亚群和西欧亚大陆之间存在着分离。 把重点放在欧洲人上,他们可能被认为是基础欧亚大陆,西欧亚大陆和北欧亚大陆之间的复杂混合物。 欧亚大陆的基础部分由“欧洲早期农民”(EFF)调解,他似乎是该群体与西欧亚狩猎采集者的混合体。 北欧亚大陆部分似乎既古老又新近。 古代是因为一些瑞典的狩猎采集者拥有它(尽管中欧人缺乏它),而最近是因为表明古代近东血统的EFF人口缺乏它,这表明它在欧亚大陆的西部并不像现在这样广泛存在。 实际上,它在许多中东人口中,尤其是在高加索地区中的比例很高。 尽管作者刻意地避免猜测,但对他们而言,很明显的是,北欧亚大陆如此广泛,并且有可能相对较新地扩展了。 像丹尼索瓦人(Denisovans)一样,来自遥远北方的北部欧亚大陆的DNA可能只是有偏见的保存功能。

作者如何推断基础欧亚大陆的存在颇为令人费解,并在补编中进行了概述。 从许多方面来看,这是满足所有数据条件的唯一简单模型。 关键的发现是,欧洲中部和北部的狩猎采集者在基因上都比东帝汶人更接近所有东亚欧亚人。 这种对称的相关性意味着它不是混合的,而是反映了系统发育树中的一个古老的分支,但是比外部分支更新。 与东亚欧亚大陆的EFF距离是其基础欧亚大陆血统较早分歧的函数。 基底欧亚大陆的性质有些不透明。 人们可以推测出近东地区古代人口结构的许多情况,或者在这些地区与非洲之间来回迁移的情景。 更多的数据,尤其是近东地区的古代DNA,将使该模型更加清晰(不幸的是,近东地区的现代人口高度混杂)。

引用:Mallick等。

引文: Mallick等。

尽管我专注于系统发育研究,但作者的标记密度足以得出一些功能性结论。 特别是,他们发现中欧的狩猎者和采集者具有欧洲人(以及其他西欧亚人较少)常见的一些独特的色素沉着突变,例如在欧洲 OCA2-HERC2“蓝眼睛” 轨迹,以及 SLC45A2。 但是令我震惊的是,猎人-采集者被固定为祖先的纯合状态。 SLC24A5。 对你们大多数人而言,这可能并不意味着什么,但是 SLC24A5 在现代欧洲人中,几乎总是在派生状态下是纯合的。 这 堆图 数据设置为该SNP的329个等位基因,用于欧洲人,西北欧洲遗产的白人和意大利的托斯卡纳人。 在整个数据集中只有一个祖先等位基因的副本。 假设结果不是某种基因分型错误,那么在这个基因座上的纯合子对我而言意味着最近一万年来在该区域发生强选择事件(单倍型很长)的证据是正确的。 的衍生变体在欧洲以外的广泛分布 SLC24A5 意味着即使今天在欧洲人中固定了它,我们可能也不会在看原始的“欧洲”等位基因。 毫无疑问,通过古代DNA可以让我们回顾过去的窗口,我们对功能遗传学和种群遗传学的理解将会更多。

细节太多了,时间却很少。 因为它是预印本,所以您确实应该阅读整本书(几次)。 从某种意义上说,您是修订过程的一部分。 但是我认为,总的发现是,过去比我们想象的要复杂得多,它将经受住时间的考验。。 在某种程度上,每个人都知道,说明物种间遗传关系的树木具有广泛的基因流迹象,是风格化的表示,因此大量省略。 但是对于人类来说,这要归功于古代的DNA。 混合事件被倒回树中,以至于它可能被大大简化了,而我们对过去的人口事件的理解却非常缺乏现实主义。 我们了解整个欧亚大陆的人类,因为他们已经被广泛研究,而且我们拥有古老的DNA。 不幸的是,由于气候的原因,由于保存的限制,我们可能永远不会有来自热带地区或许多生物的古老DNA(例如鱼?)。 但是我认为我们需要更新我们的零假设。 这可能意味着我们放弃了一些珍贵的模型,这些模型以简洁的方式解释事物,但是模糊的,对现实更真实的复杂性要比优雅的模型(使我们虚假)更为可取。 也许我们最终应该以那棵美丽的树结束我们的恋情,并承认漫无目的的美德 图形.

引文: 古代人类基因组为当今的欧洲人建议了三个祖先种群.

附录: 我在Internet讨论中看到过关于MA1(西伯利亚男孩)的Admixture地块的亲和力的参考。 请记住,因为我们只有一个MA1个体,所以该个体将被迫组合为我们拥有许多个体的群体所产生的种群的组合。 因此,一些奇怪而有趣的结果只是胡说八道,因为该算法正试图找到最适合令人困惑的条件。

 
• 类别: 科学 •标签: 古代的DNA, 人口遗传学 

德国女人,新石器时代中期的产物?
Sumber: 锡比

昨天 我指着一个 这很有趣,但是没有通过 气味测试 关于我们拥有的其他证据(至少在我看来!)。 一个主要的问题是,在欧洲,单亲(男性和女性谱系)与常染色体遗传变异(即基因组的绝大多数)相比,变异表现出特殊的分布(全基因组分析表明,欧洲有更多的变异)变异是南北划分的,但Y和mtDNA结果通常暗示东西向分裂。 但是我的第二个担心是,我觉得模型太过风格化了。 特别是在卡瓦利-斯福尔扎(Cavalli-Sforza)和阿默曼(Ammerman)之后,作者得出以下结论: 人口扩散 更适合他们在欧洲的遗传变异结果(与旧石器时代的狩猎采集者的连续性相反)。 这可能是正确的,但是这不是仅有的两个模型.

进纸 自然通讯通过对整个古代线粒体基因组的系统发育分析,概述了我对测试模型的主要关注, 新石器时代的线粒体单倍体H基因组和欧洲人的遗传起源:

Haplogroup H在当今的西欧线粒体DNA变异中占主导地位(> 40%),但在新石器时代早期的农民(约19 BC)中较少见(〜5450%),而在中石器时代的狩猎者-采集者中几乎不存在。 在这里,我们调查了现代欧洲人孕产妇人口史的这一主要组成部分,并从古代人类遗骸中测序了39个完整的单倍体H线粒体基因组。 然后,我们将这种“实时”遗传数据与中欧新石器时代早期(〜5450 BC)和青铜时代(〜2200 BC)之间发生的文化变化进行了比较。 我们的研究结果表明,当前的单倍群H的多样性和分布主要由新石器时代中期(〜4000 BC)建立,但随后的泛欧洲文化(例如贝尔比奇烧杯从新石器时代后期的伊比利亚扩展而来)( 〜公元前2800年)。 过时的单倍基因组H基因组使我们能够重建单倍基因组H的近期进化史,并揭示出比目前对人类线粒体的估计高45%的突变率。

换句话说,欧洲人的线粒体基因组景观不仅表现出与旧石器时代人口的不连续性(尽管约有10%的欧洲人,包括我的岳父) U5 mtDNA单倍群,似乎确实可以追溯到冰河时代),但也有“第一批农民”。 在本文的案例中,重点是中欧和德国,以及在整个欧洲都是模态的单倍群H(我的妻子和女儿均为H1)。 这是因为他们已经在该区域和这些mtDNA基因型上进行了研究(请参阅: 来自欧洲新石器时代早期农民的古老DNA揭示了他们近东的血统).

最引人注目的人物可能是左侧的面板。 在这里,您需要作者执行 结垢分析 他们将人口的遗传变异与地理变异进行了比较。 对于欧洲而言,两个维度之间的对应关系引人注目(但不足为奇)。 值得注意的是例外。 这 LBK,德国第一个农业学会(按照定义, 新石器时代的) 英国广播公司,在西班牙的新石器时代晚期文化有公认的起源(这是有争议的),与中欧不符。 相反,LBK向近东转移,BBC向西班牙转移。 前一个结果概括了他们先前发现的内容。 但是,“中新石器时代”样本覆盖了中欧! 这就是为什么作者认为LBK和中新石器时代文化之间存在中断的原因(罗森[Rossen [4625-4250 BC],Shoningen [4100-3950 BC],Baalberge [3950-3400 BC]和Salzmunde [3400-3025 BC] )。

当然,这还不是故事的结局。 英国广播公司抵达新石器时代晚期,大概来自西南欧,也做出了贡献。 在新石器时代中期,中欧的线粒体基因组景观并未冻结,但是,可以认为这是一个重要的“相变”,就像旧石器时代和新石器时代之间的转变是一个重大破坏一样。 与2000年代初的正统观念相比,这是一个根本性的变化。 然后通常会断言 在新世变暖之后,旧世界中现存的单倍群在“最后冰川期”和扩张期之间实现了当前的分布。 这些数据以及许多其他数据 证据要点 这意味着实际上,现代基因组变异更多地取决于最近一万年而不是冰河世纪的全新世动力学。

回到帖子的标题,我的论点是,带有 前进波 当一个人口膨胀到另一个人口时,并不能模拟过去10,000年来欧洲发生的事情。 在2010年之前,争论的对象是那些认为扩散对其遗传学影响不大的人,以及那些认为扩散没有影响的人。 但是最终他们争论了利润。 这些结果表明,扩散过程不足以表征人口流动的性质。 相反,有重复 爆发,替代品和外加剂。 将植物地理学和考古学发掘视作平淡无奇的说法是陈词滥调,但这实际上已成为现实。 研究对象的元素比人们可能想象的要分散得多。

让我们假设一个假想的历史,它可以解释这些数据。

1 –“第一批农民”(LBK)建立了与狩猎采集者隔离的有核定居点,这些采集者后退并被边缘化

2 –后来围绕军事原则组织的“第二农民”文化推翻了“第一农民”的崛起。 另外,第二波是杂种种群,它是从有核的第一波和猎人-采集者底物的合成中出现的。

3 –最后,随后的一系列史前种群将自己插入到历史场景中,尽管仅会影响以步骤2为特征的基因组景观。像第二类种群一样,这些种群本身也是史前起源不同的种群,这些种群由各种地理和部落组成。

虽然 距离隔离 在这种叙述中,斜体变化很重要, 这些动态实际上是人口爆发外来冲击之后的必要条件 (请注意,此博客的读者几年前以更原始的形式概述了该模型). 农业和农业大众社会是大规模秩序的社会学冲击,其结果是各种人民的制度和文化结构发生了质变。 像早期的创新和业务增长一样,“新石器时代”的特征可能是快速增长和“坚决”灭绝的高比率。 最终,随着行业进入“成熟阶段”,一系列合并和合并产生了新的更稳定的订单。 我们所说的文明。

那是真实的故事吗? 也许不是细节。 但是我认为这是一个比2000年代初提供的故事更真实的故事。

附录: 重要的是要注意,对于Y染色体(男性谱系),不连续性似乎也是一个故事。

引文: DOI:10.1038 / ncomms2656

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”