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扎克·阿杰马尔(Zack Ajmal)现在拥有 Harappa祖先项目的50多名参与者。 这不包括HGDP中的巴基斯坦人口,古吉拉特人的HapMap,SVGP中的印第安人。 尽管如此,所有这些样本仍几乎无法覆盖南亚的广大地区,即印度恒河平原。 这是Zack到目前为止提交的样本的来源:

  • 旁遮普邦:7
  • 伊朗:7
  • 泰米尔语:6
  • 孟加拉:5
  • 安得拉邦:2
  • 比哈尔邦:2
  • 卡纳塔克邦:2
  • 加勒比印第安人:2
  • 克什米尔:2
  • 北方邦:2
  • 斯里兰卡:2
  • 喀拉拉邦:2
  • 伊拉克阿拉伯人:2
  • 英印:1
  • 罗马:1
  • 果阿:1
  • 拉贾斯坦邦:1
  • och路支:1
  • 未知:1
  • 埃及/伊拉克犹太人:1
  • 马哈拉施特拉邦:1

同样, 请注意,印度人口最多的两个州北方邦(约200亿)和比哈尔邦(比哈尔,约100亿)的代表性不足。 尽管如此,该项目已经产生了一些有趣的收益。 在下面,我用个人标签重新编辑了Zack的静态图片(尽管请访问他的网站以获得更动态的内容)。 我用红色指针突出了我自己和我的父母。



左边是我从扎克(Zack)的屋子里拼接出来的一组地块和桌子。 各个 职位。 您需要知道的是,在K = 12时,我使用了Zack给出的各种假定的“祖先种群”标签,这些标签是从他的ADMIXTURE运行中得出的。 到目前为止,我还展示了哈拉帕祖先项目的参与者及其种族标签。 最后,在中间sm一下,您会看到 第一时间 值,由最小的人口差异标准化。 因此,框中的值代表了 行和列中的推断祖先人口 (我也四舍五入,因为我不想给人以过分精确的印象)。 最后一点很重要,它们不在实际人口之间的人口距离度量之间。 相反,它们是跨生成的群体的等位基因频率的距离测度,这些频率来自于您将ADMIXTURE约束的参数,以及您首先放入算法中的遗传变异。

从广义上讲,跳到您身上的第一件事是“巴布亚人”与其他所有人之间的高距离值。 这是有趣的。 实际上,巴布亚人与其他祖先人口之间的遗传距离大于假定的非洲人口与除巴布亚人以外的其他非非洲人之间的遗传距离。 这说明您需要非常谨慎地从这类程序中做出明确的推断。 有趣的是,巴布亚人遗传距离最小的人群是“南亚人”。 这意味着什么? 我认为这有一个简单明了的解释。 我相信,南亚集群是一个混杂的复合体,正如 重建印度历史,并且大洋洲的人口代表了长期居住的南亚群体的相对“纯粹”的东部扩张,这些群体通常被与侵入该地区的其他群体混合而淹没。 这也解释了一个事实,柬埔寨人与各种南亚人口共享了这个巴布亚人的某些组成部分。 最后,我不会做太多事情,但是在ADMIXTURE中,我完成了HGDP数据集中真实的巴布亚人口,分为两个祖先部分,其中从巴基斯坦到柬埔寨的南亚群体仅占一个。 请记住,大洋洲最初是由美拉尼西亚人和澳大利亚人定居的,大约40-50,000年前,看起来像是美拉尼西亚人和澳大利亚原住民 到这个初始时期的日期。 因此,南亚人与巴布亚人之间的联系可能很古老,并且这两个群体在很长一段时间以来一直很独特。

对于到目前为止接受调查的南亚人来说,什么都没有 奇怪。 随着南亚和东亚的发展,南亚元素趋于增加。 这就是您所期望的。 而且,跨越西亚和中亚大部分地区的巴基斯坦/高加索地区是将伊朗样本与南亚样本联系起来的要素。 伊朗人所占的南亚部分很少。 如果南亚元素仅仅是混合人口的结果,并且从中衍生出这一祖先群体之一的“祖先南印度人”通常不在巴基斯坦西部,那么这是有道理的。 正如您所期望的那样,孟加拉语中东亚成分丰富,但在来自南亚北部边缘的许多人中,东亚成分的比例却有所不同。 显然,您越往西走,“东方”元素就越有可能成为土耳其人,而越往东(在某种程度上朝南),则起源越可能在南部。 其他大多数模式都是您所期望的。 最后,我想指出的是,我怀疑Zack是第一个发布某人祖先分数的人。 游泳 使用SNP芯片标记的种姓。

这都是 有关参与的详细信息.

(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
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  1. 巴布亚人距离最远是排除桑人和俾格米人的结果。

  2. 我认为马哈拉施特拉邦的人口实际上比比哈尔邦多,而且迄今为止只有一名参与者。

    不过,这种代表性更受种姓的影响。 Nadar 和 Rowther 是唯一明显不是来自“前锋班级”之一的参与者。

  3. 我会很感激 Zack 以易于理解的方式为非专业人士撰写的关于该主题的文章。

  4. 当代西非人(尤其是当代东非人)可能收到了未量化的重要“回到非洲”混合物(R1b 等)。 巴布亚人在很大程度上与世隔绝,这就是丹尼索瓦人的故事。 我倾向于同意扎克的观点。
    ADMIXTURE 只是一个愚蠢的计算机程序。 对于真正的智能(与解决简单的逻辑难题相反),硅实际上并不是自然界中可用的最佳材料。
    ADMIXTURE 需要管理,而不是依赖于产生神奇的“ex-machina”结果,事实证明,新版本的工具非常有用,可以让我们在进行枯燥的工作时进行思考。

    我认为你是对的 南亚人口主要是新月沃地东部 + 库尔干 (ANI) + 一些黄河 + 本土独立的新石器时代 (ASI)

  5. 对于其他所有人:
    我相信 ADMIXTURE 会产生公正的真实结果。 但是你需要考虑它在做什么,因为它不知道更好。
    WAFR-Pygmies 和 San=1 少(非常远)极点。 San 和 Pygmies 也可能是重要的 WAFR 混合物。 因此,它将 WAFR 推向了所谓的“未混合的”俾格米人和圣人。
    如果您在 MDS 中绘制“混合”流行音乐而不包括其(更不同的)“未混合”父级,它将成为“未混合”极点,并且您可以有效地更改 MDS 和相应的距离。

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