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在我 在下面发布 我引用了我的采访 LL卡瓦利-斯福尔扎 因为我认为这引起了自发现以来出现的一些困惑的核心， 任何给定基因座的大多数变异都在种群内部而不是种群之间发现。 标准数字是85％的遗传变异发生在大陆种族之间，而15％发生在大陆种族之间。 你可以看到一些 维基百科上的Fst值 得到直觉。 具体地，在群体1的给定基因座X处，等位基因A的频率可以是40％，而在群体2中，等位基因A的频率可以是45％。 显然，人口是不同的，但是当大多数差异都在人口内部时，很小的差别就不足以说明人口的子结构。
但是那里 ，那恭喜你， 信息量更大的基因座。 有趣的是，一个可以控制您熟悉的特征（肤色）的变异（除非您碰巧没有视力）。 在非洲人和欧洲人的肤色中，人口差异之间的很大一部分（大约25-40％）可以通过替换一个来预测 基因中的SNP SLC24A5。 取代具有主要的表型效应，并且在群体变异之间表现出很大的差异。 一种变体在欧洲人中几乎是固定的，而另一种变体在非洲人中几乎是固定的。 换句话说，在人群之间，此性状的遗传变异分量接近100％，而不是15％。 这说明15％的值是整个基因组的平均值，实际上，在遗传水平上存在显着差异，可以提供祖先有用的信息。 您可以将其提升到一个新的水平： 增加祖先信息标记的数量，以获得人口结构的细粒度图片。 在上方面板的图示中，显示了前面提到的SNP处的频率 SLC24A5。 第二个面板显示了另一种控制肤色的SNP的变化， SLC45A2。 第二个SNP是 有用 将南亚和中亚人与欧洲人和中东人区分开来，即使不是很完美的话。 换句话说，标记越多，种群间差异的分辨率就越高。 这就是为什么我发现 以下评论 很有意思：
Razib的最终让步（存在遗传变异）正在揭示，因为我认为这是可以真正得出论据的。 这有点像个稻草人，因为那些认为种族完全是一种社会建构的人实际上并没有否认人类遗传变异的存在。 他们否认的是，人类可以分为非任意和互斥的类别。 我认为，这是由前面引用的“指纹竞赛”等修辞手法所指出的。
换言之， 任何特定的表型性状或遗传位点都可能被分解成严格的分类体系，但是人类，作为这种性状和场所的混合物，则无视这种重排。 因此，尽管对人类遗传变异的研究确实具有“工具用途”，但生物种族的概念本身就是一个古老的遗物。
正如我在下面指出的，该评论没有任何意义。 这是世界人口PCA使用 250,000个标记:
个人之间的关系是无假设的。 也就是说，数据中最大的两个方差成分恰好产生了可以整齐地映射到地理现实中的聚类。 如果您对此感到有些奇怪，那是完全合情合理的：人口共享通婚史，因此随着时间的推移，他们将发展出针对特定人群的独特性。 的确，大多数方差是在人口之间变化的，但根本不难区分人口，也不会产生根据地理或社会身份而并非任意的集群。
有些关系不符合直觉。 或者至少是在现代分类学兴起期间所形成的直觉。 世界上各种表型上的“黑人”民族，非洲人， 美拉尼西亚人和一些南亚人不会聚在一起。 而是，所有非非洲人都与非洲人通过数据集内最大的方差成分分开。 用于在“民间生物学”中进行分类学推论的特征和早期科学尝试来建立与人类有关的系统性生命树的特征不一定代表总基因组变异，这更准确地反映了人类的进化历史。和精度。
显然，您不需要250,000个标记（更不用说人类基因组中的所有约3亿个碱基对）来区分大陆种族/种群的水平了。 一种 在2002年的论文中列出了参数。 δ是基因之间种群差异的量度。
从论文：
…我们可以估计，大约有120个未选择的SNP或20个高度选择的SNP可以区分CA组与NA组，AA组与AS组和AA组与NA组。 需要数百个随机SNP才能将CA与AA，CA与AS和AS与NA或大约40个高度选择的基因座分开。 STRP基因座功能更强大，并且具有较高的有效δ值，因为它们具有多个等位基因。 表3揭示了可以区分主要种族群体的少于100个随机STRP，或大约30个高度选择的基因座。 不出所料，要区分高加索人和拉美裔美国人，他们是混血儿，但大多是高加索血统，需要几百个随机STRP或大约50个高度选择的基因座。 这些结果还表明，要准确地区分更紧密相关的群体（例如同一种族类别中的群体），将需要数百个标记或更多标记。
该论文写于2002年。此后发生了很大变化。 这是上一张帖子的图片 夏季:
欧洲村庄内的人们倾向于 相对 密切相关。 同样，完全合理的是，给定足够的标记，您可以高度自信地将个人分配到不同的村庄。 具体来说，某人X在给定世代中可能出现在1〜100次来自村庄的个体的谱系中，而同一个人可能在给定世代中出现在2〜10次来自村庄的个体的谱系中。 这不是火箭科学，考虑到人口为什么会因地理和内婚制模式而震动的基本逻辑就很明显了。
大约在上述工作的同时，统计遗传学家AWF Edwards发表了一篇论文，标题为 柳文汀的谬误 它直接针对人们对Fst统计数据的误解及其与分类的相关性。 这是 爱德华兹回答了他为什么在2002年撰写此文章 （我在GNXP上的共同博客David B正在提问）：
4.您最近发表的有关“ Lewontin的谬论”的文章批评了人类地理种族没有生物学意义的说法。 正如文章本身所指出的那样，它可以在过去30年中的任何时间编写。 那么，为什么要花这么长时间-您对Lewontin或其支持者有何反应？ [David B的问题-R]
对于为什么花了我这么长时间，我只能说说自己。 距离该领域更近的其他人将不得不解释为什么一分钱没有下降的原因， 但是主要原因必须是人类学，特别是社会人类学之间存在巨大的沟通鸿沟一方面，另一方面是人口和统计遗传学的单调世界。 当像Lewontin这样的人在遗传学上传递了对方希望听到的信息时，就弥合了这一鸿沟，它在那一侧迅速传播。 但是没有反馈。 其他人可能已经注意到Lewontin在1972年发表的论文，但由于没有任何支持，我于1968年停止在人类和人口遗传学领域工作，因为我没有得到任何支持（所以我下定决心写书）。 在1990年代，我开始接受这样的信息，即大约15％的人类遗传变异介于非隐居人群之间，而不是内部人群，这种分类几乎是不可能的，然后我开始问我的种群遗传学同事来自何处。 大多数人没有听说过，而那些人不知道其来源。 现在，我感到遗憾的是，在我的论文中，我没有承认我的哥哥约翰（牛津大学的遗传学教授）的影响，因为他独立地为这个问题担心，发明了“系统发育的死亡”一词，这促使我继续前进。
最终，这一论点在《自然》和《新科学家》中受到了挑战，我得以找到了它的起源。 我只是在凯乌斯（Caius）的午餐后一天才开始写这件事，在那期间，我试图向化学家，物理学家，生理学家和实验心理学家-皇家学会的所有研究员-解释桌子上的谬论，但发现自己步履蹒跚。 我喜欢写信来清除我的想法。 然后我遇到了《 BioEssays》的编辑亚当·威尔金斯，他敦促我将我的笔记整理成纸。
我对此没有任何不良反应，但是遗传学家赞不绝口，其中许多人告诉我他们也感到困惑。 也许沟通鸿沟仍然太大，或者只是指出了重点。 毕竟，费舍尔（Fisher）于1925年在《统计方法》（Statistical Methods）中创建了该方法，该方法是为生物学家编写的，因此它并不是什么新鲜事物。 [我的重点-R]
理查德·道金斯重复 爱德华的论点 in 祖先的故事。 你可以读爱德华的 在线全文。 另请参阅 GNXP上的清晰说明.
到目前为止，我主要谈论基因。 但是就分类而言，基因没有什么神奇的。 生物人类学家使用 更强大的形态特征 就像遗传学家一样，他们已经看到了“走出非洲”运动。 您有五个以上的人。 他们所有人都有黑发和黑眼睛。 这些特征完全重叠。 但是，我很确定您可以为每个人分配大致的人口身份。 为什么？ 因为人类看看 相关聚类 直观地分配人口身份的特征 一些特征更为突出，例如肤色，但早期的地理学家了解，尽管肤色相似，东亚人和欧洲人是不同的人群。 古希腊人了解，尽管肤色相似，但印第安人和埃塞俄比亚人是不同的群体，因为他们在其他信息特征上有所不同。
让我们回到现实。 人口结构存在。 对人类进行系统发育分析的难度很小。 他们至少在大规模移民时代之前就非常密切地追踪地理。 此外，他们倾向于跟随内配社会群体，例如 德系犹太人。 与非洲人相比，南亚人与南亚人之间的基因联系会更多。 人群之间存在许多化妆品差异。 但是也有 外观差异较小 这是非常重要的。 你甚至可以 将染色体的不同区域分配给不同的祖先成分.
这在哪里离开我们？ 最终，它是关于“ R字”的。 “种族是神话。” 或者，如PBS所述， 幻觉。 这是PBS纪录片的一些指导原则：
每个人都可以从挪威人那里告诉努比亚人，那么为什么不将人们分为不同的种族呢？ 这是本系列第一个小时的“我们之间的差异”中探讨的问题。 这一集表明，尽管我们一直相信，但世界各国人民并没有被捆绑到不同的生物群体中。 我们首先关注包括黑人运动员和亚洲弦乐演奏者在内的十几名学生，他们对自己的DNA进行测序和比较，看看谁在基因上更相似。 当他们发现最接近的遗传匹配与来自其他“种族”的人一样，可能会给学生和观看者带来惊喜。
该程序的许多内容专门用于理解原因。 我们着眼于一些科学发现，这些发现说明了为什么人类不能细分为种族和 怎么没有一个特征，特质甚至一个基因 可以用来区分一个种族的所有成员与另一个种族的所有成员。
现代人类–我们所有人–大约在150,000万到200,000万年前出现在非洲。 大约七万年前，人类才开始移民非洲。 当我们遍布全球时，种群不断碰撞，并混合了他们的伴侣和基因。 作为一个物种，我们太年轻，太混杂而无法进化成不同的种族或亚种。
那么我们看到的人与人之间明显的身体差异又如何呢？ 仔细观察有助于我们了解人类变异的模式：
- 在从赤道到北欧的虚拟“行走”中，我们看到视觉特征从一个人口到另一个人口逐渐而连续地变化。 没有界限，那么我们如何在一场比赛结束与另一场比赛开始的地方划清界限？
- 我们还了解到，大多数特征-肤色，头发质地或血型-受不同基因的影响，因此彼此独立地遗传。 具有一个特质并不一定意味着存在另一个特质。 在基因水平上，种族剖析与在新泽西收费公路上一样不准确。
- 我们还了解到，离开非洲后，我们的许多视觉特征（例如不同的肤色）似乎在最近发生了变化， 但是我们关心的特征-智力，音乐能力，身体素质-年龄要大得多，因此对所有人群来说都是共有的。 遗传学家发现，无论是波兰人，苗族还是富拉尼族，所有本地人中都能找到85％的遗传变异。 肤色实际上只是皮肤深处。 在皮肤下面，我们是所有物种中最相似的物种之一。
当然，一些基因形式在某些人群中比其他人群更常见，例如那些控制肤色和遗传疾病（例如泰晤士河和镰状细胞）的基因。 但是这些标记是“种族”吗？ 它们反映了血统，但是正如我们的DNA实验向我们展示的那样，这与种族不同。 我们了解到，导致镰刀状细胞的突变得以延续，因为它赋予了对疟疾的抗性。 在祖先来自世界上疟疾普遍存在的地区的人们中发现了疟疾：中部和西部非洲，土耳其，印度，希腊，西西里岛甚至葡萄牙，但南部非洲却没有。
这部纪录片于2003年问世。 晚了2005 科学家发现了 SLC24A5 扮演肤色。 它是迄今为止区分欧洲人和非洲人的第二大祖先信息源。 实际上，它确实接近一个可以区分两个种群的单一基因！ 的确 人口混杂。 我可能有过去1,000年来居住在中国和北欧的祖先。 这就是家谱学的工作方式。 所有的欧亚人也许都能找到成吉思汗的族谱（尽管不一定归因于他）。 但这并不能否定一个事实，即您的某些祖先在您的家谱中显示的数量要比其他祖先多。 在过去的1,000年中，我的绝大多数祖先 是南亚人，尽管少数人是东南亚人。 我们作为一个物种的青年及其与我们分化为种族和亚种的关系是一个经验问题，而不是一个问题。 先验 一个由固定年份决定的年份。 由于种族和亚种是模糊的特征，因此很容易反驳，只需选择可辩驳的定义即可。 我不知道他们是如何得出智力，音乐能力和身体素质等特征的 那么多 比“离开非洲”移民更早。 在过去的10,000年中，人类变得越来越灵活，而我不知道人们如何能了解200,000万年来非洲在解剖学上的现代人的音乐能力。 这些特征是定量的，并且基于固定的遗传变异，因此其结构在本质上与肤色的结构不同（尽管在2003年我们不知道肤色的结构，但这种混淆是可以解释的）。
人类学家在20世纪初概述并广泛接受的“种族”这一旧概念通常不清楚， 特设，而不是经验性的。 在过去的一代中，人们拒绝种族观念，这是不会让人不清楚的， 特设和非经验的断言。 学者讨论种族并反驳种族的原因是为了消除公众的困惑和误解， 但是他们的陈述引起了更多的困惑和误解。 我已经从许多聪明的人那里听到了人类不可能进行系统进化的想法。 我不知道为什么人们会对它持怀疑态度，许多学者提出的方法使人们清楚地暗示，系统发育是不可能的，差异是微不足道的。 这些都是错误的印象。 我不相信这样的事实 混血人的真正问题 获得具有适当组织匹配的器官是一件小事。 人类的遗传差异具有很多具体的影响，而这些影响并非社会所为。
就我个人而言，我完全可以放弃种族一词和所有由此带来的负担。 但是没有理由在这里把婴儿和洗澡水一起扔出去。 在“后基因组”时代，人口子结构是理所当然的。 我们物种的历史及其各个分支的轮廓越来越清晰。 用新垃圾代替旧垃圾是没有意义的。 如果我们选择掌握它，我们就有可能提出清晰而有用的思想。
我一直好奇的一件事是东非人（尼罗河人、苏丹人、埃塞俄比亚人）与西非人（我认为主要是班图人）以及阿拉伯人、地中海人的关系。东非人看起来确实与西非人不同，我相信历史上与地中海人有更多的互动。我查看了图表上的一些非洲群体，我能找到的唯一东非群体是卢希亚人，他们是班图斯人。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947357/?tool=pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2953761/?tool=pubmed
我只是不明白非常聪明、非常称职的科学家如何能够容忍当前的气氛而不感到智力被扼杀。 我才真正进入人类学、进化遗传学等领域大约 2 年，而你在这里所说的在阅读 AWF Edwards 的论文的几个小时内对我来说非常容易点击。 如果与您和 Dienekes 以及其他严肃的博主相比，我可以成为一个天真者，并且对他们作为当前共识所教导的垃圾感到委屈，那么其他人怎么能不呢？
我认为至少还有两个其他想法使得 Lewontin 的 F_ST 计算对于转发反种族主义者想要从中得出的政治结论几乎毫无用处：
1. 当在美国使用“种族”这个词时，从操作上讲，它用于在他们之间有相当大的遗传距离和基因流动障碍的人群：欧洲裔美国人 非洲裔美国人，也许还有欧洲裔美国人/土著美国人。 因此，遗传漂变有足够的时间发挥作用，增加种群内的变异，并产生导致一致系统发育的基因组相关性——这与人们可以根据哪些基因/表型产生多种种族分类的论点背道而驰无论如何，一个人选择的角色，而不是通常卷入美国社会政治争议的群体。 例如，非洲人/非非洲人之间的分离始终是变异的第一个组成部分，而 EW 欧亚人将第二个部分分开，选择了足够多的随机选择的等位基因。
2a。 效果大小很重要。 我经常想到的例子是，当你在某处提到来自邻近村庄的科伊桑布须曼人可以在线粒体（可能还有其他中性）DNA 中显示出深度分裂，同时保持非常相似的外观。 这意味着非洲人口之间的 F_ST 实际上可能并不重要，只要两者都暴露在相同的选择压力下。 同样，即使人群之间的 F_ST 很小，也可能意味着面对强选择时存在根本的行为差异。
2b。 我们经常更关心我们的差异而不是我们的相似之处。 大多数人双足行走，使用工具和语言，当局告诉我，这与黑猩猩的 LCA 完全不同。 但是，尽管我的 DNA 和勒布朗詹姆斯的 DNA 之间存在相对微不足道的差异，但他仍然比我多赚了数亿美元。 即使人类的生物多样性低于实际水平，只要这些差异在人群之间是系统性的，而不是在人群中随机分布，我们仍然会存在“种族”争议。
我很难弄清楚拉齐布在这篇文章中试图表达什么观点。
真的可以简单地对人类进行分类吗？看起来是这样，但这令人困惑，原因有两个：1）我不知道有人在提出对位；2）我不知道有人在做反驳。 XNUMX）我们对人类进行分类的能力这一事实并不能作为生物种族存在的证据。
以他为例。当然，任何人都可以看到，可以根据 rs1426654 的值将人类分类。但这根本不是重点。
razib 会让我们相信 rs1426654=AA 是一个种族，而 rs1426654=TT 是另一个种族吗？他当然不会。
此外，这样的种族分类系统如何处理杂合子（即rs1426654=AT）的人？而在人口层面，西亚A:T的比例到什么程度才变成“欧洲人”？当另一个 SNP 会对人们进行不同的分类时，为什么要在这个特定的 SNP 上建立种族分类方案呢？把重点放在rs1426654上的决定是不是有点武断？我认为确实如此。
但这是一个令人厌倦的争论。我认为种族捍卫者未能提供一个清晰且站得住脚的种族定义，其中种族是一种非任意的生物结构，这才是辩论应该结束的地方。
vineviz，你有没有费心阅读我的链接？如果你累了，就不要再发帖了。严重地。
这是我的问题。现在我们都知道，人们接吻时倾向于将头向右倾斜。然而，图中的所有科学博主都将头转向左侧。
所有，也就是说，除了一个……
是的，我读了你的链接（就是那些我以前没有读过很多次的链接）。你的观点是？
让我明确表示：不要再在这里发表评论。我用了 2,000 多字来表达“我的观点”。如果你不明白，那也没关系。
是的，“种族”被定义为由基因相似的个体组成的非任意大规模集群的存在，并且针对大部分人口进行了明确定义。但是，古代大陆的种族差异在某些地方比其他地方得到了更好的界定。在欧洲、撒哈拉以南非洲和东亚的大部分地区，几乎每个人都整齐地融入到一个大陆种族集群中，并进一步融入到像各个岛屿、村庄和山谷一样独特的细分亚集群中。
在美国，只有一小部分人生活在存在非常精细分级的子集群的地方，这不仅仅是统计上的侥幸，而且很大一部分人口并不完全属于单一的大陆种族集群。在上面这张整洁的图表中，有不成比例的美国人（相对于其他地方）符合集群之间的差距。我们不是最容易排序的地方。
大约 1.8% 的美国人认为自己是混血儿 通常来自上一代或两代人的混合，并且很大一部分（可能超过 90%）美国人认为自己是非洲裔美国人（12.9% 的美国人）、美洲原住民（1.0% 的美国人）和西班牙裔美国人（ 16.0% 的美国人具有显着的欧洲血统与非洲和/或美国本土血统。一些在人口普查表上被认定为白人或亚洲人的人也不属于做出这种认定的多元大陆种族（要么是由于混合，要么是因为一个类别包括多个这样的类别——因此，澳大利亚原住民和澳大利亚原住民）人口普查中的汉族人和印度泰拉古族人均为亚洲及太平洋岛民）。因此，可以公平地说，超过 28% 的美国人甚至无法完全符合 PCA 第 1 部分和第 2 部分图表上的大陆种族方框之一，而且美国人口中这一比例的趋势显然是增长（例如，亚裔、西班牙裔和犹太裔女性的异婚率接近30%-50%，其中受过大学教育的女性的异婚率更高，非裔美国女性的异婚率超过10%）。此外，在美国使用的传统种族分类的亚组内部和亚组之间，混合程度存在显着差异。
另一个需要谨慎的重要一点是，普通人直观的种族分类的主要原因之一是推断种族和社会经济地位，而不是作为其本身的目的。民族是一个文化集群，语言和宗教在其中发挥着特别重要的作用，并具有许多其他组成部分。但是，在社会和商业互动中，种族和社会经济阶层之间的联系往往比种族更重要，但种族和种族之间的联系正在减弱。每个美国中产阶级都认识一个很小的时候就被收养的亚裔美国白人孩子。美国不断增长的非洲移民人口（主要是丹佛附近的埃塞俄比亚人和索马里人）在种族上与非裔美国人不同。在美国大部分地区，由于移民模式，阿拉伯人长相更可能是基督徒，而不是穆斯林，尽管他们的祖籍国存在这种趋势。大多数美国白人的种族特征远比他们的欧洲祖先更接近盎格鲁人。出于实际目的，普通人需要数十种种族-民族-社会-经济阶层组合才能对人做出有用的一目了然的推论，而不是用手指数一数大陆种族群体。
鉴于以下因素，在美国使用种族分类作为有效工具时应格外谨慎：(1) 美国的种族模糊性（以科学准确的方式理解）远高于大多数地方的平均水平，(2) 存在严重脱节民间种族定义和遗传集群之间的分歧，（3）美国种族和社会经济推论越来越不准确，（4）美国种族关系的历史，提出了根植于以下方面的合理历史环境原因：民间种族分类，用于几乎所有与日常生活或种族之间存在的经济或法律考虑有关的区别，与任何遗传区别相似，并使两者难以区分，以及（5）使用民间种族分类的历史当出于不适合种族分类的目的而合法化时。
出于医学诊断的目的，对特定相关基因的基因检测通常比种族分类更准确，尽管很少有人担心医生在做出医学诊断时将种族作为许多因素之一。
最大的担忧是在执法、就业、社会互动和公共服务中使用基于种族的推论，其中任何遗传之间的联系都更加协调，即使它具有统计显着性，因为这种做法不够准确，以至于这种做法充当社会酸会溶解任何形式的共识、文明或对共同社会的支持。
razib，你认为第二类思维中的这些错误大多是遗传的吗？在我看来，无论你告诉某些人什么，他们都不会简单地依赖原始数据，而是会以自己的方式解释它或找到符合他们世界观的数据。这就是高智商的人最终变得虔诚的程度吗（除了他们的成长方式的明显影响之外）？如果数据似乎指向一些令人不快的事情，许多人根本没有勇气让数据自己说话。我认为我所认识的人中真正愿意“放手”并成为真正的经验主义者的人不多。
爱德华兹并不是第一个提出勒文廷谬论的人。正如 Wiki 文章中指出的那样，Jeffry Mitton 在 1970 世纪 XNUMX 年代也提出了同样的观点：
* Jeffry B.米顿（1977 年 111 月）。 “通过单基因座和多基因座分析判断人类种族的遗传分化”。 《美国博物学家》978 (203)：212-10.1086。 doi：283155/XNUMX。
* 杰弗里·B·米顿 (1978)。 “差异化的测量：回复 Lewontin、Powell 和 Taylor”。美国博物学家 112 (988)：1142–1144。 doi：10.1086/283359。
Steve Hsu 在此发布了 Cavalli-Sforza 和 Mitton 绘制的人类遗传分化的早期 PCA 图： http://infoproc.blogspot.com/2009/06/genetic-clustering-40-years-of-progress.html
卢克·乔斯汀斯对我的帖子中缺乏明确性提出了有效的批评：
http://twitter.com/lukejostins/status/14820079908683777
我的回答：可能应该是一篇文章，而不是我在几个小时内即兴写下的博客文章。所以当我有更多时间时，我会尝试将一些更清晰、更精确的东西放在一起。也许几周。
Razib，据我观察，你花了 2,000 多字却没有表达出一个观点。也许使用更少、更好的词语会对你有好处？
与我更好的判断相反，我再次阅读了这篇文章，并得出了与之前相同的结论，即您的立场本质上与您声称不同意的人同义：人类差异存在，差异很重要，并且变异并不能验证“种族”作为生物学现实。
顺便说一句，我不会责怪你不喜欢我的观察，但我会再提出一个观察：我不太尊重那些只对谄媚者发表评论的博主。如果这不是你的政策，我希望你也这么说。
ohwilleke，我认为你高估了这种情况下混合的力量。尽管几乎所有非洲裔美国人都有欧洲血统，但其中 90% 的人是欧洲人，但 50% 还不到。这意味着，尽管 AA 没有形成紧密的集群，但它们在两个父种群之间表现出线性分布的趋势，其中偏向于非洲人。例如，
http://blogs.discovermagazine.com/gnxp/2010/05/genetic-variation-among-african-americans/
关于社会建设的那些事 is 真实的。我显然不否认这一点，而且我自己也指出了这一点。但我的观点是，种族类别的社会建构以及数据中基因的人口结构往往会出现混淆。后者通常表现出清晰而独特的模式。
事实上，我之前就说过，如果你 重量 等位基因频率的变化作为给定区域人口的函数，它可以让您更好地了解某些细胞系的不连续方面。维吾尔人只有约10万。欧洲有500亿，汉族有1.3亿。
我认为我所认识的人中真正愿意“放手”并成为真正的经验主义者的人不多。
这是一个巨大的人类问题。定期切换到纪元是有用的：
http://en.wikipedia.org/wiki/Epoch%C3%A9
顺便说一句，我不会责怪你不喜欢我的观察，但我会再提出一个观察：我不太尊重那些只对谄媚者发表评论的博主。如果这不是你的政策，我希望你也这么说。
1）我才不在乎你怎么想。有几十位经常发表评论的人，我很重视他们的意见。你们其他人并不太重要，因为你们没有投入。阅读博客文章是一种恩典，你有最大的自由去做。发表评论是一种我不断剥夺的特权。
2）我的政策是阻止那些对进一步讨论无用的评论。你和我之间的任何讨论都陷入僵局，所以我鼓励你不要与我接触。如果您想在博客文章中详细说明，如果您有博客要发布，甚至是长评论，请继续。我不想花更多时间回答简短的问题，因为这篇文章是我对你的回应。
3）我比其他随机评论者给了你更多的信任，因为我查过你（你的电子邮件连接到你的FB），而且你显然知道遗传学（并假设知道因素分析/PCA如何工作，根据你的本科学位），所以我想我可以消除混乱。显然这并没有发生，我怀疑我们是否有时间或精力继续前进。分歧是 上游.
回复：时代
好的。感谢您的链接
只是关于它的社会方面的一个小问题：好吧，对人类进行分类并不难，也许这可能是有用的，甚至是必要的。然而，如何避免遵循这些分类的层次结构呢？你知道，如果你与我不同，那么一定有人是最好的。阻止这种情况的一种方法——或者至少是科学可以采取的一种方法 *不是* 有助于形成这种等级制度——可能是通过避免全球分类，例如种族。相反，我们可以专注于对特定特征的分类。也许…
奥维莱克： 在美国，对使用种族分类作为有效工具的极度谨慎是适当的……
安东尼： 防止这种情况的一种方法......可能是通过避免全局分类......
假设我们在美国提出了一项全面的规则，即种族分类永远不得在该国任何地方用作任何努力的决策基础……您认为对该规则的投票将如何遵循现有的种族分类分类？
只是关于它的社会方面的一个小问题：好吧，对人类进行分类并不难，也许这可能是有用的，甚至是必要的。然而，如何避免遵循这些分类的层次结构呢？ 你知道，如果你与我不同，那么一定有人是最好的。 阻止这种情况的一种方法——或者至少是科学可以采取的一种方法 *不是* 有助于形成这种等级制度——可能是通过避免全球分类，例如种族。相反，我们可以专注于对特定特征的分类。也许…
人们已经一直这样做了。你认为系统发育有很大的不同吗？我不。不管怎样，人们看同样的数据，却得出相反的结论。犹太复国主义者和反犹太主义者都在犹太遗传学的帖子中找到了证实。
然而，如何避免遵循这些分类的层次结构呢？你知道，如果你与我不同，那么一定有人是最好的。阻止这种情况的一种方法——或者至少是科学可以采取的一种方法 *不是* 有助于形成这种等级制度——可能是通过避免全球分类，例如种族。相反，我们可以专注于对特定特征的分类。也许…”
我认为这太家长式了。科学家不是也不应该成为知识的守门人，甚至这种想法本身就是自命不凡且等级森严的。
如果人们想仅仅根据一些祖先的事件来概括并谴责他人，那是他们的损失。
***爱德华兹并不是第一个提出勒文廷谬论的人。 ***
Peter Frost 还指出了 Lewontin 的发现的另一个可能的问题：
” 3.基因在群体内部和群体之间的变化方式本身会随着基因的选择值而变化
当基因在种群之间发生变化时，它们通常会这样做，因为种群边界将具有不同选择压力的不同环境分开。 跨越该边界的基因必然是产生差异的基因，即具有高选择价值的基因。
相比之下，尽管选择压力相似（除非不同的变体形成平衡的多态性），但对于群体内不同的基因来说，选择值必然较低。
因此，这两种遗传变异不具有可比性。”
http://evoandproud.blogspot.com/2010/09/evolution-of-cavalli-sforza-part-iv.html
“我认为这太家长式作风了。科学家不是也不应该成为知识的守门人，甚至这种想法本身就是自命不凡且等级森严的。”我认为这太天真了🙂
PS：ppl是什么？我用谷歌搜索但我不确定。抱歉我的无知。谢谢你，
安东尼奥，这是一个有争议的问题。任何人都可以下载 EIGENSOFT 和 ADMIXTURE。即使研究人员开始关闭 HGDP 和 HapMap，你也可以做类似 dodecad 的事情。
所以你的建议只会导致业余爱好者进行所有的研究和分析。现在没那么难了。
读者可能会发现 挖掘评论有趣.
抛开所有的政治因素不谈，大多数关于种族问题的认识论的根本缺陷是，绝大多数知识分子认为种族只涉及林奈物种，而不是大家庭。
如果您将种族群体视为“部分近亲繁殖的大家庭”，您会突然发现您的思维变得更加富有成效。
如果您从未以这种方式考虑过种族，请尝试一下。
维内维兹写道：“我很难弄清楚拉齐布在这篇文章中试图表达什么观点。”
Vineviz，我看到拉齐布将这一谬论定义为“声称人类地理种族没有生物学意义”。
我猜，根据导致这篇文章的博客文章，拉齐布心目中的人声称生物学家根本无法以任何清晰的逻辑方式或类似的方式来识别人类。这样的人确实是错误的。利用遗传学，我们可以将人类分为许多群体，实际上比正常的种族概念要多得多，但是 就像是 我认为传统种族通常可以被视为一个级别的分类吗？
对我来说，我猜对你来说，更重要的讨论是人类种族的生物学意义是否与人们通常所说的种族相同。拉齐布似乎也这么认为。我想你的意思是你不确定他对此的结论是什么。
实际上，有些人的想法（我猜拉齐布也在玩弄基于顶部图表的想法）是，通常理解的种族比我们可以做的任何其他级别的人类聚类都更清晰地定义。
尽管上面的图表看起来是这样的，但我不确定是否应该这样理解。它首先不是连续邻近人口的样本，因此预计会显示区域之间的一些巨大差距。毫不奇怪，它确实表明遗传距离并不是决定因素。 同 作为地理距离，但这与我想讨论的内容不太一样？
拉齐布，我就到此为止，因为你不喜欢我以前的帖子。 :D 但老实说我很想知道我是否正确理解了你的意思？
拉齐布，我就到此为止，因为你不喜欢我以前的帖子。 :D 但老实说我很想知道我是否正确理解了你的意思？
基本上。
我相信，即使在混杂杂交的进化枝中，物种仍然可以作为组织系统发育关系的术语。显然，我认为类似种族的东西作为分类术语很有用。
“我相信，即使在混杂杂交的进化枝中，物种仍然可以作为组织系统发育关系的术语。所以显然我认为类似种族的东西作为分类术语很有用。”
我本以为，在所有现存的不同类型进化枝的名称中，“物种”是最有力的名称之一。我知道也有例外，但一般来说，我认为物种是比种族或亚种更容易定义的类别？其实从某种意义上来说我猜有些人会这么说 根据定义 一个物种应该被理解为一个种群与其最近亲之间真正清晰区分的最低水平，或者说它可能是种群独特性的最低水平，它也比任何旧的独特性更加明显。例如不同物种往往不会杂交等等。
您是否同意物种通常比亚物种更具特色？
这些种族“辩论”的令人烦恼的事情是，种族“怀疑论者”认为他们关于种族概念在科学上无用的口头主张可能会在某种程度上超过现实：科学范式的真实性取决于它们对科学家的有用性， 和 生物种族在名称和概念上都是科学中普遍存在的范式。
例如， 让我们来，我不知道，说 人类学:
“在抽样 [810-1965] 年间，AJPA 发表的关于现代人类变异的 1996 篇文章中，40.5% 使用了种族类别……种族分类学在现代人类变异研究中所扮演的角色显然几乎没有改变或根本没有改变。过去30年的历程。”
天哪，幸运的是，我们周围有文化人类学家，他们可以对那些真正富有成效的科学家创建引用的研究材料的范式进行空洞的口头争论。否则，人们可能会错误地认为科学范式的有用性是通过这种使用和内容生成的过程来证明的，而不是通过 前大教堂 和孤立的言语练习。
这就是他们自己的纪律！文化人类学家“对公众对人类的理解做出的最有力的[贡献]”是严重歪曲了他们自己学科中正在发生的科学的应用现实（更不用说在整个生物学学科中）。
你会发现种族在几乎所有与人类生物学相关的科学学科中都具有同样的重要性，并且同样无处不在的批评者在场外提醒这些科学家，就像墨菲斯一样，他们都在同一个宏大的共同幻觉中游泳。回想一下罗伯特·施瓦茨的傲慢无能 新英格兰医学杂志社论 该种族在某种程度上是生物医学研究中的一个流行变量，尽管它是“生物学上毫无意义的”“伪科学”：
““种族”在生物学上毫无意义”……[然而]基于种族的医学研究却很普遍。种族伪科学在临床研究中得到了很好的体现。 2001 年 13,592 月，在搜索词“黑人种族”下，Medline 包含了 1301 次引用，其中 1999 次出现在 2000 年或 XNUMX 年……此类研究错误地假设黑皮肤人和白皮肤人之间存在固有的生物学差异。
好吧，QED。如果大多数生物医学研究人员将它们视为生物学上不同的，那么它们在生物学上一定是相同的。你在这里的主张非常有价值——远远超过所有这些测量、实验和统计。
杰森说 科学范式的真实性取决于它们对科学家的有用性，而生物种族在名称和概念上都是科学中普遍存在的范式。
遗传学家发表的论文很少使用“种族”一词，甚至捍卫这个概念。您是否看到 Barbujani 等人最近发表的评论？人类基因组多样性？例如 “目前尚不清楚将人类划分为生物种族是否具有实际优势，尽管我们知道事实并非如此。”
当然，科学家一直在对生物体（包括人类）进行分类：他们这样做是因为分类有用且方便。没有人，甚至“种族怀疑论者”不这么认为。相反，怀疑论似乎是由这样一种观念引起的，即存在一些固定数量的自然群，其中所有位点在群内本质上是同质的，但在群之间是异质的。如果遗传学告诉了我们什么的话，它已经告诉了我们这一点。
巴布贾尼再次说道： “因此，我们可以根据任何一组多态性对人进行聚类，但不能保证在考虑同一个体中的其他多态性时会观察到相同的聚类。 “
现在，我终于知道拉齐布并不矛盾这一点。当然，这篇博文中没有任何内容与此相矛盾。在某种程度上，我可以代表知情的种族“怀疑论者”（因为我自己就是这么认为的），那就是我们必须避免被愚弄，认为通过多态性进行聚类是对传统种族分类概念的支持。
我曾经在 SNP 分析培训课程中演示了 HapMap 数据的 PCA。对于以前没有见过的人来说有很多乐趣。
只要等到他们获得更多/更好的插入缺失数据，我们就会更加分离。
维维兹，我有点困惑你所认为的“种族分类的传统概念”。我想说这种分类很好，即使在传统意义上我们通常也做得不错。唯一正在改变（而且理应如此）的是我们假设类别的含义。
例如，让我们进行性行为。对于绝大多数人来说，我们完全可以接受传统的性别界限。我们只是根据类别发展了我们的刻板印象。对于种族也是如此，唯一需要发展的是我们如何反应和解释，而不是我们如何分类。
vineviz——你所说的相当于说不存在狗品种这样的东西。你为什么这么否认科学？你信教吗？
您是否同意物种通常比亚物种更具特色？
有点。尽管我们所理解的“物种”似乎是以分支为中心的。对于疯狂杂交的植物群体或克隆谱系来说，它的用处不大。
相反，怀疑论似乎是由这样一种观念引起的，即存在一些固定数量的自然群，其中所有位点在群内本质上是同质的，但在群之间是异质的。
如果有人知道轨迹是什么，并且可以拼写异质，他们就不会接受这种极端的情况。
“因此，我们可以根据任何一组多态性对人进行聚类，但不能保证在考虑同一个体中的其他多态性时会观察到相同的聚类。 “
如果您采用大量随机基因座集，则相同的簇会重新出现。 人们使用不同的 SNP 芯片，他们使用微卫星，他们使用 indel。 只要标记的 N 足够大，您就会看到反映进化历史的集群。
基本上，我认为人类确实会陷入非任意和排他性的集群中。
“遗传学家发表的论文很少使用“种族”一词，甚至很少捍卫这个概念。”
遗传学家不需要“捍卫”种族，就像鱼不需要保卫水一样：它们都在水中游泳。种族分类对于群体遗传学的实践是如此重要（实际上，在某些方面是同义词），以至于我无法想象如果没有种族分类，群体遗传学将如何口头交流或口头表达他们的学科。跨越所有不同子学科的遗传学论文通常通过普遍认可的（并且可凭经验验证的）祖先群体的等级标签来描述和分析人群：欧亚人、撒哈拉以南非洲人、西非人、北欧人、犹太人、意大利人、黑人、白人这种按祖先分组的分类正是种族的含义，也是它对生物科学家始终意味着的意义：在物种水平内和物种水平以下的具有科学意义的群体身份。
“相反，怀疑论似乎是由这样一种观念引起的，即存在一些固定数量的自然群，其中所有位点在群内本质上是同质的，但在群之间是异质的。如果遗传学告诉我们什么的话，它已经告诉了我们这一点。”
这是一种奇怪的、非历史性的种族概念化，毫无相关性。 1970 世纪 XNUMX 年代，理查德·莱万廷 (Richard Lewontin) 首次提出，群体内部的遗传差异比群体之间的遗传差异更大，因此无需进行种族分类。但这并不意味着种族群体曾经被理解为反面的。 “黑人”对于前孟德尔学派的查尔斯·达尔文和上面批评的后孟德尔学派的生物医学研究人员来说意味着同样的事情：具有撒哈拉以南非洲血统的共同遗传特征的人。
Medline 包含 13,592 次引用，其中 1301 次出现在 1999 年或 2000 年
这在很大程度上是一个易于获得数据的功能（即在路灯下寻找丢失的钥匙，而不是在您认为可能丢失它们的黑暗小巷中）。 在普通课程中使用别人已经收集的数据，即使它们不太理想，也比收集自己的新数据要容易得多。 宗教派别和男性姓氏是美国白人中遗传差异人口的一个很好的代表（如果使用按受试者报告有关人们父母的这些标准并且在密切的情况下根据父母的原籍地进行过滤，则更好） )，可能几乎与种族一样准确，但这些数据并未常规收集，因此医学研究中并未常规考虑。
“几乎所有非裔美国人都有一些欧洲血统，90% 不到 50% 是欧洲血统”
在非裔美国人中，平均值约为 25%（FWIW，我不喜欢“非裔美国人”的首字母缩写词 AA，因为那是“亚裔美国人”的首字母缩写词，并且在我入职前从未用于“非裔美国人” 30 多岁和现在在任何一种意义上都变得模棱两可）。
此外，功能和法律 “一滴法则” 在民间种族分类中，民间种族分类与遗传分类密切相关的论点变得薄弱。 考虑到错误朋友这个词的两种含义之间存在混淆的可能性，并且使用种族一词来表示“基因相似的集群”的人群更加有限，科学界应该不赞成使用像这样的术语“基因相似的集群”或具有地理或种族限定符的不太笨重的“人口”（例如“西欧亚人口”）。
假设我们在美国提出了一项全面规则，即种族分类永远不得在该国任何地方用作任何努力的决策基础……您如何认为对该规则的投票会符合现有的种族？分类？
这是美国许多州的法律（但需要注意的是，“任何努力”都不包括个人自己的婚姻/约会决定以及少数其他高度个人化的领域，无论如何执法都可能是徒劳的）。 尽管存在党派分歧（具有政治意识的自由主义者赞成继续采取平权行动），但已将其付诸表决的地方在所有现有种族分类类别中都得到了广泛支持。 当然，任何执行此类法律的行动都必须有某种方式来证明决策是在此基础上做出的，而针对违反该法律的诉讼将是“一种努力”。
“因此，我们可以根据任何一组多态性对人进行聚类，但不能保证在考虑同一个体的其他多态性时会观察到相同的聚类。 “
如果您采用大量随机基因座集，则相同的簇会重新出现。 人们使用不同的 SNP 芯片，他们使用微卫星，他们使用 indel。 只要标记的 N 足够大，您就会看到反映进化历史的集群。
基本上，我认为人类确实会进入非任意和排他性的集群。”
拉齐布是对的，文森特是错的。 对于一个基因座，集群边界是模糊的，而对于多个基因座，它们更加稳固，并且无论您将什么基因座放入混合物中，它们都会不断重复出现。 正如 Barbujani & Colonna 引用的论文所说，“人口确实是在地理空间中构成的，但是在预测个体 DNA 特征时，‘欧洲’、‘亚洲’等标签具有误导性，因为它们的成员相同。组，在这种情况下，沃森和文特尔，可能会有很大的不同。” 再一次，种族标签对人群很有效，对个人来说则不然。 问题是这些集群是如何出现的，我们进化史的进程是什么，正如有人正确指出的那样，我们在未来如何应对这些差异。 遗传学家强调非洲群体内的多样性并将这种多样性解释为年龄的标志这一事实是有问题的。 非洲的群际多样性低于大洋洲和美洲等地，而在这些地区，我们的旧更新世人口学很可能体现出来。 这些也是我们物种众所周知的 15% 的群间方差特征中最大部分的区域。 这意味着我们物种构建分化的最早阶段发生在非洲之外。 因此，否认地理集群的生物学现实与将我们的进化历史描绘为从非洲集群到美洲印第安人集群的组内变异逐渐丧失以及通过瓶颈累积组间变异的愿望齐头并进。 现实似乎恰恰相反：大规模的亚洲、非洲和欧洲集群逐渐取代了原始的更新世部落/微型种族。
拉齐卜： 有点。 尽管我们所理解的“物种”似乎是分枝中心的。 它对于疯狂杂交的植物群或克隆谱系不太有用。
公正的评论。 当植物出现时会记住。 😀
杰森： 种族分类对于群体遗传学的实践是如此的基础（实际上，在某些方面是同义词），以至于我无法想象没有它，群体遗传学将如何口头交流或口头表达他们的学科。
我认为关注真正有争议的事情更有用。 我认为没有人真正否认这种分类是生物学的一部分。 生物学家是否通常将比物种小的种群类别称为“种族”。 他们没有，而且我认为选择单词不仅仅是我们随意做的事情。 他们不这样做是有原因的。 这个词有（用拉齐布的话）包袱。
GD： 如果您采用大量随机的基因座集，则相同的簇会重新出现
是的。 我认为 Vineviz 无意中暗示了其他含义。 但是，当您进行此类分析时，您是否接受同一个人可以同时位于许多不同的重要集群中？
丹： vineviz - 你说的相当于说没有狗品种这样的东西。
狗品种和其他家畜种族是生物学家可能确实提到种族的一个领域。 有趣的是，考虑家养种族是否有任何特殊特征可以证明使用与生物学家用于其他动物不同的词是合理的。 事实上，有一些有趣的特征。 这些动物不仅仅生活在不同程度杂交的模糊定义的种群中。 它们是经过深思熟虑的育种计划的结果，这会影响它们的后代如何分享它们的特征。 这些特殊条件适用于人吗？
这些特殊条件适用于人吗？
我认为人类是“自我驯化者”。 不仅如此，我认为我们受到与之相关的驯化动物的影响比我们意识到的要多（牛奶很明显，但是弓形虫病呢？）。
另外，让我澄清一下： 我对“种族”这个词没有那么投入。 我对人类变异、相似性和人口结构的模式感兴趣。 美国社会教导种族是神话的方式常常导致对这些模式的真实性或辨别它们的能力的完全误解。 例如， 种族 DNA 分析的不便科学.
顺便提一句。 这种论点让人想起如何定义“行星”的论点。
@德国Dziebel： 对于一个基因座，集群边界是模糊的，而对于多个基因座，它们更加稳固，并且无论您将什么基因座放入混合物中，它们都会不断重复出现。
对不起，但这根本不是真的。
您习惯于在论文中观察到的 PCA 图中看似“实心”的边界只是稀疏抽样的产物。 如果您仅对两个相距较远的人群（例如，意大利南部的一个小村庄和芬兰北部的另一个小村庄）进行抽样，您可能确实能够编造一个 PCA 或聚类分析，这将导致 100% 的意大利人在一个群体中，而 100%另一边的芬兰人。 正如razib 所说，它“没那么难”。
但是，如果您沿着整个轴线以小间隔（例如 10 公里或 50 公里）对村庄进行采样，您最终会得到完全不同的画面：在南欧和北欧之间没有明显的地方划线. 在乍得和伊拉克之间做同样的事情，你会遇到同样的难题：没有明显的地方——没有一些社会或历史的超越——亚洲和非洲之间是一条清晰的界线。 这并不是说伊拉克人和乍得人在某种程度上是一样的。 它是说它们只是连续统一体上的两个点（或者，更好的是，在大量连续统一体上）。
即使在上面的 O'Dushlaine 论文 razib 链接中，您也必须引入社会过滤器（来自同一个村庄的 4 个祖父母，控制近亲繁殖等）才能获得它们突出显示的微弱效果。
这很重要，因为尽管上面有相反的评论，典型的种族分类模式确实暗示了一种干净的系统发育关系，其中种族内的关系比种族间的关系更强。 但科学根本无法证实这一点。
这就是为什么遗传学家确实在很大程度上放弃了“种族”的概念，转而采用更精确和更准确的分类方案。 我同意 razib 的观点，因为对人类遗传变异的研究和分析非常有趣，而且并非毫无结果。 这并没有改变种族归根结底是一种社会结构，而“社会结构”不是“无用”的同义词这一事实。
这很重要，因为尽管上面有相反的评论，典型的种族分类模式确实暗示了一种干净的系统发育关系，其中种族内的关系比种族间的关系更强。
我们已经在 0.15 的数量级上建立了 Fst 是上限。 是的，愚蠢的人可能看着一棵树而忘记了内部流行差异或被省略的网状结构，但不愚蠢的人已经忽略了这一点。 世界识字人口中有相当一部分人仍然反射性地以地心为中心。 我不是在和那些人说话。
它是说它们只是连续体上的两个点（或者更好的是，在大量连续体上）
即使是关注共享衍生交易的经典分支学也经常强加技术上错误的模型，即在密切相关的物种之间没有基因流动。 现实情况是，由于非平凡的基因流动，“生物物种概念”可能不适用于大多数分类群。 但人们无论如何都要画线。
此外，变化率也不是恒定的。 由于地理和人口密度的性质，您确实会看到整个撒哈拉沙漠的变化率更大。 例如，莫扎比特-陶雷格-富拉尼连续体的单位 Fst 跃变比北欧平原上的类似跃变要大得多。 此外，如果您按人口加权，您会发现“连接”群体，即金牛座，非常稀少。 这显然对他们作为基因流动的中介很重要。 西萨赫勒种群具有欧亚LP等位基因而东萨赫勒种群具有自己独特的等位基因这一事实说明了这一点。
vineviz 同样，根据你对自然或表征的显式封装有界性的标准，似乎山、丘陵、河流、溪流、重力井、行星、卫星、生命等术语都可能被问题化。 我同意特定的海拔和坡度在科学上比区分“山”和“山”更可取，但在传统的口头讨论中，它开始变得荒谬。
还将基因添加到列表中。
. 是的，愚蠢的人可能看着一棵树而忘记了内部流行差异或被省略的网状结构，但不愚蠢的人已经忽略了这一点。
也许吧，但我认为“不愚蠢”的人通常不会像传统意义上那样使用“种族”这个词，这并非偶然。
顺便说一下，我同意你关于临床渐变的非恒定性，尽管我确实认为真正的不连续性显然是例外而不是常态。
我也同意“作为社会结构的种族”并不是一个独特的问题（尽管它所携带的社会包袱可能确实将其置于与冥王星是否是行星的讨论不同的类别中）。 顺便说一下，颜色（电磁辐射）是另一个很好的类比：大多数人清楚地认为红色与橙色或黄色不同。 但是，从纯物理角度来看，这种转变显然发生在光谱中的非任意点。 以这种方式，颜色也是一种社会结构。
文森特：你听说过概率分布，对吧？ 单个位点在一个种群中被发现的概率高于另一个。 现在，一个基因座本身并不能告诉您太多信息，但是获得足够的它们并且某些基因座将比其他基因座更相关。
沿着连续体观察，您会发现位点分布中的许多不同之处与来自特定群体的大多数人所在的位置相关联。 我们可以识别并命名这些峰（正如 Razib 多次说过的，您可以随意称呼它们）。 一个人被正确分配的概率是 100% 吗？ 不，当然不是，这里没有人声称这一点。
这很重要，因为尽管上面有相反的评论，典型的种族分类模式确实暗示了一种干净的系统发育关系，其中种族内的关系比种族间的关系更强。 但科学根本无法证实这一点。
该线程上没有人说过你可以建立干净的关系。 已经说过的是，人们可以根据他们的基因高度自信地从特定的地理位置被分配到特定的人群中。
顺便说一句，我从事医学研究，我们肯定会将人群（“种族”）视为可识别和重要的。
也许吧，但我认为“不愚蠢”的人通常不会像传统意义上那样使用“种族”这个词，这并非偶然。
看，问题是外行人（包括聪明人）被分为两个位置：
1）柏拉图式的种族
2）一个基因平坦的世界，由于假定缺乏模式或结构，因此对变异的讨论变得毫无意义
实际情况是，区间中有仓位。 我试图做的是充实这个职位。 你可能认为#2 很可笑，但我知道大多数受过良好教育的人不会。 很大程度上是因为种族是一种幻觉的花言巧语。 像这样的东西：
http://raceandgenomics.ssrc.org/
在我看来，实际上最终会让人们感到困惑。 如果您阅读反种族作者，他们会抛出很多术语，但很多时候很难弄清楚他们想说的是不是＃2，尽管它们显然是。
顺便说一下，我同意你关于临床渐变的非恒定性，尽管我确实认为真正的不连续性显然是例外而不是常态。
是的。 有趣的是 这些例外往往会在“经典种族”的路线上摇摆不定.
该线程上没有人说过你可以建立干净的关系。
事实上，至少有人这么说过。 但你不是这么说的，所以我们可能同意这一点。
已经说过的是，人们可以根据他们的基因高度自信地从特定的地理位置被分配到特定的人群中。
我认为您可能高估了“置信度”，部分原因是您可能引用的大多数关于该主题的研究来支持您的陈述——事实上——使用了如此稀疏的抽样，以至于“干净”的分配更像是方法论而不是现实的反映。
razib 在他之前的评论中有一个有效的观点，即普通民众可能比他博客的读者对种族有更激进的看法。 正如您所说，没有人为种族的“柏拉图式”观点争论不休，也没有人采取“没有显着变化”的立场。
也就是说，与他博客的读者相比，普通民众对种族的看法可能要激进得多。
我认为可以准确地说，与我的读者群相比，普通人群并不敏感（他们要么愚蠢要么无知，或者两者兼而有之）。 与一般人群相比，我要说的相当多的读者是非常令人震惊的遗传主义者，而其中一些是某种种族民族主义者（你看不到这些评论，因为显然我不会发表那种事物）。 IOW，我认为 分散 规范性观点的比例高于一般人群，尽管在以下问题上可能有一个粗略的共识 积极的事实。
顺便说一句，我从事医学研究，我们肯定会将人群（“种族”）视为可识别且重要的
是的，但我打赌你不会开始根据种族分类开出“基于种族的”药物。 之所以会这样，是因为这要追溯到文森特所说的。 东西不切干。 无论你我喜欢与否，我们都处于连续统一体中……那么斐济人、安达曼岛民、塔斯马尼亚本土人、所罗门岛人、新几内亚人呢？ 如果你把这些人当作非洲人后裔来对待，因为他们乍一看很相似，那你就大错特错了。 从基因上讲，他们是离非洲人最远的民族之一……
本次讨论中可以轻松解决的核心混淆是种族群体的遗传性不如系谱。 种族群体不是由基因定义的，而是由家谱定义的。 我们可以使用基因来获得一些缺失的系谱信息，但基因不能定义种族，就像肤色一样。
想象一些简单的基因突变，在孩子达到生育年龄之前是 100% 致命的。 这个突变的所有受害者都是一个种族吗？ 不，因为种族意味着（根据我字典中的定义＃1）血统。
同样，想想皮肤非常黑的职业高尔夫球手维杰·辛格（Vijay Singh），他是过去十年中唯一一个将老虎伍兹从第一名的位置上取代的人。 他的肤色比伍兹深得多，但我在谷歌上搜索过，没有一位美国体育记者称辛格为黑人或非裔美国人。 他的家谱来自南亚，而不是最近几千年来的非洲，所以，正确地，没有人认为他是非洲人。
可以对种族群体的概念进行所有批评，都可以对大家庭的概念进行批评。
例如，上周一位朋友告诉我，在星期天弥撒之后，他如何将自己的侄女介绍给施瓦辛格州长的十几岁的儿子们，然后年轻人开始挑起风暴。 我开玩笑说他未来的曾侄子和曾侄女将是施瓦辛格。 但后来，我意识到，如果是这样，他们也将是施莱佛斯——一个著名的自由主义天主教家族（萨金特施莱佛是 1972 年的民主党副总统候选人）。 然后，当我停下来想一想时，他们也将是肯尼迪。
大家庭成员的难题——你怎么能属于一个以上的大家庭？ 你如何决定一个大家庭的结局？ - 比种族群体成员身份更加模糊，但没有人认为大家庭不存在。
事实上，种族群体只是大家庭的更连贯的子集，通过某种程度的近亲繁殖变得更容易识别。 每个人都与其他人有谱系关系，但每个人与某些人的谱系关系比与其他人的谱系关系更大。
是的，但我打赌你不会开始根据种族分类开出“基于种族的”药物。 之所以会这样，是因为这要追溯到文森特所说的。 东西不切干。 无论你或我喜欢与否，我们都处于连续统一体中……
好吧，很多研究小组都被限制在特定的人群中，对吗？ 作为一个棕色人种，关于“基于种族的医学”的最大的事情是非常小心，不要从北欧的样本中推断出太多的东西。 当然，如果效果很大，我通常认为一切都很好。 尽管整个医学中有很多误报，但它有点没有实际意义......
相反，即使是核心家庭中的遗传变异量也值得注意。 想想在同一行业取得成功的兄弟姐妹。 如果你问选角导演，他们会说杰夫·布里奇斯与丹尼斯·奎德的竞争比与博·布里奇斯更多地竞争，而兰迪·奎德（当神志清醒时）与博的竞争比与他自己的兄弟丹尼斯更多。
然而，说“家庭不存在”是愚蠢的！ 或者说“兄弟姐妹关系只是一种社会建构！”
是的，但我打赌你不会开始根据种族分类开出“基于种族的”药物。
治疗？ 否。诊断和预防？ 是的。
即：目前对个体进行基因检测的成本很高，而且即使存在大量针对不同遗传疾病的检测，也很少（如果有的话）进行全面检测。 某些遗传疾病在某些人群中比其他人群更容易出现（即：德系犹太人中的 Tay Sachs 和非洲人中的 Sickle Cell）。 在决定测试什么时，会考虑该人的种族身份。
http://projects.nytimes.com/census/2010/explorer?ref=us
那么我猜纽约时报在今天的种族问题上表现出“激进”的观点
如果您仅对两个遥远的人群（例如，意大利南部的一个小村庄和芬兰北部的另一个小村庄）进行抽样，您确实可以编造 PCA 或聚类分析，将 100% 的意大利人归为一组，而 100% 的另一边的芬兰人。 正如 razib 可能会说的，这“没那么难”
你大大低估了在很短的地理距离内正确分类人的能力。 您不必去意大利南部寻找可以 100% 与芬兰人区分开来的人，您可以 100% 地将芬兰人与他们的近邻区分开来。
http://dodecad.blogspot.com/2010/12/genetic-structure-in-north-central.html
您可以在 93% 的时间内对邻近的亚美尼亚人/亚述人进行分类
http://dodecad.blogspot.com/2010/12/assyrians-vs-armenians.html
您可以以 95% 的成功率将德系犹太人与西班牙系犹太人区分开来
http://dienekes.blogspot.com/2010/11/cluster-galore-re-analysis-of-behar-et.html
您可以 100% 成功地将法语与法国巴斯克语区分开来
http://dienekes.blogspot.com/2010/11/clusters-galore-in-hgdp-panel.html
将个体聚类的能力是由于“稀疏抽样”的说法进一步无效，因为它可以对 139 个不同的群体进行。 填补地理抽样的空白不会使很大程度上不相交的集群消失
http://dienekes.blogspot.com/2010/12/human-genetic-variation-124-clusters.html
“@ German Dziebel ：对于一个基因座，簇边界是模糊的，如果有多个基因座，它们会更加牢固，并且无论您将什么基因座放入混合物中，它们都会不断重复出现。
对不起，但这根本不是真的。
在您习惯于在论文中观察的 PCA 图中，似乎是“实心”边界只是稀疏采样的产物……”
您正在谈论地理，而不是遗传学。 您的示例最多说明的是，任何“种族”都可以细分为子集群，或者忽略了元集群，或者集群实际上是更具包容性的集群的子集群，或者存在一些新兴集群。 由于新兴集群很小，它们的边界确实很模糊。 如果你想严重破坏集群思维，你应该证明这些集群是基于同质性的，并且不通过血统共享身份。
@ 德国 Dziebel #60 —
“您习惯于在论文中观察的 PCA 图中似乎是“坚实”的边界，这只是稀疏采样的产物……”
你如何解释“村”这个数字？
[那实际上是 vineviz，德国人在引用他 -R]
R - 感谢您解决这个问题。
vineviz — 稀疏采样是 2004 年左右的一个似是而非的假设（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15342553) 但即使到 2005 年它也已经得到解决 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16355252) 并且似乎被今天的可用数据驳斥了。
这篇文章特别棒：
http://dienekes.blogspot.com/2010/12/human-genetic-variation-124-clusters.html
似乎有两个不同的问题，luke jostins 在 twitter 上澄清了我的帖子，不幸的是我混淆了
1) 变异
2）结构
lewonton 等人的主要问题。 就像 cavalli-sforza 暗示的那样，他们似乎想要拒绝 #2，以消除与 #1 的尴尬。 但即使您拒绝#2，也不一定意味着#1 不会成为问题。 我想我们已经在这里承认#1，并且正在讨价还价#2的性质。 没关系。 但从政治/社会爆炸性发现的角度来看，#1 是它所处的位置，#2 与否（这就是 cavalli-sforza 在 1990 年代设法让他的工作被广泛接受的方式，专注于中性标记，而忽略了大体上的功能性变体是#1 的子集）。
是的，种族主义并没有那么难。 我们已经知道了。
@哈姆兰汉森汉森
是啊！
就像进化对大多数翼坚果一样烦人一样，对月球蝙蝠来说非常烦人。
很遗憾，科学让政治狂人如此恼火。
“您可以在 93% 的时间对邻近的亚美尼亚人/亚述人进行分类
您可以以 95% 的成功率将德系犹太人与西班牙系犹太人区分开来
您可以 100% 成功地将法语与法国巴斯克语区分开来”
但是尝试将布朗克斯区与上西区区分开来，你就会遇到真正的问题。