髓: 胃中细菌之间的遗传关系可以告诉我们很多不同人群之间的关系。 另外,细菌的不同菌株的分布可能对公共卫生产生重大影响。
上图是昨天在《公共科学图书馆•世界》(PLoS ONE)上在线发布的一篇论文: 的进化史 幽门螺旋杆菌 序列反映了过去人类在东南亚的迁徙。 这篇论文引起我的注意有几个原因。 首先,我展示了 对近代东南亚的历史和史前历史有些好奇。 阐明该地区的历史动态可能涉及人类进化和文化进程的更普遍的问题。 第二, 幽门螺旋杆菌 是一种引人入胜的生物,它与特定人群的联系非常紧密,可以揭示不同群体过去的互动。 简而言之,就像人类 幽门螺旋杆菌 展现出地区特色和当地历史。 但除此之外 幽门螺旋杆菌 引入新人群后,自然选择也会受到影响,因此可以作为文化交流的窗口,否则可能会留下少量的人口统计足迹。 换句话说, 幽门螺旋杆菌 人口的增长可以与佛教的传播相提并论。 这种宗教与一些南亚和中亚血统的佛教徒一起传入中国和日本,但总的来说,它的传播是模因而不是佛教徒人口的自然增长。
首先,让我们看一下摘要:
东南亚的人口历史是由众多的迁徙和人口膨胀所塑造的。 基于考古学,语言学或人类遗传数据的重建通常受到经典人类遗传标记(例如线粒体DNA的高变区)中信息性多态性数量有限的阻碍。 在这里,我们分析了人类胃细菌的管家基因序列 幽门螺旋杆菌 来自东南亚各国,我们提供的证据表明 幽门螺旋杆菌 伴随着至少三个古代人类迁入该地区: i)从印度的迁移,将hpEurope细菌引入泰国,柬埔寨和马来西亚; ii)携带hspEAsia细菌的南亚语系祖先迁移到越南和柬埔寨。 iii)泰国人的祖先从中国南方迁移到泰国, 幽门螺旋杆菌 hpAsia2的人口。 而且, 幽门螺旋杆菌 序列反映了iv)在过去200年中,中国人向泰国和马来西亚迁移,传播了hspEasia菌株; v)在过去200年中,印度人向马来西亚迁移,同时传播了hpAsia2和hpEurope细菌。 细菌种群的分布似乎强烈影响胃癌的发病率,因为以hspEAsia为主的国家分离出的胃癌发病率很高,而在hpAsia2或hpEurope菌株比例较高的国家发病率很低。 将来,hpEurope菌株在亚洲人群中的寄主范围扩大,再加上人类的运动,可能会对亚洲的胃癌发病率产生重大影响。
幽门螺旋杆菌 尽管有一些水平的基因流动,但可以将其分为地理范围有限的非常独特的谱系。 一个进化论似乎通常局限于欧亚大陆的西部,另一个进化论区域仅限于欧亚大陆的东部,并且还有一些非洲特定的血统。 但是在这些特定的分支中,人们可以细化到更细的颗粒。 例如,在较广泛的西欧亚菌株家族中有印度血统。 随着时间的推移,突变会导致局部种群中独特变异的形成,因此,对谱系之间的突变步骤进行简单评估,就可以推断出一个共同祖先的后裔。
让我们暂时了解一些没有微生物益处的历史。 在某种程度上,东南亚可以被视为东南亚的一部分 “大印度,” 或多或少。 在泰国和柬埔寨这两个国家是最明显的,这两个国家是产生安哥尔(Angor Wat)的高棉文明的文化继承者。 这两个现代社会在宗教和艺术上的敏感性通过先驱政体而深受南亚规范的印记。 这些社会的上座部佛教仍然与南亚(特别是斯里兰卡)有着至关重要的联系,并且比起日本的禅宗(源自中国的禅宗),在敏感性上更明显地是印度人。 在越南,尚有一小批占婆帝国残余的马来人塞伊维特印度教徒。
由于现代与现代之间伊斯兰的介入,海上东南亚的亲和力有点阴云密布。 达摩 过去的。 只有巴厘岛人仍然是印度尼西亚早期受到印度影响的政治的重要继承者, 室利佛逝 和 马贾帕希特。 尽管存在这种观念上的现实,但印度的影响力仍然可见,即使是在印尼穆斯林中,尤其是在东爪哇省,那里的罗摩衍那阴影皮影戏仍然很受欢迎。 像Angor Wat一样 婆罗浮屠 Java的使用证明了印度具有里程碑意义的过去。 但是,就算是南亚穆斯林也可能是东印度洋贸易网络中至关重要的参与者,该网络在第二个千年中逐渐伊斯兰化,但即使是现代海洋东南亚所宣扬的伊斯兰风味也可能与印度有某种联系。
然后,我们面临的问题是: 如果印度人过去在东南亚的影响如此强大,那么印度人的基因在哪里? 作者指出,线粒体DNA分析(母系)在本地人群中没有明显的频率显示南亚特定谱系。 对mtDNA的固定对我来说似乎很奇怪,原因有两个。 首先,使用泛亚SNP数据集,存在一些常染色体数据。 第二, 有充分的理由假设印度移民将是男性。 这个时期的神话和粗略的历史参考似乎并未设想大规模的民间移民,印度男人在那里带走了妇女和儿童并重建了家园。 相反,通常这些人被描绘成宗教专家或天才的军事领袖。 作者指出,有证据表明大约2,000年前泰国有印度工匠。 这似乎是合理的,在大约4,000年前就有关于苏美利亚(Sumeria)印度商人的小镇的记载! 但同样,没有理由这些工匠一定要带他们的妻子。 相反,如果他们是为了自己的技能而购买的,那么它们可能仅仅是人类财产,这是两个独裁者之间资本主义交易的对象。
文化转移的性质以及这种转移的较高保真度, 在我看来,有些印度人确实移民了东南亚。 但是它们很少,其遗传影响极小。 相反,我们看到的是,模因的功能与基因有很大的不同。 印度模因迅速吞噬了文化制高点,并从爪哇到泰国北部成为规范(越南北部是该规则的例外,因为它受到中国的影响)。
幽门螺旋杆菌 尽管具有更具体的生物学特性,但它们与模因具有许多相同的倾向。 作为细菌,它可以在种群中迅速传播,并使自身与原始宿主的内源性自然增长脱钩。 这种传播可以通过自然选择来驱动,这意味着它不能很好地体现其寄主的血统。 但是,即使是自然选择,也无法消除人们对不同群体之间的原始联系所做的推论。
在本文中,作者从证据的本质中提出了证据。 幽门螺旋杆菌 在东南亚,古董时代过去印度人和东南亚人之间有明显的身体接触。 更确切地说,下图显示了西欧亚大陆关系的本质 幽门螺旋杆菌 印度和东南亚的血统,以欧洲和其他西欧亚大陆的样本为对照。
您在这里看到的是 印度 幽门螺旋杆菌 尽管与欧洲血统相同,但它还是东南亚分支机构的基础。 这告诉您,此处考虑的印度血统和东南亚血统之间存在亲和力,但是由于一段时间的分离,这种亲和力会降低。 这很重要,因为东南亚的某些地区(例如马来西亚)在过去的几个世纪中到印度的人口众多。 东南亚有一个独特的血统这一事实表明,这两个族裔之间存在很长的隔离期,而且不能归因于西欧亚印第安人的频率 幽门螺旋杆菌 只是为了最近的联系。 至少在东南亚大部分地区。 事实证明,在菲律宾,西欧亚大陆 幽门螺旋杆菌 与西班牙人口聚居。 这必须是数百年殖民主义的产物。
还有令人着迷的历史和地理常识:
分布的研究 幽门螺旋杆菌 毒力因子 钙A 在越南人中,有84%的菌株带有cag-right主题的II型……这是东亚菌株(hpEastAsia)的特征,范围从南越的胡志明市的76%到北越的河内的93% 。 但是,在欧洲(hpEurope)菌株中,I型cag右基序的频率存在显着差异。 北越南不存在I型主题,但在湄公河三角洲附近胡志明市的样本中有8/49(16%)个被发现。 有趣的是,在越南人吞并17th 一个世纪以来,这座城市曾是高棉重要的海港,被称为“捕食者Nokor”……因此,hpEurope病毒株在湄公河三角洲的越南人中似乎也很常见,因此 起源于中国西南部藏区和云南地区,与越南与老挝和柬埔寨接壤的安纳米特山脉似乎为遏制印度在湄公河流域的影响形成了有效的自然屏障,解释了hpEurope菌株在越南其他地方的患病率较低。
我们今天所了解的越南民族国家的地理轮廓是一个相对较新的现象。 越南人民 金,是一个古老的民族。 但是在过去大约2,000年的大部分时间里,我们所知的越南被划分为北部的Kinh,中部和南部的高棉人和后来的南洋人。 与东南亚其他民族不同,Kinh视其北方为中国的文化典范。 而印度在东南亚的影响力( 乔拉冒险)是通过“软实力”实施的,中国人定期对越南进行直接统治,否则将其归为朝贡国。
这里不需要任何地理确定性。 文化或军事力量的投射与距离成比例地下降。 对于文化而言,投射并非呈线性下降,而是经常表现出急剧的断裂。 越南人击败击败占巴并开始吞噬高棉王国东部后方后,便没有将安南米特山脉向南移动。 相反,他们转移了人口和人口的文化身份,从而转移了文明界限。 随着Kinh的传播和高棉的撤退,分隔印度语和Sinic的界线向南移动。 这并没有完全消除印度的影响。 印度占婆族仍留在越南,而湄公河三角洲的特雷瓦达佛教则有一定的购买量,与中国派生的大乘佛教占统治地位的其他国家不同。 印度就是这样 幽门螺旋杆菌 越南南部地区也仍然有残留物,这证明了贸易和文化网络在过去的某个时候将其绑定到大印度。
接下来让我们看一下东亚地区的分布 幽门螺旋杆菌:
这个数字很难看懂,但它的简短之处在于:有美洲印第安人,台湾大洋洲人,中国人和东南亚人血统。 更具体地说,作者试图推断出一个特定的东南亚特定血统的起源,该血统在中国南部表现出一些重叠。 这是因为他们认为它可以追溯到东南亚国家联盟(也许是东南亚最早的农业学家)的迁徙。 这 幽门螺旋杆菌 有问题的菌株跨越中国南部到马来西亚。 该地理区域涵盖了现在由泰语或马来语居住的地区,但似乎整个地区在某一点上都被南亚文化交流组织所控制。 关键在于看印度东北部的蒙达是否也携带同样的东西 幽门螺旋杆菌 拉紧。 实际上,该菌株的系统进化树分析 幽门螺旋杆菌 在南亚人或他们的后代中发现的昆虫也许能够使他们了解他们是否是印度外来的(“较早的”血统应该是基础的)。
到目前为止,我一直专注于系统发育问题。 人类和细菌种群之间是如何相互联系的。 但是,在工作中存在功能性和适应性影响以及动态变化。 在适应方面,似乎有些应变 幽门螺旋杆菌 在某些环境中比其他人更适合。 在殖民统治时期的几个世纪里,西班牙人在菲律宾的身影很少。 西班牙人与当地人之间存在很大的居住隔离,而中国人通常比西班牙人高两个数量级。 但是你有一种情况 幽门螺旋杆菌 西班牙血统似乎占主导地位。 为什么? 作者报告说,有大量证据表明,欧洲人 幽门螺旋杆菌 毒株是通才,胜过专业的东亚和美洲印第安人血统。 我认为不能忽视这样的事实,即“欧洲”毒株是从欧洲到印度的一大片西方欧亚大陆特有的。 由于它们的人口众多,这些血统可能比其他人口具有更多的多样性,因此可以适应各种条件。
功能性和公共卫生问题是东亚 幽门螺旋杆菌 可能是导致该地区胃癌发病率高得多的原因。 你可能知道 幽门螺旋杆菌 是 溃疡,因此它对该地区的影响不足为奇。 在阅读本文之前,我听说东亚胃癌的发病率是由于使用调味品引起的。 这表明了许多医学科学的困难,这些医学依赖于因果关系的相关性和粗略的猜测。
显然,我对依赖人类的病原体分布等标记能告诉我们历史感兴趣。 但是从长远来看,这些病原体,疾病风险和其他表型特征之间的复杂相互作用是真正的作用所在。
引文: Breurec S,Guillard B,下摆S,Brisse S,Dieye FB等。 (2011)。 幽门螺杆菌序列的进化史反映了东南亚人类过去的迁徙PLoS之一: 10.1371 / journal.pone.0022058
图片来源: 马克·亚历山大
“让我们暂时回顾一下没有微生物优势的历史。” 像这样的句子让我一直阅读这个博客。
但在过去约 2,000 年的大部分时间里,我们所知道的越南分为北部的京族、中部和南部的高棉人和后来的南岛占族。
我很想知道Kinh 对Chams 的迁移有多少是文化的,有多少是遗传的。 今天的南越人中有多少是采用越南文化和语言的占族人的后裔? 或者,事实上,早期的南越占族定居点主要是遗传或文化接管?
哇。 我通常很轻松地阅读这些帖子,但这很吸引人。 (当然,这可能是因为 Guns, Germs and Steel 记忆犹新。)我不知道我不知道的事情。
我必须说,在第一次阅读时,我对无花果的效果持怀疑态度。 4,特别是这里标记的涉及其他图表。 让我们记住,幽门螺杆菌不是任何常规的有益肠道细菌,而是一种传染性细菌。 只有 20% 或受感染的人会出现症状(这可能非常令人讨厌),但它仍然是一种相当敌对的细菌。
此外,根据维基百科,“至少有一半的世界人口受到感染”,这意味着可能多达 50% 的人可能根本不携带它。 这是我想在相对孤立的菲律宾探索的一条道路,菲律宾没有“南岛语”变体,而是巴斯克语和孟加拉语。 如果菲律宾人一开始就失去(或从未拥有)这种细菌(可能是饮食习惯或只是创始人效应),那将避免您对欧洲菌株所声称的高竞争力的需要,因为没有东方真的很奇怪菲律宾的亚洲菌株,只有印度(孟加拉语?)和欧洲(巴斯克)菌株。
您将其中一个来自印度的假定流动标记为“德拉威移民”,但这至少未经证实,并且您被作者反复无常的箭头图误导了。 在图。 3 很明显,(可以说)从印度迁移到东南亚的“Asia2”单倍群是孟加拉语单倍群。 根本没有提到泰米尔人。
另一方面,东南亚(但菲律宾)的“欧洲”单倍群对应于安德拉邦。 这些可以非常假设地与泰米尔人同化,但从来没有任何泰米尔人迁移到柬埔寨和泰国,对吧? 我想说这更像是大约 2000 年前的印度教影响,它可能是通过马来西亚/印度尼西亚到达的。
回到“Asia2”,我越看越不清楚它是从南亚迁移到东亚的。 至少孟加拉语和马来西亚-印度的菌株似乎来自一个完全东南亚的子树。 至少“Asia2”单倍群的菌株在东南亚合并并(返回-?)从那里迁移到孟加拉并非不可能。
无论如何,这不是你在标题中所说的人类交往的故事,而是人类共享膳食的故事,其中大部分从未如此亲密,也许是共用厕所。
性交不仅仅意味着性,伙计:
http://dictionary.reference.com/browse/intercourse
早期的文化影响似乎特别是南印度(关于雕塑技术和印度教或佛教教派)。 唯一对东南亚产生影响的印度军事力量是泰米尔国家的乔拉。
拉齐布,这离题太远了,但半西格玛走上了一条奇怪的切线,他否认了耶稣的历史性。 半西格玛基本上承认他对第二圣殿犹太教或关于耶稣的现代学术几乎一无所知(他的大部分论点似乎都来自 RG Price),我想知道你是否愿意推荐一些合适的书籍对于外行?
今天的南越人中有多少是采用越南文化和语言的占族人的后裔? 或者,事实上,早期的南越占族定居点主要是遗传或文化接管?
如果我们有数据,这些问题很容易回答。 1000 个基因组现在正在从胡志明市收集样本。 如果有子结构,我们应该在那里看到它。
我想知道您是否愿意推荐一些适合外行的合适书籍?
嗯。 已经很久了。 你的意图是什么? 有很多书。 通过电子邮件、推特或 FB 与我联系以进行跟进
菲律宾现存最早的文字是“拉古纳铜版铭文”,其中显示了相当多的梵文借词,可追溯到公元 900 年左右。 所以我对孟加拉语菌株与西班牙菌株一起出现并不感到惊讶。 奇怪的是,没有出现东亚菌株,尤其是在过去 300 年中也有大量来自中国的移民流入。
#9,自然选择。
这是题外话,但由于您之前已经关注过这个故事,您可能会对 马克豪瑟的辞职.
trajan23,我找到了 耶稣警察 成为一个有趣的网站。
正如 Razib 最后所说,这是一个具有非常实际医疗益处的研究领域。 举一个具体的例子,至少可以追溯到 2 年前,肠道菌群一直是自闭症兴趣社区中一些感兴趣的话题。
@利未记,
完全同意!
我患有胃食管反流病,这是由幽门螺杆菌引起的——就像我直系亲属中的许多人一样。 自闭症特征在我的家庭中也很常见,我的母亲和兄弟都可能患有未确诊的阿斯伯格综合症,而我可能患有轻度症状,最近我 2.5 岁的儿子被诊断出患有 ASD 和 PDD-NOS。
任何联系肯定都会引起人们的兴趣,并且在具有不同本地 H. Pylori 菌株的地区,自闭症症状的任何差异也很普遍。
我怀疑就像过去两年对人类基因组来说意义重大一样,未来几年对于人类微生物菌群、肠道或其他方面的基因组以及它们与人类的共生关系和共同进化来说也将是巨大的!
@Trajan23,
我知道你的评论是切题的,但我有一份杰西弗斯的作品,他生活在所谓的耶稣时代,但没有提到他——所以我怀疑他不存在。 AFAIK 那个时代唯一存在的救世主类型人物是施洗者圣约翰,他是艾塞尼派。