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正如我之前所指出的,我女儿有一个家谱,其中所有相关系数为 0.25 的人都被 23andMe 基因分型。 这在很多方面都很方便。 以前,相关性是一种理论。 现在可以在基因组水平上确定相关性。 有时这会导致特殊的后果。 “在纸上”我女儿是 1/8 斯堪的纳维亚人。 或 12.5%。 但真正的期望值是 13.5%! (按每个外祖父母的贡献加权)。 尽管如此,这仍然是一个预期值。 我需要大量的斯堪的纳维亚人样本 当地 对遗传贡献做出真正准确的猜测。 类似地,虽然我的东亚人比例约为 15%,但我女儿看起来比你根据该值预期的更东亚人(即接近 8-8.5%;我运行她的基因型超过现在十几次)。 这可能是方法论的偏差,或者更可能只是我基因组的抽样错误(我在遗传的染色体中贡献了更多的东亚片段)。

无论如何,23andMe 有一个 “家族传承” 非常方便的功能。 它逐条染色体直观地说明了两个个体匹配基因组片段的程度。 大概这对于那些可能在这里和那里匹配一个片段的远房表亲很有用。 该方法不仅仅关注一个碱基对,A/C/G/T,而是着眼于染色体序列中碱基的相关性。 下面是每个人与我女儿的匹配的可视化,依次为:父亲、母亲、祖父、祖母、外祖父、外祖母、叔叔、叔叔、姑姑和叔叔。 不,我不知道为什么它在图中有一个 XY。 对于那些没有生物学背景的人,我希望这可以帮助了解孟德尔主义如何以具体方式表现出来。 如果你确实有生物学背景,你可以从这些匹配中推断出关于减数分裂过程的其他有趣信息。



(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
• 类别: 科学 •标签: 基因, 基因组学, 个人基因组学 
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  1. 那太酷了。 这让我希望我还在教授遗传学课程,这样我就可以和我的学生谈论这些图像。

  2. 她的 X 染色体 100% 来自 mgm,0% 来自 mgp,这不是很不寻常吗? 这东西大小超过200cM,但在导致幸运卵母细胞的减数分裂中一定有零重组?

  3. #2,嗯。 我想知道是否仅此一点就可以解释为什么她的基因更多地来自她的外祖母而不是祖父……

  4. 这太酷了。
    如果我没看错的话,我很惊讶与阿姨和叔叔的亲缘关系没有更多差异。 一直让我着迷的是,虽然我们与父母有 50% 的相同,但这仅适用于兄弟姐妹的平均水平,事实上,以 50% 的比例结束似乎不寻常,然后与另一个平均水平她仍然接近每个看起来像 25%。 唔。

  5. #4,你是对的。 她非常接近她的阿姨/叔叔的预期价值。 但随着她的祖父母变化更大(0.22 到 0.28)。 另外,您可能很想知道我的两个兄弟姐妹是 0.41。

  6. 不,我不知道为什么它在图中有一个 XY。

    它可能只是男女通用的软件。 它确实说“信息不足”😉

    至于 X 染色体,我想知道过程/软件是否甚至可以区分它们中的两个,或者只是简单地将两个 100% 匹配分配给单个 X 的两个图,每个。

    还有,这些又是在哪里重组的呢? 难道他们不希望保持完整吗?

  7. 它可能只是男女通用的软件。

    是的。 我认为劳动时间不值得。 大多数人对常染色体都可以。

    另外,这些在哪里可以重新组合

    女性有两个副本。 一份来自妈妈,一份来自爸爸。 所以这些可以重新组合。 男的不行。

    我认为该算法并未在 x 上执行。

  8. 女性有两个副本。 一份来自妈妈,一份来自爸爸。 所以这些可以重新组合。 男的不行。

    是的当然。 我猜我的一些脑细胞暂时转向了极端的男性沙文主义。

  9. 23 的算法采用 X 值,甚至对比较人类的性别进行特定修正(比如她的匹配块长度阈值必须更长才能与其他女性匹配)。 但是在常规英语关系术语中考虑可能的重组数量几乎是不可能的。 该算法必须推断图中有多少女性和男性链接。

    我认为X对于历史家谱来说真的很酷,因为男性祖先不存在继承方向的问题,所以即使X上信息量相对较少的种族标记也应该更容易放入适当的历史和家谱背景。 唉,23andMe 在其 Ancestry Labs 中不使用 HGDP 数据,而流行的染色体绘制实用程序(例如 DYIDodecad)甚至根本不看 X。

    顺便说一句,您的谱系中有这么多节点,您应该能够很好地对基因型进行定相并绘制重组图吗?

  10. 正常的交叉率是多少? 在我看来,每个染色体的比率约为一次。 那是对的吗? 还是有限数据的产物? 但母亲似乎有两倍的比率。 这是减数分裂实例之间的正常变化吗? 人与人之间?

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