走出非洲和走出西伯利亚
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最新版本 美国人类遗传学杂志 有两篇论文使用“老式的”单亲标记来分别追踪人类从非洲和西伯利亚的移民。 我说过时是因为这些技术的新颖性最高是在大约10年前，在密集的常染色体SNP标记分析之前，更不用说全基因组测序了。 但是，从母系传下来的mtDNA和从父辈传给儿子的Y染色体仍然有用。 大概来说，它们很有用，因为经过将近20年的调查，这些标记集的数据集现在如此之大。 从技术上讲，因为基因组的这两个区域不重组，因此它们很适合作为树的系统进化树。 最后，尤其是mtDNA特别适合通过分子时钟方法进行估计（它具有较高的突变率区域，因此您可以在给定数目的碱基对上采样更大范围的变异；可以使用STR，它们可以快速突变） ，适用于Y染色体，但在约会中似乎有很多争议）。
这些文件是 阿拉伯摇篮：从非洲南部路线出发的线粒体遗迹 和 线粒体DNA和Y染色体变异为美国原住民和土著阿尔塔人之间最近的共同祖先提供了证据. 二烯 已经对第一篇论文发表了评论。 我也不打算在这两个方面采取任何详细的立场， 但我必须补充一点，我们需要 非常 谨慎地从母系或父系进行推论，并假设人口流动率足够低，我们就可以从现在开始对过去进行系统推断。 例如，如果您将整个mtDNA南亚人与东亚人而不是欧洲人紧密地联系在一起，而如果您查看Y染色体，就会发现相反的情况。 整个基因组的情况更加复杂。 此外，欧亚大陆北部的古代DNA分析显示，过去和现在的人口之间存在很大的不连续性。 因此，在两个不同地区的两个不同血统之间回到最后一个共同祖先的合并实际上可能是由于最近一个共同来源人口的多样性所致，从而导致人口膨胀并取代了其他群体。
如果你需要论文， 给我发电子邮件。 你们中有些人比我更了解单倍群的字母汤。 以下是我认为给出最高结果的两个数字。
（从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可）
关注@razibkhan 
正如我认为你注意到的，问题在于今天的基因可能无法清楚地告诉你过去谁住在哪里，认为它确实会导致惊人的错误。 此外，您只能从幸存者身上抽取血液，这些幸存者可能与过去生活在特定地区的人口没有那么密切的关系。 现代人类主要人口更替的证据开始堆积。
Reich, D. 等人的一个有趣的方法论特征。 “重建印度人口历史”（doi:10.1038/nature08365）如下：
“将等位基因频率差异拟合到历史模型的想法首先由 Cavalli-Sforza 和 Edwards [35] 探索，在这里我们将其扩展到混合树。 这种方法与 STRUCTURE 算法形成对比，后者适合没有树 [36] 的数据，或者许多组同时从祖先种群中分裂出来的树 [37]。 尽管 STRUCTURE 在估计最近混合群体中的个体混合比例方面是准确的，但尚不清楚它对古代混合的估计是否有偏差，因为它没有对群体之间的层次关系进行建模，这可能导致对祖先种群中等位基因频率的估计不准确。 相比之下，我们使用更真实的树模型，并提供拟合测试。”
研究的补充说明 3 和 4 充实了这个想法。 在我看来，系统发育树产生了可证明的系统发育推论。 我的2c。
很难说美国原住民报纸上发生了什么。
先前的 Y-DNA 和 mtDNA 研究表明，有一些 Y-DNA 系统发育（例如 Q-M3 及其后代）和一些主要的 mtDNA 单倍群（A2、B2、C1b、C1c、C1d 和 D1）非常古老且遍布美洲。
还有其他 Y-DNA 和 mtDNA 单倍群，主要仅在某些北美群体中发现（Y-DNA Q-M242 (xM3)、R1 -M127、C3b、mtDNA X2a、D2a1、A2a.A2b）似乎是可追踪的到后来的迁移（R1-M127 没有出现在第一波早期美洲原住民迁移中或系列创始人效应的一部分的情况尚不清楚）。 Na-Dene 和环极种群往往有很多非典型性，北美东北部种群富含 Y-DNA R1 -M127 和 mtDNA X2a，但不一定是其他一些非典型的新世界 Y-DNA 单倍群，如 Q-M242 (xQ-M3 ) 和 C3b 对 Na-Dene 和环极种群非常特殊。 有时被称为 R1* 的美国本土形式的 R1 在 R1a 诉 R1b 决裂之前分裂，并且还与印度尼西亚和菲律宾有关（争论它存在于第一波不尊重人口中，随后随着人口的分散而产生系列创始人效应， R1* 在南美洲土著人中的存在也是如此）。
最近日期 Na-Dene 和环极 Q-M242(xQ-M3) 种群与南阿尔泰种群之间的联系是有意义的，并且可以通过改进的 Y-DNA 单倍群 Q (Q-M3基本上是一个私人的美国单倍群，因此西伯利亚的新系统发育应该对它产生很大影响以显示联系）。 所有美洲原住民通过 Q-M3 和南阿尔泰人口之间的联系在系谱突变率上没有多大意义，系谱突变率往往更准确地校准到历史日期（尽管整个 Y-DNA 测年方案从根本上是有问题的），但可能适合进化论日期。
你好 ohwilleke，
你能澄清一下你之前的评论吗？
谢谢。