RA费舍尔

但是，从完成这种近乎形而上学的一般性转变为完成更多的动态科学之后，由于基因组革命，今天我们面临着序列数据激增的问题。 这对我们对进化的理解有什么关系？ 进化遗传学家的许多原始论据，例如 费舍尔 和 塞沃尔·赖特（Sewall Wright） 根据一些基因的遗传模式进行推断，这些基因很容易被它们的识别 表型标记。 但是，更可能发生争议的框架是推论 纯粹是理论上的，以最小程度的经验混乱进行干预。 相比之下，今天我们生活在一个这样的时代，如果您没有一个很好地组装的生物基因组（大约数十亿个哺乳动物碱基对），那么有人可能会怜悯您，因此必须使用SNP标记 几千个数据 每个人！

这些新数据首先来自人类，这是因为 生物医学科学，激发了 方法开发 利用现在被发现的遗传变异的丰富性。 考虑 台积电，这使人们可以通过调查单个个体内的杂合性模式来从一个基因组进行人口历史人口统计学推断。 上周我 审查了预印本 这说明了广泛的数据分析在着色和完善以前的结果方面的强大功能，从表面上看似乎很简单。 重新制定的公式使得自然选择成为过去约100,000年人类进化中普遍存在的参数的可能性。 作者比较了不同类别碱基的变异（同义与非同义）跨基因组，以强化旧的直觉并提取新的见解。

引文： Voight、Benjamin F. 等。 “人类基因组中最近的正选择图。” PLoS 生物学 4.3 (2006): e72.?

查看同义词与非同义词之间的区别 换人 是一个 久经考验 技术和良好的血统书，但是最近 单倍型 基于的方法 检测自然选择 由于出现了 全基因组密集标记集。 这些允许推断跨相邻基因组区段的标志物的相关模式。 这种趋向单倍型方法的趋势自然触发了它们的对立面，并且在一定程度上可以从两篇论文中看到合成的结果，Grossman等人， 多种信号的组合区分正选择区域的因果变量及 识别大规模基因组数据中的最新适应性。 这些是对先前工作的改进，已经进行了重新评估 开始发生 大量的基因组方法用于检测人群中普遍存在的选择之后，在文献中有许多报道。 更具体地说，较新的技术集中在最近的选择性事件上，这些事件使基因组中的长基因块留在了同质的种群中。 由于正向选择导致因果标记的频率迅速增加，因此它们沿着区域中的侧翼区域拖动 扫描 事件。 在最初的选择事件后的许多世代中，这些侧翼区域将产生 连锁不平衡作为 重组 只能缓慢地分解各个基因座之间的关联。 但是这些方法的主要缺点是选择不是唯一导致长单倍型和连锁不平衡的动态现象。 更具体地说，人口统计的随机性，通俗地说是人口历史的变迁，也可以产生长而均匀的标记块。 像这样的统计量产生的初始候选区域 卫生系统 被特定人群历史的影响所饱和。

CMS，首次亮相 Grossman等。 2010年，是在保留基于单倍型方法的功能的同时纠正此错误的尝试。 基因组内的自然选择在操作上留下了更多的证据，而不仅仅是长的染色体型块和连锁不平衡。 选定的等位基因之间的群体差异通常比基因组的平均区域更大（即更高）。 F _st）。 此外，高频率隔离在一个人群中的新衍生等位基因通常是近期适应的一个标志性标记，例如 从头 特定位置的突变被证明是有益的。 通过结合检验跨基因座（即基于单倍型的方法），基因座内和跨群体的变异模式的测试（F _st 基于CMS的方法），而CMS通过使用多种工具进行交叉检查将一些精确的狭窄候选者归零。 除了误报外，依靠单个粗略测试的另一个主要问题是它们通常会突出显示较大的 地区 作为自然选择的目标。 当您拥有数十个潜在的基因和数百万个碱基时，这并不一定需要进行简单的随访。

第二篇论文， Grossman等。 2013年，它不是全基因组变异图，而是全基因组变异扫描图，旨在选择选择目标进行更详细的分析。 人类数据集不足为奇 与突出的物理特征（例如身高和色素沉着，新陈代谢和免疫反应）有关的基因座在候选列表中很高。 不管是假阳性的真正问题，似乎人类的近代进化（坦率地说，进化更普遍）似乎都固守了这些特征，这并非双关语。 我确实想知道有时这是否仅仅是我们人类注意到外部表型以及疾病相关标记（例如，代谢性疾病和免疫性疾病）这一事实的特征。 第二篇论文中的主要关注点之一是，没有表型的选择签名通常没有效用，但表型可能缺乏效用，因为人类对所关注的性状视而不见。 我仍然对围绕选择的确切目标的解释持怀疑态度。 雷达 座位 在东亚人是。

的两个等位基因 SLC24A5, 引文： 诺顿，希瑟 L.，等。 “欧洲人和东亚人浅色皮肤趋同进化的遗传证据。” 分子生物学与进化 24.3 (2007): 710-722.?

Grossman等人的CMS比较有趣的结果之一。 2013年是与麻风病抗药性最强关联的位点 SLC24A5。 该基因座中的等位基因在欧洲人和撒哈拉以南非洲人之间的频率几乎不相交。 我的意思是，几乎所有非洲人都有一个基地，而几乎所有欧洲人都关心另一个基地。 在欧洲人中发现的等位基因在西亚占主导地位，并以高达约50％的频率出现在南，东，斯里兰卡。 这是一个基因 著名 与人类和斑马鱼的肤色较浅有关。 然而，仍然有一个谜团，即它以极高的频率出现在偏南的地方，对于皮肤浅色的人来说，这当然不是必要条件。 在撒哈拉以南非洲常见的祖传变体中，东亚人几乎是固定的。 可能的解释是，由于最近针对特定疾病的选择力非常强，这些类型的显着表型基因座已经重塑。 如果这是正确的，那么我们发现在人类中显着的表型特征可能就是 多效的 选择性扫除的副作用依赖于抗病性。

我不是在这里提议 基因组学可以解决和解释进化。 继承人 of GG辛普森 可能对此有话要说。 相反，我建议 在我们的一生中，遗传难题永远不会缺少任何程度的数据。 我的直觉是，当我们在成千上万的生物体上拥有成千上万个高质量的完整基因组时，许多进化遗传问题都会解决。 化石在不久的将来不会有意外的收获，因此，人类学将不得不继续在相对受数据限制的环境中进行。 对于那些在进化遗传学和基因组学领域工作的人来说，责任在于人类的创造力，分析能力和精明。 认真思考棘手的问题，而不是花大量时间在长凳上以收集更多数据。