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左图是从休斯敦的古吉拉特人和丹佛的中文生成的主要成分1、2和3的三维表示。 当这两个人口聚集在一起时，中国人形成了一个非常同质的群体。 它们在遗传变异的三个主要解释维度上相差不大。 相比之下，古吉拉特人 do 各不相同。 这不足为奇。 在补充 重建印度人口史 值得注意的是，古吉拉特人确实倾向于在PCA中陷入两个截然不同的集群。 当您处理HapMap Gujarati数据集时，您会一遍又一遍地发现这一发现。 实际上，没有两个等效的集群。 相反，有一个“紧密”集群，从现在开始，我将在数据集中将其标记为“ Gujarati_B”，另一个集群“ Gujarati_A”，实际上仅由Gujarati_B集群之外的所有个人组成。 即使与其他相比 南亚 人口这两个不同的类别在HapMap古吉拉特人中仍然存在。
扎克已经 确定了两个集群之间的主要区别： 古吉拉特邦（Gujarat_A）的某些人拥有更多的“西欧亚”血统。 为了将来对此更加正式，我只是根据合并数据集中的个人，根据其在前两台PC中的位置，将其分配到两个古吉拉特语群集中的一个。 昨天晚上，我以2个SNP运行ADMIXTURE K = 10到75,000。 我还删除了美国原住民组织，并从HapMap中添加了更多的欧洲和东亚样本。 以下是K = 4时的一些人口：
让我们深入到个人层面。 这里有古吉拉特人，信德人，还有我的父母（孟加拉人）。 我按“欧洲”和“南亚”组成部分（分别是浅蓝色和绿色）分类，而在巴布亚语中是紫色，在东亚人中是红色。
ADMIXTURE图与PCA完全对齐。 在PCA中，Gujarati_A展示了与欧洲集群的距离谱，而在ADMIXTURE中，您看到了相同的距离。 相反，Gujarati_B相对统一。 发生什么了？ 我将在发布类似的内容 棕褐色叛变即将推出。 但是我的猜测是Gujarati_B是以下内容的子集 帕特尔。 换句话说，它们在基因上是不同的 加提。 我怀疑Gujarati_A是来自许多不同群体的更多样化的群体 贾蒂斯.
这有关系吗？ 我相信是的。 If 古吉拉特语_B是古吉拉特语的一个子集，是一个独特的民族社会群体，因此它们可能不像古吉拉特语_A那样好地代表南亚医学遗传学。 更具体地说，古吉拉特语（Gujarati_B）可能是频率较高的稀有疾病等位基因，因为它们是近交氏族。 相反，虽然古吉拉特语_A可能表现出南亚内婚制的所有特征，但如果它们数量更多， 不同 组，那么他们将拥有各种不同的稀有等位基因。 他们有的 共同点 可能更一般地说是南亚。
/左图为三维表示/
它不是。它是二维表示。基本上我们得到 PC1+0.8*PC2 和 PC3+0.2*PC2。您可以使用点大小、颜色（色调、饱和度、亮度……）、到地平面的线（正如我在星系位置图中看到的那样）或其他模拟三维的方式。我个人认为双视图，例如（PC1，PC2）和（PC1，PC3）并排，将是一个很好的表达方式，有点像地板和立面建筑图，或多视图正交技术图投影（http://en.wikipedia.org/wiki/Multiview_orthographic_projection).
通过一些训练，也许有人可以学会查看正确标记的 (PC1, PC2) 和 (PC3, PC4) 并将其可视化，就好像它是一部 3D 电影一样。
我相信在管理基因组信息中的大量维度方面还有很多工作要做……基本世界（PC1，PC2）图看起来很像旋转了几度。我有一种强烈的预感，这意味着什么。
谢什。忘记在第一篇文章的前两个短语周围放置 [smartass on]/[smartass off] 标志……🙂
（也许它是您电脑屏幕上的三维表示。您有一台精美的新型 3D 笔记本电脑吗？）
HapMap 项目是否有扩大样本群体的计划？
#3，向下翻页： http://www.1000genomes.org/about
我希望/假设大部分数据将在网上发布。
到地平面的线（正如我在星系位置图中看到的那样）
是的。我以前做过这个……