为了纪念 1000 Genomes 论文的发布,这里有 系谱文件 2,500 1000 Genomes 样本。 290,000 个 SNP 与 HGDP 和其他公共 SNP 芯片数据集重叠。 .fam 具有人口 ID。 对于它的工作,我只是使用 链接 2 从 VCF 格式转换。
1) 图 200,000 中大约 2 万年的黄色带与其他颜色分开意味着什么?两个不同的群体?非洲人和非非洲人?
2) 非洲以外“变异站点”增加的唯一解释是吗?还有哪些其他假设?与另一个具有大量变异位点的原始人谱系混合怎么样?极其古老的血统?
我要抛弃这样的观点:大约 200,000 万年前,人类谱系与另一个原始人类谱系混合,创造了非洲谱系,其结果是人口较少(非洲人)。
进入非洲和离开非洲一样容易。
您想在这个帖子上发帖吗?
我要抛弃人类血统与另一个原始人血统混合以创造约 200,000 万年前的非洲血统
现代人类与尼安德特人之间的分离时间约为 1 万年前,因此在您的场景中,我们预计非洲人和非非洲人之间的差异约为尼安德特人与非非洲人之间差异的 1/5。不是,它比这个低得多(参见 http://dienekes.blogspot.com.au/2012/03/neandertaldenisovan-admixture-using-pca.html).
在全人类范围内,非洲人实际上与非非洲人相同……只有当我们单独放大智人时,我们才能看到任何显着差异。如果非洲人有一些尚未发现的非智人混合物(而且很可能确实如此),那么它的数量不会很大,很可能<10%左右,就像我们在非智人中看到的尼安德特人/丹尼索瓦人混合物一样。非洲人。
回复:@Razib Khan、@Tobus
感谢这项工作。我想添加一些关于该组中可能有用的欧洲人的区域数据和结构相关信息(不幸的是,并非所有样本都提供前者)。
四个GBR样本(HG00103-HG00106)是来自阿盖尔的苏格兰人,他们应该与其他样本略有不同。
FIN 样本显示了清晰的种群结构,可以使用 PCA 过滤为区域组,来自基因组博主的示例如下: http://terheninenmaa.blogspot.com/2015/09/dstat-reveals-genetic-distances.html “使用 PCA 从 1000 个基因组数据中分三个步骤过滤西芬兰人:1)删除 20 个最西端的样本,以排除可能的芬兰瑞典人,2)将其余 80 个样本分为东部和西部群体”
两个 IBS 样本(HG01694 和 HG01695)来自加那利群岛,并且明显不同。该集中还有 01515 个 Pais Vasco 样本,其与巴斯克语的聚类程度高于西班牙语:HG01516,01518,01519,01521,01522,01700,01702、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX。
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1) 图 200,000 中大约 2 万年的黄色带与其他颜色分开意味着什么?两个不同的群体?非洲人和非非洲人?
2) 非洲以外“变异站点”增加的唯一解释是吗?还有哪些其他假设?与另一个具有大量变异位点的原始人谱系混合怎么样?极其古老的血统?
我要抛弃这样的观点:大约 200,000 万年前,人类谱系与另一个原始人类谱系混合,创造了非洲谱系,其结果是人口较少(非洲人)。
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我要抛弃人类血统与另一个原始人血统混合以创造约 200,000 万年前的非洲血统
现代人类与尼安德特人之间的分离时间约为 1 万年前,因此在您的场景中,我们预计非洲人和非非洲人之间的差异约为尼安德特人与非非洲人之间差异的 1/5。不是,它比这个低得多(参见 http://dienekes.blogspot.com.au/2012/03/neandertaldenisovan-admixture-using-pca.html).
在全人类范围内,非洲人实际上与非非洲人相同……只有当我们单独放大智人时,我们才能看到任何显着差异。如果非洲人有一些尚未发现的非智人混合物(而且很可能确实如此),那么它的数量不会很大,很可能<10%左右,就像我们在非智人中看到的尼安德特人/丹尼索瓦人混合物一样。非洲人。
2) 非洲以外“变异站点”增加的唯一解释是吗?还有哪些其他假设?与另一个具有大量变异位点的原始人谱系混合怎么样?极其古老的血统?
我要抛弃这样的观点:大约 200,000 万年前,人类谱系与另一个原始人类谱系混合,创造了非洲谱系,其结果是人口较少(非洲人)。
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2) 非洲以外“变异站点”增加的唯一解释是吗?还有哪些其他假设?与另一个具有大量变异位点的原始人谱系混合怎么样?极其古老的血统?
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我要抛弃人类血统与另一个原始人血统混合以创造约 200,000 万年前的非洲血统
现代人类与尼安德特人之间的分离时间约为 1 万年前,因此在您的场景中,我们预计非洲人和非非洲人之间的差异约为尼安德特人与非非洲人之间差异的 1/5。不是,它比这个低得多(参见 http://dienekes.blogspot.com.au/2012/03/neandertaldenisovan-admixture-using-pca.html).
在全人类范围内,非洲人实际上与非非洲人相同……只有当我们单独放大智人时,我们才能看到任何显着差异。如果非洲人有一些尚未发现的非智人混合物(而且很可能确实如此),那么它的数量不会很大,很可能<10%左右,就像我们在非智人中看到的尼安德特人/丹尼索瓦人混合物一样。非洲人。
感谢这项工作。我想添加一些关于该组中可能有用的欧洲人的区域数据和结构相关信息(不幸的是,并非所有样本都提供前者)。
四个GBR样本(HG00103-HG00106)是来自阿盖尔的苏格兰人,他们应该与其他样本略有不同。
FIN 样本显示了清晰的种群结构,可以使用 PCA 过滤为区域组,来自基因组博主的示例如下:
http://terheninenmaa.blogspot.com/2015/09/dstat-reveals-genetic-distances.html
“使用 PCA 从 1000 个基因组数据中分三个步骤过滤西芬兰人:1)删除 20 个最西端的样本,以排除可能的芬兰瑞典人,2)将其余 80 个样本分为东部和西部群体”
两个 IBS 样本(HG01694 和 HG01695)来自加那利群岛,并且明显不同。该集中还有 01515 个 Pais Vasco 样本,其与巴斯克语的聚类程度高于西班牙语:HG01516,01518,01519,01521,01522,01700,01702、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX。