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100,000 个 SNP 上的 TreeMix，迁移参数 = 5？
当我读 黎凡特的全基因组多样性揭示了文化的最新结构 in PLoS遗传学 上周，我的想法之一是“树在哪里”？ 幸运的是所有数据都是 在线，所以我简单地跑了 混合树 就可以了。 经过多次运行，我知道也许不知道为什么没有人强调一棵树。 尽管可以概括出本文的基本推论，但我所能说的并没有提供太多有用的信息。 您可以从我的TreeMix运行之一在上图中看到结果。 总体而言，本文强调的是 现代中东地区跨种族宗教界限的鲜明遗传差异，混淆了使用地理来预测变异的尝试。
Umayyad哈里发吗？
有两种尺度可以将动力学归类，这可能是造成这种情况的原因。 首先，中东地区长期以来一直是现在，以近亲结婚为特征，这可能会在较短的空间尺度上增加遗传距离。 这可能是具有历史地位的。 回想一下，《希伯来圣经》中有许多表亲婚姻的例子，其中最重要的是雅各布*与他的表亲拉结和利亚的婚姻（雅各布是以色列部落的祖先）。 然而，当代中东社会的一个主要特征是 表亲结婚，兄弟后代的婚姻。 这种文化模式尤其与伊斯兰教有关，它使阿拉伯半岛的闪族人中存在的许多习俗得以编纂和扩展。
其次，存在伊斯兰教兴起的问题，以及表现出内婚制的广泛悔社区的结晶。 我的意思是，伊斯兰化进程伴随着一定程度的婚姻隔离，人们对其隔离的重要性进行了适度的辩论。 主要的分歧是关于阿拉伯半岛的新移民与当地人口之间通婚的程度的争论，而不是当地精英的conversion依和种族身份的转变。 伊斯兰教的崛起不仅带来了一系列新颖的内婚制社区，而且在阿拉伯世界之外的非穆斯林人口与早期穆斯林帝国的庞大规模所带来的人口流动隔离开来。 回想一下，八月初的Umayyads霸权从大西洋延伸到了中亚！
人类的主要后果 伊斯兰教徒 涌入了各种奴隶的核心穆斯林土地。 这沉淀了 扎尼叛乱。 但是那场灾难性事件并没有阻止伊斯兰世界的人类贸易，这种贸易一直持续到20世纪。 重要的是，一定不要忘记，穆斯林世界中的奴隶是多种族的群体（尽管出于各种原因，黑人非洲人及其后裔特别被污蔑为奴隶，并且仍然如此），东方的土耳其人和印第安人，北方的高加索人和来自西方的欧洲人，以及来自南方的非洲人。 所有这些背后的关键因素是，奴隶来自非穆斯林国家，最初不是穆斯林。 并且，出于社会和经济考虑 希姆米斯，无论是各种派别的基督徒，犹太人，萨比亚人，琐罗亚斯德教徒，以及其他各种晦涩的民族宗教少数群体（例如， 曼达恩斯 和 雅兹迪）被排除在这个国际贸易和移民世界的主流之外。
以上论文的作者证实的是 黎巴嫩基督徒，穆斯林和德鲁兹人在基因上非常不同。 地理区域无法预测其聚类。 几乎可以肯定，其中大部分是直接的混合物。 TreeMix图显示了非洲血统在穆斯林中东群体中的影响。 使用 其他数据 我已经提出，沃土新月的许多非穆斯林人口反映了阿拉伯人征服之时的现存变化。 这些人口不仅不受制于胜利的阿拉伯人，而且不受移民或被带到穆斯林世界中心的不同人口的基因流的影响。
一方面 PLoS遗传学 本文是他们使用ADMIXTURE来探索两个祖先集群之间的关系，这些祖先集群被称为“黎凡特”和“中东”，其北部和南部地理区域集中在近东。 这些是那些谁熟悉的 阅读基因组博客. 黎凡特成分可能是普遍存在的“西亚”元素（暗示其与欧洲祖先群的紧密联系），而中东通常被标记为“南阿拉伯”。 在ADMIXTURE中，中东/南阿拉伯元素通常是埃塞俄比亚人中存在的欧亚成分。 要考虑的一个主要问题是中东/南阿拉伯人本身是否是复合物，因为已经发现是“印度/南亚”人。 这可以解释其与其他西欧亚元素的遗传距离。 可能这只是土著人口与北方新来农民之间的综合。 然后，这个混血人口在历史的某个时候经历了自己的人口膨胀，甚至随着伊斯兰教的兴起而与北部的“父母”混为一谈。
这里需要的是更多的数据，而不是更优雅，更强大的方法。 中东的具有种族宗教信仰的少数民族是令人着迷的文化多样性和遗传多样性的宝库。 尤其值得探讨的是，伊朗的琐罗亚斯德教徒与其他波斯人之间以及科普特人与穆斯林埃及人之间的差异。 由于遗传上的亲密关系，要评估阿拉伯人对中东人口的贡献并不总是那么容易，但是在某些时候我们会有更好的认识，我的预测是，在伊朗，阿拉伯人的贡献很小，但在埃及却微不足道。为何后者进行了语言转换而前者没有进行语言转换。
引文： Haber M，Gauguier D，Youhanna S，Patterson N，Moorjani P等。 （2013年）黎凡特的基因组范围内的多样性揭示了文化的最新结构。 PLoS Genet 9（2）：e1003316。 doi：10.1371 / journal.pgen.1003316
*雅各的父母也有亲戚关系，以撒的妻子是堂兄的女儿。
我想查看其他一些人群的信息。
1. 我希望阿拉维派表现出与德鲁兹派相似的背景。 尽管转变为阿拉维派并非不可能，但直到上个世纪，该群体还是相当农村的，并且相对于伊斯兰奴隶贸易而言是孤立的。 他们传统上有相当异端的做法，这表明他们是一个采用伊斯兰教外衣的诺斯替基督教团体。
2. 叙利亚基督徒也很有趣。 大多数人生活在远离海岸的地方，但据推测，长期以来也一直处于生殖隔离状态。 如果他们与黎巴嫩基督徒非常接近，则可能会降低十字军东征期间流入黎巴嫩基督徒的大量基因。 然而，两者可能共享一个希腊化的基底。
3. 我也很想看看曼迪斯人和伊拉克人的基因组。 或者地狱，Yezidis 与普通库尔德人。 库尔德人与撒哈拉以南地区的基因流相对隔离，但雅兹迪人应该表现出更“纯粹”的背景。
4. 另一方面，现代南阿拉伯语言的使用者会很有趣。 尽管他们是穆斯林，但他们保留了他们的旧语言，以及相当的孤立，这表明近东人和撒哈拉以南非洲人的遗传影响将小于也门和阿曼的其他人群，如果不低于整个半岛的阿拉伯人的话。
从文化角度来看，我希望在阿拉维派中看到中亚突厥人的混合体，这可能与德鲁兹人的完全不同。 阿拉维派历史上出现在该地区伊斯兰教之后的几个世纪。
回复：@Razib Khan、@Karl Zimmerman
巴勒斯坦基督徒呢？ 似乎是一个重要的输入集。 我知道他们似乎因与巴勒斯坦穆斯林相比的单亲标记而有所不同（E-M34 和 J-M172 的相对过剩以及 J-P58 的不足）。
IIRC 大量巴勒斯坦人，特别是在纳布卢斯，被认为具有撒玛利亚血统。 看看这在遗传研究中是否成立会很有趣。
回复：@Joshua Lipson
我认为对 J-P58 系统发育结构的进一步研究也将产生有关该地区过去的有趣结果。
我无法从论文中辨别出十字军国家是否存在明显的遗传遗产。 有没有人对此有任何想法？
我可以在监督混合或树混合中使用法国样本进行一些运行。
1. 我希望阿拉维派表现出与德鲁兹派相似的背景。 尽管转变为阿拉维派并非不可能，但直到上个世纪，该群体还是相当农村的，并且相对于伊斯兰奴隶贸易而言是孤立的。 他们传统上有相当异端的做法，这表明他们是一个采用伊斯兰教外衣的诺斯替基督教团体。
2. 叙利亚基督徒也很有趣。 大多数人生活在远离海岸的地方，但据推测，长期以来也一直处于生殖隔离状态。 如果他们与黎巴嫩基督徒非常接近，则可能会降低十字军东征期间流入黎巴嫩基督徒的大量基因。 然而，两者可能共享一个希腊化的基底。
3. 我也很想看看曼迪斯人和伊拉克人的基因组。 或者地狱，Yezidis 与普通库尔德人。 库尔德人与撒哈拉以南地区的基因流相对隔离，但雅兹迪人应该表现出更“纯粹”的背景。
4. 另一方面，现代南阿拉伯语言的使用者会很有趣。 尽管他们是穆斯林，但他们保留了他们的旧语言，以及相当的孤立，这表明近东人和撒哈拉以南非洲人的遗传影响将小于也门和阿曼的其他人群，如果不低于整个半岛的阿拉伯人的话。
回复：@ohwilleke
从文化角度来看，我希望在阿拉维派中看到中亚突厥人的混合体，这可能与德鲁兹人的完全不同。 阿拉维派历史上出现在该地区伊斯兰教之后的几个世纪。
德鲁兹人也是后伊斯兰主义者。 尽管这是一个有趣的观点：土耳其人，因为 alevi 土耳其人和库尔德人来自东安纳托利亚和北黎凡特的相同社会宗教环境。
我知道阿拉维土耳其人和阿拉维阿拉伯人对正统什叶派的解释相对相似，但根据我对阿拉维派起源的了解，没有突厥成分——早期的什叶派运动在该地区占据主导地位，并将现有的（大概是基督教）人口。 Alevi 身份仅在 13 世纪形成——在阿拉维派信仰形成几个世纪之后——它跨越了土耳其人和库尔德人。 除非你在谈论两个群体之间最近的基因流动，否则我不确定你在说什么。
回复：@Razib Khan
我可以在监督混合或树混合中使用法国样本进行一些运行。
从文化角度来看，我希望在阿拉维派中看到中亚突厥人的混合体，这可能与德鲁兹人的完全不同。 阿拉维派历史上出现在该地区伊斯兰教之后的几个世纪。
回复：@Razib Khan、@Karl Zimmerman
德鲁兹人也是后伊斯兰主义者。 尽管这是一个有趣的观点：土耳其人，因为 alevi 土耳其人和库尔德人来自东安纳托利亚和北黎凡特的相同社会宗教环境。
从文化角度来看，我希望在阿拉维派中看到中亚突厥人的混合体，这可能与德鲁兹人的完全不同。 阿拉维派历史上出现在该地区伊斯兰教之后的几个世纪。
回复：@Razib Khan、@Karl Zimmerman
我知道阿拉维土耳其人和阿拉维阿拉伯人对正统什叶派的解释相对相似，但根据我对阿拉维派起源的了解，没有突厥成分——早期的什叶派运动在该地区占据主导地位，并将现有的（大概是基督教）人口。 Alevi 身份仅在 13 世纪形成——在阿拉维派信仰形成几个世纪之后——它跨越了土耳其人和库尔德人。 除非你在谈论两个群体之间最近的基因流动，否则我不确定你在说什么。
回复：@Karl Zimmerman，@GuestOfGuests
IIRC 大量巴勒斯坦人，特别是在纳布卢斯，被认为具有撒玛利亚血统。 看看这在遗传研究中是否成立会很有趣。
它应该在最近的记忆中。 就其价值而言，Nabulsis 的特征似乎比一般的巴勒斯坦人要轻得多。
IIRC 大量巴勒斯坦人，特别是在纳布卢斯，被认为具有撒玛利亚血统。 看看这在遗传研究中是否成立会很有趣。
回复：@Joshua Lipson
它应该在最近的记忆中。 就其价值而言，Nabulsis 的特征似乎比一般的巴勒斯坦人要轻得多。
在这项研究中让我感到惊讶的是，德系犹太人在黎凡特地区的聚集程度几乎与塞法迪人一样牢固……让我想起了 Bray 等人 2010 年的一些内容：
“如果真正的犹太祖先在基因上比中东人更接近欧洲人，我们的计算将高估混合水平”
看起来混合水平确实被高估了，巴勒斯坦人绝不是衡量犹太人混合水平的良好代表......事情的发展方式，看起来我们需要古老的黎凡特 aDNA。
回复：@Karl Zimmerman，@GuestOfGuests
我认为对 J-P58 系统发育结构的进一步研究也将产生关于该地区过去的有趣结果。