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克里斯托弗·哥伦布？
几年前 有一个小的争议 当一些进化的基因组学家报道说，他们通过重新组合保存在现代人群中很久以来保存下来的片段，重建了波多黎各已灭绝的塔伊诺人的基因组。 争议与以下事实有关：今天有些人声称自己是 泰诺，因此，他们不是绝种。 尽管该争议最终结束了，但这些方法仍然存在，并继续得到使用。 现在，一些带给您的人一起创造了一些工作，这些工作使用基因组学重建了加勒比海和内地的近期人口历史。 更好的是，它是完全开放的访问权限，因为它位于arXiv上， 重建加勒比地区的人口遗传史 （请参阅 Haldane's Sieve的评论 以及，由老小我开始。） 尽管作者汇集了各种数据集（例如，HapMap，POPRES，HGDP），但重点是上面地图中突出显示的人口。
结果中的许多新颖见解始于他们观察到的一个独特的“拉丁美洲”人口遗传集群，在加勒比海人口中与欧洲有着很强的亲和力。 这在他们的ADMIXTURE分析中清晰可见。 他们所做的是汇集各种人口，并运行一种方法，将每个人的祖先分解为K个祖先人口的组合。 如果合并的人口是清晰且截然不同的，则结果将是清晰而截然不同的。 例如，如果您有50个芬兰人和50个尼日利亚人并将其合并，并以K = 2运行ADMIXTURE，则SNP的数量很少（10,000个绰绰有余），所有芬兰人和尼日利亚人将分为两个不同的祖先这些人口根据这些基于模型的聚类。 但是，必须始终记住，尽管这些方法可以映射到现实中，并让我们对数据集内的变化有所了解， K本身是人工构造。 因此，例如，已知HGDP玛雅人种群具有不平凡的欧洲基因流。 如果您使用这种玛雅人作为“美国原住民”参考，那么您将低估混合人群中的原住民血统，因为您的参考原住民已经偏向欧洲人（如果您没有适当的选择，这显然是一个主要问题。参考，因为它已灭绝，例如与Taino一起灭绝）。
有了这些警告性的初步建议，这些结果又如何了？ 如您所见，许多加勒比人口是各个大陆“父母”人口的直接组合。 这在K = 3时很明显，其中绿色=非洲，红色=欧洲，蓝色=本地（请注意，正如我所说，玛雅人具有一定的欧洲血统）。 通过查看种群内的个体差异，您已经可以获得有关混合物性质的一些见解。 在墨西哥，欧洲人与本地人的比例范围很广，尽管在此数据集中没有“纯粹”的人。 此外，整个人口中非洲血统的数量很少，但相对均匀。 尽管非洲人的意识不是现代墨西哥民族认同的主要内容，但非洲血统的人却是西班牙殖民事业的重要组成部分（请参见 帝国：西班牙如何成为世界强国，1492-1763年）。 在某些地区，例如韦拉克鲁斯（Veracruz），仍然有明显的非洲血统的人，但在墨西哥的许多地方，这些人已婚，其身体特征被稀释到看不见的地步。
加勒比海沿岸的局势更为复杂。 在这些情况下，被埋没的是土著而不是非洲的祖先。 基因组学已经“重新发现”了这一祖先，在某种程度上，许多学者此前一直怀疑现代波多黎各人和多米尼加人继承了塔伊诺人祖先的很大一部分的可能性。 在波多黎各和多米尼加共和国，有关的问题是非洲和欧洲血统的比例很大，其中古巴是这种现象的最极端例子。 特别是在古巴发生的事情是，从西班牙移民的浪潮较晚，因此一些现代白古巴人受掺混物的影响要比其他加勒比海地区少得多（请记住，直到1898年古巴还是西班牙的一部分）。 在海地，情况发生了逆转，在18世纪末和19世纪初的革命中有种族色彩，白人被驱逐（只剩下一小部分混血阶级）。
但是，事情真的变得有趣的是K = 8。 黑色成分是欧洲伊比利亚式元素，与拉丁美洲人（包括玛雅人）不同。 正如您在此PCA上看到的那样，拉丁裔元素与伊比利亚人口有关，因为他们从加勒比海人口中占据了欧洲部分，并利用它们来充实祖先的分布。 有几种解释方法。 二烯 他认为这可能只是几百年前伊比利亚原始人口的一个功能，与当代人口有所不同。 例如，与其他新世界表亲相比，当代西班牙人显然比其他> 1600的欧洲人更容易受到基因流的影响。 另一个可能性是，从西班牙的某个特定区域进行了极端采样，而这种采样是如何作为其自己的集群分解出来的。 例如，我知道有不成比例的移民来自安达卢西亚和Extramadura。 但是这里的模式并没有向我暗示这种可能性（黑点应该更偏南了，我想如果它们来自那两个省）。
相反，他们似乎赞成的解释是，由于瓶颈，该元素已偏离祖先群体。 这在人种学上是不可行的； 西班牙殖民实验的早期特征是 事实上的 一夫多妻制。 许多冒险家的生活与18世纪后期东印度公司的白人大公们的生活一样。 有人认为，这一普遍存在的普通法一夫多妻制时期已经影响了这样的事实，即传统上非婚生子女是非婚生子女。 在拉丁美洲非常普遍。 作者偏爱瓶颈模型的原因之一是，拉丁裔元素与伊比利亚元素之间的遗传距离相当高。 在漂移/瓶颈使等位基因频率特别迅速地偏离的情况下，这通常很常见。 不仅如此，在拉丁美洲的海洋中，这种趋势最为明显，与许多庞大而庞大的大陆特许经营权相比，许多拉美岛屿的后续移民相对较少。
23/1 亚裔朋友的 4andMe 血统分解？
作者探索人口历史的另一种方式是查看 祖先的长度分布。 这是如何工作的很简单。 第一代杂种的每个亲代的祖先长度都不会中断，但随后的一代将开始发生碎片化，因为重组会通过后代将长的相同的长块分开。 您可以在左侧的图中看到这一点，由于减数分裂重组事件，我的一位亚洲祖父母的朋友在欧洲和亚洲血统之间交替出现。 从混合开始的时间越长，随着重组将长块切开并重组祖先成分，块将变得越来越小。 通过查看长度的分布和长度的混合，作者可以构建人口的人口历史。 简而言之，似乎许多欧洲血统都很快出现了，但很早就定居了。。 这与这一时期由于一夫多妻制所证实的欧洲男性的高生殖产量保持一致。
对非洲血统执行了相同的方法，作者发现了一个有趣的结果。 似乎在早期，大多数加勒比黑奴来自撒哈拉以南非洲的最西端，从塞内加尔河到现代加纳。 从贝宁湾（Benin Bight）到赤道（Equator），在较长的土地上后来显示出与东部人口的亲和力。 我不十分了解奴隶制的历史，无法证实或否认这一发现的现实，但它说明了基因组学与广泛的采样策略相结合的力量。 更相关的是，我怀疑基因组学的作用是将幅度分配给已知的动力学。
最后，作者还推断出加勒比海人口中本地混合物的各种关系。 他们证实了一些证据表明，从南到北迁移到中美洲和加勒比海地区，并且还证实了从现在到现在之间的特定的民族语言联系。 事实上的 灭绝的加勒比人口和南美洲大陆。 这些结果中的一些早已被提出，但是缺乏历史文献使得推论难以理解。 基因组学无法解决这些争论，但它们为我们提供了启示。
总体而言，这是一个有趣的研究，因为我认为这是对基因组学将要使用的历史人口统计问题的测试。 长期以来，许多生态学家和系统进化论者都拥有“遗传学作为工具”的思想流派，现在您将拥有一个“基因组学作为工具”，与许多其他领域的人们并肩而立。 加勒比和拉丁美洲的人口是垂头丧气的果实，因为西班牙和葡萄牙的殖民实验得到了充分的证明，并且来源人口非常不同（因此很容易从噪声中挑选出信号）。 但是，在同一时期，还有其他一些历史问题也很有趣。 在 阿尔比恩的种子 大卫·哈克特·费舍尔（David Hackett Fisher）描述了四种有助于美化这个国家文化的英裔美国人的风俗习惯。 这些， 20,000-1620年间，约有1640名清教徒抵达 并在700,000年成为约1970的祖先。尽管20,000并不是一个瓶颈（实际上，他们来自英格兰的不同地区），但我很好奇这些人是否仍然可以辨别为“ Old Americans”的一部分基因组数据。 这只是在不久的将来可以解决的众多可能问题之一。
| 引: | 的arXiv：1306.0558 |
......“显然，当代西班牙人比他们的新世界表亲更容易受到其他欧洲人> 1600的基因流动的影响”。
并不真地。 从欧洲其他地区（意大利、法国、德国）到拉丁美洲的游客肯定多于西班牙。 然而，抽样国家（部分哥伦比亚除外）并不是欧洲化较晚的国家。
“……如果黑点来自那两个省，我认为应该更向南移动”。
AFAIK 在这项研究中只使用了一个“西班牙”样本，可能来自马德里。 因此，我们不能就 N/S 或“西班牙”和“葡萄牙”以外的任何其他内容进行争论。 然而，除了巴斯克人之外，伊比利亚人在我所看到的情况下是相对同质的（尽管安达卢西亚人和加泰罗尼亚人可能是部分例外），所以我同意这不是最可能的解释（尽管出于不同的原因）。 在这项研究中，西班牙的区域化代表以及北非的参考仍然很有趣——例如，如果所有黑色成分只是土著加那利群岛 (Guanche)，会发生什么？ 我们不会知道。
“相反，他们似乎更喜欢的解释是这个元素具有
由于瓶颈而从祖先的种群中漂走”。
是的，这是作者的解释，甚至可能是 IMO，但这并没有充分的理由。 这将需要伊比利亚地区样本以及北非（甚至可能是犹太人）的控制。
此外，据我所知，有相当数量的阿拉伯人移民到哥伦比亚和委内瑞拉。 他们大多是基督徒，在很大程度上已经被同化，在这种混合社会中，黎巴嫩基督徒几乎不会引起注意。
从这些国家的代表性不足的地区获取更多样本以更全面地了解情况会很有趣。
回复：@路易斯·阿尔达米兹
优秀且内容丰富的帖子！
关于你对美国殖民者的好奇，那是你和我！ 对所有 50 个州的美国白人进行基因分型，以辨别最初英国殖民定居者的相对遗传贡献（根据 Fischer，四波，但 科林·伍达德（Colin Woodard）扩展了一点 在他的分析中）以及随后的欧洲移民将非常有用。
很有意思。 但是，我要指出的是，至少在哥伦比亚，抽样的人口似乎相当偏向于欧洲血统和远离非洲的人。
哥伦比亚的遗传历史因地区而异。 沿海地区的非洲血统比例要大得多，哥伦比亚的乔科州几乎完全是非洲血统。 除了乔科，哥伦比亚还有许多地区的特点是大量混合，那里有许多人可能拥有重要的非洲遗产，即使它不是主要的。
并不真地。 从欧洲其他地区（意大利、法国、德国）到拉丁美洲的游客肯定多于西班牙。 然而，抽样国家（部分哥伦比亚除外）并不是欧洲化较晚的国家。
“......如果黑点来自那两个省，我认为应该更向南移动”。
AFAIK 在这项研究中只使用了一个“西班牙”样本，可能来自马德里。 因此，我们不能就 N/S 或“西班牙”和“葡萄牙”以外的任何其他内容进行争论。 然而，除了巴斯克人之外，伊比利亚人在我所看到的情况下是相对同质的（尽管安达卢西亚人和加泰罗尼亚人可能是部分例外），所以我同意这不是最可能的解释（尽管出于不同的原因）。 在这项研究中，西班牙的区域化代表以及北非的参考仍然很有趣——例如，如果所有黑色成分只是土著加那利群岛 (Guanche)，会发生什么？ 我们不会知道。
“相反，他们似乎更喜欢的解释是这个元素具有
由于瓶颈而从祖先种群中漂走”。
是的，这是作者的解释，甚至可能是 IMO，但这并没有充分的理由。 这将需要伊比利亚地区样本以及北非（甚至可能是犹太人）的控制。
回复：@Jacob M
此外，据我所知，有相当数量的阿拉伯人移民到哥伦比亚和委内瑞拉。 他们大多是基督徒，在很大程度上已经被同化，在这种混合社会中，黎巴嫩基督徒几乎不会引起注意。
从这些国家的代表性不足的地区获取更多样本以更全面地了解情况会很有趣。
但这些都是上个世纪左右的新移民，在大多数地方并不引人注目。 黎巴嫩人在巴西或阿根廷等地很常见，但在哥伦比亚，他们只占 c。 700,000（47 万人中），在墨西哥、古巴、多米尼加共和国、波多黎各或海地完全闻所未闻。
回复：@Razib Khan，@Jacob M
在所有分组中，非洲血统似乎从 K3 到 K8 略有下降。 请注意，例如，在 K3，所有南欧国家都有少量非洲血统的痕迹，但这些在 K8 几乎消失了。
您还可以看到，对于一些美洲原住民血统很少的群体（如多米尼加人），数量似乎在 K8 处减少。 另请注意，虽然玛雅人的欧洲血统是“黑人”，但克恰人不是。 在 K3，玛雅人似乎有非常少量的黑色混合物，这是克查人所缺乏的。
这表明“拉丁裔”集群是欧洲人与少量非洲人甚至美洲原住民血统的复合体。
我有一些相同的想法：可能的合成组件。 但如果是这样，为什么 PCA 上的欧洲部分不进一步向南移动？
回复：@Karl Zimmerman
您还可以看到，对于一些美洲原住民血统很少的群体（如多米尼加人），数量似乎在 K8 处减少。 另请注意，虽然玛雅人的欧洲血统是“黑人”，但克恰人不是。 在 K3，玛雅人似乎有非常少量的黑色混合物，这是克查人所缺乏的。
这表明“拉丁裔”集群是欧洲人与少量非洲人甚至美洲原住民血统的复合体。
回复：@Razib Khan
我有一些相同的想法：可能的合成组件。 但如果是这样，为什么 PCA 上的欧洲部分不进一步向南移动？
那个 PCA 地图不是只看欧洲人口吗？ 因此，您无法检测剩余的“欧洲”样本是否是非洲转移的。 我的意思是，没有理由认为更靠南的群体（土耳其人、塞浦路斯人、一些希腊人和意大利人）在这里具有可衡量的非洲混合体。
我确实想知道在“拉丁美洲人”附近独自离开的那一小群意大利人是否是撒丁岛人。 然后，您可以将图表的最左侧解释为巴斯克人的情况，即那些具有低 IE（甚至美洲原住民之类的）混合物的人。 在这种情况下，向常规伊比利亚人添加一些非洲混合物会使它们向左移动一点是合乎逻辑的。
回复：@Razib Khan
有趣且有见地的帖子； 我已将其加入书签以备将来参考。 关于从南到北迁移的证据（尤其是泰诺人——以及更早的阿拉瓦克人）， 这是一张纸 这可能会提供额外的见解。
你可能还会发现 我关于西班牙裔基因组多样性的博客文章 我引用的资料很有用……
我有一些相同的想法：可能的合成组件。 但如果是这样，为什么 PCA 上的欧洲部分不进一步向南移动？
回复：@Karl Zimmerman
那个 PCA 地图不是只看欧洲人口吗？ 因此，您无法检测剩余的“欧洲”样本是否是非洲转移的。 我的意思是，没有理由认为更靠南的群体（土耳其人、塞浦路斯人、一些希腊人和意大利人）在这里具有可衡量的非洲混合体。
我确实想知道在“拉丁美洲人”附近独自离开的那一小群意大利人是否是撒丁岛人。 然后，您可以将图表的最左侧解释为巴斯克人的情况，即那些具有低 IE（甚至美洲原住民之类的）混合物的人。 在这种情况下，向常规伊比利亚人添加一些非洲混合物会使它们向左移动一点是合乎逻辑的。
我的意思是，没有理由认为更靠南的群体
一些西班牙样本确实含有少量非洲混合物（我从其他样本中知道这一点，包括我的分析）。 但正如你所说，如果没有纯非洲人口，你就无法确定。 我会假设他们确实在他们的样品上尝试过这个，但也许你应该对 haldane 的筛子发表评论。
那个 PCA 地图不是只看欧洲人口吗？ 因此，您无法检测剩余的“欧洲”样本是否是非洲转移的。 我的意思是，没有理由认为更靠南的群体（土耳其人、塞浦路斯人、一些希腊人和意大利人）在这里具有可衡量的非洲混合体。
我确实想知道在“拉丁美洲人”附近独自离开的那一小群意大利人是否是撒丁岛人。 然后，您可以将图表的最左侧解释为巴斯克人的情况，即那些具有低 IE（甚至美洲原住民之类的）混合物的人。 在这种情况下，向常规伊比利亚人添加一些非洲混合物会使它们向左移动一点是合乎逻辑的。
回复：@Razib Khan
我的意思是，没有理由认为更靠南的群体
一些西班牙样本确实含有少量非洲混合物（我从其他样本中知道这一点，包括我的分析）。 但正如你所说，如果没有纯非洲人口，你就无法确定。 我会假设他们确实在他们的样品上尝试过这个，但也许你应该对 haldane 的筛子发表评论。
此外，据我所知，有相当数量的阿拉伯人移民到哥伦比亚和委内瑞拉。 他们大多是基督徒，在很大程度上已经被同化，在这种混合社会中，黎巴嫩基督徒几乎不会引起注意。
从这些国家的代表性不足的地区获取更多样本以更全面地了解情况会很有趣。
回复：@路易斯·阿尔达米兹
但这些都是上个世纪左右的新移民，在大多数地方并不引人注目。 黎巴嫩人在巴西或阿根廷等地很常见，但在哥伦比亚，他们只占 c。 700,000（47 万人中），在墨西哥、古巴、多米尼加共和国、波多黎各或海地完全闻所未闻。
我同意你的一般观点（此外，我认为在他们的某些运行中存在中东 HGDP 人口），但这并不是“在墨西哥完全闻所未闻”。 美国人知道的两个墨西哥人是 carlos slim 和 salma hayek。 美国人不知道有多少墨西哥人。
回复：@路易斯·阿尔达米兹
Razib 是对的，那里肯定有阿拉伯墨西哥人。 就在我在大学期间学习的墨西哥库埃纳瓦卡，有一个阿拉伯家庭住在街上。
当然，他们的比例很小，但他们仍然存在，而且我认为他们中的许多人最终没有确定自己是阿拉伯人，也没有长时间保持他们的身份不变。
但这些都是上个世纪左右的新移民，在大多数地方并不引人注目。 黎巴嫩人在巴西或阿根廷等地很常见，但在哥伦比亚，他们只占 c。 700,000（47 万人中），在墨西哥、古巴、多米尼加共和国、波多黎各或海地完全闻所未闻。
回复：@Razib Khan，@Jacob M
我同意你的一般观点（此外，我认为在他们的某些运行中存在中东 HGDP 人口），但这并不是“在墨西哥完全闻所未闻”。 美国人知道的两个墨西哥人是 carlos slim 和 salma hayek。 美国人不知道有多少墨西哥人。
好吧。 在我写这样的声明之前，我检查了维基百科页面上的“黎巴嫩人”。 但是，我只阅读了介绍性列表，而不是完整的列表，其中列出了 400,000 名墨西哥-黎巴嫩人（超过 100 亿墨西哥人），所以我很糟糕（但仍然可以忽略不计：<0.4%）。
在海地，显然有15,000名黎巴嫩人后裔。 无论如何，我找不到任何提到生活在古巴、多米尼加共和国或波多黎各的黎巴嫩后裔。
回复：@M。 默林
但这些都是上个世纪左右的新移民，在大多数地方并不引人注目。 黎巴嫩人在巴西或阿根廷等地很常见，但在哥伦比亚，他们只占 c。 700,000（47 万人中），在墨西哥、古巴、多米尼加共和国、波多黎各或海地完全闻所未闻。
回复：@Razib Khan，@Jacob M
Razib 是对的，那里肯定有阿拉伯墨西哥人。 就在我在大学期间学习的墨西哥库埃纳瓦卡，有一个阿拉伯家庭住在街上。
当然，他们的比例很小，但他们仍然存在，而且我认为他们中的许多人最终没有确定自己是阿拉伯人，也没有长时间保持他们的身份不变。
我同意你的一般观点（此外，我认为在他们的某些运行中存在中东 HGDP 人口），但这并不是“在墨西哥完全闻所未闻”。 美国人知道的两个墨西哥人是 carlos slim 和 salma hayek。 美国人不知道有多少墨西哥人。
回复：@路易斯·阿尔达米兹
好吧。 在我写下这样的声明之前，我查看了维基百科上关于“黎巴嫩人”的页面。 但是，我只阅读了介绍性列表，而不是完整的列表，其中列出了 400,000 名墨西哥-黎巴嫩人（超过 100 亿墨西哥人），所以我很糟糕（但仍然可以忽略不计：<0.4%）。
在海地，显然有15,000名黎巴嫩人后裔。 无论如何，我找不到任何提到生活在古巴、多米尼加共和国或波多黎各的黎巴嫩后裔。
多米尼加共和国黎巴嫩、叙利亚和巴勒斯坦俱乐部的网站是
http://www.clublisipa.com.do
大多融合得很好，无论是基督教的还是世俗的。 我在 70 年代住在那里时和他们中的一些人一起上学。 除了稍微卷曲的头发，你无法将它们与普通的多米尼加混血区分开来。
我猜测 K=8 中的“黑色”是一个北非元素。 相对于马德里，安达卢西亚的人数过多，目前在马德里和里斯本，但在欧洲其他地方没有。
好吧。 在我写这样的声明之前，我检查了维基百科页面上的“黎巴嫩人”。 但是，我只阅读了介绍性列表，而不是完整的列表，其中列出了 400,000 名墨西哥-黎巴嫩人（超过 100 亿墨西哥人），所以我很糟糕（但仍然可以忽略不计：<0.4%）。
在海地，显然有15,000名黎巴嫩人后裔。 无论如何，我找不到任何提到生活在古巴、多米尼加共和国或波多黎各的黎巴嫩后裔。
回复：@M。 默林
多米尼加共和国黎巴嫩、叙利亚和巴勒斯坦俱乐部的网站是
http://www.clublisipa.com.do
大多融合得很好，无论是基督教的还是世俗的。 我在 70 年代住在那里时和他们中的一些人一起上学。 除了稍微卷曲的头发，你无法将它们与普通的多米尼加混血区分开来。