在这里，我们提供了大多数现存实验室小鼠近交系基因组系统发育起源的全基因组高分辨率图谱。 我们的分析基于来自 Musculus 的三个亚种的野生捕获小鼠的基因型。 我们表明，经典的实验室品系来自一些单倍型多样性有限的奇特小鼠。 他们的基因组绝大多数是家养小家鼠，其余的大部分是日本人。 我们根据花式小鼠的后代身份生成了全基因组单倍型图，并表明经典近交品系具有有限且非随机分布的遗传多样性。 相比之下，野生实验室菌株代表了 M. musculus 中广泛的多样性样本。 亚种间基因渗入在这些菌株中普遍存在，实验室库存的污染在这一过程中发挥了作用。 亚种起源、单倍型多样性和血统图的同一性可以使用 Mouse Phylogeny Viewer 进行可视化......

有四个亚种 Mus musculus 论文中描述：

– 小家鼠 （南亚和东南亚）
– Mus肌肉domesticus （西欧、亚洲西南部、美洲、非洲和大洋洲）
– 小家鼠 （东欧和亚洲北部）
– 小家鼠 （日本）

对198只小鼠进行基因分型，包括36只野生捕获的小鼠、62只野生实验室品系和100只经典实验室小鼠。 SNP 芯片被调整到内部存在的变化 家养，所以有一些 确定性偏见 他们的测试会低估其他谱系的变异，因为他们的 SNP 样本不足。 VINO 分析弥补了这个问题。 查看他们固定在位点上的数十万个标记，这些标记为亚种起源提供了高度信息。 换句话说，那些代表特定亚种的等位基因（栗子, 国内, 和 小家鼠）。 下图说明了他们的结果。 观察右侧的三个野生亚种完全分离成不同的颜色。

根据这些结果，经典的实验室小鼠品系主要来自 家养，但剩余比例很小 小家鼠 这因血统而异，以及痕量 栗子. 野生衍生品系并不令人惊讶，它们大多类似于它们表面上来自的野生亚种，但显然与其他品系有一些混合。 “H”系，上面最左边的野生实验室菌株，是杂种。

现在你们中的一些人可能对野生品系是纯品这一事实感到好奇，而实验室近交品系表现出一些混合物。 有一个普遍的困惑，即人们有时很难理解混合种群也可以是近交的。 一个简单的思想实验表明这是怎么回事。 想象一对夫妇带着一群孩子。 父亲是白人，母亲是黑人。 他们的孩子将是混血儿。 如果孩子们交配并产生后代，孙辈将是近亲繁殖 和 种族混杂。 这里没有矛盾。 区分上述谱系的标记是有用的 横过 亚种，因此是基因组中很小比例的标记。 近亲繁殖反映了更广泛的基因组模式，这些模式是特定交配系统或事件的结果。

接下来让我们看看如何混合 小家鼠 在占主导地位的背景下发挥作用 家养 在经典的实验室菌株中。 左边是一张图，显示了上面所有线的 6 号染色体上的祖先分配。 它从图 90 逆时针旋转 1 度。在顶部，您可以看到三个野生谱系，它们在染色体水平上完全分开，就像它们在总基因组尺度上一样。 接下来，您将看到野生衍生的实验室菌株。 现在你注意到整个基因组的混合。 最后你有经典的实验室菌株，主要是 家养，但与 小家鼠 和 栗子 区域也可见。 请记住，每条水平线代表一个特定的谱系，而从左到右的点对应于基因组中的位置。 观察如何 小家鼠 和 栗子 血统在许多这些谱系中密切相关，显示为垂直带。

在他们的经典实验室菌株样本中，祖先来自 小家鼠 和 栗子 分别为~5% 和~0.30%。 但， 小家鼠 仅在约 47% 的基因组中发现了混合物，而 栗子 仅在约 3% 的基因组中混合。 如果班级实验室菌株是从 ur- 小鼠假定的“原始部落”中的许多不同杂交中获得的混合物，那么这些不同事件的整个基因组中应该有签名，而不是以这种局部方式集中的团块。 这种仅在基因组的少数区域中混合的证据表明，经典实验室菌株可能来自非常小的创始人群体。 更具体地说，作者认为 小家鼠 主要混合 家养 经典实验室菌株来自日本 鲇鱼，它本身就是东部 小家鼠 和 栗子. 果然当他们专注于可归因于的区域时 小家鼠 在经典的实验室菌株中，这些倾向于与东部 小家鼠 血统，而不是西方的。 进一步的检查是，与遗传相似性相关的血统身份 (IBD) 测量（尽管它严格测量来自共同祖先的血统），表明 小家鼠 经典实验室菌株的区域与 鲇鱼 衍生的实验室菌株（相对于~83% 的 IBD 与通用 小家鼠）。 如 鲇鱼 是两者之间的混合 小家鼠 和 栗子 这解释了后者在经典实验室菌株祖先中的存在，以及 栗子 段似乎嵌套在 小家鼠 地区。

让我们跳到讨论：

…一项研究得出结论，这些菌株的基因组为 68% 毫米。 家养，10％ 毫米。 莫洛西努斯, 6% M。 米。 肌肉，3％ 毫米。 栗子 和 13% 的来源不明6。 另一方面，我们之前的结论是 92% 是 毫米。 家养, 6% 是 毫米。 肌肉 1% 是 毫米。 栗子 起源…。

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……这里提出的结果最终表明，经典近交品系绝大多数来自 M. m. 家养，即非M。 米。 家兔对其基因组的贡献主要是 M. m. molossinus 起源和那个 亚种间基因渗入在野生实验室菌株中很常见.

...

总之，我们对近交小鼠品系残留杂合性的观察、亚品系之间遗传相似性水平的显着局部差异、不同年龄的大缺失的鉴定和污染的流行强调了深度、无偏见和频繁遗传表征的重要性。实验室库存。 我们的基因组浏览器提供了对重组间隔、本地树和亚种起源和单倍型多样性图谱之间的树和链接的访问。 我们的分析表明，经典近交品系实际上是创始花式小鼠种群中存在的少数单倍型的嵌合体。 这些单倍型之间的遗传差异在局部和整个基因组中都有很大差异。 此外，M. m. 以外的亚种的贡献。 家兔是有限的，其分布突出了这些菌株中复杂的种群结构。 另一方面，野生实验室菌株代表了经典菌株中未开发的遗传多样性的深层库，并且在许多情况下类似于经典近交菌株被认为是的三向亚种间杂种。 我们之前的工作…结合这里介绍的小鼠资源深度调查结果表明，实验室小鼠是哺乳动物遗传研究中无与伦比的模型。

显然，了解您的“纯”野生实验室菌株是否不那么纯很重要，尤其是当您将其用作某种参考时。 根据我在这篇论文中所收集到的信息，许多研究人员不得不相信他们在研究中使用的各种菌株之间的遗传关系，依赖于谱系等 20 世纪的方法。 在不久的将来，广泛的基因分型可能会消除任何担忧，但在此之前，这种研究应该让研究人员更好地了解由于对其种群中的遗传变异或均匀性的错误认识而可能引入的混淆问题。 上面引用的祖先估计似乎无处不在，因此显然是有人进行本文中报告的调查的时候了。

最后，我被论文末尾的强大老鼠吼声所震撼。 确实无与伦比！

引文： Yang, Hyuna, Wang, Jeremy R, Didion, John P, Buus, Ryan J, Bell, Timothy A, Welsh, Catherine E, Bonhomme, Francois, Yu, Alex Hon-Tsen, Nachman, Michael W, Pialek, Jaroslav, Tucker , Priscilla, Boursot, Pierre, McMillan, Leonard, Churchill, Gary A, & de Villena, Fernando Pardo-Manuel (2011)。 实验室小鼠 Nature Genetics 中的亚种起源和单倍型多样性： 10.1038 / ng.847

图片来源： 维基媒体