昨天我指出,戴维·赖希(David Reich)有一个 中度不屑一顾 对...的态度 新文 in PNAS, 古代人口结构对现代人口与远古人类共享多态性程度的影响。 这是赖希说的话:
…但是Reich认为,如果公开进行讨论,情况将会有所不同。 PNAS对尼安德特人掺和物提出质疑的论文解决了大约两年前不断发展的问题,但不是Reich和Slatkin的最新著作。 “几年来一直是一个问题。 他们对此进行工作是正确的,” Reich说。 但现在, “有点像 过时的 纸,” 他说。
下面是 尼克·帕特森,赖希的同事通过电子邮件告诉我:
当我们撰写Green等人的文章时,考虑了非洲的古代结构。 论文,我们知道这可以解释D统计量。 但是,这一假说不再是欧亚大陆尼安德特人遗传学的主要解释。 在最近的论文中对此进行了讨论 杨等。 (MBE,2012年)。 (PNAS论文未引用)。
一个使我信服的非常简单的论点是 等位基因频率 欧亚大陆的尼安德特人等位基因的光谱下降得很快。 瓶颈使频谱变得平坦,事实证明,必须将尼安德特人基因流放在非洲以外的瓶颈之后,否则频谱太平坦了。
来自Reich实验室(Sankararaman等人)的arXiv的论文正在尝试做比这更微妙的事情,并确定流程的日期。 我个人不再对将这种渗入解释为古老的结构感兴趣。 那条船开了。
当然,关于古代非洲的遗传结构的问题是非常开放的,并且仍然非常有趣。
如果尼克的解释对您来说有点神秘(他 是 杨等人的图2。 论文很清楚地列出了它:
让我们备份一会儿并准备好舞台。 他们在 PNAS 一篇论文声称不能拒绝欧亚人对尼安德特人的亲和力是由于古代非洲人口结构所致的模型(即,欧亚人的非洲祖先与尼安德特人的亲和力更强,也许是由于连续的基因流动所致)? 基本上,他们创建了一个具有时间维度的显式空间模型。 作者模拟了基因流的参数(及其缺乏)以及瓶颈等,发现 古老的结构很容易产生D统计量,尼安德特人掺和纸的原始作者依赖此统计量。
那么,为什么对Reich&Patterson如此不屑一顾呢? 因为杨等。 论文承认了这个问题,并提出了一种方法来测试替代方案,这些方案仅生成那些D统计量,但展现出不同的人口统计历史。 他们在Yang等人中发现了什么。 就是它 出现人口瓶颈再混合的模型最适合您在当今实际人口中看到的站点频谱。 换句话说,他们还模拟了古代结构产生等效的D统计量到混合量的情况,然后进一步探索了其他人口遗传统计量可以进一步削减替代方案的情况。 可以说,适当的后续文件 PNAS 贡献实际上已经发表 before 它。
纸上 arXiv (将发布在 PLoS遗传学)走得更远。 利用基因组中连锁不平衡的模式,他们产生了混合发生的日期。 这里的统计遗传学对偶然的读者来说有些模糊,因此对这些结果的解释可能应该以Yang等为条件。 纸,其结果更优雅且易于消化。
归根结底,戴维·赖希(David Reich)的判断并非非典型。 我个人认识的一些人,并深深地沉浸在人类基因组学中,对此并没有留下深刻的印象。 PNAS 纸。 那样的事情发生了,也没有什么可耻的。 但是Reich有一点: 更快的出版和审阅过程可以为很多人节省一些精力.
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