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以下评论：
拉齐布，我对遗传学知之甚少，但事实是，这些美拉尼西亚人与撒哈拉以南非洲人在遗传上关系最少（至少比欧洲人还重要）？
这是一个常见的问题。 典型的具有科学好奇心的聪明人通常都知道，大约在100,000年前，非洲出现了解剖学上现代的人类运动。 他们知道非洲人是所有人类中遗传变异最多的国家，事实上，非洲的遗传变异比世界其他地区的总和还多。 那将是有道理的，那就是 您离非洲越远，您在遗传上的距离就越远。 仅仅是由于撒哈拉以南非洲血统最近在中东大部分地区混杂在一起，对此有一些道理，但我认为它错过了“大局”。
据我所知，当前关于现代人类起源和扩展的共识如下：
1）大约200,000万年前，解剖学上的现代人类出现在非洲。 这个人口是各种欧亚人种（尼安德特人）的姐妹血统， X女， 等等。？
2）在50,000至200,000年前 子集 非洲人口的一半离开了非洲。
3）从非洲退出事件到现在之间的某个时候，解剖学上的现代人类取代了所有其他血统（有一些同化）和多元化。
我对“正统普查”的任何特定方面的信心都很高，尽管细节的共同可能性较小。 例如，由于欧亚人中可能存在尼安德特人混合气，因此最近对＃3进行了一些修改。 回到我的问题，假设这个模型， 哪个人口与非洲人遗传距离最远？ 答案确实是没有。 这是一些数字 邢等。，这说明了为什么答案是“以上皆非”：
这是该图的文本：
图3. 40个人口之间的人口关系。 A）邻居加入树。 种群根据其大陆起源进行颜色编码。 显示了假设的祖先种群。 大多数分支的自举支持值大于95％（自举共识树显示在附录中，图S1）。 B）主成分分析。 显示了前两个主要组件（PC）。 每个人由一个点和与他们的地区起源相对应的颜色标签表示。 每个PC解释的方差百分比显示在轴上。 C）由ADMIXTURE推断的个人分组。 显示了来自K = 4和K = 12的结果。 每个人的基因组都由一个由彩色部分组成的竖线表示，其中每个部分代表来自K个祖先种群之一的个人祖先的比例。 如图所示，将个人水平排列并按人口分组。
树清楚地表明： 所有非非洲人都从非洲人组成了自己的独立部门。 在PCA中，您可以看到，沿着遗传数据变异的最大组成部分，非非洲群体与非洲人的距离大致相同。 在ADMIXTURE分析中，当您假设有四个祖先人口时，非洲人和非非洲人干净利落地分开，排除了极有可能混入欧洲或阿拉伯的人群。 还记得关于非洲人如何拥有比所有非非洲人总和更多的遗传多样性的那一部分吗？ 这也是难题的一部分。 在某些方面 所有非非洲人都可以被认为是非洲人遗传变异的一个子集。 那些居住在非洲以外的人仅仅是非洲人的一个多元化分支。 据我所知，数据正在汇聚一种可能性，即只有一次迁移出非洲，从而导致了非非洲人类的分支。 这意味着我们这些非非洲血统的人都与非洲根源同样遥远。
所以这与问“哪个更接近人类，黑猩猩还是倭黑猩猩？”是一样的。
我也被问过这个问题🙂（我猜你有？）在系统发育方面我认为只要你不仔细观察细节它就足够好（非洲人会成为人类，因为他们没有多样化，对吗？但从基因上讲，人类的多样性远不如倭黑猩猩或黑猩猩，因为我们最近遇到了瓶颈）。
是的。 树思维不是自然而然的。
所以非非洲人+赫马可以理解为姐妹团体，对吗？ 并且由于您（通常）可以安全地旋转任何一对树枝，您也可以将 N. European 放在 Pygmy 旁边，并将 !Kung 放在树的最远端。 那么——“哪个人群在遗传上与非洲人的距离最远？” 也可以回答“非洲人”。
那么——“哪个人群在遗传上与非洲人的距离最远？” 也可以回答“非洲人”。
啊。 有趣的。 我想我需要挖掘 Fst 数字，因为那篇论文没有列出它们。 但是，是的，我认为这是正确的。 非非洲人是东北非人的一个子集。
有人想知道 PC3、PC4……是否应该成为故事的一部分。
我熟悉主成分分析，但不清楚如何将基因组映射到其中。 是否有关于该主题的介绍性文章？
啊啊啊啊！
图表没有回答这个问题。 树思维可能不是自然而然的，但这并不重要，因为一棵树不适合人类人口的距离。 网罗思维，人！
如果您想知道哪个人群与非洲人的遗传距离最远，那么您需要构建一个距离矩阵。 那棵树下藏着一个人，残骸都被扔掉了。
这棵树清楚地表明所有非非洲人口都与非洲人平等地分开 *及时*. 在一个思想实验中，一部分非洲人（同时）迁移到外面的世界，然后很快就分化成两组，一组的典型世代时间为 20 年，另一组的典型世代时间为 15 年，说十万年过去了，世代时间较短的群体在进化上与原始非洲人距离较远，这不是说得通吗？ 他们已经经历了 100,000 多代，而另一个子组只有 6500 代。这会导致看起来不同的邻居加入树吗？ 整个想法有缺陷吗？
乔恩
http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.0020190
约翰，好吧，我要挖出第一张桌子。 需要有那个方便。
回复：约翰·霍克斯的观点，第 20 页上的 PCA 是从总体 Fst 值中得出的
http://www.sciencemag.org/cgi/data/319/5866/1100/DC1/1
有趣的是，海洋群体沿着这两条轴线看起来更接近撒哈拉以南地区的人口！
“有趣的是，海洋群体沿着这两条轴线看起来更接近撒哈拉以南地区的人口！”
从表型上看，这并不令人震惊，是吗？
从表型上看，这并不令人震惊，是吗？
表型一直是这类事情的错误判断（例如，阿伊努人，原住民，被认为更接近欧洲人而不是东亚人，但这是一个错误的模型）。 所以你是对的，但是当我们可以访问基因时，我们需要摆脱表型。
ps 它是 Fst 矩阵的 PCA 表示，所以我不会在 HGDP 中海洋组的位置上放那么多股票
哪个人群与非洲人的遗传距离最远？ 答案是真的没有。
我不明白你在这里说什么。 绝对假定存在一个。 唯一的问题是你如何定义距离以及它是哪个人口。 最直接（也是头脑简单）的标准是 Fst。 所以只需查找 Fsts。 我不知道列出它们的确切论文。
我不明白你在这里说什么。 绝对假定存在一个。 唯一的问题是你如何定义距离以及它是哪个人口。 最直接（也是头脑简单）的标准是 Fst。 所以只需查找 Fsts。 我不知道列出它们的确切论文。
如果所有非非洲人都来自一个非洲人群体，并且自非洲以外的事件以来这两个群体之间没有太多的基因流动（我认为没有，这就是为什么我认为约翰关于网状化的观点在这种情况下不是那么重要）那么如果您查看很多基因座，它们应该都具有来自祖先种群的大致相同的 Fst，对吗？ 我会去找桌子，虽然我已经浪费了 15 分钟的尝试。 似乎人们已经停止包括那些表格，现在他们获得了 PCA 和结构/冰沙/混合物。
难道答案不能用来煽动正在寻找证据来支持其不切实际信念的仇恨团体吗？ 对于科学和研究基因运动的人来说，这是一个有趣的答案，但也许有些问题最好不要问。
DK，我发现一些东西显示 Fst 值随与非洲的距离而变化。 原因是连续瓶颈和杂合性减少。 所以我的回答可能是错误的，我很难在最近使用 SNP 芯片的论文中找到表格。
这给我留下了一个有趣的问题，我需要考虑。 我的回答可能更多地是解决与最后一个共同祖先的关系问题，而现存的变异受进化遗传参数的影响，例如漂移对非非洲人的外围群体的影响比那些较少的瓶颈（通过这个模型新世界人口与非洲人的亲缘关系最远）。 也许是一个后续帖子。
拉齐卜：
“但人类的基因多样性远不如倭黑猩猩或黑猩猩，因为我们最近遇到了瓶颈”
这不是真的，这是 mtDNA 令人兴奋的时代遗留下来的都市传说。 我们比大猩猩和所有黑猩猩亚种都更加多样化，只有一个黑猩猩亚种的数据很差。 猩猩确实比我们更加多样化，但许多人认为它们是两个长期分离的不同种群的混合物，这可以做到。
Henry
“典型的具有科学好奇心的聪明人通常都知道，大约 100,000 万年前，有解剖学上的现代人类来自非洲。”
我是上述所有人（加上批判性和跨学科训练），但我不相信数据毫无疑问地支持这种情况。 这是一个可能的模型，但遗传学——这个模型的关键——有很多噪音。 这一次，非洲以外模型只是 Multiregional-with-Admixture 模型的一个子集，因此 Multiregional-with-Admixture 模型具有更大的后验概率为真（根据 Templeton）。 这并不意味着多区域模型就是答案； 这只是意味着它们是重叠的，它们最终都可能是错误的。 然后，所有非非洲人都被平等地从非洲人中移除这一事实（即使涉及尼安德特人的“混合物”）可能意味着非洲人可能来自任何非非洲人群体，选择或人口压力使非洲人看起来与众不同且各种各样的。 否则，很难相信所有非非洲人都与非洲人如此彻底地分开（参见下文关于 mtDNA 的内容）。 如果我们查看 mtDNA 的生物地理学，我们会看到 a) 在非洲以外没有发现非洲 L 谱系，b) 在非洲只发现了非非洲 M 和 N 大单倍群的边缘/衍生进化枝，以及 c) 大多数M 和 N 大单倍群的基础多样性发现于东亚和东南亚（M 可能是印度），从而在非洲和非非洲集群之间造成巨大的地理差距。 不用说，如果人类确实沿着南部路线迁出非洲，他们就会以萌芽谱系的形式留下迁徙的痕迹。 这正是我们在 M 和 N 谱系中看到的，但只从东到西进入欧洲和非洲，而不是从西到东（人们可能会在稍后说，但仍然如此）。 最后，其他多样性因素，例如语言多样性（语法和系统发育）的水平表明，非洲有 20 个语言家族（并且很少有分离株），而像美洲和巴布亚新几内亚这样的地方（在地理上和遗传上通常与非洲相反）有70-140个家庭。 这再次说明了影响非洲人和非非洲人的不同人口历史，非洲人可能是衍生的和不断扩大的人口，而非非洲人则包含未知古代的遗物。
就 Fst 值（也是 LD）而言，美洲印第安人在大多数（如果不是全部）系统中与非洲人处于相反的极点。 他们在地理上最远离非洲人。
我不知道有两个以上的黑猩猩亚种。 我以为这只是普通的黑猩猩和倭黑猩猩。 Razib 可能在上面指的是我，因为我问（类似于非洲人与非非洲人）我们是否可以检查他们的遗传多样性以确定哪些分支最古老。
这是给您的 Fst 表：
http://www.nature.com/ejhg/journal/v16/n12/fig_tab/ejhg2008210t1.html#figure-title
不过，它只有 YRI（尼日利亚人）作为非洲样本。 您可以看到，相对于 YRI，最低 Fst 是罗马尼亚和西班牙，为 14 左右，而最高值是中国和日本，仅略高于 19。 没有给出美洲原住民或波利尼西亚人的数字。 如果您好奇，东亚和西欧之间的 Fst 大约是 1，而例如，中国和日本仅相隔 007，而法国-德国相隔 0008。 因此，横跨欧亚大陆的遗传“距离”（定义为 Fst）并不比从南欧到非洲的距离小多少。
您可能会在下面的链接中找到一些感兴趣的数字。
http://infoproc.blogspot.com/search?q=fst
“也许有些问题最好不要问”：梅丽莎，你建议谁来确定它们？
#16 你的意思是，让我们通过扼杀科学探究来克服仇恨和无知？
这将如何运作？
澳大利亚原住民 2 型糖尿病的发病率是非澳大利亚原住民人口的 3 到 4 倍（而且在白人中已经高得令人担忧，而且越来越高）。 2 型糖尿病导致所有原住民死亡人数的 18%。 怀疑这些数字被低估了。
这不是因为原住民吃和喝的东西与白人不同，而且运动量较少，而是因为现在他们吃和喝的东西相同，运动量相同（如“不多”）。
一些敏锐的原住民小伙子现在提倡原住民回归传统的狩猎采集饮食和生活方式，以改善健康状况。
你怎么认为他们敏锐的家伙想通了这一点？ 不考虑基因差异？
我个人不认识梅丽莎，但很有可能，作为一个对生物科学感兴趣的女性，她比同样倾向的男性保守得多，我的意思是她更有可能支持执政政权（即使在执政的时候）政权是激进的）。
这是旧帽子，女性往往比男性更倾向于追随领导者（即使只是适度的数量和平均水平）并且在他的时代和时代废奴主义者——> 60 年代的激进分子已经使他们的偏好成为共识. 这并不是说倾向于相信你这个时代的智慧比倾向于反对它更糟糕，而是解释为什么人们“在 HBD 领域”（我多么讨厌那种邪教语言和经常狂热的公司）往往是男性，比例约为 10:1。
当然，我更倾向于你的观点 Bioignoramus，但我更喜欢 Melissa。
“也许有些问题最好不要问”
欢迎来到现代派/自由派/左派的法西斯主义。
吻：加州理工学院。
也许与其将法西斯主义作为一种治理形式，她只是希望作为一种文化，我们开始意识到无知就是力量。