为什么我仍然倾向于现代人类的撒哈拉以南非洲起源
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是的，分歧事件有可能发生在非洲。 它也有可能发生在亚洲。 我认为没有理由偏爱其中一个。 毕竟，支持非洲以外的主要证据是欧亚人嵌套在非洲遗传变异中。
如果这篇论文是对的，那就不是这样了：非洲人整体嵌套在欧亚变异中，包括现代欧亚人和神秘人口。
我不确定这是主要部分，尽管这是一个主要原因。 这里还有两个原因：
1）解剖学上的现代人首先出现在非洲。
2) mtDNA、Y 染色体和常染色体中最深的分歧都在非洲发现（特别是在狩猎采集的非洲人群和其他所有人之间）。
让我们考虑遗传学方面的替代模型。
现代人类的近东起源： 人类迅速扩张出这个区域。 非洲内部的深刻分歧是偶然的； 非洲以外的所有深层血统都被“走出非洲”人口所取代。
现代人类的非洲起源： “走出非洲”人类在 60,000 万年前迅速扩张，非洲内部的深层结构可以追溯到 200,000 万年前。
两个视图都匹配数据。 但后一种模式对我来说似乎更节俭。 正如我上面所说，我要理解它更符合考古学。 但时间会证明一切。 第一种观点可能是正确的。
我对智人首先出现在非洲并且在离开非洲的旅程中智人从其他古老的人类物种中获得基因的观点感到满意。
我也对现代撒哈拉以南非洲人的起源这一观点感到满意。
在这一点上，我不再确定问题的含义。 非洲人嵌套在欧洲变异中； 欧洲人嵌套在非洲变种中。 一些非洲世系在 100-200,000 年间与非非洲世系的接触相对较少。 欧亚血统有尼安德特人的祖先，这些人似乎在 600,000 万年里没有与非洲基因组接触过。 然而，所有这些种群的表型变异在很大程度上嵌套在任何其他种群的变异中，当然与任何其他动物相比。 我们几乎都是无毛的，都是双足行走的，健谈的，社交智能的。 我们都有下巴，只有少数例外，他们用胡须隐藏自己的残疾。 似乎很清楚（我不是想讲课，你在之前的帖子中基本上说了那么多，而且说得更好）人性化是一个进化过程，而不是一个古尔迪式的间断时刻，然后是平衡，并且所有原始人的链几千年来，发展一直受制于这一进程的动态。
非洲人如何嵌套在欧洲变异中？ 不要跟随。
可惜鬼族的分歧与San的如此接近，看不出是谁嵌套在什么之中。
现代非洲人 也许 在古代欧亚变异（仍属于古代非洲）和现代欧亚变异中的现代非洲。 除非某些像 TreeMix 中从非洲到东亚的混合边缘这样的小怪现象是第一个 OOA 的残余，否则到目前为止没有证据表明它在任何地方留下了残余。
对非洲基因组明显多样性的一个合理解释是欧亚移民智人与神秘的、假设的“原始人 x”之间的杂交，众所周知，它肯定占 SS 非洲遗传学的很大一部分。
其含义是“原始人 x”在非洲大陆持续存在，数量众多，并在相当长的时间内保持不变。
如果它是合理的，我会提到它。 有一些不起作用的原因。
反对这一点的主要论据是 Y 和 mt 单倍群树。
据我们所知，99.99% 的现代人（A00 Y 染色体可能除外）没有疑似古老的 Y 或 mt 单倍群，并且这些树的树在很大程度上与大部分常染色体树的拓扑结构相匹配。相同种群中的基因。
很明显（如欧亚大陆所见），当<10% 的人口拥有它们时，这些很容易由于漂移或选择而丢失。
但是，如果非洲常染色体的大部分多样性是由于与各种古代人类的混合，那么就会出现随机的深度发散的单倍群。
此外，平均常染色体分歧将更加随机，并且与单倍群完全无关。
最近的旧石器时代欧洲 mtDNA 论文完善了线粒体突变率。 这 上限 欧亚 M 和 N 的年龄估计现在是 55 kya。 与主要欧亚 Y 染色体单倍群 C、F 和 D 的年龄重叠。我们有一个来自 45 kya 的原始欧亚基因组，其尼安德特人的混合物可以追溯到这个“最近的 OOA”时期。
此前，由于化石记录显示尼安德特人在西亚重新繁衍，人们认为 Skhul 和 Qafzeh AMH 已经灭绝。 现在，我们发现尼安德特人中的 AMH 混合物与现代欧亚人无关（实际上，将桑人或约鲁巴人建模为来源效果稍好一些）。
我认为 Dienekes 必须接近 Dziebel 的心理体操水平，以表明这些结果表明除了最近的 OOA 之外的任何其他内容。
在我看来，现代人类遗传史上最大的悬而未决的问题之一是，Skhul 和 Qafzeh AMH 或当时离开非洲的相关人群之间是否存在连续性，或者，如果那是“失败的走出非洲” .”
将您所指的关于 mtDNA M 和 N 以及 Y-DNA C、F 和 D 的数据保留在我的数据中，是“最近的共同祖先”日期。 那些最近的共同祖先日期不能排除具有 L3 的 mtDNA 进化枝（我们现在称为 M 和 N ）和 Y-DNA B 的 Y-DNA 进化枝（我们称为 C 和 F（以及其他mtDNA L3 和 Y-DNA B 的姐妹进化枝在 TMRCA 数据之前的数千年中都没有在瓶颈中幸存下来。
一般来说，由突变产生的谱系在种群扩张时很少丢失，在种群下降期间大量丢失和减少，并且在种群稳定期间比你的直觉预期的修剪速度更快。 如果您有一个最初的非洲以外人口，开始时并不大，并且在 125kya 和 55kya 左右之间下降，然后突然再次扩大，那么单独根据遗传数据区分这个人口和离开非洲的人口并不容易首先是 55 kya，基于突变率的测年。
连锁不平衡很容易区分这两种情况，但这种方法没有足够的时间深度来区分当代基因组中的情况，尽管应用于旧旧石器时代晚期全基因组的 LD 方法可能能够做出这种区分。
我个人喜欢一个初始的“走出非洲”的场景。 125kya 在南亚和阿拉伯内部种群中存活了很长时间（可能在阿拉伯灭绝），从南亚扩展到东南亚和约75 kya 在多巴岛被排除之后，从南亚（也可能还有阿拉伯）大约有二次扩张。 55kya 在所有方向（包括东南亚、中亚、澳大利亚以及非洲的 mtDNA U6 和 M1 所证明的反向迁移），除了欧洲的尼安德特人屏障，该屏障一直持续到大约。 40kya 与火山引起的气候变化给 AMH 带来了导致尼安德特人灭绝或接近灭绝的暂时优势。
我认为，在中国，少数声称年代久远的 AMH 化石可能是日期错误或分类错误。
回复：@Razib Khan、@Lank
顺便说一句，最后一句话是一个低打击！ ;-) 我希望你在开玩笑。
其含义是“原始人 x”在非洲大陆持续存在，数量众多，并在相当长的时间内保持不变。
回复：@Razib Khan，@Rick
如果它是合理的，我会提到它。 有一些不起作用的原因。
Re: 化石，非洲最早的奥莫头骨是对的（195,000 BP）？ 我想知道中国的大理人头骨（大约 200,000 BP）和金牛山人（也是 200,000 BP？）这些外观具有现代人类特征*，并被认为像古代智人一样，是否会随着基因渗入进行重新评估到阿尔泰。 我们现在更有可能将它们视为古代 H. Sap 的南亚物种的代表，还是从早期 H. Sap 的基因渗入到其他物种的差异太大……？
*IIUC 重叠的颅骨体积和形状特征，例如垂直短且不太突出的脸，否则这是 AMH 的独特特征。
其含义是“原始人 x”在非洲大陆持续存在，数量众多，并在相当长的时间内保持不变。
回复：@Razib Khan，@Rick
反对这一点的主要论据是 Y 和 mt 单倍群树。
据我们所知，99.99% 的现代人（A00 Y 染色体可能除外）没有疑似古老的 Y 或 mt 单倍群，并且这些树的树在很大程度上与大部分常染色体树的拓扑结构相匹配。相同种群中的基因。
很明显（如欧亚大陆所见），当<10% 的人口拥有它们时，这些很容易由于漂移或选择而丢失。
但是，如果非洲常染色体的大部分多样性是由于与各种古代人类的混合，那么就会出现随机的深度发散的单倍群。
此外，平均常染色体分歧将更加随机，并且与单倍群完全无关。
近东起源的模型显然是正确的，因为 创世纪 😉
根据目前的证据，我也有同样的倾向。 我赞成这个过程是人类基因不对称流动的结果。
我认为，如果现代人起源于近东，与尼安德特人的混合会更广泛地传播。
事实上，我认为现代人类混合物在欧亚古文明中的有限传播实际上是现代人类起源于撒哈拉以南地区的进一步证据。 显然，欧亚大陆的人类物种和亚种之间的障碍并不大。 如果现代人类在欧亚大陆的存在是长期和广泛的，为什么欧洲尼安德特人或丹尼索瓦人没有现代人类混合物？ 尼安德特人和丹尼索瓦人彼此混合当然没有问题——基于线粒体和常染色体 DNA 的相互冲突的树是很好的证据，以及两者之间已知的混合物。
我的问题是——这告诉我们 100,000-250,000 年前现代人类在非洲的分布情况如何？ 据推测，这些现代人会在 120,000-90,000 年前的 Abbassia 雨季期间穿越到中东，但在此之前与其他幸存的人群不同。 这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
这里的问题是反过来。 我们现在相当确定非洲有古老的人口。 我们也很确定，他们与至少一些撒哈拉以南非洲人杂交，不仅是在非洲人与非非洲人分离之后，而且是在这些非洲人口本身已经分化了数万年之后。 以另一篇文章中的侏儒为例，我们讨论的是 AMH 可能在主要混合事件发生之前基本上与古代人一起生活了 170,00 年。 在整个时期内，撒哈拉以南非洲地区没有实质性的地理或气候障碍。 我们怎么可能先从古老的东西中分离出来，然后在这么长的时间里设法不取代它们（以任何方式）。
这至少是 Dienekes 论点之一的症结所在。 如果不是因为基础单倍群数据在非洲如此牢固地扎根，我会发现 AMH 的基础在其他地方 - 受古代影响最小的地方 - 的论点是有道理的。 但除了 A00，我认为不可能有任何人类单倍群渗入。
从更广泛的角度来看，这些新论文让我思考了“AMH”在讨论人类基因型时究竟意味着什么。 举个例子，如果你发现一个像 Khulwilm 论文那样的群体——它在所有现代群体的共同祖先之前发生了基因分裂，并且没有留下任何活着的后代——称之为 AMH 是否正确？ 我的意思是，在血统上，它与我们的关系比与尼安德特人的关系更密切，但尼安德特人对现代人类基因组做出了贡献——而这个人群没有。 随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会遇到越来越棘手的问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
回复：@Razib Khan，@ CupOfCanada
这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
我认为只有古老的 DNA 才能解决这个问题。 我有一个广泛的信念，它是 SS-african，但对东部与南部的信心较弱（例如）。 它可能是n。 非洲或近东。 只是较低的概率 IMO。 虽然我很确定德国的 dziebel 是错误的。
回复：@CupOfCanada
事实上，我认为现代人类混合物在欧亚古文明中的有限传播实际上是现代人类起源于撒哈拉以南地区的进一步证据。 显然，欧亚大陆的人类物种和亚种之间的障碍并不大。 如果现代人类在欧亚大陆的存在是长期和广泛的，为什么欧洲尼安德特人或丹尼索瓦人没有现代人类混合物？ 尼安德特人和丹尼索瓦人彼此混合当然没有问题——基于线粒体和常染色体 DNA 的相互冲突的树是很好的证据，以及两者之间已知的混合物。
我的问题是 - 这告诉我们 100,000-250,000 年前现代人类在非洲的分布情况？ 据推测，这些现代人会在 120,000-90,000 年前的 Abbassia 雨季期间穿越到中东，但在此之前与其他幸存的人群不同。 这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
回复：@Karl Zimmerman、@Razib Khan
这里的问题是反过来。 我们现在相当确定非洲有古老的人口。 我们也很确定，他们与至少一些撒哈拉以南非洲人杂交，不仅是在非洲人与非非洲人分离之后，而且是在这些非洲人口本身已经分化了数万年之后。 以另一篇文章中的侏儒为例，我们讨论的是 AMH 可能在主要混合事件发生之前基本上与古代人一起生活了 170,00 年。 在整个时期内，撒哈拉以南非洲地区没有实质性的地理或气候障碍。 我们怎么可能先从古老的东西中分离出来，然后在这么长的时间里设法不取代它们（以任何方式）。
这至少是 Dienekes 论点之一的症结所在。 如果不是因为基础单倍群数据在非洲如此牢固地扎根，我会发现 AMH 的基础在其他地方——受古代影响最小的地方——的论点是有道理的。 但除了 A00，我认为不可能有任何人类单倍群渗入。
从更广泛的角度来看，这些新论文让我思考了“AMH”在讨论人类基因型时究竟意味着什么。 举个例子，如果你发现一个像 Khulwilm 论文那样的群体——它在所有现代群体的共同祖先之前发生了基因分裂，并且没有留下任何活着的后代——称之为 AMH 是否正确？ 我的意思是，在血统上，它与我们的关系比与尼安德特人的关系更近，但尼安德特人对现代人类基因组做出了贡献——而这个人群没有。 随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会有越来越多的像这样的棘手问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会有越来越多的像这样的棘手问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
我同意。
回复：@Razib Khan
事实上，我认为现代人类混合物在欧亚古文明中的有限传播实际上是现代人类起源于撒哈拉以南地区的进一步证据。 显然，欧亚大陆的人类物种和亚种之间的障碍并不大。 如果现代人类在欧亚大陆的存在是长期和广泛的，为什么欧洲尼安德特人或丹尼索瓦人没有现代人类混合物？ 尼安德特人和丹尼索瓦人彼此混合当然没有问题——基于线粒体和常染色体 DNA 的相互冲突的树是很好的证据，以及两者之间已知的混合物。
我的问题是 - 这告诉我们 100,000-250,000 年前现代人类在非洲的分布情况？ 据推测，这些现代人会在 120,000-90,000 年前的 Abbassia 雨季期间穿越到中东，但在此之前与其他幸存的人群不同。 这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
回复：@Karl Zimmerman、@Razib Khan
这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
我认为只有古老的 DNA 才能解决这个问题。 我有一个广泛的信念，它是 SS-african，但对东部与南部的信心较弱（例如）。 它可能是n。 非洲或近东。 只是较低的概率 IMO。 虽然我很确定德国的 dziebel 是错误的。
如果它可以解决它。 IIRC 你倾向于非洲的多区域起源，对吗？ 你还是那样倾斜吗？
这里的问题是反过来。 我们现在相当确定非洲有古老的人口。 我们也很确定，他们与至少一些撒哈拉以南非洲人杂交，不仅是在非洲人与非非洲人分离之后，而且是在这些非洲人口本身已经分化了数万年之后。 以另一篇文章中的侏儒为例，我们讨论的是 AMH 可能在主要混合事件发生之前基本上与古代人一起生活了 170,00 年。 在整个时期内，撒哈拉以南非洲地区没有实质性的地理或气候障碍。 我们怎么可能先从古老的东西中分离出来，然后在这么长的时间里设法不取代它们（以任何方式）。
这至少是 Dienekes 论点之一的症结所在。 如果不是因为基础单倍群数据在非洲如此牢固地扎根，我会发现 AMH 的基础在其他地方 - 受古代影响最小的地方 - 的论点是有道理的。 但除了 A00，我认为不可能有任何人类单倍群渗入。
从更广泛的角度来看，这些新论文让我思考了“AMH”在讨论人类基因型时究竟意味着什么。 举个例子，如果你发现一个像 Khulwilm 论文那样的群体——它在所有现代群体的共同祖先之前发生了基因分裂，并且没有留下任何活着的后代——称之为 AMH 是否正确？ 我的意思是，在血统上，它与我们的关系比与尼安德特人的关系更密切，但尼安德特人对现代人类基因组做出了贡献——而这个人群没有。 随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会遇到越来越棘手的问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
回复：@Razib Khan，@ CupOfCanada
随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会有越来越多的像这样的棘手问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
我同意。
fwiw，我在解释非洲常染色体多样性时驳回了许多古老的混合物的原因是你会看到许多单倍型的 TMRCas 的特定分布。 例如，想象一下，30% 的科伊桑血统是“古老的”，并且在大约 500,000 年前发生了分歧。 70% 是“现代的”，并在 200,000 万年前分化。 你会有两个基因系统发育簇，它们与非非洲人类的中位合并日期不同，因为在基因组中分离的后一个“现代”单倍型会比大部分“古老”单倍型更快地合并到最后一个共同祖先。 或者，更直观地说，单倍型树将有两个跨许多基因的簇。 据我所知，你没有看到这一点。
如果种群没有很好地分离，它会显示这种聚类吗？ IE 如果整个非洲存在各种类型的人类的遗传谱系，当他们向南迁移（假设起源于南非以外）时，圣人会增加大部分的这种谱系。
我们的大部分 DNA 是否具有约 200,000 年的 TMRCA？ 有没有地方可以看到整个基因组中各种单倍型的 TMRCA 分布？
此前，由于化石记录显示尼安德特人在西亚重新繁衍，人们认为 Skhul 和 Qafzeh AMH 已经灭绝。 现在，我们发现尼安德特人中的 AMH 混合物与现代欧亚人无关（实际上，将桑人或约鲁巴人建模为来源效果稍好一些）。
我认为 Dienekes 必须接近 Dziebel 的心理体操水平，以表明这些结果表明除了最近的 OOA 之外的任何其他内容。
回复：@ohwilleke、@Razib Khan
在我看来，现代人类遗传史上最大的悬而未决的问题之一是，Skhul 和 Qafzeh AMH 或当时离开非洲的相关人群之间是否存在连续性，或者，如果那是“失败的走出非洲” 。”
将您所指的关于 mtDNA M 和 N 以及 Y-DNA C、F 和 D 的数据保留在我的数据中，是“最近的共同祖先”日期。 那些最近的共同祖先日期不能排除具有我们现在称为 M 和 N 的 L3 的 mtDNA 进化枝的人，以及我们称为 C 和 F 的 Y-DNA B 的 Y-DNA 进化枝（以及其他mtDNA L3 和 Y-DNA B 的姐妹进化枝在 TMRCA 数据之前的数千年中都没有在瓶颈中幸存下来。
一般来说，由突变产生的谱系在种群扩张时很少丢失，在种群下降期间大量丢失和减少，并且在种群稳定期间比你的直觉预期的修剪速度更快。 如果您有一个最初的非洲以外人口，开始时并不大，并且在 125kya 和 55kya 左右之间下降，然后突然再次扩大，那么单独根据遗传数据区分这个人口和离开非洲的人口并不容易首先是 55 kya，基于突变率的测年。
连锁不平衡很容易区分这两种情况，但这种方法没有足够的时间深度来区分当代基因组中的情况，尽管应用于旧旧石器时代晚期全基因组的 LD 方法可能能够做出这种区分。
我个人喜欢一个初始的“走出非洲”的场景。 125kya 在南亚和阿拉伯内部种群中存活了很长时间（可能在阿拉伯灭绝），从南亚扩展到东南亚和约75 kya 在多巴岛被排除之后，从南亚（也可能还有阿拉伯）大约有二次扩张。 55kya 在所有方向（包括东南亚、中亚、澳大利亚以及非洲的 mtDNA U6 和 M1 所证明的反向迁移），除了欧洲的尼安德特人屏障，该屏障一直持续到大约。 40kya 与火山引起的气候变化给 AMH 带来了导致尼安德特人灭绝或接近灭绝的暂时优势。
我认为，在中国，少数声称年代久远的 AMH 化石可能是日期错误或分类错误。
大多数数据表明，非洲以外的几乎所有血统最近都发生了多样化。 此外，非非洲人的尼安德特人混合物很明显大约在 50,000 年前。 如果有一个来自非洲的老年人，它的遗传信号被 50 K BP 事件掩盖了。
早期的 OOA 作为现代欧亚人的来源在没有大量回迁到非洲的情况下也不起作用（不仅是 Y-DNA CT，还有 BT，不仅是 mtDNA L3，还有 mtDNA L3'4，也许还有 L2），考虑到最近共享的血统。 这仍然是可能的，但这几乎不是最简约的场景。
最近的论文将 mtDNA M 和 N 确定为 47-55 kya，这应该使 L3 的年龄大约为 60-65 ky。 来自 L3 节点的分支并没有那么长。
C、F 和 D 是来自 CF/DE 的稍长的分支（每个删除了近 20 ky 全）。 但是如果你看看下游的子分支，C/F/D 开始像疯狂的 48 ky 一样分叉，有趣的是几乎同时。 这似乎与欧亚大陆的快速扩张相对应，长分支可能是欧亚瓶颈的结果。 有趣的是，非洲附属的 E 比其他 CT 组更早开始分裂，大约 54 kya。
恕我直言，这种模式将与 55-60 kya 左右的 OOA 一致，然后是快速扩张。
在我看来，现代人类遗传史上最大的悬而未决的问题之一是，Skhul 和 Qafzeh AMH 或当时离开非洲的相关人群之间是否存在连续性，或者，如果那是“失败的走出非洲” .”
将您所指的关于 mtDNA M 和 N 以及 Y-DNA C、F 和 D 的数据保留在我的数据中，是“最近的共同祖先”日期。 那些最近的共同祖先日期不能排除具有 L3 的 mtDNA 进化枝（我们现在称为 M 和 N ）和 Y-DNA B 的 Y-DNA 进化枝（我们称为 C 和 F（以及其他mtDNA L3 和 Y-DNA B 的姐妹进化枝在 TMRCA 数据之前的数千年中都没有在瓶颈中幸存下来。
一般来说，由突变产生的谱系在种群扩张时很少丢失，在种群下降期间大量丢失和减少，并且在种群稳定期间比你的直觉预期的修剪速度更快。 如果您有一个最初的非洲以外人口，开始时并不大，并且在 125kya 和 55kya 左右之间下降，然后突然再次扩大，那么单独根据遗传数据区分这个人口和离开非洲的人口并不容易首先是 55 kya，基于突变率的测年。
连锁不平衡很容易区分这两种情况，但这种方法没有足够的时间深度来区分当代基因组中的情况，尽管应用于旧旧石器时代晚期全基因组的 LD 方法可能能够做出这种区分。
我个人喜欢一个初始的“走出非洲”的场景。 125kya 在南亚和阿拉伯内部种群中存活了很长时间（可能在阿拉伯灭绝），从南亚扩展到东南亚和约75 kya 在多巴岛被排除之后，从南亚（也可能还有阿拉伯）大约有二次扩张。 55kya 在所有方向（包括东南亚、中亚、澳大利亚以及非洲的 mtDNA U6 和 M1 所证明的反向迁移），除了欧洲的尼安德特人屏障，该屏障一直持续到大约。 40kya 与火山引起的气候变化给 AMH 带来了导致尼安德特人灭绝或接近灭绝的暂时优势。
我认为，在中国，少数声称年代久远的 AMH 化石可能是日期错误或分类错误。
回复：@Razib Khan、@Lank
大多数数据表明，非洲以外的几乎所有血统最近都发生了多样化。 此外，非非洲人的尼安德特人混合物很明显大约在 50,000 年前。 如果有一个来自非洲的老年人，它的遗传信号被 50 K BP 事件掩盖了。
回复：@Razib Khan
非洲人如何嵌套在欧洲变异中？ 不要跟随。
此前，由于化石记录显示尼安德特人在西亚重新繁衍，人们认为 Skhul 和 Qafzeh AMH 已经灭绝。 现在，我们发现尼安德特人中的 AMH 混合物与现代欧亚人无关（实际上，将桑人或约鲁巴人建模为来源效果稍好一些）。
我认为 Dienekes 必须接近 Dziebel 的心理体操水平，以表明这些结果表明除了最近的 OOA 之外的任何其他内容。
回复：@ohwilleke、@Razib Khan
顺便说一句，最后一句话是一个低打击！ 😉我希望你在开玩笑。
这是否告诉我们现代人类进化的最终摇篮在哪里？
我认为只有古老的 DNA 才能解决这个问题。 我有一个广泛的信念，它是 SS-african，但对东部与南部的信心较弱（例如）。 它可能是n。 非洲或近东。 只是较低的概率 IMO。 虽然我很确定德国的 dziebel 是错误的。
回复：@CupOfCanada
如果它可以解决它。 IIRC 你倾向于非洲的多区域起源，对吗？ 你还是那样倾斜吗？
这里的问题是反过来。 我们现在相当确定非洲有古老的人口。 我们也很确定，他们与至少一些撒哈拉以南非洲人杂交，不仅是在非洲人与非非洲人分离之后，而且是在这些非洲人口本身已经分化了数万年之后。 以另一篇文章中的侏儒为例，我们讨论的是 AMH 可能在主要混合事件发生之前基本上与古代人一起生活了 170,00 年。 在整个时期内，撒哈拉以南非洲地区没有实质性的地理或气候障碍。 我们怎么可能先从古老的东西中分离出来，然后在这么长的时间里设法不取代它们（以任何方式）。
这至少是 Dienekes 论点之一的症结所在。 如果不是因为基础单倍群数据在非洲如此牢固地扎根，我会发现 AMH 的基础在其他地方 - 受古代影响最小的地方 - 的论点是有道理的。 但除了 A00，我认为不可能有任何人类单倍群渗入。
从更广泛的角度来看，这些新论文让我思考了“AMH”在讨论人类基因型时究竟意味着什么。 举个例子，如果你发现一个像 Khulwilm 论文那样的群体——它在所有现代群体的共同祖先之前发生了基因分裂，并且没有留下任何活着的后代——称之为 AMH 是否正确？ 我的意思是，在血统上，它与我们的关系比与尼安德特人的关系更密切，但尼安德特人对现代人类基因组做出了贡献——而这个人群没有。 随着考古遗传学变得越来越复杂，我预计我们会遇到越来越棘手的问题，因为清楚地应用物种概念，更不用说像“解剖现代性”这样的模糊概念——最近的人类进化本质上是任意的。
回复：@Razib Khan，@ CupOfCanada
我们可能确实与他们杂交过。 我们只是没有古老的 DNA 可供参考。 如果我们是一组不断杂交的种群，我认为我们可能对这种混合物视而不见？ Pigmy 组可能刚刚遇到了最严重的分歧/最晚坚持的组，因此信号最突出。 如果我们从一开始就从未与其他一些团体分开……是的。
dienekes 的争论 http://dienekes.blogspot.com/2016/02/archaic-introgression-in-pygmies.html
我确实认为我们认为微不足道的地理障碍可能不适用于早期人群。 农民与 HG 的“种族隔离”一千年左右也表明了不同的人类群体如何避免交配。 也许差异更大的分离可以保持更长时间？
回复：@CupOfCanada
回复：@Razib Khan
迪内克的争论 http://dienekes.blogspot.com/2016/02/archaic-introgression-in-pygmies.html
我确实认为我们认为微不足道的地理障碍可能不适用于早期人群。 农民与 HG “种族隔离”之间的千年左右也表明了不同的人类群体如何避免交配。 也许差异更大的分离可以保持更长时间？
是的，我记得 Dienekes 在之前的论文中关于俾格米人和其他情况的古老基因渗入的论点。 我发现他的论点在这一点上很有说服力，尽管我对 Out-of-Levant 场景感觉不一样。
关于这些障碍的公平点。 不过，你会认为至少会有一些流量，不是吗？
回复：@CupOfCanada
如果种群没有很好地分离，它会显示这种聚类吗？ IE 如果整个非洲存在各种类型的人类的遗传谱系，当他们向南迁移（假设起源于南非以外）时，圣人会增加大部分的这种谱系。
我们的大部分 DNA 是否具有约 200,000 年的 TMRCA？ 有没有地方可以看到整个基因组中各种单倍型的 TMRCA 分布？
在我看来，现代人类遗传史上最大的悬而未决的问题之一是，Skhul 和 Qafzeh AMH 或当时离开非洲的相关人群之间是否存在连续性，或者，如果那是“失败的走出非洲” .”
将您所指的关于 mtDNA M 和 N 以及 Y-DNA C、F 和 D 的数据保留在我的数据中，是“最近的共同祖先”日期。 那些最近的共同祖先日期不能排除具有 L3 的 mtDNA 进化枝（我们现在称为 M 和 N ）和 Y-DNA B 的 Y-DNA 进化枝（我们称为 C 和 F（以及其他mtDNA L3 和 Y-DNA B 的姐妹进化枝在 TMRCA 数据之前的数千年中都没有在瓶颈中幸存下来。
一般来说，由突变产生的谱系在种群扩张时很少丢失，在种群下降期间大量丢失和减少，并且在种群稳定期间比你的直觉预期的修剪速度更快。 如果您有一个最初的非洲以外人口，开始时并不大，并且在 125kya 和 55kya 左右之间下降，然后突然再次扩大，那么单独根据遗传数据区分这个人口和离开非洲的人口并不容易首先是 55 kya，基于突变率的测年。
连锁不平衡很容易区分这两种情况，但这种方法没有足够的时间深度来区分当代基因组中的情况，尽管应用于旧旧石器时代晚期全基因组的 LD 方法可能能够做出这种区分。
我个人喜欢一个初始的“走出非洲”的场景。 125kya 在南亚和阿拉伯内部种群中存活了很长时间（可能在阿拉伯灭绝），从南亚扩展到东南亚和约75 kya 在多巴岛被排除之后，从南亚（也可能还有阿拉伯）大约有二次扩张。 55kya 在所有方向（包括东南亚、中亚、澳大利亚以及非洲的 mtDNA U6 和 M1 所证明的反向迁移），除了欧洲的尼安德特人屏障，该屏障一直持续到大约。 40kya 与火山引起的气候变化给 AMH 带来了导致尼安德特人灭绝或接近灭绝的暂时优势。
我认为，在中国，少数声称年代久远的 AMH 化石可能是日期错误或分类错误。
回复：@Razib Khan、@Lank
早期的 OOA 作为现代欧亚人的来源在没有大量回迁到非洲的情况下也不起作用（不仅是 Y-DNA CT，还有 BT，不仅是 mtDNA L3，还有 mtDNA L3'4，也许还有 L2），考虑到最近共享的血统。 这仍然是可能的，但这几乎不是最简约的场景。
最近的论文将 mtDNA M 和 N 确定为 47-55 kya，这应该使 L3 的年龄大约为 60-65 ky。 来自 L3 节点的分支并没有那么长。
C、F 和 D 是来自 CF/DE 的稍长的分支（每个删除了近 20 ky 全）。 但是如果你看看下游的子分支，C/F/D 开始像疯狂的 48 ky 一样分叉，有趣的是几乎同时。 这似乎与欧亚大陆的快速扩张相对应，长分支可能是欧亚瓶颈的结果。 有趣的是，非洲附属的 E 比其他 CT 组更早开始分裂，大约 54 kya。
恕我直言，这种模式将与 55-60 kya 左右的 OOA 一致，然后是快速扩张。
dienekes 的争论 http://dienekes.blogspot.com/2016/02/archaic-introgression-in-pygmies.html
我确实认为我们认为微不足道的地理障碍可能不适用于早期人群。 农民与 HG 的“种族隔离”一千年左右也表明了不同的人类群体如何避免交配。 也许差异更大的分离可以保持更长时间？
回复：@CupOfCanada
是的，我记得 Dienekes 在之前的论文中关于俾格米人和其他情况的古老基因渗入的论点。 我发现他的论点在这一点上很有说服力，尽管我对 Out-of-Levant 场景感觉不一样。
关于这些障碍的公平点。 不过，你会认为至少会有一些流量，不是吗？