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里面有一篇新论文 PLoS遗传学 其目的是更详细地描述北非人口的血统特征。这个很重要。这 HGDP数据集 确实有北非人口 莫扎比人，但仅用一个群体代表数亿人并不理想。这篇新论文的第一作者是 Brenna Henn，她也是另一篇论文的第一作者 具有多样化的非洲数据集。重要的 该数据已发布在网上。 不幸的是，尽管大多数人群没有太多标记。这本身并不是一个问题，但当尝试将其与其他数据集结合时，它就变得很重要。如果您将标记限制为跨两个数据集相交的标记，您就会开始将它们细化很多，直到它们变得无用。尽管论文的结果值得一谈， 作者声称他们将把 在线数据。这很重要，因为他们使用了大量标记，因此交叉点会很好（例如，我可以设想在不久的将来探索北非人和 IBS 伊比利亚样本之间的关系）。
至于纸张本身， 北非人的基因组祖先支持从非洲返回非洲的迁徙:
北非和邻近地区之间拟议的迁徙包括来自近东的旧石器时代基因流动、1,400 年前阿拉伯人在整个北非的迁徙 (ya) 以及来自撒哈拉以南非洲的奴隶跨撒哈拉运输。历史记录、考古学以及线粒体和 Y 染色体 DNA 已被整合起来支持一种或另一种理论，但关于北非人口的整体遗传背景或其起源和扩张几乎没有达成共识。我们使用七个人群基因组中约 730,000 个单核苷酸多态性来描述北非的遗传变异模式。我们观察到两种截然不同、相反的血统梯度：从东到西，可能是北非本土血统的增加，而从东到西，可能是近东阿拉伯血统的减少。北非土著血统在柏柏尔人中可能更为常见，并且似乎与非洲以外的人群关系最为密切，但马格里布人与近东/欧洲人之间的分歧可能早于全新世（>12,000年）。我们还发现撒哈拉以南非洲血统的显着特征在人群中差异很大。这些撒哈拉以南地区的血统似乎是最近才传入北非人口的，可追溯到约 1,200 年前的摩洛哥南部和约 750 年前的埃及，可能反映了这一时期发生的跨撒哈拉奴隶贸易的模式。
这里的模型概要很简单：
– 公元前 10,000 年以上，西欧亚裔人口迁徙穿过地中海南部边缘（马格里布）
– 后来被后来的西亚移民（近东）所覆盖
– 这里的第三个主要元素似乎是撒哈拉以南非洲的混合物，这些作者声称这是相当新的（后罗马）
本博客的读者会熟悉其中使用的两种方法。他们使用 ADMIXTURE 生成条形图，在给定 K 个组件的情况下，对假定的祖先组件进行分级。其次，他们还使用 PCA 在平面上可视化样本内最大的遗传变异成分。
[nggallery ID = 33]
当您“向上移动”K 时，您会注意到马格里布人与近东的卡塔尔人“分裂”。这得到了 PCA 的支持，这表明近东人和欧洲人与马格里比人之间存在一定的差异。作者指出，这个维度与撒哈拉以南非洲与欧亚大陆的组成部分正交。这表明，假定的马格里布成分很可能是“走出非洲”人群的一部分，而不是简单地经历了与西欧亚人的持续基因流动的非洲人群。
他们还估计了 Fst，这是一种划分群体内部和群体之间遗传变异的统计数据。使用 HGDP SNP 数据，撒哈拉以南非洲人和欧洲人之间的价值约为 0.15，欧洲人和东亚人之间的价值约为 0.10。他们使用托斯卡纳人和卡塔尔人作为欧洲和西亚的参考资料，对照东西向沿线的北非人口，估计 Fsts 在 ~0.03 到 ~0.06 之间。较高的最终值来自与近东元素混合较少的人群，彩色多边形说明了 ADMIXTURE Fsts 生成的域 推断 祖传成分。您还可以在图表中看到估计的背离时间。我不会深入讨论模型中的假设，但作者确实指出，距今约 12,000 年。似乎是 下限 估计马格布雷比人何时与其他西欧亚人分道扬镳。这很重要，因为它早于农业。
本文概述的最后一组方法在更细粒度的基因组规模上研究祖先。在左侧，您可以看到一个图，其中每个水平条代表一个个体的 1 号染色体（在一组北非人中）。该条中的每种颜色都表示祖先的一个组成部分（黑色除外，它们是着丝粒）。这类信息很重要，因为说某人有 50% X 和 50% Y 的概括信息，以至于忽略了它。中欧婚姻的第一代产物将与各自人口中的维吾尔人拥有相同的祖先比例。但基因组祖先的精细绘图看起来会非常不同， 因为混合物的历史非常不同。
论文中有很多推论，我不会一一阐述。相反，让我专注于这一断言：
考虑到假定的近期混合物（图 1）后，本土马格里布成分（基于 k） 据估计，与近东/欧洲人的差异在 18-38 基亚之间 （图 3），在 Ne 和 k 值范围内。因此，我们认为，马格里布人的祖先在全新世之前就与近东/欧洲人分离，并且马格里布人并不代表来自近东的农牧民的大规模扩散。
从表面上看，这并非难以置信。与其他西欧亚群体相比，莫扎比特 HGDP 样本中的血统情态成分往往具有相对较高的 Fst。我想知道这是否是由于古代撒哈拉以南非洲的混合物产生了一种特殊的稳定杂交，但这些结果表明该成分并不比其他西欧亚人更接近。 我感到困惑和怀疑的是不同论文产生的分歧时间范围，这似乎有些难以置信 在一起.
有论文认为东亚人与欧洲人分离约距今 25,000 年。这与马格里布人和西欧亚人之间的差异在同一范围内，但马格里布遗传距离（Fst）约为马格里布人的 1/2。此外，这些结果将 20-40,000 年范围内许多现存非非洲谱系的分离“聚集”在一起，这意味着“走出非洲”事件之后的分化非常迅速，如果该事件确实发生了约 50,000 年几年前（至少对于大多数欧亚人来说，甚至假设澳大利亚原住民源自早期浪潮的修订模型）。一次一个任何给定的分歧估计可能大体上是合理的， 但文献在这个问题上并不是特别连贯，而且在考古学上常常显得难以置信。
引文： Henn BM、Botigué LR、Gravel S、Wang W、Brisbin A 等。 2012 年北非人的基因组祖先支持返回非洲的迁徙。 PLoS Genet 8(1)：e1002397。 doi:10.1371/journal.pgen.1002397
图片来源： 拉斐尔·拉贝
这篇论文让我感到惊讶的一件事是，它用了多少时间来探索撒哈拉以南非洲与北非的混合，而只有半段讨论了 欧洲 混合物，对于除南摩洛哥和撒哈拉样本之外的所有人群来说，其遗传意义要大得多。当然，考虑到该地区的历史，在一定程度上，南欧和北非之间可能存在持续的基因流动，至少可以追溯到罗马人，甚至可能更早，由于希腊的影响，在利比亚和埃及。
遗憾的是，更多的柏柏尔人没有被包括在内。我认为特别包括 Riffis 和 Kabyles 会很有帮助。我们知道，这两个人口最近的撒哈拉以南地区混血程度分别低于摩洛哥和阿尔及利亚的阿拉伯语人口。如果他们的欧洲混合物明显较低，那么来自欧洲的大部分“阿拉伯”北非遗传成分可能是历史上最近的，来自中世纪的地中海奴隶贸易。相比之下，如果它们也表现出较高的欧洲价值，那么欧洲混合物可能来自古代晚期。我上面提到的两个柏柏尔人群体是最理想的研究对象，因为他们位于沿海地区，并且他们的祖先可能生活在同一地区，并且处于罗马统治之下。
当然，正如该报所说，卡塔尔也可能不是最好的比较。不过，我想知道哪一个最好。约旦？巴勒斯坦？
另外，我发现有趣的是富拉展示了重要的马格里布成分。人们注意到，对于撒哈拉以南非洲人来说，许多富拉尼人肤色较浅，看起来与普通非裔美国人有些相似（就肤色而言），并且通常具有某种近东特征。鉴于富拉人有记录的历史与伊斯兰教密切相关，他们比他们的邻居有更多的北非遗传影响力也许并不奇怪，尽管他们可能更早地吸收了这一成分（也许是通过与图阿雷格人的联系，图阿雷格人是确实也应该在这项研究中）。
近几个世纪以来，突尼斯柏柏尔人似乎极度孤立。这使得它作为柏柏尔人口变得不可靠。任何基于突尼斯柏柏尔人口的关于柏柏尔人和北非人的推论都应谨慎对待。突尼斯柏柏尔人群体中的 ADMIXTURE 成分模式肯定只是该社区最近极度孤立的人为结果。从以下事实可以明显看出这一点：在 K = 2 时，无论语言如何，突尼斯柏柏尔人与非或几乎非近代黑人混血的北非人无法区分，而他们都与欧洲人和非或几乎非近代人区分开来。 - 黑人混血的卡塔尔人。
我认为突尼斯柏柏尔人与一般北非人在基因上的本质区别在于，突尼斯柏柏尔人的祖先在伊斯兰时代变得孤立，因此在基因上没有受到跨撒哈拉奴隶贸易的影响，这在很大程度上是一种伊斯兰时代现象。
这篇论文让我感到惊讶的一件事是，花了多少时间来探索撒哈拉以南非洲与北非的混合，而只有半段讨论了欧洲混合，这对除南方以外的所有人群都具有更重要的遗传意义。摩洛哥和撒哈拉样品。
党卫军-非洲的组成部分是明确而独特的。 “欧洲”元素更令人困惑，因为你无法总是将其与一些近东人口中的“欧洲”区分开来。 IOW，这可能不是“欧洲”血统的合法信号（尽管我怀疑它是，因为你在西班牙和西西里岛看到北非）。
一些柏柏尔族群（金发蓝眼睛）无可争议的欧洲表型特征呢？ 是古，还是最近的基因渗入（即，古代晚期；例如，来自阿拉伯入侵者的罗马和汪达尔人难民；过于简单的解释？也许，如果人们还记得关契斯。一些柏柏尔族群何时以及为何变得孤立？是它是前伊斯兰的，由环境限制引起的，还是后伊斯兰的社会文化特征 [内群体与外群体]？）
关于 可以说是无可争议的 一些柏柏尔人群体的欧洲表型特征（金发和蓝眼睛）？
如果有争议，那么它也不是无可争议的😉无论如何，它可能是基因渗入、混合或融合。这些性状的遗传结构并不复杂。
与沙特人和也门人相比，卡塔尔人是否增加了南亚混血，这将是一件很有趣的事情。
北非人口和巴斯克人的 Affymetrix 6.0 数据现已在线提供：
http://bhusers.upf.edu/dcomas/wp-content/uploads/2011/10/NAfrica.zip
对于网站上的短暂延迟，我们深表歉意。
在发表关于破坏者的帖子之前我并没有考虑过这一点，但如果你把非洲军团的帽子戴在他的头上，实际上看起来并没有那么不合适。