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引用： Wang, Guo-dong, et al. “The genomics of selection in dogs and the parallel evolution between dogs and humans.” Nature Communications 4 (2013): 1860.
左图是说明来自新论文的系统发生推论的图。 自然通讯, 狗的选择基因组学以及狗与人之间的平行进化 （见 卡尔·齐默（Carl Zimmer） 覆盖范围 纽约时报）。 为什么这篇论文很重要？ 让我惊讶的第一件事是，由于它们使用的是狗和狼的整个基因组（覆盖率约为10倍），因此结果不会受到使用在狗中发现的多态性“芯片”的偏见的影响 on 狼（请参阅： 全基因组的单核苷酸多态性和单倍型分析揭示了犬驯化的丰富历史）。 第二个方面是，狗与狼血统的融合比早期遗传工作的时间倒退了三倍。 狗起源的标准模型是它们起源于大约10,000-15,000年前的中东地区，这可能是新石器时代革命最终达到的生活方式的广泛转变的一部分。
该模型现在受到严重质疑。 尽管一直有人声称比在大约15,000年前在中东发现的老犬科动物的化石（从形态学上讲是这样），但今年已经有了 刊物 古代mtDNA产生于大约30,000年以前，这意味着至少到那时为止，假定的家系和狼谱系已经分离。 过去几年 我有...... 想知道 关于 出现的具体性质 都 根据这些结果，现代人类和现代犬类及其在进化世和进入全新世的共同进化轨迹。
So the preponderance of data (genomic and archaeological) leans me toward accepting the general shape and >15,000 year B.P. date for the divergence of dog and wolf lineages outlined by the authors. But there is a lot more in terms of the phylogenetics of the paper which I am not willing to agree with as so obvious and clear. In particular, the authors support a Chinese/Southeast Asian origin for the dog, rather than a Middle Eastern one. This position is backed up by the reality that the Southeast Asian dog lineages do seem quite genetically diverse, and basal to other dogs (i.e., they diverge first within the clade of domestic dogs). Additionally, in the paper itself they note that the PCA, which visualizes genetic distance, suggests that the East Asian lineages are somewhat shifted toward the wolf. Model based clustering also implies that East Asian lineages are “more wolf.”
我不买这个猜想的原因就是他们在论文中所说的 现代分布和关系并不总是映射到古代分布和关系。 对于与推定的新的犬只驯化时期相似的时间深度的人群，我们已经陷入了麻烦。 古代DNA发现了过去与现在之间的巨大分歧。 我不希望狗有任何不同。 作者拥有一打动物的完整基因组。 当数据集扩展到具有合理地理覆盖范围的数百个数据时，我们来谈谈。 他们试图对某种基因流进行建模，但是当我谈论一组生物的起源区域时，这是一个主要问题，这些生物的性质与祖先群体的差异尚不清楚。
人类定向育种。 信用： 网站设计.
但是，与狗的起源区域无关的一个更大的问题是起源“事件”的模式。 在论文中，作者提出了一种典型的经典犬种事件模型，其中，冰河时代的狩猎采集者收养了一些幼犬，而这一种群与狼的主线之间存在明显的，间断的差异。 这些遗传数据根本没有表明这一点。 相反，如果您可以称其为瓶颈，那么“瓶颈”就非常温和（请参阅： 通过瓶颈的火神）。 当然，一些近交近代血统已经经历了瓶颈，但这是在狗和狼最初分离之后的很长一段时间。 相反，这组作者提出了另一种假设，即狗与早期人类并存，其中有一部分狼乐于在人类住区的边缘清除。 这种说法有多种变体和风格，但您可以将它们括为“自我驯化”模型。 这里的现实是，我认为我们在选择形式之间的明确区分是错误的，主要问题不是狗是自家驯养的还是人为驯养的， 但是适应率和人口历史。 思考狗和人起源的最好方法可能不是后者将前者驯化，而是随着人的生活方式和互动方式的改变，狗和人类都一起改变了。 随着农业的兴起和人类生活方式的专业化，随之而来的是狗的多样化。
这就是我认为本文第二部分关注基因组水平上的并行适应的地方，这真的很有趣。
如果您不想单击上面的图像，似乎在家犬的选择信号方面，涉及神经功能，新陈代谢和癌症的基因会丰富。 这不足为奇。 狗表现出与狼的巨大生活史差异（它们繁殖更多，并且不成对结），并且著名地可以阅读 人脸 尽管不如狼聪明。 当然，狗必须至少在某种程度上吃我们所吃的东西。
要了解狗进化史的这一功能方面，尽管必须要确定系统发育学。 因此，毫无疑问，在这个领域将会有更多的人流传下来，并且在未来几年内，人类最好的朋友的自然历史将引起人们的浓厚兴趣。 随着古老的DNA彻底改变了对人类过去的理解，我怀疑还会尝试分析狗的样本（尽管我认为数据集将总是更薄，因为学者们一直都在研究人类遗骸。）
引文： 汪国栋，等。 “狗的选择基因组学以及狗与人之间的平行进化。” 自然通讯4（2013）：1860。
Bokyo 不是已经证明非洲和中东乡村犬与东南亚乡村犬一样具有基因多样性吗？ 出于某种原因，那些坚持东南亚起源理论的人试图通过引用非洲和中东的主要贸易路线来揭穿非洲乡村犬的发现。 诚然，他们的观点可能是正确的，但似乎没有人质疑东亚的狗消费文化：狗像牲畜一样被饲养 集体 这将保留遗传多样性。 至少与欧洲纯种狗相比。
狗像牲畜一样被大量饲养，这将保护遗传多样性。
没有说服力。 牲畜可能会受到强大的选择并减少遗传多样性。
回复：@Razib Khan
狗像牲畜一样被大量饲养，这将保护遗传多样性。
没有说服力。 牲畜可能会受到强大的选择并减少遗传多样性。
第二个方面是 合并 与早期的基因研究相比，狗与狼血统的关系被推迟了三倍。
嗯...... 3 种可能性：（1）那个词并不意味着你认为它的意思（最不可能），（2）我不明白这里发生了什么（更有可能），或者（3）你想输入 差异.
请说明（或在需要时更正）。
我应该使用分歧。 但我在谈论这个：
http://en.wikipedia.org/wiki/Coalescence_(genetics)
回复：@marcel proust
嗯...... 3 种可能性：（1）那个词并不意味着你认为它的意思（最不可能），（2）我不明白这里发生了什么（更有可能），或者（3）你打算输入 差异.
请说明（或在需要时更正）。
回复：@Razib Khan
我应该使用分歧。 但我在谈论这个：
http://en.wikipedia.org/wiki/Coalescence_(genetics)
谢谢你。 这就是我吹毛求疵的原因。 通常，甚至在我看来是吹毛求疵的东西实际上反映了我的无知：所以当我的吹毛求疵得到纠正时，我学到了一些东西。
我应该使用分歧。 但我在谈论这个：
http://en.wikipedia.org/wiki/Coalescence_(genetics)
回复：@marcel proust
谢谢你。 这就是我吹毛求疵的原因。 通常，甚至在我看来是吹毛求疵的东西实际上反映了我的无知：所以当我的吹毛求疵得到纠正时，我学到了一些东西。
适度的瓶颈会扭曲等位基因频率并使个人电脑的用处有所降低？ 亚洲品种更大的多样性/更像根的质量可能仅仅是过去野生犬亚种混合的结果，有些可能已经灭绝？
1）我认为过去的混合物是一个大问题，我希望他们更彻底地解决
2）瓶颈如此减弱。 不确定它是否会使 pca 出现太大偏差（N16 与 N1 为 0%）。
这是一张很好的狗/狼线粒体单倍型图，重点是野狗。 有趣的是，单倍群 d 存在于假定的古代欧洲犬类中，如麋鹿猎犬和拉普猎犬，这似乎使它们有些分开，这表明要么是独特的驯化事件，要么是最近与狼的杂交。
回复：@Razib Khan
1）我认为过去的混合物是一个大问题，我希望他们更彻底地解决
2）瓶颈如此减弱。 不确定它是否会使 pca 出现太大偏差（N16 与 N1 为 0%）。
我很高兴在研究狗的历史方面取得了这一进展。 我已经直觉地“知道”了一段时间了，尽管它是基于我作为人类学家的背景，所以我要说一下我们很快就会学到的东西。 人与狗的联系实际上可以追溯到大约 50,000 年前（或更早），并且是现代人类最后一次大规模扩张离开非洲并远离非洲的重要组成部分。 所涉及的“狼”可能看起来更像埃塞俄比亚狼或野狗，而不是木狼，从而解释了一些基本行为的差异。 我怀疑今天所有不同的野生和家养“黄狗”都比现代狼更接近最终的人狗“产品”。 狗进化到以啮齿目动物为食，因此“捕获和保持”下颌和牙列的细长组成以及出生时“本能”猛烈摇头的能力，使一个小受害者在一毫秒内死亡； 不是在现代狼和一些野狗中看到的马虎、缓慢和不自然的群体屠杀。 人狗连接的“位置”对我来说不那么重要，因为它显然需要一点时间，而当时人类的移动速度非常快。 所以我想它可能实际上是从非洲开始，并通过中东、高加索、印度和东南亚发展起来的。 这对我来说是有道理的。 我也觉得我们将更多地了解共享的生物群落，即影响了我们和它们两种动物发展的共享的微观动植物群。 至少有一项研究表明，在有狗的房子里长大的婴儿平均来说是更健康的婴儿。 由于几个关键原因，狗对早期人类来说绝对是无价的，这很重要，因为它们在热量消耗方面一直“昂贵”，否则可能会喂养人类。 但在古代，它们主要是自食其力，驱除附近的啮齿动物，而啮齿动物在人类开始耕作后仍保有其价值。 这就是原因#1。 原因 #2 是它们是我们的第一个“预警系统”。 他们的感官比我们的好得多，可以检测到其他人的存在并发出警报。 既然这些“其他人类”可能是想杀了我们，那是一件非常非常好的事情。 原因 #3 很简单，狗是我们的紧急备用食物来源。 可以这么说，它们是我们第一个驯化的农场动物。 平原印第安人对那些非常非常糟糕的时代有一种表达方式：他们会称它们为“当我们吃掉我们的狗时”。 这解释了我们今天的许多行为：地球上没有其他动物会让我们在某一刻如此崇拜并在下一秒以如此可怕的冷漠对待。 我们最好的朋友，确实。
喜欢你的演讲。 现在我知道为什么我称自己为“doglady”了。直到我终于住在一所房子里并写了一封信给加利福尼亚州奥克兰的宠物和朋友，（多年前）我妈妈让我写下了我的第一只狗。信。 我一直觉得我赢了，因为它可能是唯一的一封信。 而是小世界的联系。 其中一位法官在不知不觉中嫁给了我的一个远房表亲。 我养了几只狗，都是最好的朋友。 这些天几乎不能照顾自己，否则我会得到一个“拉布拉多犬”。 猫没问题，但我的心属于狗。今天我非常支持专业工作犬。没有比她的狗更好的朋友了。
回复：@Anonymous
喜欢你的演讲。 现在我知道为什么我称自己为“doglady”了。直到我终于住在一所房子里并写了一封信给加利福尼亚州奥克兰的宠物和朋友，我才得到我的第一只狗，（几年前）我妈妈让我写了信。 我一直觉得我赢了，因为它可能是唯一的一封信。 而是小世界的联系。 其中一位法官在不知不觉中嫁给了我的一个远房表亲。 我养了几只狗，都是最好的朋友。 这些天几乎不能照顾自己，否则我会得到一个“拉布拉多犬”。 猫没问题，但我的心属于狗。今天我非常支持专业工作犬。没有比她的狗更好的朋友了。