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炎症性肠综合症是大自然的副作用
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上个月 卢克·乔斯汀(Luke Jostins) (即将要 卢克·乔斯汀斯博士)发表了 有趣的论文 in 自然。 公平地讲,本文有大量作者列表,但据我所知,这是第一作者博士学位的成果。 项目。 无论如何,您可能认识卢克,因为我用过他的 黄土曲线 在人参脑中使用了多年。 他的面包和黄油是统计遗传学,这表明 自然 纸。 上帝知道他是如何设法将如此多的密度塞入约5.5页的纯文本中的。 卢克(Luke)也是 基因组解压缩,并且在那篇文章的一个暗示上贴了一个帖子, 数十种新的IBD基因,但它们可以预测疾病吗? 简短的答案是 从长远来看,对于单个预测而言,复杂特征将是一项艰巨的任务。*

他们受什么 吉姆·曼兹(Jim Manzi) 将被称为“高因果密度”。 一种简单的陈述方式是,结果X依赖于许多变量,并且如果仅捕获少量变量,则不会以一般方式进行过多解释。 从卢克的论文中可以明显看出这一点。 让我们看一下摘要 宿主与微生物的相互作用已经塑造了炎症性肠病的遗传结构:



克罗恩氏病和溃疡性结肠炎是炎症性肠病(IBD)的两种常见形式,影响了2.5万欧洲血统的人,其他人群中的患病率也在上升……全基因组关联研究和随后的荟萃分析……暗示了先前未曾怀疑的机制…在这里,我们通过进行克罗恩病和溃疡性结肠炎全基因组关联扫描的荟萃分析,扩展对相关途径的了解,然后对重大发现进行广泛的验证,合计超过 75,000个案例和控件. 我们确定了71个IBD基因座的163个新关联,这些关联符合全基因组重要性阈值。 大多数基因座都对这两种表型都有贡献,并且方向性(在人类历史过程中始终偏向一个等位基因)和平衡(偏向于在人群中保留两个等位基因)的选择效应是显而易见的。 许多IBD基因座也与其他免疫介导的疾病有关,最明显的是强直性脊柱炎和牛皮癣。 我们还观察到IBD的易感基因座和分枝杆菌感染之间有相当大的重叠。 基因共表达网络分析强调了这种关系,宿主对分枝杆菌的反应与IBD易感者之间共有途径。

数字在这里讲述了故事。 这是一项大规模的GWAS研究,涉及约75,000个病例和对照。 然而,那能给我们带来什么呢? 我要在这里说一下文字:“我们已将所解释的总疾病方差(克罗恩病中的方差从遗传性7假设为更少的假设)增加到了Crohn's病,从8.2%提高到13.6%,而在溃疡性结肠炎中,从4.1%提高到7.5%。” 这不是小事。 但是正是因果密度高的系统将产生知识的增量增量,甚至在数据收集方面付出了艰辛的努力。 我认为,采用“同类最佳”方法进行的此类研究非常重要,因为数以万计,也许数十万的同类群在不久的将来不会再少见。 希望是遗传学家不断地将巨石推上山坡。

如果不是单独的预测,那么这种工作还有其他价值吗? 第一的, 人们仍然可以通过较小的遗传效应产生药物发现。 以上论文的主要方面是作者 定位可能与这些疾病有关的基因类别。 不仅如此,他们还报告说许多致病变异可能不是SNP,而是某种结构变异。 换句话说,大规模扩展的GWAS并不是个人预测的希望,而是整个人类有机体的更全面,更好的系统知识。

最后,这篇论文的一个方面让我大吃一惊,因为我不是一个首先对生物医学感兴趣的实际人。 Jostins等。 报告那个 这些基因座中的许多似乎都受到方向性或平衡性选择的影响。 后者对我来说并不意外。 许多基因座具有免疫学关联,并且假定宿主-病原体的协同进化受负频率依赖性的支配。 换句话说,当慢速繁殖的生物体发展出有效的抗病原体策略时,病原体会很快适应。 但是在这一点上,低频策略现在更加合适,并且对定位在狭窄适应峰上的病原体有效。

但是方向选择呢? 我在这里的工作假设是,高密度的生活和狩猎后采集者世界的蛋白质状况已经极大地重塑了大多数人类的基因组。 现在回想一下,立即进行的调整通常会带来有害的后果。 他们是笨蛋。 当您遇到问题时,即使您在无限的可能性中找到更多的最佳解决方案,也可以找到最接近,最简单的解决方案。 坦白地说,您没有时间,精力或选择。 对于克罗恩来说,这是值得的 在阿什肯纳兹犹太人中更为频繁 相对于全民平均水平(尽管人们可以为此提出环境理由;高因果密度再次出现!)。

这个故事的寓意是 许多复杂的特征和疾病可能仅仅是适应本身的代价。 即使在环境不受干扰的情况下,也很难想象一种地方性宿主-病原体协同进化不会导致基因频率波动的情况,这种波动可能会带来有害的后果。 这可能是所有世界中最好的,尽管所有最理想的世界都可能具有生理适应性平庸的特点。

引文: DOI:10.1038 / nature11582

* IBD在这里=炎症性肠综合症, 不能 血统相同!

(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
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  1. IBD 不是 IBS。炎症性肠病,而不是肠易激综合症。两种不同的动物,名字相似。

  2. 快问。我有一个朋友患有溃疡性结肠炎。她35岁了。

    这项工作是否让她有理由在有生之年开发出成功的治疗方法?

  3. 炎症性肠病和肠易激综合症并不按血统或州进行区分。两种不同的动物具有相同的首字母缩略词,并且都在遗传学中常用。

  4. 有趣的是,您在倒数第二段中提到的“无限可能性空间中最接近和最简单的解决方案”说明了进化、生态系统、神经网络和其他“生命系统”(包括经济和政体)之间的数学相似性。

    所有这些系统都可以描述为收敛于大量维度的误差表面上的较低/最低点(或者,如果愿意的话,收敛于能量表面上的最高点)。大多数此类系统都有一种“跳出”局部最小值的机制,这些最小值不是相对全局的(通常不可能从给定的区域确定全局最小值,因此随机跳出最小值以查看落在哪里是一种流行的策略。 )我喜欢将这些系统视为在任何给定时间/状态下不断收敛于看似最佳的系统。当然,随着环境的变化,表面也会发生变化,最佳的移动方式也会随之变化。这也表明物理学如何应用于生命系统。

    我抵制住将经济和政治概念扩展为“生命系统”(又名复杂适应性系统)的诱惑,更不用说有争议的“混乱边缘”概念了。 🙂

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