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是的弗吉尼亚州,来自GWAS的跨种族推论是犹太洁食
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拉齐布的女儿的血统


一个 F1,r = 0.5 到 Razib?

全基因组关联 他们的方法论哲学很简单。 您采用具有相同遗传背景(即种族同质)的病例(受影响)和对照(不受影响),并寻找在两个合并人群之间差异很大的等位基因。 从视觉上看,具有较高比值比的风险等位基因通过 曼哈顿地块。 但请注意以下条款:种族同质的研究人群。 在实践中,这意味着白人欧洲人,在较小程度上意味着东亚人和非裔美国人(最后一个原因是美国的生物医学工业联合体执行了许多GWAS,而美国则是一个多元化的国家)。 看着 族群消除了由于人口分层而可能获得的许多误报。 基本上,由于群体的历史而在群体之间不同的等位基因可能会在群体本身在所关注特征的倾向(例如,黑人与白人的高血压)不同时产生关联。


但这引出了一个问题: GWAS的通用性如何,因此可以跨种族移植? 对于像我这样的人来说,这不是一个微不足道的问题,因为南亚人由于自然原因而往往被忽视(在西方,我们中可能没有这种人,在第三世界国家中,为这类事情提供资金是不可行的)南亚人住)。 不仅对南亚人的研究不足,而且在推定人群中我们往往有较大的遗传距离,所以我什至不确定来自HapMap古吉拉特邦样本的GWAS是否适用于我(南亚族裔之间的遗传距离实际上是大于欧洲人与某些西亚人之间的距离)。 然后是混合遗产人群的问题。 真的有可能吗 各种F1组合的GWAS的未来,更不用说回交了 雷科·艾尔斯沃思(Reiko Aylesworth)?

幸运的是,从我的立场看来,今天大多数GWAS的报道 ,那恭喜你, 跨种族携带,所以我们不必重新发明每个轮子。 有些证据很清楚地看到了新的 公共科学遗传学 纸, GWAS结果的高跨种族可复制性暗示常见的因果变量。 这是摘要:

描述和识别增加复杂疾病风险的遗传变异仍然是人类遗传学的重点,并且是个性化医学新兴领域的基础。 在过去的六年中,GWAS改变了该领域,发现了数百个疾病位点。 但是,只有少数例外,尚未发现产生由GWAS揭示的关联的因果变体,并且它们在人群中共享的频率和程度仍然未知。 在这里,我们对GWAS结果进行了全面比较,目的是试图了解因果变体的性质。 通过检查针对欧洲,东亚和非洲祖先的人进行的28种疾病的GWAS结果,我们得出结论,很大一部分关联是由常见的因果变异引起的,这些变异应映射相对接近的相关标记。 我们的结果表明,GWAS发现的许多疾病风险变体在欧亚大陆共有。

我想规定,我对此事的看法不仅仅取决于本文。 我也不相信 没有 疾病风险等位基因基因组结构中的区域异质性。 相反,作为一个先例,我现在要争辩说,当观察欧洲人对欧亚人的相对较大影响等位基因的比值比时,至少一个人不应过分怀疑将推论推导给其他人群。在论文中,作者报告说,当考虑到统计能力的差异(欧洲研究往往具有更大的样本量,因此可以捕获更多的变体),GWAS具有很好的可复制性。 另外,有可能某些不重复是由于GWAS专注于标记SNP,而不是因果SNP,并且即使因果是相关的,标记关联也无法跨人群移植。 请记住,当前利用SNP芯片进行的GWAS研究通常关注的是基因组区域,而不是特定的SNP。 这就是为什么在非编码区域中可能会收到较强的GWAS信号的原因。

当然,将有一些罕见的变体,这些变体的便携性不强,并且随着基因组学在人口样本规模和完整的全基因组分析方面的扩大,我们将探究私人等位基因。 但是直到那之前,会有各种各样效果大小不同的常见变体,而且当人们考虑到研究范围之外的人群时,就不必丢弃这些信息。 在查看赔率时, 23andMe 总是有一个警告:“欧洲人得到X。” 这不是企业所期望的。 就医疗行为而言,仍然需要谨慎。 但是,如果您不是欧洲人,那么如何认真对待在欧洲人中执行GWAS的问题? 如果您不是非洲人,我会说得很认真。 如果您是非洲人,我可能还是会说得很认真。

引文: Marigorta,Urko M.和Arcadi Navarro。 “ GWAS结果的高跨种族可复制性暗示了常见的因果变体。” PLoS Genetics 9.6(2013):e1003566。

(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
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  1. 我仍然无法克服“法国和德国”的类别。 是的,它适用于橄榄油/黄油系列的大部分东北部,或者日耳曼地名盛行的地方——但在该地区之外,将德国人与捷克人、斯洛伐克人、斯洛文尼亚人和匈牙利人按常染色体分组更有意义,例如——和 *不是* 将它们标记为东欧。

    因此,更不用说南亚和东南亚的复杂性,测试公司甚至无法正确处理中欧问题。

  2. “此外,还有可能是一些非复制
    由于 GWAS 专注于标记 SNP,而不是
    因果 SNP,并且标记关联不可移植
    人群,即使是因果关系。”

    随着 GWAS 越来越多地使用下一代测序,我想这种并发症会变得不那么重要,因为关注因果而非标记 SNP 的能力变得更容易。

  3. 归因于各种欧洲血统的相对较长的不间断染色体片段是否意味着该类型的最近的、相对“全血”的祖先的存在,或者这或多或少是统计评估方式的产物? 自从您妻​​子的祖先从欧洲过来并开始通婚以来,较小的块是否意味着更长的时间?

    • 回复: @拉齐布·汗(Razib Khan)
    @匿名的

    是的。 她的两个曾祖父母出生在挪威的同一地区。 她的两个曾曾祖父母是奥地利裔德国人。 其余的要复杂得多。 所以她的父母都是 1/2 未混合的欧洲人和 1/2 的“美国笨蛋”。

  4. @匿名的
    归因于各种欧洲血统的相对较长的不间断染色体片段是否意味着该类型的最近的、相对“全血”的祖先的存在,或者这或多或少是统计评估方式的产物? 自从您妻​​子的祖先从欧洲过来并开始通婚以来,较小的块是否意味着更长的时间?

    回复:@Razib Khan

    是的。 她的两个曾祖父母出生在挪威的同一地区。 她的两个曾曾祖父母是奥地利裔德国人。 其余的要复杂得多。 所以她的父母都是 1/2 未混合的欧洲人和 1/2 的“美国笨蛋”。

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