尼安德特人Y染色体，一个损失的故事吗？
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里面有一篇新论文 联合会 （开放访问）， 尼安德特人和现代人Y染色体的差异。 从讨论中：
我们描述的尼安德特人Y染色体谱系从未在现代人类中观察到，这表明该谱系很可能已经灭绝。 尽管尼安德特人的Y染色体（和mtDNA）可能已经从现代人类基因库中移出了……但是，遗传上的不兼容性也可能导致了它们的丧失。 在将尼安德特人血统与现代人类的血统进行比较时，我们确定了四种具有预测功能影响的编码差异，三种错义和一种废话……。
出于显而易见的原因，媒体发现了功能差异的论点令人信服。 例如，安妮·吉本斯（Anne Gibbons）在 科学, 现代人类的女性和男性的尼安德特人在生婴儿方面遇到了麻烦。 这就是为什么。 没关系。 但我认为重要的是要注意对于许多人 古代Y染色体的丢失实际上是一个相当强的无效模型。 基本上，Y和mtDNA是树的系统发育树（无网状结构），当您遍历树时，您会注意到，随着尚存谱系的融合，基因会持续丢失。 此外，由于单亲世系中的漂移较大（Y和mtDNA有效种群的大小仅限于一种性别），因此灭绝的速率会更高。
早在2000年代中期 约翰·霍克斯 在争论 缺乏 高度散布的mtDNA和Y谱系表明存在古老的混合物，但由于灭绝的可能性很高，因此没有证据表明缺乏混合物。 换句话说， 在这种情况下，缺乏证据比证据本身告诉我们的要少得多。
也许男性尼安德特人和女性现代人类之间的杂交从未发生过？ 这不是最简单的解释吗？
最简单并不意味着最可能。
回复：@AG
回复：@Razib Khan
最简单并不意味着最可能。
简单的人需要简单的答案。 复杂的东西只会让他们感到困惑。 因此，宗教为宇宙中的一切提供了最简单的答案。
亮点！！！！
谢谢。
最简单并不意味着最可能。
回复：@AG
简单的人需要简单的答案。 复杂的东西只会让他们感到困惑。 因此，宗教为宇宙中的一切提供了最简单的答案。
要理解这篇文章，人们需要对生物学概念有基本的了解：常规有丝分裂与有性生殖减数分裂。
常规有丝分裂：从细菌到人体组织生长的所有细胞分裂
有性生殖期间的减数分裂: 涉及常染色体的 DNA 重组 例外 Y染色体和线粒体DNA。
由于缺乏 DNA 重组，Y 染色体和线粒体的进化路径总是看起来像细菌的进化路径。 树状结构有许多死胡同。
由于 DNA 重组，常染色体 DNA 的进化路径会呈现出类似冰川或鱼网的过程，在许多人类分支之间不断分支和合并，这反映了真实发生的情况。
使用 Y 染色体或线粒体 DNA 记录来研究遗传史通常会导致对真实情况的错误想法。
因此，这是一个非常精彩的观点。
我很感激你的赞美，但实际上，它只是聚结剂 😉
https://en.wikipedia.org/wiki/Coalescent_theory
pop gen ppl之间的共同意见
在没有霍尔丹定律的混合生育问题的情况下，由于随机漂移，尼安德特人的单亲血统完全消失的可能性有几个因素。
1. 第一代杂交出生的绝对数量是多少？
了解选择性适应性中性基因座中常染色体 DNA 尼安德特人的百分比，并将其调整到整个基因组可以告诉我们有多少杂交出生与混合时的生殖种群规模有关，但并没有给我们一个绝对数字。
由于平均法则的运作方式，如果绝对数字较低，则血统丢失的可能性更大。 如果繁殖种群规模为 500，并且在混合时有 10 个第一代杂交后代，那么与人口规模为 50,000 且有 1,000 个第一代杂交后代相比，血统丢失的可能性要大得多。 当基数较低时，更可能出现非平均结果。
我怀疑第一代杂交出生的绝对数量在 10 到 1,000 之间，基于基于遗传的有效种群规模估计和狩猎采集在那个时间框架内给定的地理范围内的承载能力，但没有很强的关于真实数字落在范围内哪个位置的直觉。
2. 尼安德特人与人类的夫妻是长期还是短期生育混血儿，如果是长期的，他们是父系还是母系，还是两者兼而有之？
如果产生混血儿的尼安德特人-人类夫妇通常在出生前就结束了（例如强奸或偷情），或者如果他们是母系同胞，那么人类部落中的混血儿将具有人类 mtDNA，而尼安德特人部落中的混血儿将具有尼安德特人的 mtDNA，但混血儿的后代出生于尼安德特人部落的人会与其他部落成员一起灭绝，因此没有幸存的尼安德特人 mtDNA。
我个人认为，只有一小部分混血儿童是长期关系的结果，因为混合克罗马农人-尼安德特人部落的证据基本上为零。
此外，杂交儿童的父母长期父系关系的百分比越低，相对于原始百分比，尼安德特人的 mtDNA 就越有可能因随机漂移而丢失。 假设您有 5,000 名生殖人口和 100 名第一代混血儿，但只有 10% 的混血儿涉及长期父系关系。 这只是 10 个带有尼安德特人 mtDNA 的杂交儿童，并且人口中只有 0.2% 的 mtDNA 系因随机漂移而丢失。 由于随机漂移而丢失这些 mtDNA 线的可能性比 100% 父系情况要大得多，在 100% 父系情况下，您有 2 条 mtDNA 线必须消亡，占总数的 XNUMX%。
3. 混合时种群规模是下降、稳定还是扩大？
在人口瓶颈期间，许多单亲血统消失了。 在稳定的人口时期，失去的单亲血统比你想象的要多。 在人口膨胀期间，很少有单亲血统消失，而那些确实消失的血统在前几代就消失了。
在旧石器时代晚期的大部分时间里，欧亚大陆上向处女地扩张的现代人类人口不断增长。 可能导致 Y-DNA 或 mtDNA 谱系丧失的种群瓶颈的一个最佳点是尼安德特人灭绝之后的末次盛冰期，并在最近发生混合的许多地方造成了大量谱系丧失（因此有单亲血统不丢失的可能性最大）。 但是，LGM 不会剔除南亚、东南亚和东亚的单亲血统，那里也不存在单亲血统。
鉴于现代人类在尼安德特人混血后广泛而迅速地扩散，概率强烈支持在前几代发生血统丧失的情况，而不是后来发生的情况，因为一些混血后的亚种群具有非常持续的人口时期扩张，尽管其中许多经历了瓶颈。
4. 哪些选择性健身因素影响了混血儿童？
混血儿童不太可能患有影响克罗马农人或尼安德特人的隐性基因病症。 但是，混血儿童也可能具有从尼安德特人那里继承来的特征，这些特征在现代人类部落中会降低适应性。 事实上，我们看到了像 FOX-2 这样的例子，其中尼安德特人常染色体基因的代表性不足，而且我们看到的健康增强尼安德特人常染色体基因组的例子相对较少（高度适应和免疫基因是一些更值得注意的例外）。
尼安德特人基因源健康受损表型对混血男孩的健康损害比对混血女孩的影响更大，这是非常合理的。 例如，假设 FOX-2 意味着许多混血儿童由于尼安德特人的基因而与现代人类同龄人相比语言能力较差。 对于一个混血男孩来说，这可能会由于无法与猎人团队合作导致死亡或由于无法杀死足够的食物来养家糊口而无法获得配偶而损害狩猎表现。 对于一个混血女孩来说，这可能意味着成为一些不太理想的配偶的第二任妻子，而不是理想配偶的第一任妻子，这可能不会阻止她的基因传给下一代。
健身障碍不一定很大。 2% 以上的减值很可能导致血统损失。 粗略地说，1% 的减值会使您从不失去血统的不断扩大的人口安全状态转变为人口稳定制度。 0.1% 的损伤可能会随着时间的推移适度降低常染色体百分比，但不会大大增加在其他方面不断扩大的人口中谱系丧失的可能性。 如果一个基因在混血男孩中有 1% 的适应性损伤，而在混血女孩中有 0.2% 的损伤，那么很有可能从混血个体中丢失 Y-DNA 而不是常染色体 DNA。
然而，我们知道，早期混血儿童的健康障碍不会太大，否则我们今天就不会达到 2% 左右的常染色体 DNA 平衡。
我还读过一些研究表明，早在新石器时代早期，就有 4%-8% 的尼安德特人 DNA 存在（据我所知，其中一些人，如 Otzi，已被抹黑）。 但是，如果这是真的，那将对尼安德特人 DNA 的健康损害设定一个非常重要的上限。
底线。
在您可以放入模型中进行估计的合理假设范围内，尼安德特人混血导致单亲血统丧失的可能性并不稳健。 在某些假设下，尼安德特人的单亲血统很可能全部消失。 在别人之下，可能性不大。 而且，我们没有足够的数据来非常有信心地区分重要的假设。 在上述假设的整个范围内研究尼安德特人 Y-DNA 谱系丢失的概率将是一个有趣的学术练习（而且这两个假设都不难）。
最终，我个人认为，霍尔丹定律可能对尼安德特人 Y-DNA 的丢失起到了非常有意义的作用，因为我对最有可能的种群模型假设的贝叶斯先验知识得到了加强，即来自尼安德特人的实际直接证据Y-DNA 展示了一些特殊的蛋白质编码问题，这些问题可能会损害雄性杂交尼安德特人与尼安德特人父亲的生育能力或生存。
当然，没有充分的理由相信缺乏尼安德特人 Y-DNA 或尼安德特人 mtDNA 会导致 ca 的存在。 2% 尼安德特人常染色体 DNA 不太可能。 （此外，由于丹尼索瓦人与现代人类的差异大于尼安德特人，因此霍尔丹定律在丹尼索瓦人混合中发挥作用的可能性大于尼安德特人混合的情况。）
考虑到它们承受的选择压力有多大，这可能是一个糟糕的比较，但看看纯种马。 他们的血统已被仔细追踪了数百年。 有数十甚至数百匹 18 世纪的种马和活着的后代。 但是 18 世纪有多少雄性后代的种马呢？ 恰好有两个，其中一个是 95% 纯种马的父系祖先，另一个是不到 5%。
现在，拥有数百个后代的人类而不是马的数量可能非常少，但大多数未能存活到 21 世纪的马父系并没有在一两代人内消失； 许多人在被慢慢排挤之前徘徊了 10 多代。
我不是遗传学家，所以我可能在这里遗漏了一些东西。 最简单也是最有可能的解释不就是现代人类可能杀死了所有的雄性尼安德特人并绑架并强奸了雌性吗？
你缺少的是我们没有任何尼安德特人 女 （线粒体）血统。 所以不，鹅没有酱汁就是鹅没有酱汁。
回复：@Megalophias
你缺少的是我们没有任何尼安德特人 女 （线粒体）血统。 所以不，鹅没有酱汁就是鹅没有酱汁。