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几个月前,我购买了一台不错的台式机,只是为了处理 ADMIXTURE 和其他软件包来分析基因组数据。 最近我设置了一个约 100 GB 的 Dropbox 帐户,并开始将我所有的输出文件从 ADMIXTURE、PLINK 等以及各种脚本(Perl、shell、R 等)“推送”到公众中文件夹(更准确地说,一个脚本正在运行 ADMIXTURE 并将文件移动到适当的 Dropbox 文件夹中,因为我键入此内容,并且 Dropbox 与在线文件夹同步)。 我这样做有两个原因。

首先,我想让数据生成管道对我来说更容易。 我现在没有运行 ADMIXTURE,然后用 R 费力地处理文件以生成绘图,而是创建了一个系统,其中一些自动脚本开始运行 ADMIXTURE,然后另一个脚本为 破坏,然后运行 ​​distruct,然后修剪图像输出并将它们转换为 PNG。 这应该让我能够重新启动我的副业,即使我正忙于我生活中的“主要事件”。

其次, 我开始觉得“基因组博客革命”的承诺正在逐渐消失. 诚然,您只能使用相同的数据集做很多事情,因此我将尝试将大型谱系文件放在我的 Dropbox 帐户中。 但似乎人们需要更多的推动力。 为此,我希望使流程更加“交钥匙”的脚本分发能够激励人们前进。

附录: 我知道第一段的某些内容对某些读者来说是胡言乱语。 但我希望你会欣赏 结果 那些胡言乱语!

(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
 
• 类别: 科学 •标签: 基因组学, 开放基因组学 
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  1. 如果数据限制开始成为 Dropbox 中的问题,您是否考虑过 Google Drive/Docs。 除了 20GB 的启动量外,它们每 GB 的价格要低得多。 引人深思。

  2. 我认为基因组博客时代才刚刚开始——虽然我们可能接近第一阶段的尾声,这是由 23andMe 和 FTDNA Family Finder 常染色体测试生成的有限 SNP 集,但请等到外显子组和全序列的涌现数据开始运转,我们可以让“业余爱好者”发现医学上可行的结果……

    第二阶段即将到来。 许多先驱者现在已经在查看他们的 23andMe Exome Pilot 数据来寻找东西……

  3. 希望这只是经典技术炒作周期的“幻灭低谷”阶段。 事实上,我确实认为炒作周期是一个有用的高级模型,可以用来思考新技术的传播。

  4. 将代码放在 github 上,将数据放在 git-annex 中。

  5. #4,你是对的。 我有一个 git 帐户,我应该开始使用它了。

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